单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-05-28 |
Obtaining purified human intestinal epithelia for single-cell analysis and organoid culture
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100597
PMID:34169291
|
研究论文 | 描述从人类胎儿和儿童肠道组织制备高活性上皮单细胞悬液并用于单细胞RNA测序和类器官培养的协议 | 提供了从人类胎儿和儿童肠道组织中高效分离纯化上皮细胞以进行单细胞分析和类器官培养的详细方案 | 未明确说明 | 开发从人类肠道组织获得纯化上皮单细胞用于单细胞分析和类器官培养的标准化协议 | 人类胎儿和儿童肠道组织及由该组织产生的肠道类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、类器官培养 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人类胎儿和儿童肠道组织样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 42 | 2026-05-28 |
Collection and preprocessing of fine needle aspirate patient samples for single cell profiling and data analysis
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100581
PMID:34151301
|
研究论文 | 本文描述了对皮肤细针穿刺样本进行采集、预处理以用于单细胞RNA测序和数据分析的协议 | 提出了一种从细针穿刺样本中获取高质量单细胞测序数据的系统方法，包括活细胞生物库建立和预处理流程 | 未提及具体的局限性 | 建立细针穿刺样本的单细胞分析方法，实现临床样本中细胞异质性的高通量检测 | 皮肤细针穿刺样本中的单细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 43 | 2026-05-28 |
Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models
2021-06-10, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.04.028
PMID:34019796
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研究论文 | 通过构建多内胚层器官图谱和类器官模型，描绘人类发育过程中的细胞动态和分子机制 | 首次整合多器官单细胞转录组图谱与类器官模型，系统揭示呼吸和胃肠道内胚层器官发育的细胞状态、转录因子及间质-上皮互作，并利用图谱作为高维搜索空间评估类器官培养条件 | 未提及具体限制，可能包括样本数量有限、类器官模型无法完全模拟体内复杂环境等 | 利用单细胞图谱和类器官技术解析人类内胚层器官发育的细胞多样性和分子调控 | 内胚层器官的细胞状态、转录因子及器官特异性上皮干细胞和间充质相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个发育中的人体呼吸和胃肠道内胚层器官样本 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 44 | 2026-05-28 |
Naive stem cell blastocyst model captures human embryo lineage segregation
2021-06-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.04.031
PMID:33957081
|
研究论文 | 通过自我组织生成人类胚胎模型（囊胚样结构），模拟自然囊胚的谱系分离 | 首次通过短暂诱导滋养外胚层在3天内形成具有三种组织层的囊胚样结构，且单细胞转录组分析证实其高保真度模拟人类胚胎 | 未在摘要中提及模型在长期发育或植入后阶段的适用性及潜在局限性 | 建立可扩展的体外人类胚胎模型以研究早期谱系分离 | 人类原始多能细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未在摘要中明确样本数量，但涉及多批次囊胚样结构 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 45 | 2026-05-28 |
Dissecting the microenvironment around biosynthetic scaffolds in murine skin wound healing
2021-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abf0787
PMID:34039601
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析生物合成支架周围微环境在小鼠皮肤伤口愈合中的作用 | 首次利用单细胞RNA测序全面解析不同表面形貌的静电纺丝支架周围的免疫细胞异质性，并发现定向支架促进适应性免疫主导阶段、揭示T细胞调节毛囊再生的新机制 | 仅在小鼠和大鼠模型中验证，缺乏临床人体数据验证 | 研究生物材料表面形貌对伤口愈合和免疫调节特性的影响 | 小鼠和大鼠的背部皮肤全层伤口 | 数字病理学 | 皮肤创伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和大鼠模型样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序系统 |
| 46 | 2026-05-27 |
Integrated single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity of esophageal squamous cell carcinoma microenvironment
2021-12-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-27599-5
PMID:34921160
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研究论文 | 对食管鳞状细胞癌微环境进行单细胞转录组测序分析，揭示其细胞异质性和免疫抑制特征 | 首次鉴定出具有预后价值的肿瘤特异性CST1肌成纤维细胞亚群，并在其他癌症类型中验证其高肿瘤特异性；发现并验证了抗原呈递成纤维细胞亚群 | 样本量相对有限（11例患者），可能需要更大规模研究验证发现的普遍性 | 揭示食管鳞状细胞癌微环境的细胞异质性和免疫特性 | 食管鳞状细胞癌患者的血液、癌旁正常组织和肿瘤组织样本 | 机器学习 | 食管癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 11例食管鳞状细胞癌患者的62,161个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 47 | 2026-05-27 |
Retinal Organoids Long-Term Functional Characterization Using Two-Photon Fluorescence Lifetime and Hyperspectral Microscopy
2021, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2021.796903
PMID:34955757
|
研究论文 | 采用双光子荧光寿命和超光谱显微技术对视网膜类器官进行长期功能表征 | 首次引入基于双光子显微镜的活体成像技术，结合荧光寿命成像（FLIM）和超光谱成像，无损监测和表征视网膜类器官的长期发育过程，发现代谢从糖酵解向氧化磷酸化的转变及光感受器基因表达的时序规律 | 研究未明确提及局限性，但可能包括样本量有限、技术依赖复杂设备、结果外推至临床需进一步验证 | 改进视网膜类器官的质量控制，通过活体成像技术无损监测其长期发育过程 | 人诱导多能干细胞来源的视网膜类器官 | 计算机视觉 | NA | 双光子荧光寿命成像, 超光谱成像, 定量PCR, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 定量PCR | NA | NA |
| 48 | 2026-05-25 |
Processing single-cell RNA-seq data for dimension reduction-based analyses using open-source tools
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100450
PMID:33982010
|
研究论文 | 演示使用开源软件构建模块化单细胞RNA测序数据分析流程 | 提供模块化、灵活的开源数据分析流程，克服商业平台的固定性限制 | 未提及通用解决方案区分信息性或非信息性包裹细胞材料，流程灵活性优先但无特定创新方法 | 构建并展示单细胞RNA测序数据的完整分析流程 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 49 | 2026-05-25 |
Cell population analysis of the adult murine subependymal neurogenic lineage by flow cytometry
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100425
PMID:33899012
|
protocol | 本文提供了一个基于流式细胞术的协议，用于成体小鼠室管膜下神经源性谱系的细胞群体分析 | 无需报告小鼠即可将成体啮齿类动物室膜下区神经源性谱系的所有细胞分类和分离为不同细胞群体，包括三个具有与单细胞转录组学一致的分子特征的神经干细胞组分 | NA | 提供一种基于流式细胞术的分类和分离方法，用于研究成体神经干细胞群体的循环异质性和静止-激活转换 | 成体小鼠室膜下区神经源性谱系细胞，包括三个神经干细胞组分 | machine learning | NA | 流式细胞术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2026-05-25 |
Spatial transcriptomics of the nematode Caenorhabditis elegans using RNA tomography
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100411
PMID:33870220
|
protocol | 本文介绍了一种结合mRNA测序与冷冻切片技术的RNA断层扫描方法，用于在秀丽隐杆线虫中生成近乎细胞分辨率的前后轴基因表达图谱 | 将该技术适配到线虫模型，并提供了两种实验方案：一种最大化灵敏度，另一种适用于部分自动化以节省时间 | 未明确说明局限性信息 | 提供详细的RNA tomography实验协议，用于线虫空间转录组分析 | 秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans） | NA | NA | RNA tomography (tomo-seq), mRNA sequencing, cryo-sectioning | NA | gene expression data | NA | NA | spatial transcriptomics | NA | NA |
| 51 | 2026-05-25 |
Single-cell RNA sequencing of human liver reveals hepatic stellate cell heterogeneity
2021-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2021.100278
PMID:34027339
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人类肝脏中肝星状细胞的异质性 | 首次在人类肝脏中描绘出肝星状细胞存在两种具有独特基因表达特征和不同小叶内定位的亚群 | 未提及具体局限性 | 利用单细胞RNA测序揭示人类肝细胞尤其是肝细胞和肝星状细胞的异质性 | 新鲜分离的人类肝脏细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约25,000个新鲜分离的人类肝脏细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用基于液滴的RNA测序技术 |
| 52 | 2026-05-25 |
TCF7 is not essential for glucose homeostasis in mice
2021-06, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2021.101213
PMID:33741532
|
研究论文 | 在小鼠中研究转录因子7在肝细胞和胰岛β细胞中对葡萄糖稳态的代谢重要性 | 通过条件性基因敲除和单细胞RNA-seq分析，首次明确TCF7主要在胰岛免疫细胞中表达，而非β细胞，且对葡萄糖稳态并非必需 | 主要基于小鼠模型，结论可能不完全适用于人类；未涉及TCF7在胰腺发育或其他代谢条件下的潜在作用 | 探讨TCF7在肝细胞和胰岛β细胞中对葡萄糖稳态的相对代谢重要性 | 成年小鼠 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq, 腺病毒Cre重组, 基因敲除 | NA | 基因表达数据, 组织学数据 | 包括野生型小鼠、Tcf7β细胞特异性敲除小鼠、全身Tcf7敲除小鼠和免疫缺陷Rag2-/-Il2rg-/-小鼠的数量未明确指定 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2026-05-25 |
Induced lineage promiscuity undermines the efficiency of all-trans-retinoid-acid-induced differentiation of acute myeloid leukemia
2021-May-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102410
PMID:33997692
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析，比较急性髓系白血病两种细胞类型在ATRA处理下的分化轨迹，揭示谱系混杂机制 | 首次利用单细胞转录组揭示非APL型AML对ATRA分化的耐药机制——分化不完整且伴随淋巴和髓系基因程序共诱导的谱系混杂 | 仅比对NB4和HL60两种细胞系，未涵盖更多AML亚型，缺乏体内模型验证 | 阐明非APL型AML对全反式维甲酸分化诱导耐受的细胞类型特异性机制 | NB4细胞（APL/AML-M3）和HL60细胞（AML-M2） | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 两种人白血病细胞系（NB4和HL60） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 54 | 2026-05-25 |
Development of an optimal protocol for molecular profiling of tumor cells in pleural effusions at single-cell level
2021-May, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.14821
PMID:33484069
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研究论文 | 开发一种用于胸水内肿瘤细胞单细胞水平分子谱分析的最优方案 | 通过阴性选择与微流体介电泳阵列富集浮游肿瘤细胞，并结合全基因组扩增与精确单细胞突变检测器消除扩增错误，实现了高精度体细胞突变检测 | 未明确提到局限性，但可能涉及样本量小或WGA相关错误的完全消除仍有挑战 | 开发优化方案实现胸水内浮游肿瘤细胞的单细胞测序，作为临床实验室检测方法 | 从胸水样本中分离的浮游肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序、全基因组扩增、下一代测序 | NA | 单细胞基因组数据 | 两个病例（Case 1和Case 2），涉及19个和20个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用磁性活化细胞分选系统进行负选，微流体介电泳阵列进行正选 |
| 55 | 2026-05-25 |
Single-cell RNA-seq reveals dynamic change in tumor microenvironment during pancreatic ductal adenocarcinoma malignant progression
2021-Apr, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2021.103315
PMID:33819739
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示胰腺导管腺癌恶性进展过程中肿瘤微环境的动态变化 | 发现了一种新的癌症相关成纤维细胞亚型——补体分泌型CAFs，并鉴定出多种新的肿瘤浸润免疫细胞标志基因 | 样本量有限，且仅基于11个样本进行分析，可能无法完全代表肿瘤微环境的全部异质性 | 探究胰腺导管腺癌恶性进展过程中肿瘤微环境组分的动态变化 | 胰腺导管腺癌患者的肿瘤组织样本 | 机器学习和数字病理学 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析 | 单细胞转录组数据 | 11个样本（4例PDAC I期、4例PDAC II期、3例PDAC III期） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 56 | 2026-05-25 |
Single-cell transcriptomics reveal the intratumoral landscape of infiltrated T-cell subpopulations in oral squamous cell carcinoma
2021-04, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.12910
PMID:33513276
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示口腔鳞状细胞癌中浸润T细胞亚群的肿瘤内景观 | 首次系统描绘口腔鳞状细胞癌中14个T细胞亚群及其发育轨迹，发现TOX是T细胞功能障碍的关键调节因子，并揭示PRDM1通过结合TOX启动子基序调控其表达 | 样本量较小（仅3例患者），需更多样本验证；体外实验模型可能无法完全模拟体内微环境 | 解析口腔鳞状细胞癌肿瘤浸润T细胞的亚群组成、功能状态及分子调控机制 | 口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤组织和配对癌旁正常组织中的T细胞 | 单细胞转录组学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例口腔鳞状细胞癌患者的11866个单T细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 57 | 2026-05-25 |
Characteristics of B lymphocyte infiltration in HPV+ head and neck squamous cell carcinoma
2021-Apr, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.14834
PMID:33529452
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研究论文 | 探讨HPV阳性头颈部鳞状细胞癌中B淋巴细胞浸润的特征及其与预后的关系 | 首次通过单细胞测序分析HPV阳性HNSCC中B淋巴细胞亚群的趋化因子，并揭示CD4 T淋巴细胞通过CXCL13/CXCR5轴影响B淋巴细胞及其亚群 | 样本人群主要来自公共数据库，且免疫组化和免疫荧光样本量较小 | 检测HPV相关HNSCC中B淋巴细胞亚群的浸润情况及其与预后的相关性 | HPV阳性与阴性头颈部鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 转录组分析、免疫组化、免疫荧光、单细胞测序 | NA | 基因表达数据、组织切片图像 | 124例HPV阳性及513例HPV阴性HNSCC样本（来自GEO和TCGA数据库）；7例HPV阳性和13例HPV阴性HNSCC组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 58 | 2026-05-25 |
Chromosome 8 gain is associated with high-grade transformation in MPNST
2021-03-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.146351
PMID:33591953
|
研究论文 | 通过患者来源的异种移植物模型研究恶性外周神经鞘瘤中8号染色体获得与高级别转化的关联 | 首次在MPNST中鉴定出8号染色体获得是复发性基因组事件，并通过PDX、FISH和单细胞测序进行验证，发现其与软组织肉瘤的较差总生存率相关 | 未明确说明研究的局限性 | 理解MPNST的基因组异质性并建立包含该异质性的临床前模型 | NF1相关恶性外周神经鞘瘤及其患者来源的异种移植物 | 基因组学 | 神经纤维瘤病1型相关恶性外周神经鞘瘤 | 拷贝数分析、全外显子组测序、RNA测序、FISH、单细胞测序 | NA | 基因组数据、RNA测序数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 59 | 2026-05-25 |
Tristetraprolin expression by keratinocytes protects against skin carcinogenesis
2021-03-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.140669
PMID:33497366
|
研究论文 | 本研究揭示了角质形成细胞中三脯氨酸锌指蛋白（TTP）的表达对皮肤癌发生的保护作用 | 首次通过调控过表达和条件性敲除模型，证明TTP在皮肤化学致癌过程中是关键调控因子，并识别出Areg为TTP在角质形成细胞中的直接靶点 | 未提及具体局限性 | 探究TTP在皮肤肿瘤发生中的调控作用及机制 | 小鼠皮肤角质形成细胞及人类恶性角质形成细胞 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 60 | 2026-05-25 |
Identification of Novel Population-Specific Cell Subsets in Chinese Ulcerative Colitis Patients Using Single-Cell RNA Sequencing
2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.01.020
PMID:33545427
|
研究论文 | 使用单细胞RNA测序鉴定中国溃疡性结肠炎患者中新型人群特异性细胞亚群 | 首次在中文人群中通过单细胞RNA测序鉴定出两种新型浆细胞亚群，并揭示UC风险基因在免疫细胞中的表达改变具有人群中特异性 | 样本量较小，仅包括12个结肠活检样本，且主要关注成人患者，未涉及儿童或其他年龄段 | 明确中国成年溃疡性结肠炎患者结肠黏膜细胞中的关键基因、通路和细胞类型 | 中国汉族溃疡性结肠炎患者的结肠活检样本 | 生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组测序数据 | 12个结肠活检样本（来自溃疡性结肠炎患者和健康对照） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |