单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 781 - 800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 781 | 2024-08-07 |
Targeting epigenetic modifiers to reprogramme macrophages in non-resolving inflammation-driven atherosclerosis
2021-Sep, European heart journal open
DOI:10.1093/ehjopen/oeab022
PMID:35919269
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综述 | 本文综述了表观遗传修饰在非消退性炎症驱动下的动脉粥样硬化中重编程巨噬细胞的作用 | 探讨了表观遗传修饰在动脉粥样硬化和相关炎症中的作用，并提出了针对这些修饰的潜在抗炎治疗策略 | 对表观遗传修饰在动脉粥样硬化中的研究仍处于初级阶段 | 探讨表观遗传修饰在动脉粥样硬化发病和进展中非控制性炎症的机制 | 动脉粥样硬化中的巨噬细胞及其表观遗传修饰 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 782 | 2024-08-07 |
Uncovering cell identity through differential stability with Cepo
2021-Dec, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-021-00172-2
PMID:38217190
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研究论文 | 本文介绍了Cepo方法，通过分析单细胞RNA测序数据中的差异稳定基因来定义细胞身份 | Cepo方法在多个数据集上表现优于现有方法，提高了细胞身份分配和相关应用的准确性 | NA | 探索细胞身份的定义 | 单细胞RNA测序数据中的差异稳定基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 多个数据集 |
| 783 | 2024-08-07 |
Modeling gene regulatory networks using neural network architectures
2021-Jul, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-021-00099-8
PMID:38217125
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研究论文 | 本文提出了一种名为DeepSEM的深度生成模型，用于联合推断基因调控网络（GRN）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的生物学意义表示 | 开发了一种神经网络版本的结构方程模型（SEM），明确模拟基因间的调控关系 | NA | 研究目的是开发一种新方法来分析单细胞RNA测序数据并推断基因调控网络 | 基因调控网络和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | RNA测序数据 | NA |
| 784 | 2024-08-07 |
Enabling single-cell trajectory network enrichment
2021-Feb, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-021-00025-y
PMID:38217228
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研究论文 | 本文开发了一种名为Scellnetor的网络约束时间序列聚类算法，用于单细胞测序数据分析，以揭示细胞分化过程中的基因表达网络模式 | Scellnetor算法能够提取解释两个发育轨迹调控差异的时间差异基因表达网络模式，将单细胞测序数据分析提升到系统生物学水平 | NA | 开发新的工具以增强单细胞测序数据在系统生物学层面的分析能力 | 单细胞测序数据中的细胞分化过程及其基因表达网络模式 | 系统生物学 | NA | scRNA-seq | 网络约束时间序列聚类算法 | 基因表达数据 | 使用已知特征的实验模型系统进行验证 |
| 785 | 2024-08-07 |
Lack of CD8+ T cell effector differentiation during priming mediates checkpoint blockade resistance in non-small cell lung cancer
2021-Oct-29, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abi8800
PMID:34714687
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研究论文 | 本研究使用正位非小细胞肺癌小鼠模型，探讨了免疫检查点阻断（ICB）耐药性的机制，发现肺癌特异性肿瘤浸润CD8 T细胞在克隆扩增过程中缺乏效应和耗竭T细胞反应相关基因的表达，表明其经历了一个与传统T细胞耗竭不同的分化程序。 | 首次揭示了非小细胞肺癌中CD8 T细胞在初级阶段缺乏效应分化，导致对免疫检查点阻断治疗的耐药性。 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证。 | 探讨非小细胞肺癌中免疫检查点阻断耐药性的机制。 | 非小细胞肺癌中的CD8 T细胞反应。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肿瘤样本及非小细胞肺癌患者CD8 T细胞样本 |
| 786 | 2024-08-07 |
Characterizing Neonatal Heart Maturation, Regeneration, and Scar Resolution Using Spatial Transcriptomics
2021-Dec-21, Journal of cardiovascular development and disease
IF:2.4Q2
DOI:10.3390/jcdd9010001
PMID:35050211
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，探讨了新生小鼠心脏在心尖切除后修复过程中的成熟、再生和瘢痕愈合机制 | 本研究首次利用空间转录组学技术，揭示了新生小鼠心脏在再生和非再生时间点的动态表型变化，以及瘢痕愈合过程中的基因表达程序 | NA | 研究新生哺乳动物心脏的再生潜力及其修复机制 | 新生小鼠心脏的再生和瘢痕愈合过程 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 新生小鼠心脏样本 |
| 787 | 2024-08-07 |
Evaluating Capture Sequence Performance for Single-Cell CRISPR Activation Experiments
2021-Mar-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.0c00499
PMID:33625849
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研究论文 | 本文评估了单细胞CRISPR激活实验中捕获序列性能的影响 | 引入了特征条形码技术，允许同时捕获mRNA和gRNA | 该技术尚处于起步阶段，缺乏优化实验参数的信息 | 识别CRISPR激活基因扰动研究的最佳gRNA支架 | 捕获序列、捕获序列位置和gRNA骨架 | NA | NA | 单细胞RNA测序、CRISPR激活 | NA | mRNA、gRNA | NA |
| 788 | 2024-08-07 |
Detection of gene cis-regulatory element perturbations in single-cell transcriptomes
2021-Mar, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1008789
PMID:33711017
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研究论文 | 介绍了一种基于poly-adenine CRISPR gRNA的单细胞RNA测序方法（pAC-Seq），用于直接观察scRNA-seq中的gRNAs，并评估CRISPR/Cas9对基因顺式调控区域改变的表型后果 | pAC-Seq能够检测到顺式调控引起的靶基因表达改变，即使在只有约5%的细胞中发生双等位基因丢失 | 低比例的双等位基因丢失显著增加了检测调控基因组变化后果所需的细胞数量 | 评估CRISPR/Cas9对基因顺式调控区域改变的表型后果 | 基因顺式调控区域的改变及其对靶基因表达的影响 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 约5%的细胞发生双等位基因丢失 |
| 789 | 2024-08-07 |
Variation in selective constraints along the Plasmodium life cycle
2021-08, Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases
DOI:10.1016/j.meegid.2021.104908
PMID:33975022
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研究论文 | 研究分析了啮齿类和灵长类疟原虫寄生虫在其生命周期中蛋白质编码序列的选择性约束变化 | 揭示了寄生虫发育过程中选择性约束的广泛变化，并强调了比其他阶段进化更快的阶段 | NA | 探究疟原虫生命周期中不同基因表达阶段的选择性压力变化 | 啮齿类和灵长类疟原虫寄生虫的基因表达及其选择性约束 | NA | 疟疾 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及多个发育阶段的样本 |
| 790 | 2024-08-07 |
The relationship between the gut microbiome and host gene expression: a review
2021-May, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-020-02237-0
PMID:33221945
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综述 | 本文综述了肠道微生物组与宿主基因表达之间关系的最新研究 | 介绍了新兴技术如单细胞RNA测序和类器官生成在深化这一关系理解中的潜力 | NA | 探讨肠道微生物组如何影响宿主基因表达及其对宿主生理过程的重要性 | 肠道微生物组与宿主基因表达的关系 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 791 | 2024-08-07 |
Th1 polarization defines the synovial fluid T cell compartment in oligoarticular juvenile idiopathic arthritis
2021-09-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.149185
PMID:34403374
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术、bulk RNA-Seq、单细胞RNA-Seq（scRNA-Seq）、DNA甲基化研究和Treg抑制试验，对寡关节炎性幼年特发性关节炎（oligo JIA）中的滑液T细胞进行了免疫表型分析 | 发现oligo JIA中滑液T细胞表现出Th1偏倚，包括Tregs，并且这些Th1样Tregs保持了Treg特异性甲基化模式和抑制功能 | NA | 旨在理解oligo JIA中的免疫反应 | oligo JIA中的滑液T细胞 | 免疫学 | 幼年特发性关节炎 | 流式细胞术, bulk RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, DNA甲基化研究 | NA | 细胞, 基因表达 | NA |
| 792 | 2024-08-07 |
Genetic ancestry effects on the response to viral infection are pervasive but cell type specific
2021-Nov-26, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abg0928
PMID:34822289
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了欧洲和非洲血统男性在流感感染后外周血单核细胞的反应差异 | 发现遗传血统对病毒感染反应的影响普遍存在但具有细胞类型特异性，且与COVID-19疾病严重性相关的基因富集 | NA | 探究遗传血统对病毒感染免疫反应的影响 | 欧洲和非洲血统男性的外周血单核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 欧洲和非洲血统男性 |
| 793 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Profiling of Thyroid Hormone Effectors in the Human Fetal Neocortex: Expression of SLCO1C1, DIO2, and THRB in Specific Cell Types
2021-10, Thyroid : official journal of the American Thyroid Association
IF:5.8Q1
DOI:10.1089/thy.2021.0057
PMID:34114484
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了人胎脑新皮质中甲状腺激素效应蛋白SLCO1C1、DIO2和THRB在特定细胞类型中的表达 | 发现甲状腺激素效应蛋白在特定细胞类型中的独特表达模式，特别是在中间神经元中的表达，这一发现具有新的病理生理意义 | NA | 填补关于人胎脑中甲状腺激素作用的知识的空白 | 人胎脑新皮质中的甲状腺激素效应蛋白 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 分析了来自三个不同研究的公开单细胞转录组数据集，涉及393至近40,000个细胞 |
| 794 | 2024-08-07 |
Cortical overgrowth in a preclinical forebrain organoid model of CNTNAP2-associated autism spectrum disorder
2021-09-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-24358-4
PMID:34471112
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研究论文 | 本研究利用从患有综合征型自闭症谱系障碍（ASD）的患者诱导多能干细胞生成的前脑类器官，研究了CNTNAP2基因突变对胚胎期皮层发育的影响 | 首次使用前脑类器官模型研究CNTNAP2突变对ASD的影响，并成功利用CRISPR-Cas9技术纠正突变以恢复类器官的生长表型 | NA | 研究CNTNAP2基因突变对自闭症谱系障碍患者胚胎期皮层发育的影响 | 前脑类器官及单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 从患有CNTNAP2基因突变的ASD患者中获取的诱导多能干细胞生成的前脑类器官 |
| 795 | 2024-08-07 |
Extrathymic Aire-expressing cells support maternal-fetal tolerance
2021-07-16, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abf1968
PMID:34272228
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研究论文 | 研究探讨了AIRE表达细胞在母体-胎儿耐受中的作用，发现母体中AIRE表达细胞的缺失会导致小鼠早期妊娠中的宫内生长受限 | 报道了一种维持母体-胎儿免疫稳态的新机制，并证明外胸腺AIRE表达细胞（eTACs）保护胚胎免受免疫介导的宫内生长受限 | NA | 研究AIRE表达细胞在母体-胎儿耐受中的作用 | AIRE表达细胞在母体-胎儿耐受中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠妊娠模型 |
| 796 | 2024-08-07 |
Smek1 deficiency exacerbates experimental autoimmune encephalomyelitis by activating proinflammatory microglia and suppressing the IDO1-AhR pathway
2021-Jun-28, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-021-02193-0
PMID:34183017
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研究论文 | 研究探讨了抑制MEK1的调节亚基SMEK1的部分功能丧失如何促进多发性硬化症（MS）和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的发病机制 | 首次揭示了Smek1在维持免疫抑制功能中的作用，并通过调节吲哚胺2,3-双加氧酶（IDO1）-芳香烃受体（AhR）途径来保护自身免疫性脱髓鞘病理过程 | NA | 探究SMEK1基因缺陷如何影响MS和EAE的发病 | C57BL/6小鼠 | NA | 多发性硬化症 | 免疫组织化学染色、定量聚合酶链反应（qPCR）、蛋白质印迹分析、酶联免疫吸附试验（ELISA）、流式细胞术、单细胞测序 | NA | 组织样本 | C57BL/6小鼠接种髓鞘少突胶质细胞糖蛋白35-55（MOG35-55）后的EAE模型 |
| 797 | 2024-08-07 |
Differential RA responsiveness among subsets of mouse late progenitor spermatogonia
2021-05-05, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-21-0031
PMID:33835049
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研究论文 | 本文研究了小鼠晚期生殖干细胞在不同子集对视黄酸（RA）的反应差异 | 首次功能性地测试了表达视黄酸受体γ（RARG）的生殖干细胞对RA的反应，并发现RARG单独不足以在小鼠睾丸中启动生殖干细胞对RA的反应 | NA | 探究小鼠晚期生殖干细胞在不同子集对视黄酸的反应差异 | 小鼠晚期生殖干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个小鼠睾丸样本 |
| 798 | 2024-08-07 |
Single-Cell Sequencing of Brain Cell Transcriptomes and Epigenomes
2021-01-06, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2020.12.010
PMID:33412093
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research paper | 本文讨论了单细胞转录组和表观基因组测序的基本原理、数据的整合计算分析以及在神经科学中的关键应用 | 单细胞测序技术通过直接测量数千到数百万个单个细胞中的多种分子特征，全面表征了脑细胞类型的多样性，揭示了塑造细胞身份的基因调控机制 | NA | 深入理解神经回路的细胞构成，揭示脑细胞群体之间的发育和进化关系 | 脑细胞的转录组和表观基因组 | digital pathology | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组和表观基因组数据 | 数千到数百万个单个细胞 |
| 799 | 2024-08-07 |
Genomic Profiling of Virulence in the Soybean Cyst Nematode Using Single-Nematode Sequencing
2021-Jan, Phytopathology
IF:2.6Q2
DOI:10.1094/PHYTO-08-20-0348-FI
PMID:33100145
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研究论文 | 本研究使用单个线虫的单细胞RNA测序方法，分析了豆杆囊线虫（SCN）的基因组特征，以识别可能参与抗性基因突破的SCN基因 | 首次建立了单个SCN个体的完整转录组，并识别出一系列针对主要SCN抗性源的假定毒力基因 | NA | 旨在揭示豆杆囊线虫克服抗性基因的机制 | 豆杆囊线虫（SCN）及其在抗性大豆品种上的毒力基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单个SCN个体 |
| 800 | 2024-08-07 |
Pattern Recognition Receptors (PRRs) in Macrophages Possess Prognosis and Immunotherapy Potential for Melanoma
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.765615
PMID:34858419
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研究论文 | 本研究分析了20种典型的模式识别受体（PRRs）在9502名患者33种肿瘤样本中的表达，并构建了基于PRRs表达的皮肤黑色素瘤（SKCM）预后模型，探讨了PRRs在黑色素瘤中的预后潜力和免疫治疗价值。 | 首次全面评估了PRRs家族在不同癌症临床预后中的意义，并发现PRRs在黑色素瘤中的表达与预后呈显著正相关，且PRR-based Cox模型比单一PRR具有更好的预后潜力。 | 研究主要集中在皮肤黑色素瘤，对其他肿瘤类型的PRRs预后潜力分析较少。 | 探讨PRRs在黑色素瘤中的预后潜力和免疫治疗价值。 | 分析PRRs在不同肿瘤中的表达及其对预后和免疫治疗的影响。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞测序 | Cox预后模型 | 基因表达数据 | 9502名患者的肿瘤样本 |