单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 441 - 460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2024-08-07 |
The Cancer Epitope Database and Analysis Resource: A Blueprint for the Establishment of a New Bioinformatics Resource for Use by the Cancer Immunology Community
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.735609
PMID:34504503
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研究论文 | 本文介绍了癌症表位数据库和分析资源（CEDAR）的开发愿景、蓝图和工作计划，旨在为癌症免疫学界提供一个全面的癌症表位和受体数据集合，以及易于访问的表位和T细胞/B细胞目标预测与分析工具。 | CEDAR将提供一个透明基准数据集，用于评估预测工具的性能，并开发新的预测工具，以满足癌症研究社区的需求。 | NA | 建立一个新的生物信息学资源，为癌症免疫学界提供癌症表位相关数据的全面集合和分析工具。 | 癌症表位及其相关的T细胞和B细胞受体数据。 | 生物信息学 | 癌症 | NA | NA | 数据集 | NA |
| 442 | 2024-08-07 |
LISA2: Learning Complex Single-Cell Trajectory and Expression Trends
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.681206
PMID:34512717
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞数据分析方法LISA2，用于学习复杂的单细胞轨迹和表达趋势 | LISA2方法具有两个显著特点：一是利用指定的叶和根来简化发育轨迹的构建，特别是对于稀有细胞群体和相邻的终端细胞状态；二是适用于转录组学和表观基因组学数据 | NA | 开发一种快速灵活的单细胞数据分析方法，用于构建发育轨迹和基因调控网络 | 单细胞转录组学和表观基因组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学数据分析，单细胞转座酶可及染色质数据分析 | L-ISOMAP | 单细胞转录组学数据，单细胞转座酶可及染色质数据 | 小脑、间脑和造血干细胞的模拟和真实数据集 |
| 443 | 2024-08-07 |
SCDRHA: A scRNA-Seq Data Dimensionality Reduction Algorithm Based on Hierarchical Autoencoder
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.733906
PMID:34512734
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研究论文 | 本文提出了一种基于层次自动编码器的scRNA-Seq数据降维算法SCDRHA | SCDRHA算法包含两个核心模块，第一个模块是深度计数自动编码器（DCA）用于数据去噪，第二个模块是图自动编码器用于将数据投影到低维空间，实验结果显示SCDRHA在降维和降噪方面优于现有最先进算法 | NA | 解决scRNA-seq研究中的dropout事件导致的零膨胀数据问题 | scRNA-Seq数据的降维 | 数字病理学 | NA | scRNA-Seq | 层次自动编码器 | scRNA-Seq数据 | 五个真实scRNA-seq数据集 |
| 444 | 2024-08-07 |
Identification of Novel Gene Signatures using Next-Generation Sequencing Data from COVID-19 Infection Models: Focus on Neuro-COVID and Potential Therapeutics
2021, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2021.688227
PMID:34531741
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研究论文 | 本研究利用下一代测序数据从COVID-19感染模型中识别新的基因标志物，重点关注神经COVID和潜在的治疗方法 | 本研究揭示了一种快速方法，利用下一代知识发现平台发现具有治疗COVID-19及其相关疾病病理潜力的小分子 | NA | 识别COVID-19感染模型中的新基因标志物，并探索潜在的治疗方法 | COVID-19感染模型，特别是神经COVID | 基因组学 | COVID-19 | NGS, RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 来自SARS-CoV感染的人类支气管上皮细胞和模拟处理的NHBE细胞的四重复样本，以及来自脑脊液的免疫细胞的单细胞转录组数据 |
| 445 | 2024-08-07 |
PET Imaging of Neuroinflammation in Alzheimer's Disease
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.739130
PMID:34603323
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综述 | 本文综述了利用正电子发射断层扫描（PET）成像技术在阿尔茨海默病中对神经炎症的研究进展 | 介绍了新一代的跨膜蛋白示踪剂及其在阿尔茨海默病进展评估中的应用，并探讨了其他潜在的成像目标 | NA | 总结神经炎症成像示踪剂的最新发展，并展望未来有前景的目标 | 阿尔茨海默病中的神经炎症 | 分子影像学 | 阿尔茨海默病 | 正电子发射断层扫描（PET） | NA | 图像 | NA |
| 446 | 2024-08-07 |
Microglia Mediate the Occurrence and Development of Alzheimer's Disease Through Ligand-Receptor Axis Communication
2021, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2021.731180
PMID:34616287
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析，探讨了阿尔茨海默病中细胞类型与病理特征之间的关系，特别是神经细胞和胶质细胞间的通讯机制 | 首次通过细胞通讯分析揭示了神经细胞和胶质细胞在阿尔茨海默病发展中的关键作用，并识别了CXCR4, EGFR, MAP4K4, IGF1R作为潜在的生物标志物和治疗靶点 | 研究仅基于48名阿尔茨海默病患者的单细胞RNA测序数据，样本量相对较小 | 探讨阿尔茨海默病的发病机制及其细胞层面的通讯机制 | 阿尔茨海默病患者的脑前额叶皮层的细胞类型及其功能异常 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | LASSO, SVM | RNA测序数据 | 48名阿尔茨海默病患者 |
| 447 | 2024-08-07 |
Dynamic Interactions of Transcription Factors and Enhancer Reprogramming in Cancer Progression
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.753051
PMID:34616687
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综述 | 本文综述了癌症进展中增强子的动态变化及其转录因子（TF）驱动因素，以及增强子重编程如何调控基因表达 | 探讨了单细胞测序、空间转录组学和CUT&RUN等现代技术在增强子重编程综合研究中的最新进展 | NA | 理解增强子动态变化及其驱动因素在控制癌症进展和治疗结果中的作用，以减轻侵袭性事件并发现新的治疗靶点 | 癌症进展中的增强子动态变化及其转录因子驱动因素 | NA | 癌症 | 单细胞测序、空间转录组学、CUT&RUN | NA | 基因组数据 | NA |
| 448 | 2024-08-07 |
Reconstructing Boolean network ensembles from single-cell data for unraveling dynamics in the aging of human hematopoietic stem cells
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.09.012
PMID:34630946
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研究论文 | 本文提出了一种新方法，从单细胞RNA测序数据中生成基因调控网络群体，以解析人类造血干细胞衰老的动态行为 | 该方法首次实现了不依赖时间序列测量进行网络重构，利用单细胞群体的异质性生成伪时间点 | NA | 研究旨在从单细胞数据中重建调控网络，揭示人类造血干细胞衰老的动态机制 | 人类造血干细胞及其与衰老相关的NF-κB信号通路 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 449 | 2024-08-07 |
The Prognostic Model Based on Tumor Cell Evolution Trajectory Reveals a Different Risk Group of Hepatocellular Carcinoma
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.737723
PMID:34660596
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研究论文 | 本研究基于肿瘤细胞进化轨迹重建，利用scRNA-seq数据建立了一个30基因的预测模型，用于区分肝细胞癌（HCC）患者的高风险和低风险组 | 本研究首次利用肿瘤进化轨迹和scRNA-seq数据建立了一个新的预测模型，用于克服HCC异质性带来的障碍 | NA | 旨在通过建立预测模型来改善HCC患者的临床管理和生存结果 | 肝细胞癌（HCC）患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 450 | 2024-08-07 |
From Cellular Infiltration Assessment to a Functional Gene Set-Based Prognostic Model for Breast Cancer
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.751530
PMID:34691065
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组数据构建了乳腺癌的首个指示性和细胞类型特异性参考基因表达谱，并开发了一个基于功能基因集的预测模型，用于评估乳腺癌的细胞浸润和治疗反应 | 首次构建了乳腺癌的指示性和细胞类型特异性参考基因表达谱，并开发了一个基于功能基因集的预测模型，用于评估乳腺癌的细胞浸润和治疗反应 | NA | 研究癌症异质性，并开发一个可靠且强大的模型，用于直接的临床预测和诊断应用 | 乳腺癌的细胞浸润和治疗反应 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组 | NA | 基因表达数据 | TCGA-BRCA队列中1091个样本，IMvigor210队列中348个样本 |
| 451 | 2024-08-07 |
Effect of SARS-CoV-2 infection on host competing endogenous RNA and miRNA network
2021, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.12370
PMID:34722003
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研究论文 | 本研究首次使用ceRNAnetsim包分析了SARS-CoV-2 RNA在感染细胞中与细胞内竞争性内源RNA（ceRNA）网络的竞争行为，并利用单细胞测序数据评估了ceRNA网络效应。 | 本研究首次全面分析了SARS-CoV-2 RNA与细胞内ceRNA的竞争行为，并揭示了SARS-CoV-2感染对宿主ceRNA网络的影响。 | 本研究主要基于计算方法，可能存在实验验证的局限性。 | 探讨SARS-CoV-2感染对宿主竞争性内源RNA和miRNA网络的影响。 | SARS-CoV-2 RNA与宿主细胞内竞争性内源RNA（ceRNA）的竞争行为。 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | RNA | 195个基因和29个miRNA在SARS-CoV-2 RNA存在下表现出特定的竞争行为，以及18个受SARS-CoV-2 RNA影响的基因。 |
| 452 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing in Drosophila: Technologies and applications
2021-09, Wiley interdisciplinary reviews. Developmental biology
DOI:10.1002/wdev.396
PMID:32940008
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在果蝇中的应用及其技术方法和生物学应用 | 单细胞RNA测序技术的发展使得其在生物医学实验室中变得经济可行且实验上实用 | 讨论了当前使用单细胞RNA测序技术在果蝇中进行研究的挑战和未来机遇 | 总结近期在果蝇中进行的单细胞RNA测序研究，并探讨其技术方法和生物学应用 | 果蝇作为研究组织发育、成体细胞功能、疾病和衰老的细胞和分子机制的模型生物 | 转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 453 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome of bronchoalveolar lavage fluid reveals sequential change of macrophages during SARS-CoV-2 infection in ferrets
2021-07-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-24807-0
PMID:34315893
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，纵向分析了SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液中的细胞，揭示了感染后肺部免疫微环境的动态变化 | 首次使用纵向方法描述SARS-CoV-2感染的免疫反应，并通过单细胞RNA测序技术详细分析了巨噬细胞亚群的转录组变化 | NA | 探究SARS-CoV-2感染后肺部免疫反应的动态变化 | SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液中的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 从SARS-CoV-2感染的雪貂中获取的支气管肺泡灌洗液细胞 |
| 454 | 2024-08-07 |
AMPK activation reverts mouse epiblast stem cells to naive state
2021-Jul-23, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102783
PMID:34308289
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研究论文 | 本文研究了AMPK激活剂如何诱导小鼠外胚层干细胞从激活态逆转回原始态 | 首次展示了AMPK激活剂能够诱导激活态的小鼠外胚层干细胞逆转回原始多能态，并通过单细胞RNA测序揭示了这一过程中的中间态 | NA | 探究调控干细胞多能态类型的细胞信号机制 | 小鼠外胚层干细胞的多能态转变 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 455 | 2024-08-07 |
Computing the Riemannian curvature of image patch and single-cell RNA sequencing data manifolds using extrinsic differential geometry
2021-07-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2100473118
PMID:34272279
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研究论文 | 本文研究了两种微分几何方法在估计低维流形上黎曼曲率的可行性，并应用于图像块和单细胞RNA测序数据。 | 本文采用了外微分几何方法，能够处理更复杂的模型，并成功应用于实际数据集。 | 内微分几何方法在估计二维常曲率流形的曲率时失败。 | 研究如何准确估计高维数据集中的低维流形的黎曼曲率。 | 图像块和单细胞RNA测序数据流形。 | 计算机视觉 | NA | 微分几何 | NA | 图像，RNA测序数据 | 小样本量 |
| 456 | 2024-08-07 |
Review of multi-omics data resources and integrative analysis for human brain disorders
2021-07-17, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elab024
PMID:33969380
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综述 | 本文综述了用于人类大脑研究的多组学数据资源和综合分析方法，涵盖健康对照组和多种神经精神疾病 | 介绍了单细胞组学在脑研究中的最新进展，如单核RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学 | 讨论了多组学研究在人类大脑疾病中的局限性和未来方向 | 总结和更新人类大脑研究中的多组学数据资源和综合分析方法 | 人类大脑，包括健康对照组和神经精神疾病患者 | NA | 神经精神疾病 | 单核RNA测序、单细胞ATAC测序、空间转录组学 | NA | 多组学数据 | NA |
| 457 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-seq reveals cellular heterogeneity of mouse carotid artery under disturbed flow
2021-Jul-16, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-021-00567-0
PMID:34282126
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了在小鼠颈动脉中受到扰流影响的细胞异质性 | 首次构建了小鼠颈动脉在扰流条件下的单细胞基因表达图谱，并识别了先前未被识别的细胞亚群及其基因表达特征 | NA | 探究扰流条件下血管细胞群体的异质性及其在动脉粥样硬化中的作用 | 小鼠颈动脉中的细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 10,262个细胞来自实验组，14,580个细胞来自对照组 |
| 458 | 2024-08-07 |
Refining the Molecular Framework for Pancreatic Cancer with Single-cell and Spatial Technologies
2021-07-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-4712
PMID:33653818
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研究论文 | 本文利用单细胞和空间技术细化胰腺癌的分子框架，以指导治疗策略 | 采用单细胞转录组学和空间解析技术，揭示了肿瘤内异质性、恶性间质相互作用及先前在整体水平上被掩盖的细微转录程序 | 传统的整体转录组学研究难以区分肿瘤细胞与微环境中其他细胞类型的贡献 | 通过单细胞和空间技术细化胰腺癌的分子框架，以提高精准肿瘤学的效果 | 胰腺导管腺癌（PDAC）及其治疗策略 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | RNA | NA |
| 459 | 2024-08-07 |
Myeloid cell interferon responses correlate with clearance of SARS-CoV-2
2021-Jul-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-664507/v1
PMID:34282414
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研究论文 | 本研究通过纵向单细胞RNA测序分析了感染SARS-CoV-2的成年猕猴的支气管肺泡灌洗细胞，以阐明早期免疫细胞变化的动力学。 | 本研究首次在猕猴模型中观察到特定巨噬细胞和T淋巴细胞在SARS-CoV-2感染后表达强烈的干扰素驱动的炎症基因特征，并发现这些反应与病毒血症的下降和恢复相关。 | 本研究主要在猕猴模型中进行，可能与人类免疫反应存在差异。 | 旨在更好地理解SARS-CoV-2感染的早期病毒动力学、宿主反应和免疫病理。 | 感染SARS-CoV-2的成年猕猴的支气管肺泡灌洗细胞。 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 6只成年猕猴 |
| 460 | 2024-08-07 |
Coordinated changes in gene expression kinetics underlie both mouse and human erythroid maturation
2021-07-05, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02414-y
PMID:34225769
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了小鼠和人类红细胞成熟过程中的基因表达动力学变化 | 揭示了红细胞成熟过程中基因表达动力学的协调性步进变化，挑战了现有RNA速度分析框架的假设 | 现有的RNA速度分析框架未能考虑表达动力学随时间变化的情况 | 探讨红细胞成熟过程中的基因表达动力学变化及其对其他分化过程的可能影响 | 小鼠和人类的红细胞成熟过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包含小鼠胚胎和人类胎儿肝脏的数据集 |