单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 501 - 520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics at subspot resolution with BayesSpace
2021-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-00935-2
PMID:34083791
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research paper | 本文介绍了BayesSpace，一种完全贝叶斯统计方法，用于增强空间转录组数据的分辨率和聚类分析 | BayesSpace利用空间邻域信息提高空间转录组数据的分辨率，并改进对组织内转录组特征的识别 | NA | 提高空间转录组数据的分辨率和聚类分析的准确性 | 脑、黑色素瘤、浸润性导管癌和卵巢腺癌样本的转录组特征 | digital pathology | NA | 空间转录组技术 | 贝叶斯统计方法 | 转录组数据 | 脑、黑色素瘤、浸润性导管癌和卵巢腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 502 | 2024-08-07 |
Scalable, multimodal profiling of chromatin accessibility, gene expression and protein levels in single cells
2021-10, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-00927-2
PMID:34083792
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ASAP-seq的新工具，能够在单细胞水平上同时分析染色质可及性和蛋白质水平 | ASAP-seq结合了scATAC-seq数据和多种细胞表面及细胞内蛋白质标记物的检测，以及可选的线粒体DNA捕获，实现了单细胞中三种不同模态的同步分析 | NA | 展示系统性多组学分析在揭示基因调控中心法则中染色质、RNA和表面蛋白质协调及不同变化方面的应用 | 染色质可及性、基因表达和蛋白质水平在单细胞中的变化 | 基因组学 | NA | scATAC-seq, ASAP-seq | NA | 染色质可及性数据、蛋白质标记物数据、线粒体DNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 503 | 2024-08-07 |
Loss of Adam10 Disrupts Ion Transport in Immortalized Kidney Collecting Duct Cells
2021, Function (Oxford, England)
DOI:10.1093/function/zqab024
PMID:34131651
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研究论文 | 研究通过CRISPR-Cas9技术敲除mCCD细胞中的Adam10基因，观察其对钠转运能力和醛固酮反应的影响 | 首次揭示了Adam10基因敲除对肾皮质集合管细胞中钠转运和细胞标记物分布的影响 | 仅限于mCCD细胞系和特定基因敲除，可能不完全代表体内情况 | 探讨Adam10基因在肾皮质集合管细胞中的功能及其对离子转运的影响 | 自永生化的肾皮质集合管细胞系mCCD | NA | NA | CRISPR-Cas9技术，单细胞RNA测序，免疫染色 | NA | 单细胞RNA测序数据，免疫染色图像 | 多个独立的mCCD细胞克隆 | NA | NA | NA | NA |
| 504 | 2024-08-07 |
Single-Cell Sequencing of Hepatocellular Carcinoma Reveals Cell Interactions and Cell Heterogeneity in the Microenvironment
2021, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S338090
PMID:34992435
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术分析了肝细胞癌（HCC）样本和正常肝组织样本，揭示了微环境中的细胞相互作用和细胞异质性 | 本研究通过单细胞测序数据识别了新的HCC预后标志物，包括ALDOB, APOC3, APOH等10个关键基因 | NA | 旨在基于单细胞测序数据识别肝细胞癌的新预后标志物 | 肝细胞癌（HCC）样本和正常肝组织样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 21个HCC样本和256个正常肝组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 505 | 2024-08-07 |
A Single-Cell Transcriptome Profiling of Anterior Kidney Leukocytes From Nile Tilapia (Oreochromis niloticus)
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.783196
PMID:35027916
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序技术，对尼罗罗非鱼前肾中的白细胞进行了转录模式分析 | 首次使用单细胞转录组测序技术研究尼罗罗非鱼前肾白细胞的异质性，并识别出多种免疫细胞亚群 | 未能根据已知的特定标记物更详细地识别髓系细胞亚群 | 揭示尼罗罗非鱼前肾白细胞的亚群及其潜在标记物 | 尼罗罗非鱼前肾中的白细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 11,388个前肾白细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 506 | 2024-08-07 |
Natural Barcodes for Longitudinal Single Cell Tracking of Leukemic and Immune Cell Dynamics
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.788891
PMID:35046946
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review | 本文综述了利用染色体拷贝数变化、体细胞核和线粒体DNA突变、单核苷酸多态性以及T和B细胞受体序列作为个人自然条形码，在单细胞分析工作流程中的技术实现及其应用 | 介绍了多模态单细胞测序技术的新平台，以及如何利用分子事件作为条形码追踪恶性细胞和免疫细胞群体随时间的变化 | NA | 探讨血液恶性肿瘤治疗瓶颈后疾病演变的纵向追踪以及抗肿瘤免疫变化监测的新方法 | 血液恶性肿瘤中的恶性细胞和免疫细胞动态 | digital pathology | 血液恶性肿瘤 | multi-modal single-cell sequencing | NA | DNA 和 RNA 序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 507 | 2024-08-07 |
Deciphering the Immune-Tumor Interplay During Early-Stage Lung Cancer Development via Single-Cell Technology
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.716042
PMID:35047383
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研究论文 | 本研究利用单细胞技术解码早期肺癌发展过程中的免疫-肿瘤相互作用 | 利用单细胞测序技术探索早期肺癌中肿瘤免疫微环境的详细机制 | 目前主要集中在肿瘤临床可检测的“逃逸”阶段，早期阶段的机制尚不明确 | 深入理解早期肺癌发展过程中免疫反应及其动态变化 | 早期肺癌的免疫-肿瘤相互作用 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞数据 | 未具体说明 | NA | NA | NA | NA |
| 508 | 2024-08-07 |
Principles of Spatial Transcriptomics Analysis: A Practical Walk-Through in Kidney Tissue
2021, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2021.809346
PMID:35069263
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review | 本文综述了空间转录组技术及其在肾脏组织中的应用，特别是Slide-seqV2技术的使用 | 介绍了Slide-seqV2技术在近单细胞分辨率下收集空间转录组数据的能力 | NA | 探讨空间转录组技术在肾脏组织中的应用，并展示如何通过这些技术进行细胞类型映射和空间细胞类型及转录组特征分析 | 肾脏组织及其空间结构中的细胞和基因表达特征 | digital pathology | NA | Slide-seqV2 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 509 | 2024-08-07 |
External signals regulate continuous transcriptional states in hematopoietic stem cells
2021-12-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.66512
PMID:34939923
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了在小鼠造血干细胞和LSK前体细胞中，外部信号干扰素、粒细胞集落刺激因子和前列腺素对细胞状态的影响 | 首次全面分析了造血干细胞对外部刺激的反应异质性和特异性，并揭示了细胞内在的染色质状态与对外部信号反应的关系 | NA | 探究外部信号如何调控造血干细胞的连续转录状态 | 造血干细胞及其前体细胞对外部刺激的反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-Seq） | NA | 基因表达数据 | 功能验证的小鼠造血干细胞和LSK前体细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 510 | 2024-08-07 |
Single Cell Sequencing of Induced Pluripotent Stem Cell Derived Retinal Ganglion Cells (iPSC-RGC) Reveals Distinct Molecular Signatures and RGC Subtypes
2021-12-18, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes12122015
PMID:34946963
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术分析了由诱导多能干细胞（iPSC）衍生的视网膜神经节细胞（RGC），以识别不同的分子特征和RGC亚型 | 首次通过单细胞测序技术揭示了iPSC衍生的RGC中的分子特征和亚型多样性 | 仅限于使用特定技术（Chromium Single Cell 3' V3协议和Illumina Novaseq）进行测序，可能限制了数据的多功能性 | 旨在识别由iPSC衍生的RGC中的差异表达基因（DEG）和RGC亚型 | 人诱导多能干细胞（iPSC）衍生的视网膜神经节细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 4705个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 511 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals a strong connection between Gadd45g upregulation and oncolytic HSV infection in tumor tissue
2021-Dec-17, Molecular therapy oncolytics
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.omto.2021.10.006
PMID:34786476
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肿瘤组织在接受基于单纯疱疹病毒2的溶瘤病毒治疗后的基因表达谱 | 揭示了溶瘤病毒感染肿瘤细胞后Gadd45g基因显著上调的现象，并探讨了其对病毒复制的影响 | NA | 研究溶瘤病毒在肿瘤组织中的感染效率及其对肿瘤细胞基因表达的影响 | 肿瘤组织在接受溶瘤病毒治疗后的基因表达变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 512 | 2024-08-07 |
Dissociation of intact adult mouse cortical projection neurons for single-cell RNA-seq
2021-12-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100941
PMID:34877546
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research paper | 本文提供了一种改进的流程，用于从成年小鼠皮质中分离完整的投射神经元，适用于液滴和板式单细胞RNA测序、qPCR、免疫细胞化学和长期细胞培养等应用 | 该协议使用现成的试剂，无需昂贵的分离试剂盒，通过独特的孵育步骤和FACS门控策略，实现了对成年大脑皮质神经元前所未有的富集 | NA | 开发一种稳健且可重复的分离流程，用于从成年小鼠皮质中分离完整的投射神经元 | 成年小鼠皮质中的投射神经元 | digital pathology | NA | single-cell RNA-seq | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 513 | 2024-08-07 |
Beyondcell: targeting cancer therapeutic heterogeneity in single-cell RNA-seq data
2021-12-16, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-01001-x
PMID:34911571
|
研究论文 | 本文介绍了Beyondcell方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别具有不同药物反应的肿瘤细胞亚群并提出癌症特异性治疗方案 | Beyondcell方法通过计算药物签名富集分数，界定治疗簇（TCs）在细胞群体中的分布，并确定细胞群体间的治疗差异，生成基于敏感性的优先级排名以指导药物选择 | NA | 开发一种计算方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别肿瘤细胞亚群并提出癌症特异性治疗方案 | 单细胞RNA测序数据中的肿瘤细胞亚群及其药物反应 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 五个单细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 514 | 2024-08-07 |
Predicting heterogeneity in clone-specific therapeutic vulnerabilities using single-cell transcriptomic signatures
2021-12-16, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-01000-y
PMID:34915921
|
研究论文 | 本文通过大规模癌症组学数据分析，利用单细胞RNA测序和推荐系统CaDRReS-Sc，研究了肿瘤内转录组异质性对预测临床结果的重要性，并展示了异质基因表达特征在预测药物反应中的高准确性 | 本文首次利用单细胞RNA测序和推荐系统CaDRReS-Sc，展示了异质基因表达特征在预测药物反应中的高准确性，并验证了其在单药治疗和组合治疗中的有效性 | NA | 研究肿瘤内转录组异质性对预测临床结果的影响，并开发一种新的方法来加速药物再利用研究 | 肿瘤内转录组异质性和药物反应预测 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 推荐系统 | 转录组数据 | 大规模癌症组学数据集和患者近端细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 515 | 2024-08-07 |
Deciphering regulatory protein activity in human pancreatic islets via reverse engineering of single-cell sequencing data
2021-12-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI154482
PMID:34907912
|
研究论文 | 本文通过逆向工程从单细胞RNA测序数据中解析了人类胰岛中调控蛋白的活性，并探讨了这些活性在2型糖尿病（T2D）中的独特模式 | 首次应用逆向工程方法从单细胞RNA测序数据中获取调控蛋白活性，并识别出与T2D相关的独特调控蛋白活性模式 | NA | 揭示2型糖尿病中胰岛功能障碍的分子机制 | 人类胰岛中的调控蛋白活性 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 非糖尿病和T2D患者的胰岛样本 | NA | NA | NA | NA |
| 516 | 2024-08-07 |
Single-cell characterization of monolayer cultured human dental pulp stem cells with enhanced differentiation capacity
2021-12-15, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-021-00140-6
PMID:34911932
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术研究了新鲜分离和单层培养的人牙髓干细胞的转录差异 | 首次揭示了单层培养的人牙髓干细胞与新鲜分离的细胞在细胞组成上的变化，并发现了一种具有增强分化潜能的亚群 | NA | 研究单层培养的人牙髓干细胞的转录差异及其在再生医学中的潜在价值 | 人牙髓干细胞及其在单层培养后的转录特征 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 517 | 2024-08-07 |
Benchmarking UMI-based single-cell RNA-seq preprocessing workflows
2021-12-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02552-3
PMID:34906205
|
研究论文 | 本文系统地比较了10种基于UMI的单细胞RNA测序预处理工作流程的性能 | 首次全面比较了多种单细胞RNA测序预处理工作流程，并评估了它们对下游分析的影响 | 未详细讨论每种工作流程的具体技术细节和潜在的改进空间 | 比较不同单细胞RNA测序预处理工作流程的性能，并评估它们对下游分析的影响 | 10种基于UMI的单细胞RNA测序预处理工作流程 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用不同生物复杂性水平的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 518 | 2024-08-07 |
geneBasis: an iterative approach for unsupervised selection of targeted gene panels from scRNA-seq
2021-12-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02548-z
PMID:34872616
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为geneBasis的无监督迭代方法，用于从scRNA-seq数据集中选择最优基因面板 | geneBasis方法通过迭代选择能够最大化真实流形与当前选定基因面板构建流形之间距离的基因，从而优于现有策略 | NA | 旨在从scRNA-seq数据中选择适用于空间转录组学等技术的最优基因子集 | scRNA-seq数据集中的基因面板选择 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 519 | 2024-08-07 |
Transcriptomic Mapping of Neural Diversity, Differentiation and Functional Trajectory in iPSC-Derived 3D Brain Organoid Models
2021-12-05, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells10123422
PMID:34943930
|
研究论文 | 本研究结合并分析了8个脑类器官转录组数据库，研究分化协议与其在不同3D类器官和外来脑模型中产生的细胞功能之间的相关性 | 利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）转录组数据集进行综合分析，探索晚期神经功能发育的转录组研究 | 类器官间的高变异性使得特定基因调控途径在3D类器官与原生大脑之间的比较变得困难 | 研究中枢神经系统（CNS）的发育和病理生理学，特别是神经多样性、分化和功能轨迹 | 诱导多能干细胞（iPSC）衍生的3D脑类器官模型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | PCA（主成分分析）和UMAP（均匀流形近似投影） | 转录组数据 | 8个脑类器官转录组数据库 | NA | NA | NA | NA |
| 520 | 2024-08-07 |
DropletQC: improved identification of empty droplets and damaged cells in single-cell RNA-seq data
2021-12-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02547-0
PMID:34857027
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DropletQC的新方法，用于检测单细胞RNA测序数据中的空液滴、受损细胞和完整细胞，并准确区分它们 | DropletQC基于一种新的质量控制指标——核分数，该指标量化了每个液滴中来自未剪接的核前mRNA的RNA分数 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中空液滴和受损细胞的识别准确性 | 单细胞RNA测序数据中的空液滴、受损细胞和完整细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 通常涉及数万个细胞的单次实验 | NA | NA | NA | NA |