单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
761	2024-08-07	Impaired local intrinsic immunity to SARS-CoV-2 infection in severe COVID-19 2021-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2021.02.20.431155 PMID:33619488	研究论文	研究分析了35名COVID-19患者和23名非COVID-19患者的鼻咽样本，通过单细胞RNA测序揭示了SARS-CoV-2感染后上呼吸道上皮细胞的重组织化及其对病毒病理的影响。	首次详细描述了SARS-CoV-2感染后上呼吸道上皮细胞的重组织化过程，并揭示了细胞类型多样性和异质性对病毒复制的影响。	研究样本量有限，且未涵盖所有可能的疾病状态和年龄组，可能影响结果的普遍性。	探讨SARS-CoV-2感染对上呼吸道上皮细胞的影响及其在COVID-19严重程度中的作用。	COVID-19患者的鼻咽样本和非COVID-19患者的鼻咽样本。	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	35名COVID-19患者和23名非COVID-19患者
762	2024-08-07	Diversified transcriptional responses of myeloid and glial cells in spinal cord injury shaped by HDAC3 activity 2021-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abd8811 PMID:33637528	research paper	本研究结合骨髓特异性转录组学和单细胞RNA测序，揭示了脊髓损伤后激活的微胶质细胞和巨噬细胞的共同核心及时间上独特的基因程序	发现了脊髓损伤后微胶质细胞和巨噬细胞的多样化转录反应，并揭示了HDAC3在这些过程中的广泛影响	NA	探究脊髓损伤后微胶质细胞和巨噬细胞的转录反应及HDAC3的作用	脊髓损伤后的微胶质细胞和巨噬细胞	digital pathology	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
763	2024-08-07	Targeting integrated epigenetic and metabolic pathways in lethal childhood PFA ependymomas 2021-Oct-06, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abc0497 PMID:34613815	研究论文	本文研究了儿童后颅窝A组室管膜瘤（PFA）的表观遗传和代谢途径，并探讨了使用抗糖尿病药物二甲双胍作为治疗策略的可能性。	首次整合了患者来源细胞和肿瘤的代谢分析、单细胞RNA测序以及非侵入性代谢成像，揭示了PFA中增强的糖酵解和三羧酸循环代谢，并发现二甲双胍能降低病理性EZHIP，增加H3K27me3，抑制肿瘤生长。	NA	探索儿童PFA室管膜瘤的表观遗传和代谢途径，并寻找潜在的治疗策略。	儿童后颅窝A组室管膜瘤（PFA）及其代谢和表观遗传特征。	数字病理学	儿童疾病	单细胞RNA测序，非侵入性代谢成像	NA	基因表达数据，代谢数据	患者来源的细胞和肿瘤，以及表达野生型EZHIP的神经干细胞（NSCs）
764	2024-08-07	Morphological Features Extracted by AI Associated with Spatial Transcriptomics in Prostate Cancer 2021-Sep-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13194837 PMID:34638322	研究论文	本研究利用人工智能（AI）分析前列腺癌患者的组织切片形态，并结合空间转录组学技术，探索形态变化与分子模式之间的关联	提出了一种新的方法，通过AI分析组织切片的形态特征，并与空间转录组学数据相结合，以揭示形态与分子之间的关联	研究样本量较小，仅使用了七张组织切片，可能影响结果的普遍性	开发一种方法，深入探索前列腺癌中形态变化与分子模式之间的联系	前列腺癌患者的组织切片及其分子表达模式	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学（ST）	卷积神经网络（CNN）	图像	七张H&E染色的前列腺切除术切片
765	2024-08-07	A review of computational strategies for denoising and imputation of single-cell transcriptomic data 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa222 PMID:33003202	综述	本文综述了用于单细胞转录组数据去噪和插补的计算策略	本文首次提出了对这些方法进行定量基准评估的需求	目前尚未有定量基准来评估这些方法	分析和比较当前最先进的单细胞转录组数据去噪和插补的计算方法	19种去噪和插补方法在模拟和真实数据集上的性能	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	涉及不同规模的样本和不同水平的生物变异性和技术噪声
766	2024-08-07	Analysis of single-cell RNA sequencing data based on autoencoders 2021-Jun-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04150-3 PMID:34103004	研究论文	本文介绍了scAEspy工具，该工具利用自动编码器（AEs）分析单细胞RNA测序数据，旨在提高数据整合和细胞类型识别的效率	scAEspy工具集成了四种先进的AEs和两种新开发的AEs，以及不同的损失函数，能够有效整合来自不同平台的scRNA-Seq数据	NA	开发和评估一种新的工具，用于分析单细胞RNA测序数据，并提高数据整合和细胞类型识别的效率	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	自动编码器（AEs）	基因交互数据	NA
767	2024-08-07	Ovarian tumors orchestrate distinct cellular compositions 2021-06-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.05.014 PMID:34107269	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究卵巢癌微环境中的细胞组成及其对T细胞浸润的影响	首次详细描述了卵巢癌微环境中肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞的相互作用及其对T细胞浸润的影响	NA	探究肿瘤中T细胞浸润的决定因素	卵巢癌微环境中的细胞组成及其相互作用	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
768	2024-08-07	Population-scale single-cell RNA-seq profiling across dopaminergic neuron differentiation 2021-03, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00801-6 PMID:33664506	研究论文	研究使用高效的复用策略将215个人类诱导多能干细胞（iPSC）分化为中脑神经命运，包括多巴胺能神经元，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）在三个分化时间点对超过100万个细胞进行分析	本研究展示了如何通过结合单细胞RNA测序与长期的iPSC分化，实现对人类性状相关遗传变异的机制研究	NA	研究常见遗传变异在人类主要组织和发育过程中的功能	人类诱导多能干细胞（iPSC）分化为中脑神经元，特别是多巴胺能神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	215个人类诱导多能干细胞（iPSC）线
769	2024-08-07	Meta-analysis of tumor- and T cell-intrinsic mechanisms of sensitization to checkpoint inhibition 2021-02-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.01.002 PMID:33508232	meta-analysis	本研究通过收集和分析超过1000名接受过检查点抑制剂治疗的患者的全外显子和转录组数据，评估了肿瘤细胞内在和微环境特征对检查点抑制剂敏感性的影响	首次系统性地分析了多种肿瘤类型中肿瘤突变负荷和CXCL9表达对检查点抑制剂反应的预测作用，并识别了与免疫原性表位相关的二核苷酸变异	研究未能达到泛癌种意义的亚克隆肿瘤突变负荷、体细胞拷贝数改变负荷和人类白细胞抗原进化分歧	揭示肿瘤细胞内在和微环境特征对检查点抑制剂敏感性的相对重要性	检查点抑制剂治疗患者的全外显子和转录组数据	NA	NA	全外显子测序、转录组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	超过1000名患者，涵盖七种肿瘤类型
770	2024-08-07	Tuning MPL signaling to influence hematopoietic stem cell differentiation and inhibit essential thrombocythemia progenitors 2021-01-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2017849118 PMID:33384332	研究论文	本文开发了一系列用于TPO-R的替代蛋白配体，即二聚体（DBs），通过调节TPO-R信号传导来影响造血干细胞的分化和抑制原发性血小板增多症祖细胞	开发了能够调节TPO-R信号传导的替代蛋白配体，这些配体能够通过不同的几何结构调节下游信号响应，从而实现对TPO/TPO-R双重功能的解耦	NA	探索通过调节TPO-R信号传导来影响造血干细胞的分化和抑制原发性血小板增多症祖细胞的方法	造血干细胞和原发性血小板增多症祖细胞	NA	原发性血小板增多症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
771	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis of CAR T-cell products reveals subpopulations, stimulation, and exhaustion signatures 2021-01-06, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2020.1866287 PMID:33489472	研究论文	本研究利用流式细胞术和单细胞转录组测序技术，分析了3名健康供体的CAR T细胞产品，揭示了细胞亚群、刺激反应和耗竭标志物	首次详细描述了CAR T细胞在抗原特异性刺激下的转录组变化，并发现了与T细胞耗竭相关的新基因	研究仅限于3名健康供体，样本量较小	探究CAR T细胞疗法中细胞激活的分子机制	CAR T细胞产品及其在抗原特异性刺激下的反应	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	53,191个单细胞转录组，来自3名健康供体
772	2024-08-07	Characterizing allele- and haplotype-specific copy numbers in single cells with CHISEL 2021-02, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0661-6 PMID:32879467	research paper	本文介绍了一种名为CHISEL的方法，用于在单细胞和细胞亚群中推断等位基因和单体型特异性的拷贝数	CHISEL方法通过聚合数百或数千个单个细胞的稀疏信号，能够推断出等位基因和单体型特异性的拷贝数，这在低序列覆盖率的情况下尤为重要	NA	研究目的是开发一种方法来推断单细胞中的等位基因和单体型特异性拷贝数，特别是在低序列覆盖率的情况下	研究对象是乳腺癌患者的单细胞序列数据	digital pathology	breast cancer	single-cell sequencing	NA	genome	约2,000个细胞，来自两名乳腺癌患者
773	2024-08-07	Suppressive neutrophils require PIM1 for metabolic fitness and survival during chronic viral infection 2021-05-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109160 PMID:34038722	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了在急性和慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）感染中髓样细胞的作用，发现抑制性中性粒细胞在慢性感染中富集，并高度表达PIM1基因，该基因编码的激酶促进线粒体适应性和细胞存活。	首次揭示了抑制性中性粒细胞在慢性病毒感染中的作用及其依赖PIM1的代谢适应性和生存机制。	NA	探讨髓样细胞在慢性病毒感染中的作用及机制。	抑制性中性粒细胞和髓样来源的抑制细胞（M-MDSCs）。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
774	2024-08-07	A multi-center cross-platform single-cell RNA sequencing reference dataset 2021-02-02, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-021-00809-x PMID:33531477	研究论文	本文介绍了一个多中心跨平台的单细胞RNA测序（scRNA-seq）基准数据集	该数据集包括20个scRNA-seq数据集，来自两个生物学上不同的细胞系，且包含多平台的全基因组测序数据，适用于评估各种scRNA-seq分析的生物信息学方法	NA	提供一个适用于不同scRNA-seq平台和生物信息学方法基准测试的参考数据集	两个生物学上不同的细胞系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	20个scRNA-seq数据集
775	2024-08-07	Tumor-intrinsic and -extrinsic determinants of response to blinatumomab in adults with B-ALL 2021-01-28, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2020006287 PMID:32881995	研究论文	研究了44名复发或难治性B-ALL成年患者在接受blinatumomab治疗后的肿瘤内在和外在反应决定因素	发现了CD19 ex2part剪接变体作为预测blinatumomab治疗失败的新的生物标志物	NA	确定blinatumomab治疗B-ALL的肿瘤内在和外在反应决定因素	复发或难治性B-ALL成年患者	NA	B-ALL	单细胞测序	NA	转录组数据	44名患者
776	2024-08-07	Single-Cell Toolkits Opening a New Era for Cell Engineering 2021-Mar-31, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.14348/molcells.2021.0002 PMID:33795531	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）工具包的发展及其在细胞工程中的应用	介绍了单细胞RNA测序技术的发展，使得研究人员能够以单细胞分辨率比较转录组，从而更深入地理解细胞功能	高吞吐量的单细胞'omics'工具的快速发展需要有效的假设验证策略	探讨细胞工程工具包的当前状态及其对单细胞和全基因组数据收集与分析的贡献	单细胞RNA测序工具包及其在细胞工程中的应用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
777	2024-08-07	Sarcomere function activates a p53-dependent DNA damage response that promotes polyploidization and limits in vivo cell engraftment 2021-05-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109088 PMID:33951429	研究论文	研究通过构建人心脏肌细胞模型，利用荧光标记的细胞周期蛋白B1和心脏肌钙蛋白T追踪复制和多倍化过程，揭示了肌节功能通过激活p53依赖的DNA损伤反应促进多倍化和限制体内细胞植入的机制。	首次揭示肌节功能通过p53依赖的DNA损伤反应促进心脏肌细胞多倍化，并发现通过抑制肌节功能或清除活性氧可以抑制细胞周期停滞和多倍化，从而增强心脏肌细胞在受损心脏中的植入。	研究主要在体外模型中进行，需要进一步的体内实验验证其发现的有效性和安全性。	探讨心脏肌细胞复制和多倍化的机制，以及如何通过干预这些机制来改善心脏肌细胞的替换策略。	人心脏肌细胞的复制和多倍化过程。	数字病理学	心血管疾病	CRISPR	NA	图像	使用荧光标记的细胞周期蛋白B1和心脏肌钙蛋白T追踪复制和多倍化过程，具体样本数量未详细说明。
778	2024-08-07	A spatially resolved brain region- and cell type-specific isoform atlas of the postnatal mouse brain 2021-01-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20343-5 PMID:33469025	研究论文	本文通过单细胞长读序技术研究了小鼠海马体和前额叶皮层在出生后第7天的45种细胞类型中不同脑区间差异性剪接变体的表达	本文首次在单细胞分辨率下展示了脑区间剪接变体的差异表达，并发现这些差异与功能上不同的蛋白质变体相对应	NA	研究脑区间和细胞类型特异性的剪接变体表达差异	小鼠海马体和前额叶皮层在出生后第7天的45种细胞类型	数字病理学	NA	单细胞长读序技术	NA	转录组数据	小鼠海马体和前额叶皮层的45种细胞类型
779	2024-08-07	Deletion of Abi3 gene locus exacerbates neuropathological features of Alzheimer's disease in a mouse model of Aβ amyloidosis 2021-Nov-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abe3954 PMID:34731000	研究论文	本研究探讨了ABI3基因缺失对5XFAD小鼠模型中阿尔茨海默病病理特征的影响	首次提供了ABI3功能丧失可能通过影响Aβ积累和神经炎症增加阿尔茨海默病风险的体内功能证据	NA	探究ABI3基因在阿尔茨海默病发病机制中的作用	5XFAD小鼠模型中的ABI3基因缺失对阿尔茨海默病病理特征的影响	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
780	2024-08-07	scRNA-Seq Reveals New Enteric Nervous System Roles for GDNF, NRTN, and TBX3 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.12.014 PMID:33444816	研究论文	本研究通过单核和单细胞RNA测序技术，揭示了GDNF、NRTN和TBX3在肠神经系统中的新作用	首次通过单细胞分析定义了肠神经系统中不同神经元亚型的差异表达基因，并发现了TBX3、GDNF和NRTN的新作用	NA	旨在通过定义神经元亚型的基因表达，促进针对肠神经病变的新型治疗策略的开发，并深入了解肠神经系统功能	成年小鼠和人类结肠的肠神经元亚型	数字病理学	肠神经病变	单核RNA测序和单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	635个成年小鼠结肠肠神经元和707个E17.5小鼠肠神经元，以及48个人类结肠肠神经元和其他细胞类型