单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 1001 - 1020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1001 | 2024-08-08 |
Inferring Differential Networks by Integrating Gene Expression Data With Additional Knowledge
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.760155
PMID:34858477
|
研究论文 | 本研究提出了一种名为加权联合稀疏惩罚D-trace模型（WJSDM）的框架，通过整合多平台基因表达数据和多种先验生物学知识来推断差异基因网络 | 本研究的创新点在于采用非参数正态图形模型处理含有缺失值的基因表达数据，并提出加权组桥惩罚方法整合多平台基因表达数据和多种现有生物学知识 | 本研究的主要限制在于依赖于高吞吐量基因表达数据的积累，以及单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的稀疏性和高噪声率 | 研究目的是通过计算方法推断两种不同状态或细胞类型之间的基因网络变化 | 研究对象包括卵巢癌和前列腺癌的基因表达数据，以及循环肿瘤细胞的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 卵巢癌，前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 加权联合稀疏惩罚D-trace模型（WJSDM） | 基因表达数据 | 涉及卵巢癌和前列腺癌的基因表达数据及循环肿瘤细胞的单细胞RNA测序数据 |
| 1002 | 2024-08-08 |
Cancer-specific type-I interferon receptor signaling promotes cancer stemness and effector CD8+ T-cell exhaustion
2021, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2021.1997385
PMID:34858725
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研究论文 | 本文研究了癌症特异性I型干扰素受体信号在头颈部鳞状细胞癌中的作用，发现其促进癌症干细胞性和效应CD8+ T细胞耗竭 | 首次揭示了癌症特异性I型干扰素受体信号在癌症干细胞性和免疫检查点受体配体高表达中的作用 | 研究仅限于头颈部鳞状细胞癌，可能不适用于其他类型的癌症 | 探讨I型干扰素信号在癌症中的双重功能及其对免疫反应的影响 | 头颈部鳞状细胞癌患者及同基因肿瘤模型 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 组织微阵列，单细胞RNA序列数据 | 195名头颈部鳞状细胞癌患者 |
| 1003 | 2024-08-08 |
Topical Application of Temperature-Sensitive Gel Containing Caerin 1.1 and 1.9 Peptides on TC-1 Tumour-Bearing Mice Induced High-Level Immune Response in the Tumour Microenvironment
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.754770
PMID:34858827
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研究论文 | 本研究展示了含有caerin 1.1和1.9肽的温度敏感凝胶局部应用于TC-1肿瘤携带小鼠，显著改善肿瘤微环境并增强免疫反应 | 本研究首次证明了caerin 1.1和1.9肽凝胶能够通过局部应用显著减少肿瘤重量，并增强肿瘤微环境中的免疫激活 | NA | 开发能够增强肿瘤浸润淋巴细胞对肿瘤和慢性病毒感染相关病变的免疫激活的局部药物 | TC-1肿瘤携带小鼠 | NA | 肿瘤 | 单细胞转录组分析, TMT10plex标记蛋白质组定量 | NA | 蛋白质, 转录组 | TC-1肿瘤携带小鼠 |
| 1004 | 2024-08-08 |
The Identification of a Tumor Infiltration CD8+ T-Cell Gene Signature That Can Potentially Improve the Prognosis and Prediction of Immunization Responses in Papillary Renal Cell Carcinoma
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.757641
PMID:34858833
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据筛选与肿瘤浸润CD8+ T细胞相关的差异表达基因，构建并验证了一个与肿瘤浸润CD8+ T细胞相关的预后基因签名，用于评估乳头状肾细胞癌（papRCC）的预后和免疫治疗反应。 | 本研究构建了一个新的基因签名，能够评估乳头状肾细胞癌的预后和免疫治疗反应，为该疾病的治疗提供了潜在的治疗靶点。 | NA | 评估肿瘤浸润CD8+ T细胞在乳头状肾细胞癌中的作用，以及其在预后评估和免疫治疗反应中的应用。 | 乳头状肾细胞癌（papRCC）中的肿瘤浸润CD8+ T细胞及其相关的基因表达。 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 621个细胞死亡抑制RNA基因 |
| 1005 | 2024-08-08 |
The Transcriptional Differences of Avian CD4+CD8+ Double-Positive T Cells and CD8+ T Cells From Peripheral Blood of ALV-J Infected Chickens Revealed by Smart-Seq2
2021, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2021.747094
PMID:34858872
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研究论文 | 本研究使用Smart-Seq2 scRNA-seq技术比较了ALV-J感染鸡的外周血单个核细胞中CD8和CD4CD8双阳性T细胞亚群的转录差异 | 首次比较了鸡外周血单个核细胞中表达CD8受体的T细胞亚群的差异，并揭示了CD8 αα T细胞在应对ALV-J感染中的重要作用 | NA | 研究鸡外周血单个核细胞中不同T细胞亚群在ALV-J感染中的转录差异 | 鸡的CD8 T细胞和CD4CD8双阳性T细胞 | 数字病理学 | 禽类疾病 | Smart-Seq2 scRNA-seq | NA | 转录组数据 | ALV-J感染鸡的外周血单个核细胞 |
| 1006 | 2024-08-08 |
Revisit the Cellular Transmission and Emerging Techniques in Understanding the Mechanisms of Proteinopathies
2021, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2021.781722
PMID:34867177
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研究论文 | 本文重新探讨了Aβ和α-synuclein在细胞间传递机制及其在神经退行性疾病中的作用，并总结了近期从不同角度进行的单细胞转录组测序研究 | 利用单细胞RNA测序技术深入解析了神经系统中的基因表达模式和信号通路 | NA | 探讨Aβ和α-synuclein的细胞间传递机制及其在神经退行性疾病中的作用 | Aβ和α-synuclein的病理聚集和传播机制 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1007 | 2024-08-08 |
Identification of Genetic Predisposition in Noncirrhotic Portal Hypertension Patients With Multiple Renal Cysts by Integrated Analysis of Whole-Genome and Single-Cell RNA Sequencing
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.775470
PMID:34868264
|
研究论文 | 本研究通过综合分析全基因组和单细胞RNA测序数据，探索非肝硬化性门脉高压伴多囊肾患者中的潜在候选变异/基因 | 本研究首次整合全基因组测序和公开的单细胞RNA测序数据，优先筛选与非肝硬化性门脉高压伴多囊肾相关的潜在候选基因 | 研究样本量较小，且依赖于公开的单细胞RNA测序数据 | 探索非肝硬化性门脉高压伴多囊肾患者的潜在遗传影响因素和/或决定因素 | 非肝硬化性门脉高压伴多囊肾患者 | 基因组学 | 非肝硬化性门脉高压 | 全基因组测序（WGS），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据，单细胞RNA测序数据 | 8,295名肝硬化伴门脉高压患者和267名非肝硬化性门脉高压患者 |
| 1008 | 2024-08-08 |
Vascular Regulation of Hematopoietic Stem Cell Homeostasis, Regeneration, and Aging
2021, Current stem cell reports
IF:2.3Q4
DOI:10.1007/s40778-021-00198-2
PMID:34868826
|
综述 | 本文综述了骨髓微环境中血管内皮细胞在调节造血干细胞活性、健康和应激反应中的中心作用 | 近期动态成像研究结合单细胞RNA测序和功能性检测，增进了对支持造血干细胞的细胞类型及其在稳态、再生和衰老期间调控干细胞命运的协同机制的理解 | NA | 旨在理解造血干细胞与骨髓血管微环境之间的空间互作和分子机制，以开发改善血液疾病和促进健康造血的治疗方法 | 造血干细胞及其在骨髓微环境中的调节机制 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1009 | 2024-08-08 |
Identification of Prognostic Biomarkers Originating From the Tumor Stroma of Betel Quid-Associated Oral Cancer Tissues
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.769665
PMID:34869001
|
研究论文 | 本研究通过基因集富集分析和免疫组织化学等方法，揭示了槟榔相关口腔癌组织中肿瘤基质来源的预后生物标志物。 | 首次在槟榔相关口腔癌中识别出肿瘤基质来源的TGFBI和HYAL1作为独立的预后生物标志物。 | 研究样本仅限于台湾地区的槟榔使用者，可能限制了结果的普遍性。 | 识别槟榔相关口腔癌中的预后生物标志物，以改善口腔癌的控制。 | 槟榔相关口腔癌组织中的肿瘤基质细胞及其分子标志物。 | 数字病理学 | 口腔癌 | 基因集富集分析 | Cox比例风险模型 | 转录组数据 | 40例台湾口腔癌组织样本 |
| 1010 | 2024-08-08 |
Deconvolution of Bulk Gene Expression Profiles with Single-Cell Transcriptomics to Develop a Cell Type Composition-Based Prognostic Model for Acute Myeloid Leukemia
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.762260
PMID:34869351
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学数据，利用CIBERSORT算法构建了一个基于细胞类型组成的急性髓系白血病（AML）预后模型，称为CTC评分。 | 首次基于AML患者外周血或骨髓抽吸物的细胞类型组成（CTCs）建立预后模型。 | NA | 开发一种基于细胞类型组成的AML预后模型，以辅助临床制定个性化治疗方案。 | 急性髓系白血病（AML）患者的预后评估。 | 数字病理学 | 白血病 | CIBERSORT算法 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 两个公共数据集（GSE6891和TCGA-LAML）中的患者数据，以及一个AML单细胞RNA测序数据集（GSE116256）。 |
| 1011 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Defines the Regulation of Spermatogenesis by Sertoli-Cell Androgen Signaling
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.763267
PMID:34869354
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序技术，分析了野生型和Sertoli细胞缺乏雄激素受体的小鼠睾丸中的细胞类型和转录变化，揭示了Sertoli细胞中雄激素信号调控精子发生的分子机制 | 本研究首次通过单细胞转录组测序技术，揭示了Sertoli细胞中雄激素受体信号调控精子发生的细胞特异性靶点和相关基因及信号通路 | NA | 探索Sertoli细胞中雄激素受体信号调控精子发生的分子和细胞过程 | 野生型和Sertoli细胞缺乏雄激素受体的小鼠睾丸中的细胞类型和转录变化 | 数字病理学 | 男性不育 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组 | 野生型和Sertoli细胞缺乏雄激素受体的小鼠睾丸样本 |
| 1012 | 2024-08-08 |
Integrative Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq Analysis of Peripheral Mononuclear Cells in Patients With Ankylosing Spondylitis
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.760381
PMID:34880858
|
研究论文 | 本文通过整合单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq），探讨了强直性脊柱炎（AS）发病相关的关键基因及其机制 | 发现了与AS进展相关的病原基因NFKB来源于CD8+ T细胞，并揭示了NFKB异常调控FOS、JUN和JUNB的可能机制 | NA | 构建遗传学研究与生物靶向治疗之间的桥梁 | 强直性脊柱炎患者的外周单核细胞 | 数字病理学 | 强直性脊柱炎 | 单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列，染色质可及性数据 | 强直性脊柱炎患者和正常对照的外周单核细胞中鉴定出18种细胞类型 |
| 1013 | 2024-08-08 |
Identification of KLF6/PSGs and NPY-Related USF2/CEACAM Transcriptional Regulatory Networks via Spinal Cord Bulk and Single-Cell RNA-Seq Analysis
2021, Disease markers
DOI:10.1155/2021/2826609
PMID:34880956
|
研究论文 | 本研究通过脊髓bulk和单细胞RNA-Seq分析，识别了KLF6/PSGs和NPY相关的USF2/CEACAM转录调控网络 | 本研究首次通过单细胞分析识别了USF2/CEACAM1&5和KLF6/PSG3&5转录调控网络 | NA | 进一步理解脊髓发育的转录特征 | 新生小鼠脊髓的V2a中间神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | Seurat包 | 单细胞RNA测序数据 | 共筛选了949个细胞 |
| 1014 | 2024-08-08 |
Roseburia intestinalis: A Beneficial Gut Organism From the Discoveries in Genus and Species
2021, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2021.757718
PMID:34881193
|
综述 | 本文综述了Roseburia intestinalis这一厌氧、革兰氏阳性、略弯曲的杆状鞭毛细菌在肠道中的作用及其在多种疾病治疗中的潜在价值 | 近期在初级培养技术、培养组学、单细胞测序和代谢组学技术上的进步提高了对Roseburia intestinalis的研究，揭示了其在人类健康和疾病治疗中的益处 | NA | 探讨Roseburia intestinalis在人类疾病治疗中的潜在作用 | Roseburia intestinalis及其在肠道炎症、能量稳态和多种疾病中的作用 | NA | 炎症性肠病, 2型糖尿病, 抗磷脂综合征, 动脉粥样硬化 | 初级培养技术, 培养组学, 单细胞测序, 代谢组学 | NA | NA | NA |
| 1015 | 2024-08-08 |
Isolation of dental pulp and periodontal cells from human teeth for single-cell RNA sequencing
2021-12-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100953
PMID:34825216
|
研究论文 | 本文描述了一种从人类牙齿中分离牙髓和牙周细胞进行单细胞RNA测序分析的协议 | 提出了一个用于分离牙髓和牙周组织细胞的协议，以便进行单细胞RNA测序分析 | NA | 研究牙髓和牙周组织在多种病理影响下的细胞特性 | 人类牙髓和牙周组织细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1016 | 2024-08-08 |
Optimized protocol for isolation of high-quality single cells from the female mouse reproductive tract tissues for single-cell RNA sequencing
2021-12-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100970
PMID:34841281
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研究论文 | 本文描述了一种优化的协议，用于从雌性小鼠生殖道组织中分离高质量的单细胞，以进行单细胞RNA测序 | 提出了针对雌性生殖道不同区域的独特单细胞制备方法，以生成完整的分子细胞图谱 | NA | 研究正常生理和疾病状态下的分子细胞图谱 | 雌性小鼠生殖道的单细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 不同雌性小鼠生殖道区域的单细胞 |
| 1017 | 2024-08-08 |
Protocol for scChaRM-seq: Simultaneous profiling of gene expression, DNA methylation, and chromatin accessibility in single cells
2021-12-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100972
PMID:34849489
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scChaRM-seq的单细胞多组学测序技术，该技术能够同时分析单细胞中的基因表达、DNA甲基化和染色质可及性 | scChaRM-seq技术结合了单细胞RNA测序、DNA甲基化和染色质可及性分析，提供了对单细胞功能和表观遗传调控的多模态理解 | NA | 开发和应用scChaRM-seq技术以研究单个人卵细胞中的DNA甲基化及其与转录和染色质可及性的关系 | 单个人卵细胞中的DNA甲基化、转录和染色质可及性 | 基因组学 | NA | scChaRM-seq | NA | 基因表达、DNA甲基化、染色质可及性数据 | 单个人卵细胞 |
| 1018 | 2024-08-08 |
Prognostic value of metabolic signature on 18F-FDGuptake in breast cancer patients after radiotherapy
2021-Dec-17, Molecular therapy oncolytics
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.omto.2021.10.008
PMID:34853812
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研究论文 | 本研究旨在通过利用公共数据集的mRNA表达谱，识别与放射治疗后乳腺癌患者葡萄糖摄取相关的预后基因特征 | 首次构建并验证了与放射治疗后乳腺癌患者葡萄糖摄取相关的预后基因特征 | NA | 研究放射治疗后乳腺癌患者的葡萄糖摄取特征的预后价值 | 放射治疗后的乳腺癌患者 | NA | 乳腺癌 | 单样本基因集富集分析（ssGSEA） | NA | mRNA表达谱 | 三个放射治疗后乳腺癌队列（GSE103744、NKI和FUSCC数据库）以及五个乳腺癌患者的单细胞RNA测序数据库 |
| 1019 | 2024-08-08 |
Systematic temporal analysis of peripheral blood transcriptomes using TrendCatcher identifies early and persistent neutrophil activation as a hallmark of severe COVID-19
2021-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2021.05.04.442617
PMID:34845446
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研究论文 | 本研究开发了一个开源R包TrendCatcher，用于识别和可视化纵向转录组数据中的动态转录基因特征和生物过程 | TrendCatcher应用平滑样条ANOVA模型和断点搜索策略，优化了时间序列转录组数据的分析方法 | NA | 研究COVID-19疾病进展中的基因表达变化，以识别早期生物标志物和潜在的治疗靶点 | COVID-19患者的外周血转录组 | 生物信息学 | COVID-19 | RNA-seq | 平滑样条ANOVA模型 | 转录组数据 | 包括bulk RNA-seq和scRNA-seq的时间序列数据 |
| 1020 | 2024-08-08 |
Evolution of synapses and neurotransmitter systems: The divide-and-conquer model for early neural cell-type evolution
2021-12, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2021.11.002
PMID:34826676
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综述 | 本文综述了非两侧对称动物中神经分子进化的当前理解，并通过重新分析刺胞动物的单细胞测序数据，揭示了其与两侧对称动物神经元类型的同源性证据 | 提出了Unc13-RIM神经元可能存在于最早的真后生动物中，并在两侧对称动物的进化中占据主导地位的假设 | NA | 探讨神经系统和神经递质系统的进化，特别是早期神经细胞类型的进化 | 非两侧对称动物的神经分子进化及刺胞动物与两侧对称动物神经元的同源性 | 神经科学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA |