单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2024-08-07	Single-cell trajectories of melanoma cell resistance to targeted treatment 2021-Oct-01, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2021.0267 PMID:34591417	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了BRAFV600E突变的黑色素瘤细胞系在不同治疗条件下的反应，以探索黑色素瘤细胞对靶向治疗产生耐药性的机制	研究首次详细描述了单药和双药治疗耐药黑色素瘤细胞的分子轨迹，并验证了这些发现	NA	深入理解黑色素瘤细胞在治疗诱导下的细胞重编程和可塑性，并识别可能与耐药管理相关的靶点	BRAFV600E突变的黑色素瘤细胞系在不同治疗条件下的反应	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	t-分布随机邻域嵌入和自组织映射	RNA	涉及四种治疗条件的黑色素瘤细胞系
702	2024-08-07	EZH2 identifies the precursors of human natural killer cells with trained immunity 2021-Sep-24, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2020.0791 PMID:34553850	研究论文	本研究旨在识别和探索人类自然杀伤细胞（NK细胞）中训练免疫的前体细胞亚群及其调控靶点	首次识别出CD57-NKG2A+EZH2+IFNG+MKI67+IL12R+IL15R+IL18R+ NK细胞亚群作为训练免疫的前体细胞，并揭示EZH2在训练免疫诱导中的关键作用	NA	识别训练免疫的人类NK细胞前体亚群并探索可能的药物干预调控靶点	人类自然杀伤细胞（NK细胞）及其训练免疫特性	免疫学	NA	流式细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
703	2024-08-07	Examining heterogeneity of stromal cells in tumor microenvironment based on pan-cancer single-cell RNA sequencing data 2021-Aug-17, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2020.0762 PMID:34398535	综述	本文综述了基于泛癌单细胞RNA测序数据研究肿瘤微环境中基质细胞异质性的研究	展示了不同癌症类型中内皮细胞和成纤维细胞/肌成纤维细胞可以被分类为共同亚型，并且亚型组成与癌症特征和治疗反应明显相关	NA	评估多种癌症类型中主要细胞类型组成的异质性	肿瘤微环境中的基质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	多种癌症类型
704	2024-08-07	Rapid microfluidic isolation of virally infected primary bronchial epithelial cells for single-cell RNA sequencing 2021-Jul-16, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.2144/btn-2021-0020 PMID:34269076	研究论文	本文介绍了一种利用商用微流控设备快速分离病毒感染的初级支气管上皮细胞进行单细胞RNA测序的优化方法	提出了一种新的微流控设备用于快速分离病毒感染的初级支气管上皮细胞，适用于单细胞RNA测序	NA	研究支气管上皮细胞的亚型及其对病毒感染的反应	病毒感染的初级支气管上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	单个细胞
705	2024-08-07	Multiplexed single-cell RNA-sequencing of mouse thymic and splenic samples 2021-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.101041 PMID:36475567	研究论文	本文利用多重单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）研究小鼠胸腺和脾脏样本中的细胞表达	采用抗体标记的 hashtag 寡核苷酸（Ab-HTO）和10× Genomics技术进行样本多重标记，降低了scRNA-seq的成本并避免了批次效应	NA	研究小鼠胸腺和脾脏中T淋巴细胞的发育	小鼠胸腺和脾脏样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个小鼠胸腺和脾脏样本
706	2024-08-07	Evaluation of some aspects in supervised cell type identification for single-cell RNA-seq: classifier, feature selection, and reference construction 2021-09-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02480-2 PMID:34503564	研究论文	本文系统评估了监督式细胞类型识别方法中的关键因素，包括特征选择、分类器选择和参考数据集构建	提出了使用多层感知器（MLP）作为分类器和F检验作为特征选择方法的建议，并建议合并所有可用数据集来构建参考数据集	NA	评估监督式细胞类型识别方法中的关键策略	单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多层感知器（MLP）	RNA序列数据	涉及多个真实数据集，具体样本数量未详细说明
707	2024-08-07	Normalization of single-cell RNA-seq counts by log(x + 1)† or log(1 + x)† 2021-Aug-09, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab085 PMID:33676365	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
708	2024-08-07	Joint cell segmentation and cell type annotation for spatial transcriptomics 2021-06, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202010108 PMID:34057817	研究论文	本文开发了一种名为JSTA的计算框架，用于联合细胞分割和细胞类型注释，利用细胞类型特异性基因表达的先验知识，提高了空间转录组学中RNA分配的准确性	JSTA框架通过利用现有的细胞类型分类，提高了RNA分配的准确性，并能够对细胞进行高度精细的分类	NA	提高空间转录组学中RNA分配的准确性，并揭示细胞类型的空间组织	小鼠海马区的细胞及其基因表达模式	空间转录组学	NA	RNA杂交	JSTA框架	图像	分析了80个候选基因，识别了63个具有统计学意义的空间差异基因表达的基因，涉及61个细胞亚型
709	2024-08-07	Quantifying the effect of experimental perturbations at single-cell resolution 2021-05, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-00803-5 PMID:33558698	研究论文	本文通过连续测量转录组空间中扰动效应，量化了单细胞水平上实验扰动的影响	开发了一种使用图信号处理估计每个细胞在各实验条件下相对似然性的方法，并提出了顶点频率聚类来提取受扰动影响的细胞群	NA	量化单细胞水平上实验扰动的影响	单细胞RNA测序数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	图信号处理	转录组数据	未具体说明
710	2024-08-07	High-resolution single-cell transcriptomics reveals heterogeneity of self-renewing hair follicle stem cells 2021-04, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.14262 PMID:33319418	研究论文	本研究通过高分辨率单细胞RNA测序技术，揭示了自我更新阶段的毛囊干细胞的分子异质性	首次通过高分辨率单细胞RNA测序技术，详细分析了毛囊干细胞在自我更新阶段的转录组特征，揭示了不同亚群的分子标记和潜在功能	研究仅限于小鼠皮肤样本，未来研究需要扩展到其他物种以验证结果的普遍性	揭示毛囊干细胞在自我更新阶段的分子异质性	毛囊干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	从小鼠皮肤中分离的CD34 /K14-H2BGFP标记的毛囊干细胞
711	2024-08-07	Molecular classification of zebrafish retinal ganglion cells links genes to cell types to behavior 2021-02-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2020.12.003 PMID:33357413	研究论文	本研究利用单细胞转录组学方法，对成年和幼年斑马鱼的视网膜神经节细胞（RGCs）进行了系统分类，并识别了超过30种成熟类型及其发育中间体的标记基因	本研究首次系统地分类了斑马鱼视网膜神经节细胞，并利用这些数据开发了转基因驱动线，实现了对特定RGC类型的实验操作	NA	研究旨在理解视网膜神经节细胞的多样性及其在视觉系统中的功能架构	斑马鱼的视网膜神经节细胞	生物学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	成年和幼年斑马鱼
712	2024-08-07	Lipid-mediated innate lymphoid cell recruitment and activation in aspirin-exacerbated respiratory disease 2021-02, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology DOI:10.1016/j.anai.2020.09.011 PMID:32950684	研究论文	本文综述了脂质介导的2型先天淋巴细胞（ILC2s）招募和激活在阿司匹林加重性呼吸疾病（AERD）中的作用	利用新一代单细胞测序方法和最近开发的AERD小鼠模型，未来研究将更好地定义脂质介导的ILC2在AERD患者中的迁移	关于脂质介导的ILC2激活在AERD中发生的证据尚不充分	探讨脂质介导的ILC2招募和激活在AERD中的作用	2型先天淋巴细胞（ILC2s）在阿司匹林加重性呼吸疾病（AERD）中的作用	NA	呼吸疾病	单细胞测序	NA	文本	NA
713	2024-08-07	Harnessing Single-Cell RNA Sequencing to Better Understand How Diseased Cells Behave the Way They Do in Cardiovascular Disease 2021-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.120.314776 PMID:33327741	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在心血管疾病中对病变细胞行为理解的应用	利用单细胞RNA测序技术构建细胞图谱，发现新的细胞类型及其在心血管疾病中的作用	NA	深入理解心血管疾病中病变细胞的行为机制	心血管组织中的特定细胞类型及其在疾病中的变化	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
714	2024-08-07	Single-cell transcriptomics analysis of mild cognitive impairment in World Trade Center disaster responders 2021, Alzheimer's & dementia (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1002/dad2.12154 PMID:33665344	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，研究了世界贸易中心灾难响应者中轻度认知障碍的分子复杂性。	本文首次使用CITE-Seq技术在单细胞分辨率下对世界贸易中心响应者的血液进行转录组学分析，揭示了与轻度认知障碍相关的基因表达差异。	研究仅限于男性世界贸易中心响应者，且样本量相对较小。	通过基因表达谱分析，深入理解轻度认知障碍的分子机制。	世界贸易中心灾难响应者中的轻度认知障碍。	数字病理学	神经退行性疾病	CITE-Seq	NA	基因表达数据	40名男性世界贸易中心响应者，分为两组（发现组：9名MCI和9名对照；复制组：11名MCI和11名对照）
715	2024-08-07	The onset of circulation triggers a metabolic switch required for endothelial to hematopoietic transition 2021-12-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.110103 PMID:34910918	研究论文	本文研究了血液循环启动如何影响造血干细胞（HSC）的产生，特别是在Ncx1小鼠胚胎中，血液循环缺失对HSC前体细胞的影响。	首次揭示了血液循环启动触发代谢转换，这对于内皮细胞向造血细胞的转变至关重要。	实验仅限于Ncx1小鼠胚胎，可能需要进一步研究以验证在其他物种或模型中的适用性。	探讨血液循环启动对造血干细胞生成的影响及其机制。	研究对象为Ncx1小鼠胚胎中的造血干细胞前体细胞。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及Ncx1小鼠胚胎的单细胞转录组数据
716	2024-08-07	Injury-induced ASCL1 expression orchestrates a transitory cell state required for repair of the neonatal cerebellum 2021-Dec-10, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abj1598 PMID:34878841	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和命运图谱技术，研究了新生儿小脑损伤后的修复过程，特别是Bergmann胶质层中的神经发生性前体细胞（NEP）的适应性重编程	首次定义了NEP的分子亚型及其在稳态和修复过程中的谱系，并揭示了ASCL1表达在损伤诱导的适应性重编程中的关键作用	NA	理解新生儿小脑损伤后的修复机制	新生儿小脑中的神经发生性前体细胞（NEP）及其在损伤后的适应性重编程	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
717	2024-08-07	Intranasal priming induces local lung-resident B cell populations that secrete protective mucosal antiviral IgA 2021-Dec-10, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abj5129 PMID:34890255	研究论文	研究通过鼻内免疫在小鼠流感病毒感染模型中诱导局部肺部IgA分泌，并探讨了IgA分泌细胞的类型及其在肺部保护性免疫中的作用	首次展示了鼻内免疫而非系统性免疫能诱导肺部局部IgA分泌，并发现肺部存在多种IgA表达细胞，包括组织驻留记忆B细胞、浆母细胞和浆细胞	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨肺部局部IgA分泌细胞的类型及其在保护性免疫中的作用，为设计针对呼吸道病毒感染的高效疫苗策略提供信息	肺部局部IgA分泌细胞及其在保护性免疫中的作用	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
718	2024-08-07	Targeting metabotropic glutamate receptor 4 for cancer immunotherapy 2021-Dec-10, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abj4226 PMID:34890233	研究论文	本研究报告了代谢型谷氨酸受体4（GRM4）在抑制抗肿瘤免疫中的新作用，并通过遗传敲除或药物抑制在三种小鼠同源肿瘤模型中显著延迟了肿瘤生长	首次揭示了GRM4在抑制抗肿瘤免疫中的作用，并展示了通过靶向GRM4进行癌症免疫治疗的新方法	NA	探索代谢型谷氨酸受体4（GRM4）在癌症免疫治疗中的作用	代谢型谷氨酸受体4（GRM4）及其在肿瘤免疫中的作用	NA	黑色素瘤	单细胞RNA测序，T细胞受体分析	NA	RNA	三种小鼠同源肿瘤模型（B16，MC38，3LL）
719	2024-08-07	Location Matters: Profiling Diffuse Type Gastric Cancer At the Single-Cell Level 2021-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-2935 PMID:34556549	研究论文	本研究利用空间单细胞转录组学技术，分析了原发性弥漫型胃癌患者肿瘤不同位置的细胞差异	首次揭示了弥漫型胃癌中不同位置的癌细胞和基质细胞的差异，特别是深层肿瘤区域基质细胞表达的CCL2对免疫抑制微环境的潜在驱动作用	NA	研究弥漫型胃癌中单细胞水平的空间转录组学特征	弥漫型胃癌患者的肿瘤细胞和基质细胞	数字病理学	胃癌	空间单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
720	2024-08-07	Decoding molecular and cellular heterogeneity of mouse nucleus accumbens 2021-12, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-021-00938-x PMID:34663959	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重错误鲁棒荧光原位杂交技术，揭示了小鼠伏隔核中细胞的高度异质性	首次通过单细胞RNA测序和空间信息结合的方法，全面解析了伏隔核的分子、细胞和结构异质性	NA	揭示伏隔核的分子、细胞和结构异质性，以及这些异质性如何影响其功能	小鼠伏隔核的细胞异质性	数字病理学	神经疾病	单细胞RNA测序，多重错误鲁棒荧光原位杂交	NA	RNA序列数据	NA