单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1041	2024-08-08	Scaling concepts in 'omics: Nuclear lamin-B scales with tumor growth and often predicts poor prognosis, unlike fibrosis 2021-11-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2112940118 PMID:34810266	研究论文	研究探讨了核层粘连蛋白-B与肿瘤生长之间的关系，并利用机器学习方法分析了其对患者生存预测的影响	首次发现核层粘连蛋白-B与肿瘤生长具有特定的基因-基因缩放指数，并能通过机器学习方法预测患者生存	研究主要集中在肿瘤类型和患者生存预测上，未涉及其他疾病或更广泛的生物学机制	探索核层粘连蛋白-B与肿瘤生长及患者预后之间的关系	核层粘连蛋白-B、肿瘤生长及患者生存	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	涉及32种肿瘤类型的数据
1042	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing of the Strongylocentrotus purpuratus larva reveals the blueprint of major cell types and nervous system of a non-chordate deuterostome 2021-11-25, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.70416 PMID:34821556	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了海胆早期浮游幼虫的细胞类型，揭示了其消化、骨骼、免疫和神经系统的主要细胞类型	首次通过scRNA-seq技术详细描绘了海胆幼虫的细胞多样性，并发现了海胆神经元与脊椎动物内分泌胰腺细胞共享的大量基因	NA	识别生物细胞类型的分子特征，以理解其功能和进化	海胆早期浮游幼虫的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	21个不同的细胞集群
1043	2024-08-08	Single-cell DNA and RNA sequencing of circulating tumor cells 2021-11-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-02165-7 PMID:34819539	研究论文	本文通过单细胞DNA和RNA测序技术研究循环肿瘤细胞，以精确展现肿瘤异质性并提供癌症治疗和研究的有用信息	采用多种全基因组扩增（WGA）和全转录组扩增（WTA）方法，特别是基于多重置换扩增（MDA）的方法，显示出较高的扩增效率和覆盖深度	基于MDA的WTA方法在扩增mRNA时效果较差，并显示出非特异性基因表达模式	开发一种更可靠和适应性强的方法，用于单细胞水平上的循环肿瘤细胞（CTC）分析	循环肿瘤细胞的单细胞DNA和RNA	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	DNA和RNA	使用了来自健康志愿者的血液样本，并掺入了TGW神经母细胞瘤细胞
1044	2024-08-08	Single-cell transcriptome profiling reveals intratumoural heterogeneity and malignant progression in retinoblastoma 2021-11-23, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-021-04390-4 PMID:34815392	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了视网膜母细胞瘤的肿瘤内异质性和恶性进展机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了视网膜母细胞瘤中的两种主要细胞类型及其在恶性进展中的作用	NA	探究视网膜母细胞瘤的肿瘤内异质性和恶性进展机制	视网膜母细胞瘤中的细胞类型及其在恶性进展中的作用	数字病理学	视网膜母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	14,739个细胞来自两个视网膜母细胞瘤样本
1045	2024-08-08	Autoreactive T cell receptors with shared germline-like α chains in type 1 diabetes 2021-11-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.151349 PMID:34806648	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术在1型糖尿病患者的胰岛自身抗原反应性CD4+记忆T细胞中鉴定出一类共享TCRα链的T细胞受体	发现了一类在个体间共享的TCRα链，这些TCR序列更接近胚系，且具有较短的连接序列，表明随机核苷酸插入较少	NA	探讨1型糖尿病中胰岛自身抗原反应性T细胞的TCR特性及其在疾病机制中的作用	1型糖尿病患者的胰岛自身抗原反应性CD4+记忆T细胞及其TCR	NA	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	TCR序列	从健康、新发和已建立的1型糖尿病供体血液中分离的2767个单个细胞
1046	2024-08-08	Single-cell transcriptome identifies molecular subtype of autism spectrum disorder impacted by de novo loss-of-function variants regulating glial cells 2021-11-21, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-021-00368-7 PMID:34802461	研究论文	本研究通过整合大规模脑单细胞转录组数据和自发性失功能（LOF）ASD变异，探讨了ASD相关基因在时空和细胞类型表达上的模式	首次揭示了ASD相关基因在非神经细胞类型中的转录调控限制，并提出这些细胞类型在ASD发病机制中的潜在作用	NA	探究自闭症谱系障碍（ASD）的分子基础，特别是从'脑到行为'的致病机制角度	自闭症谱系障碍（ASD）相关基因的时空和细胞类型表达模式	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组	NA	转录组数据	超过百万个脑细胞，40,122个病例中的852个基因
1047	2024-08-08	Spatial transcriptomics reveals gene expression characteristics in invasive micropapillary carcinoma of the breast 2021-11-20, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-021-04380-6 PMID:34799559	研究论文	本研究通过空间转录组测序分析了四份新鲜冷冻的浸润性微乳头状癌样本，首次绘制了其转录组图谱，揭示了其广泛的异质性及其与代谢重编程的关联	本研究首次通过空间转录组技术揭示了浸润性微乳头状癌的转录组特征，发现了与淋巴结转移和患者生存相关的SREBF1基因高表达	NA	探索浸润性微乳头状癌的肿瘤间和肿瘤内异质性，并寻找新的诊断和治疗标志物	浸润性微乳头状癌的转录组特征及其与代谢重编程的关联	数字病理学	乳腺癌	空间转录组测序	NA	转录组数据	四份新鲜冷冻的浸润性微乳头状癌样本
1048	2024-08-08	Automated annotation of rare-cell types from single-cell RNA-sequencing data through synthetic oversampling 2021-Nov-19, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04469-x PMID:34798805	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的过采样方法，通过使用已识别的稀有细胞的基因表达计数作为输入，生成合成细胞，以在其他公开可用的实验中识别类似的稀有细胞。	提出了一种基于机器学习的过采样方法，使用单细胞合成过采样（sc-SynO）技术，该技术基于Localized Random Affine Shadowsampling（LoRAS）算法，能够纠正少数类和多数类之间的总体不平衡比率。	NA	旨在开发一种自动化、无偏见且准确的稀有亚群细胞注释方法。	稀有细胞亚群的自动注释。	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	Localized Random Affine Shadowsampling（LoRAS）算法	基因表达数据	三个独立用例，分别包含17个核（8635个核中）、较低不平衡比率的数据（约1比26）以及超过100万个细胞的Allen脑图谱数据。
1049	2024-08-08	Self-organization of human dorsal-ventral forebrain structures by light induced SHH 2021-11-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26881-w PMID:34799555	research paper	本文通过设计一系列光遗传学ePiggyBac载体，表达光活化Cre-loxP重组酶，利用蓝光刺激人胚胎干细胞(hESCs)，系统地诱导胚胎组织中心结构，实现了人胚胎干细胞中背腹前脑结构的自组织	利用光遗传学技术在人胚胎干细胞模型中系统地诱导胚胎组织中心结构，实现了背腹前脑结构的自组织	NA	系统研究人胚胎组织中心	人胚胎干细胞中的背腹前脑结构	NA	NA	光遗传学	NA	scRNA-seq	NA
1050	2024-08-08	Capturing hidden regulation based on noise change of gene expression level from single cell RNA-seq in yeast 2021-11-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-01558-y PMID:34799619	研究论文	本文研究了通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的噪声变化来捕捉酵母中基因表达水平的隐藏调控	提出了一种新的网络估计策略，通过噪声差异比较来捕捉补偿性交互作用	仅限于研究STP1和STP2基因的单删除对噪声变化的影响	探索通过scRNA-seq中的噪声变化来识别基因调控网络中的补偿性交互作用	酵母中的基因调控网络和功能补偿机制	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
1051	2024-08-08	Myeloid cell subsets that express latency-associated peptide promote cancer growth by modulating T cells 2021-Nov-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103347 PMID:34820606	研究论文	本文研究了表达潜伏相关肽（LAP）的骨髓细胞通过调节T细胞促进肿瘤生长的机制	首次揭示了LAP骨髓细胞通过刺激Foxp3 Tregs并抑制效应T细胞的增殖和功能来促进肿瘤生长的新功能	文中提到的机制尚未完全阐明	识别LAP骨髓细胞促进肿瘤生长的新功能，并探索针对这些细胞的癌症治疗干预措施	表达LAP的骨髓细胞及其在肿瘤生长中的作用	NA	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	文中未具体说明样本数量
1052	2024-08-08	Single-cell analysis of diverse immune phenotypes in malignant pleural effusion 2021-11-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-27026-9 PMID:34795282	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了非小细胞肺癌引起的恶性胸腔积液（MPE）中62,382个细胞的免疫表型多样性	首次详细描述了MPE中浸润免疫细胞的组成、谱系和功能状态，并发现了MPE中免疫细胞的转录特征和细胞间相互作用的新模式	NA	揭示恶性胸腔积液中免疫细胞的详细图谱，并增强对晚期非小细胞肺癌潜在诊断和治疗靶点的理解	非小细胞肺癌引起的恶性胸腔积液中的免疫细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	62,382个细胞
1053	2024-08-08	Discriminative feature of cells characterizes cell populations of interest by a small subset of genes 2021-11, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1009579 PMID:34797848	研究论文	本文提出了一种新的细胞识别特征（DFC）方法，用于通过一小部分基因来表征感兴趣的细胞群体	DFC方法通过使用带有自适应LASSO惩罚的逻辑回归进行二元分类和变量选择，能够优先考虑具有非独立表达的基因对，并有效捕捉细胞类型特异性标记	DFC方法主要针对单细胞分析中的大样本量问题，可能不适用于所有类型的细胞分类任务	提出一种新的细胞识别方法，以替代传统的基于差异表达基因（DEG）的分析方法	研究对象为细胞群体及其特异性标记基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	逻辑回归	基因表达数据	文中未明确提及具体样本数量
1054	2024-08-08	Müller glial responses compensate for degenerating photoreceptors in retinitis pigmentosa 2021-11, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-021-00693-w PMID:34799683	研究论文	本研究利用单细胞转录组学方法，探讨了视网膜色素变性模型（P23H）小鼠与野生型同窝小鼠中各主要视网膜细胞类型的细胞反应	发现Müller胶质细胞/星形胶质细胞簇中与视网膜维持相关的基因表达显著增加，表明Müller胶质细胞通过调整其转录组来支持视网膜细胞，这可能成为保护视网膜免于退化的潜在治疗靶点	NA	研究视网膜色素变性中视网膜细胞对视网膜细胞异常的反应	视网膜色素变性模型（P23H）小鼠与野生型同窝小鼠的视网膜细胞	数字病理学	视网膜色素变性	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	视网膜色素变性模型（P23H）小鼠与野生型同窝小鼠
1055	2024-08-08	Landscape of Hopx expression in cells of the immune system 2021-Nov, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2021.e08311 PMID:34805566	研究论文	本文报道了在稳态条件下，多种免疫细胞中Hopx表达的综合模式	首次全面描述了Hopx在特定免疫细胞亚群中的组成性表达	Hopx在常规树突状细胞和嗜酸性粒细胞中的表达未被研究	阐明Hopx在免疫细胞中的表达模式及其在多种免疫条件下的潜在作用	CD4和CD8 T细胞、B细胞、自然杀伤细胞、NKT细胞和髓系细胞中的Hopx表达	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术分析	NA	RNA	多种类型的免疫细胞
1056	2024-08-08	Gene regulatory network analysis identifies key genes and regulatory mechanisms involved in acute myocardial infarction using bulk and single cell RNA-seq data 2021-09-09, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2021386 PMID:34814275	研究论文	本研究利用批量和单细胞RNA测序数据分析基因调控网络，识别急性心肌梗死中的关键基因和调控机制	本研究首次结合批量和单细胞RNA测序数据构建基因调控网络和细胞间通信网络，揭示了PLAUR在心肌细胞响应缺氧中的重要作用	研究主要基于转录组数据，未涉及蛋白质水平或其他生物标志物的验证	识别急性心肌梗死的分子生物标志物，为诊断和预后提供候选关键调控基因	急性心肌梗死中的关键基因和调控机制	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	基因调控网络	RNA测序数据	STEMI和NSTEMI患者的全血样本
1057	2024-08-08	MapCell: Learning a Comparative Cell Type Distance Metric With Siamese Neural Nets With Applications Toward Cell-Type Identification Across Experimental Datasets 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.767897 PMID:34796179	研究论文	本文介绍了一种使用孪生神经网络（SNN）学习比较细胞类型距离度量（MapCell）的方法，并展示了其在跨实验数据集的细胞类型识别中的应用	提出了一种基于深度度量学习的方法，使用孪生神经网络来捕捉细胞间的相似性，并促进不同实验间细胞类型注释的转移	NA	探索深度度量学习方法在跨实验数据集细胞类型识别中的应用	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集中的细胞类型	机器学习	NA	scRNA-seq	孪生神经网络（SNN）	数据集	小规模训练集
1058	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing deconvolutes the in vivo heterogeneity of human bone marrow-derived mesenchymal stem cells 2021, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.61950 PMID:34803492	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术解析了人骨髓来源间充质干细胞的细胞异质性	首次系统地剖析了人骨髓来源间充质干细胞的细胞亚型，揭示了其细胞异质性及其在维持骨骼稳态中的作用	NA	探究人骨髓来源间充质干细胞的转录多样性	人骨髓来源间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	来自两名人类受试者的CD271骨髓单个核细胞
1059	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Heterogeneity of Tumor-Associated Macrophage in Non-Small Cell Lung Cancer and Differences Between Sexes 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.756722 PMID:34804043	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了非小细胞肺癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其在性别间的差异	首次在单细胞水平上详细分析了非小细胞肺癌中肿瘤相关巨噬细胞的亚型组成和功能异质性，并比较了性别对其的影响	研究仅限于早期吸烟的非小细胞肺癌患者，可能无法完全代表所有非小细胞肺癌患者的情况	阐明非小细胞肺癌中肿瘤相关巨噬细胞的亚型组成和功能异质性，并探讨性别对其的影响	非小细胞肺癌中的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	早期吸烟的非小细胞肺癌患者
1060	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals a Tumor-Reactive T Cell Signature Associated With Clinical Outcome and Immunotherapy Response In Melanoma 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.758288 PMID:34804045	研究论文	本研究通过整合分析三个黑色素瘤中T细胞的单细胞RNA测序数据集，揭示了肿瘤微环境中T细胞的广泛异质性功能状态，并识别出表达肿瘤反应性标记和T细胞激活标志的肿瘤反应性T细胞亚群	本研究首次开发并验证了一个与临床结果和免疫治疗反应显著相关的肿瘤反应性T细胞相关标志（TRS），该标志在预测免疫治疗反应方面优于CD8+ T细胞浸润水平和先前发表的预后相关标志	NA	旨在识别肿瘤反应性T细胞并开发一个与临床结果和免疫治疗反应相关的标志	黑色素瘤中的T细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个黑色素瘤T细胞数据集及四个外部独立队列