单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2024-08-07	Single-cell transcriptomics reveals the landscape of intra-tumoral heterogeneity and transcriptional activities of ECs in CC 2021-Jun-04, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2021.03.017 PMID:33996252	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术分析了宫颈癌及其邻近正常组织的细胞，揭示了肿瘤内异质性和内皮细胞的转录活性。	首次对宫颈癌细胞及其微环境进行单细胞转录组分析，识别了肿瘤细胞的亚群及其特定的生物学功能和预后差异。	研究仅限于宫颈癌组织和邻近正常组织的细胞，未涉及更广泛的样本范围。	揭示宫颈癌的肿瘤内异质性和内皮细胞的发展过程，为宫颈癌治疗提供新的思路。	宫颈癌细胞及其微环境中的内皮细胞。	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	20,938个细胞
482	2024-08-07	Fusion of single-cell transcriptome and DNA-binding data, for genomic network inference in cortical development 2021-Jun-04, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04201-9 PMID:34088262	研究论文	本文提出了一种新的动态基因组网络模型，结合单细胞转录组数据和DNA结合数据，用于推断皮质发育中的基因调控模式	该模型融合了实验特定的基因表达数据和公开可用的DNA结合数据，能够高效地应用于包含数万个转录本的基因组数据	NA	推断动态过程中的基因组调控影响模式，如发育过程	人类胎儿皮质发育中的基因组调控模式	计算生物学	NA	基因组网络模型	动态基因组网络模型	转录组数据，DNA结合数据	数万个转录本
483	2024-08-07	HGF/c-Met Inhibition as Adjuvant Therapy Improves Outcomes in an Orthotopic Mouse Model of Pancreatic Cancer 2021-Jun-02, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13112763 PMID:34199452	研究论文	本研究探讨了HGF/c-Met抑制剂作为辅助疗法在胰腺癌小鼠模型中的效果，并首次证实了循环胰腺星状细胞（cPSCs）的存在。	首次证明辅助性HGF/c-Met抑制剂对胰腺癌的有效性，并首次证实循环胰腺星状细胞（cPSCs）的存在。	NA	研究HGF/c-Met抑制剂在预防胰腺癌切除后进展中的作用，并探索循环胰腺星状细胞（cPSCs）作为转移性胰腺癌的介质。	胰腺癌小鼠模型，包括植入荧光素酶标记的人胰腺癌细胞和人类胰腺星状细胞。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	62只小鼠
484	2024-08-07	Pancreatic cancer is marked by complement-high blood monocytes and tumor-associated macrophages 2021-06, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202000935 PMID:33782087	研究论文	本研究通过在免疫活性肿瘤携带和对照小鼠中植入生物材料支架，识别出一种独特的肿瘤特异性基因表达特征，并通过单细胞RNA测序技术映射到两种不同的巨噬细胞群体，揭示了胰腺导管腺癌患者系统性免疫变化的两个独特肿瘤相关巨噬细胞和单核细胞群体。	本研究首次通过单细胞RNA测序技术识别出胰腺导管腺癌中两种独特的肿瘤相关巨噬细胞和单核细胞群体，揭示了肿瘤微环境在远端部位的变化。	研究主要集中在小鼠模型和患者样本的单细胞RNA测序分析，未涉及更广泛的临床验证和功能性实验。	揭示胰腺导管腺癌中肿瘤相关巨噬细胞和单核细胞的基因表达特征及其在系统性免疫变化中的作用。	胰腺导管腺癌中的巨噬细胞和单核细胞。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括肿瘤携带和对照小鼠以及胰腺导管腺癌患者样本
485	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis Uncovers Intratumoral Heterogeneity and Underlying Mechanisms for Drug Resistance in Hepatobiliary Tumor Organoids 2021-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202003897 PMID:34105295	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了七种肝胆肿瘤类器官，揭示了肿瘤内异质性和药物抗性的分子机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示肝胆肿瘤类器官的肿瘤内异质性和药物抗性的分子机制	研究仅限于七种肝胆肿瘤类器官，可能无法完全代表所有肝胆肿瘤的情况	探索肝胆肿瘤类器官的异质性和药物抗性的分子机制	肝胆肿瘤类器官	数字病理学	肝胆肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	七种肝胆肿瘤类器官
486	2024-08-07	Computational systems-biology approaches for modeling gene networks driving epithelial-mesenchymal transitions 2021-Jun, Computational and systems oncology DOI:10.1002/cso2.1021 PMID:34164628	review	本文综述了利用计算和数学方法推断和建模驱动上皮-间质转化（EMT）的基因调控网络（GRNs）的三种主要类型	利用单细胞RNA测序等最新基因组技术，探讨了EMT动态控制的改进理解	NA	识别调控EMT决策的基因调控网络并开发基于这些网络的预测模型	上皮-间质转化（EMT）过程中的基因调控网络	computational biology	NA	single-cell RNA sequencing	NA	genome-wide sequencing data	NA
487	2024-08-07	Diversity and intratumoral heterogeneity in human gallbladder cancer progression revealed by single-cell RNA sequencing 2021-06, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.462 PMID:34185421	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类胆囊癌进展中的多样性和肿瘤内异质性	首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了胆囊癌的转录组图谱和细胞间通信网络，揭示了肿瘤微环境中的细胞异质性和相互作用	研究样本仅限于五名患者，可能限制了结果的普遍性	确定胆囊癌的肿瘤内异质性和微环境，以提供新的治疗策略	胆囊癌的原发和淋巴结转移肿瘤以及邻近正常组织	数字病理学	胆囊癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	24,887个单细胞样本
488	2024-08-07	Extracellular matrix gene expression signatures as cell type and cell state identifiers 2021-Jun, Matrix biology plus DOI:10.1016/j.mbplus.2021.100069 PMID:34195598	研究论文	本文研究了细胞外基质基因表达特征在胚胎单细胞RNA测序数据中区分不同细胞类型和状态的能力	首次探讨了核心基质基因在区分细胞类型方面的表现，并发现其在更分化的细胞中信息含量增加，且在跨物种分析中显示出进化保守性	主要集中在胚胎发育早期的鸡和鼠肢体细胞类型预测，未涉及其他物种或发育阶段	探讨细胞外基质基因在区分细胞类型和状态中的作用	胚胎单细胞RNA测序数据中的细胞类型和状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	胚胎肢体细胞
489	2024-08-07	Generative modeling of single-cell time series with PRESCIENT enables prediction of cell trajectories with interventions 2021-05-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23518-w PMID:34050150	研究论文	本文介绍了一种名为PRESCIENT的生成模型框架，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中学习潜在的分化景观，并预测细胞轨迹在干预下的变化	PRESCIENT模型能够模拟细胞在物理时间内的随机演化，并预测干预措施对细胞分化轨迹的影响	NA	开发一种新的计算方法，用于预测单细胞RNA测序数据中的细胞命运及其在干预下的变化	单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	生成模型	时间序列数据	实验性谱系追踪数据集
490	2024-08-07	A stony coral cell atlas illuminates the molecular and cellular basis of coral symbiosis, calcification, and immunity 2021-05-27, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.04.005 PMID:33945788	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，定义了Stylophora pistillata生命周期中的超过40种细胞类型，揭示了珊瑚共生、钙化及免疫的分子和细胞基础	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了石珊瑚的细胞类型和分子通路，揭示了珊瑚共生、钙化和免疫的分子机制	NA	揭示石珊瑚生物学的分子和细胞基础	石珊瑚的细胞类型和分子通路	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	超过40种细胞类型
491	2024-08-07	Treatment scheduling effects on the evolution of drug resistance in heterogeneous cancer cell populations 2021-May-26, NPJ breast cancer IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s41523-021-00270-4 PMID:34040000	研究论文	本研究探讨了靶向治疗组合的排程对三阴性乳腺癌（TNBC）药物抗性的影响	本研究首次评估了克唑替尼（ALK/MET抑制剂）和纳维妥昔布（ABT-263；Bcl-2/Bcl-xL抑制剂）组合在696种两周期顺序和同时治疗方案中的抗性模式，并使用DNA集成条形码和单细胞RNA测序追踪克隆动态和抗性机制	本研究主要在体外进行，需要进一步的体内和临床研究以验证结果	研究靶向治疗组合的排程对三阴性乳腺癌药物抗性的影响	三阴性乳腺癌细胞	NA	乳腺癌	DNA集成条形码和单细胞RNA测序	NA	NA	696种治疗方案，26天周期，MDA-MB-231 TNBC细胞
492	2024-08-07	Co-development of central and peripheral neurons with trunk mesendoderm in human elongating multi-lineage organized gastruloids 2021-05-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23294-7 PMID:34021144	研究论文	本研究利用多谱系组织化的延长型胚胎样体（EMLO）模型，探讨了中枢和周围神经系统的共同发育及其与躯干中胚层的关联	首次在EMLO胚胎样体模型中实现了中枢和周围神经系统的共同发育与躯干中胚层的研究	NA	探索早期人类神经发育及神经病理学的基本见解	中枢和周围神经系统的共同发育及其与躯干中胚层的关系	发育生物学	NA	免疫荧光技术，单细胞RNA测序	EMLO胚胎样体模型	细胞	四十天的EMLO样品，包括第16天的单细胞RNA-Seq数据
493	2024-08-07	Cryptic developmental events determine medulloblastoma radiosensitivity and cellular heterogeneity without altering transcriptomic profile 2021-05-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-021-02099-w PMID:34021242	研究论文	研究通过转基因小鼠模型探讨了不同发育阶段触发的髓母细胞瘤的放射敏感性和细胞异质性，发现这些差异与转录组谱无关。	首次揭示了发育事件在转录组谱不明显的情况下，对髓母细胞瘤的组成和结果的隐秘决定作用。	研究仅限于转基因小鼠模型，尚未在人类髓母细胞瘤中验证这些发现。	探讨为何接受相似治疗的髓母细胞瘤患者会有不同的治疗结果。	髓母细胞瘤的放射敏感性和细胞异质性。	NA	髓母细胞瘤	单细胞转录组分析（scRNA-seq）	NA	转录组数据	转基因小鼠模型中的髓母细胞瘤样本
494	2024-08-07	MichiGAN: sampling from disentangled representations of single-cell data using generative adversarial networks 2021-05-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02373-4 PMID:34016135	研究论文	本文评估了变分自编码器（VAEs）和生成对抗网络（GANs）在单细胞基因表达数据上的优缺点，并开发了一种新型神经网络MichiGAN，结合了VAEs和GANs的优势，用于从解耦表示中采样而不牺牲数据生成质量。	开发了MichiGAN，一种结合VAEs和GANs优势的新型神经网络，用于从解耦表示中采样。	NA	评估深度生成模型在单细胞基因表达数据上的性能，并开发新型神经网络MichiGAN。	单细胞基因表达数据	机器学习	NA	生成对抗网络（GANs）	神经网络	基因表达数据	三个大型单细胞RNA-seq数据集
495	2024-08-07	Interpretation of T cell states from single-cell transcriptomics data using reference atlases 2021-05-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23324-4 PMID:34017005	研究论文	本文通过多研究整合生成癌症和病毒感染的参考T细胞图谱，并开发了ProjecTILs算法，用于参考图谱投影	ProjecTILs算法不仅能够将新的scRNA-seq数据准确嵌入到参考图谱中而不改变其结构，还能识别出与参考图谱“偏离”的先前未知的细胞状态	NA	旨在通过单细胞转录组数据解释T细胞状态，并开发新的算法以更好地理解和分类细胞亚型和状态	T细胞的亚型和状态	数字病理学	癌症	scRNA-seq	NA	转录组数据	涉及多个队列的肿瘤浸润T细胞
496	2024-08-07	A comprehensive survey of regulatory network inference methods using single cell RNA sequencing data 2021-05-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa190 PMID:34020546	综述	本文综述了15种利用单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的计算方法	利用单细胞测序技术的新进展，提供了单细胞分辨率下的数据，为调控网络研究开辟了新领域	需要进一步解决领域内的突出挑战，如方法的性能、对数据丢失的敏感性和时间复杂性	帮助生命科学家选择适合其数据和分析目的的方法，并指导计算科学家开发新方法	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
497	2024-08-07	Single-cell characterization of macrophages in glioblastoma reveals MARCO as a mesenchymal pro-tumor marker 2021-05-19, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-021-00906-x PMID:34011400	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中的巨噬细胞亚群，揭示了MARCO作为间质性促肿瘤标志物的作用	发现了在IDH1野生型胶质母细胞瘤中几乎独有的一种由骨髓来源的巨噬细胞亚群，该亚群通过清道夫受体MARCO促进肿瘤进展	NA	探究胶质瘤中巨噬细胞的不同亚群及其对肿瘤微环境的影响	胶质瘤中的巨噬细胞	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	共分析了来自66个胶质瘤的98,015个单细胞，其中19,331个为巨噬细胞
498	2024-08-07	Novel cell types and developmental lineages revealed by single-cell RNA-seq analysis of the mouse crista ampullaris 2021-05-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.60108 PMID:34003106	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对小鼠壶腹嵴的细胞进行了转录组学特征分析	揭示了壶腹嵴中的新型细胞类型和发展谱系	NA	研究壶腹嵴细胞的转录组特征及其在发育和疾病中的动态变化	小鼠壶腹嵴的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自E16、E18、P3和P7小鼠的壶腹嵴样本
499	2024-08-07	Transcriptome-wide association analysis identifies DACH1 as a kidney disease risk gene that contributes to fibrosis 2021-05-17, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI141801 PMID:33998598	研究论文	本文通过转录组范围的关联分析、孟德尔随机化及MetaXcan等方法，识别了DACH1作为肾脏疾病风险基因，并探讨了其在纤维化中的作用	首次通过综合GWAS、TWAS、单细胞表观基因组分析、基因编辑及功能验证，确认DACH1为肾脏疾病风险基因，并揭示了其在肾脏纤维化中的作用机制	NA	识别并验证肾脏疾病的风险基因及其在疾病机制中的作用	DACH1基因在肾脏疾病中的作用及机制	数字病理学	肾脏疾病	单细胞开放染色质测序(snATAC-Seq)、CRISPR-Cas9基因编辑	NA	基因表达数据	涉及人类及小鼠的肾脏样本，具体数量未详述
500	2024-08-07	Cell-specific epigenetic changes in atherosclerosis 2021-05-14, Clinical science (London, England : 1979) DOI:10.1042/CS20201066 PMID:33988232	综述	本文综述了动脉粥样硬化中细胞特异性表观遗传变化的研究进展	应用单细胞RNA测序分析发现了疾病相关的细胞特异性转录组特征及新的细胞亚群	NA	探讨表观遗传学在动脉粥样硬化发展中的作用及潜在治疗靶点	动脉粥样硬化中的血管细胞	表观遗传学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组	NA