单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2024-08-08	Benchmarking Single-Cell mRNA-Sequencing Technologies Uncovers Differences in Sensitivity and Reproducibility in Cell Types With Low RNA Content 2021-12-15, Journal of biomolecular techniques : JBT DOI:10.7171/3fc1f5fe.dbeabb2a PMID:35837268	研究论文	本文通过比较SMART-Seq Single Cell PLUS Kit (SSsc PLUS)与Smart-seq2和Smart-seq3等方法，评估了单细胞mRNA测序技术的灵敏度和可重复性	SSsc PLUS在便利性、灵敏度、基因识别和可重复性方面优于其他全长方法，并兼容自动化平台	NA	评估单细胞mRNA测序技术的灵敏度和可重复性	单细胞mRNA测序技术	分子生物学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	NA
822	2024-08-08	Comparative Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Platforms and Methods 2021-12-15, Journal of biomolecular techniques : JBT DOI:10.7171/3fc1f5fe.3eccea01 PMID:35837267	研究论文	本文比较了基于微流控、基于平板和基于液滴的单细胞RNA测序技术在多个平台上的应用	本文首次全面比较了不同单细胞RNA测序平台和技术，包括Fluidigm C1、WaferGen iCell8、10x Genomics Chromium Controller和Illumina/BioRad ddSEQ	本文主要关注技术比较，未涉及临床应用或其他生物学验证	展示用于分析单个细胞中超低量RNA的RNA测序方法	SUM149PT细胞在组蛋白去乙酰化酶抑制剂曲古抑菌素A处理和未处理条件下的单细胞RNA测序数据	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及多个单细胞RNA测序平台，具体细胞数量未详细说明
823	2024-08-08	Identification of Somatic Mutations From Bulk and Single-Cell Sequencing Data 2021, Frontiers in aging IF:3.3Q2 DOI:10.3389/fragi.2021.800380 PMID:35822012	综述	本文综述了从批量和单细胞测序数据中识别体细胞突变的方法及其面临的挑战	介绍了最新的体细胞突变识别方法，并讨论了当前技术在排除全基因组扩增过程中产生的技术伪影方面的挑战	需要进一步解决在全基因组扩增过程中产生的技术伪影问题	总结体细胞突变识别方法的最新进展并探讨未来需要解决的挑战	体细胞突变及其在癌症和非癌症疾病中的作用	基因组学	NA	下一代测序	NA	DNA序列数据	NA
824	2024-08-08	Computational tools for analyzing single-cell data in pluripotent cell differentiation studies 2021-10-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100087 PMID:35474899	综述	本文综述了用于分析单细胞数据以研究多能细胞分化的计算方法	探讨了单细胞技术在多能细胞分化研究中的应用，特别是在优化分化协议、验证、鲁棒性和使用方面的潜力	NA	旨在讨论计算方法在单细胞组学和成像数据分析中的应用，以解决多能细胞分化过程中的一些主要挑战	单细胞组学和成像数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	组学数据，成像数据	NA
825	2024-08-08	Interrogating RNA and protein spatial subcellular distribution in smFISH data with DypFISH 2021-09-27, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100068 PMID:35474672	研究论文	本文介绍了一种名为DypFISH的方法，用于定量研究RNA和蛋白质的亚细胞定位	DypFISH结合了单分子RNA荧光杂交（smFISH）数据和蛋白质免疫标记，能够研究分子聚集模式、mRNA-蛋白质亚细胞定位与微管组织中心方向的关系以及mRNA-蛋白质空间分布的相互依赖性	NA	定量研究RNA和蛋白质的亚细胞定位	RNA和蛋白质的亚细胞定位	分子生物学	NA	smFISH	NA	图像	NA
826	2024-08-08	SIEVE: identifying robust single cell variable genes for single-cell RNA sequencing data 2021-Apr, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000072 PMID:35402832	research paper	本文比较了九种常用方法在筛选单细胞RNA测序数据中可变基因的性能，并提出了一种新的策略SIEVE，通过多轮随机抽样来识别一组稳健的可变基因	SIEVE策略通过多轮随机抽样，最小化随机噪声，并能恢复低表达的可变基因，显著提高了单细胞分类的准确性	现有的可变基因筛选方法在可重复性和准确性上存在不足，且偏好选择高表达基因	评估现有可变基因筛选方法的性能，并提出一种新的筛选策略	单细胞RNA测序数据中的可变基因筛选方法	digital pathology	NA	single-cell RNA sequencing	NA	text	使用了来自造血干细胞/祖细胞和成熟血液细胞的单细胞RNA测序数据
827	2024-08-08	Novel diagnostic approaches for Fanconi anemia (FA) by single-cell sequencing and capillary nano-immunoassay 2021-Jan, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000065 PMID:35399206	研究论文	本文介绍了一种新的范科尼贫血（FA）诊断方法，包括单细胞测序和毛细管纳米免疫分析	引入了单细胞测序和毛细管纳米免疫分析两种新的诊断方法，提高了FA亚型评估的准确性	NA	开发新的范科尼贫血诊断方法	范科尼贫血患者及其基因和蛋白质表达	基因测序	范科尼贫血	单细胞测序，毛细管纳米免疫分析	NA	DNA，蛋白质表达	28个细胞
828	2024-08-08	Single Cell Technologies: Beyond Microfluidics 2021-07-29, Kidney360 IF:3.2Q1 DOI:10.34067/KID.0001822021 PMID:35368355	research paper	本文探讨了不依赖微流控技术的单细胞RNA测序（scRNA-seq）新方法	介绍了不依赖微流控技术的新型scRNA-seq方法，这些方法成本低、高度可定制，适用于具备分子生物学知识的实验室	目前广泛采用的10× Genomics解决方案存在高成本、中等通量和固定试剂盒组件导致的不可定制性	研究不依赖微流控技术的单细胞RNA测序新方法	单细胞RNA测序技术	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	NA	NA
829	2024-08-08	An Overview of Algorithms and Associated Applications for Single Cell RNA-Seq Data Imputation 2021-Dec-30, Current genomics IF:1.8Q3 DOI:10.2174/1389202921999200716104916 PMID:35283664	综述	本文综述了单细胞RNA-Seq数据插补算法的现状及其相关应用	介绍了使用深度学习方法开发插补技术的必要性，以解决未来大规模和异质数据集的挑战	NA	为进行单细胞RNA-Seq数据分析的科学社区提供可用的插补算法/工作流程和相关软件的目录	单细胞RNA-Seq数据插补算法及其软件	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-Seq数据	NA
830	2024-08-08	Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals Macrophage Involved in the Progression of Human Intervertebral Disc Degeneration 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.833420 PMID:35295968	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了不同程度椎间盘退变患者髓核细胞的分子程序、谱系进展模式和细胞间通讯路径	发现了新的细胞亚型和细胞类型特异性基因签名，并揭示了免疫细胞与髓核细胞之间的显著细胞间相互作用	NA	理解人类椎间盘退变的分子机制，为治疗相关疾病制定策略	椎间盘退变患者的髓核细胞	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同程度椎间盘退变患者的髓核细胞
831	2024-08-08	Non-parametric Vignetting Correction for Sparse Spatial Transcriptomics Images 2021 Sep-Oct, Medical image computing and computer-assisted intervention : MICCAI ... International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention DOI:10.1007/978-3-030-87237-3_45 PMID:35274110	研究论文	本文介绍了一种新颖的非参数渐晕校正工具，用于空间转录组图像，通过高效的迭代切片直方图归一化程序估计光照场和背景	提出了一种非参数渐晕校正方法，该方法在光照和背景场估计方面优于现有技术，并且需要更少的输入图像进行充分估计	NA	开发一种新的渐晕校正工具，以提高空间转录组图像的分析质量	空间转录组图像中的渐晕效应	数字病理学	NA	迭代切片直方图归一化	NA	图像	NA
832	2024-08-08	Investigation of an FGFR-Signaling-Related Prognostic Model and Immune Landscape in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.801715 PMID:35237609	研究论文	本文研究了头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中与FGFR信号相关的预后模型和免疫景观	首次系统地研究了基于纤维化信号、缺氧和糖酵解的可靠预后标志物	NA	建立一个与纤维化-缺氧-糖酵解相关的预测模型，用于HNSCC的预后和相关免疫浸润	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	微阵列数据分析，ssGSEA算法，LASSO方法，免疫组化（IHC），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据，免疫细胞浸润数据	发现队列来自TCGA数据库，独立验证队列来自GEO数据库，单细胞RNA测序数据集用于澄清相关免疫浸润
833	2024-08-08	Single-Cell Sequencing Unveils the Heterogeneity of Nonimmune Cells in Chronic Apical Periodontitis 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.820274 PMID:35237614	research paper	本研究通过单细胞测序技术揭示了慢性根尖周炎中非免疫细胞的异质性	首次构建了慢性根尖周炎的单细胞图谱，并揭示了非免疫细胞的多样性和异质性	NA	帮助理解根尖周组织的病理生理学	慢性根尖周炎中的非免疫细胞	digital pathology	口腔疾病	单细胞测序	NA	细胞	26,737个高质量细胞
834	2024-08-08	IL-17 Receptor C Signaling Controls CD4+ TH17 Immune Responses and Tissue Injury in Immune-Mediated Kidney Diseases 2021-12, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2021030426 PMID:35167487	研究论文	本文研究了IL-17受体C信号在CD4+ TH17免疫反应和免疫介导的肾脏疾病中的组织损伤控制作用	发现了IL-17受体C信号在调节CD4+ TH17细胞和控制器官特异性自身免疫中的新功能	NA	探讨IL-17受体C信号在CD4+ TH17细胞中的功能及其在肾脏疾病中的作用	IL-17A、IFNγ和Foxp3三重报告小鼠的肾CD4+ T细胞亚群	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	IL-17A、IFNγ和Foxp3三重报告小鼠用于分选肾CD4+ T细胞亚群
835	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing of Human Pluripotent Stem Cell-Derived Macrophages for Quality Control of The Cell Therapy Product 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.658862 PMID:35173760	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术评估了人多能干细胞衍生的巨噬细胞（iMACs）的生物学均一性，以用于细胞治疗产品的质量控制	首次使用单细胞RNA测序技术评估人多能干细胞衍生的巨噬细胞的生物学均一性，为细胞治疗产品的质量控制提供了新的方法	研究仅限于评估iMACs的转录组均一性，未涉及其他可能影响细胞治疗产品质量的因素	评估人多能干细胞衍生的巨噬细胞的生物学均一性，以确保细胞治疗产品的质量	人多能干细胞衍生的巨噬细胞（iMACs）	细胞治疗	炎症性疾病和癌症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	6,230个iMACs
836	2024-08-08	Applications of Single-Cell RNA Sequencing in Cardiovascular Research 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.810232 PMID:35174168	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在心血管研究中的应用	介绍了单细胞RNA测序技术如何帮助识别心血管疾病治疗的新靶点	NA	总结单细胞RNA测序技术在心血管系统胚胎发育和疾病发病机制及治疗中的最新发现	心血管系统的胚胎发育、心血管疾病的发病机制及治疗	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
837	2024-08-08	Complex Involvement of the Extracellular Matrix, Immune Effect, and Lipid Metabolism in the Development of Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2021, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2021.800747 PMID:35174208	研究论文	本研究通过mRNA测序和其他技术分析了特发性肺纤维化（IPF）患者肺组织中的基因表达，揭示了细胞外基质（ECM）重塑、脂质代谢和免疫效应在IPF早期发展中的复杂作用	首次全面揭示了IPF中涉及的380个差异表达转录本（DETs），并验证了其中21个基因的表达，通过单细胞RNA测序追踪了这些基因的细胞来源	研究样本量较小，且仅包括早期和移植阶段的IPF患者，可能影响结果的普遍性	探讨特发性肺纤维化（IPF）的病理机制，特别是细胞外基质重塑、脂质代谢和免疫效应的作用	特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	mRNA测序, 实时定量PCR (RT-qPCR), 免疫组化, 蛋白质印迹, 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	基因表达数据	7例早期IPF患者, 2例移植阶段IPF患者, 6例健康对照
838	2024-08-08	Loss of Foxd4 Impacts Neurulation and Cranial Neural Crest Specification During Early Head Development 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.777652 PMID:35178396	研究论文	本研究探讨了Foxd4基因在早期头部发育中的作用，特别是在神经管闭合和颅神经嵴分化中的作用	通过CRISPR-Cas9基因编辑技术在胚胎干细胞中生成Foxd4的双等位基因移码突变，揭示了Foxd4在早期神经上皮发育中的关键作用	NA	研究Foxd4基因在早期头部发育中的功能和机制	Foxd4基因在胚胎干细胞中的功能及其对头部发育的影响	NA	NA	CRISPR-Cas9基因编辑	NA	单细胞RNA测序数据	E7.75和E8.25的小鼠胚胎
839	2024-08-08	Single-Cell Differential Network Analysis with Sparse Bayesian Factor Models 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.810816 PMID:35186014	研究论文	本文提出了一种稀疏分层贝叶斯因子模型，用于在不同生物条件下从单细胞RNA测序数据中识别网络结构的差异	利用潜在因子影响每个细胞的基因表达值，以解释单细胞RNA测序数据特有的零膨胀、细胞间变异增加和过度分散问题	NA	探索在不同生物条件下基因相互作用的变化	单细胞RNA测序数据中的基因-基因相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	稀疏分层贝叶斯因子模型	基因表达数据	NA
840	2024-08-08	CD44-Mediated Poor Prognosis in Glioma Is Associated With M2-Polarization of Tumor-Associated Macrophages and Immunosuppression 2021, Frontiers in surgery IF:1.6Q2 DOI:10.3389/fsurg.2021.775194 PMID:35187044	研究论文	本研究探讨了CD44在胶质瘤中的作用，通过大规模转录组、空间和单细胞转录组水平分析，发现CD44与胶质瘤的恶性程度和预后负相关，并与肿瘤相关巨噬细胞的M2极化和免疫抑制有关。	本研究首次揭示了CD44作为新的M2型肿瘤相关巨噬细胞标志物，在胶质瘤微环境中促进肿瘤进展和免疫抑制的作用。	NA	阐明CD44在胶质瘤中的作用及其与预后的关系。	胶质瘤及其相关基因CD44。	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序	NA	转录组数据	研究包括来自TCGA、CGGA、Ivy Glioblastoma Atlas Project和GSE103224的多种胶质瘤样本。