单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-01-22	Distinct human Langerhans cell subsets orchestrate reciprocal functions and require different developmental regulation 2021-10-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.08.012 PMID:34508661	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术，识别了人类皮肤表皮中两种稳态（LC1和LC2）和两种激活的Langerhans细胞（LCs）亚群，并揭示了它们在发育调控和功能上的差异	首次在人类皮肤中识别出两种稳态和两种激活的LCs亚群，并揭示了EGR1和Notch信号通路在LC1和LC2分化中的关键作用	研究主要基于体外培养的HSC-LCs，可能不完全反映体内LCs的行为	探索人类皮肤中Langerhans细胞的异质性及其功能差异	人类皮肤表皮中的Langerhans细胞和由CD34造血干细胞衍生的LCs	免疫学	NA	单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 质谱流式细胞术数据	人类皮肤表皮样本和CD34造血干细胞衍生的LCs
62	2025-01-19	Isolation of myeloid cells from mouse brain tumors for single-cell RNA-seq analysis 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100957 PMID:34825218	研究论文	本文描述了一种从小鼠脑肿瘤中快速分离髓系细胞用于单细胞RNA测序分析的协议	提出了一种无需细胞分选即可从小鼠小脑肿瘤中快速分离髓系细胞的方法，以减少细胞损伤	未提及样本量或实验结果的局限性	开发一种用于单细胞RNA测序的髓系细胞分离协议	小鼠脑肿瘤中的髓系细胞	单细胞RNA测序	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	未明确提及样本量
63	2025-01-19	Multi-omic evaluation of metabolic alterations in multiple sclerosis identifies shifts in aromatic amino acid metabolism 2021-10-19, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100424 PMID:34755135	研究论文	本研究通过多组学方法评估多发性硬化症（MS）中的代谢变化，特别关注芳香族氨基酸代谢的转变	首次大规模评估MS患者与健康对照之间的代谢组差异，并结合单细胞RNA测序数据探讨代谢变化与细胞基因表达的关系	研究样本量相对较大，但仍需进一步扩大样本以验证结果的普遍性	探讨多发性硬化症患者的代谢变化及其与疾病残疾程度的关系	多发性硬化症患者（PwMS）和健康对照（HC）	代谢组学	多发性硬化症	代谢组学分析，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	代谢组数据，单细胞RNA测序数据	多发性硬化症患者样本637个，健康对照样本317个
64	2025-01-19	Single cell RNA-seq analysis of the flexor digitorum brevis mouse myofibers 2021-05-17, Skeletal muscle IF:5.3Q2 DOI:10.1186/s13395-021-00269-2 PMID:34001262	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠快肌纤维的基因表达模式	引入了全细胞流式分选方法进行单细胞RNA测序，扩展了已知的纤维类型特异性基因库	在763个肌纤维中，仅有171个细胞达到最优质量，样本利用率较低	探索全细胞流式分选方法在单肌纤维类型中的应用，以生成深度表达模式	小鼠快肌纤维（flexor digitorum brevis muscle）	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	763个完整和碎片化的肌纤维
65	2025-01-16	Single-cell protein activity analysis identifies recurrence-associated renal tumor macrophages 2021-05-27, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.04.038 PMID:34019793	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和VIPER算法，分析了透明细胞肾癌（ccRCC）肿瘤微环境中的细胞亚群，揭示了与复发相关的肿瘤特异性巨噬细胞亚群	利用VIPER算法量化单细胞蛋白活性，并通过空间分辨定量多光谱免疫荧光验证，发现了TREM2/APOE/C1Q阳性巨噬细胞亚群作为ccRCC复发的潜在预后生物标志物	研究主要基于治疗前的ccRCC样本，未涉及治疗后样本的对比分析	识别与ccRCC复发相关的肿瘤微环境细胞亚群及其调控机制	透明细胞肾癌（ccRCC）肿瘤及肿瘤邻近组织中的造血和非造血细胞亚群	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、VIPER算法、流式细胞术、空间分辨定量多光谱免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像	治疗前的ccRCC切除样本及其邻近组织
66	2025-01-16	Targeting In Vivo Metabolic Vulnerabilities of Th2 and Th17 Cells Reduces Airway Inflammation 2021-03-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2001029 PMID:33558372	研究论文	本研究探讨了Th2和Th17细胞在哮喘患者中的代谢表型和依赖性，以及它们在气道炎症调节中的作用	揭示了Th2和Th17细胞在哮喘中的代谢脆弱性，并展示了通过靶向这些代谢途径来减少气道炎症的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行广泛验证	研究Th2和Th17细胞的代谢表型及其在哮喘气道炎症中的作用	哮喘患者的支气管肺泡灌洗液和外周血T细胞，以及小鼠模型中的T细胞	免疫学	哮喘	质谱流式细胞术、单细胞RNA测序	小鼠模型	生物分子数据	哮喘患者和小鼠模型中的T细胞
67	2025-01-13	Defining the nature of human pluripotent stem cell-derived interneurons via single-cell analysis 2021-10-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.08.006 PMID:34506726	研究论文	本文通过单细胞分析定义了人类多能干细胞衍生的中间神经元的性质	首次直接比较了多种体外中间神经元衍生方法的同质性，并发现PSC衍生的中间神经元仅代表大脑中潜在亚型的一小部分	研究主要关注体外和体内中间神经元的相似性，未深入探讨其功能差异	确定体外方法生成的人类中间神经元是否包含大脑中发现的所有亚型，并比较体外和体内中间神经元的相似性	人类皮质和PSC衍生的中间神经元	单细胞分析	NA	单核和单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
68	2025-01-13	Transcriptome analysis of heterogeneity in mouse model of metastatic breast cancer 2021-09-27, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-021-01468-x PMID:34579762	研究论文	本文通过对MMTV-PyMT小鼠模型中转移性乳腺癌细胞的转录组分析，探讨了肿瘤异质性和器官趋向性	使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析转移性乳腺癌细胞的转录组，揭示了肿瘤异质性和器官趋向性的基因表达模式	研究仅基于小鼠模型，可能无法完全反映人类乳腺癌的复杂性	探讨乳腺癌转移过程中的肿瘤异质性和器官趋向性	MMTV-PyMT小鼠模型中的转移性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	10只雌性MMTV-PyMT小鼠的器官来源的转移性细胞系
69	2025-01-06	The order and logic of CD4 versus CD8 lineage choice and differentiation in mouse thymus 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20306-w PMID:33397934	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了小鼠胸腺中CD4和CD8谱系选择和分化的顺序和逻辑	使用单细胞RNA测序技术对小鼠胸腺细胞选择中间体进行分类，揭示了核心受体基因表达的时序模式及其对TCR信号强度的响应	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	理解CD4/CD8谱系选择中核心受体表达与TCR特异性匹配的机制	小鼠胸腺细胞选择中间体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量
70	2024-12-28	Immune cells lacking Y chromosome show dysregulation of autosomal gene expression 2021-Apr, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-021-03822-w PMID:33837451	研究论文	本文研究了Y染色体缺失（LOY）对白细胞中常染色体基因表达的影响	揭示了LOY在不同白细胞亚群中的广泛转录效应，挑战了Y染色体作为“遗传荒地”的观点	LOY与疾病风险增加的具体机制仍需进一步研究	探讨LOY对白细胞基因表达的影响及其与疾病风险的关联	白细胞	基因组学	阿尔茨海默病, 前列腺癌	DNA分析, RNA测序	NA	DNA, RNA	NA
71	2024-12-17	Single-Cell Transcriptomic Heterogeneity in Invasive Ductal and Lobular Breast Cancer Cells 2021-01-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-0696 PMID:33148662	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞的转录组异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了浸润性小叶癌与浸润性导管癌在转录组水平上的异质性，并探讨了E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响	研究主要基于细胞系，可能无法完全反映患者体内的复杂情况	揭示乳腺癌细胞的单细胞转录组异质性，并探讨E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响	浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系，以及通过CRISPR-Cas9技术敲除E-钙粘蛋白的T47D细胞系	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系，以及一个E-钙粘蛋白敲除的T47D细胞系
72	2024-12-12	Rare variants in the endocytic pathway are associated with Alzheimer's disease, its related phenotypes, and functional consequences 2021-09, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1009772 PMID:34516545	研究论文	本研究探讨了内吞途径中的罕见变异与阿尔茨海默病及其相关表型和功能后果的关联	首次系统研究了内吞途径中的罕见变异对阿尔茨海默病的贡献，并通过全基因组测序数据验证了其关联性	研究样本主要来自欧洲血统个体，可能限制了结果的普适性	探讨内吞途径中的罕见变异对阿尔茨海默病风险和进展的影响	内吞途径中的罕见变异及其与阿尔茨海默病、神经纤维缠结和年龄相关表型的关联	NA	阿尔茨海默病	全基因组测序 (WGS), 批量RNA测序 (RNA-Seq), 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	基因组数据, 转录组数据	超过3000名欧洲血统个体, 600多个脑组织样本, 48个死后脑样本
73	2024-12-12	Maternal respiratory SARS-CoV-2 infection in pregnancy is associated with a robust inflammatory response at the maternal-fetal interface 2021-05-14, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2021.04.016 PMID:33969332	研究论文	研究了孕妇在妊娠晚期感染SARS-CoV-2后，母胎界面发生的炎症反应	首次揭示了妊娠晚期SARS-CoV-2感染在母胎界面引起的免疫激活，即使在没有检测到局部病毒入侵的情况下	研究样本量较小，且仅限于妊娠晚期的孕妇	探讨孕妇感染SARS-CoV-2后母胎界面的病理生理机制及其对胎儿的潜在影响	妊娠晚期感染SARS-CoV-2的孕妇及其胎盘组织	NA	COVID-19	免疫组织化学、单细胞转录组学	NA	组织、细胞	15例妊娠晚期孕妇的胎盘组织
74	2024-12-11	SARS-CoV-2 exacerbates proinflammatory responses in myeloid cells through C-type lectin receptors and Tweety family member 2 2021-06-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.05.006 PMID:34048708	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2通过C型凝集素受体和Tweety家族成员2在髓系细胞中加剧促炎反应的机制	首次识别出SARS-CoV-2刺突蛋白的多个C型凝集素受体和TTYH2作为糖依赖性结合伙伴，并发现这些受体在髓系细胞中的表达与COVID-19严重程度相关	研究主要集中在髓系细胞的受体上，未涵盖其他免疫细胞类型	探讨SARS-CoV-2如何通过特定受体在髓系细胞中引发促炎反应，并寻找潜在的治疗靶点	SARS-CoV-2刺突蛋白与髓系细胞受体的相互作用及其引发的炎症反应	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自COVID-19患者的肺部细胞
75	2024-12-08	Gut-licensed IFNγ+ NK cells drive LAMP1+TRAIL+ anti-inflammatory astrocytes 2021-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-03116-4 PMID:33408417	研究论文	研究通过高通量流式细胞术筛选、单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9介导的细胞特异性体内遗传扰动，鉴定出表达LAMP1和TRAIL的星形胶质细胞亚群，并探讨其在中枢神经系统炎症中的作用	首次揭示了LAMP1TRAIL星形胶质细胞通过TRAIL-DR5信号诱导T细胞凋亡来限制中枢神经系统炎症，并发现这种星形胶质细胞亚群由肠道微生物群调节的IFNγ NK细胞维持	研究主要在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨星形胶质细胞在中枢神经系统炎症中的抗炎作用及其调控机制	星形胶质细胞、NK细胞、肠道微生物群	神经科学	NA	高通量流式细胞术、单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9	NA	RNA	小鼠
76	2024-12-06	Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presenting cells in severe COVID-19 reveals multi-process defects in antiviral immunity 2021-05, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-021-00681-2 PMID:33972731	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了重症COVID-19患者血液抗原呈递细胞的免疫缺陷	揭示了重症COVID-19患者抗原呈递细胞中抗病毒免疫防御的多重缺陷机制	研究样本量较小，仅包括15名患者和4名健康对照	探讨重症COVID-19患者抗原呈递细胞的免疫缺陷机制	重症COVID-19患者的血液抗原呈递细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	15名重症COVID-19患者和4名健康对照
77	2024-12-01	A clinically applicable integrative molecular classification of meningiomas 2021-09, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03850-3 PMID:34433969	研究论文	本文介绍了一种临床适用的脑膜瘤整合分子分类方法	通过结合DNA体细胞拷贝数异常、DNA体细胞点突变、DNA甲基化和信使RNA丰度，提出了四种共识分子组，这些分子组比现有分类方案更准确地预测临床结果	NA	开发一种能够可靠反映肿瘤行为并指导治疗的脑膜瘤分子分类方法	脑膜瘤	数字病理学	脑肿瘤	DNA甲基化测序、RNA测序	NA	DNA、RNA	NA
78	2024-11-30	RNA timestamps identify the age of single molecules in RNA sequencing 2021-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0704-z PMID:33077959	研究论文	本文介绍了一种名为RNA时间戳的方法，用于通过RNA编辑推断RNA测序数据中单个RNA的年龄	提出了RNA时间戳方法，通过RNA编辑推断RNA的年龄，并能够推断多个过去的转录事件的时间	NA	开发一种新的方法来推断RNA测序数据中单个RNA的年龄，并结合时间信息进行单细胞聚类	单细胞RNA测序数据中的单个RNA	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA	NA
79	2024-11-20	A cell-type-specific atlas of the inner ear transcriptional response to acoustic trauma 2021-09-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109758 PMID:34592158	研究论文	研究了噪音诱导听力损失（NIHL）后小鼠内耳细胞类型的转录组变化	首次使用RiboTag和单细胞RNA测序技术，系统地分析了噪音创伤前后小鼠内耳细胞类型的分子景观	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨噪音诱导听力损失后内耳细胞类型的转录组响应	小鼠内耳的细胞类型及其在噪音创伤前后的转录组变化	数字病理学	听力损失	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	噪音创伤前后的多个小鼠内耳样本
80	2024-11-20	Differential Expression Levels of Sox9 in Early Neocortical Radial Glial Cells Regulate the Decision between Stem Cell Maintenance and Differentiation 2021-08-18, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2905-20.2021 PMID:34266896	研究论文	研究早期新皮质放射状胶质细胞中Sox9的不同表达水平如何调节干细胞维持与分化的决策	首次揭示了Sox9在早期新皮质放射状胶质细胞中的不同表达水平对干细胞维持与分化决策的影响	仅在胚胎小鼠中进行了实验，未涉及其他物种	探讨早期新皮质放射状胶质细胞中Sox9的表达差异及其对神经发生行为的影响	早期新皮质放射状胶质细胞及其亚群	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胚胎小鼠