单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2024-08-07	Preprocessing choices affect RNA velocity results for droplet scRNA-seq data 2021-01, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008585 PMID:33428615	研究论文	本文系统比较了五种广泛使用的定量工具在五个实验性滴液单细胞RNA测序数据集中的剪接和未剪接RNA丰度估计的差异	首次系统地比较了不同定量工具在RNA速度分析中的影响，并强调了丰度定量在RNA速度分析工作流程中的重要性	NA	探讨不同定量工具对RNA速度分析结果的影响	剪接和未剪接RNA的丰度	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	五个实验性滴液单细胞RNA测序数据集
622	2024-08-07	mbkmeans: Fast clustering for single cell data using mini-batch k-means 2021-01, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008625 PMID:33497379	研究论文	本文介绍了一种用于单细胞数据快速聚类的mbkmeans R/Bioconductor包，该包实现了mini-batch k-means算法	mbkmeans包允许使用HDF5文件格式的磁盘数据表示，无需一次性将所有数据加载到内存中，适用于处理大规模单细胞数据集	NA	开发一种适用于大规模单细胞RNA测序数据的高效聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	k-means	基因表达数据	包括一个包含130万细胞的数据集
623	2024-08-07	Digital Cell Sorter (DCS): a cell type identification, anomaly detection, and Hopfield landscapes toolkit for single-cell transcriptomics 2021, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.10670 PMID:33520459	研究论文	本文介绍了一个名为Digital Cell Sorter (DCS)的软件平台，该平台集成了多种单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析方法，包括自动细胞类型识别、细胞异常检测和细胞表型景观可视化	提出了两种基于投票算法和Hopfield分类器的自动细胞类型识别方法，以及基于隔离森林的细胞异常量化方法和基于Hopfield能量函数的细胞表型景观可视化工具	NA	开发新的算法和工具以提高单细胞RNA测序数据的分析效率和生物信息提取	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	Hopfield分类器	数据	使用了来自健康捐赠者和多发性骨髓瘤患者的外周血单个核细胞(PBMC)和骨髓浆细胞的大数据集
624	2024-08-07	Effective ribosomal RNA depletion for single-cell total RNA-seq by scDASH 2021, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.10717 PMID:33520469	研究论文	本文介绍了一种名为scDASH的方法，用于从单细胞总RNA-seq文库中有效去除核糖体RNA（rRNA）序列	scDASH方法能够有效去除rRNA，同时减少非特异性脱靶效应，显著丰富了转录组的检测	NA	开发一种适用于单细胞总RNA-seq的rRNA去除方法	单细胞RNA测序中的rRNA去除	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA	NA
625	2024-08-07	Inferring microenvironmental regulation of gene expression from single-cell RNA sequencing data using scMLnet with an application to COVID-19 2021-03-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa327 PMID:33341869	研究论文	本研究提出了一种基于单细胞RNA测序数据的多层网络方法（scMLnet），用于推断细胞微环境对基因表达的调控	scMLnet不仅模拟了细胞间的功能性通信，还模拟了细胞内的基因调控网络，为理解基因表达的微环境调控提供了一种新方法	NA	旨在揭示细胞微环境对基因表达的调控机制，特别是在COVID-19中的应用	研究对象包括COVID-19患者的单细胞RNA测序数据以及SARS-CoV-2受体ACE2的表达调控	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序	多层网络模型	单细胞RNA测序数据	涉及COVID-19患者的单细胞RNA测序数据
626	2024-08-07	CoolMPS for robust sequencing of single-nuclear RNAs captured by droplet-based method 2021-01-25, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa1127 PMID:33264392	研究论文	本文探讨了CoolMPS技术在单核RNA测序中的应用，通过化学转换方法使Chromium 10X技术生成的库适用于CoolMPS测序，并评估了其在小鼠海马体snRNA-seq数据中的质量和性能	CoolMPS是一种新型的合成测序方法，通过可重复使用的抗体进行核苷酸标记，本文首次测试了其在snRNA-seq中的应用	NA	验证CoolMPS技术在单核RNA测序中的可行性和性能	小鼠海马体的单核RNA	基因组学	NA	CoolMPS	NA	snRNA-seq数据	年轻和老年小鼠的海马体样本
627	2024-08-07	Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology 2021-01-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa894 PMID:33119753	research paper	本文介绍了Aging Atlas数据库，这是一个多组学数据库，旨在支持衰老生物学研究。	Aging Atlas数据库整合了多种高通量组学技术产生的基因表达和调控数据，为衰老研究提供了前所未有的详细和多维度的数据资源。	NA	本文的研究目的是建立一个开放且集成的数据库，以支持广泛的衰老生物学研究。	研究对象包括基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和药物基因组学等多组学数据。	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, 药物保护化合物分析	NA	基因表达数据	NA
628	2024-08-07	A cell atlas of the chick retina based on single-cell transcriptomics 2021-01-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.63907 PMID:33393903	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了鸡视网膜的细胞图谱	首次在鸟类中进行分子层面的视网膜细胞类型鉴定，并比较了鸡、鼠和灵长类视网膜细胞类群和类型的关系	NA	揭示鸡视网膜的细胞结构和功能，并为鸟类视觉系统的解剖学、生理学、进化和发育研究提供基础	鸡视网膜的细胞类型及其分布	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	136种细胞类型及14种位置或发育中间体
629	2024-08-07	scMC learns biological variation through the alignment of multiple single-cell genomics datasets 2021-01-04, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02238-2 PMID:33397454	研究论文	本文介绍了一种名为scMC的方法，用于在整合和比较不同实验的单细胞基因组数据集时，区分并保留生物学变异，同时去除技术变异	scMC方法通过方差分析学习生物学变异，以无监督方式推断并去除技术变异，从而能够准确对齐并检测共享和特定上下文的生物信号	NA	开发一种方法，能够在整合单细胞基因组数据时，有效区分并保留生物学变异，去除技术变异	单细胞RNA测序和ATAC测序实验的数据集	基因组学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）和ATAC测序	NA	基因组数据	NA
630	2024-08-07	Single-cell transcriptome profiling of the vaginal wall in women with severe anterior vaginal prolapse 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20358-y PMID:33397933	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术构建了前阴道壁的转录组图谱，并分析了前阴道脱垂（AVP）中的细胞类型和基因表达异常	首次构建了前阴道壁的单细胞转录组图谱，并揭示了AVP中的细胞异质性和分子机制	NA	揭示前阴道脱垂（AVP）的细胞异质性和分子机制	前阴道壁的单细胞转录组	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	81,026个单细胞样本
631	2024-08-07	Transcriptional and morphological profiling of parvalbumin interneuron subpopulations in the mouse hippocampus 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20328-4 PMID:33398060	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对形态学上已鉴定的小鼠海马体中的parvalbumin中间神经元（PV-INs）进行了转录组状态的分析	研究首次结合形态学信息和转录组数据，探讨了PV-INs在形态学、生理学和发展领域的转录组状态	研究主要集中在PV-INs的转录组分析，未涉及其他神经元类型的比较	探讨神经元身份是否可以从遗传信息中推断出来，并分析PV-INs的转录组和形态学特征	小鼠海马体中的parvalbumin中间神经元（PV-INs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
632	2024-08-07	The scRNA-seq Expression Profiling of the Receptor ACE2 and the Cellular Protease TMPRSS2 Reveals Human Organs Susceptible to SARS-CoV-2 Infection 2021-01-02, International journal of environmental research and public health DOI:10.3390/ijerph18010284 PMID:33401657	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据分析了31个器官中ACE2和TMPRSS2的表达水平，评估了SARS-CoV-2感染的风险	首次发现胆囊和输卵管易受SARS-CoV-2感染，并对易感器官进行了风险分级	NA	深入理解SARS-CoV-2的病理机制	31个器官中ACE2和TMPRSS2的表达水平	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	31个器官的细胞类型
633	2024-08-07	Statistical and Bioinformatics Analysis of Data from Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Experiments 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0849-4_9 PMID:32926366	review	本文综述了在处理、质量控制和分析批量及单细胞RNA测序数据时使用的各种生物信息学和统计方法	NA	NA	探讨高吞吐量测序技术在研究人类转录组，特别是与癌症相关的应用	批量和单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	RNA测序	NA	RNA	NA
634	2024-08-07	KLF4 (Kruppel-Like Factor 4)-Dependent Perivascular Plasticity Contributes to Adipose Tissue inflammation 2021-01, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.120.314703 PMID:33054397	研究论文	研究探讨了KLF4依赖的周围血管可塑性对脂肪组织炎症的贡献	首次揭示了KLF4在周围血管细胞中的作用，及其对饮食诱导肥胖相关脂肪组织炎症和代谢功能障碍的影响	研究使用了特定的转基因小鼠模型，结果的普遍性和适用性可能受限	验证周围血管细胞在KLF4依赖性条件下转化为类似巨噬细胞的细胞，从而加剧脂肪组织炎症和代谢功能障碍的假设	周围血管细胞、脂肪组织炎症、代谢功能障碍	NA	肥胖	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	使用了Myh11-CreERT2 eYFP小鼠和Myh11-DreERT2tdTomato小鼠进行实验
635	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneous tumor and immune cell populations in early-stage lung adenocarcinomas harboring EGFR mutations 2021-01, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-020-01528-0 PMID:33144684	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了携带EGFR突变的早期肺腺癌中的肿瘤和免疫细胞异质性	首次在单细胞分辨率下探讨了携带EGFR突变的早期肺腺癌的肿瘤内和肿瘤间异质性	NA	揭示早期肺腺癌中肿瘤细胞、基质细胞和免疫浸润细胞之间的复杂相互作用	携带EGFR突变的早期肺腺癌样本及其邻近肺组织	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	125,674个细胞，来自7个早期肺腺癌样本和5个肿瘤邻近肺组织
636	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis of small and large wounds reveals the distinct spatial organization of regenerative fibroblasts 2021-01, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.14244 PMID:33237598	研究论文	本文通过比较小疤痕伤口和大再生伤口的单细胞转录组数据，揭示了再生纤维母细胞在伤口诱导的毛囊新生中的不同空间组织。	发现了在再生伤口条件下过度表达Crabp1蛋白的新型上部伤口纤维母细胞，并提供了计算测试来映射这些细胞在大伤口中的空间位置。	NA	研究大伤口中更具再生能力的真皮细胞和分子成分，以及纤维母细胞系在伤口诱导的毛囊新生中的作用。	小疤痕伤口和大再生伤口的单细胞转录组数据。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个样本
637	2024-08-07	Transcript assembly improves expression quantification of transposable elements in single-cell RNA-seq data 2021-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.265173.120 PMID:33355230	研究论文	本文建立了一个适用于多种技术平台生成的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的转座元件（TE）表达定量流程	首次开发了针对TE的scRNA-seq定量工具，提高了TE表达量测定的准确性	NA	解决目前缺乏针对TE的scRNA-seq定量工具的问题，以解析单细胞分辨率的TE表达动态	转座元件（TE）及其在单细胞RNA测序数据中的表达	RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括小鼠胚胎干细胞和早期胚胎发育阶段的scRNA-seq数据
638	2024-08-07	Persistence of mature dendritic cells, TH2A, and Tc2 cells characterize clinically resolved atopic dermatitis under IL-4Rα blockade 2021-01-22, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abe2749 PMID:33483337	研究论文	研究探讨了使用IL-4Rα阻断剂dupilumab治疗后，特应性皮炎（AD）患者皮肤中持久存在的特定免疫细胞群	首次发现即使在临床缓解后，特应性皮炎患者皮肤中仍存在成熟的树突状细胞、TH2A细胞和Tc2细胞，这些细胞可能与疾病的复发有关	研究仅限于短期和长期使用dupilumab治疗的患者，未涵盖其他治疗方案	探讨特应性皮炎治疗后皮肤中免疫记忆的持久性及其对疾病复发的影响	特应性皮炎患者和健康对照者的皮肤免疫细胞	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序和多重蛋白质组学	NA	RNA和蛋白质	具体样本数量未在摘要中提及
639	2024-08-07	Non-parametric modelling of temporal and spatial counts data from RNA-seq experiments 2021-11-05, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab486 PMID:34213536	research paper	本文介绍了GPcounts包，它使用负二项似然函数的GP回归方法来建模计数数据，通过变分贝叶斯推断提高计算效率。	GPcounts包通过使用负二项似然函数和变分贝叶斯推断，能够处理大规模的单细胞和空间转录组数据，并能更好地识别过度分散的计数数据中的变化。	NA	开发一种能够有效处理大规模单细胞和空间转录组数据的非参数模型。	单细胞和空间转录组数据中的计数数据。	machine learning	NA	RNA-seq	Gaussian process (GP) regression	counts data	NA
640	2024-08-07	Congenital heart disease risk loci identified by genome-wide association study in European patients 2021-01-19, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI141837 PMID:33201861	研究论文	本文通过全基因组关联研究（GWAS）在欧洲患者中识别与先天性心脏病（CHD）相关的遗传风险位点，并进行功能分析。	首次在欧洲患者群体中通过GWAS识别出与CHD相关的多个遗传风险位点，并通过体外和单细胞RNA测序分析揭示这些基因在心脏发育中的功能作用。	研究样本主要集中在欧洲患者，可能限制了结果的普遍性。	识别与先天性心脏病相关的遗传风险因素，并进行功能分析。	先天性心脏病患者和健康对照组的遗传变异。	遗传学	先天性心脏病	全基因组关联研究（GWAS）	NA	基因数据	4034名白人CHD患者和8486名健康对照