单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 761 - 780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 761 | 2024-08-07 |
Machine learning identifies novel blood protein predictors of penetrating and stricturing complications in newly diagnosed paediatric Crohn's disease
2021-01, Alimentary pharmacology & therapeutics
IF:6.6Q1
DOI:10.1111/apt.16136
PMID:33131065
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法，识别出与新诊断的儿童克罗恩病穿透性和狭窄并发症相关的新型血液蛋白质预测因子。 | 本研究首次识别出与儿童克罗恩病进展相关的特定血液蛋白质标记物，这些标记物在肠道和血液中的细胞表达有显著差异。 | 研究样本量相对较小，且仅限于儿童克罗恩病患者，可能限制了结果的普遍性。 | 旨在识别与克罗恩病并发症相关的新型血液蛋白质生物标志物。 | 新诊断的儿童克罗恩病患者及其穿透性和狭窄并发症。 | 机器学习 | 克罗恩病 | 近端延伸分析（Olink Proteomics） | 随机生存森林（RSF） | 蛋白质 | 265名患者，平均年龄11.6岁，其中73名患者出现狭窄并发症，34名患者出现穿透并发症。 |
| 762 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analysis of Hematopoietic Stem Cells
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1425-9_22
PMID:34057731
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研究论文 | 本文描述了一种全面的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析小鼠骨髓的协议，使用基于板（低通量）和基于液滴（高通量）的方法 | 结合单细胞转录组分析与分子扰动，允许对基因调控网络中的单个因子进行功能分析，并更好地理解恶性转化的最早阶段 | NA | 研究造血干细胞的单细胞分析 | 小鼠骨髓中的造血干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 763 | 2024-08-07 |
Exploring tissue architecture using spatial transcriptomics
2021-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03634-9
PMID:34381231
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综述 | 本文综述了空间转录组技术及其在生物学研究中的应用 | 介绍了空间转录组技术在探索组织结构中的创新应用 | NA | 探讨基因活动如何调控多细胞生物中的复杂细胞排列 | 空间转录组技术在神经科学、发育生物学、植物生物学及疾病研究中的应用 | 生物信息学 | 癌症 | 下一代测序技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 764 | 2024-08-07 |
An interactive single cell web portal identifies gene and cell networks in COVID-19 host responses
2021-Oct-22, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103115
PMID:34522848
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研究论文 | 本文通过整合COVID-19和其他对照条件下的血液、支气管肺泡灌洗液和组织样本的单细胞转录组数据，开发了一个交互式单细胞网络门户ToppCell，用于探索和比较细胞特征，以发现新的基因和细胞网络。 | 本文创新性地开发了一个交互式网络门户ToppCell，允许用户探索和比较不同条件下的单细胞转录组数据，从而发现新的基因和细胞网络。 | NA | 开发一个数据挖掘工具，使用户能够比较和探索细胞特征，以获得洞察并发展新的假设。 | COVID-19和其他对照条件下的血液、支气管肺泡灌洗液和组织样本的单细胞转录组数据。 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞转录组 | NA | 基因表达数据 | 多个COVID-19和其他对照条件的血液、支气管肺泡灌洗液和组织样本 |
| 765 | 2024-08-07 |
Single-dose intranasal vaccination elicits systemic and mucosal immunity against SARS-CoV-2
2021-Sep-24, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103037
PMID:34462731
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研究论文 | 本文报道了一种鼻内单剂次亚单位疫苗的开发，该疫苗使用冻干刺突蛋白和脂质体STING激动剂作为佐剂，能够诱导系统性中和抗体、肺和鼻腔中的IgA以及肺部T细胞反应。 | 该疫苗能够在鼻相关淋巴组织中以类似生发中心的方式协调激活T/B细胞反应，确认其作为诱导持久免疫的诱导位点的作用。 | NA | 验证针对SARS-CoV-2的疫苗平台的更广泛应用。 | SARS-CoV-2病毒的免疫反应。 | NA | 呼吸道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠 |
| 766 | 2024-08-07 |
Sample processing and single cell RNA-sequencing of peripheral blood immune cells from COVID-19 patients
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100582
PMID:34002169
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研究论文 | 本文描述了从COVID-19患者的外周血单核细胞（PBMCs）中进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）的样本处理和分析协议 | 提出了针对COVID-19患者PBMCs样本的采集、处理和分析的新方法 | 血液样本可能含有传染性病毒，免疫细胞亚型的识别可能困难，分析结果的生物学解释复杂 | 深入评估COVID-19患者免疫细胞的转录变化 | COVID-19患者的外周血免疫细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 767 | 2024-08-07 |
Dynamics of B cell repertoires and emergence of cross-reactive responses in patients with different severities of COVID-19
2021-05-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109173
PMID:33991510
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研究论文 | 研究分析了不同严重程度的COVID-19患者B细胞受体（BCR）库的动态变化及交叉反应性反应的出现 | 首次详细描述了COVID-19患者BCR库的特征，并识别出与疾病严重程度相关的差异性BCR特征 | 研究样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探究COVID-19患者BCR库的特征及其与疾病严重程度的关系 | COVID-19患者的B细胞受体库 | NA | COVID-19 | 高通量测序 | NA | 序列数据 | 19名COVID-19患者 |
| 768 | 2024-08-07 |
Divergent and self-reactive immune responses in the CNS of COVID-19 patients with neurological symptoms
2021-05-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100288
PMID:33969321
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和细胞因子分析，探讨了COVID-19患者中枢神经系统中神经症状的免疫反应机制 | 发现了COVID-19患者中枢神经系统中特定区域的T细胞和B细胞活化，以及与自体免疫相关的抗体反应 | NA | 揭示COVID-19患者中枢神经系统中神经症状的生物学基础 | COVID-19患者的脑脊液和血液 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 7名患者 |
| 769 | 2024-08-07 |
Systems biological assessment of human immunity to BNT162b2 mRNA vaccination
2021-Apr-22, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-438662/v1
PMID:34013244
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研究论文 | 本研究采用系统生物学方法，全面分析了56名健康志愿者接种辉瑞-BioNTech mRNA疫苗后的先天和适应性免疫反应 | 首次详细描述了mRNA疫苗接种后免疫系统的反应，包括中和抗体的产生和免疫细胞的激活 | 研究样本仅限于56名健康志愿者，可能无法完全代表所有人群的免疫反应 | 探讨mRNA疫苗如何刺激免疫系统产生保护性免疫反应 | 56名接种了辉瑞-BioNTech mRNA疫苗的健康志愿者的免疫反应 | 疫苗学 | COVID-19 | 系统生物学方法 | NA | 免疫细胞转录组数据 | 56名健康志愿者 |
| 770 | 2024-08-07 |
Multi-cohort analysis of host immune response identifies conserved protective and detrimental modules associated with severity across viruses
2021-04-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.03.002
PMID:33765435
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研究论文 | 本研究通过分析多个队列中宿主免疫反应，识别出与病毒感染严重程度相关的保守保护性和有害模块 | 本研究首次整合了大量血液转录组和单细胞RNA测序数据，揭示了不同病毒感染下宿主反应的共性和差异 | 研究主要集中在血液样本，可能无法全面反映所有组织中的宿主反应 | 探索不同病毒感染下宿主免疫反应与疾病严重程度的关系 | 16种病毒感染的患者血液转录组和免疫细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 4,780个血液转录组样本和702,970个免疫细胞样本 |
| 771 | 2024-08-07 |
Dynamics of B-cell repertoires and emergence of cross-reactive responses in COVID-19 patients with different disease severity
2021-Apr-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2020.07.13.20153114
PMID:32699862
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研究论文 | 本文通过高通量测序技术研究了COVID-19患者在感染期间B细胞受体（BCR）库的动态变化及其与疾病严重程度的关系 | 首次详细描述了COVID-19患者中B细胞反应的特征，并发现了对SARS-CoV-1和SARS-CoV-2具有交叉反应性的BCR | 研究样本量较小，仅涉及19名患者 | 探究COVID-19患者B细胞库的动态变化及其与疾病严重程度的关联 | COVID-19患者的B细胞库及其对SARS-CoV-2的反应 | NA | COVID-19 | 高通量测序 | NA | 序列数据 | 19名COVID-19患者 |
| 772 | 2024-08-07 |
Impaired local intrinsic immunity to SARS-CoV-2 infection in severe COVID-19
2021-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2021.02.20.431155
PMID:33619488
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研究论文 | 研究分析了35名COVID-19患者和23名非COVID-19患者的鼻咽样本，通过单细胞RNA测序揭示了SARS-CoV-2感染后上呼吸道上皮细胞的重组织化及其对病毒病理的影响。 | 首次详细描述了SARS-CoV-2感染后上呼吸道上皮细胞的重组织化过程，并揭示了细胞类型多样性和异质性对病毒复制的影响。 | 研究样本量有限，且未涵盖所有可能的疾病状态和年龄组，可能影响结果的普遍性。 | 探讨SARS-CoV-2感染对上呼吸道上皮细胞的影响及其在COVID-19严重程度中的作用。 | COVID-19患者的鼻咽样本和非COVID-19患者的鼻咽样本。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 35名COVID-19患者和23名非COVID-19患者 |
| 773 | 2024-08-07 |
Diversified transcriptional responses of myeloid and glial cells in spinal cord injury shaped by HDAC3 activity
2021-02, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abd8811
PMID:33637528
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research paper | 本研究结合骨髓特异性转录组学和单细胞RNA测序，揭示了脊髓损伤后激活的微胶质细胞和巨噬细胞的共同核心及时间上独特的基因程序 | 发现了脊髓损伤后微胶质细胞和巨噬细胞的多样化转录反应，并揭示了HDAC3在这些过程中的广泛影响 | NA | 探究脊髓损伤后微胶质细胞和巨噬细胞的转录反应及HDAC3的作用 | 脊髓损伤后的微胶质细胞和巨噬细胞 | digital pathology | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 774 | 2024-08-07 |
Targeting integrated epigenetic and metabolic pathways in lethal childhood PFA ependymomas
2021-Oct-06, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abc0497
PMID:34613815
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研究论文 | 本文研究了儿童后颅窝A组室管膜瘤（PFA）的表观遗传和代谢途径，并探讨了使用抗糖尿病药物二甲双胍作为治疗策略的可能性。 | 首次整合了患者来源细胞和肿瘤的代谢分析、单细胞RNA测序以及非侵入性代谢成像，揭示了PFA中增强的糖酵解和三羧酸循环代谢，并发现二甲双胍能降低病理性EZHIP，增加H3K27me3，抑制肿瘤生长。 | NA | 探索儿童PFA室管膜瘤的表观遗传和代谢途径，并寻找潜在的治疗策略。 | 儿童后颅窝A组室管膜瘤（PFA）及其代谢和表观遗传特征。 | 数字病理学 | 儿童疾病 | 单细胞RNA测序，非侵入性代谢成像 | NA | 基因表达数据，代谢数据 | 患者来源的细胞和肿瘤，以及表达野生型EZHIP的神经干细胞（NSCs） |
| 775 | 2024-08-07 |
Morphological Features Extracted by AI Associated with Spatial Transcriptomics in Prostate Cancer
2021-Sep-28, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers13194837
PMID:34638322
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研究论文 | 本研究利用人工智能（AI）分析前列腺癌患者的组织切片形态，并结合空间转录组学技术，探索形态变化与分子模式之间的关联 | 提出了一种新的方法，通过AI分析组织切片的形态特征，并与空间转录组学数据相结合，以揭示形态与分子之间的关联 | 研究样本量较小，仅使用了七张组织切片，可能影响结果的普遍性 | 开发一种方法，深入探索前列腺癌中形态变化与分子模式之间的联系 | 前列腺癌患者的组织切片及其分子表达模式 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学（ST） | 卷积神经网络（CNN） | 图像 | 七张H&E染色的前列腺切除术切片 |
| 776 | 2024-08-07 |
A review of computational strategies for denoising and imputation of single-cell transcriptomic data
2021-07-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa222
PMID:33003202
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综述 | 本文综述了用于单细胞转录组数据去噪和插补的计算策略 | 本文首次提出了对这些方法进行定量基准评估的需求 | 目前尚未有定量基准来评估这些方法 | 分析和比较当前最先进的单细胞转录组数据去噪和插补的计算方法 | 19种去噪和插补方法在模拟和真实数据集上的性能 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 涉及不同规模的样本和不同水平的生物变异性和技术噪声 |
| 777 | 2024-08-07 |
Analysis of single-cell RNA sequencing data based on autoencoders
2021-Jun-08, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04150-3
PMID:34103004
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研究论文 | 本文介绍了scAEspy工具，该工具利用自动编码器（AEs）分析单细胞RNA测序数据，旨在提高数据整合和细胞类型识别的效率 | scAEspy工具集成了四种先进的AEs和两种新开发的AEs，以及不同的损失函数，能够有效整合来自不同平台的scRNA-Seq数据 | NA | 开发和评估一种新的工具，用于分析单细胞RNA测序数据，并提高数据整合和细胞类型识别的效率 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 自动编码器（AEs） | 基因交互数据 | NA |
| 778 | 2024-08-07 |
Ovarian tumors orchestrate distinct cellular compositions
2021-06-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.05.014
PMID:34107269
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究卵巢癌微环境中的细胞组成及其对T细胞浸润的影响 | 首次详细描述了卵巢癌微环境中肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞的相互作用及其对T细胞浸润的影响 | NA | 探究肿瘤中T细胞浸润的决定因素 | 卵巢癌微环境中的细胞组成及其相互作用 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 779 | 2024-08-07 |
Population-scale single-cell RNA-seq profiling across dopaminergic neuron differentiation
2021-03, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00801-6
PMID:33664506
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研究论文 | 研究使用高效的复用策略将215个人类诱导多能干细胞（iPSC）分化为中脑神经命运，包括多巴胺能神经元，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）在三个分化时间点对超过100万个细胞进行分析 | 本研究展示了如何通过结合单细胞RNA测序与长期的iPSC分化，实现对人类性状相关遗传变异的机制研究 | NA | 研究常见遗传变异在人类主要组织和发育过程中的功能 | 人类诱导多能干细胞（iPSC）分化为中脑神经元，特别是多巴胺能神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 215个人类诱导多能干细胞（iPSC）线 |
| 780 | 2024-08-07 |
Meta-analysis of tumor- and T cell-intrinsic mechanisms of sensitization to checkpoint inhibition
2021-02-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.01.002
PMID:33508232
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meta-analysis | 本研究通过收集和分析超过1000名接受过检查点抑制剂治疗的患者的全外显子和转录组数据，评估了肿瘤细胞内在和微环境特征对检查点抑制剂敏感性的影响 | 首次系统性地分析了多种肿瘤类型中肿瘤突变负荷和CXCL9表达对检查点抑制剂反应的预测作用，并识别了与免疫原性表位相关的二核苷酸变异 | 研究未能达到泛癌种意义的亚克隆肿瘤突变负荷、体细胞拷贝数改变负荷和人类白细胞抗原进化分歧 | 揭示肿瘤细胞内在和微环境特征对检查点抑制剂敏感性的相对重要性 | 检查点抑制剂治疗患者的全外显子和转录组数据 | NA | NA | 全外显子测序、转录组测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 超过1000名患者，涵盖七种肿瘤类型 |