单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 801 - 820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 801 | 2024-08-07 |
A COMPOSITIONAL MODEL TO ASSESS EXPRESSION CHANGES FROM SINGLE-CELL RNA-SEQ DATA
2021-Jun, The annals of applied statistics
DOI:10.1214/20-aoas1423
PMID:37332668
|
research paper | 本文介绍了一种经验贝叶斯混合方法，用于评估单细胞RNA-seq数据中基因表达变化的分布 | 该方法利用细胞亚型结构，通过聚类分析增强基因水平上的表达变化信息，并引入了一种特殊的先验分布，以支持多亚型间的差异表达模式评分 | NA | 评估和改进在单细胞RNA-seq数据中检测基因表达分布变化的方法 | 单细胞RNA-seq数据中的基因表达变化 | natural language processing | NA | RNA-seq | empirical Bayesian mixture model | single-cell RNA-seq data | NA |
| 802 | 2024-08-08 |
Accumulation of cytotoxic T cells in the aged CNS leads to axon degeneration and contributes to cognitive and motor decline
2021-04, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-021-00049-z
PMID:37117598
|
研究论文 | 研究揭示了在衰老的中央神经系统（CNS）中，细胞毒性CD8 T淋巴细胞的积累导致轴突退化，并促进认知和运动功能的下降 | 首次详细探讨了CD8 T细胞在衰老CNS中的作用，并通过单细胞转录组学分析了其群体异质性 | 研究主要基于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨衰老CNS中细胞毒性CD8 T细胞的作用及其对神经结构和功能的影响 | 衰老的中央神经系统中的CD8 T细胞及其对轴突和认知功能的影响 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 成年和老年小鼠脑组织，以及老年人类白质尸检材料 |
| 803 | 2024-08-08 |
Pseudotime Ordering Single-Cell Transcriptomic of β Cells Pancreatic Islets in Health and Type 2 Diabetes
2021-Oct, Phenomics (Cham, Switzerland)
DOI:10.1007/s43657-021-00024-z
PMID:36939754
|
研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序数据，构建了健康和2型糖尿病中胰腺β细胞的伪时间轨迹，以探索β细胞在疾病中的转录变化 | 首次通过伪时间分析揭示了β细胞在健康和2型糖尿病中的不同状态，并识别了相关的生物标志物基因 | NA | 研究β细胞在健康和2型糖尿病中的转录异质性及其在疾病中的作用 | 胰腺β细胞在健康和2型糖尿病中的转录变化 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | Monocle2 | 转录组数据 | 使用了公开可用的单细胞RNA测序数据 |
| 804 | 2024-08-08 |
Advances in understanding the formation and fate of B-cell memory in response to immunization or infection
2021, Oxford open immunology
DOI:10.1093/oxfimm/iqab018
PMID:36845573
|
综述 | 本文综述了近年来在理解免疫接种或感染后B细胞记忆形成和命运方面的进展 | 利用单细胞测序技术和其他尖端技术，提高了对生发中心内B细胞命运决策的研究分辨率和准确性 | NA | 探讨免疫记忆的形成机制及其对新病原体如严重急性呼吸综合征冠状病毒2的持久免疫潜力 | B细胞记忆的形成和命运 | 免疫学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 细胞 | NA |
| 805 | 2024-08-08 |
satuRn: Scalable analysis of differential transcript usage for bulk and single-cell RNA-sequencing applications
2021, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.51749.2
PMID:36762203
|
research paper | 介绍了一种名为satuRn的快速灵活的准二项式广义线性建模框架，用于分析差异转录本使用情况 | satuRn框架在性能上与最佳的差异转录本使用分析方法相当，同时提供了良好的错误发现率控制，能够处理复杂的实验设计，并适用于大规模单细胞转录组测序数据 | NA | 开发一种能够分析差异转录本使用情况的新工具，适用于批量和单细胞RNA测序应用 | 差异转录本使用分析工具的性能、复杂实验设计的处理能力以及大规模单细胞转录组测序数据的适用性 | RNA-seq | NA | RNA-seq | 准二项式广义线性模型 | 转录组数据 | NA |
| 806 | 2024-08-08 |
Deconvolution of Focal Segmental Glomerulosclerosis Pathophysiology Using Transcriptomics Techniques
2021-Oct, Glomerular diseases
DOI:10.1159/000518404
PMID:36751384
|
研究论文 | 本文利用转录组学技术对局灶节段性肾小球硬化症的病理生理进行了解卷积分析 | 文章介绍了新的转录组学技术，如下一代测序技术，包括RNA测序和单细胞转录组学，这些技术有助于发现新的临床应用生物标志物 | NA | 旨在通过转录组学技术识别可应用于临床实践的基因表达生物标志物 | 局灶节段性肾小球硬化症患者 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大型患者队列 |
| 807 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling lights different cell trajectories in plants
2021-Mar, aBIOTECH
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s42994-021-00040-7
PMID:36304478
|
综述 | 本文主要讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）方法在植物干细胞维持和分化、细胞对环境变化的响应以及scRNA-seq改进策略方面的最新见解 | 介绍了scRNA-seq在植物干细胞维持和分化中的应用，以及空间转录组学、表观基因组学和单细胞多组学等技术的新视角 | NA | 探讨scRNA-seq在植物干细胞维持和分化中的应用及其改进策略 | 植物干细胞的维持和分化 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 808 | 2024-08-08 |
SCAN-IT: Domain segmentation of spatial transcriptomics images by graph neural network
2021-Nov, BMVC : proceedings of the British Machine Vision Conference. British Machine Vision Conference
PMID:36227018
|
研究论文 | 本文开发了一种基于深度学习的方法SCAN-IT，通过将空间域识别问题转化为图像分割问题，利用图神经网络对空间转录组图像进行域分割 | SCAN-IT方法结合了几何建模、图神经网络和DeepGraphInfomax信息学方法，能够处理来自不同空间转录组技术的数据，包括高空间分辨率低基因覆盖率和低空间分辨率高基因覆盖率的数据 | NA | 开发一种新的方法用于空间转录组图像的域分割，以更好地理解和控制生物功能 | 复杂生物组织的空间和功能域分割 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组技术 | 图神经网络 | 图像 | NA |
| 809 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals spatial heterogeneity and immune evasion of circulating tumor cells
2021-11-24, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 810 | 2024-08-08 |
Benchmarking Single-Cell mRNA-Sequencing Technologies Uncovers Differences in Sensitivity and Reproducibility in Cell Types With Low RNA Content
2021-12-15, Journal of biomolecular techniques : JBT
DOI:10.7171/3fc1f5fe.dbeabb2a
PMID:35837268
|
研究论文 | 本文通过比较SMART-Seq Single Cell PLUS Kit (SSsc PLUS)与Smart-seq2和Smart-seq3等方法，评估了单细胞mRNA测序技术的灵敏度和可重复性 | SSsc PLUS在便利性、灵敏度、基因识别和可重复性方面优于其他全长方法，并兼容自动化平台 | NA | 评估单细胞mRNA测序技术的灵敏度和可重复性 | 单细胞mRNA测序技术 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | NA |
| 811 | 2024-08-08 |
Comparative Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Platforms and Methods
2021-12-15, Journal of biomolecular techniques : JBT
DOI:10.7171/3fc1f5fe.3eccea01
PMID:35837267
|
研究论文 | 本文比较了基于微流控、基于平板和基于液滴的单细胞RNA测序技术在多个平台上的应用 | 本文首次全面比较了不同单细胞RNA测序平台和技术，包括Fluidigm C1、WaferGen iCell8、10x Genomics Chromium Controller和Illumina/BioRad ddSEQ | 本文主要关注技术比较，未涉及临床应用或其他生物学验证 | 展示用于分析单个细胞中超低量RNA的RNA测序方法 | SUM149PT细胞在组蛋白去乙酰化酶抑制剂曲古抑菌素A处理和未处理条件下的单细胞RNA测序数据 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及多个单细胞RNA测序平台，具体细胞数量未详细说明 |
| 812 | 2024-08-08 |
Identification of Somatic Mutations From Bulk and Single-Cell Sequencing Data
2021, Frontiers in aging
IF:3.3Q2
DOI:10.3389/fragi.2021.800380
PMID:35822012
|
综述 | 本文综述了从批量和单细胞测序数据中识别体细胞突变的方法及其面临的挑战 | 介绍了最新的体细胞突变识别方法，并讨论了当前技术在排除全基因组扩增过程中产生的技术伪影方面的挑战 | 需要进一步解决在全基因组扩增过程中产生的技术伪影问题 | 总结体细胞突变识别方法的最新进展并探讨未来需要解决的挑战 | 体细胞突变及其在癌症和非癌症疾病中的作用 | 基因组学 | NA | 下一代测序 | NA | DNA序列数据 | NA |
| 813 | 2024-08-08 |
Computational tools for analyzing single-cell data in pluripotent cell differentiation studies
2021-10-25, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100087
PMID:35474899
|
综述 | 本文综述了用于分析单细胞数据以研究多能细胞分化的计算方法 | 探讨了单细胞技术在多能细胞分化研究中的应用，特别是在优化分化协议、验证、鲁棒性和使用方面的潜力 | NA | 旨在讨论计算方法在单细胞组学和成像数据分析中的应用，以解决多能细胞分化过程中的一些主要挑战 | 单细胞组学和成像数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 组学数据，成像数据 | NA |
| 814 | 2024-08-08 |
Interrogating RNA and protein spatial subcellular distribution in smFISH data with DypFISH
2021-09-27, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100068
PMID:35474672
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DypFISH的方法，用于定量研究RNA和蛋白质的亚细胞定位 | DypFISH结合了单分子RNA荧光杂交（smFISH）数据和蛋白质免疫标记，能够研究分子聚集模式、mRNA-蛋白质亚细胞定位与微管组织中心方向的关系以及mRNA-蛋白质空间分布的相互依赖性 | NA | 定量研究RNA和蛋白质的亚细胞定位 | RNA和蛋白质的亚细胞定位 | 分子生物学 | NA | smFISH | NA | 图像 | NA |
| 815 | 2024-08-08 |
SIEVE: identifying robust single cell variable genes for single-cell RNA sequencing data
2021-Apr, Blood science (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/BS9.0000000000000072
PMID:35402832
|
research paper | 本文比较了九种常用方法在筛选单细胞RNA测序数据中可变基因的性能，并提出了一种新的策略SIEVE，通过多轮随机抽样来识别一组稳健的可变基因 | SIEVE策略通过多轮随机抽样，最小化随机噪声，并能恢复低表达的可变基因，显著提高了单细胞分类的准确性 | 现有的可变基因筛选方法在可重复性和准确性上存在不足，且偏好选择高表达基因 | 评估现有可变基因筛选方法的性能，并提出一种新的筛选策略 | 单细胞RNA测序数据中的可变基因筛选方法 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing | NA | text | 使用了来自造血干细胞/祖细胞和成熟血液细胞的单细胞RNA测序数据 |
| 816 | 2024-08-08 |
Novel diagnostic approaches for Fanconi anemia (FA) by single-cell sequencing and capillary nano-immunoassay
2021-Jan, Blood science (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/BS9.0000000000000065
PMID:35399206
|
研究论文 | 本文介绍了一种新的范科尼贫血（FA）诊断方法，包括单细胞测序和毛细管纳米免疫分析 | 引入了单细胞测序和毛细管纳米免疫分析两种新的诊断方法，提高了FA亚型评估的准确性 | NA | 开发新的范科尼贫血诊断方法 | 范科尼贫血患者及其基因和蛋白质表达 | 基因测序 | 范科尼贫血 | 单细胞测序，毛细管纳米免疫分析 | NA | DNA，蛋白质表达 | 28个细胞 |
| 817 | 2024-08-08 |
Single Cell Technologies: Beyond Microfluidics
2021-07-29, Kidney360
IF:3.2Q1
DOI:10.34067/KID.0001822021
PMID:35368355
|
research paper | 本文探讨了不依赖微流控技术的单细胞RNA测序（scRNA-seq）新方法 | 介绍了不依赖微流控技术的新型scRNA-seq方法，这些方法成本低、高度可定制，适用于具备分子生物学知识的实验室 | 目前广泛采用的10× Genomics解决方案存在高成本、中等通量和固定试剂盒组件导致的不可定制性 | 研究不依赖微流控技术的单细胞RNA测序新方法 | 单细胞RNA测序技术 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | NA | NA |
| 818 | 2024-08-08 |
An Overview of Algorithms and Associated Applications for Single Cell RNA-Seq Data Imputation
2021-Dec-30, Current genomics
IF:1.8Q3
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA-Seq数据插补算法的现状及其相关应用 | 介绍了使用深度学习方法开发插补技术的必要性，以解决未来大规模和异质数据集的挑战 | NA | 为进行单细胞RNA-Seq数据分析的科学社区提供可用的插补算法/工作流程和相关软件的目录 | 单细胞RNA-Seq数据插补算法及其软件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-Seq数据 | NA |
| 819 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals Macrophage Involved in the Progression of Human Intervertebral Disc Degeneration
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.833420
PMID:35295968
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了不同程度椎间盘退变患者髓核细胞的分子程序、谱系进展模式和细胞间通讯路径 | 发现了新的细胞亚型和细胞类型特异性基因签名，并揭示了免疫细胞与髓核细胞之间的显著细胞间相互作用 | NA | 理解人类椎间盘退变的分子机制，为治疗相关疾病制定策略 | 椎间盘退变患者的髓核细胞 | 数字病理学 | 脊柱疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 不同程度椎间盘退变患者的髓核细胞 |
| 820 | 2024-08-08 |
Non-parametric Vignetting Correction for Sparse Spatial Transcriptomics Images
2021 Sep-Oct, Medical image computing and computer-assisted intervention : MICCAI ... International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention
DOI:10.1007/978-3-030-87237-3_45
PMID:35274110
|
研究论文 | 本文介绍了一种新颖的非参数渐晕校正工具，用于空间转录组图像，通过高效的迭代切片直方图归一化程序估计光照场和背景 | 提出了一种非参数渐晕校正方法，该方法在光照和背景场估计方面优于现有技术，并且需要更少的输入图像进行充分估计 | NA | 开发一种新的渐晕校正工具，以提高空间转录组图像的分析质量 | 空间转录组图像中的渐晕效应 | 数字病理学 | NA | 迭代切片直方图归一化 | NA | 图像 | NA |