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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 881 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of Schistosoma mansoni identifies a conserved genetic program controlling germline stem cell fate
2021-01-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20794-w
PMID:33473133
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了血吸虫的生殖干细胞命运调控的遗传程序 | 首次揭示了血吸虫生殖干细胞增殖与分化的遗传调控机制,并发现该机制在扁形动物中具有保守性 | NA | 研究血吸虫生殖干细胞的分子调控机制 | 血吸虫的生殖干细胞 | 分子生物学 | 寄生虫病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 882 | 2024-08-07 |
Machine learning identifies novel blood protein predictors of penetrating and stricturing complications in newly diagnosed paediatric Crohn's disease
2021-01, Alimentary pharmacology & therapeutics
IF:6.6Q1
DOI:10.1111/apt.16136
PMID:33131065
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法,识别出与新诊断的儿童克罗恩病穿透性和狭窄并发症相关的新型血液蛋白质预测因子。 | 本研究首次识别出与儿童克罗恩病进展相关的特定血液蛋白质标记物,这些标记物在肠道和血液中的细胞表达有显著差异。 | 研究样本量相对较小,且仅限于儿童克罗恩病患者,可能限制了结果的普遍性。 | 旨在识别与克罗恩病并发症相关的新型血液蛋白质生物标志物。 | 新诊断的儿童克罗恩病患者及其穿透性和狭窄并发症。 | 机器学习 | 克罗恩病 | 近端延伸分析(Olink Proteomics) | 随机生存森林(RSF) | 蛋白质 | 265名患者,平均年龄11.6岁,其中73名患者出现狭窄并发症,34名患者出现穿透并发症。 | NA | NA | NA | NA |
| 883 | 2024-08-07 |
Exploring tissue architecture using spatial transcriptomics
2021-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03634-9
PMID:34381231
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综述 | 本文综述了空间转录组技术及其在生物学研究中的应用 | 介绍了空间转录组技术在探索组织结构中的创新应用 | NA | 探讨基因活动如何调控多细胞生物中的复杂细胞排列 | 空间转录组技术在神经科学、发育生物学、植物生物学及疾病研究中的应用 | 生物信息学 | 癌症 | 下一代测序技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 884 | 2024-08-07 |
An interactive single cell web portal identifies gene and cell networks in COVID-19 host responses
2021-Oct-22, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103115
PMID:34522848
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研究论文 | 本文通过整合COVID-19和其他对照条件下的血液、支气管肺泡灌洗液和组织样本的单细胞转录组数据,开发了一个交互式单细胞网络门户ToppCell,用于探索和比较细胞特征,以发现新的基因和细胞网络。 | 本文创新性地开发了一个交互式网络门户ToppCell,允许用户探索和比较不同条件下的单细胞转录组数据,从而发现新的基因和细胞网络。 | NA | 开发一个数据挖掘工具,使用户能够比较和探索细胞特征,以获得洞察并发展新的假设。 | COVID-19和其他对照条件下的血液、支气管肺泡灌洗液和组织样本的单细胞转录组数据。 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞转录组 | NA | 基因表达数据 | 多个COVID-19和其他对照条件的血液、支气管肺泡灌洗液和组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 885 | 2024-08-07 |
Single-dose intranasal vaccination elicits systemic and mucosal immunity against SARS-CoV-2
2021-Sep-24, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103037
PMID:34462731
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研究论文 | 本文报道了一种鼻内单剂次亚单位疫苗的开发,该疫苗使用冻干刺突蛋白和脂质体STING激动剂作为佐剂,能够诱导系统性中和抗体、肺和鼻腔中的IgA以及肺部T细胞反应。 | 该疫苗能够在鼻相关淋巴组织中以类似生发中心的方式协调激活T/B细胞反应,确认其作为诱导持久免疫的诱导位点的作用。 | NA | 验证针对SARS-CoV-2的疫苗平台的更广泛应用。 | SARS-CoV-2病毒的免疫反应。 | NA | 呼吸道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 886 | 2024-08-07 |
Sample processing and single cell RNA-sequencing of peripheral blood immune cells from COVID-19 patients
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100582
PMID:34002169
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研究论文 | 本文描述了从COVID-19患者的外周血单核细胞(PBMCs)中进行单细胞RNA测序(scRNA-seq)的样本处理和分析协议 | 提出了针对COVID-19患者PBMCs样本的采集、处理和分析的新方法 | 血液样本可能含有传染性病毒,免疫细胞亚型的识别可能困难,分析结果的生物学解释复杂 | 深入评估COVID-19患者免疫细胞的转录变化 | COVID-19患者的外周血免疫细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 887 | 2024-08-07 |
Dynamics of B cell repertoires and emergence of cross-reactive responses in patients with different severities of COVID-19
2021-05-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109173
PMID:33991510
|
研究论文 | 研究分析了不同严重程度的COVID-19患者B细胞受体(BCR)库的动态变化及交叉反应性反应的出现 | 首次详细描述了COVID-19患者BCR库的特征,并识别出与疾病严重程度相关的差异性BCR特征 | 研究样本量较小,可能影响结果的普遍性 | 探究COVID-19患者BCR库的特征及其与疾病严重程度的关系 | COVID-19患者的B细胞受体库 | NA | COVID-19 | 高通量测序 | NA | 序列数据 | 19名COVID-19患者 | NA | NA | NA | NA |
| 888 | 2024-08-07 |
Divergent and self-reactive immune responses in the CNS of COVID-19 patients with neurological symptoms
2021-05-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100288
PMID:33969321
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和细胞因子分析,探讨了COVID-19患者中枢神经系统中神经症状的免疫反应机制 | 发现了COVID-19患者中枢神经系统中特定区域的T细胞和B细胞活化,以及与自体免疫相关的抗体反应 | NA | 揭示COVID-19患者中枢神经系统中神经症状的生物学基础 | COVID-19患者的脑脊液和血液 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 7名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 889 | 2024-08-07 |
Systems biological assessment of human immunity to BNT162b2 mRNA vaccination
2021-Apr-22, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-438662/v1
PMID:34013244
|
研究论文 | 本研究采用系统生物学方法,全面分析了56名健康志愿者接种辉瑞-BioNTech mRNA疫苗后的先天和适应性免疫反应 | 首次详细描述了mRNA疫苗接种后免疫系统的反应,包括中和抗体的产生和免疫细胞的激活 | 研究样本仅限于56名健康志愿者,可能无法完全代表所有人群的免疫反应 | 探讨mRNA疫苗如何刺激免疫系统产生保护性免疫反应 | 56名接种了辉瑞-BioNTech mRNA疫苗的健康志愿者的免疫反应 | 疫苗学 | COVID-19 | 系统生物学方法 | NA | 免疫细胞转录组数据 | 56名健康志愿者 | NA | NA | NA | NA |
| 890 | 2024-08-07 |
Multi-cohort analysis of host immune response identifies conserved protective and detrimental modules associated with severity across viruses
2021-04-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.03.002
PMID:33765435
|
研究论文 | 本研究通过分析多个队列中宿主免疫反应,识别出与病毒感染严重程度相关的保守保护性和有害模块 | 本研究首次整合了大量血液转录组和单细胞RNA测序数据,揭示了不同病毒感染下宿主反应的共性和差异 | 研究主要集中在血液样本,可能无法全面反映所有组织中的宿主反应 | 探索不同病毒感染下宿主免疫反应与疾病严重程度的关系 | 16种病毒感染的患者血液转录组和免疫细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 4,780个血液转录组样本和702,970个免疫细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 891 | 2024-08-07 |
Dynamics of B-cell repertoires and emergence of cross-reactive responses in COVID-19 patients with different disease severity
2021-Apr-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2020.07.13.20153114
PMID:32699862
|
研究论文 | 本文通过高通量测序技术研究了COVID-19患者在感染期间B细胞受体(BCR)库的动态变化及其与疾病严重程度的关系 | 首次详细描述了COVID-19患者中B细胞反应的特征,并发现了对SARS-CoV-1和SARS-CoV-2具有交叉反应性的BCR | 研究样本量较小,仅涉及19名患者 | 探究COVID-19患者B细胞库的动态变化及其与疾病严重程度的关联 | COVID-19患者的B细胞库及其对SARS-CoV-2的反应 | NA | COVID-19 | 高通量测序 | NA | 序列数据 | 19名COVID-19患者 | NA | NA | NA | NA |
| 892 | 2024-08-07 |
Impaired local intrinsic immunity to SARS-CoV-2 infection in severe COVID-19
2021-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2021.02.20.431155
PMID:33619488
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研究论文 | 研究分析了35名COVID-19患者和23名非COVID-19患者的鼻咽样本,通过单细胞RNA测序揭示了SARS-CoV-2感染后上呼吸道上皮细胞的重组织化及其对病毒病理的影响。 | 首次详细描述了SARS-CoV-2感染后上呼吸道上皮细胞的重组织化过程,并揭示了细胞类型多样性和异质性对病毒复制的影响。 | 研究样本量有限,且未涵盖所有可能的疾病状态和年龄组,可能影响结果的普遍性。 | 探讨SARS-CoV-2感染对上呼吸道上皮细胞的影响及其在COVID-19严重程度中的作用。 | COVID-19患者的鼻咽样本和非COVID-19患者的鼻咽样本。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 35名COVID-19患者和23名非COVID-19患者 | NA | NA | NA | NA |
| 893 | 2024-08-07 |
Diversified transcriptional responses of myeloid and glial cells in spinal cord injury shaped by HDAC3 activity
2021-02, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abd8811
PMID:33637528
|
research paper | 本研究结合骨髓特异性转录组学和单细胞RNA测序,揭示了脊髓损伤后激活的微胶质细胞和巨噬细胞的共同核心及时间上独特的基因程序 | 发现了脊髓损伤后微胶质细胞和巨噬细胞的多样化转录反应,并揭示了HDAC3在这些过程中的广泛影响 | NA | 探究脊髓损伤后微胶质细胞和巨噬细胞的转录反应及HDAC3的作用 | 脊髓损伤后的微胶质细胞和巨噬细胞 | digital pathology | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 894 | 2024-08-07 |
Characterizing allele- and haplotype-specific copy numbers in single cells with CHISEL
2021-02, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-0661-6
PMID:32879467
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research paper | 本文介绍了一种名为CHISEL的方法,用于在单细胞和细胞亚群中推断等位基因和单体型特异性的拷贝数 | CHISEL方法通过聚合数百或数千个单个细胞的稀疏信号,能够推断出等位基因和单体型特异性的拷贝数,这在低序列覆盖率的情况下尤为重要 | NA | 研究目的是开发一种方法来推断单细胞中的等位基因和单体型特异性拷贝数,特别是在低序列覆盖率的情况下 | 研究对象是乳腺癌患者的单细胞序列数据 | digital pathology | breast cancer | single-cell sequencing | NA | genome | 约2,000个细胞,来自两名乳腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 895 | 2024-08-07 |
Suppressive neutrophils require PIM1 for metabolic fitness and survival during chronic viral infection
2021-05-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109160
PMID:34038722
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了在急性和慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒(LCMV)感染中髓样细胞的作用,发现抑制性中性粒细胞在慢性感染中富集,并高度表达PIM1基因,该基因编码的激酶促进线粒体适应性和细胞存活。 | 首次揭示了抑制性中性粒细胞在慢性病毒感染中的作用及其依赖PIM1的代谢适应性和生存机制。 | NA | 探讨髓样细胞在慢性病毒感染中的作用及机制。 | 抑制性中性粒细胞和髓样来源的抑制细胞(M-MDSCs)。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 896 | 2024-08-07 |
A multi-center cross-platform single-cell RNA sequencing reference dataset
2021-02-02, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-021-00809-x
PMID:33531477
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研究论文 | 本文介绍了一个多中心跨平台的单细胞RNA测序(scRNA-seq)基准数据集 | 该数据集包括20个scRNA-seq数据集,来自两个生物学上不同的细胞系,且包含多平台的全基因组测序数据,适用于评估各种scRNA-seq分析的生物信息学方法 | NA | 提供一个适用于不同scRNA-seq平台和生物信息学方法基准测试的参考数据集 | 两个生物学上不同的细胞系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 20个scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 897 | 2024-08-07 |
Tumor-intrinsic and -extrinsic determinants of response to blinatumomab in adults with B-ALL
2021-01-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020006287
PMID:32881995
|
研究论文 | 研究了44名复发或难治性B-ALL成年患者在接受blinatumomab治疗后的肿瘤内在和外在反应决定因素 | 发现了CD19 ex2part剪接变体作为预测blinatumomab治疗失败的新的生物标志物 | NA | 确定blinatumomab治疗B-ALL的肿瘤内在和外在反应决定因素 | 复发或难治性B-ALL成年患者 | NA | B-ALL | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 44名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 898 | 2024-08-07 |
Single-Cell Toolkits Opening a New Era for Cell Engineering
2021-Mar-31, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.14348/molcells.2021.0002
PMID:33795531
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)工具包的发展及其在细胞工程中的应用 | 介绍了单细胞RNA测序技术的发展,使得研究人员能够以单细胞分辨率比较转录组,从而更深入地理解细胞功能 | 高吞吐量的单细胞'omics'工具的快速发展需要有效的假设验证策略 | 探讨细胞工程工具包的当前状态及其对单细胞和全基因组数据收集与分析的贡献 | 单细胞RNA测序工具包及其在细胞工程中的应用 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 899 | 2024-08-07 |
Sarcomere function activates a p53-dependent DNA damage response that promotes polyploidization and limits in vivo cell engraftment
2021-05-04, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109088
PMID:33951429
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研究论文 | 研究通过构建人心脏肌细胞模型,利用荧光标记的细胞周期蛋白B1和心脏肌钙蛋白T追踪复制和多倍化过程,揭示了肌节功能通过激活p53依赖的DNA损伤反应促进多倍化和限制体内细胞植入的机制。 | 首次揭示肌节功能通过p53依赖的DNA损伤反应促进心脏肌细胞多倍化,并发现通过抑制肌节功能或清除活性氧可以抑制细胞周期停滞和多倍化,从而增强心脏肌细胞在受损心脏中的植入。 | 研究主要在体外模型中进行,需要进一步的体内实验验证其发现的有效性和安全性。 | 探讨心脏肌细胞复制和多倍化的机制,以及如何通过干预这些机制来改善心脏肌细胞的替换策略。 | 人心脏肌细胞的复制和多倍化过程。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | CRISPR | NA | 图像 | 使用荧光标记的细胞周期蛋白B1和心脏肌钙蛋白T追踪复制和多倍化过程,具体样本数量未详细说明。 | NA | NA | NA | NA |
| 900 | 2024-08-07 |
A spatially resolved brain region- and cell type-specific isoform atlas of the postnatal mouse brain
2021-01-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20343-5
PMID:33469025
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研究论文 | 本文通过单细胞长读序技术研究了小鼠海马体和前额叶皮层在出生后第7天的45种细胞类型中不同脑区间差异性剪接变体的表达 | 本文首次在单细胞分辨率下展示了脑区间剪接变体的差异表达,并发现这些差异与功能上不同的蛋白质变体相对应 | NA | 研究脑区间和细胞类型特异性的剪接变体表达差异 | 小鼠海马体和前额叶皮层在出生后第7天的45种细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞长读序技术 | NA | 转录组数据 | 小鼠海马体和前额叶皮层的45种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |