单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1101	2024-08-08	Comprehensive Analysis of N6-Methyladenosine RNA Methylation Regulators Expression Identify Distinct Molecular Subtypes of Myocardial Infarction 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.756483 PMID:34778266	研究论文	本研究通过分析N6-甲基腺苷（m6A）修饰调控因子的表达水平，确定了心肌梗死（MI）的不同分子亚型，并探讨了这些亚型在基因表达和信号通路中的差异。	首次通过全面分析m6A调控因子的表达，揭示了心肌梗死的三种分子亚型，并发现了与这些亚型相关的关键基因和信号通路。	研究主要基于数据库和生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认这些发现。	探讨m6A修饰在心肌梗死中的作用，并识别可能的生物标志物用于心肌梗死的治疗和诊断。	心肌梗死患者的心脏组织和m6A调控因子的表达。	数字病理学	心血管疾病	全基因组关联研究数据分析、单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了GSE5406数据库中的数据，具体样本数量未详细说明。
1102	2024-08-08	Kdm6a deficiency restricted to mouse hematopoietic cells causes an age- and sex-dependent myelodysplastic syndrome-like phenotype 2021, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0255706 PMID:34780480	研究论文	研究Kdm6a基因在造血细胞中的缺失如何导致与年龄和性别相关的骨髓增生异常综合征样表型	首次展示了Kdm6a基因在造血干细胞和祖细胞中的缺失会导致性别特异性的骨髓增生异常综合征样表型，并随着年龄增长而出现	研究主要集中在小鼠模型上，尚未完全阐明KDM6A基因在人类急性髓系白血病中的作用	探讨Kdm6a基因在正常造血和急性髓系白血病发病机制中的作用	Kdm6a基因缺失的小鼠造血干细胞和祖细胞	数字病理学	血液疾病	ChIP-seq, ATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	Kdm6a-WT和Kdm6a-KO小鼠
1103	2024-08-08	Immune infiltration and prognostic and diagnostic use of LGALS4 in colon adenocarcinoma and bladder urothelial carcinoma 2021, American journal of translational research IF:1.7Q4 PMID:34786063	研究论文	本研究分析了免疫相关基因在结肠腺癌（COAD）中的预后和诊断特征，并发现LGALS4基因在COAD和膀胱尿路上皮癌（BLCA）中的下调现象	识别了LGALS4作为多种癌症类型的预后和诊断标志物，并揭示了一系列新的候选药物靶点和分子标志物	NA	评估免疫相关基因在结肠腺癌中的预后和诊断价值	结肠腺癌（COAD）和膀胱尿路上皮癌（BLCA）中的免疫相关基因	数字病理学	结肠癌	TIMER（肿瘤免疫评估资源）解卷积方法	NA	基因表达谱	17个COAD和健康样本的基因表达谱
1104	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomic Analysis of Ecosystems in Papillary Thyroid Carcinoma Progression 2021, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2021.729565 PMID:34790166	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术分析了乳头状甲状腺癌（PTC）进展中的生态系统	首次详细描述了PTC生态系统中的细胞组成和相互作用，特别是在原发肿瘤和淋巴结转移中的差异	研究仅基于单一患者样本，可能限制了结果的普遍性	深入理解乳头状甲状腺癌的生物学特性，为个性化治疗提供依据	乳头状甲状腺癌的原发肿瘤、淋巴结转移和癌旁组织	数字病理学	甲状腺癌	单细胞转录组测序（Sc-RNA seq）	NA	转录组数据	11,805个细胞转录组
1105	2024-08-08	CCR2 Signaling Restricts SARS-CoV-2 Infection 2021-12-21, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mBio.02749-21 PMID:34749524	研究论文	本文通过研究SARS-CoV-2感染的小鼠模型，发现CCR2信号通路在早期限制肺部病毒负荷中起关键作用	首次揭示CCR2信号通路通过促进经典单核细胞浸润和单核细胞衍生细胞的扩增，对SARS-CoV-2感染起到保护作用	NA	研究SARS-CoV-2感染中的固有免疫机制，特别是CCR2信号通路的作用	SARS-CoV-2感染的小鼠模型	NA	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	小鼠
1106	2024-08-08	Computational workflow for functional characterization of COVID-19 through secondary data analysis 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100873 PMID:34746856	研究论文	本文介绍了一种计算异构数据集成和挖掘协议，用于通过结合多个模型系统的转录组签名、蛋白质-蛋白质相互作用、单细胞RNA-seq标记和表型-基因型关联来识别功能特征复合体，以更好地理解疾病病理生理学和结果。	该研究提出了一种新的计算方法，通过整合多种数据类型来识别功能特征复合体，这种方法在标准转录组分析的基础上提供了更深入的分子机制洞察。	NA	旨在通过次级数据分析来功能性地表征COVID-19，并揭示其背后的分子机制。	COVID-19的功能特征及其相关分子机制。	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	NA
1107	2024-08-08	Isolation of human fetal intestinal cells for single-cell RNA sequencing 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100890 PMID:34746860	研究论文	本文介绍了一种从人类胎儿肠道样本中分离上皮和非上皮细胞的方法，用于单细胞RNA测序	该方法能够产生一个完整的人类发育过程中肠道细胞的图谱	NA	开发一种高效的方法来分离人类胎儿肠道细胞，以进行单细胞RNA测序	人类胎儿肠道细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	多个胎儿肠道样本
1108	2024-08-08	Dissociation of human oral mucosal tissue for single-cell applications 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100908 PMID:34746866	研究论文	本文描述了一种用于制备和分离人类颊部和牙龈口腔黏膜组织的高存活率单细胞悬浮液的协议	提出了一种新的方法来分离口腔黏膜组织中的多种细胞类型，同时保持高细胞存活率	NA	开发一种有效的口腔黏膜组织单细胞分离方法	人类颊部和牙龈的口腔黏膜组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
1109	2024-08-08	Processing human lymph node samples for single-cell assays 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100914 PMID:34746869	研究论文	本文描述了一种高效且温和的人体淋巴结样本处理方法，用于生成适合单细胞分析的单细胞悬浮液	该协议避免了酶促或机械应力，优化了生成适合单细胞RNA测序等精细分析的单细胞悬浮液	NA	为了更好地理解恶性与非恶性细胞之间的细胞异质性和复杂相互作用	人体淋巴结样本	数字病理学	非霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞悬浮液	NA
1110	2024-08-08	Single-cell Transcriptional Changes in Neurodegenerative Diseases 2021-12-15, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2021.10.025 PMID:34748859	综述	本文综述了单细胞RNA测序和单核RNA测序技术在神经退行性疾病分子变化研究中的最新进展和发现	利用单细胞RNA测序和单核RNA测序技术，提供了脑细胞在单细胞水平上的细胞和分子细节，增进了对中枢神经系统的理解	NA	探讨神经退行性疾病的分子变化及其机制	神经退行性疾病中的单细胞转录变化	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序，单核RNA测序	NA	RNA	NA
1111	2024-08-08	A multi-omic single-cell landscape of human gynecologic malignancies 2021-12-02, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2021.10.013 PMID:34739872	研究论文	本文通过单细胞分辨率下的转录组（scRNA-seq）和染色质可及性（scATAC-seq）分析，揭示了人类卵巢和子宫内膜肿瘤的复杂细胞异质性及其调控机制。	本文首次展示了恶性细胞通过获取先前未注释的调控元件来驱动癌症标志性通路，并强调了肿瘤内异质性的重要性。	NA	旨在解析驱动癌细胞转录程序的调控机制，以深入理解肿瘤生物学。	人类卵巢和子宫内膜肿瘤。	数字病理学	妇科恶性肿瘤	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	转录组数据, 染色质可及性数据	立即手术切除的人类卵巢和子宫内膜肿瘤样本。
1112	2024-08-08	Interneuron origin and molecular diversity in the human fetal brain 2021-12, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-021-00940-3 PMID:34737447	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和原位测序技术，揭示了人类胎儿脑中不同类型中间神经元前体细胞的分子特征	首次详细描述了人类胎儿脑中中间神经元前体细胞的分子多样性及其起源	NA	解析人类胎儿脑中中间神经元的起源和多样性	人类胎儿脑中的中间神经元前体细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序, 原位测序	NA	RNA	NA
1113	2024-08-08	Transcription factor SOX4 facilitates BMP2-regulated gene expression during invasive trophoblast differentiation 2021-12, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202100925RR PMID:34739154	研究论文	本文研究了转录因子SOX4在BMP2调控侵袭性滋养层细胞分化中的作用	发现了SOX4作为BMP2诱导的直接靶基因，并揭示了SOX4在BMP2调控的转录网络中的新机制	NA	阐明BMP2在滋养层细胞侵袭和螺旋动脉重塑中的分子机制	早期胎盘发育中的滋养层细胞分化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	第一孕期胎盘和蜕膜组织的单细胞RNA测序数据
1114	2024-08-08	Integrated molecular analysis identifies a conserved pericyte gene signature in zebrafish 2021-12-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.200189 PMID:34751773	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析斑马鱼幼体中pdgfrb阳性细胞，以分子层面表征斑马鱼中的周细胞	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了斑马鱼细胞表达小鼠周细胞基因的直系同源基因，并整合小鼠周细胞单细胞RNA测序数据，发现了一组核心的保守周细胞基因	NA	旨在通过分子分析确定斑马鱼周细胞的基因特征，并开发新的工具以在体内观察这些细胞	斑马鱼幼体中的周细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及斑马鱼野生型和pdgfrb突变型幼体的细胞样本
1115	2024-08-08	Gene signatures with therapeutic value: emerging perspective for personalized immunotherapy in renal cancer 2021-12, Immunotherapy IF:2.7Q3 DOI:10.2217/imt-2021-0187 PMID:34753298	综述	本文综述了肾癌个性化免疫治疗中具有预测和预后潜力的基因标志物的最新进展	利用单细胞测序和多维空间转录组学技术识别了临床相关的肾癌亚型，并探讨了基于免疫细胞、非编码RNA及代谢和RNA修饰途径的基因标志物的潜力	免疫治疗的高成本、缺乏预测性生物标志物及毒性副作用限制了其更广泛的应用	探讨肾癌个性化免疫治疗中具有预测和预后潜力的基因标志物	肾癌及其治疗中的基因标志物	NA	肾癌	单细胞测序、多维空间转录组学	NA	基因数据	NA
1116	2024-08-08	Complex infections in vivax malaria: the more you look, the more you find 2021-12, Trends in parasitology IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.pt.2021.10.002 PMID:34756507	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了人类疟原虫Plasmodium vivax引起的复杂多克隆感染	开发了用于P. vivax感染的单细胞测序（SCS）的创新方法，提供了关于P. vivax宿主体内多样性和进化的新见解	NA	研究P. vivax引起的复杂多克隆感染	人类疟原虫Plasmodium vivax	NA	疟疾	单细胞测序（SCS）	NA	NA	NA
1117	2024-08-08	Besca, a single-cell transcriptomics analysis toolkit to accelerate translational research 2021-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqab102 PMID:34761219	研究论文	本文介绍了一个名为Besca的单细胞转录组分析工具包，旨在加速转化研究	Besca工具包不仅提供标准的单细胞RNA测序分析流程，还包括两个互补模块，利用层次化细胞签名和监督机器学习自动进行细胞注释，并提供协调的命名法	NA	旨在通过高度标准化和稳健的软件工作流程，利用单细胞RNA测序技术加速转化研究	单细胞RNA测序数据及其在批量RNA测序数据中的应用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	监督机器学习	转录组数据	多个多样化的单细胞RNA测序数据集，包括来自高度异质性肿瘤组织的样本
1118	2024-08-08	Single-cell RNA transcriptome landscape of hepatocytes and non-parenchymal cells in healthy and NAFLD mouse liver 2021-Nov-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103233 PMID:34755088	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术分析了健康和非酒精性脂肪肝（NAFLD）小鼠肝脏中肝细胞和非实质细胞的转录组图谱	发现了肝星状细胞在基因表达调控和向肌成纤维细胞转化中的双重作用，以及库普弗细胞和单核细胞衍生巨噬细胞在NAFLD进展中的不同表达谱	NA	旨在获得NAFLD发病机制的细胞水平解析	健康和NAFLD小鼠肝脏中的肝细胞和非实质细胞	数字病理学	非酒精性脂肪肝	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	82,168个单细胞
1119	2024-08-08	Correction: Single-cell RNA-seq reveals transcriptomic heterogeneity mediated by host-pathogen dynamics in lymphoblastoid cell lines 2021-Nov-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.75422 PMID:34762045	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1120	2024-08-08	Modeling the ACVR1R206H mutation in human skeletal muscle stem cells 2021-11-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.66107 PMID:34755602	研究论文	本研究通过分析ACVR1R206H突变在人体骨骼肌干细胞中的影响，探讨了ACVR1在骨骼肌修复中的作用	首次使用来自尸体的原发性FOP人体肌肉干细胞（Hu-MuSCs）和诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的肌肉干细胞/祖细胞（iMPCs）进行单细胞转录组分析，揭示了ACVR1突变对骨骼肌修复的影响	NA	阐明ACVR1突变如何影响骨骼肌修复	ACVR1R206H突变在人体骨骼肌干细胞中的作用	NA	异位骨化	单细胞转录组分析	NA	细胞	来自尸体的原发性FOP人体肌肉干细胞和诱导多能干细胞衍生的肌肉干细胞/祖细胞