单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2024-08-08	Multi-Omics Profiling Identifies Pathways Associated With CD8+ T-Cell Activation in Severe Aplastic Anemia 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.790990 PMID:35058969	研究论文	本研究通过蛋白质组学和代谢组学分析，结合转录组学分析，探讨了严重再生障碍性贫血（SAA）患者中CD8+ T细胞激活的关键通路	本研究首次揭示了SAA患者中CD8+ T细胞激活的新通路，并提供了潜在的治疗靶点	NA	揭示严重再生障碍性贫血患者中CD8+ T细胞激活的调控机制	严重再生障碍性贫血（SAA）患者的CD8+ T细胞	数字病理学	再生障碍性贫血	蛋白质组学、代谢组学、转录组学	NA	蛋白质、代谢物、RNA	SAA患者和健康捐赠者的血浆、骨髓上清液和CD8 T细胞
882	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Role of Phosphorylation-Related Genes in Hepatocellular Carcinoma Stem Cells 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.734287 PMID:35059393	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序数据和TCGA RNA-seq数据，分析了肝细胞癌患者中的蛋白激酶、磷酸酶及其他磷酸化相关基因的表达情况	发现了九种在肝细胞癌干细胞中高表达的蛋白激酶和磷酸化相关基因，这些基因与肝细胞癌患者的预后不良相关，并揭示了它们在细胞周期相关通路中的作用	NA	探讨蛋白激酶信号传导的潜在机制，以提高肝细胞癌治疗的效果	肝细胞癌患者的蛋白激酶、磷酸酶及其他磷酸化相关基因	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	肝细胞癌患者
883	2024-08-08	Role of Human Antigen R (HuR) in the Regulation of Pulmonary ACE2 Expression 2021-12-22, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11010022 PMID:35011584	研究论文	研究HuR蛋白在调节肺部ACE2表达中的作用	首次探讨ACE2与HuR之间的关联	需要进一步研究ACE2表达调控的机制	探究COPD患者中ACE2表达的调控机制	COPD患者和吸烟者的肺组织及人肺细胞	数字病理学	慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序, 多重免疫组织化学, 成像流式细胞术	NA	scRNA-seq数据, 免疫组织化学图像	COPD患者和吸烟者的肺组织及人肺细胞
884	2024-08-08	CrossTalkeR: analysis and visualization of ligand-receptorne tworks 2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab370 PMID:35032393	研究论文	CrossTalkeR框架用于分析和可视化配体-受体网络交互，特别关注于对比两种生物表型（如疾病与稳态）时细胞间通讯的变化	CrossTalkeR能够识别导致细胞通讯变化的相关配体、受体和细胞类型，并提供特定细胞类型、配体或受体的聚焦分析	当前方法通常只提供推断的配体-受体交互列表，且多数方法无法量化两种生物表型间细胞间通讯的变化	开发一种新的框架来分析和可视化配体-受体网络交互，以更好地理解细胞间通讯在不同生物表型中的变化	配体、受体和细胞类型在两种生物表型（如疾病与稳态）中细胞通讯的变化	生物信息学	血液肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	涉及人类骨髓增殖性肿瘤的单细胞RNA-seq数据
885	2024-08-08	Single-cell reconstruction with spatial context of migrating neural crest cells and their microenvironments during vertebrate head and neck formation 2021-11-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.199468 PMID:35020873	研究论文	本文通过无标记、未分类的单细胞RNA测序技术，保留空间信息，研究了迁移中的神经嵴细胞及其微环境的转录状态，以及前四个鸡头至心脏的鳃弓（BA1-4）的细胞景观。	本文首次识别了迁移神经嵴细胞的新标记物和266个普遍存在于BA1-4流的入侵基因，并通过扰动分析和时间流逝成像揭示了这些基因的功能角色。	NA	阐明多能神经嵴细胞在脊椎动物胚胎中的分化和入侵动态。	迁移中的神经嵴细胞及其微环境，以及前四个鸡头至心脏的鳃弓（BA1-4）。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及前四个鸡头至心脏的鳃弓（BA1-4）的细胞。
886	2024-08-08	Differential analysis of binarized single-cell RNA sequencing data captures biological variation 2021-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqab118 PMID:34988441	研究论文	本文提出使用二值化表达谱来识别单细胞RNA测序数据中的生物变异效应	采用二值化表达数据来更准确地表示生物变异，并揭示转录本的相对丰度	NA	识别单细胞RNA测序数据中的生物变异	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	16个公开可用和模拟的数据集
887	2024-08-08	Cross-Tissue Characterization of Heterogeneities of Mesenchymal Stem Cells and Their Differentiation Potentials 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.781021 PMID:34977025	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据分析了来自四种组织的间充质干细胞（MSCs）的异质性及其分化潜能	首次在单细胞水平上比较了不同组织来源的MSCs，并识别了其亚群及其在不同诱导分化过程中的基因和转录因子	NA	优化MSCs在再生医学和自身免疫疾病治疗中的临床应用	间充质干细胞（MSCs）及其在不同组织中的异质性和分化潜能	再生医学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	来自脐带、骨髓、滑膜组织和脂肪组织的MSCs样本
888	2024-08-08	Midkine Prevents Calcification of Aortic Valve Interstitial Cells via Intercellular Crosstalk 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.794058 PMID:34977035	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序分析描述了主动脉瓣细胞的综合转录组景观和细胞间相互作用，并探讨了midkine通过细胞间对话防止主动脉瓣间质细胞钙化的机制	首次揭示了midkine通过MK途径与激活的主动脉瓣间质细胞和补体激活的主动脉瓣间质细胞相互作用，抑制钙化的机制	NA	阐明钙化主动脉瓣疾病进展的机制并开发治疗靶点	主动脉瓣间质细胞的钙化	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
889	2024-08-08	A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Human Retinal Pigment Epithelium 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.802457 PMID:34977041	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对来自三个供体的9,302个人类视网膜色素上皮细胞进行了转录组图谱分析	首次报道了人类视网膜色素上皮细胞的多样性，并识别出两个具有显著基因表达模式和功能差异的亚群	NA	揭示人类视网膜色素上皮细胞的转录组特征，为理解视网膜生物学和疾病提供关键信息	人类视网膜色素上皮细胞	数字病理学	视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	9,302个细胞，来自三个供体
890	2024-08-08	Role of Calcium Signaling Pathway-Related Gene Regulatory Networks in Ischemic Stroke Based on Multiple WGCNA and Single-Cell Analysis 2021, Oxidative medicine and cellular longevity DOI:10.1155/2021/8060477 PMID:34987704	研究论文	本研究旨在通过多重加权基因共表达网络分析（WGCNA）和单细胞分析，探讨缺血性中风（IS）后相关通路的变化及基因表达的差异表达。	本研究首次结合多重WGCNA和单细胞分析，揭示了钙信号通路相关基因和转录因子在缺血性中风中的关键作用。	NA	探讨缺血性中风后相关通路的变化及基因表达的差异表达。	缺血性中风样本的转录组表达数据和脑血管组织的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据。	数字病理学	中风	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	WGCNA	基因表达数据	40个样本的微阵列表达谱
891	2024-08-08	Heterogeneous Pancreatic Stellate Cells Are Powerful Contributors to the Malignant Progression of Pancreatic Cancer 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.783617 PMID:34988078	研究论文	研究探讨了胰腺星状细胞（PSC）在胰腺癌恶性进展中的作用及其亚型对肿瘤发展和治疗抵抗的影响	利用单细胞测序技术分析了PSC的群体异质性，并揭示了两种功能互补且可逆的PSC亚型与肿瘤发展的关系	NA	深入理解PSC的分化及其在胰腺癌治疗中的作用	胰腺星状细胞及其在胰腺癌中的作用	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	细胞	具体样本数量未提及
892	2024-08-08	CTLA4-Mediated Immunosuppression in Glioblastoma is Associated with the Infiltration of Macrophages in the Tumor Microenvironment 2021, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S341981 PMID:34992419	研究论文	本研究探讨了CTLA4在胶质母细胞瘤（GBM）中的免疫抑制作用及其与肿瘤微环境中巨噬细胞浸润的关系	开发了一个预测模型来计算每个GBM病例的风险评分，并发现CTLA4表达与巨噬细胞在GBM肿瘤微环境中的浸润水平和功能正相关	CTLA4抑制剂在GBM中的临床效果有限	全面评估CTLA4在GBM中的作用	CTLA4在GBM中的免疫抑制作用及其与肿瘤微环境中巨噬细胞浸润的关系	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	预测模型	组织样本	471例GBM病例
893	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Reveals CXCLs Enriched Fibroblasts Within Odontogenic Keratocysts 2021, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S342951 PMID:34992422	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了牙源性角化囊肿中的细胞亚群，特别是与血管生成相关的细胞亚群，并探讨了血管生成的潜在调控机制	首次揭示了CXCLs富集的成纤维细胞在牙源性角化囊肿中的重要作用，并发现静水压力可以部分调控这些细胞的CXCL12分泌	研究样本仅来自3名捐赠者，可能影响结果的普遍性	定义牙源性角化囊肿的细胞亚群，特别是与血管生成相关的细胞亚群，并探索血管生成的潜在调控机制	牙源性角化囊肿中的细胞亚群及其与血管生成的关系	数字病理学	口腔疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	14,072个细胞来自3名捐赠者
894	2024-08-08	Prognostic Significance of NLR About NETosis and Lymphocytes Perturbations in Localized Renal Cell Carcinoma With Tumor Thrombus 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.771545 PMID:34993135	研究论文	本文探讨了中性粒细胞与淋巴细胞比率（NLR）在伴有肿瘤血栓的局部肾细胞癌中的预后意义，特别是与NETosis和淋巴细胞扰动的关系。	首次证明了中性粒细胞相关的NETosis和系统性淋巴细胞扰动在伴有肿瘤血栓的局部肾细胞癌患者中的肿瘤进展作用，并指出NLR≥4是一个独立的预后风险因素。	NA	研究NLR在伴有肿瘤血栓的非转移性肾细胞癌中的预后意义，特别是与NETosis和淋巴细胞扰动的关系。	214名接受手术治疗的伴有肿瘤血栓的肾细胞癌患者。	数字病理学	肾细胞癌	RNA测序, TCR测序, 单细胞RNA测序	NA	临床数据, 基因表达数据	214名患者
895	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomics Reveals the Molecular Anatomy of Sheep Hair Follicle Heterogeneity and Wool Curvature 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.800157 PMID:34993204	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术揭示了羊毛囊的分子结构及其与羊毛弯曲度的关系	首次在羊中应用单细胞RNA测序技术，揭示了羊毛囊的细胞组成和分子机制，并阐明了羊毛弯曲度的潜在分子机制	NA	探究羊毛囊发育的分子机制及其与羊毛弯曲度的关系	羊的毛囊细胞及其转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	15,830个单细胞转录组
896	2024-08-08	Single-Cell Sequencing Analysis and Weighted Co-Expression Network Analysis Based on Public Databases Identified That TNC Is a Novel Biomarker for Keloid 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.783907 PMID:35003102	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析和加权共表达网络分析，基于公共数据库识别出TNC作为瘢痕瘤的新型生物标志物	首次识别出Tenascin-C (TNC)作为瘢痕瘤的敏感生物标志物，并通过伪时间分析探讨了其在成纤维细胞分化中的潜在作用	研究样本量较小，且仅基于公共数据库和中心数据进行验证，可能影响结果的普遍性	旨在识别瘢痕瘤的生物标志物，为设计新的靶向治疗提供依据	瘢痕瘤的生物标志物及成纤维细胞分化过程中的潜在作用	数字病理学	瘢痕瘤	单细胞RNA测序分析，加权共表达网络分析	NA	RNA测序数据	16名瘢痕瘤患者及其邻近正常组织
897	2024-08-08	Molecular Subtypes Based on Cell Differentiation Trajectories in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma: Differential Prognosis and Immunotherapeutic Responses 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.791621 PMID:35003112	研究论文	本研究基于单细胞测序分析识别的HNSCC细胞分化相关基因，全面分析了866例HNSCC病例的分子亚型及其免疫、代谢和干细胞特性，并开发了HNSCC细胞分化评分（HCDscore）以量化个体样本的独特异质性。	本研究首次将HNSCC分为三个基于HDRGs的分子亚型：活跃基质型（Cluster-A）、活跃代谢型（Cluster-B）和活跃免疫型（Cluster-C），并展示了HCDscore与免疫微环境、亚型、致癌生物过程、遗传变异和预后的相关性。	NA	旨在研究头颈鳞状细胞癌（HNSCC）的细胞分化轨迹及其临床相关性。	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）的细胞分化轨迹及其临床相关性。	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞测序	机器学习	多组学数据	866例HNSCC病例
898	2024-08-08	Statistical methods for analysis of single-cell RNA-sequencing data 2021, MethodsX IF:1.6Q2 DOI:10.1016/j.mex.2021.101580 PMID:35004214	研究论文	本文提出了一种新的统计方法，用于分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的独特分子标识符（UMI）计数数据	该方法考虑了导致严重丢失事件的生物过程，在模型中对观察到的UMI基因计数进行建模	NA	研究单细胞RNA测序数据分析中的统计方法	单细胞RNA测序数据中的UMI计数数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
899	2024-08-08	Single-Cell Analysis Identify Transcription Factor BACH1 as a Master Regulator Gene in Vascular Cells During Aging 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.786496 PMID:35004685	研究论文	本研究通过分析已发表的单细胞RNA测序数据，揭示了转录因子BACH1在血管细胞衰老中的主要调控作用	首次识别BACH1为血管细胞衰老的主调控基因，并阐明了其在氧化应激下加剧内皮细胞衰老的机制	研究主要基于已发表的数据，未涉及实验验证	探索衰老心脏血管的细胞和分子特性，并证明转录因子BACH1在内皮细胞衰老中的作用及其机制	猴子和老鼠的心脏血管细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括猴子的冠状动脉和大动脉以及老鼠的心脏
900	2024-08-08	MAP3K8 Is a Prognostic Biomarker and Correlated With Immune Response in Glioma 2021, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2021.779290 PMID:35004849	研究论文	研究探讨了MAP3K8在胶质瘤中的表达、临床意义及其与免疫反应的关系	首次揭示了MAP3K8在胶质瘤中的异常高表达及其与不良临床病理特征的相关性，并探讨了其在胶质瘤免疫反应中的作用	NA	探索MAP3K8作为胶质瘤预后标志物的潜力及其在胶质瘤免疫反应中的作用	MAP3K8在胶质瘤中的表达及其生物学功能	数字病理学	脑瘤	免疫组化染色，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个数据集和组织样本