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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2024-08-07 |
Modelling human blastocysts by reprogramming fibroblasts into iBlastoids
2021-Mar, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03372-y
PMID:33731926
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研究论文 | 本文描述了将成纤维细胞重编程为体外三维人类囊胚模型(称为iBlastoids)的方法 | iBlastoids能够模拟囊胚的整体结构,包括内细胞团样结构、外胚层和原始内胚层样细胞、囊胚腔样腔隙以及滋养层样外层细胞,并能产生多能性和滋养层干细胞,模拟植入早期的几个方面 | NA | 开发一个可扩展且易于操作的系统来模拟人类囊胚生物学,以促进早期人类发育的研究 | 人类囊胚的生物学特性 | 细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学 | 三维模型 | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 502 | 2024-08-07 |
APOL1 risk variants in individuals of African genetic ancestry drive endothelial cell defects that exacerbate sepsis
2021-11-09, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.10.004
PMID:34715018
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研究论文 | 研究探讨了非洲遗传背景下APOL1风险变异体对内皮细胞缺陷的影响,以及这些缺陷如何加剧败血症 | 首次揭示了APOL1风险变异体通过干扰线粒体自噬,激活炎症小体和STING通路,导致败血症中内皮细胞的渗透性缺陷和炎症反应 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,需要进一步的人体临床研究验证 | 识别炎症小体和STING通路作为减少APOL1相关健康差异的潜在目标 | 非洲遗传背景下的APOL1风险变异体对内皮细胞和败血症的影响 | NA | 败血症 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 涉及人类肾脏内皮细胞和小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 503 | 2024-08-07 |
A convolutional neural network for common coordinate registration of high-resolution histology images
2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab447
PMID:34128955
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研究论文 | 本文介绍了一种新的卷积神经网络(CNN)架构,用于高分辨率组织学图像的通用坐标注册 | 提出了一种结合局部分类CNN和全局分割CNN的混合网络架构,能够以端到端的方式训练,并在多个数据集上展示了其相对于竞争方法的优势 | NA | 解决大规模空间组学数据研究中组织学图像从多源注册的紧迫问题 | 高分辨率组织学图像的注册 | 计算机视觉 | NA | 卷积神经网络(CNN) | CNN | 图像 | 参考组织学数据集以及两个已发表的空间转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 504 | 2024-08-07 |
PNOC Expressed by B Cells in Cholangiocarcinoma Was Survival Related and LAIR2 Could Be a T Cell Exhaustion Biomarker in Tumor Microenvironment: Characterization of Immune Microenvironment Combining Single-Cell and Bulk Sequencing Technology
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.647209
PMID:33841428
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研究论文 | 本研究通过结合批量测序和单细胞测序技术,探讨了胆管癌中的免疫浸润相关基因,特别是PNOC和LAIR2的作用 | 首次通过单细胞和批量测序技术结合,揭示了PNOC和LAIR2在胆管癌免疫浸润中的作用及其与患者生存的关系 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据,可能存在样本选择偏倚;未涉及临床干预性试验 | 探索胆管癌中的免疫浸润相关基因及其对患者生存的影响 | 胆管癌患者的免疫浸润状态及相关基因PNOC和LAIR2的表达 | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞测序和批量测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了TCGA CHOL, GSE32225, GSE26566和GSE138709的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 505 | 2024-08-07 |
The Physiology of Reproduction - Quo vadis?
2021, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2021.650550
PMID:33859571
|
研究论文 | 本文探讨了男性和女性生殖系统的生理动态性,并强调了当前对这一系统理解的不完整性 | 文章提出了微流控技术、干细胞生物学和单细胞转录组学与组织动态的整合作为解决当前理解不足的可能方法 | 尽管分子科学的进步有助于更详细地描述生殖系统的组成部分,但这些组件如何在时间和空间维度上相互作用和功能仍不清楚 | 旨在深入理解生殖系统的正常功能以及其在疾病、环境内分泌干扰物影响和衰老中的作用 | 研究对象包括生殖系统的生理动态性、信息网络和过程的质与量维度,以及其在整个生命周期中的作用 | NA | NA | 微流控技术、干细胞生物学、单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 506 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analysis of Antigen-Specific CD8+ T-Cell Transcripts Reveals Profiles Specific to mRNA or Adjuvanted Protein Vaccines
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.757151
PMID:34777370
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研究论文 | 本研究使用单细胞分析技术,通过小鼠模型研究了针对核酸和蛋白质基流感疫苗候选物的免疫优势血凝素(HA)特异性CD8+ T细胞反应 | 本研究通过单细胞转录组分析,发现了独特的CD8+ T细胞亚群,这些细胞在接种疫苗后共表达细胞毒性基因,并揭示了先前未检测到的抗原特异性CD8+ T细胞 | 研究主要集中在小鼠模型上,可能需要进一步的人体研究来验证这些发现 | 深入理解T细胞分化的分子机制,并探索单细胞分析在免疫反应研究中的应用 | CD8+ T细胞在接种核酸和蛋白质基流感疫苗后的反应 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 507 | 2024-08-07 |
scNetViz: from single cells to networks using Cytoscape
2021, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.52460.1
PMID:34912541
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为scNetViz的Cytoscape应用程序,用于通过网络分析帮助解释scRNA-seq数据中的细胞集群 | scNetViz通过计算每个基因在集群间的差异表达,并创建集群特异性的基因功能交互网络,为scRNA-seq数据分析提供了新的工具 | NA | 开发一个工具,通过网络生物学方法分析scRNA-seq数据,以深入理解驱动组织细胞类型异质性的基因 | scRNA-seq数据中的细胞集群及其基因表达模式 | 分子生物学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 508 | 2024-08-07 |
Single-cell profiling of T and B cell repertoires following SARS-CoV-2 mRNA vaccine
2021-12-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.153201
PMID:34935643
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和功能性检测,比较了接种两剂SARS-CoV-2 mRNA疫苗后与无症状康复者之间的体液和细胞免疫反应 | 本研究发现接种疫苗后富集了针对刺突蛋白的B细胞、激活的CD4+ T细胞以及强大的抗原特异性多功能CD4+ T细胞反应 | 尽管观察到克隆扩增的CD8+ T细胞,但其反应相对较弱且变化较大 | 探究接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的转录和免疫谱变化 | T细胞和B细胞的免疫谱 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 509 | 2024-08-07 |
Volumetric compression develops noise-driven single-cell heterogeneity
2021-12-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2110550118
PMID:34916290
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研究论文 | 本文研究了物理压缩对非小细胞肺癌细胞异质性的影响,并通过单细胞转录组测序和单分子荧光原位杂交技术进行了验证 | 首次揭示了物理微环境对单细胞异质性的贡献,并展示了机械刺激通过改变转录动力学影响细胞命运决定的机制 | NA | 探讨物理微环境对单细胞异质性的影响及其机制 | 非小细胞肺癌细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 510 | 2024-08-07 |
Impact of chemotherapy and immunotherapy on the composition and function of immune cells in COVID-19 convalescent with gynecological tumors
2021-12-04, Aging
DOI:10.18632/aging.203739
PMID:34862879
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研究论文 | 研究了化疗和免疫治疗对COVID-19康复者中妇科肿瘤患者免疫细胞组成和功能的影响 | 发现COVID-19康复者中妇科肿瘤患者的免疫细胞分子特征与无肿瘤的COVID-19患者相似,且抗PD-L1治疗能显著增强NK细胞和T细胞的细胞毒性评分及T细胞的克隆扩增 | 样本量较小,仅包括3名健康捐赠者、4名COVID-19患者和4名COVID-19合并妇科肿瘤患者 | 探讨COVID-19康复者中妇科肿瘤患者的免疫记忆及其对化疗和免疫治疗的响应 | COVID-19康复者中妇科肿瘤患者的免疫细胞 | NA | 妇科肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液样本 | 3名健康捐赠者,4名COVID-19患者,4名COVID-19合并妇科肿瘤患者 | NA | NA | NA | NA |
| 511 | 2024-08-07 |
Clinical and therapeutic relevance of cancer-associated fibroblasts
2021-12, Nature reviews. Clinical oncology
DOI:10.1038/s41571-021-00546-5
PMID:34489603
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综述 | 本文综述了癌症相关成纤维细胞(CAFs)在肿瘤发展和治疗中的临床相关性和治疗意义 | 通过单细胞RNA测序和新型小鼠模型,增加了对CAF多样性的理解 | 不同CAF群体的上下文依赖角色及其可互换的可塑性仍大多未知 | 探讨CAFs在癌症进展中的作用及其作为预后因子和治疗靶点的价值 | 癌症相关成纤维细胞及其在肿瘤微环境中的复杂相互作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 512 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals B cell-related molecular biomarkers for Alzheimer's disease
2021-12, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-021-00714-8
PMID:34880454
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了来自4名阿尔茨海默病(AD)患者和2名正常对照的外周血单个核细胞(PBMCs),探索了AD患者PBMCs中的差异细胞亚群,并发现了B细胞的显著减少。 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了与AD进展相关的B细胞分子标志物,并通过功能实验验证了B细胞在AD早期阶段的作用。 | 研究样本量较小,且仅限于AD患者和正常对照,未来研究需要扩大样本量并考虑更多疾病阶段和人群。 | 探索阿尔茨海默病中与B细胞相关的分子标志物,以促进AD进展的临床识别。 | 阿尔茨海默病患者的外周血单个核细胞(PBMCs)和B细胞。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 4名AD患者(早期2名,晚期2名)和2名正常对照,以及43名AD患者和41名正常受试者 | NA | NA | NA | NA |
| 513 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome atlas of human mesenchymal stem cells exploring cellular heterogeneity
2021-12, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.650
PMID:34965030
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研究论文 | 本研究利用大规模并行多重单细胞RNA测序技术,构建了超过13万个单个间充质干细胞的转录组图谱,以评估其异质性 | 首次构建了人类间充质干细胞的综合单细胞图谱,并发现了七个组织特异性和五个保守的MSC亚群,这些亚群具有不同的基因表达特征 | NA | 探索间充质干细胞的细胞异质性,以促进基于MSC的治疗效果的潜在改进 | 人类间充质干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 超过13万个单个间充质干细胞转录组,来自多个组织和供体,包括正常骨髓(3个)、脂肪组织(3个)、脐带(2个)和真皮(3个) | NA | NA | NA | NA |
| 514 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA Seq reveals cellular landscape-specific characteristics and potential etiologies for adolescent idiopathic scoliosis
2021-Dec, JOR spine
IF:3.4Q1
DOI:10.1002/jsp2.1184
PMID:35005449
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研究论文 | 本研究通过高通量单细胞RNA测序技术,比较了青少年特发性脊柱侧弯(AIS)患者与健康受试者脊椎松质骨组织的单细胞水平细胞景观,揭示了AIS中特定MSC和CPC集群的分化中断,并通过细胞通信分析提供了骨细胞和软骨细胞分化功能障碍的可能发病机制。 | 首次通过单细胞分析揭示了AIS患者与健康受试者在细胞状态上的差异,并发现了AIS中特定MSC和CPC集群的分化中断。 | NA | 探讨青少年特发性脊柱侧弯(AIS)患者与健康受试者在脊椎松质骨组织的单细胞水平细胞景观差异及其潜在的病因。 | 青少年特发性脊柱侧弯(AIS)患者与健康受试者的脊椎松质骨组织。 | 数字病理学 | 青少年特发性脊柱侧弯 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | t-分布随机邻域嵌入(t-SNE) | 基因组范围的转录组数据 | AIS患者与健康受试者的脊椎松质骨组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 515 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics at subspot resolution with BayesSpace
2021-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-00935-2
PMID:34083791
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research paper | 本文介绍了BayesSpace,一种完全贝叶斯统计方法,用于增强空间转录组数据的分辨率和聚类分析 | BayesSpace利用空间邻域信息提高空间转录组数据的分辨率,并改进对组织内转录组特征的识别 | NA | 提高空间转录组数据的分辨率和聚类分析的准确性 | 脑、黑色素瘤、浸润性导管癌和卵巢腺癌样本的转录组特征 | digital pathology | NA | 空间转录组技术 | 贝叶斯统计方法 | 转录组数据 | 脑、黑色素瘤、浸润性导管癌和卵巢腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 516 | 2024-08-07 |
Scalable, multimodal profiling of chromatin accessibility, gene expression and protein levels in single cells
2021-10, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-00927-2
PMID:34083792
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ASAP-seq的新工具,能够在单细胞水平上同时分析染色质可及性和蛋白质水平 | ASAP-seq结合了scATAC-seq数据和多种细胞表面及细胞内蛋白质标记物的检测,以及可选的线粒体DNA捕获,实现了单细胞中三种不同模态的同步分析 | NA | 展示系统性多组学分析在揭示基因调控中心法则中染色质、RNA和表面蛋白质协调及不同变化方面的应用 | 染色质可及性、基因表达和蛋白质水平在单细胞中的变化 | 基因组学 | NA | scATAC-seq, ASAP-seq | NA | 染色质可及性数据、蛋白质标记物数据、线粒体DNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 517 | 2024-08-07 |
Loss of Adam10 Disrupts Ion Transport in Immortalized Kidney Collecting Duct Cells
2021, Function (Oxford, England)
DOI:10.1093/function/zqab024
PMID:34131651
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研究论文 | 研究通过CRISPR-Cas9技术敲除mCCD细胞中的Adam10基因,观察其对钠转运能力和醛固酮反应的影响 | 首次揭示了Adam10基因敲除对肾皮质集合管细胞中钠转运和细胞标记物分布的影响 | 仅限于mCCD细胞系和特定基因敲除,可能不完全代表体内情况 | 探讨Adam10基因在肾皮质集合管细胞中的功能及其对离子转运的影响 | 自永生化的肾皮质集合管细胞系mCCD | NA | NA | CRISPR-Cas9技术,单细胞RNA测序,免疫染色 | NA | 单细胞RNA测序数据,免疫染色图像 | 多个独立的mCCD细胞克隆 | NA | NA | NA | NA |
| 518 | 2024-08-07 |
Single-Cell Sequencing of Hepatocellular Carcinoma Reveals Cell Interactions and Cell Heterogeneity in the Microenvironment
2021, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S338090
PMID:34992435
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术分析了肝细胞癌(HCC)样本和正常肝组织样本,揭示了微环境中的细胞相互作用和细胞异质性 | 本研究通过单细胞测序数据识别了新的HCC预后标志物,包括ALDOB, APOC3, APOH等10个关键基因 | NA | 旨在基于单细胞测序数据识别肝细胞癌的新预后标志物 | 肝细胞癌(HCC)样本和正常肝组织样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 21个HCC样本和256个正常肝组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 519 | 2024-08-07 |
A Single-Cell Transcriptome Profiling of Anterior Kidney Leukocytes From Nile Tilapia (Oreochromis niloticus)
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.783196
PMID:35027916
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序技术,对尼罗罗非鱼前肾中的白细胞进行了转录模式分析 | 首次使用单细胞转录组测序技术研究尼罗罗非鱼前肾白细胞的异质性,并识别出多种免疫细胞亚群 | 未能根据已知的特定标记物更详细地识别髓系细胞亚群 | 揭示尼罗罗非鱼前肾白细胞的亚群及其潜在标记物 | 尼罗罗非鱼前肾中的白细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 11,388个前肾白细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 520 | 2024-08-07 |
Natural Barcodes for Longitudinal Single Cell Tracking of Leukemic and Immune Cell Dynamics
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.788891
PMID:35046946
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review | 本文综述了利用染色体拷贝数变化、体细胞核和线粒体DNA突变、单核苷酸多态性以及T和B细胞受体序列作为个人自然条形码,在单细胞分析工作流程中的技术实现及其应用 | 介绍了多模态单细胞测序技术的新平台,以及如何利用分子事件作为条形码追踪恶性细胞和免疫细胞群体随时间的变化 | NA | 探讨血液恶性肿瘤治疗瓶颈后疾病演变的纵向追踪以及抗肿瘤免疫变化监测的新方法 | 血液恶性肿瘤中的恶性细胞和免疫细胞动态 | digital pathology | 血液恶性肿瘤 | multi-modal single-cell sequencing | NA | DNA 和 RNA 序列 | NA | NA | NA | NA | NA |