单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2024-08-07	Loss of Claudin-3 Impairs Hepatic Metabolism, Biliary Barrier Function, and Cell Proliferation in the Murine Liver 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.04.003 PMID:33866021	研究论文	本文研究了紧密连接蛋白claudin-3在小鼠肝脏中的细胞类型特异性表达及其对肝脏代谢、屏障功能和细胞增殖的影响	首次探讨了claudin-3在肝脏代谢、屏障功能和细胞增殖中的具体作用	NA	探究紧密连接蛋白claudin-3在肝脏中的功能及其对代谢和屏障功能的影响	小鼠肝脏中的紧密连接蛋白claudin-3及其相关代谢和屏障功能	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	Cldn3-/-和Cldn3+/+小鼠的肝脏样本
722	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Immunological Profiles of Renal Allograft Rejection in Mice 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.693608 PMID:34367152	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠肾移植排斥模型中的免疫细胞特征	首次揭示了从小鼠急性排斥到慢性排斥过程中免疫细胞类型的变化及其对排斥过程的影响	NA	研究肾移植排斥过程中的免疫细胞特征及其变化	小鼠肾移植排斥模型中的免疫细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	10,921个白细胞
723	2024-08-07	Integrated Systems Analysis of the Murine and Human Pancreatic Cancer Glycomes Reveals a Tumor-Promoting Role for ST6GAL1 2021, Molecular & cellular proteomics : MCP IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.mcpro.2021.100160 PMID:34634466	研究论文	本文通过系统方法整合了KC小鼠和人类胰腺癌患者的糖组分析，识别了在癌症形成中可能起作用的糖类	创建了一种新型小鼠模型，通过胰腺特异性遗传删除ST6 beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1酶，研究其对胰腺癌的影响	某些人类糖组变化在KC小鼠模型中未观察到	识别在胰腺癌形成中起作用的糖类，并开发针对这些糖类的治疗方法	小鼠和人类胰腺癌样本的糖组	数字病理学	胰腺癌	糖组分析	NA	序列数据	包括KC小鼠模型和人类胰腺癌患者样本
724	2024-08-07	Deep Parallel Characterization of AAV Tropism and AAV-Mediated Transcriptional Changes via Single-Cell RNA Sequencing 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.730825 PMID:34759919	研究论文	本文开发了一种实验和计算相结合的单细胞RNA测序（scRNA-seq）流程，用于高分辨率地表征编码rAAV池的趋向性和响应	首次采用scRNA-seq技术并行表征AAV的趋向性和转录变化，发现了未被识别的AAV衣壳靶向偏差和细胞类型特异性的短暂反应	NA	旨在开发安全且精确的基因递送载体，并展示在单细胞水平上理解基因疗法响应的重要性	重组腺相关病毒（rAAV）的趋向性和转录变化	基因疗法	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及多种细胞和组织类型
725	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Profiling Identifies Phagocytosis-Related Dual-Feature Cells in A Model of Acute Otitis Media in Rats 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.760954 PMID:34759932	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，在急性中耳炎的大鼠模型中识别出与吞噬作用相关的双特征细胞	首次在急性中耳炎模型中发现具有吞噬作用相关双特征的稀有细胞群，并揭示了巨噬细胞在炎症反应中的关键作用	NA	探究急性中耳炎发展的分子机制及多细胞生态系统中的细胞间对话	大鼠急性中耳炎模型中的中耳黏膜细胞	数字病理学	耳部疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	共测序了来自炎症中耳黏膜的7023个细胞和健康中耳黏膜的5258个细胞
726	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals B Cells Are Important Regulators in Fracture Healing 2021, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2021.666140 PMID:34819916	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示了B细胞在骨折愈合过程中的重要作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了骨折愈合过程中B细胞的数量变化及其对骨形成和吸收活动的影响	研究主要集中在小鼠模型上，对人类骨折愈合过程中B细胞的作用描述较少	探讨B细胞在骨折愈合中的作用及其机制	骨折组织中的免疫细胞，特别是B细胞	数字病理学	骨折	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括中性粒细胞、单核细胞、T细胞、B细胞和浆细胞等多种免疫细胞
727	2024-08-07	Cellinker: a platform of ligand-receptor interactions for intercellular communication analysis 2021-Jan-20, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab036 PMID:33471060	研究论文	本文开发了Cellinker平台，一个用于细胞间通信分析的配体-受体相互作用资源	Cellinker提供了超过3,700个人类和3,200个鼠类配体-受体蛋白-蛋白相互作用以及400多个内源性小分子相关的配体-受体相互作用，并特别收集了与冠状病毒感染相关的16个配体-受体相互作用信息	NA	提供一个全面的、高可信度的资源，用于检索配体-受体相互作用，以研究细胞间通信的功能效应	配体-受体相互作用及其在细胞间通信中的作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	蛋白质-蛋白相互作用数据	超过3,700个人类和3,200个鼠类配体-受体相互作用，以及400多个内源性小分子相关的相互作用
728	2024-08-07	The epigenetic basis of cellular heterogeneity 2021-04, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-020-00300-0 PMID:33244170	研究论文	本文探讨了单细胞测序方法揭示的细胞间基因表达水平的异质性，并分析了表观遗传信息如染色质可及性、核小体定位、组蛋白尾部修饰和增强子-启动子相互作用对基因表达调控的影响。	本文介绍了单细胞表观基因组分析方法的最新进展，这些方法能够高分辨率地映射单个细胞中的染色质状态。	NA	研究细胞间基因表达异质性的表观遗传基础。	研究对象包括单细胞测序数据、染色质状态及其对基因表达的影响。	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未提及
729	2024-08-07	XIAP restrains TNF-driven intestinal inflammation and dysbiosis by promoting innate immune responses of Paneth and dendritic cells 2021-Nov-05, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abf7235 PMID:34739338	研究论文	本文研究了XIAP蛋白在抑制TNF驱动的肠道炎症和菌群失调中的作用，通过促进潘氏细胞和树突状细胞的先天免疫反应	首次揭示了XIAP通过调节TLR5和TNFR2信号通路，维持潘氏细胞和树突状细胞的功能，从而防止肠道炎症和菌群失调	NA	探究XIAP在肠道炎症和菌群失调中的作用机制	XIAP缺陷小鼠和XLP2患者样本	免疫学	炎症性肠病	scRNA-seq, RNA-seq	NA	基因表达数据	XIAP缺陷小鼠和XLP2患者样本
730	2024-08-07	Single-cell trajectories of melanoma cell resistance to targeted treatment 2021-Oct-01, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2021.0267 PMID:34591417	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了BRAFV600E突变的黑色素瘤细胞系在不同治疗条件下的反应，以探索黑色素瘤细胞对靶向治疗产生耐药性的机制	研究首次详细描述了单药和双药治疗耐药黑色素瘤细胞的分子轨迹，并验证了这些发现	NA	深入理解黑色素瘤细胞在治疗诱导下的细胞重编程和可塑性，并识别可能与耐药管理相关的靶点	BRAFV600E突变的黑色素瘤细胞系在不同治疗条件下的反应	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	t-分布随机邻域嵌入和自组织映射	RNA	涉及四种治疗条件的黑色素瘤细胞系
731	2024-08-07	EZH2 identifies the precursors of human natural killer cells with trained immunity 2021-Sep-24, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2020.0791 PMID:34553850	研究论文	本研究旨在识别和探索人类自然杀伤细胞（NK细胞）中训练免疫的前体细胞亚群及其调控靶点	首次识别出CD57-NKG2A+EZH2+IFNG+MKI67+IL12R+IL15R+IL18R+ NK细胞亚群作为训练免疫的前体细胞，并揭示EZH2在训练免疫诱导中的关键作用	NA	识别训练免疫的人类NK细胞前体亚群并探索可能的药物干预调控靶点	人类自然杀伤细胞（NK细胞）及其训练免疫特性	免疫学	NA	流式细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
732	2024-08-07	Examining heterogeneity of stromal cells in tumor microenvironment based on pan-cancer single-cell RNA sequencing data 2021-Aug-17, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2020.0762 PMID:34398535	综述	本文综述了基于泛癌单细胞RNA测序数据研究肿瘤微环境中基质细胞异质性的研究	展示了不同癌症类型中内皮细胞和成纤维细胞/肌成纤维细胞可以被分类为共同亚型，并且亚型组成与癌症特征和治疗反应明显相关	NA	评估多种癌症类型中主要细胞类型组成的异质性	肿瘤微环境中的基质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	多种癌症类型
733	2024-08-07	Multiplexed single-cell RNA-sequencing of mouse thymic and splenic samples 2021-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.101041 PMID:36475567	研究论文	本文利用多重单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）研究小鼠胸腺和脾脏样本中的细胞表达	采用抗体标记的 hashtag 寡核苷酸（Ab-HTO）和10× Genomics技术进行样本多重标记，降低了scRNA-seq的成本并避免了批次效应	NA	研究小鼠胸腺和脾脏中T淋巴细胞的发育	小鼠胸腺和脾脏样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个小鼠胸腺和脾脏样本
734	2024-08-07	Evaluation of some aspects in supervised cell type identification for single-cell RNA-seq: classifier, feature selection, and reference construction 2021-09-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02480-2 PMID:34503564	研究论文	本文系统评估了监督式细胞类型识别方法中的关键因素，包括特征选择、分类器选择和参考数据集构建	提出了使用多层感知器（MLP）作为分类器和F检验作为特征选择方法的建议，并建议合并所有可用数据集来构建参考数据集	NA	评估监督式细胞类型识别方法中的关键策略	单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多层感知器（MLP）	RNA序列数据	涉及多个真实数据集，具体样本数量未详细说明
735	2024-08-07	Normalization of single-cell RNA-seq counts by log(x + 1)† or log(1 + x)† 2021-Aug-09, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab085 PMID:33676365	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
736	2024-08-07	Joint cell segmentation and cell type annotation for spatial transcriptomics 2021-06, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202010108 PMID:34057817	研究论文	本文开发了一种名为JSTA的计算框架，用于联合细胞分割和细胞类型注释，利用细胞类型特异性基因表达的先验知识，提高了空间转录组学中RNA分配的准确性	JSTA框架通过利用现有的细胞类型分类，提高了RNA分配的准确性，并能够对细胞进行高度精细的分类	NA	提高空间转录组学中RNA分配的准确性，并揭示细胞类型的空间组织	小鼠海马区的细胞及其基因表达模式	空间转录组学	NA	RNA杂交	JSTA框架	图像	分析了80个候选基因，识别了63个具有统计学意义的空间差异基因表达的基因，涉及61个细胞亚型
737	2024-08-07	Quantifying the effect of experimental perturbations at single-cell resolution 2021-05, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-00803-5 PMID:33558698	研究论文	本文通过连续测量转录组空间中扰动效应，量化了单细胞水平上实验扰动的影响	开发了一种使用图信号处理估计每个细胞在各实验条件下相对似然性的方法，并提出了顶点频率聚类来提取受扰动影响的细胞群	NA	量化单细胞水平上实验扰动的影响	单细胞RNA测序数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	图信号处理	转录组数据	未具体说明
738	2024-08-07	High-resolution single-cell transcriptomics reveals heterogeneity of self-renewing hair follicle stem cells 2021-04, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.14262 PMID:33319418	研究论文	本研究通过高分辨率单细胞RNA测序技术，揭示了自我更新阶段的毛囊干细胞的分子异质性	首次通过高分辨率单细胞RNA测序技术，详细分析了毛囊干细胞在自我更新阶段的转录组特征，揭示了不同亚群的分子标记和潜在功能	研究仅限于小鼠皮肤样本，未来研究需要扩展到其他物种以验证结果的普遍性	揭示毛囊干细胞在自我更新阶段的分子异质性	毛囊干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	从小鼠皮肤中分离的CD34 /K14-H2BGFP标记的毛囊干细胞
739	2024-08-07	Molecular classification of zebrafish retinal ganglion cells links genes to cell types to behavior 2021-02-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2020.12.003 PMID:33357413	研究论文	本研究利用单细胞转录组学方法，对成年和幼年斑马鱼的视网膜神经节细胞（RGCs）进行了系统分类，并识别了超过30种成熟类型及其发育中间体的标记基因	本研究首次系统地分类了斑马鱼视网膜神经节细胞，并利用这些数据开发了转基因驱动线，实现了对特定RGC类型的实验操作	NA	研究旨在理解视网膜神经节细胞的多样性及其在视觉系统中的功能架构	斑马鱼的视网膜神经节细胞	生物学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	成年和幼年斑马鱼
740	2024-08-07	Lipid-mediated innate lymphoid cell recruitment and activation in aspirin-exacerbated respiratory disease 2021-02, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology DOI:10.1016/j.anai.2020.09.011 PMID:32950684	研究论文	本文综述了脂质介导的2型先天淋巴细胞（ILC2s）招募和激活在阿司匹林加重性呼吸疾病（AERD）中的作用	利用新一代单细胞测序方法和最近开发的AERD小鼠模型，未来研究将更好地定义脂质介导的ILC2在AERD患者中的迁移	关于脂质介导的ILC2激活在AERD中发生的证据尚不充分	探讨脂质介导的ILC2招募和激活在AERD中的作用	2型先天淋巴细胞（ILC2s）在阿司匹林加重性呼吸疾病（AERD）中的作用	NA	呼吸疾病	单细胞测序	NA	文本	NA