单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-08-25 |
Role of Tim4 in the regulation of ABCA1+ adipose tissue macrophages and post-prandial cholesterol levels
2021-07-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-24684-7
PMID:34290249
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研究论文 | 研究探讨了Tim4在调节ABCA1+脂肪组织巨噬细胞和餐后胆固醇水平中的作用 | 首次揭示了Tim4作为餐后胆固醇运输和脂肪组织巨噬细胞功能的关键调节因子 | NA | 理解巨噬细胞脂质代谢的机制，以开发新的治疗方法 | 脂肪组织巨噬细胞和餐后胆固醇水平 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 特定表达Lyve1、Tim4和ABCA1的脂肪组织巨噬细胞群体 |
| 82 | 2024-08-25 |
Polar Gini Curve: A Technique to Discover Gene Expression Spatial Patterns from Single-cell RNA-seq Data
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2020.09.006
PMID:34958962
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研究论文 | 本文介绍了一种名为极性基尼曲线的方法，用于通过分析单细胞RNA测序数据来表征簇标记 | 极性基尼曲线结合基因表达和二维坐标信息，用于检测单细胞RNA测序数据中任何簇细胞的均匀性模式 | NA | 开发一种方法来表征单细胞RNA测序数据中的簇标记和空间基因表达模式 | 单细胞RNA测序数据中的簇细胞和基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 极性基尼曲线 | 基因表达数据 | 涉及多个模拟案例研究和实际的新生小鼠心脏细胞数据集 |
| 83 | 2024-08-25 |
Single-cell RNA Sequencing Reveals Thoracolumbar Vertebra Heterogeneity and Rib-genesis in Pigs
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.09.008
PMID:34775075
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了猪胚胎27天龄的胸腰椎和肋骨原基细胞的转录组图谱 | 首次在全生物体层面分析了胸腰椎和肋骨原基相关基因的表达动态，并揭示了骨形成和血管生成在胸腰椎和肋骨发育中的耦合过程 | NA | 探究脊椎动物胸腰椎和肋骨原基发育中的胚胎骨形成和血管生成 | 猪胚胎的胸椎、腰椎和肋骨原基细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 一个27天龄的猪胚胎的胸椎、腰椎和肋骨原基细胞 |
| 84 | 2024-08-24 |
Retinoic acid signaling is critical during the totipotency window in early mammalian development
2021-06, Nature structural & molecular biology
IF:12.5Q1
DOI:10.1038/s41594-021-00590-w
PMID:34045724
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研究论文 | 本研究利用2细胞样细胞（2CLCs）进行小分子筛选，以识别调控2细胞阶段程序的新途径，并发现视黄酸（RA）信号传导途径在胚胎中全能细胞调控电路中的关键作用 | 首次识别视黄酸作为2CLCs的强效诱导剂，并揭示了其在调控胚胎全能细胞中的关键作用 | NA | 开发模拟全能细胞特征的细胞模型，并探索调控早期胚胎发育的途径 | 2细胞样细胞（2CLCs）和视黄酸信号传导途径 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 85 | 2024-08-23 |
Joint Clustering of Single-Cell Sequencing and Fluorescence In Situ Hybridization Data for Reconstructing Clonal Heterogeneity in Cancers
2021-11, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2021.0255
PMID:34612714
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研究论文 | 本文开发了一种联合聚类方法，结合单细胞测序和荧光原位杂交数据，以更好地解析肿瘤进化中的染色体倍性变化 | 提出了一种概率框架，通过马尔可夫链蒙特卡洛采样和线性回归优化，以最大化给定预聚类数据集的潜在变量的概率 | 现有的方法在通过倍性变化解析肿瘤进化方面能力有限 | 旨在通过结合单细胞测序和荧光原位杂交数据，更好地解析肿瘤进化中的染色体倍性变化 | 单细胞测序和荧光原位杂交数据 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞DNA测序（scSeq）和多重间期荧光原位杂交（miFISH） | 马尔可夫链蒙特卡洛采样和线性回归 | 单细胞测序和荧光原位杂交数据 | 使用模拟数据和一个胶质母细胞瘤（GBM）病例进行验证，并在两个GBM病例中应用该方法 |
| 86 | 2024-08-23 |
Scaling up reproducible research for single-cell transcriptomics using MetaNeighbor
2021-08, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-021-00575-5
PMID:34234317
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研究论文 | 本文介绍了使用MetaNeighbor方法进行单细胞转录组数据的可重复性研究 | 提出了一种高效且稳健的细胞类型可重复性量化方法MetaNeighbor，该方法保持数据集独立性并具有高度可扩展性 | NA | 研究单细胞RNA测序数据中细胞类型的可重复性和通用性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数百万个细胞 |
| 87 | 2024-08-23 |
Opposing immune and genetic mechanisms shape oncogenic programs in synovial sarcoma
2021-02, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-01212-6
PMID:33495604
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研究论文 | 本研究通过综合运用单细胞RNA测序、空间分析以及遗传和药理学扰动，探讨了滑膜肉瘤中的癌症-免疫相互作用 | 揭示了滑膜肉瘤中由SS18-SSX融合驱动的恶性细胞状态，并发现这种状态可被HDAC和CDK4/CDK6抑制剂联合治疗增强其免疫原性 | NA | 研究滑膜肉瘤中的癌症-免疫相互作用及其治疗策略 | 滑膜肉瘤中的恶性细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 滑膜肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 16,872个细胞来自12个人类滑膜肉瘤肿瘤 |
| 88 | 2024-08-23 |
Long-Term Storage Does Not Affect the Expression Profiles of mRNA and Long Non-Coding RNA in Vitrified-Warmed Human Embryos
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.751467
PMID:35178066
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研究论文 | 本研究探讨了长期存储对人类胚胎中mRNA和长非编码RNA表达谱的影响 | 首次揭示了长期存储后的人类胚胎中mRNA和长非编码RNA表达谱的稳定性 | 研究样本量较小，且仅限于特定年龄段的女性 | 探究长期存储对人类胚胎中mRNA和长非编码RNA表达的影响 | 人类胚胎中的mRNA和长非编码RNA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 11名女性，包括3个新鲜八细胞胚胎和8个存活下来的冷冻解冻八细胞胚胎 |
| 89 | 2024-08-23 |
Building vs. Rebuilding Epidermis: Comparison Embryonic Development and Adult Wound Repair
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.796080
PMID:35145968
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综述 | 本文比较了胚胎发育与成人伤口修复过程中表皮重建的相似性与差异性 | 利用单细胞转录组学、谱系追踪和活体成像技术揭示了以往无法检测到的亚群、长期细胞命运和动态细胞行为 | NA | 探讨成人伤口修复与胚胎组织发育在表皮方面的异同 | 表皮组织 | NA | NA | 单细胞转录组学、谱系追踪、活体成像 | NA | NA | NA |
| 90 | 2024-08-23 |
Analysis and Visualization of Spatial Transcriptomic Data
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.785290
PMID:35154244
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综述 | 本文综述了空间转录组技术的核心概念及其分析和可视化方法 | 空间转录组技术能够在保留空间信息的同时测量转录组信息，扩展了分析和可视化的可能性 | NA | 总结空间基因组技术的核心概念并全面回顾当前的空间转录组分析和可视化方法 | 人类和动物组织的异质细胞类型及其空间结构 | 基因组学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 91 | 2024-08-22 |
Monocytes and Macrophages in Kidney Transplantation and Insights from Single Cell RNA-Seq Studies
2021-10-28, Kidney360
IF:3.2Q1
DOI:10.34067/KID.0003842021
PMID:35372970
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肾移植中对单核细胞和巨噬细胞的命名、起源和功能的研究，特别关注了肾移植领域的新发现。 | scRNA-seq技术提供了无偏见的转录组学方法，揭示了巨噬细胞的起源和功能，这是传统方法无法实现的。 | 目前关于这一主题的发表研究较少。 | 探讨单细胞RNA测序在肾移植中对免疫细胞景观和同种异体免疫反应的研究。 | 单核细胞和巨噬细胞在肾移植中的作用。 | NA | 肾移植 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 92 | 2024-08-22 |
Loss of ESRP1 blocks mouse oocyte development and leads to female infertility
2021-01-18, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.196931
PMID:33318146
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研究论文 | 研究通过干扰ESRP1控制的pre-mRNA剪接事件，发现ESRP1的缺失导致小鼠卵母细胞发育受阻和雌性不育 | 首次阐明了ESRP1介导的母源mRNA转录本的AS程序，揭示了其在卵母细胞减数分裂和雌性生育中的作用 | NA | 探究ESRP1在卵母细胞发育和雌性生育中的作用 | 小鼠卵母细胞和雌性生育能力 | NA | 雌性不育 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及六个月大的ESRP1敲除小鼠 |
| 93 | 2024-08-21 |
Genome-wide analysis of common and rare variants via multiple knockoffs at biobank scale, with an application to Alzheimer disease genetics
2021-12-02, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2021.10.009
PMID:34767756
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研究论文 | 本文提出了一种可扩展的基于knockoff的方法KnockoffScreen-AL，用于分析常见和罕见变异，并在英国生物库的388,051个WG-imputed样本中应用于阿尔茨海默病遗传分析 | KnockoffScreen-AL方法能够处理生物库规模的罕见遗传变异分析，并发现了传统关联测试遗漏的14个显著位点 | NA | 开发一种新的基于knockoff的方法，用于大规模基因组分析中的位点发现和因果变异优先级排序 | 常见和罕见遗传变异，以及阿尔茨海默病的遗传关联 | 遗传学 | 阿尔茨海默病 | Knockoff方法，单细胞RNA测序，蛋白质组学 | KnockoffScreen-AL | 基因组数据，单细胞转录组数据，蛋白质数据 | 388,051个WG-imputed样本，94,437个临床诊断的AD样本，143,793个单核转录组，735个对照组和AD相关疾病的受试者 |
| 94 | 2024-08-21 |
MAB21L1 modulates gene expression and DNA metabolic processes in the lens placode
2021-12-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.049251
PMID:34779479
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研究论文 | 本研究通过电子显微镜和单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了Mab21l1基因敲除小鼠的晶状体外胚层早期单细胞水平表型 | 首次揭示了MAB21L1在晶状体基板形成过程中调节晶状体特异性基因表达和DNA/核苷酸代谢过程的作用 | NA | 探究MAB21L1在晶状体基板形成中的作用及其对基因表达和DNA代谢过程的调控 | Mab21l1基因敲除小鼠的晶状体外胚层 | NA | 先天性小脑、眼部、颅面和生殖系统（COFG）综合征 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 131个基因下调，148个基因上调 |
| 95 | 2024-08-21 |
Leukotriene B4 Is a Major Determinant of Leukocyte Recruitment During Otitis Media
2021, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2021.768815
PMID:35004347
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研究论文 | 本研究探讨了白三烯B4（LTB4）在急性中耳炎（OM）中的作用，通过基因表达分析和LTB4受体抑制剂的使用，观察了LTB4在炎症细胞招募中的关键作用。 | 首次详细研究了LTB4在急性中耳炎中的作用，并证明了LTB4受体拮抗剂在治疗OM中的潜在价值。 | 研究主要集中在LTB4的作用上，未全面探讨其他趋化因子在中耳炎中的作用。 | 研究LTB4在急性中耳炎中的作用及其对炎症反应的影响。 | 中耳感染非类型化流感嗜血杆菌（NTHi）的LTB4相关基因表达和中耳炎症反应。 | NA | 中耳炎 | 基因阵列分析，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 中耳感染NTHi的样本 |
| 96 | 2024-08-20 |
Cellular heterogeneity of circulating CD4+CD8+ double-positive T cells characterized by single-cell RNA sequencing
2021-12-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-03013-4
PMID:34880348
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了食蟹猴外周血中循环CD4+CD8+双阳性T细胞的组成和特性 | 研究发现循环中的CD4+CD8+双阳性T细胞不仅包含大量幼稚细胞，还包含多种具有潜在功能的异质性细胞群 | 尽管研究揭示了循环CD4+CD8+双阳性T细胞的更多亚型，但这一群体本身非常小 | 研究循环CD4+CD8+双阳性T细胞的组成和特性 | 食蟹猴外周血中的循环CD4+CD8+双阳性T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 食蟹猴的外周血样本 |
| 97 | 2024-08-20 |
Roles of Macrophages in Atherogenesis
2021, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2021.785220
PMID:34899348
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综述 | 本文综述了巨噬细胞在动脉粥样硬化不同阶段中的作用，并描述了基于巨噬细胞的治疗方法 | 利用单细胞测序技术探讨了病变中巨噬细胞的异质性 | NA | 探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化中的作用及潜在治疗策略 | 巨噬细胞在动脉粥样硬化中的作用及其治疗潜力 | NA | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 98 | 2024-08-20 |
Aging of the Hematopoietic Stem Cell Niche: New Tools to Answer an Old Question
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.738204
PMID:34858399
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综述 | 本文综述了骨髓微环境老化对造血干细胞（HSC）功能的影响，并介绍了用于研究老化过程中骨髓微环境特定改变的新工具 | 文章介绍了跨学科方法开发的新技术工具，如特定的小鼠模型、共培养系统、新的三维成像工具、骨化小体和模拟骨髓系统，以及单细胞测序技术、空间转录组学和人工智能深度学习方法在数据分析和整合中的应用 | NA | 探讨骨髓微环境老化对造血干细胞功能的影响，并介绍用于研究老化过程中骨髓微环境特定改变的新工具 | 造血干细胞（HSC）及其微环境 | NA | NA | 单细胞测序技术、空间转录组学、人工智能和深度学习 | NA | NA | NA |
| 99 | 2024-08-20 |
Single-Cell Sequencing Reveals Differential Cell Types in Skin Tissues of Liaoning Cashmere Goats and Key Genes Related Potentially to the Fineness of Cashmere Fiber
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.726670
PMID:34858469
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和计算模型，在辽宁绒山羊的皮肤组织中鉴定了13种皮肤细胞类型，并分析了与绒毛形成相关的细胞簇中的枢纽基因 | 首次在单细胞水平上揭示了辽宁绒山羊皮肤组织中与绒毛细度相关的细胞类型和关键基因 | NA | 探究绒毛细度在细胞水平的调控机制 | 辽宁绒山羊的皮肤组织 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 计算模型 | 基因表达数据 | NA |
| 100 | 2024-08-20 |
The Potential Prognostic Role of Oligosaccharide-Binding Fold-Containing Protein 2A (OBFC2A) in Triple-Negative Breast Cancer
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.751430
PMID:34868954
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研究论文 | 本研究旨在通过分析乳腺癌蛋白质组和转录组数据集，探讨三阴性乳腺癌（TNBC）的潜在预后标志物 | 发现OBFC2A蛋白在三阴性乳腺癌中具有独立的预后标志物作用，并与其免疫功能相关 | NA | 探讨三阴性乳腺癌的潜在预后标志物 | 三阴性乳腺癌患者的预后 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 蛋白质组和转录组数据 | 来自CPTAC的六种候选蛋白质，以及来自METABRIC的数据集 |