单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2024-09-02 |
The developmental hourglass model is applicable to the spinal cord based on single-cell transcriptomes and non-conserved cis-regulatory elements
2021-Sep, Development, growth & differentiation
DOI:10.1111/dgd.12750
PMID:34473348
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研究论文 | 本研究通过数据挖掘和实验验证，证明了发育沙漏模型适用于脊髓这一简化元素 | 首次通过单细胞转录组数据和非保守的顺式调控元件验证了脊髓发育的沙漏模型 | 仅限于脊髓的发育过程，未涉及其他器官或组织的发育 | 验证发育沙漏模型在脊髓发育中的适用性 | 脊髓的发育过程及其分子机制 | NA | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 小鼠和斑马鱼的单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 422 | 2024-08-31 |
Computational methods for the integrative analysis of single-cell data
2021-01-18, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa042
PMID:32363378
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研究论文 | 本文描述了用于单细胞基因组数据整合分析的计算方法，重点在于单细胞RNA测序数据集的整合以及来自单个细胞的多模态信号的联合分析 | 本文介绍了处理单细胞基因组数据的新计算方法，这些方法能够解决数据在实验、技术和生物学上的内在异质性问题 | NA | 旨在解决生物系统的全面复杂性问题，通过整合来自不同分子层和多种细胞群体的基因组数据 | 单细胞基因组数据，特别是单细胞RNA测序数据和多模态信号 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 423 | 2024-08-31 |
Doublet identification in single-cell sequencing data using scDblFinder
2021, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.73600.2
PMID:35814628
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research paper | 本文介绍了一种基于Bioconductor的快速、灵活且准确的单细胞测序数据双胞体检测方法scDblFinder | scDblFinder在复杂数据集中能准确识别大多数异型双胞体，并已被独立基准测试证明优于其他方法 | NA | 开发一种新的双胞体检测方法以避免单细胞测序数据中的伪发现 | 单细胞RNA和可及性测序数据中的双胞体 | digital pathology | NA | single-cell sequencing | NA | single-cell RNA and accessibility sequencing data | NA | NA | NA | NA | NA |
| 424 | 2024-08-29 |
Single-cell RNA sequencing of batch Chlamydomonas cultures reveals heterogeneity in their diurnal cycle phase
2021-05-31, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koab025
PMID:33585940
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了Chlamydomonas reinhardtii在不同环境和基因型下的细胞异质性，特别是在昼夜周期中的表现。 | 首次使用scRNA-seq技术揭示了Chlamydomonas细胞在铁或氮缺乏条件下的异质性，并展示了昼夜节律对细胞响应的影响。 | 研究仅限于实验室培养的Chlamydomonas reinhardtii，未涉及自然环境中的藻类群体。 | 探讨Chlamydomonas reinhardtii在不同环境条件下的转录组异质性。 | Chlamydomonas reinhardtii的单细胞转录组。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及两种基因型的Chlamydomonas细胞，在三种不同环境条件下进行测序。 | NA | NA | NA | NA |
| 425 | 2024-08-29 |
Machine Intelligence in Single-Cell Data Analysis: Advances and New Challenges
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.655536
PMID:34135939
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综述 | 本文综述了机器学习方法在单细胞多组学数据分析中的应用 | 介绍了单细胞RNA测序数据的预处理方法和高级数据分析工具，以及多组学整合和单细胞RNA测序数据的综合分析 | NA | 探讨机器学习方法在单细胞多组学数据分析中的应用，以促进对复杂生物系统或过程的理解 | 单细胞多组学数据分析 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 多组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 426 | 2024-08-28 |
Embryo-scale, single-cell spatial transcriptomics
2021-07-02, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abb9536
PMID:34210887
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研究论文 | 本文介绍了sci-Space技术，该技术能够在保留单细胞分辨率的同时，解析更大尺度上的空间异质性 | sci-Space技术能够在不平均局部环境的情况下，同时解析大尺度的空间异质性 | NA | 研究基因表达的空间模式，并利用空间信息注释细胞亚型 | 发育中的小鼠胚胎 | 单细胞测序 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 约120,000个细胞核 | NA | NA | NA | NA |
| 427 | 2024-08-27 |
Inference of high-resolution trajectories in single-cell RNA-seq data by using RNA velocity
2021-10-25, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100095
PMID:35474895
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CellPath的方法，通过整合单细胞基因表达和RNA速度信息来推断细胞轨迹 | CellPath方法能够发现多条高分辨率的轨迹，不受轨迹结构的限制，并能自动检测每条轨迹路径的方向 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据中细胞发育轨迹推断的准确性和细节 | 单细胞RNA测序数据中的细胞发育轨迹 | 生物信息学 | NA | RNA速度 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 428 | 2024-08-27 |
Regulation of cancer stem cells in triple negative breast cancer
2021, Cancer drug resistance (Alhambra, Calif.)
DOI:10.20517/cdr.2020.106
PMID:35582030
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综述 | 本文综述了三阴性乳腺癌中癌症干细胞的调控机制 | 聚焦于三阴性乳腺癌特有的机制，这些机制促进了自我更新癌症干细胞的扩张和活性 | NA | 探讨三阴性乳腺癌中癌症干细胞的特定机制及其对临床结果的影响 | 三阴性乳腺癌中的癌症干细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 429 | 2024-08-27 |
The need to reassess single-cell RNA sequencing datasets: the importance of biological sample processing
2021, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.54864.2
PMID:35399227
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研究论文 | 本文重新分析了迄今为止最大的单细胞RNA测序数据集，探讨了细胞数量增加对分析结果的影响 | 提出了对当前科学界普遍认为的“越多越好”方法的质疑，指出大规模数据集可能导致分析结果的偏差 | 文章指出大规模数据集可能由于长时间的计算处理时间而影响分析的深度 | 旨在通过分析大规模单细胞RNA测序数据集，识别健康成人皮肤中先前描述的成纤维细胞亚群 | 健康成人皮肤中的成纤维细胞亚群 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 无监督群体匹配算法 | 转录组数据 | 528,253个测序细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 430 | 2024-08-26 |
Definitive hematopoietic stem cells minimally contribute to embryonic hematopoiesis
2021-09-14, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109703
PMID:34525360
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研究论文 | 本研究使用单细胞转录组学和谱系追踪方法，探讨了造血干细胞在胚胎造血中的贡献及其功能特性 | 定义了区分新生造血干细胞与胚胎血祖细胞的基因特征，并发现造血干细胞在胚胎发育阶段的淋巴骨髓贡献显著延迟 | NA | 揭示新生造血干细胞的自更新能力和分化延迟特性，以及造血干细胞独立胚胎祖细胞在发育造血中的作用 | 造血干细胞及其在胚胎造血中的功能 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 431 | 2024-08-26 |
Chromosomal instability accelerates the evolution of resistance to anti-cancer therapies
2021-09-13, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.07.009
PMID:34352222
|
研究论文 | 研究探讨了染色体不稳定性（CIN）如何促进肿瘤细胞对癌症疗法的抗性发展 | 发现短暂的CIN可以重复性地加速肿瘤细胞对癌症疗法的抗性获取，并揭示了这种抗性发展与特定染色体丢失事件相关 | 研究主要在细胞水平进行，尚未在临床样本中验证这些发现 | 探究染色体不稳定性如何影响肿瘤细胞对癌症疗法的抗性 | 人类肿瘤细胞及其对不同抗癌疗法的反应 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 432 | 2024-08-25 |
Myeloid Heterogeneity in Kidney Disease as Revealed through Single-Cell RNA Sequencing
2021-11-25, Kidney360
IF:3.2Q1
DOI:10.34067/KID.0003682021
PMID:35372996
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在揭示肾脏疾病中髓系细胞异质性方面的应用 | 利用scRNA-seq技术，能够以前所未有的分辨率和通量分析单个细胞的转录组，并生成细胞图谱 | NA | 探讨髓系细胞在肾脏健康和疾病中的作用，以及scRNA-seq技术在髓系细胞和肾脏研究中的应用 | 髓系细胞在肾脏疾病中的异质性 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 433 | 2024-08-25 |
Single cell analyses to understand the immune continuum in atherosclerosis
2021-08, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
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综述 | 本文综述了单细胞分析技术在理解动脉粥样硬化中免疫连续性的应用 | 介绍了单细胞技术如CyTOF、scRNA-seq和CITE-seq在解析动脉粥样硬化病变中细胞可塑性的价值 | 讨论了单细胞技术在应用于人类血管组织时面临的挑战，以及分离式单细胞方法的局限性 | 探讨单细胞技术在动脉粥样硬化研究中的应用，以实现针对心血管疾病的个性化治疗 | 动脉粥样硬化中的免疫细胞及其在疾病进展中的结构和功能变化 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞质谱流式细胞术(CyTOF)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞转录组和表位索引测序(CITE-seq) | NA | 组织 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 434 | 2024-08-25 |
Polar Gini Curve: A Technique to Discover Gene Expression Spatial Patterns from Single-cell RNA-seq Data
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2020.09.006
PMID:34958962
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研究论文 | 本文介绍了一种名为极性基尼曲线的方法，用于通过分析单细胞RNA测序数据来表征簇标记 | 极性基尼曲线结合基因表达和二维坐标信息，用于检测单细胞RNA测序数据中任何簇细胞的均匀性模式 | NA | 开发一种方法来表征单细胞RNA测序数据中的簇标记和空间基因表达模式 | 单细胞RNA测序数据中的簇细胞和基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 极性基尼曲线 | 基因表达数据 | 涉及多个模拟案例研究和实际的新生小鼠心脏细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 435 | 2024-08-25 |
Single-cell RNA Sequencing Reveals Thoracolumbar Vertebra Heterogeneity and Rib-genesis in Pigs
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.09.008
PMID:34775075
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了猪胚胎27天龄的胸腰椎和肋骨原基细胞的转录组图谱 | 首次在全生物体层面分析了胸腰椎和肋骨原基相关基因的表达动态，并揭示了骨形成和血管生成在胸腰椎和肋骨发育中的耦合过程 | NA | 探究脊椎动物胸腰椎和肋骨原基发育中的胚胎骨形成和血管生成 | 猪胚胎的胸椎、腰椎和肋骨原基细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 一个27天龄的猪胚胎的胸椎、腰椎和肋骨原基细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 436 | 2024-08-23 |
Joint Clustering of Single-Cell Sequencing and Fluorescence In Situ Hybridization Data for Reconstructing Clonal Heterogeneity in Cancers
2021-11, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2021.0255
PMID:34612714
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研究论文 | 本文开发了一种联合聚类方法，结合单细胞测序和荧光原位杂交数据，以更好地解析肿瘤进化中的染色体倍性变化 | 提出了一种概率框架，通过马尔可夫链蒙特卡洛采样和线性回归优化，以最大化给定预聚类数据集的潜在变量的概率 | 现有的方法在通过倍性变化解析肿瘤进化方面能力有限 | 旨在通过结合单细胞测序和荧光原位杂交数据，更好地解析肿瘤进化中的染色体倍性变化 | 单细胞测序和荧光原位杂交数据 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞DNA测序（scSeq）和多重间期荧光原位杂交（miFISH） | 马尔可夫链蒙特卡洛采样和线性回归 | 单细胞测序和荧光原位杂交数据 | 使用模拟数据和一个胶质母细胞瘤（GBM）病例进行验证，并在两个GBM病例中应用该方法 | NA | NA | NA | NA |
| 437 | 2024-08-23 |
Scaling up reproducible research for single-cell transcriptomics using MetaNeighbor
2021-08, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-021-00575-5
PMID:34234317
|
研究论文 | 本文介绍了使用MetaNeighbor方法进行单细胞转录组数据的可重复性研究 | 提出了一种高效且稳健的细胞类型可重复性量化方法MetaNeighbor，该方法保持数据集独立性并具有高度可扩展性 | NA | 研究单细胞RNA测序数据中细胞类型的可重复性和通用性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数百万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 438 | 2024-08-23 |
Opposing immune and genetic mechanisms shape oncogenic programs in synovial sarcoma
2021-02, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-01212-6
PMID:33495604
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研究论文 | 本研究通过综合运用单细胞RNA测序、空间分析以及遗传和药理学扰动，探讨了滑膜肉瘤中的癌症-免疫相互作用 | 揭示了滑膜肉瘤中由SS18-SSX融合驱动的恶性细胞状态，并发现这种状态可被HDAC和CDK4/CDK6抑制剂联合治疗增强其免疫原性 | NA | 研究滑膜肉瘤中的癌症-免疫相互作用及其治疗策略 | 滑膜肉瘤中的恶性细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 滑膜肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 16,872个细胞来自12个人类滑膜肉瘤肿瘤 | NA | NA | NA | NA |
| 439 | 2024-08-23 |
Long-Term Storage Does Not Affect the Expression Profiles of mRNA and Long Non-Coding RNA in Vitrified-Warmed Human Embryos
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.751467
PMID:35178066
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研究论文 | 本研究探讨了长期存储对人类胚胎中mRNA和长非编码RNA表达谱的影响 | 首次揭示了长期存储后的人类胚胎中mRNA和长非编码RNA表达谱的稳定性 | 研究样本量较小，且仅限于特定年龄段的女性 | 探究长期存储对人类胚胎中mRNA和长非编码RNA表达的影响 | 人类胚胎中的mRNA和长非编码RNA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 11名女性，包括3个新鲜八细胞胚胎和8个存活下来的冷冻解冻八细胞胚胎 | NA | NA | NA | NA |
| 440 | 2024-08-23 |
Building vs. Rebuilding Epidermis: Comparison Embryonic Development and Adult Wound Repair
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.796080
PMID:35145968
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综述 | 本文比较了胚胎发育与成人伤口修复过程中表皮重建的相似性与差异性 | 利用单细胞转录组学、谱系追踪和活体成像技术揭示了以往无法检测到的亚群、长期细胞命运和动态细胞行为 | NA | 探讨成人伤口修复与胚胎组织发育在表皮方面的异同 | 表皮组织 | NA | NA | 单细胞转录组学、谱系追踪、活体成像 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |