单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-10-16	Multi-domain translation between single-cell imaging and sequencing data using autoencoders 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20249-2 PMID:33397893	研究论文	本文提出了一种使用自编码器在单细胞成像和测序数据之间进行多领域翻译的方法	本文的创新点在于通过学习不同数据模态之间的概率耦合，使用自编码器将它们映射到一个共享的潜在空间，从而实现成像和测序数据的整合	NA	研究目的是整合不同数据模态，以研究细胞异质性及其功能	研究对象是单细胞RNA测序数据和染色质图像	计算机视觉	NA	自编码器	自编码器	图像和文本	涉及人类初始CD4+ T细胞的多个亚群
62	2024-10-14	Single cell functional genomics reveals plasticity of subcutaneous white adipose tissue (WAT) during early postnatal development 2021-11, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2021.101307 PMID:34298199	研究论文	本研究探讨了小鼠皮下白色脂肪组织（iWAT）在出生后早期发育阶段的细胞复杂性和可塑性	首次通过单细胞转录组学（scRNA-seq）和表观基因组学（snATAC-seq）技术，详细描述了小鼠皮下白色脂肪组织在出生后早期发育阶段的细胞亚型及其动态变化	NA	研究小鼠皮下白色脂肪组织在出生后早期发育阶段的细胞复杂性和可塑性	小鼠皮下白色脂肪组织（iWAT）的脂肪基质细胞（ASC）和脂肪细胞核	数字病理学	NA	单细胞转录组学（scRNA-seq）和表观基因组学（snATAC-seq）	NA	基因表达数据和染色质可及性数据	小鼠皮下白色脂肪组织在出生后第6天、第18天和第56天的样本
63	2024-10-13	Influenza virus infection increases ACE2 expression and shedding in human small airway epithelial cells 2021-07, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.03988-2020 PMID:33419885	研究论文	研究流感病毒感染如何增加人类小气道上皮细胞中ACE2的表达和脱落，从而增加COVID-19的风险	首次揭示了流感病毒感染会增加ACE2的表达和脱落，从而增加SARS-CoV-2感染的风险	研究主要集中在体外实验，需要进一步的体内实验验证	探讨流感病毒感染如何增加COVID-19的风险	人类小气道上皮细胞和相关分子	NA	呼吸道疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自非疾病供体肺的初级小气道上皮细胞
64	2024-10-13	Urinary EGF and MCP-1 and risk of CKD after cardiac surgery 2021-06-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.147464 PMID:33974569	研究论文	评估尿液中EGF和MCP-1在心脏手术后预测慢性肾病（CKD）风险的作用	首次评估了细胞完整性标志物EGF和炎症标志物MCP-1在心脏手术后长期肾功能结局中的预测作用，并结合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析了相关基因的转录组变化	研究样本仅来自加拿大和美国的两个中心，可能存在地域偏倚；研究未探讨EGF和MCP-1在其他类型手术或非手术情况下的预测作用	评估心脏手术后尿液中EGF和MCP-1对慢性肾病风险的预测作用	心脏手术后的成年患者及其尿液样本	NA	慢性肾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	尿液样本	865名成年患者
65	2024-10-12	Syntaxin 4 Enrichment in β-Cells Prevents Conversion to Autoimmune Diabetes in Non-Obese Diabetic (NOD) Mice 2021-12, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db21-0170 PMID:34556496	研究论文	研究探讨了Syntaxin 4在β细胞中的富集如何防止非肥胖糖尿病（NOD）小鼠向自身免疫性糖尿病的转化	首次通过诱导β细胞特异性表达Syntaxin 4，显著降低了NOD小鼠的糖尿病转化率，并揭示了Syntaxin 4在β细胞保护中的机制	研究仅在NOD小鼠模型中进行，尚未在人类中验证Syntaxin 4富集的策略	探讨Syntaxin 4在β细胞保护中的作用及其在预防或逆转1型糖尿病中的潜力	Syntaxin 4在β细胞中的表达及其对NOD小鼠糖尿病转化的影响	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NOD-iβSTX4小鼠和NOD-Ctrl小鼠各一组，每组样本数量未明确提及
66	2024-10-12	Modular, efficient and constant-memory single-cell RNA-seq preprocessing 2021-07, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-00870-2 PMID:33795888	研究论文	描述了一种平衡效率和准确性的单细胞RNA测序数据预处理工作流程	工作流程基于kallisto和bustools程序，具有接近最优的速度和恒定的内存需求，适用于任意大规模数据集	NA	开发一种高效的单细胞RNA测序数据预处理方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
67	2024-10-10	A single-cell atlas of Plasmodium falciparum transmission through the mosquito 2021-05-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23434-z PMID:34045457	研究论文	本文利用单细胞转录组学揭示了恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况	首次通过单细胞转录组学揭示了恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的发育轨迹和转录特征，并识别了人类和啮齿动物寄生虫之间的保守和非保守基因使用	NA	揭示恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况，为寻找抗疟药物和疫苗靶点提供依据	恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况	NA	疟疾	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
68	2024-10-07	TATA and paused promoters active in differentiated tissues have distinct expression characteristics 2021-02, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209866 PMID:33543829	研究论文	研究了在分化组织中活跃的TATA和暂停启动子的不同表达特征	首次探讨了RNA聚合酶II暂停元素对组织特异性基因表达特征的影响，并提出了组织特异性基因在不同组织中表达的两种不同策略	研究仅限于果蝇晚期胚胎，可能无法完全推广到其他物种或发育阶段	探讨RNA聚合酶II暂停元素对组织特异性基因表达特征的影响	TATA和暂停启动子在分化组织中的表达特征	基因组学	NA	ChIP-seq, ATAC-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	果蝇晚期胚胎
69	2024-10-07	Probabilistic harmonization and annotation of single-cell transcriptomics data with deep generative models 2021-01, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209620 PMID:33491336	研究论文	本文介绍了一种基于深度生成模型的单细胞转录组数据概率调和与注释方法	提出了scANVI，一种半监督变分推断方法，用于利用现有细胞状态注释进行单细胞注释，并展示了scVI和scANVI在数据整合和细胞状态注释方面的优越性	未提及	旨在解决单细胞转录组数据整合和细胞类型注释的挑战	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	生成模型	基因表达数据	未提及
70	2024-10-07	The Gustatory Sensory G-Protein GNAT3 Suppresses Pancreatic Cancer Progression in Mice 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.08.011 PMID:32882403	研究论文	研究了味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用	首次探讨了味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用，并发现其缺失会增强CXCL1/2-CXCR2轴，促进肿瘤进展	NA	探讨味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用	胰腺导管腺癌（PDA）进展中的免疫抑制性炎症反应	NA	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了Gnat3-null (Gnat3-/-)小鼠和携带Cre-inducible KrasLSL-G12D/+等位基因的小鼠进行交叉繁殖
71	2024-10-06	NGN2 induces diverse neuron types from human pluripotency 2021-09-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.07.006 PMID:34358451	研究论文	研究通过神经生成素2（NGN2）过表达从人诱导多能干细胞（iPSCs）中诱导出多种神经元类型	使用单细胞转录组学分析了NGN2过表达过程中从多能性到神经元功能成熟的时间进程中的细胞状态，揭示了生成的神经元类型的分子异质性	神经元分化路径和异质性尚未完全探索	研究神经元分化机制和神经退行性疾病的建模	人诱导多能干细胞（iPSCs）和神经生成素2（NGN2）过表达诱导的神经元	NA	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	多个iPSC克隆和来自不同个体的细胞系
72	2024-10-06	Assessing the replicability of spatial gene expression using atlas data from the adult mouse brain 2021-07, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3001341 PMID:34280183	研究论文	本文评估了成年小鼠大脑中空间基因表达数据的重复性，特别是通过比较Allen脑图谱和空间转录组学数据集	首次使用可行的空间技术对Allen脑图谱的全脑、全转录组空间表达数据进行基准测试，并与第二个独立数据集进行比较	模型在不同数据集之间的双向分类性能无法重现，表明跨平台分类不够稳健	评估成年小鼠大脑中空间基因表达数据的重复性	成年小鼠大脑的空间基因表达数据	数字病理学	NA	空间转录组学	LASSO回归、线性回归和基于相关性的特征选择	基因表达数据	成年小鼠大脑的全脑、全转录组数据
73	2024-10-05	Repurposable drugs for SARS-CoV-2 and influenza sepsis with scRNA-seq data targeting post-transcription modifications 2021-Dec, Precision clinical medicine IF:5.1Q1 DOI:10.1093/pcmedi/pbab022 PMID:34993416	研究论文	本文通过整合基因表达扰动数据和单细胞RNA测序数据，识别出可重新用于治疗SARS-CoV-2和流感脓毒症的药物	本文采用系统生物学方法，结合FDA批准药物和临床前小分子化合物的基因表达扰动数据，以及COVID-19患者的单细胞RNA测序数据，识别出281种可能有效对抗SARS-CoV-2感染的药物，并实验验证了其中两种药物对流感病毒复制和宿主细胞细胞因子及其调节因子转录和翻译的抑制作用	本文主要基于现有数据和已批准药物进行筛选，未涉及新药开发	识别可重新用于治疗SARS-CoV-2和流感脓毒症的药物	SARS-CoV-2和流感病毒感染及其并发症	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	轻度和重度COVID-19患者的数据（GEO: GSE145926）
74	2024-10-04	Common clonal origin of conventional T cells and induced regulatory T cells in breast cancer patients 2021-02-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21297-y PMID:33602930	研究论文	研究分析了乳腺癌患者中常规T细胞和诱导调节T细胞的克隆起源	首次揭示了乳腺癌患者中调节T细胞可能源自抗原经验丰富的常规T细胞通过肿瘤内激活转化为次级诱导调节T细胞	NA	探讨乳腺癌患者中调节T细胞的克隆起源及其形成机制	乳腺癌患者中的常规T细胞和诱导调节T细胞	免疫学	乳腺癌	T细胞受体和单细胞转录组测序	NA	转录组	NA
75	2024-10-01	Single cell analysis of spondyloarthritis regulatory T cells identifies distinct synovial gene expression patterns and clonal fates 2021-12-14, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-021-02931-3 PMID:34907325	研究论文	研究分析了强直性脊柱炎和银屑病关节炎患者的外周血和滑液中的调节性T细胞的单细胞转录组	首次详细描述了炎症部位调节性T细胞的亚群特征，并发现了具有细胞毒性标志物的CD8+调节性T细胞亚群和IL-10及LAG-3表达的Th17样调节性T细胞亚群	研究样本仅限于少数患者，可能影响结果的普适性	探讨炎症部位调节性T细胞的表型和功能特征	强直性脊柱炎和银屑病关节炎患者的调节性T细胞	免疫学	强直性脊柱炎	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	16,000多个调节性T细胞样本，来自5名患者
76	2024-10-01	Single-cell classification using graph convolutional networks 2021-Jul-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04278-2 PMID:34238220	研究论文	本文提出了一种名为sigGCN的多模态端到端深度学习模型，用于细胞分类，结合了图卷积网络（GCN）和神经网络来利用基因相互作用网络	本文的创新点在于将基因相互作用网络与基因表达数据结合，通过图卷积网络方法提取有效特征，从而提高细胞分类的性能	NA	研究目的是通过结合基因相互作用网络和基因表达数据，提高细胞分类的准确性	研究对象是单细胞RNA测序（scRNAseq）数据中的细胞分类	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	图卷积网络（GCN）	基因表达数据	NA
77	2024-09-30	[Liuwei Buqi capsule modulates immune function by targeting multiple immune cell subsets in lung tissue of patients with COPD] 2021-Oct-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University DOI:10.12122/j.issn.1673-4254.2021.10.07 PMID:34755664	研究论文	研究了慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者肺组织中免疫细胞亚群的特征，并探讨了六味补气胶囊调节COPD免疫和炎症失衡的机制	首次构建了六味补气胶囊-免疫细胞亚群-靶基因网络，并通过KEGG富集分析确定了关键基因和信号通路	研究主要基于单细胞RNA测序数据和动物模型，缺乏人体临床试验数据	探讨COPD患者肺组织中免疫细胞亚群的特征及六味补气胶囊的免疫调节机制	COPD患者肺组织中的免疫细胞亚群及六味补气胶囊的作用机制	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	COPD患者和健康对照组的肺组织样本，以及COPD大鼠模型
78	2024-09-30	Single-cell multi-omics sequencing: application trends, COVID-19, data analysis issues and prospects 2021-11-05, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab229 PMID:34111889	综述	本文综述了单细胞多组学测序技术的最新进展及其在理解复杂疾病（特别是COVID-19）中的应用，并总结了用于分析多层异质数据的相关机器学习和生物信息学技术	本文介绍了变分推断和基于图的学习方法在单细胞多组学数据分析中的应用，并讨论了Seurat V3等常用工具在处理缺失变量和标签中的作用	本文主要讨论了数据一致性和多样性问题，以及数据对错误校正和数据插补方法的关注，但未深入探讨具体的解决方案	综述单细胞多组学测序技术的发展及其在复杂疾病研究中的应用，并探讨相关的数据分析问题和未来展望	单细胞多组学测序技术及其在COVID-19等复杂疾病中的应用	生物信息学	传染病	单细胞多组学测序	NA	多层异质数据	NA
79	2024-09-30	Integration of Transformative Platforms for the Discovery of Causative Genes in Cardiovascular Diseases 2021-06, Cardiovascular drugs and therapy IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s10557-021-07175-1 PMID:33856594	综述	本文综述了利用基因组关联研究（GWAS）和其他多学科技术平台整合，以发现心血管疾病致病基因的最新进展	本文强调了通过多学科团队整合遗传发现与多种技术平台，展示了这种方法的变革潜力	NA	探讨心血管疾病致病基因的发现及其机制	心血管疾病及其相关基因和变异	基因组学	心血管疾病	基因组关联研究（GWAS）、RNA测序、代谢组学、表观基因组学	NA	基因数据、RNA数据、代谢数据	NA
80	2024-09-30	Longitudinal proteomic analysis of severe COVID-19 reveals survival-associated signatures, tissue-specific cell death, and cell-cell interactions 2021-05-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100287 PMID:33969320	研究论文	本文通过纵向蛋白质组分析严重COVID-19患者，揭示了与生存相关的蛋白质特征、组织特异性细胞死亡和细胞间相互作用	本文首次通过大规模蛋白质组数据和单细胞RNA测序数据的联合分析，揭示了严重COVID-19患者的免疫和非免疫蛋白质特征，并提出了细胞间相互作用驱动组织损伤的模型	本文的样本量相对较小，且仅限于COVID-19患者和症状性对照组，可能限制了结果的普适性	揭示严重COVID-19疾病的潜在机制	COVID-19患者的血浆蛋白质组和细胞间相互作用	NA	COVID-19	蛋白质组学分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质数据、单细胞RNA测序数据	306名COVID-19患者和78名症状性对照组