单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-05-11 |
Single-cell RNA-seq dissects the intratumoral heterogeneity of triple-negative breast cancer based on gene regulatory networks
2021-Mar-05, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2020.12.018
PMID:33575114
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研究论文 | 基于单细胞RNA测序数据构建基因调控网络，解析三阴性乳腺癌的瘤内异质性 | 通过整合基因共表达和转录因子结合基序富集分析，为每个亚型构建基因调控网络，并基于中心性指标识别关键基因 | 未提及样本量大小及其他潜在局限性 | 利用单细胞RNA测序数据构建基因调控网络，以解析三阴性乳腺癌的瘤内异质性并识别关键基因 | 三阴性乳腺癌患者的恶性细胞亚型 | 机器学习 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | PAM50分型模型 | 单细胞转录组数据 | 未提供具体样本量 | 双歧杆菌 | 单细胞RNA测序 | 双歧杆菌 | 双歧杆菌 |
| 82 | 2026-05-11 |
Systemic transcriptome comparison between early- And late-onset pre-eclampsia shows distinct pathology and novel biomarkers
2021-Feb, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.12968
PMID:33332660
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研究论文 | 比较早发型和晚发型子痫前期的全身转录组，揭示其病理差异并发现新型生物标志物 | 首次整合胎盘和外周血转录组与母胎界面单细胞转录组，系统比较早发型和晚发型子痫前期的病理差异，并发现各自特异的新型生物标志物 | 需要更大样本量验证新标志物的临床适用性，且单细胞数据整合分析的深度有限 | 阐明早发型和晚发型子痫前期的病理差异并发现新型诊断生物标志物 | 子痫前期患者（早发型和晚发型）的胎盘和外周血样本 | 数字病理学 | 子痫前期 | 转录组测序、单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据、单细胞转录组数据 | 包含早发型和晚发型子痫前期患者及对照组的胎盘和外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 整合了母胎界面的单细胞转录组数据 |
| 83 | 2026-05-11 |
Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneity and differential expression of decidual tissues during the peripartum period
2021-Feb, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.12967
PMID:33300223
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析围产期蜕膜组织的异质性和差异表达基因 | 首次在单细胞分辨率下揭示围产期蜕膜中多种细胞亚型的动态变化及其功能，包括蜕膜基质细胞、绒毛外滋养细胞和T细胞的激活状态 | 未提及具体局限性 | 研究围产期蜕膜组织的细胞异质性和转录组变化，以理解其在分娩启动中的作用 | 分娩前后的蜕膜细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 29,231个蜕膜细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 84 | 2026-05-11 |
TransSynW: A single-cell RNA-sequencing based web application to guide cell conversion experiments
2021-02, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/sctm.20-0227
PMID:33125830
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研究论文 | TransSynW是一个基于单细胞RNA测序数据的网络应用程序，用于指导细胞转化实验 | 首次开发基于单细胞RNA测序数据的网络应用来预测细胞转化转录因子，并优先识别先驱因子以促进染色质开放 | 需进一步验证预测结果的实验可行性，且可能受限于单细胞数据的质量和细胞类型的代表性 | 开发计算工具预测细胞转化所需的转录因子，推动干细胞研究和再生医学中的细胞疗法 | 用户指定的细胞群体及其转化过程中涉及的转录因子 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 85 | 2026-05-11 |
Cell-Type-Specific Immune Dysregulation in Severely Ill COVID-19 Patients
2021-01-05, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108590
PMID:33357411
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序分析重症COVID-19患者外周血单核细胞的免疫失调特征 | 揭示了ARDS患者单核细胞中抗原呈递和干扰素反应缺陷，而淋巴细胞中干扰素信号反应增强，以及细胞毒性活性和B细胞激活抑制的免疫失衡状态 | NA | 探究重症COVID-19患者的细胞类型特异性免疫失调机制 | 健康志愿者、中度COVID-19患者、急性呼吸窘迫综合征患者以及从ARDS恢复的患者的外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | COVID-19, 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3名健康人、5名中度患者、6名ARDS患者、6名恢复期患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 86 | 2024-08-08 |
Using advanced spatial and single-cell transcriptomics to characterize the human endometrium
2021-12, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00982-0
PMID:34857955
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 87 | 2026-05-04 |
Single-cell sequencing of rotavirus-infected intestinal epithelium reveals cell-type specific epithelial repair and tuft cell infection
2021-11-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2112814118
PMID:34732579
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研究论文 | 利用单细胞测序技术探究轮状病毒感染后肠道上皮的细胞特异性修复机制及簇细胞的感染情况 | 首次发现轮状病毒感染可感染簇细胞，并揭示簇细胞通过干扰素相关通路应对病毒感染；同时发现特定细胞亚群增殖频率增加并伴随隐窝扩张和不成熟肠细胞增多 | 未阐明簇细胞感染在肠道修复中的具体功能角色，且仅基于轮状病毒模型，其他病原体相关修复机制需进一步验证 | 在单细胞水平上探索轮状病毒引起的肠道上皮损伤后再生修复的转录反应 | 轮状病毒感染的肠道上皮细胞（包括簇细胞、肠干细胞、不成熟肠细胞等特定亚群） | 数字病理学 | 轮状病毒感染相关肠道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 轮状病毒感染小鼠的肠道上皮细胞样本（具体数量未提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 88 | 2026-05-02 |
A comprehensive prognostic signature for glioblastoma patients based on transcriptomics and single cell sequencing
2021-Aug, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-021-00612-1
PMID:34142341
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研究论文 | 基于转录组学和单细胞测序构建胶质母细胞瘤综合预后标志物 | 结合TCGA和CGGA数据库筛选出七种差异表达基因作为预后标志物，并利用单细胞测序分析这些基因在肿瘤细胞增殖和进展中的功能，最终构建了综合临床特征和基因谱的预后模型 | 模型主要基于公共数据集，可能在外部验证数据中表现待进一步确认，且老年患者亚组的特异性表现需更多研究支持 | 揭示胶质母细胞瘤的潜在预后标志基因并构建有效的预后模型 | 胶质母细胞瘤患者 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | RNA-seq, 单细胞测序, 实时定量PCR | 预后风险评分模型 | 转录组数据, 单细胞测序数据 | TCGA和CGGA数据库中的胶质母细胞瘤患者样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2026-05-02 |
1p/19q co-deletion status is associated with distinct tumor-associated macrophage infiltration in IDH mutated lower-grade gliomas
2021-Feb, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-020-00561-1
PMID:32915415
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研究论文 | 本研究探讨1p/19q共缺失状态对IDH突变低级别胶质瘤中肿瘤相关巨噬细胞浸润的影响 | 首次揭示1p/19q共缺失状态与IDH突变低级别胶质瘤中TAM表型及浸润程度的关联，并发现M-CSF和TGFβ1信号通路可能介导这一过程 | 研究主要依赖TCGA转录组数据和有限样本的免疫染色，小鼠模型可能无法完全模拟人类疾病 | 确定1p/19q共缺失状态是否影响IDH突变低级别胶质瘤中TAM的表型或浸润程度 | IDH突变低级别胶质瘤中的肿瘤相关巨噬细胞 | 机器学习 | 脑胶质瘤 | RNA-seq、单细胞RNA测序、免疫染色、小分子抑制剂 | NA | 转录组数据、单细胞测序数据、组织样本图像 | 230个TCGA样本及IDH突变LGG原代样本 | NA | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2026-04-30 |
External signals regulate continuous transcriptional states in hematopoietic stem cells
2021-12-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.66512
PMID:34939923
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和ATAC测序，研究造血干细胞在外部信号刺激下的转录状态变化及其调控机制 | 首次在体内单细胞水平揭示造血干细胞对干扰素、G-CSF和前列腺素等微环境信号的转录反应异质性，发现六种标记基因富集但不排他的HSC状态，并证明染色质状态预先决定了HSC对信号的响应能力 | 未明确说明局限性 | 探究造血干细胞在外部应激信号下调控连续转录状态的分子机制 | 小鼠造血干细胞和LSK祖细胞 | 单细胞组学 | 血液疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | 功能验证的小鼠HSC和LSK祖细胞（具体数量未提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序平台 |
| 91 | 2026-04-25 |
CD16+CD163+ monocytes traffic to sites of inflammation during necrotizing enterocolitis in premature infants
2021-09-06, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20200344
PMID:34269788
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研究论文 | 利用悬浮和成像质谱流式技术结合单细胞RNA测序，揭示了早产儿坏死性小肠结肠炎（NEC）中CD16+CD163+单核细胞/巨噬细胞从外周向炎症部位迁移的机制 | 首次鉴定出与NEC相关的CD16+CD163+单核细胞/巨噬细胞新亚型，并证明其从外周循环向肠道炎症组织迁移，为手术性NEC的生物标志物和治疗靶点开发提供新方向 | 未明确说明，但可能包括样本量有限及功能验证需进一步动物实验支持 | 阐明早产儿坏死性小肠结肠炎中炎症相关免疫细胞的亚型及迁移机制 | 早产儿坏死性小肠结肠炎患者的肠道黏膜组织和外周血中的免疫细胞（中性粒细胞、单核细胞/巨噬细胞） | 数字病理学 | 早产儿坏死性小肠结肠炎 | 悬浮质谱流式技术、成像质谱流式技术、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、质谱流式细胞图像数据 | NA（未明确说明患者数量） | NA | 单细胞RNA测序、质谱流式技术 | NA | NA |
| 92 | 2026-04-24 |
Autoreactive T cell receptors with shared germline-like α chains in type 1 diabetes
2021-11-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.151349
PMID:34806648
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序鉴定1型糖尿病患者中共享种系样α链的自身反应性T细胞受体 | 首次发现1型糖尿病中一类共享TCRα链的“公共”T细胞受体，这些受体具有种系约束性抗原识别特性，并且部分展现出对不同胰岛抗原肽的交叉反应性 | 未明确说明局限性 | 研究1型糖尿病中自身反应性T细胞的T细胞受体特征及其在发病机制中的作用 | 健康供体、新发T1D供体和已确诊T1D供体的外周血CD4+记忆T细胞 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 从多个供体中分离的2767个单个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用多重CD154富集法分离IAR T细胞后进行scRNA-Seq |
| 93 | 2026-04-24 |
Intratumoral Plasmid IL12 Expands CD8+ T Cells and Induces a CXCR3 Gene Signature in Triple-negative Breast Tumors that Sensitizes Patients to Anti-PD-1 Therapy
2021-05-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-3944
PMID:33593880
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研究论文 | 该论文研究了瘤内注射IL12质粒通过电穿孔（Tavo）在三阴性乳腺癌中扩增CD8+ T细胞并诱导CXCR3基因特征，从而增强患者对抗PD-1治疗的敏感性 | 首次在TNBC患者中证明瘤内IL12质粒治疗可诱导与CD8+ T细胞浸润和PD-1/PD-L1表达相关的CXCR3基因特征，并可能使对抗PD-L1治疗无反应的患者转化为对抗PD-1治疗有反应 | 仅涉及单臂临床试验，样本量有限，且结论主要基于小鼠模型和少数患者数据 | 探索瘤内IL12质粒治疗在三阴性乳腺癌中增强免疫原性和T细胞浸润的能力，并评估其对抗PD-1治疗效果的预测价值 | 三阴性乳腺癌小鼠模型、治疗难治性晚期TNBC患者（OMS-I140试验）、以及公开的乳腺癌和黑色素瘤数据集 | 机器学习 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序、电穿孔基因递送 | NA | 单细胞RNA测序数据、公开数据集 | 小鼠模型多个样本；OMS-I140临床试验为单臂、前瞻性设计，具体样本量未在摘要中提及；公开数据集包括乳腺癌和黑色素瘤数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序用于分析小鼠肿瘤 |
| 94 | 2026-04-23 |
TRUST4: immune repertoire reconstruction from bulk and single-cell RNA-seq data
2021-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01142-2
PMID:33986545
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研究论文 | 本文介绍了TRUST4开源算法，用于从RNA测序数据重建αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体库 | TRUST4支持FASTQ和BAM格式，速度更快、灵敏度更高，能组装更长甚至全长的受体库，并能从单细胞RNA测序数据中调用库序列而无需V(D)J富集 | NA | 开发一种算法以重建免疫受体库 | αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体 | 自然语言处理 | NA | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics平台 | 5' 10x Genomics平台 |
| 95 | 2026-04-16 |
Spatial transcriptomics analysis of uterine gene expression in enhancer of zeste homolog 2 conditional knockout mice†
2021-11-15, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioab147
PMID:34344022
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析子宫特异性Ezh2条件性敲除小鼠的子宫基因表达变化 | 首次应用空间转录组学方法探究Ezh2在子宫上皮和间质细胞中的特异性基因调控作用 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类子宫内膜疾病中直接验证 | 阐明EZH2在子宫组织中对基因表达的空间特异性调控机制 | 子宫特异性Ezh2条件性敲除小鼠的子宫组织 | 空间转录组学 | 子宫内膜疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 成年去势野生型和Ezh2cKO小鼠子宫组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 96 | 2026-04-14 |
Progressive Cellular Senescence Mediates Renal Dysfunction in Ischemic Nephropathy
2021-08, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2020091373
PMID:34135081
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研究论文 | 本研究探讨了细胞衰老在慢性缺血性肾病中介导肾功能障碍的作用 | 首次揭示了慢性肾缺血中细胞衰老的渐进性模式，并证明了靶向清除衰老细胞（使用INK-ATTAC转基因模型和口服senolytic药物组合）可改善肾功能 | 研究主要基于小鼠模型，人体样本验证有限；立即在RAS诱导后开始治疗未能成功，提示治疗时机的重要性 | 探究细胞衰老是否及如何介导肾动脉狭窄引起的肾功能障碍和组织损伤 | 转基因INK-ATTAC小鼠、野生型C57BL/6小鼠以及人狭窄肾脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、影像数据 | 小鼠模型及人肾脏组织样本（具体数量未在摘要中明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 97 | 2026-04-12 |
From GWAS to Gene: Transcriptome-Wide Association Studies and Other Methods to Functionally Understand GWAS Discoveries
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.713230
PMID:34659337
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综述 | 本文综述了整合GWAS与功能基因组学数据以识别遗传调控基因的生物信息学方法，重点关注精细定位和基因优先排序方法，特别是转录组范围关联研究（TWAS） | 系统分类并比较了整合GWAS与功能基因组学的方法，深入讨论了TWAS方法的多样性、差异及面临的挑战 | 作为综述文章，未进行原始数据分析，主要基于现有文献总结，可能未涵盖所有最新方法 | 探讨如何通过数据整合方法理解GWAS发现的非编码区域功能，以揭示复杂疾病机制并促进临床应用 | 人类复杂疾病或性状相关的遗传变异及受调控的基因 | 生物信息学 | 复杂人类疾病 | GWAS, 高通量测序, 单细胞测序, 染色体构象捕获, 基因编辑技术, 多重报告基因检测 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 功能注释数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 98 | 2026-04-11 |
APOΕ4 lowers energy expenditure in females and impairs glucose oxidation by increasing flux through aerobic glycolysis
2021-09-06, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-021-00483-y
PMID:34488832
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了APOE4等位基因在年轻女性中降低能量消耗并损害葡萄糖氧化的机制，与阿尔茨海默病相关的脑葡萄糖代谢减退有关 | 首次结合单细胞RNA测序和稳定同位素解析代谢组学，在星形胶质细胞、脑组织、小鼠和人类中系统定义了APOE4相关的代谢重编程，并发现年轻女性携带者中明显的能量消耗降低 | 研究主要关注年轻女性亚组，样本量可能有限，且机制在男性或其他年龄组中的普适性需进一步验证 | 探究APOE4等位基因如何影响脑葡萄糖代谢及全身能量代谢，以阐明阿尔茨海默病早期代谢变化的机制 | 表达人类APOE的转基因小鼠、年轻及中年人类参与者（包括APOE4携带者和非携带者） | 代谢组学与神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、稳定同位素解析代谢组学（SIRM）、间接热量测定 | NA | 基因表达数据、代谢物数据、生理测量数据 | 小鼠脑组织及星形胶质细胞、人类参与者（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 99 | 2026-04-11 |
Ref-1 redox activity alters cancer cell metabolism in pancreatic cancer: exploiting this novel finding as a potential target
2021-Aug-10, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-021-02046-x
PMID:34376225
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研究论文 | 本研究探讨了Ref-1蛋白在胰腺癌代谢中的作用，通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了Ref-1通过调节TCA循环影响癌细胞代谢和肿瘤生长 | 首次在缺氧条件下利用单细胞RNA测序和蛋白质组学结合，系统分析了Ref-1对胰腺癌细胞代谢通路的影响，并验证了其通过TCA循环功能障碍改变代谢的机制 | 研究主要基于体外细胞培养和动物模型，未涉及人类临床试验，且样本量相对有限 | 探究Ref-1蛋白在胰腺癌代谢调控中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力 | 胰腺癌细胞系（包括Ref-1敲低和对照细胞）以及小鼠异种移植模型 | 癌症代谢研究 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学、qRT-PCR、线粒体功能测定、Western blotting、NADP测定、3D共培养体外实验、异种移植体内研究 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质组学数据、基因表达数据 | 未明确指定具体样本数量，但涉及胰腺癌细胞系和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 100 | 2026-04-10 |
Deep learning of gene relationships from single cell time-course expression data
2021-09-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab142
PMID:33876191
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研究论文 | 本文开发了一种基于深度学习的模型，用于从单细胞时间序列表达数据中预测基因间的相互作用 | 提出了一种新颖的单细胞RNA-Seq表达数据编码方法，并利用3D张量表示结合卷积和循环神经网络进行时间序列深度学习，以准确识别基因间的因果和调控关系 | 未明确提及具体的数据集大小或模型泛化能力的详细限制 | 从单细胞时间序列基因表达数据中推断基因间的调控和信号关系 | 基因间的相互作用，包括因果和调控关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-Seq | CNN, LSTM | 基因表达数据 | 在五个不同的时间序列单细胞RNA-Seq数据集上进行了测试 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |