单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-10-07	TATA and paused promoters active in differentiated tissues have distinct expression characteristics 2021-02, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209866 PMID:33543829	研究论文	研究了在分化组织中活跃的TATA和暂停启动子的不同表达特征	首次探讨了RNA聚合酶II暂停元素对组织特异性基因表达特征的影响，并提出了组织特异性基因在不同组织中表达的两种不同策略	研究仅限于果蝇晚期胚胎，可能无法完全推广到其他物种或发育阶段	探讨RNA聚合酶II暂停元素对组织特异性基因表达特征的影响	TATA和暂停启动子在分化组织中的表达特征	基因组学	NA	ChIP-seq, ATAC-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	果蝇晚期胚胎
62	2024-10-07	Probabilistic harmonization and annotation of single-cell transcriptomics data with deep generative models 2021-01, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209620 PMID:33491336	研究论文	本文介绍了一种基于深度生成模型的单细胞转录组数据概率调和与注释方法	提出了scANVI，一种半监督变分推断方法，用于利用现有细胞状态注释进行单细胞注释，并展示了scVI和scANVI在数据整合和细胞状态注释方面的优越性	未提及	旨在解决单细胞转录组数据整合和细胞类型注释的挑战	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	生成模型	基因表达数据	未提及
63	2024-10-07	The Gustatory Sensory G-Protein GNAT3 Suppresses Pancreatic Cancer Progression in Mice 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.08.011 PMID:32882403	研究论文	研究了味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用	首次探讨了味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用，并发现其缺失会增强CXCL1/2-CXCR2轴，促进肿瘤进展	NA	探讨味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用	胰腺导管腺癌（PDA）进展中的免疫抑制性炎症反应	NA	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了Gnat3-null (Gnat3-/-)小鼠和携带Cre-inducible KrasLSL-G12D/+等位基因的小鼠进行交叉繁殖
64	2024-10-06	NGN2 induces diverse neuron types from human pluripotency 2021-09-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.07.006 PMID:34358451	研究论文	研究通过神经生成素2（NGN2）过表达从人诱导多能干细胞（iPSCs）中诱导出多种神经元类型	使用单细胞转录组学分析了NGN2过表达过程中从多能性到神经元功能成熟的时间进程中的细胞状态，揭示了生成的神经元类型的分子异质性	神经元分化路径和异质性尚未完全探索	研究神经元分化机制和神经退行性疾病的建模	人诱导多能干细胞（iPSCs）和神经生成素2（NGN2）过表达诱导的神经元	NA	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	多个iPSC克隆和来自不同个体的细胞系
65	2024-10-06	Assessing the replicability of spatial gene expression using atlas data from the adult mouse brain 2021-07, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3001341 PMID:34280183	研究论文	本文评估了成年小鼠大脑中空间基因表达数据的重复性，特别是通过比较Allen脑图谱和空间转录组学数据集	首次使用可行的空间技术对Allen脑图谱的全脑、全转录组空间表达数据进行基准测试，并与第二个独立数据集进行比较	模型在不同数据集之间的双向分类性能无法重现，表明跨平台分类不够稳健	评估成年小鼠大脑中空间基因表达数据的重复性	成年小鼠大脑的空间基因表达数据	数字病理学	NA	空间转录组学	LASSO回归、线性回归和基于相关性的特征选择	基因表达数据	成年小鼠大脑的全脑、全转录组数据
66	2024-10-05	Repurposable drugs for SARS-CoV-2 and influenza sepsis with scRNA-seq data targeting post-transcription modifications 2021-Dec, Precision clinical medicine IF:5.1Q1 DOI:10.1093/pcmedi/pbab022 PMID:34993416	研究论文	本文通过整合基因表达扰动数据和单细胞RNA测序数据，识别出可重新用于治疗SARS-CoV-2和流感脓毒症的药物	本文采用系统生物学方法，结合FDA批准药物和临床前小分子化合物的基因表达扰动数据，以及COVID-19患者的单细胞RNA测序数据，识别出281种可能有效对抗SARS-CoV-2感染的药物，并实验验证了其中两种药物对流感病毒复制和宿主细胞细胞因子及其调节因子转录和翻译的抑制作用	本文主要基于现有数据和已批准药物进行筛选，未涉及新药开发	识别可重新用于治疗SARS-CoV-2和流感脓毒症的药物	SARS-CoV-2和流感病毒感染及其并发症	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	轻度和重度COVID-19患者的数据（GEO: GSE145926）
67	2024-10-04	Common clonal origin of conventional T cells and induced regulatory T cells in breast cancer patients 2021-02-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21297-y PMID:33602930	研究论文	研究分析了乳腺癌患者中常规T细胞和诱导调节T细胞的克隆起源	首次揭示了乳腺癌患者中调节T细胞可能源自抗原经验丰富的常规T细胞通过肿瘤内激活转化为次级诱导调节T细胞	NA	探讨乳腺癌患者中调节T细胞的克隆起源及其形成机制	乳腺癌患者中的常规T细胞和诱导调节T细胞	免疫学	乳腺癌	T细胞受体和单细胞转录组测序	NA	转录组	NA
68	2024-10-01	Single cell analysis of spondyloarthritis regulatory T cells identifies distinct synovial gene expression patterns and clonal fates 2021-12-14, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-021-02931-3 PMID:34907325	研究论文	研究分析了强直性脊柱炎和银屑病关节炎患者的外周血和滑液中的调节性T细胞的单细胞转录组	首次详细描述了炎症部位调节性T细胞的亚群特征，并发现了具有细胞毒性标志物的CD8+调节性T细胞亚群和IL-10及LAG-3表达的Th17样调节性T细胞亚群	研究样本仅限于少数患者，可能影响结果的普适性	探讨炎症部位调节性T细胞的表型和功能特征	强直性脊柱炎和银屑病关节炎患者的调节性T细胞	免疫学	强直性脊柱炎	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	16,000多个调节性T细胞样本，来自5名患者
69	2024-10-01	Single-cell classification using graph convolutional networks 2021-Jul-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04278-2 PMID:34238220	研究论文	本文提出了一种名为sigGCN的多模态端到端深度学习模型，用于细胞分类，结合了图卷积网络（GCN）和神经网络来利用基因相互作用网络	本文的创新点在于将基因相互作用网络与基因表达数据结合，通过图卷积网络方法提取有效特征，从而提高细胞分类的性能	NA	研究目的是通过结合基因相互作用网络和基因表达数据，提高细胞分类的准确性	研究对象是单细胞RNA测序（scRNAseq）数据中的细胞分类	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	图卷积网络（GCN）	基因表达数据	NA
70	2024-09-30	[Liuwei Buqi capsule modulates immune function by targeting multiple immune cell subsets in lung tissue of patients with COPD] 2021-Oct-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University DOI:10.12122/j.issn.1673-4254.2021.10.07 PMID:34755664	研究论文	研究了慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者肺组织中免疫细胞亚群的特征，并探讨了六味补气胶囊调节COPD免疫和炎症失衡的机制	首次构建了六味补气胶囊-免疫细胞亚群-靶基因网络，并通过KEGG富集分析确定了关键基因和信号通路	研究主要基于单细胞RNA测序数据和动物模型，缺乏人体临床试验数据	探讨COPD患者肺组织中免疫细胞亚群的特征及六味补气胶囊的免疫调节机制	COPD患者肺组织中的免疫细胞亚群及六味补气胶囊的作用机制	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	COPD患者和健康对照组的肺组织样本，以及COPD大鼠模型
71	2024-09-30	Single-cell multi-omics sequencing: application trends, COVID-19, data analysis issues and prospects 2021-11-05, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab229 PMID:34111889	综述	本文综述了单细胞多组学测序技术的最新进展及其在理解复杂疾病（特别是COVID-19）中的应用，并总结了用于分析多层异质数据的相关机器学习和生物信息学技术	本文介绍了变分推断和基于图的学习方法在单细胞多组学数据分析中的应用，并讨论了Seurat V3等常用工具在处理缺失变量和标签中的作用	本文主要讨论了数据一致性和多样性问题，以及数据对错误校正和数据插补方法的关注，但未深入探讨具体的解决方案	综述单细胞多组学测序技术的发展及其在复杂疾病研究中的应用，并探讨相关的数据分析问题和未来展望	单细胞多组学测序技术及其在COVID-19等复杂疾病中的应用	生物信息学	传染病	单细胞多组学测序	NA	多层异质数据	NA
72	2024-09-30	Integration of Transformative Platforms for the Discovery of Causative Genes in Cardiovascular Diseases 2021-06, Cardiovascular drugs and therapy IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s10557-021-07175-1 PMID:33856594	综述	本文综述了利用基因组关联研究（GWAS）和其他多学科技术平台整合，以发现心血管疾病致病基因的最新进展	本文强调了通过多学科团队整合遗传发现与多种技术平台，展示了这种方法的变革潜力	NA	探讨心血管疾病致病基因的发现及其机制	心血管疾病及其相关基因和变异	基因组学	心血管疾病	基因组关联研究（GWAS）、RNA测序、代谢组学、表观基因组学	NA	基因数据、RNA数据、代谢数据	NA
73	2024-09-30	Longitudinal proteomic analysis of severe COVID-19 reveals survival-associated signatures, tissue-specific cell death, and cell-cell interactions 2021-05-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100287 PMID:33969320	研究论文	本文通过纵向蛋白质组分析严重COVID-19患者，揭示了与生存相关的蛋白质特征、组织特异性细胞死亡和细胞间相互作用	本文首次通过大规模蛋白质组数据和单细胞RNA测序数据的联合分析，揭示了严重COVID-19患者的免疫和非免疫蛋白质特征，并提出了细胞间相互作用驱动组织损伤的模型	本文的样本量相对较小，且仅限于COVID-19患者和症状性对照组，可能限制了结果的普适性	揭示严重COVID-19疾病的潜在机制	COVID-19患者的血浆蛋白质组和细胞间相互作用	NA	COVID-19	蛋白质组学分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质数据、单细胞RNA测序数据	306名COVID-19患者和78名症状性对照组
74	2024-09-30	Cellular Complexity of Hemochorial Placenta: Stem Cell Populations, Insights from scRNA-seq, and SARS-CoV-2 Susceptibility 2021, Current stem cell reports IF:2.3Q4 DOI:10.1007/s40778-021-00194-6 PMID:34697582	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在研究胎盘细胞类型特异性基因表达模式中的应用，并探讨了SARS-CoV-2感染的潜在性	利用单细胞RNA测序技术深入研究了胎盘细胞的基因表达模式，并结合人类胎盘数据探讨了SARS-CoV-2感染的可能性	需要进一步研究评估胎盘干细胞在开发新疗法中的应用	探讨胎盘发育及其在母胎医学中的重要性	胎盘的祖细胞群体及其基因表达模式	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及从胚胎第7天到第12.5天的多个小鼠胎盘样本及部分人类胎盘样本
75	2024-09-28	Discovering Cellular Mitochondrial Heteroplasmy Heterogeneity with Single Cell RNA and ATAC Sequencing 2021-Jun-05, Biology DOI:10.3390/biology10060503 PMID:34198745	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术研究细胞线粒体异质性的方法	本文首次系统性地综述了单细胞测序技术在研究细胞线粒体异质性方面的应用	当前方法在研究线粒体异质性方面存在局限性，未来需要进一步解决	探讨单细胞测序技术在研究细胞线粒体异质性中的应用	细胞线粒体异质性	基因组学	NA	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	NA	基因组数据	数千个细胞
76	2024-09-27	Embryonic Origin and Subclonal Evolution of Tumor-Associated Macrophages Imply Preventive Care for Cancer 2021-04-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10040903 PMID:33919979	研究论文	研究肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的起源和亚克隆进化，并探讨其在癌症预防中的潜在作用	提出了TAMs的胚胎起源和亚克隆进化模型，揭示了TAMs的功能异质性与微环境提示和代谢重塑的关系	NA	探讨TAMs的起源和功能异质性，以及其在癌症发展中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其在癌症中的作用	生物医学	癌症	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
77	2024-09-25	Epithelial cell plasticity drives endoderm formation during gastrulation 2021-07, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-021-00694-x PMID:34168324	研究论文	本文研究了在原肠胚形成过程中，上皮细胞可塑性驱动内胚层形成的过程	本文首次揭示了内胚层的形成独立于经典的EMT过程，而是通过上皮细胞可塑性机制实现的，并发现Foxa2作为上皮门控因子抑制EMT	NA	揭示原肠胚形成过程中内胚层形成的分子机制	胚胎干细胞和鼠胚胎	NA	NA	高分辨率单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
78	2024-09-25	The Dynamic Counterbalance of RAC1-YAP/OB-Cadherin Coordinates Tissue Spreading with Stem Cell Fate Patterning 2021-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202004000 PMID:34026448	研究论文	研究了RAC1-YAP与OB-cadherin之间的动态平衡在协调组织扩散与干细胞命运模式中的作用	揭示了RAC1-YAP与OB-cadherin之间的动态平衡在协调组织扩散与干细胞命运模式中的关键作用，并通过单细胞测序和体内伤口愈合实验验证了这一机制	NA	探讨分子信号如何在多细胞组织的扩散动态和细胞命运承诺中起作用	胚胎发育和再生医学中的组织扩散	NA	NA	单细胞测序	NA	细胞迁移轨迹分析	NA
79	2024-09-21	The current landscape of single-cell transcriptomics for cancer immunotherapy 2021-01-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20201574 PMID:33601414	综述	本文综述了单细胞转录组学在癌症免疫治疗中的最新进展	单细胞RNA测序揭示了新的关键因素和细胞亚群，这些因素和亚群要么促进肿瘤进展，要么使肿瘤对免疫治疗敏感	NA	探讨单细胞转录组学在癌症免疫治疗中的应用	肿瘤微环境和免疫系统	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
80	2024-09-19	Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat 2021-02-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21246-9 PMID:33597522	研究论文	本文介绍了一种名为CellChat的工具，用于从单细胞RNA测序数据中推断和分析细胞间通信网络	开发了CellChat工具，能够准确表示细胞间信号连接并进行系统级分析，预测细胞的主要信号输入和输出，并通过网络分析和模式识别方法协调细胞和信号的功能	NA	理解和分析细胞间的全局通信	细胞间信号连接和通信网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括小鼠和人类皮肤数据集