单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-11-17	Genetic demultiplexing of pooled single-cell RNA-sequencing samples in cancer facilitates effective experimental design 2021-09-22, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giab062 PMID:34553212	研究论文	本文评估了在癌症样本中使用遗传变异进行单细胞RNA测序样本的计算解复用工具的有效性	首次在癌症样本中评估了基于遗传变异的计算解复用工具，并提供了开源代码和可重复的工作流程	高比例的细胞碎片中的环境RNA降低了工具的性能	评估在癌症样本中使用遗传变异进行单细胞RNA测序样本的解复用工具的有效性	高级别浆液性卵巢癌和肺腺癌的单细胞RNA测序样本	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个高级别浆液性卵巢癌和肺腺癌样本的单细胞RNA测序数据
82	2024-11-18	C1QL3 promotes cell-cell adhesion by mediating complex formation between ADGRB3/BAI3 and neuronal pentraxins 2021-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202000351RR PMID:33337553	研究论文	研究探讨了C1QL3蛋白通过介导ADGRB3和神经元五聚素形成细胞间粘附复合物的作用	发现了C1QL3介导的新型细胞间粘附复合物，涉及ADGRB3和两种神经元五聚素NPTX1及NPTXR	研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏体内功能验证	探究C1QL蛋白在神经元突触组织中的作用及其分子机制	C1QL3蛋白、ADGRB3受体、神经元五聚素NPTX1和NPTXR	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	大鼠大脑皮层的单细胞RNA测序数据
83	2024-11-17	The rise of single-cell proteomics 2021-Apr, Analytical science advances IF:3.0Q2 DOI:10.1002/ansa.202000152 PMID:38716457	研究论文	本文讨论了单细胞蛋白质组学的最新进展及其在生物学研究中的应用	本文介绍了单细胞蛋白质组学领域的最新技术进展，包括样品制备流程和质谱仪器的改进，能够从单个细胞中定量超过1000种蛋白质	目前单细胞蛋白质组学研究的数据通量和可靠性仍需进一步提高	旨在通过生成单个细胞的蛋白质表达谱，补充转录组和基因组数据，以更好地理解细胞功能和身份	单细胞蛋白质组学技术及其在生物学研究中的应用	蛋白质组学	NA	质谱(MS)	NA	蛋白质表达谱	数千个细胞
84	2024-11-14	SCDC: bulk gene expression deconvolution by multiple single-cell RNA sequencing references 2021-01-18, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbz166 PMID:31925417	研究论文	提出了一种名为SCDC的批量基因表达反卷积方法，利用多个单细胞RNA测序参考数据集进行细胞类型特异性基因表达分析	SCDC采用ENSEMBLE方法整合来自不同实验室和时间的单细胞RNA测序数据，解决了批次效应问题，并在细胞类型分解的准确性上优于现有方法	NA	开发一种新的反卷积方法，以提高批量RNA测序数据中细胞类型分解的准确性	批量RNA测序数据和多个单细胞RNA测序参考数据集	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）	ENSEMBLE方法	基因表达数据	包括人工合成的伪批量样本和实验混合的细胞系，以及人类胰腺胰岛和老鼠乳腺腺体数据集
85	2024-11-11	Pan-Cancer Drivers Are Recurrent Transcriptional Regulatory Heterogeneities in Early-Stage Luminal Breast Cancer 2021-04-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-1034 PMID:33531373	研究论文	本文研究了早期腔内乳腺癌中的异质性转录调控，并识别出跨癌症类型的复发性基因异质性	本文改进了随机波动分析方法，结合10细胞RNA测序技术，识别出早期腔内乳腺癌中的复发性基因异质性，并发现这些基因与跨癌症类型的驱动基因有关	本文方法在敏感性、噪声和样本处理方面存在局限性	研究早期腔内乳腺癌中的异质性转录调控，并识别出跨癌症类型的复发性基因异质性	早期腔内乳腺癌中的异质性转录调控	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	转录组数据	晚期发病、早期腔内乳腺癌患者
86	2024-11-07	NF-κB activation in cardiac fibroblasts results in the recruitment of inflammatory Ly6Chi monocytes in pressure-overloaded hearts 2021-Oct-12, Science signaling IF:6.7Q1 DOI:10.1126/scisignal.abe4932 PMID:34637330	研究论文	研究揭示了心脏纤维母细胞在压力超负荷下通过NF-κB激活招募炎症性Ly6C单核细胞的机制	首次揭示了心脏纤维母细胞在压力超负荷下通过NF-κB激活招募炎症性Ly6C单核细胞的机制	研究仅在老鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨心脏纤维母细胞在压力超负荷下招募炎症性Ly6C单核细胞的机制	心脏纤维母细胞和Ly6C单核细胞	NA	心血管疾病	单细胞测序分析	NA	基因表达数据	老鼠模型
87	2024-11-07	Control of the Anterior Pituitary Cell Lineage Regulator POU1F1 by the Stem Cell Determinant Musashi 2021-03-01, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqaa245 PMID:33373440	研究论文	本文研究了脂肪因子瘦素通过调节前垂体细胞系调控因子POU1F1的表达，影响能量稳态的机制	首次报道了干细胞标志物Musashi1对POU1F1 mRNA翻译的抑制作用，并揭示了瘦素信号通过逆转Musashi介导的POU1F1 mRNA翻译调控，协调前垂体生长激素细胞功能与代谢状态的机制	NA	探讨瘦素信号对前垂体细胞系调控因子POU1F1表达的调控机制	前垂体生长激素细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	mRNA	来自对照雌性小鼠的垂体细胞
88	2024-10-26	Age-determined expression of priming protease TMPRSS2 and localization of SARS-CoV-2 in lung epithelium 2021-01-04, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI140766 PMID:33180746	研究论文	研究了SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及其与年龄相关的TMPRSS2蛋白酶的表达	首次揭示了TMPRSS2在不同年龄段小鼠和人类肺组织中的表达变化，并发现TMPRSS2表达与SARS-CoV-2感染细胞的共定位	研究主要基于小鼠和人类肺组织的单细胞RNA测序和免疫荧光分析，缺乏更大规模的临床数据支持	探讨SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及其与年龄相关的TMPRSS2蛋白酶的表达	SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及TMPRSS2蛋白酶的年龄相关性表达	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和免疫荧光	NA	RNA	小鼠和人类肺组织样本
89	2024-10-19	Single-cell RNA-sequencing atlas of bovine caudal intervertebral discs: Discovery of heterogeneous cell populations with distinct roles in homeostasis 2021-11, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202101149R PMID:34591994	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了牛尾椎间盘的细胞图谱，揭示了椎间盘中不同细胞群的异质性及其在稳态中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了牛尾椎间盘中15个独特细胞群的基因表达特征，并识别了这些细胞群在椎间盘稳态和结构维持中的作用	研究仅限于牛尾椎间盘，结果的普适性和对人类椎间盘的适用性尚需进一步验证	通过单细胞RNA测序技术揭示椎间盘中细胞的异质性，以期为椎间盘再生疗法的开发提供新的见解	牛尾椎间盘中的细胞群及其基因表达特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	牛尾椎间盘样本
90	2024-10-17	Synthesis and application of POLYseq for profiling human liver organoids 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100976 PMID:34934958	研究论文	本文详细介绍了POLYseq的合成、表征及其在单细胞测序中的应用	POLYseq通过商业化试剂合成，具有高度可定制性，并且在合成过程中仅需要一个能保持90°C的恒温浴	合成过程中需注意试剂的初始混合比例，因为最终产品对初始混合比例敏感	开发和应用POLYseq技术以进行单细胞测序	人类肝脏类器官细胞	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
91	2024-10-17	POLYseq: A poly(β-amino ester)-based vector for multifunctional cellular barcoding 2021-09-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.07.020 PMID:34450040	研究论文	本文介绍了一种基于聚（β-氨基酯）的新型载体POLYseq，用于多功能细胞条形码标记	开发了一种新的聚（β-氨基）酯标记系统POLYseq，能够高效地传递荧光分子或样本区分DNA条形码，并通过非共价结合快速创建自定义样本池	NA	解决当前NGS文库制备技术在单细胞水平上多重化的限制问题	聚（β-氨基酯）载体POLYseq在细胞标记和单细胞RNA测序中的应用	NA	NA	NGS	NA	图像	90%的细胞
92	2024-10-16	Multi-domain translation between single-cell imaging and sequencing data using autoencoders 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20249-2 PMID:33397893	研究论文	本文提出了一种使用自编码器在单细胞成像和测序数据之间进行多领域翻译的方法	本文的创新点在于通过学习不同数据模态之间的概率耦合，使用自编码器将它们映射到一个共享的潜在空间，从而实现成像和测序数据的整合	NA	研究目的是整合不同数据模态，以研究细胞异质性及其功能	研究对象是单细胞RNA测序数据和染色质图像	计算机视觉	NA	自编码器	自编码器	图像和文本	涉及人类初始CD4+ T细胞的多个亚群
93	2024-10-14	Single cell functional genomics reveals plasticity of subcutaneous white adipose tissue (WAT) during early postnatal development 2021-11, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2021.101307 PMID:34298199	研究论文	本研究探讨了小鼠皮下白色脂肪组织（iWAT）在出生后早期发育阶段的细胞复杂性和可塑性	首次通过单细胞转录组学（scRNA-seq）和表观基因组学（snATAC-seq）技术，详细描述了小鼠皮下白色脂肪组织在出生后早期发育阶段的细胞亚型及其动态变化	NA	研究小鼠皮下白色脂肪组织在出生后早期发育阶段的细胞复杂性和可塑性	小鼠皮下白色脂肪组织（iWAT）的脂肪基质细胞（ASC）和脂肪细胞核	数字病理学	NA	单细胞转录组学（scRNA-seq）和表观基因组学（snATAC-seq）	NA	基因表达数据和染色质可及性数据	小鼠皮下白色脂肪组织在出生后第6天、第18天和第56天的样本
94	2024-10-13	Influenza virus infection increases ACE2 expression and shedding in human small airway epithelial cells 2021-07, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.03988-2020 PMID:33419885	研究论文	研究流感病毒感染如何增加人类小气道上皮细胞中ACE2的表达和脱落，从而增加COVID-19的风险	首次揭示了流感病毒感染会增加ACE2的表达和脱落，从而增加SARS-CoV-2感染的风险	研究主要集中在体外实验，需要进一步的体内实验验证	探讨流感病毒感染如何增加COVID-19的风险	人类小气道上皮细胞和相关分子	NA	呼吸道疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自非疾病供体肺的初级小气道上皮细胞
95	2024-10-13	Urinary EGF and MCP-1 and risk of CKD after cardiac surgery 2021-06-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.147464 PMID:33974569	研究论文	评估尿液中EGF和MCP-1在心脏手术后预测慢性肾病（CKD）风险的作用	首次评估了细胞完整性标志物EGF和炎症标志物MCP-1在心脏手术后长期肾功能结局中的预测作用，并结合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析了相关基因的转录组变化	研究样本仅来自加拿大和美国的两个中心，可能存在地域偏倚；研究未探讨EGF和MCP-1在其他类型手术或非手术情况下的预测作用	评估心脏手术后尿液中EGF和MCP-1对慢性肾病风险的预测作用	心脏手术后的成年患者及其尿液样本	NA	慢性肾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	尿液样本	865名成年患者
96	2024-10-12	Syntaxin 4 Enrichment in β-Cells Prevents Conversion to Autoimmune Diabetes in Non-Obese Diabetic (NOD) Mice 2021-12, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db21-0170 PMID:34556496	研究论文	研究探讨了Syntaxin 4在β细胞中的富集如何防止非肥胖糖尿病（NOD）小鼠向自身免疫性糖尿病的转化	首次通过诱导β细胞特异性表达Syntaxin 4，显著降低了NOD小鼠的糖尿病转化率，并揭示了Syntaxin 4在β细胞保护中的机制	研究仅在NOD小鼠模型中进行，尚未在人类中验证Syntaxin 4富集的策略	探讨Syntaxin 4在β细胞保护中的作用及其在预防或逆转1型糖尿病中的潜力	Syntaxin 4在β细胞中的表达及其对NOD小鼠糖尿病转化的影响	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NOD-iβSTX4小鼠和NOD-Ctrl小鼠各一组，每组样本数量未明确提及
97	2024-10-12	Modular, efficient and constant-memory single-cell RNA-seq preprocessing 2021-07, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-00870-2 PMID:33795888	研究论文	描述了一种平衡效率和准确性的单细胞RNA测序数据预处理工作流程	工作流程基于kallisto和bustools程序，具有接近最优的速度和恒定的内存需求，适用于任意大规模数据集	NA	开发一种高效的单细胞RNA测序数据预处理方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
98	2024-10-10	A single-cell atlas of Plasmodium falciparum transmission through the mosquito 2021-05-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23434-z PMID:34045457	研究论文	本文利用单细胞转录组学揭示了恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况	首次通过单细胞转录组学揭示了恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的发育轨迹和转录特征，并识别了人类和啮齿动物寄生虫之间的保守和非保守基因使用	NA	揭示恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况，为寻找抗疟药物和疫苗靶点提供依据	恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况	NA	疟疾	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
99	2024-10-07	TATA and paused promoters active in differentiated tissues have distinct expression characteristics 2021-02, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209866 PMID:33543829	研究论文	研究了在分化组织中活跃的TATA和暂停启动子的不同表达特征	首次探讨了RNA聚合酶II暂停元素对组织特异性基因表达特征的影响，并提出了组织特异性基因在不同组织中表达的两种不同策略	研究仅限于果蝇晚期胚胎，可能无法完全推广到其他物种或发育阶段	探讨RNA聚合酶II暂停元素对组织特异性基因表达特征的影响	TATA和暂停启动子在分化组织中的表达特征	基因组学	NA	ChIP-seq, ATAC-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	果蝇晚期胚胎
100	2024-10-07	Probabilistic harmonization and annotation of single-cell transcriptomics data with deep generative models 2021-01, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209620 PMID:33491336	研究论文	本文介绍了一种基于深度生成模型的单细胞转录组数据概率调和与注释方法	提出了scANVI，一种半监督变分推断方法，用于利用现有细胞状态注释进行单细胞注释，并展示了scVI和scANVI在数据整合和细胞状态注释方面的优越性	未提及	旨在解决单细胞转录组数据整合和细胞类型注释的挑战	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	生成模型	基因表达数据	未提及