单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 961 - 980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 961 | 2024-08-08 |
Identifying Diagnostic and Prognostic Biomarkers and Candidate Therapeutic Drugs of Gastric Cancer Based on Transcriptomics and Single-Cell Sequencing
2021, Pathology oncology research : POR
DOI:10.3389/pore.2021.1609955
PMID:34899080
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研究论文 | 本研究通过转录组学和单细胞测序技术，筛选并验证了胃癌的诊断和预后生物标志物以及潜在的治疗药物靶点 | 本研究通过整合GSE54129和TCGA STAD数据集，识别了胃癌中的关键基因，并通过单细胞RNA测序进一步验证了这些基因的表达 | 本研究主要依赖于公共数据库和单细胞测序数据，可能存在样本选择偏倚和数据集的局限性 | 探索胃癌的新诊断和预后指标以及潜在的治疗靶点 | 胃癌的诊断、预后以及治疗药物敏感性 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 222个重叠基因，17个关键基因 |
| 962 | 2024-08-08 |
MultiCapsNet: A General Framework for Data Integration and Interpretable Classification
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.767602
PMID:34899854
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MultiCapsNet的新型深度学习模型，该模型基于CapsNet和scCapsNet构建，具有数据集成简便和模型解释性高的优点 | MultiCapsNet模型能够处理模块化特征，这在生物学领域中常见，并且提供了数据源的重要性评分，无需额外的评分确定步骤 | NA | 展示MultiCapsNet作为可解释分类器处理模块化输入的能力 | MultiCapsNet模型在不同数据类型和应用场景下的性能 | 机器学习 | NA | 深度学习 | CapsNet | 数据集 | 三个不同数据类型和应用场景的数据集 |
| 963 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Multiple Pathways and the Tumor Microenvironment Could Lead to Chemotherapy Resistance in Cervical Cancer
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.753386
PMID:34900703
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了宫颈癌组织中的细胞，揭示了化疗耐药性的分子机制及其与肿瘤微环境的关系 | 首次全面分析了预处理和化疗耐药的宫颈癌组织细胞，揭示了化疗耐药性的分子机制 | 研究样本仅包括宫颈鳞状细胞癌、宫颈腺癌和慢性宫颈炎，可能无法完全代表所有宫颈癌类型 | 旨在全面分析宫颈癌组织细胞，生成细胞群体的分子普查，并探讨化疗耐药性的分子机制 | 宫颈鳞状细胞癌、宫颈腺癌和慢性宫颈炎患者的活检组织 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 24,371个细胞 |
| 964 | 2024-08-08 |
Chromatin Accessibility Predetermines Odontoblast Terminal Differentiation
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.769193
PMID:34901015
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序，揭示了牙本质生成过程中染色质可及性与成牙本质细胞终末分化的关系 | 首次展示了染色质可及性在成牙本质细胞终末分化中的作用，并通过时间序列ATAC-seq实验验证了ATF5的正向作用 | NA | 探讨染色质可及性如何影响成牙本质细胞的终末分化 | 成牙本质细胞的分化过程及相关的染色质可及性变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, ATAC-seq, H3K27Ac CUT and Tag | NA | RNA序列, 染色质可及性数据 | 使用E18.5的牙乳头细胞进行研究 |
| 965 | 2024-08-08 |
Emerging Technologies to Study the Glomerular Filtration Barrier
2021, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2021.772883
PMID:34901088
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序、生物信息学空间转录组学以及肾脏类器官和芯片上的肾小球等技术，对肾小球滤过屏障病理生理学的理解 | 介绍了单细胞RNA测序和生物信息学空间转录组学等新技术在研究肾小球滤过屏障中的应用 | NA | 探讨新技术如何促进对肾小球病理生理学的理解，并推动个性化治疗策略的发展 | 肾小球滤过屏障的细胞和分子变化 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 966 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Profiles Reveal Fibrocytes as Potential Targets of Cell Therapies for Abdominal Aortic Aneurysm
2021, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2021.753711
PMID:34901214
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了腹主动脉瘤（AAA）的小鼠模型，揭示了纤维细胞在AAA发展中的潜在作用 | 发现了多种巨噬细胞亚型，并首次定义了CD45COL1纤维细胞在AAA中的作用 | NA | 探索腹主动脉瘤形成和发病机制中不同血管和免疫细胞的作用 | 腹主动脉瘤（AAA）中的巨噬细胞、B细胞、T细胞、成纤维细胞、平滑肌细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 小鼠和人类AAA组织 |
| 967 | 2024-08-08 |
FEM: mining biological meaning from cell level in single-cell RNA sequencing data
2021, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.12570
PMID:34909283
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研究论文 | 本文开发了功能表达矩阵（FEM）算法，用于从单细胞RNA测序数据中挖掘细胞层面的生物学意义 | FEM算法能够利用所有表达基因的信息，将基因表达矩阵（GEM）转换为FEM，从而提供单个细胞的生物学意义 | NA | 探索表达数据分析中基因的生物学意义或功能 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-SEQ） | 功能表达矩阵（FEM）算法 | 基因表达数据 | 三个数据集（外周血单个核细胞、人肝脏和人胰腺） |
| 968 | 2024-08-08 |
Transcriptomic and Single-Cell Analysis Reveals Regulatory Networks and Cellular Heterogeneity in Mouse Primary Sjögren's Syndrome Salivary Glands
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.729040
PMID:34912329
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研究论文 | 本文通过转录组和单细胞分析揭示了小鼠原发性Sjögren's综合征唾液腺中的调控网络和细胞异质性 | 本文通过RNA测序和单细胞RNA测序分析，揭示了与Sjögren's综合征病理生物学相关的重要通路和调控网络，以及疾病细胞群体的分子和细胞异质性 | NA | 阐明Sjögren's综合征的分子本质，为靶向治疗提供新见解 | 小鼠原发性Sjögren's综合征唾液腺 | 数字病理学 | 自身免疫病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了已建立的原发性Sjögren's综合征小鼠模型的下颌下腺 |
| 969 | 2024-08-08 |
Identification of the Nerve-Cancer Cross-Talk-Related Prognostic Gene Model in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.788671
PMID:34912722
|
研究论文 | 本研究构建了一个基于神经-癌症交叉对话相关基因（NCCGs）的预后模型，用于预测头颈部鳞状细胞癌（HNSC）的生存率 | 首次构建了基于NCCGs的预后模型，并验证了其在HNSC中的有效性 | NA | 探索神经-癌症交叉对话相关基因在头颈部鳞状细胞癌中的作用，并构建预后模型 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSC）及其相关基因 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | TCGA-HNSC队列中共有23个基因上调或下调 |
| 970 | 2024-08-08 |
Bone Marrow Adipocytes: A Critical Player in the Bone Marrow Microenvironment
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.770705
PMID:34912805
|
综述 | 本文综述了骨髓脂肪细胞（BMAs）的起源、分化及其在造血、成骨、破骨细胞生成和免疫调节中的作用 | BMAs被认为是骨髓相关疾病（如骨质疏松和白血病）的新治疗靶点 | NA | 探讨BMAs在骨髓微环境中的关键作用及其在疾病治疗中的潜在价值 | 骨髓脂肪细胞及其在骨髓微环境中的功能 | NA | 骨质疏松, 白血病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 971 | 2024-08-08 |
Molecular Characterization and Clinical Relevance of ANXA1 in Gliomas via 1,018 Chinese Cohort Patients
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.777182
PMID:34912807
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研究论文 | 本研究通过对中国1,018名胶质瘤患者的RNA测序和全外显子测序数据进行分析，探讨了ANXA1在胶质瘤中的分子特征及其临床相关性 | 首次揭示了ANXA1在胶质瘤中的表达与恶性进展、临床行为及患者生存结果的密切关系，并发现其在M2巨噬细胞和间质型肿瘤细胞中的高表达 | NA | 探讨ANXA1在胶质瘤中的生物学作用及其临床意义 | ANXA1在胶质瘤中的表达及其对患者生存结果的影响 | 数字病理学 | 脑瘤 | RNA测序, 全外显子测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1,018名中国胶质瘤患者, 286例全外显子测序数据, 270例不同组织区域的胶质母细胞瘤样本, 7,630个单细胞 |
| 972 | 2024-08-08 |
Robotic high-throughput biomanufacturing and functional differentiation of human pluripotent stem cells
2021-12-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.11.004
PMID:34861164
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研究论文 | 本文介绍了一种机器人平台，用于高效生产人类诱导多能干细胞（hiPSCs）并实现其功能性分化 | 开发了一种全自动的机器人平台，用于在化学定义条件下进行hiPSC的培养和分化，实现了高吞吐量和标准化生产 | NA | 建立一个集成平台，用于高效细胞制造，以支持疾病模型、药物筛选和细胞治疗 | 人类诱导多能干细胞（hiPSCs）及其功能性分化 | 生物技术 | NA | 单细胞转录组学、质谱流式细胞术、代谢分析、电生理学 | NA | 细胞 | 最多90种不同患者和疾病特异性细胞系 |
| 973 | 2024-08-08 |
Mouse and human share conserved transcriptional programs for interneuron development
2021-Dec-10, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abj6641
PMID:34882453
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research paper | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了人类胎儿脑中纹状体和皮质γ-氨基丁酸能神经元的起源结构——神经节隆起的细胞多样性 | 发现人类和啮齿类动物在中间神经元发育过程中共享保守的转录程序 | NA | 探究遗传变异如何通过影响特定细胞类型的发育而导致神经发育障碍 | 人类和啮齿类动物的中间神经元发育 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 974 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis identifies a key role for Hhip in murine coronal suture development
2021-12-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-27402-5
PMID:34880220
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析胚胎期野生型小鼠冠状缝合线，定义其细胞群体结构，并探讨Hhip在冠状缝合线发育中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了小鼠冠状缝合线的细胞群体结构，并揭示了Hhip在调控缝合线发育中的重要作用 | NA | 研究Hhip在小鼠冠状缝合线发育中的作用 | 小鼠冠状缝合线的细胞群体结构及Hhip的表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 胚胎期E16.5和E18.5的野生型小鼠冠状缝合线样本 |
| 975 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-sequencing reveals the dynamic process and novel markers in porcine spermatogenesis
2021-Dec-07, Journal of animal science and biotechnology
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s40104-021-00638-3
PMID:34872612
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了150天龄猪睾丸中约16,966个细胞的转录组，揭示了猪精子发生过程中的动态变化和新标记物。 | 首次通过单细胞RNA测序分析了猪睾丸中雄性生殖细胞和体细胞的转录组，并发现了四个精子细胞亚群及两个新的细胞表面标记物。 | NA | 研究猪精子发生过程中的转录组动态变化和新标记物。 | 猪睾丸中的生殖细胞和体细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 约16,966个睾丸细胞 |
| 976 | 2024-08-08 |
Representation learning of RNA velocity reveals robust cell transitions
2021-12-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2105859118
PMID:34873054
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Velocity Autoencoder（VeloAE）的表示学习方法，用于学习RNA速度的低维表示，从而稳健地估计细胞过渡 | 提出了一种新的表示学习方法VeloAE，用于处理高维RNA速度数据中的不稳定和不准确问题 | NA | 旨在提高RNA速度技术在量化细胞过渡和揭示异质细胞群中瞬态细胞动力学的准确性和稳定性 | RNA速度数据和细胞过渡 | 生物信息学 | NA | RNA速度 | Autoencoder | 转录组数据 | 多个实验数据集 |
| 977 | 2024-08-08 |
An efficient scRNA-seq dropout imputation method using graph attention network
2021-Dec-07, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04493-x
PMID:34876032
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研究论文 | 本文提出了一种基于图注意力网络的自动编码器结构网络GNNImpute，用于单细胞RNA测序数据中的dropout事件插补 | GNNImpute利用图注意力卷积聚合多层次相似细胞信息，并在非欧几里得空间的scRNA-seq数据上进行卷积操作，能准确有效地插补dropout并减少dropout噪声 | NA | 开发一种有效的单细胞RNA测序数据dropout插补方法 | 单细胞RNA测序数据中的dropout事件 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 图注意力网络 | 基因表达数据 | 分析了四个真实数据集 |
| 978 | 2024-08-08 |
Delineation of colorectal cancer ligand-receptor interactions and their roles in the tumor microenvironment and prognosis
2021-12-07, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-021-03162-0
PMID:34876143
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研究论文 | 本研究通过分析结直肠癌中单细胞RNA测序数据，揭示了配体-受体相互作用的模式及其在肿瘤微环境和预后中的作用 | 本研究通过深入分析现有的配体-受体对，为结直肠癌亚型分类提供了新思路，为结直肠癌患者提供了一种新的风险筛查工具，并发现了潜在的配体-受体对目标和治疗途径 | NA | 研究配体-受体相互作用在结直肠癌中的模式及其对肿瘤微环境和临床价值的影响 | 结直肠癌中的配体-受体相互作用及其在肿瘤微环境和预后中的作用 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 55,539个单细胞RNA测序样本来自29名结直肠癌患者和1411名结直肠癌患者的三个批量RNA-seq数据集 |
| 979 | 2024-08-08 |
Traditional chinese medicine syndromes classification associates with tumor cell and microenvironment heterogeneity in colorectal cancer: a single cell RNA sequencing analysis
2021-Dec-07, Chinese medicine
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s13020-021-00547-7
PMID:34876190
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析结直肠癌中肿瘤细胞和微环境的异质性与中医证候分类的相关性 | 首次探讨了结直肠癌中肿瘤异质性与中医证候分类的关系，并揭示了不同证候分类下的肿瘤细胞特征基因和基因共表达网络 | 研究样本量较小，仅涉及11个原发性结直肠癌肿瘤，可能影响结果的普遍性 | 探讨结直肠癌中肿瘤异质性与中医证候分类的相关性和意义 | 结直肠癌中的肿瘤细胞和微环境异质性 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 11个原发性结直肠癌肿瘤，共662个细胞 |
| 980 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic identified HIF1A as a target for attenuating acute rejection after heart transplantation
2021-12-06, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-021-00904-5
PMID:34870762
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，探索了心脏移植后急性排斥反应中免疫细胞的代谢变化，并发现HIF1A作为潜在的治疗靶点 | 首次揭示了心脏移植后急性排斥反应中免疫细胞代谢的变化，并确定了HIF1A作为调节免疫代谢的新治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，需要在人体中进一步验证HIF1A抑制剂的效果 | 探索心脏移植后急性排斥反应的新治疗靶点 | 心脏移植后的急性排斥反应及免疫细胞代谢 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 共分析了46,040个细胞，包括20种免疫细胞亚型 |