单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals developmental heterogeneity among Plasmodium berghei sporozoites 2021-02-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-82914-w PMID:33619283	研究论文	本研究利用基于液滴的单细胞RNA测序技术，分析了从按蚊中肠和唾液腺中提取的超过8000个Plasmodium berghei孢子体的转录组	本研究首次使用高吞吐量的单细胞RNA测序工作流程，揭示了Plasmodium berghei孢子体在发育过程中的基因表达差异	NA	研究旨在通过分子水平了解疟疾寄生虫孢子体的发育异质性，为疟疾预防策略提供新见解	研究对象为Plasmodium berghei孢子体	数字病理学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过8000个Plasmodium berghei孢子体
562	2024-08-07	Clustering Single-Cell RNA-Seq Data with Regularized Gaussian Graphical Model 2021-02-22, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12020311 PMID:33671799	研究论文	本文提出了一种新的正则化高斯图形聚类（RGGC）方法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类	RGGC方法基于高阶（偏）相关和子空间学习，对正则化参数λ具有广泛的鲁棒性，无需交叉验证即可简单设置λ=2或λ=log(p)，并且使用Louvain社区检测算法自动确定聚类数量	NA	开发一种简单、稳健且高效的单细胞RNA测序数据聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	正则化高斯图形模型	RNA测序数据	NA
563	2024-08-07	Benchmarking Computational Doublet-Detection Methods for Single-Cell RNA Sequencing Data 2021-02-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2020.11.008 PMID:33338399	研究论文	本文对九种先进的计算双峰检测方法进行了系统的基准研究，以评估其在单细胞RNA测序数据中的性能	首次对多种计算双峰检测方法进行了全面的基准测试，为研究人员选择合适的方法提供了依据	研究仅限于特定的实验设置和数据集，可能无法完全代表所有可能的应用场景	评估和比较不同计算双峰检测方法在单细胞RNA测序数据中的准确性、对下游分析的影响及计算效率	九种计算双峰检测方法在16个真实数据集和112个合成数据集上的性能	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	16个真实数据集和112个合成数据集
564	2024-08-07	NECAB1 and NECAB2 are Prevalent Calcium-Binding Proteins of CB1/CCK-Positive GABAergic Interneurons 2021-02-05, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991) DOI:10.1093/cercor/bhaa326 PMID:33230531	研究论文	本文探讨了CB1/CCK阳性GABA能中间神经元中NECAB1和NECAB2钙结合蛋白的表达及其在神经元中的分布和功能。	首次发现CB1/CCK阳性GABA能中间神经元中NECAB1和NECAB2作为主要的钙结合蛋白，并揭示了它们在亚细胞水平的纳米尺度差异。	NA	研究CB1/CCK阳性GABA能中间神经元中钙信号传导工具包的分子组成，特别是钙结合蛋白的表达。	CB1/CCK阳性GABA能中间神经元中的NECAB1和NECAB2钙结合蛋白。	神经科学	NA	单细胞RNA测序，荧光原位杂交，免疫染色，膜片钳电生理学，共聚焦和STORM超分辨率显微镜。	NA	RNA序列，图像	NA
565	2024-08-07	Assembly and Exploration of a Single Cell Atlas of the Drosophila Larval Ventral Cord. Identification of Rare Cell Types 2021-Feb, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.37 PMID:33600085	研究论文	本文介绍了一种定制的多阶段分析流程，用于单细胞RNA测序数据的高质量分析，并应用于果蝇幼虫腹索数据集，识别并描述了罕见的细胞类型	本文提出了一种新的多阶段分析流程，整合了不同R包中的模块，以确保灵活且高质量的RNA-seq数据分析	该分析流程需要定制和适应特定目标，且可能不适用于所有类型的数据集	研究细胞多样性在复杂生物系统中的表现	果蝇幼虫腹索中的不同细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	不同数据集的果蝇幼虫腹索样本
566	2024-08-07	MicroExonator enables systematic discovery and quantification of microexons across mouse embryonic development 2021-01-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02246-2 PMID:33482885	研究论文	本文介绍了MicroExonator，一种用于系统性发现和量化微外显子的新型管道，通过处理289个RNA-seq数据集，对小鼠胚胎发育中的微外显子进行了全面调查。	MicroExonator能够重复性地从头发现和量化微外显子，特别是在分析大量数据时，有助于转录组研究中微外显子的研究。	NA	开发一种新的工具来系统性地发现和量化微外显子，并探讨其在小鼠胚胎发育中的作用。	小鼠胚胎发育中的微外显子及其在神经系统发育和功能中的作用。	基因组学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	289个RNA-seq数据集，涵盖十八种小鼠组织，对应九个胚胎和出生后阶段
567	2024-08-07	Blocking IL1 Beta Promotes Tumor Regression and Remodeling of the Myeloid Compartment in a Renal Cell Carcinoma Model: Multidimensional Analyses 2021-01-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-1610 PMID:33148676	研究论文	本研究探讨了阻断IL1β在肾细胞癌模型中促进肿瘤消退和髓系细胞重塑的作用	通过多参数流式细胞术、肿瘤细胞因子分析和单细胞RNA测序，揭示了IL1β阻断与ICI或TKI联合治疗通过非冗余、相对T细胞非依赖机制重塑髓系细胞	NA	研究IL1β在肾细胞癌中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	肾细胞癌模型中的髓系细胞和肿瘤微环境	数字病理学	肾细胞癌	多参数流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	RENCA和MC38肿瘤模型
568	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomics Reveals Zone-Specific Alterations of Liver Sinusoidal Endothelial Cells in Cirrhosis 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.12.007 PMID:33340713	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了肝硬化小鼠肝脏中肝窦内皮细胞（LSECs）在特定区域的转录组变化	首次在空间和细胞特异性水平上揭示了肝硬化中肝窦内皮细胞的区域特异性转录组变化	NA	深入了解肝硬化的发病机制，为开发针对最功能障碍的肝内皮细胞的新疗法提供依据	肝硬化小鼠肝脏中的肝窦内皮细胞	数字病理学	肝硬化	scRNA-seq	NA	转录组数据	控制组和肝硬化小鼠的肝内皮细胞群体
569	2024-08-07	Using scRNA-seq to Identify Transcriptional Variation in the Malaria Parasite Ookinete Stage 2021, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2021.604129 PMID:33732658	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了疟原虫动合子阶段在不同媒介物种间的转录变异	采用单细胞RNA测序和低输入转录组技术，首次详细分析了疟原虫动合子阶段的转录变异，揭示了环境因素和克隆变异的影响	研究主要集中在动合子阶段的转录变异，未涉及其他生命周期阶段的详细分析	探索疟原虫动合子阶段的转录变异，为阻断传播策略提供依据	疟原虫动合子阶段的转录变异	数字病理学	疟疾	scRNA-seq	NA	转录组数据	多个媒介物种及个体中肠样本
570	2024-08-07	Estimating and Correcting for Off-Target Cellular Contamination in Brain Cell Type Specific RNA-Seq Data 2021, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2021.637143 PMID:33746712	研究论文	本文提出了一种计算方法，用于估计和控制单细胞类型RNA测序数据中的非目标细胞类型污染	本文引入了单细胞类型RNA测序（sctRNA-seq）方法，并开发了一种新的计算方法来检测和控制非目标细胞类型的污染	该方法依赖于单细胞测序数据集，可能不适用于所有类型的细胞纯化技术	旨在解决分子基因组学中对微量细胞群体转录组分析的挑战	研究对象为大脑细胞类型特异性RNA-Seq数据中的非目标细胞污染	分子基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及多种细胞纯化技术的数据集
571	2024-08-07	Remodeling of Stromal Cells and Immune Landscape in Microenvironment During Tumor Progression 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.596798 PMID:33763348	研究论文	本文探讨了肿瘤进展过程中基质细胞和免疫微环境的重组	采用单细胞测序技术分析肿瘤微环境中基质细胞和免疫细胞的表型标记、分子通路及进化轨迹	未提及具体限制	研究肿瘤进展中基质细胞和免疫微环境的多样性及其对免疫治疗的影响	基质细胞和免疫细胞在肿瘤微环境中的亚型及其在肿瘤发展中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
572	2024-08-07	DEEPsc: A Deep Learning-Based Map Connecting Single-Cell Transcriptomics and Spatial Imaging Data 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.636743 PMID:33833776	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的方法DEEPsc，用于将空间信息映射到单细胞转录组数据上，并与现有方法进行了比较	DEEPsc方法在精度和鲁棒性之间取得了更好的平衡，并提供了一个数据自适应工具来连接单细胞转录组数据和空间成像数据	文章未明确提及DEEPsc的具体局限性	开发一种系统自适应的深度学习方法，以提高单细胞转录组数据空间信息映射的准确性、精度和鲁棒性	单细胞RNA测序数据和空间成像数据	机器学习	NA	深度学习	NA	转录组数据，空间成像数据	涉及四个生物系统
573	2024-08-07	A tumor microenvironment-specific gene expression signature predicts chemotherapy resistance in colorectal cancer patients 2021-Feb-12, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-021-00142-x PMID:33580207	研究论文	本研究利用肿瘤微环境（TME）特异性基因表达特征来预测结直肠癌（CRC）患者的化疗耐药性	构建了一个名为SFM的特征，能够区分TME和药物敏感性，并通过K-means聚类在三个独立队列中验证	NA	研究TME特异性基因表达特征在预测结直肠癌化疗耐药性中的作用	结直肠癌患者的肿瘤微环境和化疗耐药性	数字病理学	结直肠癌	RNA测序	K-means聚类	RNA测序数据	总共2269个'bulk' RNA测序数据集和四个单细胞RNA测序数据集
574	2024-08-07	Mutated clones driving leukemic transformation are already detectable at the single-cell level in CD34-positive cells in the chronic phase of primary myelofibrosis 2021-Feb-04, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-021-00144-9 PMID:33542466	研究论文	研究通过单细胞基因组学和转录组学分析，揭示了原发性骨髓纤维化（PMF）向急性髓系白血病（AML）转化过程中的克隆演化和基因突变模式	首次在单细胞水平上检测到驱动白血病转化的突变克隆，并揭示了Ruxolitinib对干扰素信号的抑制作用及其免疫抑制效应	研究仅基于单一患者样本，结果的普遍性和适用性有待进一步验证	探讨骨髓增生性肿瘤疾病进展的基因组复杂性，并评估单细胞分析在预测疾病演变和个性化治疗中的应用	原发性骨髓纤维化患者的CD34阳性细胞	数字病理学	骨髓增生性肿瘤	单细胞基因组学和转录组学	NA	基因组和转录组数据	单一患者样本
575	2024-08-07	Clonal evolution in liver cancer at single-cell and single-variant resolution 2021-02-02, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-021-01036-y PMID:33531041	研究论文	本文基于单细胞突变谱重构了人类肝癌的单变异分辨率克隆进化	首次重构了人类肝癌的单细胞和单变异克隆进化，并解析了遗传和表型异质性的关系	NA	研究肝癌的克隆进化及其与遗传和表型异质性的关系	人类肝癌的克隆进化及其遗传和表型异质性	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞突变谱	NA
576	2024-08-07	Tumour heterogeneity and intercellular networks of nasopharyngeal carcinoma at single cell resolution 2021-02-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21043-4 PMID:33531485	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和T细胞受体测序技术，分析了10对鼻咽癌肿瘤-血液样本中的176,447个细胞，揭示了鼻咽癌肿瘤微环境的异质性和细胞间网络	本研究首次在单细胞分辨率下揭示了鼻咽癌肿瘤微环境的异质性和细胞间相互作用，特别是发现了LAMP3树突状细胞、调节性T细胞和耗竭的CD8 T细胞之间的密集相互作用	NA	揭示鼻咽癌肿瘤微环境的异质性和细胞间相互作用，为鼻咽癌的精准治疗提供新的见解	鼻咽癌肿瘤微环境的异质性和细胞间网络	数字病理学	鼻咽癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	176,447个细胞来自10对鼻咽癌肿瘤-血液样本
577	2024-08-07	Single-cell RNA-seq reveals a concomitant delay in differentiation and cell cycle of aged hematopoietic stem cells 2021-02-01, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-021-00955-z PMID:33526011	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了年轻和老年小鼠造血干细胞的转录组，揭示了老化过程中造血干细胞分化和细胞周期的延迟现象	本研究首次在单细胞尺度上重新审视了小鼠造血干细胞在老化过程中的转录可塑性，并揭示了老化导致造血干细胞分化延迟的潜在机制	NA	探讨老化过程中造血干细胞的分化及细胞周期变化	小鼠的造血干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	15,000个年轻和老年小鼠的转录组
578	2024-08-07	Melanoma Single-Cell Biology in Experimental and Clinical Settings 2021-Feb-01, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jcm10030506 PMID:33535416	研究论文	本文利用单细胞测序技术深入研究了恶性黑色素瘤的细胞异质性及其对治疗反应和耐药性的影响	揭示了免疫细胞和成纤维细胞在肿瘤微环境中的预后亚型，以及检查点抑制剂治疗耐药性的免疫细胞特征和新的可靶向的细胞内信号通路	NA	深入了解黑色素瘤的生物学特性，特别是肿瘤异质性和转录可塑性的作用	恶性黑色素瘤的单细胞生物学特性，包括免疫细胞和成纤维细胞在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	黑色素瘤	单细胞测序技术	NA	单细胞数据	具体样本数量未在摘要中提及
579	2024-08-07	Patient-tailored design for selective co-inhibition of leukemic cell subpopulations 2021-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abe4038 PMID:33608276	研究论文	本文提出了一种基于机器学习的方法，通过结合单细胞RNA测序和体外单药测试，为急性髓系白血病（AML）患者定制药物组合，以实现对特定白血病细胞亚群的选择性协同抑制。	本文的创新点在于利用机器学习方法，结合单细胞RNA测序和体外单药测试，为患者定制药物组合，实现对特定白血病细胞亚群的选择性协同抑制。	NA	本文的研究目的是设计个性化组合治疗方案，以利用患者特定的治疗脆弱性，选择性地靶向驱动疾病的细胞亚群。	本文的研究对象是急性髓系白血病（AML）患者及其白血病细胞亚群。	机器学习	白血病	单细胞RNA测序	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	两个诊断期和两个难治性急性髓系白血病（AML）患者病例
580	2024-08-07	Single-cell transcriptomics following ischemic injury identifies a role for B2M in cardiac repair 2021-01-29, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-020-01636-3 PMID:33514846	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，分析了心肌缺血损伤后不同时间点心脏主要细胞类型的基因表达数据，揭示了细胞和转录异质性及心脏重塑过程中的细胞功能变化	研究首次证实心肌细胞在缺血损伤后表达和分泌高水平的β2微球蛋白，通过旁分泌方式激活成纤维细胞，为心脏修复提供了新的治疗靶点	NA	深入理解心肌缺血损伤后修复过程中的细胞间信号传导机制，以促进治疗应用	心肌缺血损伤后的心脏修复过程	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	不同时间点的心脏主要细胞类型