单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2024-08-07	Single-cell transcriptome atlas and chromatin accessibility landscape reveal differentiation trajectories in the rice root 2021-04-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-22352-4 PMID:33824350	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和染色质可及性调查，分析了水稻根尖细胞的转录组和染色质可及性，揭示了水稻根细胞的分化轨迹和调控网络	首次综合利用单细胞RNA测序和染色质可及性分析，揭示了水稻根细胞的分化轨迹和调控网络，并比较了单子叶和双子叶植物根发育路径的异同	NA	解析水稻根尖分生组织在细胞分化中的作用及其转录调控网络	水稻根尖细胞的分化轨迹和调控网络	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个水稻根尖细胞
542	2024-08-07	Inhibition of Hedgehog Signaling Alters Fibroblast Composition in Pancreatic Cancer 2021-04-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-3715 PMID:33495315	研究论文	本文研究了 Hedgehog 信号通路抑制对胰腺癌微环境中成纤维细胞组成的影响	发现 Hedgehog 信号通路在成纤维细胞中特异性激活，并且在肌成纤维细胞性 CAF（myCAF）中差异性升高	NA	探讨 Hedgehog 信号通路抑制如何重编程胰腺癌微环境	胰腺导管腺癌（PDAC）中的成纤维细胞组成和免疫浸润	数字病理学	胰腺癌	时间飞行流式细胞术，单细胞 RNA 测序	NA	细胞	NA
543	2024-08-07	CASB: a concanavalin A-based sample barcoding strategy for single-cell sequencing 2021-04, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202010060 PMID:33821571	研究论文	本文介绍了一种基于伴刀豆球蛋白A的样本条形码策略（CASB），用于单细胞测序，该策略适用于单细胞mRNA和ATAC测序技术	CASB策略具有高标记效率、高准确性在不同细胞类型和遗传背景下分配细胞/细胞核到样本，以及高灵敏度检测双细胞	NA	开发一种通用的、成本效益高的单细胞测序样本多路复用策略	单细胞mRNA和ATAC测序技术	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
544	2024-08-07	Time to Move to the Single-Cell Level: Applications of Single-Cell Multi-Omics to Hematological Malignancies and Waldenström's Macroglobulinemia-A Particularly Heterogeneous Lymphoma 2021-Mar-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13071541 PMID:33810569	综述	本文综述了单细胞多组学技术在血液系统恶性肿瘤和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症中的应用	单细胞多组学技术能够克服传统批量测序的局限，深入研究肿瘤的来源、发病机制、克隆结构和演化以及治疗抵抗机制	NA	探讨单细胞多组学技术在血液系统恶性肿瘤和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症中的应用潜力	血液系统恶性肿瘤和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症	数字病理学	血液系统恶性肿瘤	单细胞测序技术	NA	单细胞数据	NA
545	2024-08-07	Model-based deep embedding for constrained clustering analysis of single cell RNA-seq data 2021-03-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-22008-3 PMID:33767149	research paper	本文提出了一种名为scDCC的聚类方法，该方法将领域知识整合到单细胞RNA-seq数据的聚类步骤中	scDCC方法通过整合领域知识，显著提高了聚类性能，增强了聚类的生物学可解释性	NA	开发一种能够整合领域知识并提高单细胞RNA-seq数据聚类性能的方法	单细胞RNA-seq数据	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	数千至数万个细胞
546	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomics Supports a Role of CHD8 in Autism 2021-Mar-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms22063261 PMID:33806835	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术探讨了CHD8基因在自闭症谱系障碍中的作用及其分子和细胞机制	利用单细胞RNA测序技术直接量化信息承载的RNA分子，揭示了CHD8基因在自闭症中的作用机制	文章指出，尽管有新的发现，但仍需进一步研究以充分挖掘这些变革性技术的潜力	探讨CHD8基因在自闭症谱系障碍中的作用及其分子和细胞机制	CHD8基因在自闭症谱系障碍中的作用	基因组学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA分子	涉及小鼠新皮质发育和人类大脑类器官的研究
547	2024-08-07	Spatiotemporal single-cell RNA sequencing of developing chicken hearts identifies interplay between cellular differentiation and morphogenesis 2021-03-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21892-z PMID:33741943	研究论文	本研究结合单细胞和空间转录组学技术，通过数据整合算法研究了鸡心脏从早期到晚期四腔阶段的发展过程	本研究首次通过空间映射技术揭示了心脏发育过程中细胞分化与形态发生之间的复杂相互作用	本研究未保留组织形态学和细胞间相互作用的空间信息	研究鸡心脏发育过程中细胞分化与形态发生的相互作用	鸡心脏的细胞系、空间组织及其在发育过程中的相互作用	发育生物学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
548	2024-08-07	Integration and transfer learning of single-cell transcriptomes via cFIT 2021-03-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2024383118 PMID:33658382	研究论文	本文介绍了一种名为cFIT的方法，用于整合和转移来自不同实验、技术和物种的单细胞转录组数据	cFIT方法通过非负矩阵分解框架学习模型参数，能够捕捉不同数据集间的共享信息，并允许每个批次中基因表达的独特扭曲和偏移	NA	旨在更好地理解细胞身份和功能，通过整合和转移单细胞转录组数据	单细胞RNA测序数据，特别是来自人类和小鼠发育中大脑的数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	非负矩阵分解 (NMF)	转录组数据	多个scRNA-seq数据集，涉及不同技术和发育阶段
549	2024-08-07	Single cell transcriptomics reveals lineage trajectory of retinal ganglion cells in wild-type and Atoh7-null retinas 2021-03-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21704-4 PMID:33674582	研究论文	本研究使用单细胞转录组学技术，揭示了野生型和Atoh7缺失型视网膜中视网膜神经节细胞（RGC）的谱系轨迹	发现了在Atoh7缺失的情况下，RGC谱系的意外出现，并揭示了视网膜前体细胞（RPCs）在过渡状态下的谱系特异性基因共表达	NA	进一步研究转录因子Atoh7、Pou4f2和Isl1在视网膜神经节细胞谱系建立中的作用	野生型和Atoh7缺失型视网膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	野生型和突变型视网膜细胞
550	2024-08-07	Single-cell differential splicing analysis reveals high heterogeneity of liver tumor-infiltrating T cells 2021-03-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-84693-w PMID:33674641	研究论文	本研究开发了一种新的计算工具DESJ-detection，用于在单细胞水平上准确检测细胞组间的差异表达剪接接头（DESJs），并分析了肝细胞癌中的T细胞	首次开发了DESJ-detection工具，用于在单细胞水平上检测差异表达的剪接接头，并发现了新的细胞状态pre-activation	NA	研究肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的异质性与癌症发生和进展的关系	肝细胞癌中的T细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	5063个T细胞
551	2024-08-07	Integrative Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq Analysis of Human Developmental Hematopoiesis 2021-03-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2020.11.015 PMID:33352111	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）分析了人类发育期造血过程	首次综合运用scRNA-seq和scATAC-seq技术，揭示了人类发育期造血过程中的染色质可及性和分化模式的动态变化	NA	探究人类发育期造血过程的调控机制	从胎肝和骨髓中提取的8000多个人类免疫表型血液细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据，染色质可及性数据	8000多个人类免疫表型血液细胞
552	2024-08-07	Osteoclasts recycle via osteomorphs during RANKL-stimulated bone resorption 2021-03-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.02.002 PMID:33636130	研究论文	本文通过活体成像技术揭示了RANKL刺激下的破骨细胞通过分裂成称为骨形态细胞的子细胞进行细胞再循环的过程	发现了破骨细胞在RANKL刺激下的一种新命运，即分裂成骨形态细胞，这一发现挑战了破骨细胞在吸收完成后会凋亡的传统观点	NA	探讨破骨细胞在RANKL刺激下的细胞命运及其对骨吸收的影响	破骨细胞及其分裂产物骨形态细胞	NA	骨骼疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
553	2024-08-07	Pluripotent stem cell-derived models of neurological diseases reveal early transcriptional heterogeneity 2021-03-04, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02301-6 PMID:33663567	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析阿尔茨海默病和亨廷顿病的患者细胞，发现疾病状态下神经元的转录异质性增加，并使用诱导多能干细胞模型验证了这一发现。	首次揭示了神经退行性疾病早期阶段的转录调控失衡现象，并提出早期干预可能具有高诊断价值。	研究主要集中在亨廷顿病和自闭症谱系障碍的模型上，可能需要进一步扩展到其他神经退行性疾病。	探究神经退行性疾病早期阶段的转录异质性及其潜在的干预策略。	阿尔茨海默病和亨廷顿病的患者细胞以及诱导多能干细胞衍生的神经前体细胞。	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用亨廷顿病的诱导多能干细胞（72Q; 180Q）及其衍生的神经前体细胞进行实验。
554	2024-08-07	Exploring the stage-specific roles of Tcf-1 in T cell development and malignancy at single-cell resolution 2021-03, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-020-00527-1 PMID:32868912	研究论文	本研究通过条件性删除Tcf-1基因，探讨了Tcf-1在T细胞发育和恶性转化中的阶段特异性作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了Tcf-1在不同发育阶段对T细胞命运分化的调控机制，并发现了Tcf-1缺乏导致白血病转化的潜在细胞群	研究主要集中在小鼠模型上，需要进一步在人类样本中验证结果	揭示Tcf-1在T细胞发育和恶性转化中的具体机制	Tcf-1在T细胞发育和恶性转化中的作用	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及不同发育阶段的T细胞群
555	2024-08-07	Spage2vec: Unsupervised representation of localized spatial gene expression signatures 2021-03, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.15572 PMID:32976679	研究论文	本文介绍了一种无监督且无需分割的方法spage2vec，用于解析复杂组织在亚细胞分辨率下的空间转录组异质性	spage2vec通过将组织样本的空间转录组景观表示为图，并利用机器学习图表示技术创建局部空间基因表达的低维表示，无需细胞分割或先验生物学知识	NA	开发一种新的方法来解析组织中的空间转录组异质性	小鼠大脑数据和数百个单个细胞的空间基因表达数据	机器学习	NA	机器学习图表示技术	NA	基因表达数据	小鼠大脑数据来自三种不同的原位转录组测定法，以及包含数百个单个细胞的空间基因表达数据
556	2024-08-07	Corneal nonmyelinating Schwann cells illuminated by single-cell transcriptomics and visualized by protein biomarkers 2021-03, Journal of neuroscience research IF:2.9Q2 DOI:10.1002/jnr.24757 PMID:33197966	研究论文	本文利用单细胞RNA测序、显微镜和转基因技术，对中央角膜的非髓鞘化施万细胞（nm-cSCs）进行了特征描述	首次通过单细胞RNA测序和其他技术手段，成功识别并验证了nm-cSCs的蛋白质表达，为研究角膜感觉功能提供了新的工具和见解	NA	研究中央角膜的非髓鞘化施万细胞（nm-cSCs）的特征，并探索其在神经修复和角膜感觉功能研究中的应用	中央角膜的非髓鞘化施万细胞（nm-cSCs）	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	来自雄性兔子的中央角膜细胞
557	2024-08-07	Identification of leukemic and pre-leukemic stem cells by clonal tracking from single-cell transcriptomics 2021-03-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21650-1 PMID:33649320	research paper	本文通过结合单细胞转录组学和谱系追踪技术，识别和分子表征了急性髓系白血病中的白血病干细胞和前白血病干细胞	本文采用单细胞多组学方法，结合核和线粒体体细胞变异进行谱系追踪，能够识别特定的白血病干细胞基因表达程序和由白血病突变引起的分化阻滞	NA	深入表征癌症干细胞，以期从源头上根除癌症	急性髓系白血病中的白血病干细胞和前白血病干细胞	digital pathology	白血病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
558	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis of mIHC images via antigen mapping 2021-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abc5464 PMID:33674303	研究论文	本文开发了一种方法，通过抗原映射技术将单细胞RNA测序数据与多重免疫组织化学（mIHC）图像相结合，以增强组织切片的细胞注释	提出了一种名为STvEA的新方法，通过空间解析的转录组学与表位锚定，实现对高度多重细胞计数数据集的转录组引导注释	NA	克服在多重免疫组织化学中注释细胞群体的挑战，特别是对于抗体面板未包含特定标记的细胞	小鼠脾脏中的细胞类型	数字病理学	NA	多重免疫组织化学（mIHC），单细胞RNA测序	NA	图像，转录组数据	使用已发表的小鼠脾脏的细胞计数和mIHC数据
559	2024-08-07	BARcode DEmixing through Non-negative Spatial Regression (BarDensr) 2021-03, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008256 PMID:33684106	研究论文	本文开发了一种新的分析方法BarDensr，用于解决空间转录组学中转录本混合的问题	BarDensr通过非负空间回归的生成模型和稀疏凸优化方法，有效地估计了混合转录本的密度	NA	开发一种新的分析方法，以提高在高度混合转录本情况下的信号恢复能力	空间转录组学中的转录本混合问题	空间转录组学	NA	非负空间回归	生成模型	图像	NA
560	2024-08-07	Single-cell transcriptomics provides new insights into the role of fibroblasts during peritoneal fibrosis 2021-03, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.321 PMID:33784014	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，探讨了腹膜纤维化过程中成纤维细胞的作用	通过单细胞RNA测序技术，提供了细胞水平的转录组分析，揭示了不同纤维化阶段细胞类型特异性的生物学过程	NA	探讨透析相关腹膜纤维化中不同细胞群体的贡献	正常腹膜组织、短期和长期腹膜透析患者的腹膜组织	数字病理学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	正常腹膜组织6例，短期腹膜透析患者6例，长期腹膜透析患者4例