单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2024-08-07	Tuning MPL signaling to influence hematopoietic stem cell differentiation and inhibit essential thrombocythemia progenitors 2021-01-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2017849118 PMID:33384332	研究论文	本文开发了一系列用于TPO-R的替代蛋白配体，即二聚体（DBs），通过调节TPO-R信号传导来影响造血干细胞的分化和抑制原发性血小板增多症祖细胞	开发了能够调节TPO-R信号传导的替代蛋白配体，这些配体能够通过不同的几何结构调节下游信号响应，从而实现对TPO/TPO-R双重功能的解耦	NA	探索通过调节TPO-R信号传导来影响造血干细胞的分化和抑制原发性血小板增多症祖细胞的方法	造血干细胞和原发性血小板增多症祖细胞	NA	原发性血小板增多症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
782	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis of CAR T-cell products reveals subpopulations, stimulation, and exhaustion signatures 2021-01-06, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2020.1866287 PMID:33489472	研究论文	本研究利用流式细胞术和单细胞转录组测序技术，分析了3名健康供体的CAR T细胞产品，揭示了细胞亚群、刺激反应和耗竭标志物	首次详细描述了CAR T细胞在抗原特异性刺激下的转录组变化，并发现了与T细胞耗竭相关的新基因	研究仅限于3名健康供体，样本量较小	探究CAR T细胞疗法中细胞激活的分子机制	CAR T细胞产品及其在抗原特异性刺激下的反应	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	53,191个单细胞转录组，来自3名健康供体
783	2024-08-07	Characterizing allele- and haplotype-specific copy numbers in single cells with CHISEL 2021-02, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0661-6 PMID:32879467	research paper	本文介绍了一种名为CHISEL的方法，用于在单细胞和细胞亚群中推断等位基因和单体型特异性的拷贝数	CHISEL方法通过聚合数百或数千个单个细胞的稀疏信号，能够推断出等位基因和单体型特异性的拷贝数，这在低序列覆盖率的情况下尤为重要	NA	研究目的是开发一种方法来推断单细胞中的等位基因和单体型特异性拷贝数，特别是在低序列覆盖率的情况下	研究对象是乳腺癌患者的单细胞序列数据	digital pathology	breast cancer	single-cell sequencing	NA	genome	约2,000个细胞，来自两名乳腺癌患者
784	2024-08-07	Suppressive neutrophils require PIM1 for metabolic fitness and survival during chronic viral infection 2021-05-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109160 PMID:34038722	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了在急性和慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）感染中髓样细胞的作用，发现抑制性中性粒细胞在慢性感染中富集，并高度表达PIM1基因，该基因编码的激酶促进线粒体适应性和细胞存活。	首次揭示了抑制性中性粒细胞在慢性病毒感染中的作用及其依赖PIM1的代谢适应性和生存机制。	NA	探讨髓样细胞在慢性病毒感染中的作用及机制。	抑制性中性粒细胞和髓样来源的抑制细胞（M-MDSCs）。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
785	2024-08-07	A multi-center cross-platform single-cell RNA sequencing reference dataset 2021-02-02, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-021-00809-x PMID:33531477	研究论文	本文介绍了一个多中心跨平台的单细胞RNA测序（scRNA-seq）基准数据集	该数据集包括20个scRNA-seq数据集，来自两个生物学上不同的细胞系，且包含多平台的全基因组测序数据，适用于评估各种scRNA-seq分析的生物信息学方法	NA	提供一个适用于不同scRNA-seq平台和生物信息学方法基准测试的参考数据集	两个生物学上不同的细胞系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	20个scRNA-seq数据集
786	2024-08-07	Tumor-intrinsic and -extrinsic determinants of response to blinatumomab in adults with B-ALL 2021-01-28, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2020006287 PMID:32881995	研究论文	研究了44名复发或难治性B-ALL成年患者在接受blinatumomab治疗后的肿瘤内在和外在反应决定因素	发现了CD19 ex2part剪接变体作为预测blinatumomab治疗失败的新的生物标志物	NA	确定blinatumomab治疗B-ALL的肿瘤内在和外在反应决定因素	复发或难治性B-ALL成年患者	NA	B-ALL	单细胞测序	NA	转录组数据	44名患者
787	2024-08-07	Single-Cell Toolkits Opening a New Era for Cell Engineering 2021-Mar-31, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.14348/molcells.2021.0002 PMID:33795531	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）工具包的发展及其在细胞工程中的应用	介绍了单细胞RNA测序技术的发展，使得研究人员能够以单细胞分辨率比较转录组，从而更深入地理解细胞功能	高吞吐量的单细胞'omics'工具的快速发展需要有效的假设验证策略	探讨细胞工程工具包的当前状态及其对单细胞和全基因组数据收集与分析的贡献	单细胞RNA测序工具包及其在细胞工程中的应用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
788	2024-08-07	Sarcomere function activates a p53-dependent DNA damage response that promotes polyploidization and limits in vivo cell engraftment 2021-05-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109088 PMID:33951429	研究论文	研究通过构建人心脏肌细胞模型，利用荧光标记的细胞周期蛋白B1和心脏肌钙蛋白T追踪复制和多倍化过程，揭示了肌节功能通过激活p53依赖的DNA损伤反应促进多倍化和限制体内细胞植入的机制。	首次揭示肌节功能通过p53依赖的DNA损伤反应促进心脏肌细胞多倍化，并发现通过抑制肌节功能或清除活性氧可以抑制细胞周期停滞和多倍化，从而增强心脏肌细胞在受损心脏中的植入。	研究主要在体外模型中进行，需要进一步的体内实验验证其发现的有效性和安全性。	探讨心脏肌细胞复制和多倍化的机制，以及如何通过干预这些机制来改善心脏肌细胞的替换策略。	人心脏肌细胞的复制和多倍化过程。	数字病理学	心血管疾病	CRISPR	NA	图像	使用荧光标记的细胞周期蛋白B1和心脏肌钙蛋白T追踪复制和多倍化过程，具体样本数量未详细说明。
789	2024-08-07	A spatially resolved brain region- and cell type-specific isoform atlas of the postnatal mouse brain 2021-01-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20343-5 PMID:33469025	研究论文	本文通过单细胞长读序技术研究了小鼠海马体和前额叶皮层在出生后第7天的45种细胞类型中不同脑区间差异性剪接变体的表达	本文首次在单细胞分辨率下展示了脑区间剪接变体的差异表达，并发现这些差异与功能上不同的蛋白质变体相对应	NA	研究脑区间和细胞类型特异性的剪接变体表达差异	小鼠海马体和前额叶皮层在出生后第7天的45种细胞类型	数字病理学	NA	单细胞长读序技术	NA	转录组数据	小鼠海马体和前额叶皮层的45种细胞类型
790	2024-08-07	Deletion of Abi3 gene locus exacerbates neuropathological features of Alzheimer's disease in a mouse model of Aβ amyloidosis 2021-Nov-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abe3954 PMID:34731000	研究论文	本研究探讨了ABI3基因缺失对5XFAD小鼠模型中阿尔茨海默病病理特征的影响	首次提供了ABI3功能丧失可能通过影响Aβ积累和神经炎症增加阿尔茨海默病风险的体内功能证据	NA	探究ABI3基因在阿尔茨海默病发病机制中的作用	5XFAD小鼠模型中的ABI3基因缺失对阿尔茨海默病病理特征的影响	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
791	2024-08-07	scRNA-Seq Reveals New Enteric Nervous System Roles for GDNF, NRTN, and TBX3 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.12.014 PMID:33444816	研究论文	本研究通过单核和单细胞RNA测序技术，揭示了GDNF、NRTN和TBX3在肠神经系统中的新作用	首次通过单细胞分析定义了肠神经系统中不同神经元亚型的差异表达基因，并发现了TBX3、GDNF和NRTN的新作用	NA	旨在通过定义神经元亚型的基因表达，促进针对肠神经病变的新型治疗策略的开发，并深入了解肠神经系统功能	成年小鼠和人类结肠的肠神经元亚型	数字病理学	肠神经病变	单核RNA测序和单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	635个成年小鼠结肠肠神经元和707个E17.5小鼠肠神经元，以及48个人类结肠肠神经元和其他细胞类型
792	2024-08-07	Targeting epigenetic modifiers to reprogramme macrophages in non-resolving inflammation-driven atherosclerosis 2021-Sep, European heart journal open DOI:10.1093/ehjopen/oeab022 PMID:35919269	综述	本文综述了表观遗传修饰在非消退性炎症驱动下的动脉粥样硬化中重编程巨噬细胞的作用	探讨了表观遗传修饰在动脉粥样硬化和相关炎症中的作用，并提出了针对这些修饰的潜在抗炎治疗策略	对表观遗传修饰在动脉粥样硬化中的研究仍处于初级阶段	探讨表观遗传修饰在动脉粥样硬化发病和进展中非控制性炎症的机制	动脉粥样硬化中的巨噬细胞及其表观遗传修饰	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
793	2024-08-07	Uncovering cell identity through differential stability with Cepo 2021-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-021-00172-2 PMID:38217190	研究论文	本文介绍了Cepo方法，通过分析单细胞RNA测序数据中的差异稳定基因来定义细胞身份	Cepo方法在多个数据集上表现优于现有方法，提高了细胞身份分配和相关应用的准确性	NA	探索细胞身份的定义	单细胞RNA测序数据中的差异稳定基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个数据集
794	2024-08-07	Modeling gene regulatory networks using neural network architectures 2021-Jul, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-021-00099-8 PMID:38217125	研究论文	本文提出了一种名为DeepSEM的深度生成模型，用于联合推断基因调控网络（GRN）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的生物学意义表示	开发了一种神经网络版本的结构方程模型（SEM），明确模拟基因间的调控关系	NA	研究目的是开发一种新方法来分析单细胞RNA测序数据并推断基因调控网络	基因调控网络和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	神经网络	RNA测序数据	NA
795	2024-08-07	Enabling single-cell trajectory network enrichment 2021-Feb, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-021-00025-y PMID:38217228	研究论文	本文开发了一种名为Scellnetor的网络约束时间序列聚类算法，用于单细胞测序数据分析，以揭示细胞分化过程中的基因表达网络模式	Scellnetor算法能够提取解释两个发育轨迹调控差异的时间差异基因表达网络模式，将单细胞测序数据分析提升到系统生物学水平	NA	开发新的工具以增强单细胞测序数据在系统生物学层面的分析能力	单细胞测序数据中的细胞分化过程及其基因表达网络模式	系统生物学	NA	scRNA-seq	网络约束时间序列聚类算法	基因表达数据	使用已知特征的实验模型系统进行验证
796	2024-08-07	Lack of CD8+ T cell effector differentiation during priming mediates checkpoint blockade resistance in non-small cell lung cancer 2021-Oct-29, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abi8800 PMID:34714687	研究论文	本研究使用正位非小细胞肺癌小鼠模型，探讨了免疫检查点阻断（ICB）耐药性的机制，发现肺癌特异性肿瘤浸润CD8 T细胞在克隆扩增过程中缺乏效应和耗竭T细胞反应相关基因的表达，表明其经历了一个与传统T细胞耗竭不同的分化程序。	首次揭示了非小细胞肺癌中CD8 T细胞在初级阶段缺乏效应分化，导致对免疫检查点阻断治疗的耐药性。	研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证。	探讨非小细胞肺癌中免疫检查点阻断耐药性的机制。	非小细胞肺癌中的CD8 T细胞反应。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠肿瘤样本及非小细胞肺癌患者CD8 T细胞样本
797	2024-08-07	Characterizing Neonatal Heart Maturation, Regeneration, and Scar Resolution Using Spatial Transcriptomics 2021-Dec-21, Journal of cardiovascular development and disease IF:2.4Q2 DOI:10.3390/jcdd9010001 PMID:35050211	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，探讨了新生小鼠心脏在心尖切除后修复过程中的成熟、再生和瘢痕愈合机制	本研究首次利用空间转录组学技术，揭示了新生小鼠心脏在再生和非再生时间点的动态表型变化，以及瘢痕愈合过程中的基因表达程序	NA	研究新生哺乳动物心脏的再生潜力及其修复机制	新生小鼠心脏的再生和瘢痕愈合过程	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	新生小鼠心脏样本
798	2024-08-07	Evaluating Capture Sequence Performance for Single-Cell CRISPR Activation Experiments 2021-Mar-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.0c00499 PMID:33625849	研究论文	本文评估了单细胞CRISPR激活实验中捕获序列性能的影响	引入了特征条形码技术，允许同时捕获mRNA和gRNA	该技术尚处于起步阶段，缺乏优化实验参数的信息	识别CRISPR激活基因扰动研究的最佳gRNA支架	捕获序列、捕获序列位置和gRNA骨架	NA	NA	单细胞RNA测序、CRISPR激活	NA	mRNA、gRNA	NA
799	2024-08-07	Detection of gene cis-regulatory element perturbations in single-cell transcriptomes 2021-Mar, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008789 PMID:33711017	研究论文	介绍了一种基于poly-adenine CRISPR gRNA的单细胞RNA测序方法（pAC-Seq），用于直接观察scRNA-seq中的gRNAs，并评估CRISPR/Cas9对基因顺式调控区域改变的表型后果	pAC-Seq能够检测到顺式调控引起的靶基因表达改变，即使在只有约5%的细胞中发生双等位基因丢失	低比例的双等位基因丢失显著增加了检测调控基因组变化后果所需的细胞数量	评估CRISPR/Cas9对基因顺式调控区域改变的表型后果	基因顺式调控区域的改变及其对靶基因表达的影响	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	约5%的细胞发生双等位基因丢失
800	2024-08-07	Variation in selective constraints along the Plasmodium life cycle 2021-08, Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases DOI:10.1016/j.meegid.2021.104908 PMID:33975022	研究论文	研究分析了啮齿类和灵长类疟原虫寄生虫在其生命周期中蛋白质编码序列的选择性约束变化	揭示了寄生虫发育过程中选择性约束的广泛变化，并强调了比其他阶段进化更快的阶段	NA	探究疟原虫生命周期中不同基因表达阶段的选择性压力变化	啮齿类和灵长类疟原虫寄生虫的基因表达及其选择性约束	NA	疟疾	scRNA-seq	NA	基因表达数据	涉及多个发育阶段的样本