单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 501 - 520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2024-08-07 |
SSBER: removing batch effect for single-cell RNA sequencing data
2021-May-14, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04165-w
PMID:33990189
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SSBER的新方法，利用生物学先验知识指导校正，旨在解决细胞类型组成在批次间差异较大时批效应校正不佳的问题 | SSBER方法通过利用生物学先验知识，有效解决了细胞类型组成差异大时的批效应校正问题 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中由于细胞类型组成差异大导致的批效应校正不佳问题 | 单细胞RNA测序数据中的批效应 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 502 | 2024-08-07 |
Cross-Predicting Essential Genes between Two Model Eukaryotic Species Using Machine Learning
2021-May-11, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22105056
PMID:34064595
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研究论文 | 本文利用机器学习方法研究了两种模式真核生物间关键基因的交叉预测 | 首次展示了利用特定特征集进行跨物种关键基因预测的可能性 | NA | 探索并验证两种模式真核生物中共有的关键基因特征，实现跨物种的关键基因预测 | 关键基因的特征及其在两种模式真核生物间的交叉预测 | 机器学习 | NA | 机器学习 | NA | 核酸/蛋白质序列、蛋白质直系同源性、亚细胞定位、单细胞RNA测序、组蛋白甲基化标记 | NA |
| 503 | 2024-08-07 |
Cryopreservation of human cancers conserves tumour heterogeneity for single-cell multi-omics analysis
2021-05-10, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00885-z
PMID:33971952
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研究论文 | 本文研究了人类癌症的低温保存技术如何保留肿瘤异质性，以便进行单细胞多组学分析。 | 首次在复杂的人体组织（如实体癌）和高通量单细胞RNA测序平台上探索组织保存方法的效果。 | 研究主要集中在乳腺癌、前列腺癌和皮肤黑色素瘤上，可能不适用于所有类型的癌症。 | 探讨低温保存技术对人类癌症单细胞多组学分析的影响。 | 乳腺癌、前列腺癌和皮肤黑色素瘤的单细胞RNA测序。 | 数字病理学 | 乳腺癌, 前列腺癌, 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）, CITE-Seq | NA | 细胞 | 约120,000个细胞，包括三个原发性乳腺癌、两个原发性前列腺癌和一个皮肤黑色素瘤。 |
| 504 | 2024-08-07 |
Single-cell sequencing of the small and AT-skewed genome of malaria parasites
2021-05-04, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00889-9
PMID:33947449
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research paper | 本文介绍了一种针对具有小基因组和极端碱基含量的细胞内寄生虫——恶性疟原虫的单细胞测序流程 | 通过优化准线性扩增方法，本文能够针对寄生虫基因组而非污染物进行扩增，并生成允许检测次要遗传变异的覆盖水平 | NA | 旨在开发和优化针对具有挑战性基因组的单细胞扩增和变异分析方法 | 恶性疟原虫的单细胞基因组 | digital pathology | malaria | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 505 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing to study vascular diversity and function
2021-05-01, Current opinion in hematology
IF:3.1Q2
DOI:10.1097/MOH.0000000000000651
PMID:33714967
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在研究血管细胞多样性和功能中的应用 | scRNA-seq技术能够同时捕获复杂组织中数千个单个细胞的转录组信息，具有显著的分辨率 | scRNA-seq数据在实验策略、分析和解释方面仍需进一步讨论和审查 | 强调利用scRNA-seq技术研究血管细胞的策略和方法，并规避相关潜在问题 | 血管细胞的转录组信息 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 数千个单个细胞 |
| 506 | 2024-08-07 |
Performance assessment of sample-specific network control methods for bulk and single-cell biological data analysis
2021-05, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1008962
PMID:33956788
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研究论文 | 本文评估了16种样本特异性网络控制方法的工作流程，通过结合4种样本特异性网络重建方法和4种代表性结构控制方法，对生物网络系统的样本特异性控制分析进行了全面评估。 | 首次对多种样本特异性网络控制方法进行了综合性能评估，并提供了推荐和基准工作流程。 | NA | 评估样本特异性网络控制方法在批量和单细胞生物数据分析中的性能。 | 样本特异性网络控制方法的性能评估。 | 生物信息学 | NA | 样本特异性网络重建方法和结构控制方法 | NA | 生物网络数据 | 多个癌症批量表达数据集和单细胞RNA-seq数据集 |
| 507 | 2024-08-07 |
The molecular landscape of neural differentiation in the developing Drosophila brain revealed by targeted scRNA-seq and multi-informatic analysis
2021-04-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109039
PMID:33909998
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研究论文 | 本文通过靶向单细胞mRNA测序和多信息分析方法，揭示了发育中的果蝇大脑中神经分化过程的分子景观 | 本文结合先验知识、计算机分析和原位验证，描述了从单一发育快照中获得的分子景观，并提供了基因-基因相关性的注释表和用于交互分析scRNA-seq数据的网络工具 | NA | 研究果蝇大脑中神经分化过程的分子机制 | 果蝇第三龄幼虫大脑中的II型神经母细胞系 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个样本，包括至少12种神经亚型 |
| 508 | 2024-08-07 |
Early satellite cell communication creates a permissive environment for long-term muscle growth
2021-Apr-23, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102372
PMID:33948557
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研究论文 | 本研究通过追踪肌肉干细胞（卫星细胞）特异性的细胞外囊泡（EV）、卫星细胞耗竭、细胞培养和单细胞RNA测序，展示了卫星细胞在骨骼肌机械超负荷期间与其他细胞的交流 | 首次揭示了卫星细胞通过早期EV交流为长期肌肉生长创造适宜环境，即使在未融合到肌纤维的情况下也能支持成年小鼠的持续肥大 | NA | 探究卫星细胞在骨骼肌机械超负荷期间的细胞间交流及其对肌肉适应的影响 | 肌肉干细胞（卫星细胞）及其在骨骼肌生长中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 成年小鼠 |
| 509 | 2024-08-07 |
Whole-organism eQTL mapping at cellular resolution with single-cell sequencing
2021-03-18, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.65857
PMID:33734084
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research paper | 本文开发了一种新方法，利用单细胞RNA测序在模式线虫中以细胞分辨率映射eQTL，揭示了细胞类型特异性的eQTL热点及其在神经系统中的单细胞特异性效应。 | 本文开发了一种新颖的方法，利用单细胞RNA测序技术在单次实验中以细胞分辨率映射eQTL，揭示了细胞类型特异性和单细胞特异性的eQTL效应。 | NA | 研究基因表达的遗传调控如何影响疾病风险和其他复杂性状的变异。 | 研究细胞类型特异性和单细胞特异性的表达数量性状位点（eQTL）效应。 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 极大量的遗传上不同的个体 |
| 510 | 2024-08-07 |
Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex
2021-03, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-00787-0
PMID:33558695
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研究论文 | 本研究利用10x Genomics Visium平台，在人类背外侧前额叶皮质的六个层次中定义了基因表达的空间地形图 | 研究首次在转录组规模上定义了人类背外侧前额叶皮质的空间基因表达地形图，并开发了一个数据驱动的框架来定义空间转录组数据中的无监督聚类 | NA | 旨在探索人类背外侧前额叶皮质的空间基因表达模式及其与神经精神疾病的关联 | 人类背外侧前额叶皮质的基因表达 | 数字病理学 | 精神疾病 | 单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 511 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptomics: Current Methods and Challenges in Data Acquisition and Analysis
2021, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2021.591122
PMID:33967674
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组学的方法、文库制备和数据生成，并强调了计算挑战 | 单细胞转录组学能够揭示人类生命的新基础，并提供科学界新的见解 | 由于起始材料少，SC-RNA-seq数据面临多种计算挑战，如归一化、差异基因表达分析和降维等 | 探讨单细胞转录组学在数据获取和分析中的当前方法和挑战 | 单细胞转录组学数据及其分析方法 | 测序技术 | NA | 单细胞RNA测序（SC-RNA-seq） | NA | 转录组数据 | 数百万细胞 |
| 512 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA-seq Reveals Angiotensin-Converting Enzyme 2 and Transmembrane Serine Protease 2 Expression in TROP2+ Liver Progenitor Cells: Implications in Coronavirus Disease 2019-Associated Liver Dysfunction
2021, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2021.603374
PMID:33968947
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，调查了人类肝脏中与冠状病毒疾病2019（COVID-19）相关的肝功能障碍的潜在肝细胞类型 | 首次发现TROP2肝祖细胞中血管紧张素转换酶2和跨膜丝氨酸蛋白酶2的共表达，并揭示了这些细胞在COVID-19相关肝功能障碍中的作用 | NA | 探索COVID-19患者中肝功能障碍的特定靶细胞类型，并研究其与病毒入侵的关系 | 人类肝脏中的单细胞 | 数字病理学 | 冠状病毒疾病2019 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 约300,000个单细胞，来自五种不同类型的人类肝脏组织（胎儿、健康、肝硬化、肿瘤及邻近正常组织） |
| 513 | 2024-08-07 |
A robust method of nuclei isolation for single-cell RNA sequencing of solid tissues from the plant genus Populus
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0251149
PMID:33974645
|
研究论文 | 本文介绍了一种从植物杨属中提取高质量原生质体的简单方法，通过从单个细胞核中提取mRNA进行单细胞RNA测序 | 提出了一种新的方法，通过从单个细胞核中提取mRNA，而不是整个细胞，来生成高质量的原生质体，适用于具有不同细胞复杂性和细胞壁结构的植物材料 | 该方法主要在杨属植物的顶端和更木质化的茎部进行了测试，可能需要进一步验证其在其他植物种类中的适用性 | 开发一种适用于植物组织单细胞RNA测序的新方法，以克服现有技术的局限性 | 杨属植物的顶端和木质化茎部组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA | 使用了两种不同复杂性和细胞壁结构的杨属植物材料 |
| 514 | 2024-08-07 |
Unraveling Root Development Through Single-Cell Omics and Reconstruction of Gene Regulatory Networks
2021, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2021.661361
PMID:34017350
|
综述 | 本文综述了单细胞组学技术在植物和动物中应用的不同策略，并探讨了如何利用这些技术揭示新的调控机制和重建基因调控网络（GRN） | 本文介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在侧根发育中的应用，以及如何整合scRNA-seq结果与之前的RNA测序数据和基因调控网络 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在侧根发育研究中的应用，以及如何通过这些技术揭示细胞命运指定和模式化的基本生物学机制 | 侧根发育过程中的细胞命运指定和基因调控网络 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 515 | 2024-08-07 |
Epigenetic Regulation in Hydra: Conserved and Divergent Roles
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.663208
PMID:34041242
|
综述 | 本文综述了水螅中表观遗传调控的现代知识，包括与其他刺胞动物的研究以及调控机制之间的相互作用 | 探讨了表观遗传机制在转录调控中的祖先和分化作用，并利用单细胞转录组数据预测了潜在基因调控成分的生理相关性 | NA | 深入理解刺胞动物和两侧对称动物分化前基因调控过程的进化基础 | 水螅及其他前两侧对称生物的表观遗传调控机制 | 表观遗传学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 516 | 2024-08-07 |
Dysfunction of Decidual Macrophages Is a Potential Risk Factor in the Occurrence of Preeclampsia
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.655655
PMID:34054819
|
研究论文 | 本研究探讨了蜕膜巨噬细胞功能障碍作为子痫前期发生的风险因素 | 通过基因表达谱分析和单细胞测序，揭示了蜕膜巨噬细胞与其他蜕膜免疫细胞间的相互作用对子痫前期的影响 | 研究主要集中在基因和细胞层面，对临床干预的具体机制尚不明确 | 探究蜕膜巨噬细胞在子痫前期发病机制中的作用 | 蜕膜巨噬细胞及其与其他免疫细胞的相互作用 | NA | 妊娠相关疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 517 | 2024-08-07 |
Understanding the Adult Mammalian Heart at Single-Cell RNA-Seq Resolution
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.645276
PMID:34055776
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在理解成年哺乳动物心脏细胞多样性方面的应用和进展 | 单细胞RNA测序技术使得心血管研究领域能够重新定义心脏细胞亚群，并通过细胞特异性转录组特征无偏倚地识别相关甚至新的细胞类型 | 讨论了单细胞RNA测序技术的应用和局限性 | 增加对正常和病理性心脏的理解 | 成年哺乳动物心脏的细胞多样性 | NA | 心脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 518 | 2024-08-07 |
The role of single-cell sequencing in studying tumour evolution
2021, Faculty reviews
DOI:10.12703/r/10-49
PMID:34131659
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在研究肿瘤进化中的作用 | 单细胞测序技术提供了对肿瘤进化动态过程的最终分辨率的洞察 | NA | 探讨单细胞测序技术如何为理解肿瘤进化提供变革性的见解 | 肿瘤细胞的体细胞（表观）基因组变化及其引起的表型后果 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 519 | 2024-08-07 |
Meta-Analysis of Smooth Muscle Lineage Transcriptomes in Atherosclerosis and Their Relationships to In Vitro Models
2021, Immunometabolism
DOI:10.20900/immunometab20210022
PMID:34178388
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meta-analysis | 本研究对来自小鼠动脉粥样硬化的五个实验中的平滑肌细胞系追踪细胞的单细胞RNA测序数据进行了元分析，并将体内表达谱与体外胆固醇加载的平滑肌细胞和极化巨噬细胞的数据集进行了比较 | 研究揭示了体外胆固醇加载模型不足以模拟体内平滑肌细胞状态的转变，强调了开发更好细胞模型的必要性 | 体外数据与体内观察到的细胞状态转变不一致，表明现有体外模型存在局限性 | 旨在理解动脉粥样硬化中平滑肌细胞命运的转变，并评估现有体外模型的有效性 | 研究对象包括动脉粥样硬化中的平滑肌细胞和巨噬细胞，以及它们在体内外的表达谱 | digital pathology | cardiovascular disease | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及五个小鼠动脉粥样硬化实验的单细胞数据，以及三个体外胆固醇加载的平滑肌细胞实验和三个极化巨噬细胞实验的数据 |
| 520 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals the Cellular Heterogeneity of Cardiovascular Diseases
2021, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2021.643519
PMID:34179129
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学揭示心血管疾病的细胞异质性 | 利用单细胞转录组学技术全面捕捉单个细胞内的基因表达图谱，识别稀有或未知的细胞亚群，分析单细胞轨迹和干细胞或前体细胞系转换 | 讨论了单细胞转录组学在心血管疾病研究中的当前局限性和有前景的临床潜力 | 总结正常血管和动脉粥样硬化、主动脉瘤、肺动脉高压中的细胞集群和基因表达模式，揭示血管异质性和心血管疾病的新调控因子 | 心血管疾病的细胞亚群及其基因表达特征 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确具体样本数量 |