单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2024-08-07	Phenotypic variation of transcriptomic cell types in mouse motor cortex 2021-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2907-3 PMID:33184512	研究论文	本研究使用Patch-seq技术结合膜片钳记录、生物素染色和单细胞RNA测序，分析了成年小鼠初级运动皮层中超过1,300个神经元的转录组和形态电生理特性	首次在同一组细胞中同时研究了神经元的转录组和形态电生理多样性，揭示了神经元类型在皮层中并非总是形成离散实体，而是在家族级别上形成连续且相关的转录组和形态电生理景观	研究仅限于成年小鼠的初级运动皮层，可能需要进一步研究其他脑区和不同发育阶段的神经元类型	探讨神经元类型的转录组和形态电生理多样性及其在皮层中的组织方式	成年小鼠初级运动皮层中的神经元	神经科学	NA	Patch-seq	NA	单细胞RNA测序数据	超过1,300个神经元
642	2024-08-07	A multimodal cell census and atlas of the mammalian primary motor cortex 2021-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03950-0 PMID:34616075	研究论文	本文报道了通过BRAIN Initiative Cell Census Network (BICCN)生成的哺乳动物初级运动皮层的多模态细胞普查和图谱	研究首次整合了单细胞转录组、染色质可及性、DNA甲基化图谱、空间解析的单细胞转录组、形态学和电生理特性以及细胞分辨率的输入-输出映射，并通过跨模态计算分析进行整合	NA	推进对大脑细胞类型组织的集体知识和理解	哺乳动物初级运动皮层的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞转录组学、染色质可及性分析、DNA甲基化分析、空间解析的单细胞转录组学	跨模态计算分析	转录组、染色质可及性、DNA甲基化、形态学和电生理数据	NA
643	2024-08-07	Dysbalance of ACE2 levels - a possible cause for severe COVID-19 outcome in COPD 2021-09, The journal of pathology. Clinical research DOI:10.1002/cjp2.224 PMID:33978304	研究论文	研究探讨了慢性阻塞性肺病（COPD）患者中ACE2及其相关辅助因子的表达水平，以及这些变化如何影响SARS-CoV-2感染的风险	首次揭示了COPD患者肺组织中ACE2和TMPRSS2表达增加，同时循环sACE2水平降低，这些变化可能增加COPD患者对SARS-CoV-2感染的易感性	研究未涉及这些变化与肺部血流动力学变化之间的关联	探究COPD患者中ACE2及其相关辅助因子的表达变化及其对SARS-CoV-2感染的影响	COPD、特发性肺动脉高压（IPAH）和肺纤维化（PF）患者的肺组织样本及健康对照组样本	数字病理学	慢性阻塞性肺病	定量PCR、酶联免疫吸附试验、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	COPD患者28例，IPAH患者10例，PF患者10例，健康对照组10例
644	2024-08-07	A Role for Protease Activated Receptor Type 3 (PAR3) in Nociception Demonstrated Through Development of a Novel Peptide Agonist 2021-06, The journal of pain IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jpain.2020.12.006 PMID:33429107	研究论文	研究通过开发一种新的肽激动剂，探讨了蛋白酶活化受体3（PAR3）在痛觉中的作用	开发了一种脂质连接的PAR3激动剂C660，该激动剂能特异性地激活PAR3并引起DRG和三叉神经元中的钙反应	NA	更好地理解PAR3在外周感觉神经系统中的潜在功能	PAR3在痛觉中的作用及其与其他PARs的相互作用	NA	NA	单细胞RNA测序	G蛋白偶联受体（GPCRs）	RNA序列数据	使用了野生型和PAR3敲除的小鼠模型
645	2024-08-07	The alx3 gene shapes the zebrafish neurocranium by regulating frontonasal neural crest cell differentiation timing 2021-04-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.197483 PMID:33741714	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示了alx3基因在调控前鼻神经嵴细胞分化时间和细胞形态中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术，详细定义了颅神经嵴细胞的不同群体，并发现Alx转录因子基因家族在前鼻神经嵴细胞中的富集	NA	深入理解控制发育时序的基因如何塑造颅面骨骼元素	alx3基因在前鼻神经嵴细胞分化中的作用	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
646	2024-08-07	Comprehensive single-cell sequencing reveals the stromal dynamics and tumor-specific characteristics in the microenvironment of nasopharyngeal carcinoma 2021-03-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21795-z PMID:33750785	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了鼻咽癌肿瘤微环境中的基质细胞动态和肿瘤特异性特征	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了鼻咽癌肿瘤微环境中的基质细胞群及其亚群，并揭示了其对患者预后和治疗结果的影响	研究仅基于14名患者的样本，可能需要更多样本以增强结果的普遍性	深入理解鼻咽癌肿瘤微环境中的基质细胞动态，以促进癌症诊断、治疗和预后	鼻咽癌肿瘤微环境中的基质细胞及其亚群	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	66,627个细胞来自14名患者
647	2024-08-07	SwarnSeq: An improved statistical approach for differential expression analysis of single-cell RNA-seq data 2021-05, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2021.02.014 PMID:33662531	研究论文	本文介绍了一种名为SwarnSeq的改进统计方法，用于单细胞RNA测序数据的差异表达分析	SwarnSeq方法在模型中考虑了单细胞RNA测序数据中的分子捕获过程，这是现有差异表达方法中较少考虑的	NA	开发一种改进的差异表达分析方法，以解决单细胞RNA测序数据中的dropout事件问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计模型	基因表达数据	10个不同的真实单细胞RNA测序数据集
648	2024-08-07	EASI-FISH for thick tissue defines lateral hypothalamus spatio-molecular organization 2021-12-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.11.024 PMID:34875226	研究论文	本文开发了EASI-FISH技术用于厚脑组织切片中基因表达的调查，并建立了一个计算流程来快速处理大量的EASI-FISH图像数据集	EASI-FISH技术优化用于300μm厚的脑组织切片，有助于重建跨脑的分子空间域，并促进了分子定义细胞类型的迭代再分析	NA	确定分子定义细胞类型的空间组织和形态特征，以揭示支撑脑功能的结构	侧下丘脑区域（LHA）的分子定义细胞类型的空间分布	数字病理学	NA	EASI-FISH	NA	图像	数十种分子定义的细胞类型在侧下丘脑区域（LHA）的空间分布
649	2024-08-07	HER3 Is an Actionable Target in Advanced Prostate Cancer 2021-12-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-3360 PMID:34753775	研究论文	本文研究了HER3蛋白在晚期前列腺癌中的表达及其作为治疗靶点的潜力	首次展示了HER3在致命性前列腺癌中的高表达，并证实了HER3靶向治疗策略的有效性	NA	探讨HER3在前列腺癌中的作用及其作为治疗靶点的可行性	HER3蛋白在前列腺癌中的表达及其对肿瘤生长和生存的影响	数字病理学	前列腺癌	多重免疫荧光技术，单细胞RNA测序	NA	组织样本	人类前列腺癌活检样本及小鼠转基因前列腺癌模型
650	2024-08-07	YTHDF2 is essential for spermatogenesis and fertility by mediating a wave of transcriptional transition in spermatogenic cells 2021-Dec-08, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.1093/abbs/gmab148 PMID:34664060	研究论文	研究探讨了YTHDF2在哺乳动物精子发生中的作用，通过生成特定基因突变体，揭示了YTHDF2对小鼠精子发生和生育能力的重要性	首次证明了YTHDF2在哺乳动物精子发生中的关键作用，并揭示了其在转录后水平调控精子发生过程中的具体机制	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在其他哺乳动物中验证YTHDF2的作用	探讨YTHDF2在哺乳动物精子发生中的作用及其对生育能力的影响	YTHDF2在小鼠精子发生中的功能及其对生育能力的影响	NA	男性不育	RNA-seq, MeRIP-qPCR, 荧光激活细胞分选	NA	转录组数据	特定基因突变体Ythdf2-vKO小鼠
651	2024-08-07	Neurexin-3 defines synapse- and sex-dependent diversity of GABAergic inhibition in ventral subiculum 2021-12-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.110098 PMID:34879268	研究论文	研究通过电生理切片、成像和单细胞RNA测序技术，探讨了Neurexin-3在腹下托GABA能抑制性神经元中的作用及其与性别的关系	首次揭示了Neurexin-3在腹下托抑制性突触中的多重作用，并发现了其在性别上的差异性表现	NA	探究腹下托抑制性局部回路的内在连接和突触特性	Neurexin-3在腹下托GABA能抑制性神经元中的功能	神经科学	NA	电生理切片、成像、单细胞RNA测序	NA	电生理数据、图像、RNA序列	雄性和雌性小鼠
652	2024-08-07	Parity-induced changes to mammary epithelial cells control NKT cell expansion and mammary oncogenesis 2021-12-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.110099 PMID:34879282	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了未产和已产雌性小鼠乳腺组织中上皮和非上皮细胞的组成，发现妊娠后乳腺上皮细胞（MECs）中γδ自然杀伤T样免疫细胞（NKTs）的扩张和免疫信号分子的上调，揭示了妊娠如何调节MECs与免疫微环境之间的交流，并建立了妊娠、免疫微环境和乳腺肿瘤发生之间的因果关系。	首次揭示了妊娠后乳腺上皮细胞中CD1d分子的上调导致NKTs细胞扩张，进而影响乳腺肿瘤的发生。	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现。	探讨妊娠对乳腺微环境的影响及其与乳腺肿瘤发生的关系。	乳腺上皮细胞（MECs）和γδ自然杀伤T样免疫细胞（NKTs）。	数字病理学	乳腺肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	未产和已产雌性小鼠的乳腺组织
653	2024-08-07	Vascular Smooth Muscle Cell Subpopulations and Neointimal Formation in Mouse Models of Elastin Insufficiency 2021-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.120.315681 PMID:34587758	研究论文	本研究利用缺乏弹性蛋白（Eln）的小鼠模型，研究了血管平滑肌细胞（SMCs）的来源和表型异质性，以及它们在升主动脉中新内膜形成中的作用	首次通过单细胞测序和细胞系标记技术，识别了新内膜细胞群，并揭示了这些细胞独特的发育来源和转录特征	NA	探讨弹性蛋白不足情况下，血管平滑肌细胞的适应性变化及其在新内膜形成中的作用	血管平滑肌细胞及其在新内膜形成中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	细胞	SMC-Eln敲除小鼠中的两个独特的SMC群体
654	2024-08-07	Pre-existing chromatin accessibility and gene expression differences among naive CD4+ T cells influence effector potential 2021-11-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.110064 PMID:34852223	research paper	研究探讨了未接触抗原的CD4+ T细胞中预先存在的染色质可及性和基因表达差异对其效应潜能的影响	通过单细胞RNA测序揭示了T细胞受体（TCR）信号传导相关基因是变异的关键驱动因素，并发现TCR信号强度在胸腺发育期间对CD4+ T细胞染色质景观的差异建立有影响	NA	探究未接触抗原的CD4+ T细胞中预先存在的转录和染色质景观差异是否影响其效应潜能	未接触抗原的CD4+ T细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
655	2024-08-07	Endocannabinoid Anandamide Attenuates Acute Respiratory Distress Syndrome through Modulation of Microbiome in the Gut-Lung Axis 2021-11-25, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10123305 PMID:34943813	研究论文	本研究探讨了内源性大麻素anandamide（AEA）对雌性小鼠由葡萄球菌肠毒素B（SEB）介导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的影响	AEA通过调节肠道-肺轴中的微生物群，增加抗菌肽和紧密连接蛋白的表达，以及诱导短链脂肪酸的产生，从而减轻ARDS	NA	研究AEA对SEB介导的ARDS的缓解作用及其机制	雌性小鼠的肺部和肠道微生物群	NA	急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序, MiSeq测序, LEfSe分析	NA	RNA序列数据	NA
656	2024-08-07	The healing myocardium mobilizes a distinct B-cell subset through a CXCL13-CXCR5-dependent mechanism 2021-11-22, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvab181 PMID:34048536	研究论文	本研究在心肌梗死后的小鼠模型中，通过组织学、流式细胞术和单细胞RNA测序分析，揭示了心脏中特定B细胞亚群的快速积累及其通过CXCL13-CXCR5依赖机制的动员。	本研究首次发现并描述了心肌梗死后心脏中特异性的‘心脏相关B细胞’（hB）亚群，并阐明了其通过CXCL13-CXCR5轴的动员机制。	研究主要在实验小鼠模型中进行，其结果在人类中的适用性需要进一步验证。	旨在解析心肌梗死后B细胞动员和活性的机制，以及这些细胞在心脏修复中的作用。	心肌梗死后心脏和纵隔淋巴结中的B细胞反应。	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	实验使用了小鼠模型，具体样本数量未在摘要中提及。
657	2024-08-07	Deletion of pancreas-specific miR-216a reduces beta-cell mass and inhibits pancreatic cancer progression in mice 2021-11-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100434 PMID:34841287	研究论文	本文研究了胰腺特异性miR-216a在胰腺β细胞和小叶细胞中的作用及其在胰腺癌进展中的影响	首次揭示了miR-216a在胰腺β细胞和小叶细胞中的功能，并探讨了其在胰腺癌诊断中的潜在价值	NA	探讨miR-216a在胰腺β细胞和小叶细胞中的作用及其在胰腺癌进展中的影响	胰腺特异性miR-216a在胰腺β细胞和小叶细胞中的作用	NA	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类样本
658	2024-08-07	Sutural fibroblasts exhibit the function of vascular endothelial cells upon mechanical strain 2021-11-15, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2021.109046 PMID:34599905	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了在机械应力作用下颧骨上颌缝中纤维母细胞向血管内皮细胞样状态的转变	首次揭示了纤维母细胞在机械应力作用下通过与Hippo通路的相互作用，实现向血管内皮细胞样状态的转变，并上调血管生成相关基因	研究仅限于体外实验和数据分析，未涉及临床应用	探究机械应力诱导的颧骨上颌缝中纤维母细胞的功能转变	颧骨上颌缝中的纤维母细胞及其在机械应力下的功能转变	数字病理学	面部发育不良	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	二十九个细胞亚群
659	2024-08-07	The role of CDHR3 in susceptibility to otitis media 2021-11, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-021-02118-7 PMID:34322716	研究论文	本文探讨了CDHR3在儿童中耳炎易感性中的作用，通过外显子测序、Sanger测序等技术，发现CDHR3的新型致病变异与中耳炎风险相关	发现了CDHR3的新型罕见或低频变异，这些变异可能增加中耳炎的风险	NA	进一步阐明CDHR3在中耳炎中的作用	CDHR3基因及其变异与中耳炎的关系	NA	耳部疾病	外显子测序、Sanger测序、16S rRNA测序、单细胞RNA测序	NA	DNA、RNA	257个多民族家庭的OM受影响个体、407个美国三联体或OM受试者、芬兰受试者、小鼠中耳样本
660	2024-08-07	Association between particulate matter containing EPFRs and neutrophilic asthma through AhR and Th17 2021-Oct-26, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-021-01867-w PMID:34702270	研究论文	本研究探讨了含有EPFRs的颗粒物与中性粒细胞性哮喘之间的关系，以及通过AhR和Th17途径的作用机制	本研究首次揭示了颗粒物通过AhR激活诱导Th17免疫反应，进而导致中性粒细胞性哮喘的机制	研究仅在老鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究颗粒物与中性粒细胞性哮喘之间的关联及其分子机制	含有EPFRs的颗粒物对呼吸系统的影响及其免疫反应机制	NA	哮喘	微阵列和单细胞RNA测序	NA	RNA	老鼠肺部样本