单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2886 篇文献，本页显示第 921 - 940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 921 | 2024-08-07 |
Cortical overgrowth in a preclinical forebrain organoid model of CNTNAP2-associated autism spectrum disorder
2021-09-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-24358-4
PMID:34471112
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研究论文 | 本研究利用从患有综合征型自闭症谱系障碍（ASD）的患者诱导多能干细胞生成的前脑类器官，研究了CNTNAP2基因突变对胚胎期皮层发育的影响 | 首次使用前脑类器官模型研究CNTNAP2突变对ASD的影响，并成功利用CRISPR-Cas9技术纠正突变以恢复类器官的生长表型 | NA | 研究CNTNAP2基因突变对自闭症谱系障碍患者胚胎期皮层发育的影响 | 前脑类器官及单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 从患有CNTNAP2基因突变的ASD患者中获取的诱导多能干细胞生成的前脑类器官 | NA | NA | NA | NA |
| 922 | 2024-08-07 |
Extrathymic Aire-expressing cells support maternal-fetal tolerance
2021-07-16, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abf1968
PMID:34272228
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研究论文 | 研究探讨了AIRE表达细胞在母体-胎儿耐受中的作用，发现母体中AIRE表达细胞的缺失会导致小鼠早期妊娠中的宫内生长受限 | 报道了一种维持母体-胎儿免疫稳态的新机制，并证明外胸腺AIRE表达细胞（eTACs）保护胚胎免受免疫介导的宫内生长受限 | NA | 研究AIRE表达细胞在母体-胎儿耐受中的作用 | AIRE表达细胞在母体-胎儿耐受中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠妊娠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 923 | 2024-08-07 |
Smek1 deficiency exacerbates experimental autoimmune encephalomyelitis by activating proinflammatory microglia and suppressing the IDO1-AhR pathway
2021-Jun-28, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-021-02193-0
PMID:34183017
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研究论文 | 研究探讨了抑制MEK1的调节亚基SMEK1的部分功能丧失如何促进多发性硬化症（MS）和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的发病机制 | 首次揭示了Smek1在维持免疫抑制功能中的作用，并通过调节吲哚胺2,3-双加氧酶（IDO1）-芳香烃受体（AhR）途径来保护自身免疫性脱髓鞘病理过程 | NA | 探究SMEK1基因缺陷如何影响MS和EAE的发病 | C57BL/6小鼠 | NA | 多发性硬化症 | 免疫组织化学染色、定量聚合酶链反应（qPCR）、蛋白质印迹分析、酶联免疫吸附试验（ELISA）、流式细胞术、单细胞测序 | NA | 组织样本 | C57BL/6小鼠接种髓鞘少突胶质细胞糖蛋白35-55（MOG35-55）后的EAE模型 | NA | NA | NA | NA |
| 924 | 2024-08-07 |
Differential RA responsiveness among subsets of mouse late progenitor spermatogonia
2021-05-05, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-21-0031
PMID:33835049
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研究论文 | 本文研究了小鼠晚期生殖干细胞在不同子集对视黄酸（RA）的反应差异 | 首次功能性地测试了表达视黄酸受体γ（RARG）的生殖干细胞对RA的反应，并发现RARG单独不足以在小鼠睾丸中启动生殖干细胞对RA的反应 | NA | 探究小鼠晚期生殖干细胞在不同子集对视黄酸的反应差异 | 小鼠晚期生殖干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个小鼠睾丸样本 | NA | NA | NA | NA |
| 925 | 2024-08-07 |
Single-Cell Sequencing of Brain Cell Transcriptomes and Epigenomes
2021-01-06, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2020.12.010
PMID:33412093
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research paper | 本文讨论了单细胞转录组和表观基因组测序的基本原理、数据的整合计算分析以及在神经科学中的关键应用 | 单细胞测序技术通过直接测量数千到数百万个单个细胞中的多种分子特征，全面表征了脑细胞类型的多样性，揭示了塑造细胞身份的基因调控机制 | NA | 深入理解神经回路的细胞构成，揭示脑细胞群体之间的发育和进化关系 | 脑细胞的转录组和表观基因组 | digital pathology | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组和表观基因组数据 | 数千到数百万个单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 926 | 2024-08-07 |
Genomic Profiling of Virulence in the Soybean Cyst Nematode Using Single-Nematode Sequencing
2021-Jan, Phytopathology
IF:2.6Q2
DOI:10.1094/PHYTO-08-20-0348-FI
PMID:33100145
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研究论文 | 本研究使用单个线虫的单细胞RNA测序方法，分析了豆杆囊线虫（SCN）的基因组特征，以识别可能参与抗性基因突破的SCN基因 | 首次建立了单个SCN个体的完整转录组，并识别出一系列针对主要SCN抗性源的假定毒力基因 | NA | 旨在揭示豆杆囊线虫克服抗性基因的机制 | 豆杆囊线虫（SCN）及其在抗性大豆品种上的毒力基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单个SCN个体 | NA | NA | NA | NA |
| 927 | 2024-08-07 |
Pattern Recognition Receptors (PRRs) in Macrophages Possess Prognosis and Immunotherapy Potential for Melanoma
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.765615
PMID:34858419
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研究论文 | 本研究分析了20种典型的模式识别受体（PRRs）在9502名患者33种肿瘤样本中的表达，并构建了基于PRRs表达的皮肤黑色素瘤（SKCM）预后模型，探讨了PRRs在黑色素瘤中的预后潜力和免疫治疗价值。 | 首次全面评估了PRRs家族在不同癌症临床预后中的意义，并发现PRRs在黑色素瘤中的表达与预后呈显著正相关，且PRR-based Cox模型比单一PRR具有更好的预后潜力。 | 研究主要集中在皮肤黑色素瘤，对其他肿瘤类型的PRRs预后潜力分析较少。 | 探讨PRRs在黑色素瘤中的预后潜力和免疫治疗价值。 | 分析PRRs在不同肿瘤中的表达及其对预后和免疫治疗的影响。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞测序 | Cox预后模型 | 基因表达数据 | 9502名患者的肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 928 | 2024-08-07 |
A COMPOSITIONAL MODEL TO ASSESS EXPRESSION CHANGES FROM SINGLE-CELL RNA-SEQ DATA
2021-Jun, The annals of applied statistics
DOI:10.1214/20-aoas1423
PMID:37332668
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research paper | 本文介绍了一种经验贝叶斯混合方法，用于评估单细胞RNA-seq数据中基因表达变化的分布 | 该方法利用细胞亚型结构，通过聚类分析增强基因水平上的表达变化信息，并引入了一种特殊的先验分布，以支持多亚型间的差异表达模式评分 | NA | 评估和改进在单细胞RNA-seq数据中检测基因表达分布变化的方法 | 单细胞RNA-seq数据中的基因表达变化 | natural language processing | NA | RNA-seq | empirical Bayesian mixture model | single-cell RNA-seq data | NA | NA | NA | NA | NA |
| 929 | 2024-08-08 |
Accumulation of cytotoxic T cells in the aged CNS leads to axon degeneration and contributes to cognitive and motor decline
2021-04, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-021-00049-z
PMID:37117598
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研究论文 | 研究揭示了在衰老的中央神经系统（CNS）中，细胞毒性CD8 T淋巴细胞的积累导致轴突退化，并促进认知和运动功能的下降 | 首次详细探讨了CD8 T细胞在衰老CNS中的作用，并通过单细胞转录组学分析了其群体异质性 | 研究主要基于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨衰老CNS中细胞毒性CD8 T细胞的作用及其对神经结构和功能的影响 | 衰老的中央神经系统中的CD8 T细胞及其对轴突和认知功能的影响 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 成年和老年小鼠脑组织，以及老年人类白质尸检材料 | NA | NA | NA | NA |
| 930 | 2024-08-08 |
Pseudotime Ordering Single-Cell Transcriptomic of β Cells Pancreatic Islets in Health and Type 2 Diabetes
2021-Oct, Phenomics (Cham, Switzerland)
DOI:10.1007/s43657-021-00024-z
PMID:36939754
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序数据，构建了健康和2型糖尿病中胰腺β细胞的伪时间轨迹，以探索β细胞在疾病中的转录变化 | 首次通过伪时间分析揭示了β细胞在健康和2型糖尿病中的不同状态，并识别了相关的生物标志物基因 | NA | 研究β细胞在健康和2型糖尿病中的转录异质性及其在疾病中的作用 | 胰腺β细胞在健康和2型糖尿病中的转录变化 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | Monocle2 | 转录组数据 | 使用了公开可用的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 931 | 2024-08-08 |
Advances in understanding the formation and fate of B-cell memory in response to immunization or infection
2021, Oxford open immunology
DOI:10.1093/oxfimm/iqab018
PMID:36845573
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综述 | 本文综述了近年来在理解免疫接种或感染后B细胞记忆形成和命运方面的进展 | 利用单细胞测序技术和其他尖端技术，提高了对生发中心内B细胞命运决策的研究分辨率和准确性 | NA | 探讨免疫记忆的形成机制及其对新病原体如严重急性呼吸综合征冠状病毒2的持久免疫潜力 | B细胞记忆的形成和命运 | 免疫学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 932 | 2024-08-08 |
satuRn: Scalable analysis of differential transcript usage for bulk and single-cell RNA-sequencing applications
2021, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.51749.2
PMID:36762203
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research paper | 介绍了一种名为satuRn的快速灵活的准二项式广义线性建模框架，用于分析差异转录本使用情况 | satuRn框架在性能上与最佳的差异转录本使用分析方法相当，同时提供了良好的错误发现率控制，能够处理复杂的实验设计，并适用于大规模单细胞转录组测序数据 | NA | 开发一种能够分析差异转录本使用情况的新工具，适用于批量和单细胞RNA测序应用 | 差异转录本使用分析工具的性能、复杂实验设计的处理能力以及大规模单细胞转录组测序数据的适用性 | RNA-seq | NA | RNA-seq | 准二项式广义线性模型 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 933 | 2024-08-08 |
Deconvolution of Focal Segmental Glomerulosclerosis Pathophysiology Using Transcriptomics Techniques
2021-Oct, Glomerular diseases
DOI:10.1159/000518404
PMID:36751384
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研究论文 | 本文利用转录组学技术对局灶节段性肾小球硬化症的病理生理进行了解卷积分析 | 文章介绍了新的转录组学技术，如下一代测序技术，包括RNA测序和单细胞转录组学，这些技术有助于发现新的临床应用生物标志物 | NA | 旨在通过转录组学技术识别可应用于临床实践的基因表达生物标志物 | 局灶节段性肾小球硬化症患者 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大型患者队列 | NA | NA | NA | NA |
| 934 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling lights different cell trajectories in plants
2021-Mar, aBIOTECH
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s42994-021-00040-7
PMID:36304478
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综述 | 本文主要讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）方法在植物干细胞维持和分化、细胞对环境变化的响应以及scRNA-seq改进策略方面的最新见解 | 介绍了scRNA-seq在植物干细胞维持和分化中的应用，以及空间转录组学、表观基因组学和单细胞多组学等技术的新视角 | NA | 探讨scRNA-seq在植物干细胞维持和分化中的应用及其改进策略 | 植物干细胞的维持和分化 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 935 | 2024-08-08 |
SCAN-IT: Domain segmentation of spatial transcriptomics images by graph neural network
2021-Nov, BMVC : proceedings of the British Machine Vision Conference. British Machine Vision Conference
PMID:36227018
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研究论文 | 本文开发了一种基于深度学习的方法SCAN-IT，通过将空间域识别问题转化为图像分割问题，利用图神经网络对空间转录组图像进行域分割 | SCAN-IT方法结合了几何建模、图神经网络和DeepGraphInfomax信息学方法，能够处理来自不同空间转录组技术的数据，包括高空间分辨率低基因覆盖率和低空间分辨率高基因覆盖率的数据 | NA | 开发一种新的方法用于空间转录组图像的域分割，以更好地理解和控制生物功能 | 复杂生物组织的空间和功能域分割 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组技术 | 图神经网络 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 936 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals spatial heterogeneity and immune evasion of circulating tumor cells
2021-11-24, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 937 | 2024-08-08 |
Benchmarking Single-Cell mRNA-Sequencing Technologies Uncovers Differences in Sensitivity and Reproducibility in Cell Types With Low RNA Content
2021-12-15, Journal of biomolecular techniques : JBT
DOI:10.7171/3fc1f5fe.dbeabb2a
PMID:35837268
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研究论文 | 本文通过比较SMART-Seq Single Cell PLUS Kit (SSsc PLUS)与Smart-seq2和Smart-seq3等方法，评估了单细胞mRNA测序技术的灵敏度和可重复性 | SSsc PLUS在便利性、灵敏度、基因识别和可重复性方面优于其他全长方法，并兼容自动化平台 | NA | 评估单细胞mRNA测序技术的灵敏度和可重复性 | 单细胞mRNA测序技术 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 938 | 2024-08-08 |
Comparative Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Platforms and Methods
2021-12-15, Journal of biomolecular techniques : JBT
DOI:10.7171/3fc1f5fe.3eccea01
PMID:35837267
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研究论文 | 本文比较了基于微流控、基于平板和基于液滴的单细胞RNA测序技术在多个平台上的应用 | 本文首次全面比较了不同单细胞RNA测序平台和技术，包括Fluidigm C1、WaferGen iCell8、10x Genomics Chromium Controller和Illumina/BioRad ddSEQ | 本文主要关注技术比较，未涉及临床应用或其他生物学验证 | 展示用于分析单个细胞中超低量RNA的RNA测序方法 | SUM149PT细胞在组蛋白去乙酰化酶抑制剂曲古抑菌素A处理和未处理条件下的单细胞RNA测序数据 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及多个单细胞RNA测序平台，具体细胞数量未详细说明 | NA | NA | NA | NA |
| 939 | 2024-08-08 |
Identification of Somatic Mutations From Bulk and Single-Cell Sequencing Data
2021, Frontiers in aging
IF:3.3Q2
DOI:10.3389/fragi.2021.800380
PMID:35822012
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综述 | 本文综述了从批量和单细胞测序数据中识别体细胞突变的方法及其面临的挑战 | 介绍了最新的体细胞突变识别方法，并讨论了当前技术在排除全基因组扩增过程中产生的技术伪影方面的挑战 | 需要进一步解决在全基因组扩增过程中产生的技术伪影问题 | 总结体细胞突变识别方法的最新进展并探讨未来需要解决的挑战 | 体细胞突变及其在癌症和非癌症疾病中的作用 | 基因组学 | NA | 下一代测序 | NA | DNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 940 | 2024-08-08 |
Computational tools for analyzing single-cell data in pluripotent cell differentiation studies
2021-10-25, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100087
PMID:35474899
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综述 | 本文综述了用于分析单细胞数据以研究多能细胞分化的计算方法 | 探讨了单细胞技术在多能细胞分化研究中的应用，特别是在优化分化协议、验证、鲁棒性和使用方面的潜力 | NA | 旨在讨论计算方法在单细胞组学和成像数据分析中的应用，以解决多能细胞分化过程中的一些主要挑战 | 单细胞组学和成像数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 组学数据，成像数据 | NA | NA | NA | NA | NA |