单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1041	2024-08-08	Cell Differentiation Trajectory-Associated Molecular Classification of Osteosarcoma 2021-10-23, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12111685 PMID:34828292	研究论文	本研究旨在探讨骨肉瘤细胞的分化轨迹，并构建具有各自特征的分子亚型，生成预测预后的多基因签名	通过综合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序和微阵列数据，识别与骨肉瘤肿瘤干细胞相关的基因（OSCGs），并基于这些基因对骨肉瘤患者进行分子分型，成功预测了总体生存率、肿瘤微环境和免疫浸润状态	NA	研究骨肉瘤细胞的分化轨迹及其在肿瘤预后和微环境中的作用	骨肉瘤细胞及其分子亚型	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	使用来自骨肉瘤样本的多种数据进行分析
1042	2024-08-08	Accurate Single-Cell Clustering through Ensemble Similarity Learning 2021-10-22, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12111670 PMID:34828276	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞聚类算法，通过有效减少零膨胀噪声和准确估计细胞间相似性，能够在大规模单细胞测序数据中准确预测单细胞聚类	提出了一种基于不同相似性估计的集成相似性网络构建方法，并使用随机游走重启框架减少人工噪声	未提及具体限制	开发一种有效的计算方法，以准确预测单细胞聚类	单细胞测序数据中的单细胞聚类	生物信息学	NA	单细胞测序	集成相似性网络	单细胞测序数据	大规模单细胞测序数据
1043	2024-08-08	Single-Cell Analysis Using Machine Learning Techniques and Its Application to Medical Research 2021-Oct-21, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines9111513 PMID:34829742	综述	本文综述了机器学习技术在单细胞分析中的应用及其在医学研究中的重要性	介绍了机器学习技术如何解决单细胞分析中的批次效应和转录噪音等问题，并展示了其在单细胞多组学分析中的应用	未明确提及具体的研究限制	探讨机器学习技术在单细胞分析中的应用及其对医学研究的贡献	单细胞分析技术及其在癌症研究中的应用	机器学习	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习技术	单细胞数据	NA
1044	2024-08-08	Identification of Differentially Expressed Genes in Different Glioblastoma Regions and Their Association with Cancer Stem Cell Development and Temozolomide Response 2021-Oct-20, Journal of personalized medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jpm11111047 PMID:34834399	研究论文	本研究旨在识别与替莫唑胺（TMZ）耐药和胶质母细胞瘤（GBM）复发相关的潜在靶基因	通过基因集富集分析和蛋白质-蛋白质相互作用网络，识别了与肿瘤复发和TMZ耐药相关的新基因集	研究主要基于TCGA和本地队列的数据，可能存在样本选择的偏倚	识别与胶质母细胞瘤复发和替莫唑胺耐药相关的基因，为治疗提供新的分子策略	胶质母细胞瘤患者的基因表达数据	数字病理学	脑癌	基因表达谱分析	基因集富集分析	基因表达数据	包括TCGA的154个原发和13个复发肿瘤样本，本地队列的29个原发和4个复发肿瘤样本，以及Gene Expression Omnibus数据集的3589个单细胞RNA测序数据
1045	2024-08-08	Percutaneous Microwave Coagulation Therapy: A Promising Therapeutic Method for Breaking the Barrier of the Intertumor Heterogeneity 2021, Journal of healthcare engineering DOI:10.1155/2021/7773163 PMID:34840703	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析四名肺癌患者的肿瘤微环境，并使用经皮微波凝固疗法治疗，结果显示该疗法能有效应对肿瘤间异质性	首次研究经皮微波凝固疗法解决肿瘤间异质性的能力	样本量较小，仅限于四名肺癌患者	探讨经皮微波凝固疗法在应对肿瘤间异质性方面的效果	四名肺癌患者的肿瘤微环境	NA	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	四名肺癌患者
1046	2024-08-08	Novel omics technology driving translational research in precision oncology 2021, Advances in genetics DOI:10.1016/bs.adgen.2021.08.003 PMID:34844717	综述	本文总结了癌症研究面临的当前挑战，并推动使用新型基因组学解决方案，全面概述了三种最近的基因组学技术：液体活检、单细胞RNA测序和空间转录组学	介绍了三种新型基因组学技术及其在精准肿瘤学中的应用	NA	推动精准肿瘤学的转化研究	癌症及其相关基因组学技术	数字病理学	NA	液体活检、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因组数据	NA
1047	2024-08-08	The Roles of IL-7 and IL-15 in Niches for Lymphocyte Progenitors and Immune Cells in Lymphoid Organs 2021, Current topics in microbiology and immunology DOI:10.1007/978-3-030-86016-5_4 PMID:34850283	研究论文	本文探讨了IL-7和IL-15在淋巴组织中对淋巴细胞前体和免疫细胞的作用	建立了IL-7和IL-15报告鼠系，成功检测到这两种细胞因子的表达，并利用单细胞RNA测序分析了淋巴组织中不同亚群的基质细胞	仍需进一步研究以阐明哪些基质细胞在骨髓中作为ILCs和NK细胞早期前体的niche	研究IL-7和IL-15在淋巴组织中的作用及其对免疫细胞发育和维持的影响	IL-7和IL-15在淋巴组织中的表达及其功能	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用特定细胞类型敲除鼠进行分析
1048	2024-08-08	Optimized workflow for human PBMC multiomic immunosurveillance studies 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100900 PMID:34806044	研究论文	本文详细介绍了一种用于人类外周血单个核细胞多组学免疫监测研究的优化工作流程	该工作流程通过高维流式细胞术和单细胞RNA测序技术，减少了批次效应，提高了数据的可重复性和处理通量	NA	深入了解人类免疫系统在健康和疾病中的功能	人类外周血单个核细胞	数字病理学	NA	高维流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
1049	2024-08-08	Absence of ERAP1 in B Cells Increases Susceptibility to Central Nervous System Autoimmunity, Alters B Cell Biology, and Mechanistically Explains Genetic Associations between ERAP1 and Multiple Sclerosis 2021-12-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100813 PMID:34810226	研究论文	研究探讨了ERAP1基因在B细胞中的缺失如何增加中枢神经系统自身免疫的易感性，并揭示了ERAP1与多发性硬化症之间的遗传关联机制	首次通过多种小鼠模型和单细胞光谱流式细胞术，结合人类单细胞RNA测序数据的综合分析，揭示了ERAP1在B细胞中的作用及其与多发性硬化症的关联机制	NA	探究ERAP1基因多态性与多发性硬化症易感性增加的机制	ERAP1基因在B细胞中的作用及其对中枢神经系统自身免疫的影响	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	36个个体
1050	2024-08-08	Delayed antiretroviral therapy in HIV-infected individuals leads to irreversible depletion of skin- and mucosa-resident memory T cells 2021-12-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.10.021 PMID:34813775	研究论文	本文探讨了HIV感染者在接受抗逆转录病毒治疗（ART）后皮肤和黏膜中CD4组织驻留记忆T细胞的损耗情况及其对HPV相关癌症发展的影响	首次揭示了HIV感染者在接受晚期ART治疗后，皮肤和黏膜中CXCR3 Trm细胞的不可逆损失	研究样本量较小，且仅限于特定类型的HPV相关癌症	探究HIV感染者皮肤和黏膜中CD4 Trm细胞的损耗机制及其对HPV相关癌症发展的影响	HIV感染者的皮肤和黏膜中的CD4 Trm细胞	NA	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中明确
1051	2024-08-08	Epigenetically associated CCL20 upregulation correlates with esophageal cancer progression and immune disorder 2021-Dec, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2021.153683 PMID:34798484	研究论文	本文研究了趋化因子CCL20在食管癌中的表达及其与肿瘤进展和免疫紊乱的关系	首次揭示了CCL20通过表观遗传学机制上调，促进食管癌进展和免疫失调	NA	探讨CCL20在食管癌中的作用及其机制	食管癌患者的趋化因子表达及免疫细胞浸润	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	独立食管癌队列及模拟人类食管鳞状细胞癌发展的鼠模型
1052	2024-08-08	Transfer learning compensates limited data, batch effects and technological heterogeneity in single-cell sequencing 2021-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqab104 PMID:34805988	研究论文	本文提出了一种元迁移学习方法，用于在单细胞测序数据中补偿有限数据、批次效应和技术异质性	通过迁移分子模式识别模型从无关领域的大数据集中学习，克服了数据稀缺和数据异质性的问题	NA	探索小样本数据集中的迁移学习方法，以提高分子模式识别任务的性能	单细胞测序数据	机器学习	NA	下一代测序技术	元迁移学习模型	单细胞测序数据	小样本数据集
1053	2024-08-08	Scaling concepts in 'omics: Nuclear lamin-B scales with tumor growth and often predicts poor prognosis, unlike fibrosis 2021-11-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2112940118 PMID:34810266	研究论文	研究探讨了核层粘连蛋白-B与肿瘤生长之间的关系，并利用机器学习方法分析了其对患者生存预测的影响	首次发现核层粘连蛋白-B与肿瘤生长具有特定的基因-基因缩放指数，并能通过机器学习方法预测患者生存	研究主要集中在肿瘤类型和患者生存预测上，未涉及其他疾病或更广泛的生物学机制	探索核层粘连蛋白-B与肿瘤生长及患者预后之间的关系	核层粘连蛋白-B、肿瘤生长及患者生存	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	涉及32种肿瘤类型的数据
1054	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing of the Strongylocentrotus purpuratus larva reveals the blueprint of major cell types and nervous system of a non-chordate deuterostome 2021-11-25, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.70416 PMID:34821556	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了海胆早期浮游幼虫的细胞类型，揭示了其消化、骨骼、免疫和神经系统的主要细胞类型	首次通过scRNA-seq技术详细描绘了海胆幼虫的细胞多样性，并发现了海胆神经元与脊椎动物内分泌胰腺细胞共享的大量基因	NA	识别生物细胞类型的分子特征，以理解其功能和进化	海胆早期浮游幼虫的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	21个不同的细胞集群
1055	2024-08-08	Single-cell DNA and RNA sequencing of circulating tumor cells 2021-11-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-02165-7 PMID:34819539	研究论文	本文通过单细胞DNA和RNA测序技术研究循环肿瘤细胞，以精确展现肿瘤异质性并提供癌症治疗和研究的有用信息	采用多种全基因组扩增（WGA）和全转录组扩增（WTA）方法，特别是基于多重置换扩增（MDA）的方法，显示出较高的扩增效率和覆盖深度	基于MDA的WTA方法在扩增mRNA时效果较差，并显示出非特异性基因表达模式	开发一种更可靠和适应性强的方法，用于单细胞水平上的循环肿瘤细胞（CTC）分析	循环肿瘤细胞的单细胞DNA和RNA	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	DNA和RNA	使用了来自健康志愿者的血液样本，并掺入了TGW神经母细胞瘤细胞
1056	2024-08-08	Single-cell transcriptome profiling reveals intratumoural heterogeneity and malignant progression in retinoblastoma 2021-11-23, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-021-04390-4 PMID:34815392	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了视网膜母细胞瘤的肿瘤内异质性和恶性进展机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了视网膜母细胞瘤中的两种主要细胞类型及其在恶性进展中的作用	NA	探究视网膜母细胞瘤的肿瘤内异质性和恶性进展机制	视网膜母细胞瘤中的细胞类型及其在恶性进展中的作用	数字病理学	视网膜母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	14,739个细胞来自两个视网膜母细胞瘤样本
1057	2024-08-08	Autoreactive T cell receptors with shared germline-like α chains in type 1 diabetes 2021-11-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.151349 PMID:34806648	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术在1型糖尿病患者的胰岛自身抗原反应性CD4+记忆T细胞中鉴定出一类共享TCRα链的T细胞受体	发现了一类在个体间共享的TCRα链，这些TCR序列更接近胚系，且具有较短的连接序列，表明随机核苷酸插入较少	NA	探讨1型糖尿病中胰岛自身抗原反应性T细胞的TCR特性及其在疾病机制中的作用	1型糖尿病患者的胰岛自身抗原反应性CD4+记忆T细胞及其TCR	NA	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	TCR序列	从健康、新发和已建立的1型糖尿病供体血液中分离的2767个单个细胞
1058	2024-08-08	Single-cell transcriptome identifies molecular subtype of autism spectrum disorder impacted by de novo loss-of-function variants regulating glial cells 2021-11-21, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-021-00368-7 PMID:34802461	研究论文	本研究通过整合大规模脑单细胞转录组数据和自发性失功能（LOF）ASD变异，探讨了ASD相关基因在时空和细胞类型表达上的模式	首次揭示了ASD相关基因在非神经细胞类型中的转录调控限制，并提出这些细胞类型在ASD发病机制中的潜在作用	NA	探究自闭症谱系障碍（ASD）的分子基础，特别是从'脑到行为'的致病机制角度	自闭症谱系障碍（ASD）相关基因的时空和细胞类型表达模式	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组	NA	转录组数据	超过百万个脑细胞，40,122个病例中的852个基因
1059	2024-08-08	Spatial transcriptomics reveals gene expression characteristics in invasive micropapillary carcinoma of the breast 2021-11-20, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-021-04380-6 PMID:34799559	研究论文	本研究通过空间转录组测序分析了四份新鲜冷冻的浸润性微乳头状癌样本，首次绘制了其转录组图谱，揭示了其广泛的异质性及其与代谢重编程的关联	本研究首次通过空间转录组技术揭示了浸润性微乳头状癌的转录组特征，发现了与淋巴结转移和患者生存相关的SREBF1基因高表达	NA	探索浸润性微乳头状癌的肿瘤间和肿瘤内异质性，并寻找新的诊断和治疗标志物	浸润性微乳头状癌的转录组特征及其与代谢重编程的关联	数字病理学	乳腺癌	空间转录组测序	NA	转录组数据	四份新鲜冷冻的浸润性微乳头状癌样本
1060	2024-08-08	Automated annotation of rare-cell types from single-cell RNA-sequencing data through synthetic oversampling 2021-Nov-19, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04469-x PMID:34798805	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的过采样方法，通过使用已识别的稀有细胞的基因表达计数作为输入，生成合成细胞，以在其他公开可用的实验中识别类似的稀有细胞。	提出了一种基于机器学习的过采样方法，使用单细胞合成过采样（sc-SynO）技术，该技术基于Localized Random Affine Shadowsampling（LoRAS）算法，能够纠正少数类和多数类之间的总体不平衡比率。	NA	旨在开发一种自动化、无偏见且准确的稀有亚群细胞注释方法。	稀有细胞亚群的自动注释。	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	Localized Random Affine Shadowsampling（LoRAS）算法	基因表达数据	三个独立用例，分别包含17个核（8635个核中）、较低不平衡比率的数据（约1比26）以及超过100万个细胞的Allen脑图谱数据。