单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1061	2024-08-08	Self-organization of human dorsal-ventral forebrain structures by light induced SHH 2021-11-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26881-w PMID:34799555	research paper	本文通过设计一系列光遗传学ePiggyBac载体，表达光活化Cre-loxP重组酶，利用蓝光刺激人胚胎干细胞(hESCs)，系统地诱导胚胎组织中心结构，实现了人胚胎干细胞中背腹前脑结构的自组织	利用光遗传学技术在人胚胎干细胞模型中系统地诱导胚胎组织中心结构，实现了背腹前脑结构的自组织	NA	系统研究人胚胎组织中心	人胚胎干细胞中的背腹前脑结构	NA	NA	光遗传学	NA	scRNA-seq	NA
1062	2024-08-08	Capturing hidden regulation based on noise change of gene expression level from single cell RNA-seq in yeast 2021-11-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-01558-y PMID:34799619	研究论文	本文研究了通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的噪声变化来捕捉酵母中基因表达水平的隐藏调控	提出了一种新的网络估计策略，通过噪声差异比较来捕捉补偿性交互作用	仅限于研究STP1和STP2基因的单删除对噪声变化的影响	探索通过scRNA-seq中的噪声变化来识别基因调控网络中的补偿性交互作用	酵母中的基因调控网络和功能补偿机制	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
1063	2024-08-08	Myeloid cell subsets that express latency-associated peptide promote cancer growth by modulating T cells 2021-Nov-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103347 PMID:34820606	研究论文	本文研究了表达潜伏相关肽（LAP）的骨髓细胞通过调节T细胞促进肿瘤生长的机制	首次揭示了LAP骨髓细胞通过刺激Foxp3 Tregs并抑制效应T细胞的增殖和功能来促进肿瘤生长的新功能	文中提到的机制尚未完全阐明	识别LAP骨髓细胞促进肿瘤生长的新功能，并探索针对这些细胞的癌症治疗干预措施	表达LAP的骨髓细胞及其在肿瘤生长中的作用	NA	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	文中未具体说明样本数量
1064	2024-08-08	Single-cell analysis of diverse immune phenotypes in malignant pleural effusion 2021-11-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-27026-9 PMID:34795282	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了非小细胞肺癌引起的恶性胸腔积液（MPE）中62,382个细胞的免疫表型多样性	首次详细描述了MPE中浸润免疫细胞的组成、谱系和功能状态，并发现了MPE中免疫细胞的转录特征和细胞间相互作用的新模式	NA	揭示恶性胸腔积液中免疫细胞的详细图谱，并增强对晚期非小细胞肺癌潜在诊断和治疗靶点的理解	非小细胞肺癌引起的恶性胸腔积液中的免疫细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	62,382个细胞
1065	2024-08-08	Discriminative feature of cells characterizes cell populations of interest by a small subset of genes 2021-11, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1009579 PMID:34797848	研究论文	本文提出了一种新的细胞识别特征（DFC）方法，用于通过一小部分基因来表征感兴趣的细胞群体	DFC方法通过使用带有自适应LASSO惩罚的逻辑回归进行二元分类和变量选择，能够优先考虑具有非独立表达的基因对，并有效捕捉细胞类型特异性标记	DFC方法主要针对单细胞分析中的大样本量问题，可能不适用于所有类型的细胞分类任务	提出一种新的细胞识别方法，以替代传统的基于差异表达基因（DEG）的分析方法	研究对象为细胞群体及其特异性标记基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	逻辑回归	基因表达数据	文中未明确提及具体样本数量
1066	2024-08-08	Müller glial responses compensate for degenerating photoreceptors in retinitis pigmentosa 2021-11, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-021-00693-w PMID:34799683	研究论文	本研究利用单细胞转录组学方法，探讨了视网膜色素变性模型（P23H）小鼠与野生型同窝小鼠中各主要视网膜细胞类型的细胞反应	发现Müller胶质细胞/星形胶质细胞簇中与视网膜维持相关的基因表达显著增加，表明Müller胶质细胞通过调整其转录组来支持视网膜细胞，这可能成为保护视网膜免于退化的潜在治疗靶点	NA	研究视网膜色素变性中视网膜细胞对视网膜细胞异常的反应	视网膜色素变性模型（P23H）小鼠与野生型同窝小鼠的视网膜细胞	数字病理学	视网膜色素变性	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	视网膜色素变性模型（P23H）小鼠与野生型同窝小鼠
1067	2024-08-08	Landscape of Hopx expression in cells of the immune system 2021-Nov, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2021.e08311 PMID:34805566	研究论文	本文报道了在稳态条件下，多种免疫细胞中Hopx表达的综合模式	首次全面描述了Hopx在特定免疫细胞亚群中的组成性表达	Hopx在常规树突状细胞和嗜酸性粒细胞中的表达未被研究	阐明Hopx在免疫细胞中的表达模式及其在多种免疫条件下的潜在作用	CD4和CD8 T细胞、B细胞、自然杀伤细胞、NKT细胞和髓系细胞中的Hopx表达	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术分析	NA	RNA	多种类型的免疫细胞
1068	2024-08-08	Gene regulatory network analysis identifies key genes and regulatory mechanisms involved in acute myocardial infarction using bulk and single cell RNA-seq data 2021-09-09, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2021386 PMID:34814275	研究论文	本研究利用批量和单细胞RNA测序数据分析基因调控网络，识别急性心肌梗死中的关键基因和调控机制	本研究首次结合批量和单细胞RNA测序数据构建基因调控网络和细胞间通信网络，揭示了PLAUR在心肌细胞响应缺氧中的重要作用	研究主要基于转录组数据，未涉及蛋白质水平或其他生物标志物的验证	识别急性心肌梗死的分子生物标志物，为诊断和预后提供候选关键调控基因	急性心肌梗死中的关键基因和调控机制	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	基因调控网络	RNA测序数据	STEMI和NSTEMI患者的全血样本
1069	2024-08-08	MapCell: Learning a Comparative Cell Type Distance Metric With Siamese Neural Nets With Applications Toward Cell-Type Identification Across Experimental Datasets 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.767897 PMID:34796179	研究论文	本文介绍了一种使用孪生神经网络（SNN）学习比较细胞类型距离度量（MapCell）的方法，并展示了其在跨实验数据集的细胞类型识别中的应用	提出了一种基于深度度量学习的方法，使用孪生神经网络来捕捉细胞间的相似性，并促进不同实验间细胞类型注释的转移	NA	探索深度度量学习方法在跨实验数据集细胞类型识别中的应用	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集中的细胞类型	机器学习	NA	scRNA-seq	孪生神经网络（SNN）	数据集	小规模训练集
1070	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing deconvolutes the in vivo heterogeneity of human bone marrow-derived mesenchymal stem cells 2021, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.61950 PMID:34803492	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术解析了人骨髓来源间充质干细胞的细胞异质性	首次系统地剖析了人骨髓来源间充质干细胞的细胞亚型，揭示了其细胞异质性及其在维持骨骼稳态中的作用	NA	探究人骨髓来源间充质干细胞的转录多样性	人骨髓来源间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	来自两名人类受试者的CD271骨髓单个核细胞
1071	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Heterogeneity of Tumor-Associated Macrophage in Non-Small Cell Lung Cancer and Differences Between Sexes 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.756722 PMID:34804043	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了非小细胞肺癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其在性别间的差异	首次在单细胞水平上详细分析了非小细胞肺癌中肿瘤相关巨噬细胞的亚型组成和功能异质性，并比较了性别对其的影响	研究仅限于早期吸烟的非小细胞肺癌患者，可能无法完全代表所有非小细胞肺癌患者的情况	阐明非小细胞肺癌中肿瘤相关巨噬细胞的亚型组成和功能异质性，并探讨性别对其的影响	非小细胞肺癌中的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	早期吸烟的非小细胞肺癌患者
1072	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals a Tumor-Reactive T Cell Signature Associated With Clinical Outcome and Immunotherapy Response In Melanoma 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.758288 PMID:34804045	研究论文	本研究通过整合分析三个黑色素瘤中T细胞的单细胞RNA测序数据集，揭示了肿瘤微环境中T细胞的广泛异质性功能状态，并识别出表达肿瘤反应性标记和T细胞激活标志的肿瘤反应性T细胞亚群	本研究首次开发并验证了一个与临床结果和免疫治疗反应显著相关的肿瘤反应性T细胞相关标志（TRS），该标志在预测免疫治疗反应方面优于CD8+ T细胞浸润水平和先前发表的预后相关标志	NA	旨在识别肿瘤反应性T细胞并开发一个与临床结果和免疫治疗反应相关的标志	黑色素瘤中的T细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个黑色素瘤T细胞数据集及四个外部独立队列
1073	2024-08-08	Clinical Impact of Molecular Subtyping of Pancreatic Cancer 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.743908 PMID:34805152	研究论文	本文探讨了胰腺癌分子亚型对临床的影响及其潜在的临床意义	文章介绍了通过激光捕获显微切割和单细胞RNA测序技术揭示的胰腺癌细胞群体的基因组进化，以及不同亚型在化疗反应和生存率上的差异	文章未明确提及具体的局限性	研究胰腺癌分子亚型的临床相关性，以优化从实验室到临床的转化	胰腺癌的分子亚型及其对治疗反应和生存率的影响	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
1074	2024-08-08	Papillary Thyroid Carcinoma Landscape and Its Immunological Link With Hashimoto Thyroiditis at Single-Cell Resolution 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.758339 PMID:34805166	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了甲状腺乳头状癌（PTC）及其与桥本甲状腺炎（HT）的免疫学联系	首次在单细胞分辨率下揭示了PTC的肿瘤微环境异质性及其与HT的免疫学联系	样本量较小，仅包括八名PTC患者，其中三名同时患有HT	深入理解PTC的肿瘤微环境及其与HT的免疫学联系	甲状腺乳头状癌（PTC）及其与桥本甲状腺炎（HT）的关系	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	八名PTC患者，其中三名同时患有HT
1075	2024-08-08	Deciphering the Intercellular Communication Network of Peripartum Decidua that Orchestrates Delivery 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.770621 PMID:34805176	研究论文	本研究通过CellCall方法基于围产期蜕膜的scRNA-seq数据重建了蜕膜细胞间的通信网络，并分析了其在分娩和母胎免疫耐受中的作用	首次系统地解码了围产期蜕膜中的细胞间通信网络及其内部级联反应，并探讨了其在分娩中的作用	NA	旨在理解妊娠维持和分娩过渡中蜕膜细胞间通信的机制	围产期蜕膜中的细胞间通信网络及其在分娩和母胎免疫耐受中的作用	数字病理学	妊娠相关疾病	scRNA-seq, 单细胞BCR/TCR测序	CellCall方法	单细胞RNA测序数据	围产期蜕膜样本
1076	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomic Analysis Revealed a Critical Role of SPP1/CD44-Mediated Crosstalk Between Macrophages and Cancer Cells in Glioma 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.779319 PMID:34805184	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析，揭示了高级别胶质瘤中SPP1/CD44介导的巨噬细胞与癌细胞间的交叉对话在肿瘤进展中的关键作用	本研究首次揭示了SPP1/CD44信号轴在高级别胶质瘤进展中的重要作用，并提出其作为潜在治疗靶点的可能性	NA	旨在识别驱动高级别胶质瘤肿瘤异质性的细胞和分子机制	高级别胶质瘤中的单细胞转录组	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	一个高级别胶质瘤样本
1077	2024-08-08	Dissecting the heterogeneity and tumorigenesis of BRCA1 deficient mammary tumors via single cell RNA sequencing 2021, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.63995 PMID:34815798	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了BRCA1缺陷型乳腺肿瘤的异质性及其肿瘤发生机制	本研究首次将BRCA1缺陷型乳腺肿瘤分为四个亚型，并揭示了肿瘤内异质性的主要原因，包括细胞增殖、DNA损伤反应/修复和上皮-间质转化（EMT）的活性差异	NA	全面阐明BRCA1缺陷型乳腺肿瘤的异质性及其肿瘤发生和进展的潜在机制	BRCA1缺陷型乳腺肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	来自敲除小鼠的乳腺腺体细胞和乳腺肿瘤细胞
1078	2024-08-08	Heterogeneity of cell composition and origin identified by single-cell transcriptomics in renal cysts of patients with autosomal dominant polycystic kidney disease 2021, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.57220 PMID:34815804	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了常染色体显性多囊肾病患者的肾囊肿细胞组成和来源	首次通过单细胞RNA测序揭示了多囊肾囊肿可能来源于集合管或同时来源于近端小管和亨利环，并发现不同来源的囊肿上皮细胞具有不同的基因集激活	研究样本仅来自一名患者，可能影响结果的普遍性	探索常染色体显性多囊肾病肾囊肿的细胞组成和来源	常染色体显性多囊肾病患者的肾囊肿	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	一名患者的正常肾组织和七个囊肿
1079	2024-08-08	Characterization of Alzheimer's Disease-Associated Excitatory Neurons via Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2021, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2021.742176 PMID:34819847	研究论文	本研究利用公开的单核RNA测序数据集，在5XFAD转基因模型和野生型小鼠中揭示了与阿尔茨海默病相关的兴奋性神经元群体（C3:Ex.Neuron）的特征	首次详细描述了阿尔茨海默病中神经元细胞群体的特征，并识别出一种先前未被发现的兴奋性神经元亚型（C3.1）	NA	探索阿尔茨海默病中神经元细胞群体的特征	阿尔茨海默病中的兴奋性神经元群体	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	5XFAD转基因模型和野生型小鼠
1080	2024-08-08	Development of an Autophagy-Based and Stemness-Correlated Prognostic Model for Hepatocellular Carcinoma Using Bulk and Single-Cell RNA-Sequencing 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.743910 PMID:34820373	研究论文	本研究开发了一种基于自噬和干细胞相关性的肝细胞癌预后模型，使用批量和单细胞RNA测序数据	首次结合批量和单细胞RNA测序数据，构建了基于自噬相关基因的肝细胞癌预后模型，并验证了其预测效能	研究仅在ICGC和TCGA数据库中验证了预后模型的效能，未来需在更多独立数据集中进行验证	开发和验证一种新的肝细胞癌预后模型，以提高患者生存预测的准确性	肝细胞癌（HCC）及其自噬相关基因和干细胞特性	数字病理学	肝细胞癌	RNA测序	LASSO回归分析	RNA测序数据	使用了ICGC和TCGA数据库中的数据，具体样本数量未在摘要中提及