单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-04-11	Rapid microfluidic isolation of virally infected primary bronchial epithelial cells for single-cell RNA sequencing 2021-07-16, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.2144/btn-2021-0020 PMID:34269076	研究论文	本文介绍了一种使用微流控设备快速分离病毒感染的原代支气管上皮细胞的方法，用于单细胞RNA测序	优化了使用商业微流控设备分离病毒感染的原代支气管上皮细胞的方法，可在大多数实验室中快速进行	NA	开发一种快速分离病毒感染的原代支气管上皮细胞的方法，以促进单细胞RNA测序	病毒感染的原代支气管上皮细胞	单细胞测序	病毒感染	scRNA-seq, 微流控技术	NA	RNA序列数据	细胞系和原代细胞
42	2025-04-06	Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell transcriptomes with Tangram 2021-11, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-021-01264-7 PMID:34711971	研究论文	提出Tangram方法，用于将单细胞/单核RNA测序数据与空间数据对齐，以重建器官的生物图谱	Tangram方法能够将sc/snRNA-seq数据与多种空间数据形式对齐，包括MERFISH、STARmap、smFISH、Spatial Transcriptomics (Visium)和组织学图像，支持多模态数据如SHARE-seq	未提及具体样本量的限制或方法在特定数据集上的性能限制	克服现有技术在空间分辨率和基因通量上的限制，重建器官的生物图谱	健康小鼠脑组织	数字病理	NA	sc/snRNA-seq, MERFISH, STARmap, smFISH, Spatial Transcriptomics (Visium), SHARE-seq	深度学习	单细胞转录组数据、空间数据、组织学图像	未明确提及样本量
43	2025-04-06	Human oral mucosa cell atlas reveals a stromal-neutrophil axis regulating tissue immunity 2021-07-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.05.013 PMID:34129837	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱揭示了口腔黏膜在健康和牙周炎状态下的细胞景观，并发现了一种基质-中性粒细胞轴在调节组织免疫中的作用	首次构建了人类口腔黏膜的单细胞转录组图谱，揭示了基质细胞与中性粒细胞在牙周炎中的关键作用	研究样本可能不足以代表所有人群的口腔黏膜状态	理解口腔黏膜在健康和牙周炎状态下的组织特异性病理生理学	健康个体和牙周炎患者的口腔黏膜组织	digital pathology	periodontitis	single-cell transcriptome sequencing	NA	transcriptome data	健康个体和牙周炎患者的口腔黏膜组织样本
44	2025-04-06	A comprehensive survey of regulatory network inference methods using single cell RNA sequencing data 2021-05-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa190 PMID:34020546	综述	本文综述了15种利用单细胞RNA测序数据进行调控网络推断的计算方法	全面评估了单细胞分辨率下基因调控网络推断方法的性能、对数据丢失的敏感性和时间复杂性	未涉及所有现有的单细胞数据分析方法，且主要基于模拟数据评估	帮助生命科学家选择合适的分析方法，并为计算科学家开发新方法提供参考	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
45	2025-04-06	Cell-type specific analysis of physiological action of estrogen in mouse oviducts 2021-05, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202002747R PMID:33818810	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了雌激素在小鼠输卵管中各细胞类型中的生理作用	首次在单细胞水平上揭示了雌激素对输卵管不同细胞类型的差异性调控，并鉴定了可作为细胞和区域特异性标记的基因	研究主要基于小鼠模型，人类输卵管中的结果需要进一步验证	阐明雌激素如何调控输卵管微环境	小鼠输卵管中的上皮细胞、基质细胞和肌肉细胞	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、原位杂交、细胞类型特异性基因敲除	小鼠模型	基因表达数据	使用卵巢切除-激素替代小鼠模型
46	2025-04-06	The Nuclear Receptor ESRRA Protects from Kidney Disease by Coupling Metabolism and Differentiation 2021-02-02, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2020.11.011 PMID:33301705	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究肾脏疾病中细胞多样性和代谢与分化耦合的机制	揭示了肾脏疾病中近端小管细胞代谢与分化的耦合机制，并发现核受体ESRRA和PPARA在此过程中的保护作用	研究主要基于小鼠模型，人类患者样本验证有限	探究肾脏疾病的发病机制及潜在治疗靶点	小鼠肾脏组织和人类患者样本中的近端小管细胞	单细胞测序	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	小鼠模型和人类患者样本
47	2025-04-02	Neurodevelopmental disorders: 2021 update 2021-Jan, Free neuropathology DOI:10.17879/freeneuropathology-2021-3268 PMID:37284629	review	本文回顾了2021年神经发育障碍（NDDs）领域的最新进展，包括病因学、风险因素和遗传结构的研究	介绍了人类基因组学在揭示NDDs遗传结构方面的最新进展，包括独特的基因组DNA甲基化模式和多基因条件的研究，以及体细胞突变对神经发育疾病的贡献	从遗传发现到潜在神经病理机制的转化仍具挑战性，分子和遗传检测分辨率的提高带来了新的复杂性	探讨神经发育障碍的病因学、风险因素及其遗传结构	神经发育障碍（NDDs），包括自闭症谱系障碍（ASD）、发育迟缓、智力障碍（ID）和注意力缺陷/多动障碍（ADHD）	神经科学	神经发育障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	NA
48	2025-03-30	Single-cell profiling reveals the trajectories of natural killer cell differentiation in bone marrow and a stress signature induced by acute myeloid leukemia 2021-05, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-020-00574-8 PMID:33239726	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓中自然杀伤细胞的分化轨迹以及急性髓系白血病对其功能的影响	首次在人类骨髓中鉴定出三个NK细胞亚群，并发现AML对NK细胞功能有显著影响	研究样本可能有限，且仅关注了AML对NK细胞的影响	探究骨髓中NK细胞的分化轨迹及AML对其功能的影响	人类骨髓和脾脏中的NK细胞，以及AML患者的骨髓NK细胞	单细胞转录组学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	单细胞转录组数据	人类骨髓和脾脏中的NK细胞样本，以及AML患者的骨髓NK细胞样本
49	2025-03-27	Multiomics: unraveling the panoramic landscapes of SARS-CoV-2 infection 2021-10, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-021-00754-0 PMID:34471261	综述	本文系统回顾了通过多组学技术在SARS-CoV-2感染的病毒学、免疫学和致病机制方面取得的主要进展	利用多组学技术快速全景掌握病原体和疾病	依赖于已建立的队列研究	快速识别和理解新兴传染病的病原体、风险因素、宿主免疫反应和致病机制	SARS-CoV-2病毒及其引起的COVID-19疾病	多组学	COVID-19	基因组学、蛋白质组学、代谢组学、单细胞转录组学	NA	多组学数据	基于已建立的队列研究
50	2024-08-08	Using advanced spatial and single-cell transcriptomics to characterize the human endometrium 2021-12, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00982-0 PMID:34857955	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
51	2025-03-19	Natural genetic variation determines microglia heterogeneity in wild-derived mouse models of Alzheimer's disease 2021-02-09, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108739 PMID:33567283	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了不同遗传背景小鼠模型中小胶质细胞在阿尔茨海默病中的异质性	揭示了遗传多样性显著影响小胶质细胞在基础神经免疫功能和淀粉样变性反应中的特征和动态变化	研究结果主要基于小鼠模型，其可转化性到人类研究尚需进一步验证	探讨遗传变异如何影响阿尔茨海默病中小胶质细胞的异质性	C57BL/6J小鼠和野生衍生小鼠品系（WSB/EiJ、CAST/EiJ和PWK/PhJ）的小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	C57BL/6J小鼠和三种野生衍生小鼠品系的小胶质细胞样本
52	2025-03-16	Genome-wide analysis of common and rare variants via multiple knockoffs at biobank scale, with an application to Alzheimer disease genetics 2021-12-02, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2021.10.009 PMID:34767756	研究论文	本文提出了一种可扩展的KnockoffScreen-AL方法，用于分析生物库规模的全基因组测序和全基因组插补数据集中的常见和罕见变异，并应用于阿尔茨海默病遗传学分析	提出了一种适用于生物库规模研究的KnockoffScreen-AL方法，能够分析数百万个罕见遗传变异，并在阿尔茨海默病分析中发现了14个传统关联测试未能检测到的显著位点	生成knockoffs的计算成本较高，现有方法无法处理生物库规模的全基因组测序数据	开发一种可扩展的方法，用于分析生物库规模的全基因组测序和全基因组插补数据集中的常见和罕见变异，并应用于阿尔茨海默病遗传学分析	388,051个来自英国生物库的全基因组插补样本，以及94,437个临床诊断的阿尔茨海默病样本	基因组学	阿尔茨海默病	全基因组测序、全基因组插补、单细胞RNA测序、蛋白质组学	KnockoffScreen-AL	基因组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据	388,051个全基因组插补样本，94,437个临床诊断样本，143,793个单核转录组样本，735个蛋白质组样本
53	2025-03-16	An N-Cadherin 2 expressing epithelial cell subpopulation predicts response to surgery, chemotherapy and immunotherapy in bladder cancer 2021-08-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25103-7 PMID:34385456	研究论文	本研究通过单核RNA测序、空间转录组学和单细胞分辨率空间蛋白质组学分析，识别出膀胱癌中具有治疗反应预测能力的上皮细胞亚群	发现表达N-Cadherin 2（CDH12）的上皮细胞亚群，能够预测膀胱癌患者对手术、化疗和免疫治疗的反应	研究主要基于单细胞和空间组学技术，样本量和临床验证可能有限	探索膀胱癌患者对手术、化疗和免疫治疗反应的预测标志物	膀胱癌患者的上皮细胞亚群	数字病理学	膀胱癌	单核RNA测序、空间转录组学、单细胞分辨率空间蛋白质组学	NA	RNA测序数据、蛋白质组学数据	人类膀胱癌样本
54	2025-02-26	Single-cell RNA transcriptome landscape of hepatocytes and non-parenchymal cells in healthy and NAFLD mouse liver 2021-Nov-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103233 PMID:34755088	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了健康和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）小鼠肝脏中的肝细胞和非实质细胞的转录组景观	揭示了肝星状细胞在基因表达调控和向肌成纤维细胞转分化中的双重作用，并发现了库普弗细胞与单核细胞来源的巨噬细胞在NAFLD进展中的不同表达谱	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探索NAFLD的细胞和分子机制	健康和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）小鼠的肝细胞和非实质细胞	单细胞测序	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	82,168个单细胞转录组
55	2025-02-26	Processing single-cell RNA-seq data for dimension reduction-based analyses using open-source tools 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100450 PMID:33982010	研究论文	本文展示了一个基于开源软件构建的单细胞RNA测序数据分析流程	使用模块化构建的开源软件进行数据分析，提供了更高的灵活性和定制化分析能力	未提及具体的数据集或实验结果，可能缺乏实际应用验证	开发一个灵活且可定制的单细胞RNA测序数据分析流程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
56	2025-02-19	Cobolt: integrative analysis of multimodal single-cell sequencing data 2021-12-28, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02556-z PMID:34963480	研究论文	本文介绍了一种名为Cobolt的新方法，用于整合多模态单细胞测序数据的分析	Cobolt不仅能够分析联合模态平台的数据，还提供了一个整合不同模态测量的多个数据集的统一框架	NA	开发一种方法来整合和分析多模态单细胞测序数据	单细胞测序数据，特别是基因表达和染色质可及性的多模态数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	NA	单细胞测序数据	NA
57	2025-02-16	Isolation of Endothelial Cells from the Lumen of Mouse Carotid Arteries for Single-cell Multi-omics Experiments 2021-10-04, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/63128 PMID:34661575	研究论文	本文介绍了一种从小鼠颈动脉内腔分离内皮细胞的方法，用于单细胞多组学实验，以研究血流对动脉内皮的影响	开发了一种新的内腔消化方法，用于从动脉壁中富集内皮细胞，从而在单细胞水平上研究血流对转录组和染色质可及性的影响	该方法主要应用于小鼠模型，尚未在人类动脉样本中广泛应用	研究血流对动脉内皮细胞的转录组和染色质可及性的影响	小鼠颈动脉内皮细胞	单细胞组学	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNAseq）、单细胞转座酶可及染色质测序（scATACseq）	小鼠部分颈动脉结扎模型（PCL）	单细胞RNA和染色质可及性数据	小鼠颈动脉样本，具体数量未明确说明
58	2025-02-03	Pulmonary Aerosol Delivery of Let-7b microRNA Confers a Striking Inhibitory Effect on Lung Carcinogenesis through Targeting the Tumor Immune Microenvironment 2021-09, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202100629 PMID:34236760	研究论文	本研究探讨了通过气溶胶递送let-7b microRNA在肺癌预防中的效果，发现其能显著抑制肺癌发生，并通过调节肿瘤免疫微环境促进抗肿瘤免疫	首次展示了气溶胶递送let-7b microRNA在肺癌预防中的应用，并揭示了其通过下调PD-L1和PD-1表达来增强抗肿瘤免疫的机制	研究中未提及长期使用气溶胶递送let-7b microRNA的安全性和潜在副作用	探索let-7b microRNA通过气溶胶递送在肺癌预防中的效果及其作用机制	肺癌模型中的肿瘤微环境及肿瘤浸润T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
59	2025-02-03	Inhibition of lung tumorigenesis by a small molecule CA170 targeting the immune checkpoint protein VISTA 2021-07-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-021-02381-x PMID:34302042	研究论文	本文研究了小分子CA170通过靶向免疫检查点蛋白VISTA抑制肺癌发生的作用	首次展示了CA170作为VISTA拮抗剂在抑制肺癌发生中的强效抗癌作用，并揭示了其与KRAS疫苗联合使用的协同效应	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索VISTA拮抗剂CA170在肺癌免疫治疗中的潜力	小鼠肺癌模型	癌症免疫治疗	肺癌	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	小鼠肺癌模型
60	2025-02-01	Costimulation of γδTCR and TLR7/8 promotes Vδ2 T-cell antitumor activity by modulating mTOR pathway and APC function 2021-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-003339 PMID:34937742	研究论文	本文探讨了通过共刺激γδTCR和TLR7/8来增强Vδ2 T细胞的抗肿瘤活性，并研究了其机制	提出了一种新的共刺激方法，通过激活γδTCR和TLR7/8来扩增Vδ2 T细胞，并展示了其在体外和体内模型中的抗肿瘤效果	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	研究旨在提高Vδ2 T细胞的抗肿瘤活性，以增强基于γδ T细胞的免疫疗法的疗效	Vδ2 T细胞	免疫学	癌症	单细胞测序、反相蛋白阵列	NA	NA	PBMCs和人源化NSG小鼠的脾脏