本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-06 |
New insights for precision treatment of glioblastoma from analysis of single-cell lncRNA expression
2021-Jul, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-021-03584-9
PMID:33693962
|
研究论文 | 本研究通过分析单细胞lncRNA表达谱对胶质母细胞瘤进行重新分型,并提出新的精准治疗策略 | 首次将lncRNA作为分型标志物结合单细胞表达谱对胶质母细胞瘤进行重新分型,揭示了传统组织分型的局限性 | 研究基于公共数据库数据,缺乏实验验证;样本量有限 | 基于单细胞lncRNA表达谱改进胶质母细胞瘤分子分型并开发精准治疗策略 | 胶质母细胞瘤患者单细胞测序数据和TCGA数据库组织数据 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | t-SNE,Seurat无监督聚类 | 单细胞测序数据,基因表达数据 | GSE84465数据库单细胞数据,TCGA数据库组织数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 42 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies macrophage transcriptional heterogeneities in granulomatous diseases
2021-06, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.03794-2020
PMID:33602861
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2025-10-06 |
Systematic determination of the mitochondrial proportion in human and mice tissues for single-cell RNA-sequencing data quality control
2021-05-17, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa751
PMID:32840568
|
研究论文 | 系统分析人类和小鼠组织中线粒体比例,为单细胞RNA测序数据质量控制提供新参考值 | 首次系统评估跨物种、组织和细胞类型的线粒体比例阈值,提出针对不同组织的特异性参考值 | 分析基于公开数据库数据,未进行实验验证 | 改进单细胞RNA测序数据质量控制中线粒体比例阈值的准确性 | 人类和小鼠组织中的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5,530,106个细胞,来自1349个注释数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 44 | 2025-10-06 |
Airspace Macrophages and Monocytes Exist in Transcriptionally Distinct Subsets in Healthy Adults
2021-04-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202005-1989OC
PMID:33079572
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示健康成人肺泡和气道中存在转录水平不同的巨噬细胞和单核细胞亚群 | 首次在健康人呼吸道中发现两个新的巨噬细胞亚群:促炎症基因表达谱和金属硫蛋白基因表达谱亚群 | 样本量较小(仅10名受试者),且仅针对健康成人 | 确定健康成人支气管肺泡灌洗液中人类细胞的转录异质性 | 健康成人的支气管肺泡灌洗液细胞 | 单细胞生物学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 10名健康成人 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 45 | 2025-10-06 |
Single-cell immunophenotyping of the fetal immune response to maternal SARS-CoV-2 infection in late gestation
2021-Mar-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-311000/v1
PMID:33758834
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术分析母体SARS-CoV-2感染对晚期妊娠胎儿免疫系统的影响 | 首次在单细胞水平系统描述母体SARS-CoV-2感染引起的胎儿免疫表型变化,发现胎儿TCR受体库扩张等新现象 | 样本量有限,仅针对晚期妊娠感染病例,无法评估早期感染的影响 | 表征母体SARS-CoV-2感染对胎儿免疫反应的影响 | 第三孕期感染SARS-CoV-2母亲的新生儿脐带血单核细胞 | 单细胞组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据 | 感染组与未感染对照组新生儿脐带血样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq | NA | NA |
| 46 | 2025-10-06 |
GLP-1 receptor signaling increases PCSK1 and β cell features in human α cells
2021-02-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.141851
PMID:33554958
|
研究论文 | 本研究揭示了GLP-1受体激动剂通过β细胞GLP-1R依赖机制增强人α细胞中PCSK1表达和β细胞特征的分子通路 | 首次发现GLP-1介导的调节人α细胞功能的新通路,并应用新型单细胞RNA测序技术DART-Seq进行验证 | 研究机制尚未完全阐明,动物实验仅在小鼠中进行 | 探索α细胞中PC1/3表达激活机制,为糖尿病治疗寻找新靶点 | 人胰岛α细胞和小鼠模型 | 分子生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 人胰岛样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | DART-Seq | 新型高灵敏度单细胞RNA测序技术 |
| 47 | 2025-10-06 |
Transcriptional profiling of pediatric cholestatic livers identifies three distinct macrophage populations
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0244743
PMID:33411796
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析首次在儿童胆汁淤积性肝脏中鉴定出三种不同的巨噬细胞亚群 | 首次对人类儿童胆汁淤积性肝脏进行单细胞RNA测序,发现与健康肝脏巨噬细胞不同的三个新亚群 | 样本量较小(BA和ALGS各6例),需要进一步分析不同病因胆汁淤积疾病中巨噬细胞亚群的异同 | 表征儿童胆汁淤积性肝病中巨噬细胞的转录谱特征 | 胆道闭锁(BA)、Alagille综合征(ALGS)和非胆汁淤积性儿童肝脏的肝免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 胆汁淤积性肝病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 荧光激活细胞分选 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | BA患者6例, ALGS患者6例, 非胆汁淤积儿童肝脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 48 | 2025-10-06 |
CRISPR/Cas9-based genetic screen of SCNT-reprogramming resistant genes identifies critical genes for male germ cell development in mice
2021-07-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-94851-9
PMID:34326397
|
研究论文 | 通过CRISPR/Cas9基因筛选技术研究体细胞核移植重编程抗性基因在小鼠雄性生殖细胞发育中的关键作用 | 首次利用CRISPR技术系统筛选SRRG基因并揭示Cox7b2、Gm773和Tuba3a/3b在精子发生过程中的关键功能 | 研究仅针对五个未表征的SRRG基因,可能遗漏其他重要基因;结果主要基于小鼠模型 | 鉴定影响小鼠雄性生殖细胞发育的关键基因 | C57BL/6N小鼠的雄性生殖细胞 | 发育生物学 | 生殖系统疾病 | CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、RT-qPCR | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、组织形态学数据 | 多个基因敲除小鼠品系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 49 | 2025-10-06 |
Smooth muscle cells in atherosclerosis: clones but not carbon copies
2021, JVS-vascular science
DOI:10.1016/j.jvssci.2021.02.002
PMID:34617064
|
综述 | 总结血管平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的克隆扩增和表型多样性研究进展 | 揭示动脉粥样硬化病变中平滑肌细胞通过有限数量克隆扩增形成表型多样性的新机制 | 单细胞转录组技术在确定平滑肌细胞功能方面可能存在可靠性问题,需要结合功能研究验证 | 阐明平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的投资机制和表型可塑性 | 血管平滑肌细胞 | 心血管疾病研究 | 动脉粥样硬化 | 命运图谱技术,单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 50 | 2025-10-06 |
Cell-by-cell dissection of phloem development links a maturation gradient to cell specialization
2021-Dec-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aba5531
PMID:34941412
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学解析植物韧皮部发育轨迹,揭示了成熟梯度与细胞特化的关联机制 | 首次在单细胞水平重建韧皮部发育全过程,发现PEAR转录因子通过激活GTPase信号介导谱系分叉,并揭示PLETHORA梯度抑制分化程序的机制 | 研究仅针对根尖分生组织的韧皮部发育,未涉及其他组织或环境条件下的发育过程 | 解析植物韧皮部细胞从祖细胞到终末分化的发育机制 | 拟南芥根尖分生组织的韧皮部细胞 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 根尖分生组织韧皮部细胞 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 51 | 2025-10-06 |
Identification and Characterization of Antigen-Specific CD8+ T Cells Using Surface-Trapped TNF-α and Single-Cell Sequencing
2021-12-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2100535
PMID:34810222
|
研究论文 | 开发了一种基于表面捕获TNF-α和单细胞测序技术快速鉴定抗原特异性CD8+ T细胞的新方法 | 利用表面捕获的TNF-α进行活细胞分选,结合单细胞测序获得配对TCR全长序列,创建了可无限扩增的实验试剂 | 方法主要适用于原代细胞数量有限的样本,未明确说明技术应用的广泛性验证 | 建立快速鉴定和表征抗原特异性CD8+ T细胞的新策略 | 抗原特异性CD8+ T细胞 | 免疫学 | 传染病 | 单细胞测序,TCR测序,逆转录病毒转导 | NA | 单细胞序列数据 | 恒河猴CMV特异性CD8 T细胞和HIV感染供体样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 52 | 2025-10-06 |
TNF plays a crucial role in inflammation by signaling via T cell TNFR2
2021-12-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2109972118
PMID:34873037
|
研究论文 | 本研究揭示了TNF通过T细胞TNFR2信号在炎症中发挥关键作用,不仅是效应分子还是炎症性Th细胞分化的启动因子 | 发现TNF通过TNFR2介导Th17和Th1细胞向炎症表型分化,且不依赖IL-6和STAT3信号通路 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究TNF在炎症性T细胞分化中的上游调控作用 | 小鼠CD4 T细胞、实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型、结肠炎模型 | 免疫学 | 多发性硬化症、自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2025-10-06 |
The onset of circulation triggers a metabolic switch required for endothelial to hematopoietic transition
2021-12-14, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.110103
PMID:34910918
|
研究论文 | 本研究揭示了血液循环起始通过触发代谢转换促进造血干细胞生成的新机制 | 首次发现血液循环起始触发内皮细胞向造血细胞转变过程中的糖酵解向氧化磷酸化代谢转换 | 研究主要基于Ncx1缺陷小鼠模型,人类胚胎中的适用性需要进一步验证 | 探究血液循环起始对造血干细胞生成的影响机制 | 小鼠胚胎造血干细胞谱系 | 发育生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠胚胎细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 54 | 2025-10-06 |
Delayed antiretroviral therapy in HIV-infected individuals leads to irreversible depletion of skin- and mucosa-resident memory T cells
2021-12-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.10.021
PMID:34813775
|
研究论文 | 本研究揭示了延迟抗逆转录病毒治疗会导致HIV感染者皮肤和黏膜组织驻留记忆T细胞不可逆耗竭的机制 | 首次发现早期与延迟ART治疗对皮肤CD4 Trm细胞重建的不同影响,并揭示CXCR3 Trm细胞在HIV相关免疫缺陷中的关键作用 | 研究样本量有限,主要关注皮肤和黏膜组织,未涉及其他组织类型 | 探究HIV感染者接受延迟抗逆转录病毒治疗后组织特异性免疫缺陷的机制 | HIV感染者的皮肤和黏膜组织驻留记忆T细胞 | 免疫学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序,TCR克隆分析 | NA | 基因表达数据,T细胞受体数据 | HIV感染者组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 55 | 2025-10-06 |
CIDER: an interpretable meta-clustering framework for single-cell RNA-seq data integration and evaluation
2021-12-13, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02561-2
PMID:34903266
|
研究论文 | 提出一种基于组间相似性度量的可解释元聚类框架CIDER,用于单细胞RNA-seq数据整合与评估 | 无需假设样本间细胞群体组成完全相同,通过元聚类工作流程解决批次效应和生物变异等混杂因素 | NA | 开发单细胞RNA-seq数据整合与评估方法 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 元聚类框架 | 基因表达数据 | 模拟和真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 56 | 2025-10-06 |
Delayed induction of type I and III interferons mediates nasal epithelial cell permissiveness to SARS-CoV-2
2021-12-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-27318-0
PMID:34876592
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析,揭示了SARS-CoV-2在鼻上皮细胞中的感染机制及I/III型干扰素应答的延迟特征 | 首次发现SARS-CoV-2在鼻上皮细胞中引发I/III型干扰素应答的延迟现象,并证明外源性干扰素可有效抑制病毒复制 | 研究基于体外细胞模型,与体内实际情况可能存在差异 | 探究SARS-CoV-2与鼻上皮细胞先天免疫系统的相互作用机制 | 人鼻上皮细胞气液界面分化模型 | 单细胞生物学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 57 | 2025-10-06 |
Germline biallelic mutation affecting the transcription factor Helios causes pleiotropic defects of immunity
2021-Nov-26, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abe3981
PMID:34826259
|
研究论文 | 本研究首次发现影响转录因子Helios的种系双等位基因突变会导致免疫多效性缺陷 | 首次鉴定出Helios种系纯合错义突变(p.Ile325Val)导致的人类先天免疫错误,并揭示其通过影响表观遗传调控导致T细胞稳态失衡的机制 | 研究仅基于单例患者,需要更大样本验证;Helios调控其他T细胞亚群的具体机制仍需进一步研究 | 探究Helios转录因子在人类免疫稳态中的作用机制 | 携带Helios突变的免疫缺陷患者及其免疫细胞 | 免疫学 | 先天免疫错误 | 单细胞RNA测序,表观遗传分析 | NA | 基因组数据,转录组数据,表观遗传数据 | 1例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 58 | 2025-10-06 |
Alternative poly-adenylation modulates α1-antitrypsin expression in chronic obstructive pulmonary disease
2021-11, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1009912
PMID:34784346
|
研究论文 | 本研究揭示了慢性阻塞性肺疾病中通过选择性多聚腺苷酸化调控α1-抗胰蛋白酶表达的分子机制 | 首次发现SERPINA1基因3'UTR远端多聚腺苷酸化位点的使用增加导致mRNA翻译效率显著降低,并鉴定出QKI作为调控该过程的关键RNA结合蛋白 | 研究主要基于体外实验和测序数据分析,需要进一步在体功能验证 | 探究非A1AT缺乏个体中α1-抗胰蛋白酶在慢性阻塞性肺疾病中的调控机制 | 人类原代肺组织、肝组织和各种免疫细胞类型 | 分子生物学 | 慢性阻塞性肺疾病 | RNA-seq, eCLIP, 纳米荧光素酶报告实验, shRNA敲低, 核质分离, RNA结构探测 | NA | RNA测序数据, 蛋白质结合数据, 荧光素酶活性数据 | 82例COPD患者和64例对照(发现队列),376例COPD和267例对照(验证队列) | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 59 | 2025-10-06 |
Isolation of human fetal intestinal cells for single-cell RNA sequencing
2021-12-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100890
PMID:34746860
|
研究论文 | 本文提出了一种从人类胎儿肠道样本中分离上皮和非上皮细胞用于单细胞RNA测序的方案 | 开发了能够从人类胎儿样本中高活性分离肠道细胞的方案,并用于构建人类发育过程中肠道细胞的全层图谱 | NA | 建立适用于单细胞RNA测序的肠道细胞分离方法 | 人类胎儿肠道细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 60 | 2025-10-06 |
CARMN Is an Evolutionarily Conserved Smooth Muscle Cell-Specific LncRNA That Maintains Contractile Phenotype by Binding Myocardin
2021-12-07, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本研究鉴定了一个进化保守的平滑肌细胞特异性长链非编码RNA CARMN,并揭示其通过结合心肌素维持血管平滑肌细胞收缩表型的作用机制 | 首次发现CARMN是与心肌素相互作用的非编码RNA,揭示了其在维持血管平滑肌细胞收缩表型中的新功能 | 研究主要聚焦于血管疾病模型,在其他疾病模型中的作用仍需进一步验证 | 探索血管平滑肌细胞特异性长链非编码RNA的功能及其在血管稳态维持中的作用 | 血管平滑肌细胞、小鼠和大鼠血管损伤模型 | 分子生物学 | 心血管疾病 | RNA测序、实时定量PCR、反义寡核苷酸敲低、腺病毒过表达、RNA pull-down、RNA免疫沉淀、荧光素酶报告基因检测 | 基因敲除小鼠模型、大鼠颈动脉球囊损伤模型 | RNA测序数据、基因表达数据 | 多种组织和细胞类型的公共数据集、小鼠和大鼠血管损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |