单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2024-08-07	Genetic mapping of developmental trajectories for complex traits and diseases 2021, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2021.05.055 PMID:34194671	研究论文	本研究提出了一种新的生物信息学方法，通过整合全基因组关联研究（GWAS）信号与单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，增强对复杂人类特征和疾病的功能解释	该方法通过识别细胞分化轨迹与特征之间的联系，阐明生物过程和分子通路，并优先考虑目标基因，从而提高对复杂疾病病因的理解	NA	旨在通过识别轨迹-疾病联系和分子通路，优先考虑候选风险基因，提高对复杂疾病病因的理解	复杂人类特征和疾病	生物信息学	NA	全基因组关联研究（GWAS），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据，单细胞RNA测序数据	11种不同病理特征，12种不同发育过程的scRNA-seq数据集
522	2024-08-07	How Do Uterine Natural Killer and Innate Lymphoid Cells Contribute to Successful Pregnancy? 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.607669 PMID:34234770	review	本文综述了子宫自然杀伤细胞和先天淋巴细胞在成功妊娠中的作用	利用单细胞RNA测序和高维流式及质谱流式技术详细分析了子宫内先天淋巴细胞的异质性	由于月经周期和妊娠期间组织快速变化的特性，确定每个亚群的具体作用具有内在挑战性	探讨子宫内先天淋巴细胞在非妊娠期子宫内膜和妊娠早期蜕膜中的表型和功能多样性，以及它们如何促进胎盘发育	子宫内的先天淋巴细胞亚群	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及人类和鼠类的子宫组织
523	2024-08-07	Reference Transcriptomes of Porcine Peripheral Immune Cells Created Through Bulk and Single-Cell RNA Sequencing 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.689406 PMID:34249103	研究论文	本文通过批量和单细胞RNA测序技术，定义了猪外周血免疫细胞的转录组	首次提供了猪外周血单核细胞的单细胞转录组数据，并将其与人类数据进行比较验证	NA	为猪的免疫遗传特征基因提供注释，并为进一步研究猪的免疫学和开发新试剂提供资源	猪的外周血免疫细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	8种细胞类型的批量细胞和7个样本的单细胞转录组数据
524	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Chicken Anterior Pituitary: A Bird's-Eye View on Vertebrate Pituitary 2021, Frontiers in physiology IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fphys.2021.562817 PMID:34267669	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了成年鸡前垂体的转录组，揭示了前垂体细胞群的基因表达特征	首次在鸡前垂体中识别出四种已知的内分泌细胞群和四种非内分泌/分泌细胞类型，并发现了新的标记基因和性二态表达基因	未分析somatotrophs细胞群	深入了解脊椎动物前垂体的细胞组成、异质性、细胞间通讯和基因表达谱	成年鸡前垂体的细胞群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年鸡前垂体的多个细胞群
525	2024-08-07	Statistical and machine learning methods for spatially resolved transcriptomics with histology 2021, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2021.06.052 PMID:34285782	综述	本文综述了空间分辨转录组学（SRT）数据分析中的统计和机器学习方法，并探讨了如何整合空间位置和组织学信息与基因表达数据	强调了SRT数据与单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的差异性，并提出了针对SRT数据特性的新方法需求	指出了该领域存在的未解决问题和未来研究方向	旨在推动对转录复杂性的理解	空间分辨转录组学数据及其伴随的高分辨率组织学信息	机器学习	NA	空间分辨转录组学（SRT）	NA	基因表达数据	NA
526	2024-08-07	Toward uncharted territory of cellular heterogeneity: advances and applications of single-cell RNA-seq 2021, Journal of translational genetics and genomics DOI:10.20517/jtgg.2020.51 PMID:34322662	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的发展及其在细胞异质性研究中的应用	scRNA-seq技术在cDNA合成与扩增、下一代测序读取的处理与比对、差异表达基因识别、细胞聚类、亚群识别及发育轨迹预测等方面取得了快速的技术进步	NA	探索scRNA-seq技术快速发展的技术景观，并深入了解其在各个显著进展领域的特点和优势	scRNA-seq技术及其在人类和动物模型中细胞类型全局转录谱研究的应用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	NA
527	2024-08-07	RNA helicase DDX5 acts as a critical regulator for survival of neonatal mouse gonocytes 2021-May, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13000 PMID:33666296	研究论文	研究探讨了RNA解旋酶DDX5在新生小鼠生殖细胞中的作用及其对生殖细胞分化的影响	揭示了DDX5在生殖细胞命运决定中的关键作用，为男性不育的病理机制提供了新的见解	NA	探索DDX5在调节生殖细胞分化中的功能	新生小鼠的生殖细胞	NA	男性不育	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	野生型和Ddx5敲除小鼠的睾丸样本
528	2024-08-07	Identifying the functions of two biomarkers in human oligodendrocyte progenitor cell development 2021-05-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-021-02857-8 PMID:33933125	研究论文	研究了NG2和A2B5两种生物标志物在人少突胶质细胞前体细胞发育中的功能差异	首次深入研究了NG2和A2B5细胞群在人少突胶质细胞前体细胞发育中的功能差异	研究仅限于体外细胞增殖和迁移实验以及小鼠移植实验，未涉及临床应用	探讨NG2和A2B5细胞在人少突胶质细胞前体细胞发育中的差异	人少突胶质细胞前体细胞（hOPCs）及其生物标志物NG2和A2B5	NA	脱髓鞘疾病	细胞分选技术，单细胞测序，mRNA测序	NA	细胞	涉及NG2+/-, A2B5+/-细胞群及PDGFR-α+细胞
529	2024-08-07	PseudotimeDE: inference of differential gene expression along cell pseudotime with well-calibrated p-values from single-cell RNA sequencing data 2021-04-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02341-y PMID:33926517	研究论文	提出了一种名为PseudotimeDE的方法，用于从单细胞RNA测序数据中沿着细胞伪时间推断差异表达基因，并输出校准良好的p值	PseudotimeDE方法适应多种伪时间推断方法，考虑了伪时间推断的不确定性，并输出校准良好的p值	NA	研究细胞状态变化背后的分子机制	差异表达基因	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
530	2024-08-07	Stabilized epithelial phenotype of cancer cells in primary tumors leads to increased colonization of liver metastasis in pancreatic cancer 2021-04-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108990 PMID:33852841	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和遗传小鼠模型，探讨了部分上皮间质转化（EMT）和上皮稳定化在胰腺导管腺癌（PDAC）生长和转移中的功能作用	首次揭示了上皮稳定化导致癌细胞集体迁移增强和免疫微环境调节，从而促进肝脏转移	NA	探讨胰腺癌转移的多样性机制及潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）的生长和转移	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	约50个癌细胞集群
531	2024-08-07	Activated Regulatory T-Cells, Dysfunctional and Senescent T-Cells Hinder the Immunity in Pancreatic Cancer 2021-Apr-08, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13081776 PMID:33917832	研究论文	本研究分析了32名胰腺癌患者的T细胞，通过多参数质谱细胞术和单细胞RNA测序，揭示了调节性T细胞和CD8 T细胞在胰腺癌中的免疫抑制状态	发现了调节性T细胞和CD8 T细胞在胰腺癌中的新免疫抑制状态，并确定了多个新的治疗靶点	NA	旨在更好地理解胰腺癌中的白细胞特征，以识别更好的治疗策略	胰腺癌患者的T细胞	NA	胰腺癌	多参数质谱细胞术，单细胞RNA测序，多重免疫组织化学成像和空间分析	NA	细胞，组织	32名胰腺癌患者
532	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing in Parkinson's Disease 2021-Apr-01, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines9040368 PMID:33916045	综述	本文综述了单细胞和单核RNA测序技术在帕金森病分子发病机制研究中的应用	介绍了通过动物和体外人类模型以及测序技术，对帕金森病细胞组成和表型的无偏见全局视图的研究进展	主要限制包括死后脑组织稀缺和技术挑战，如RNA降解导致的质量问题	旨在深入理解帕金森病的分子发病机制	帕金森病的细胞类型及其特定疾病关联	数字病理学	帕金森病	sc/snRNA-seq	NA	RNA	NA
533	2024-08-07	Dive into Single, Seek Out Multiple: Probing Cancer Metastases via Single-Cell Sequencing and Imaging Techniques 2021-Mar-03, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13051067 PMID:33802312	研究论文	本文通过单细胞测序和成像技术探究癌症转移机制	利用单细胞测序技术直接比较转移样本在不同阶段的基因组和转录组变化，以及通过单细胞成像技术实时观察肿瘤微环境中恶性与非恶性细胞的异质行为	NA	精确识别、理解和针对推动癌症转移的事件	癌症转移机制	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据、转录组数据、图像	NA
534	2024-08-07	Enhancement and Imputation of Peak Signal Enables Accurate Cell-Type Classification in scATAC-seq 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.658352 PMID:33889181	研究论文	本文介绍了一种基于支持向量机（SVM）的方法svmATAC，用于增强和填补scATAC-seq数据中的峰值信号，从而实现准确的细胞类型分类	svmATAC通过增强峰值信号强度和通过共可及性模式填补信号，无需依赖文献标记，且在不同库和平台的数据集中表现稳健	NA	开发一种新的方法来提高scATAC-seq数据中细胞类型分类的准确性	scATAC-seq数据中的细胞类型分类	基因组学	NA	scATAC-seq	SVM	scATAC-seq数据	涉及人类免疫细胞、造血系统细胞和外周血单个核细胞的多个scATAC-seq数据集
535	2024-08-07	DRscDB: A single-cell RNA-seq resource for data mining and data comparison across species 2021, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2021.04.021 PMID:33995899	research paper	本文构建了一个新的搜索数据库DRscDB，用于跨物种的单细胞RNA测序数据挖掘和比较	DRscDB是一个综合性的数据库，提供了跨物种的单细胞RNA测序数据，并允许用户进行细胞簇富集分析	NA	构建一个数据库，用于跨物种的单细胞RNA测序数据挖掘和比较	单细胞RNA测序数据，包括多种组织类型及其在脊椎动物中的相应类似组织	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	多种组织类型及其在脊椎动物中的相应类似组织，包括斑马鱼、小鼠和人类
536	2024-08-07	CellMixS: quantifying and visualizing batch effects in single-cell RNA-seq data 2021-06, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202001004 PMID:33758076	research paper	本文开发了一种细胞特异性混合得分（cms）来量化和可视化单细胞RNA测序数据中的批次效应	提出了一种新的细胞特异性混合得分（cms），能够检测局部批次偏差并区分不平衡批次和同类型细胞间的系统性差异	文章未明确提及	系统探索单细胞RNA测序数据中的批次效应，并开发新的方法来量化和可视化这些效应	单细胞RNA测序数据中的批次效应	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	数据	使用了真实和合成数据集进行比较
537	2024-08-07	Gregarine single-cell transcriptomics reveals differential mitochondrial remodeling and adaptation in apicomplexans 2021-04-16, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-021-01007-2 PMID:33863338	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了五种从蟑螂中分离的格拉雷菌的转录组，结合其他顶复门生物的数据，进行了详细的系统基因组学分析，并描述了它们的线粒体代谢	首次广泛地探索了格拉雷菌的基因组规模，提供了该群体中差异性叶绿体保留的证据，并揭示了顶复门中线粒体代谢功能的可变重组	对于格拉雷菌线粒体的保留和代谢能力了解仍然有限	探讨顶复门生物中线粒体重塑和适应性的差异	从蟑螂中分离的五种格拉雷菌	NA	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	五种格拉雷菌
538	2024-08-07	Single-Cell Study of Two Rat Models of Pulmonary Arterial Hypertension Reveals Connections to Human Pathobiology and Drug Repositioning 2021-04-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202006-2169OC PMID:33021809	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术分析了两种肺动脉高压（PAH）大鼠模型的肺部细胞和分子特征，并探讨了其与人类PAH病理生物学的关联及药物再定位的可能性	首次在单细胞分辨率下揭示了两种常用PAH模型中基因和通路的独特及共享失调情况，并展示了其与人类PAH的相关性和药物再定位的实用性	NA	确定并优先考虑PAH大鼠模型肺部失调的基因、通路和细胞类型，评估其与人类PAH的相关性并识别药物再定位候选物	肺动脉高压（PAH）大鼠模型的肺部细胞和分子特征	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括单冠毒素（MCT）、Sugen-低氧（SuHx）和对照组大鼠的肺部样本
539	2024-08-07	Transcriptomic studies of systemic lupus erythematosus 2021-Apr-09, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-021-00161-y PMID:33836832	综述	本文综述了系统性红斑狼疮（SLE）的转录组学研究，探讨了相关生物标志物和治疗策略的发现及其局限性	介绍了单细胞RNA测序在SLE血液和组织中的应用，揭示了分子异质性和关键亚群	某些研究发现仍存在争议，需要进一步研究以确定新的治疗靶点和精确的患者分层	探讨SLE的转录组学研究成果及其局限性	系统性红斑狼疮（SLE）的生物标志物和治疗策略	NA	系统性红斑狼疮	微阵列、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
540	2024-08-07	ACME dissociation: a versatile cell fixation-dissociation method for single-cell transcriptomics 2021-04-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02302-5 PMID:33827654	research paper	本文介绍了一种名为ACME的细胞固定-解离方法，用于单细胞转录组学研究	ACME方法能够在固定细胞的同时进行解离，保持RNA完整性，支持多次冷冻保存，并且细胞可分类和可渗透	NA	开发一种适用于单细胞转录组学的细胞固定-解离方法	单细胞转录组学中的细胞解离问题	生物技术	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	涉及不同物种的单细胞转录组数据