单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-09-10	A modified vaccinia Ankara vector-based vaccine protects macaques from SARS-CoV-2 infection, immune pathology, and dysfunction in the lungs 2021-03-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.02.001 PMID:33631118	研究论文	研究了基于改良安卡拉痘苗（MVA）载体的疫苗对SARS-CoV-2感染的保护作用	首次展示了MVA/S疫苗在非人灵长类动物中诱导强效中和抗体和CD8 T细胞反应，并有效保护免受SARS-CoV-2感染和肺部病理损伤	研究仅限于非人灵长类动物模型，尚未在人类中进行验证	评估基于MVA载体的疫苗对SARS-CoV-2感染的保护效果	SARS-CoV-2感染的非人灵长类动物	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	研究涉及小鼠和非人灵长类动物
82	2024-09-10	Embryonic lethality and defective mammary gland development of activator-function impaired conditional knock-in Erbb3 V943R mice 2021-Mar, Advanced genetics (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/ggn2.10036 PMID:36618440	研究论文	研究了ERBB3 V943R条件性敲入小鼠模型的胚胎致死性和乳腺发育缺陷	首次报道了ERBB3 V943R条件性敲入小鼠模型，并研究了其对胚胎发育和乳腺发育的影响	仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种的研究	研究ERBB3 V943R突变对小鼠胚胎发育和乳腺发育的影响	ERBB3 V943R条件性敲入小鼠	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及多个小鼠样本，具体数量未明确
83	2024-09-08	Cell-type specific analysis of physiological action of estrogen in mouse oviducts 2021-05, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202002747R PMID:33818810	研究论文	研究评估了雌激素对小鼠输卵管中不同细胞类型的生理作用	首次使用单细胞RNA测序技术分析雌激素对小鼠输卵管中不同细胞类型的影响	研究主要集中在小鼠模型上，尚未完全验证在人类中的适用性	探讨雌激素在体内对输卵管环境的具体调控机制	小鼠输卵管中的不同细胞类型	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用卵巢切除-激素替代小鼠模型进行研究
84	2024-09-07	Lymph nodes are innervated by a unique population of sensory neurons with immunomodulatory potential 2021-01-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.11.028 PMID:33333021	研究论文	研究揭示了淋巴结中存在一种独特的具有免疫调节潜力的感觉神经元群体，并探讨了其功能和机制	首次发现并验证了淋巴结中存在一种独特的感觉神经元群体，这些神经元能够响应淋巴中的炎症信号，并通过神经-免疫回路调节淋巴结功能	研究主要集中在体外实验和单细胞转录组分析，缺乏体内功能验证和长期效应的研究	探讨感觉神经元在淋巴结功能调节中的机制和重要性	淋巴结中的感觉神经元及其与免疫细胞的相互作用	NA	NA	高分辨率成像、病毒示踪、单细胞转录组学、光遗传学	NA	单细胞转录组数据	多个感觉神经元亚群和淋巴结中的多种细胞类型
85	2024-09-07	Intracellular and Intercellular Gene Regulatory Network Inference From Time-Course Individual RNA-Seq 2021, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2021.777299 PMID:36303726	研究论文	本文研究了从时间序列单个RNA-Seq数据中推断细胞内和细胞间基因调控网络的方法	本文提出了一种基于时间序列批量RNA-Seq数据推断基因调控网络的方法，能够揭示多细胞生物中的细胞间调控关系	本文仅使用了小鼠早期发育阶段的RNA-Seq数据，未来研究可以扩展到其他物种和发育阶段	研究多细胞生物中细胞内和细胞间基因调控网络的推断方法	小鼠早期发育阶段的基因调控网络	基因组学	NA	RNA-Seq	NA	基因表达数据	多个小鼠胚胎
86	2024-09-06	Mapping and modeling the genomic basis of differential RNA isoform expression at single-cell resolution with LR-Split-seq 2021-10-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02505-w PMID:34620214	研究论文	开发并表征了一种名为LR-Split-seq的长读长单细胞RNA测序技术，用于在单细胞分辨率下识别全长转录本异构体	LR-Split-seq结合了组合条形码技术，能够在相对经济和设计灵活的情况下对单细胞进行长读长测序	NA	研究单细胞分辨率下RNA异构体表达的基因组基础	C2C12肌生成系统中的单细胞	基因组学	NA	LR-Split-seq	NA	RNA序列	C2C12肌生成系统中的单细胞
87	2024-09-06	OVOL1 Regulates Psoriasis-Like Skin Inflammation and Epidermal Hyperplasia 2021-06, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2020.10.025 PMID:33333123	研究论文	研究揭示了OVOL1在调节银屑病样皮肤炎症和表皮增生中的保护作用	首次发现OVOL1在银屑病样皮肤炎症中的保护作用，并通过RNA测序揭示了Ovol1缺失对表皮分化和炎症反应的影响	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类银屑病患者中验证	探讨OVOL1在银屑病样皮肤炎症和表皮增生中的分子机制	OVOL1在银屑病样皮肤炎症中的作用及其对表皮分化和免疫细胞的影响	NA	银屑病	RNA测序	NA	RNA	Ovol1缺失小鼠的皮肤样本
88	2024-09-05	Coronary blood vessels from distinct origins converge to equivalent states during mouse and human development 2021-12-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.70246 PMID:34910626	研究论文	本文通过结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术，研究了小鼠和人类心脏冠状血管在发育过程中的转录状态和功能差异	首次揭示了冠状血管内皮细胞在发育过程中转录异质性的变化，以及这种异质性如何受谱系和位置的影响	研究主要集中在小鼠和人类胚胎及成年心脏的冠状血管，未涉及其他物种或发育阶段	探讨冠状血管内皮细胞在发育过程中的转录状态和功能差异	小鼠和人类心脏冠状血管内皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	胚胎和成年小鼠心脏以及人类发育中的冠状血管样本
89	2024-09-05	Human and rat skeletal muscle single-nuclei multi-omic integrative analyses nominate causal cell types, regulatory elements, and SNPs for complex traits 2021-Dec, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.268482.120 PMID:34815310	研究论文	本文优化了单核ATAC-seq和单核RNA-seq技术，对人和大鼠的骨骼肌细胞进行了多组学整合分析，识别了与复杂性状相关的细胞类型、调控元件和SNPs	本文首次使用单核ATAC-seq和单核RNA-seq技术，成功捕获了I型和II型肌纤维特征，并进行了跨模态和跨物种的整合分析	NA	研究骨骼肌细胞的细胞特异性染色质可及性和转录组，以及与复杂性状相关的遗传变异	人和大鼠的骨骼肌细胞	数字病理学	糖尿病	单核ATAC-seq, 单核RNA-seq	回归模型	基因表达数据, 染色质可及性数据	33,862个细胞核
90	2024-09-02	Mapping the genetic architecture of human traits to cell types in the kidney identifies mechanisms of disease and potential treatments 2021-09, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00909-9 PMID:34385711	研究论文	本研究通过生成659个微切割人肾样本的表达数量性状位点（eQTL）综合图谱，并利用分层连锁不平衡得分回归方法整合全基因组关联研究（GWAS）与单细胞RNA测序及单核测序数据，揭示了肾功能和高血压发病机制中的细胞类型特异性遗传变异。	本研究首次生成了人肾样本的细胞类型特异性eQTL图谱，并通过贝叶斯共定位分析提名了200多个与肾功能和高血压相关的基因，为药物再利用提供了新机会。	NA	旨在通过解析人类特征的遗传结构与肾细胞类型的关系，揭示疾病机制并探索潜在治疗方案。	人肾样本的遗传变异及其在肾功能和高血压发病机制中的作用。	遗传学	肾脏疾病	全基因组关联研究（GWAS）、单细胞RNA测序、单核测序	分层连锁不平衡得分回归	基因组数据	659个微切割人肾样本
91	2024-09-02	The developmental hourglass model is applicable to the spinal cord based on single-cell transcriptomes and non-conserved cis-regulatory elements 2021-Sep, Development, growth & differentiation DOI:10.1111/dgd.12750 PMID:34473348	研究论文	本研究通过数据挖掘和实验验证，证明了发育沙漏模型适用于脊髓这一简化元素	首次通过单细胞转录组数据和非保守的顺式调控元件验证了脊髓发育的沙漏模型	仅限于脊髓的发育过程，未涉及其他器官或组织的发育	验证发育沙漏模型在脊髓发育中的适用性	脊髓的发育过程及其分子机制	NA	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	小鼠和斑马鱼的单细胞转录组数据
92	2024-08-31	Computational methods for the integrative analysis of single-cell data 2021-01-18, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa042 PMID:32363378	研究论文	本文描述了用于单细胞基因组数据整合分析的计算方法，重点在于单细胞RNA测序数据集的整合以及来自单个细胞的多模态信号的联合分析	本文介绍了处理单细胞基因组数据的新计算方法，这些方法能够解决数据在实验、技术和生物学上的内在异质性问题	NA	旨在解决生物系统的全面复杂性问题，通过整合来自不同分子层和多种细胞群体的基因组数据	单细胞基因组数据，特别是单细胞RNA测序数据和多模态信号	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
93	2024-08-31	Doublet identification in single-cell sequencing data using scDblFinder 2021, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.73600.2 PMID:35814628	research paper	本文介绍了一种基于Bioconductor的快速、灵活且准确的单细胞测序数据双胞体检测方法scDblFinder	scDblFinder在复杂数据集中能准确识别大多数异型双胞体，并已被独立基准测试证明优于其他方法	NA	开发一种新的双胞体检测方法以避免单细胞测序数据中的伪发现	单细胞RNA和可及性测序数据中的双胞体	digital pathology	NA	single-cell sequencing	NA	single-cell RNA and accessibility sequencing data	NA
94	2024-08-29	Single-cell RNA sequencing of batch Chlamydomonas cultures reveals heterogeneity in their diurnal cycle phase 2021-05-31, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koab025 PMID:33585940	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了Chlamydomonas reinhardtii在不同环境和基因型下的细胞异质性，特别是在昼夜周期中的表现。	首次使用scRNA-seq技术揭示了Chlamydomonas细胞在铁或氮缺乏条件下的异质性，并展示了昼夜节律对细胞响应的影响。	研究仅限于实验室培养的Chlamydomonas reinhardtii，未涉及自然环境中的藻类群体。	探讨Chlamydomonas reinhardtii在不同环境条件下的转录组异质性。	Chlamydomonas reinhardtii的单细胞转录组。	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及两种基因型的Chlamydomonas细胞，在三种不同环境条件下进行测序。
95	2024-08-29	Machine Intelligence in Single-Cell Data Analysis: Advances and New Challenges 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.655536 PMID:34135939	综述	本文综述了机器学习方法在单细胞多组学数据分析中的应用	介绍了单细胞RNA测序数据的预处理方法和高级数据分析工具，以及多组学整合和单细胞RNA测序数据的综合分析	NA	探讨机器学习方法在单细胞多组学数据分析中的应用，以促进对复杂生物系统或过程的理解	单细胞多组学数据分析	机器学习	NA	单细胞RNA测序	NA	多组学数据	NA
96	2024-08-28	Integration of Single-Cell RNA- and CAGE-seq Reveals Tooth-Enriched Genes 2021-Nov-20, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345211049785 PMID:34806461	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和帽分析基因表达测序（CAGE-seq）技术，揭示了牙齿特异性基因的表达情况	本研究首次将scRNA-seq和CAGE-seq技术结合，用于识别牙齿发育中的关键功能基因，并发现了新的牙齿特异性及牙细胞类型特异性标记基因	NA	旨在通过生物信息学分析，识别参与牙齿发育的重要基因	小鼠牙齿胚芽中的基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），帽分析基因表达测序（CAGE-seq）	NA	基因表达数据	12,212个细胞来自出生后1天的小鼠臼齿，以及来自相同时间点的臼齿的CAGE-seq数据集
97	2024-08-28	Embryo-scale, single-cell spatial transcriptomics 2021-07-02, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abb9536 PMID:34210887	研究论文	本文介绍了sci-Space技术，该技术能够在保留单细胞分辨率的同时，解析更大尺度上的空间异质性	sci-Space技术能够在不平均局部环境的情况下，同时解析大尺度的空间异质性	NA	研究基因表达的空间模式，并利用空间信息注释细胞亚型	发育中的小鼠胚胎	单细胞测序	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	约120,000个细胞核
98	2024-08-27	Inference of high-resolution trajectories in single-cell RNA-seq data by using RNA velocity 2021-10-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100095 PMID:35474895	研究论文	本文介绍了一种名为CellPath的方法，通过整合单细胞基因表达和RNA速度信息来推断细胞轨迹	CellPath方法能够发现多条高分辨率的轨迹，不受轨迹结构的限制，并能自动检测每条轨迹路径的方向	NA	开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据中细胞发育轨迹推断的准确性和细节	单细胞RNA测序数据中的细胞发育轨迹	生物信息学	NA	RNA速度	NA	基因表达数据	NA
99	2024-08-27	Regulation of cancer stem cells in triple negative breast cancer 2021, Cancer drug resistance (Alhambra, Calif.) DOI:10.20517/cdr.2020.106 PMID:35582030	综述	本文综述了三阴性乳腺癌中癌症干细胞的调控机制	聚焦于三阴性乳腺癌特有的机制，这些机制促进了自我更新癌症干细胞的扩张和活性	NA	探讨三阴性乳腺癌中癌症干细胞的特定机制及其对临床结果的影响	三阴性乳腺癌中的癌症干细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
100	2024-08-27	The need to reassess single-cell RNA sequencing datasets: the importance of biological sample processing 2021, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.54864.2 PMID:35399227	研究论文	本文重新分析了迄今为止最大的单细胞RNA测序数据集，探讨了细胞数量增加对分析结果的影响	提出了对当前科学界普遍认为的“越多越好”方法的质疑，指出大规模数据集可能导致分析结果的偏差	文章指出大规模数据集可能由于长时间的计算处理时间而影响分析的深度	旨在通过分析大规模单细胞RNA测序数据集，识别健康成人皮肤中先前描述的成纤维细胞亚群	健康成人皮肤中的成纤维细胞亚群	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	无监督群体匹配算法	转录组数据	528,253个测序细胞