单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2024-08-07 |
The Warburg effect is necessary to promote glycosylation in the blastema during zebrafish tail regeneration
2021-Sep-13, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-021-00163-x
PMID:34518542
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研究论文 | 本研究利用斑马鱼幼体尾部再生实验，探讨了Warburg效应在尾部再生中促进糖基化的必要性 | 首次证明了Warburg效应在斑马鱼尾部再生中的关键作用，并揭示了代谢重编程对TGF-β信号传导和糖基化途径的重要性 | 研究仅限于斑马鱼模型，可能需要进一步验证在其他物种中的适用性 | 探究Warburg效应在斑马鱼尾部再生中的作用及其对代谢途径的影响 | 斑马鱼幼体尾部再生过程中的代谢变化和细胞行为 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 多个再生尾部样本，包括抑制和未抑制葡萄糖代谢的样本 |
| 422 | 2024-08-07 |
RCA2: a scalable supervised clustering algorithm that reduces batch effects in scRNA-seq data
2021-09-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab632
PMID:34320202
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RCA2的可扩展监督聚类算法，该算法能有效减少scRNA-seq数据中的批次效应 | RCA2是首个结合参考投影（提高批次效应稳健性）和基于图的聚类（提高可扩展性）的算法，并提供了一个用户友好的框架，集成了多种常用的下游分析模块 | NA | 开发一种能有效减少批次效应并适用于大规模单细胞数据集的监督聚类算法 | 人类和小鼠的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 基于图的聚类算法 | 转录组数据 | 涉及人类骨髓、健康PBMCs及COVID-19患者PBMCs的单细胞数据 |
| 423 | 2024-08-07 |
Modelling the impact of decidual senescence on embryo implantation in human endometrial assembloids
2021-09-06, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.69603
PMID:34487490
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研究论文 | 研究通过建立和表征子宫内膜集合体，探讨了基底蜕膜化对胚胎植入的影响及其潜在机制 | 首次展示了急性衰老在腺上皮中驱动多种典型植入因子的分泌，而在基质中则调节抗炎蜕膜细胞和促炎衰老蜕膜细胞的出现 | 研究主要集中在体外模型，可能与体内实际情况存在差异 | 探究蜕膜衰老对胚胎植入的影响及其潜在机制 | 子宫内膜集合体，包括腺体样类器官和初级基质细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | 多个子宫内膜集合体样本 |
| 424 | 2024-08-07 |
Single-cell genome sequencing of protozoan parasites
2021-09, Trends in parasitology
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.pt.2021.05.013
PMID:34172399
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研究论文 | 本文介绍了针对寄生原生动物如疟原虫和利什曼原虫的单细胞基因组测序方法及其在理解寄生虫生物学中的应用 | 开发并定制了针对特定宿主-寄生虫系统的单细胞测序方法，能够解析复杂寄生虫群体中的遗传多样性和亲缘关系，并捕捉从头开始的遗传变异 | 大多数寄生虫基因组测序研究集中于由数百万细胞组成的批量样本，这偏向于主导基因型，掩盖了细胞间的变异和稀有变异 | 探讨单细胞测序技术在寄生原生动物基因组研究中的应用 | 寄生原生动物如疟原虫和利什曼原虫 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 单个细胞 |
| 425 | 2024-08-07 |
Large-scale cis- and trans-eQTL analyses identify thousands of genetic loci and polygenic scores that regulate blood gene expression
2021-09, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00913-z
PMID:34475573
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研究论文 | 本研究通过eQTLGen Consortium对31,684名个体的血液样本进行cis-和trans-eQTL分析，以探索基因表达的遗传机制 | 本研究首次在大规模样本中检测到cis-eQTL和trans-eQTL，并发现这些eQTL在不同组织中的可重复性，以及它们通过转录因子调控基因表达的机制 | trans-eQTL的重复率较低，部分原因是重复能力低和细胞类型组成的混杂效应 | 研究基因表达的遗传机制及其对复杂表型的影响 | 血液样本中的基因表达 | 遗传学 | NA | eQTL分析 | NA | 基因表达数据 | 31,684名个体的血液样本 |
| 426 | 2024-08-07 |
Cells of the human intestinal tract mapped across space and time
2021-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03852-1
PMID:34497389
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序和抗原受体分析，对人类肠道不同发育阶段和不同解剖区域的近五十万个细胞进行了全面映射 | 揭示了人类肠道中转录上独特的BEST4上皮细胞的存在，并提出了肠道绒毛细胞的IgG感应功能 | NA | 全面映射人类肠道细胞谱系，揭示其在发育、稳态和疾病中的细胞程序 | 人类肠道细胞及其在不同发育阶段和解剖区域中的动态变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 近五十万个细胞 |
| 427 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity in the ascending aortas of normal and high-fat diet-fed mice
2021-09, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-021-00671-2
PMID:34548614
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了正常饮食和高脂饮食喂养的小鼠升主动脉中的细胞异质性 | 首次全面评估了高脂饮食下升主动脉的细胞异质性和细胞组成 | NA | 阐明升主动脉的细胞组成性质和范围，增进对主动脉炎症疾病发展和进展的理解 | 正常饮食和高脂饮食喂养的小鼠升主动脉细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 24,001个升主动脉细胞 |
| 428 | 2024-08-07 |
Advances in novel molecular typing and precise treatment strategies for small cell lung cancer
2021-Aug-31, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
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研究论文 | 本文综述了小细胞肺癌（SCLC）分子分型和精准治疗策略的最新进展 | 文章介绍了SCLC从传统的“经典”和“变异”类型转变为“NE”和“非NE”表型，以及由主要转录调控因子定义的亚型，揭示了SCLC高度肿瘤内异质性和可塑性的特征 | NA | 探讨小细胞肺癌的分子分型和精准治疗策略 | 小细胞肺癌及其分子分型和治疗策略 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序分析 | NA | 基因组数据 | NA |
| 429 | 2024-08-07 |
Partitioning of gene expression among zebrafish photoreceptor subtypes
2021-08-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-96837-z
PMID:34462505
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了斑马鱼成年光感受器的基因表达，发现了除四种典型的斑马鱼锥体类型外，还存在表达红移视蛋白同源物的绿色和红色锥体亚群，并揭示了光转导基因在锥体亚型间的分配机制。 | 首次揭示了斑马鱼中锥体亚型的基因表达差异，并发现了新的转录调控因子在光感受器发育或分化中的作用。 | NA | 探究斑马鱼光感受器亚型的基因表达差异及其分子机制。 | 斑马鱼的成年光感受器及其基因表达。 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 成年斑马鱼的光感受器 |
| 430 | 2024-08-07 |
BRIE2: computational identification of splicing phenotypes from single-cell transcriptomic experiments
2021-08-27, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02461-5
PMID:34452629
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研究论文 | BRIE2是一种可扩展的计算方法，通过回归单细胞转录组数据与细胞水平特征来解决scRNA-seq技术内在覆盖限制的问题 | BRIE2能有效识别与疾病相关的差异剪接事件，并能合理选择捕捉转录动力学异质性的基因，改善RNA速度分析 | NA | 开发一种计算方法来识别从单细胞转录组实验中得出的剪接表型 | 单细胞转录组数据中的剪接事件与细胞水平表型的关联 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 回归模型 | 转录组数据 | NA |
| 431 | 2024-08-07 |
AHR signaling is induced by infection with coronaviruses
2021-08-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25412-x
PMID:34446714
|
研究论文 | 本文报道了芳烃受体（AHR）在冠状病毒感染中的激活作用，并探讨了其对病毒免疫逃逸和肺上皮细胞的影响。 | 首次揭示了AHR在冠状病毒感染中的激活作用，及其对病毒复制和肺病理的影响。 | 需要进一步研究以评估AHR作为宿主导向抗病毒治疗靶点的潜力。 | 探讨AHR在冠状病毒感染中的作用及其对病毒免疫和肺病理的影响。 | AHR在冠状病毒感染中的激活及其对病毒复制和肺上皮细胞的影响。 | NA | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | COVID-19患者的肺组织样本 |
| 432 | 2024-08-07 |
Tumour-targeted interleukin-12 and entinostat combination therapy improves cancer survival by reprogramming the tumour immune cell landscape
2021-08-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25393-x
PMID:34446712
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研究论文 | 本文通过综合单细胞转录组、蛋白质组和免疫细胞分析，展示了Entinostat与NHS-rmIL12联合治疗在实验性小鼠结肠癌细胞和低免疫原性乳腺癌肿瘤中的应用，重编程肿瘤免疫环境，提高癌症生存率。 | 本研究首次展示了Entinostat与NHS-rmIL12联合治疗能够重编程肿瘤免疫环境，促进CD8 T细胞和活化中性粒细胞的协同作用，导致肿瘤完全消除。 | 研究主要在实验性小鼠模型中进行，需要在人类临床试验中进一步验证其效果。 | 探讨Entinostat与NHS-rmIL12联合治疗在改善癌症生存中的作用。 | 实验性小鼠结肠癌细胞和低免疫原性乳腺癌肿瘤。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组、蛋白质组和免疫细胞分析 | NA | 转录组、蛋白质组 | 实验涉及的小鼠样本数量未明确提及 |
| 433 | 2024-08-07 |
Sfaira accelerates data and model reuse in single cell genomics
2021-08-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02452-6
PMID:34433466
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研究论文 | 本文介绍了sfaira，一个用于公共数据集的单细胞数据动物园，以及一个包含可执行预训练模型的模型动物园，旨在加速单细胞基因组学中的数据和模型重用 | 提出了一个用于公共数据集的单细胞数据动物园sfaira，并设计了用于元数据的本体论，以及针对不同粗细注释水平的细胞类型分类的交叉熵损失的适应 | NA | 解决单细胞RNA-seq数据分析中独立分析和数据整理时间消耗的问题 | 单细胞RNA-seq数据集和预训练模型 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA-seq | 预训练模型 | 单细胞数据 | 800万个细胞 |
| 434 | 2024-08-07 |
Whole-genome methylation analysis of testicular germ cells from cryptozoospermic men points to recurrent and functionally relevant DNA methylation changes
2021-08-21, Clinical epigenetics
IF:4.8Q1
DOI:10.1186/s13148-021-01144-z
PMID:34419158
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研究论文 | 本研究通过全基因组甲基化分析，比较了隐匿精子症患者和阻塞性无精子症患者的睾丸生殖细胞的DNA甲基化模式，发现了与精子发生受损相关的功能性相关区域的DNA甲基化变化。 | 本研究首次在隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞中发现了与精子发生受损相关的功能性相关区域的DNA甲基化变化。 | 研究样本量较小，仅包括四名隐匿精子症患者和四名阻塞性无精子症患者作为对照。 | 探究隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞是否存在异常的DNA甲基化模式。 | 隐匿精子症患者的睾丸生殖细胞和阻塞性无精子症患者的睾丸生殖细胞。 | 数字病理学 | 男性不育 | 全基因组甲基化分析，深度亚硫酸盐测序 | NA | DNA甲基化数据 | 8名患者（4名隐匿精子症患者和4名阻塞性无精子症患者） |
| 435 | 2024-08-07 |
MultiK: an automated tool to determine optimal cluster numbers in single-cell RNA sequencing data
2021-08-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02445-5
PMID:34412669
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MultiK的自动化工具，用于确定单细胞RNA测序数据中的最佳聚类数 | MultiK通过多分辨率视角提供了一个客观的聚类数估计方法，改进了现有的单细胞RNA测序聚类方法 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据中聚类数的估计方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 基因表达数据 | NA |
| 436 | 2024-08-07 |
ExpressHeart: Web Portal to Visualize Transcriptome Profiles of Non-Cardiomyocyte Cells
2021-Aug-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22168943
PMID:34445647
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研究论文 | 本研究开发了一个名为ExpressHeart的开放访问网络门户，用于可视化来自五个实验室的三种物种的非心肌细胞（nonCMs）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | ExpressHeart提供了跨数据集信息的直接组合功能，例如通过不同数据集的交集生成高置信度差异表达基因（DEGs）列表，并进行数据集间的比较 | NA | 揭示心脏中的分子特征，为心脏疾病研究提供支持 | 非心肌细胞（nonCMs）的转录组特征 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 来自五个实验室的三种物种的非心肌细胞（nonCMs）样本 |
| 437 | 2024-08-07 |
Live cell tagging tracking and isolation for spatial transcriptomics using photoactivatable cell dyes
2021-08-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25279-y
PMID:34404785
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SPACECAT的方法，用于通过光激活细胞染料进行空间转录组学的活细胞标记、追踪和分离 | SPACECAT方法提供了单细胞精度和时间稳定性，适用于多种细胞和组织类型，并能与下游分析相结合 | NA | 研究细胞与其微环境的动态相互作用，以及这些相互作用如何影响细胞的表型和功能 | 肠道类器官中的隐窝样区域，以及来自健康器官和自发性肺肿瘤模型的离体组织切片 | 空间转录组学 | NA | 光激活细胞染料 | NA | 转录组数据 | 四个健康器官和一个自发性肺肿瘤模型的组织切片 |
| 438 | 2024-08-07 |
Plant single-cell solutions for energy and the environment
2021-08-12, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02477-4
PMID:34385583
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研究论文 | 本文探讨了单细胞技术在能源和环境科学中的应用，并提出了在植物、真菌和藻类研究中面临的挑战和机遇 | 强调了开发更全面单细胞技术和分析工具的必要性，以及创建一个集中、开放访问的植物单细胞数据库的重要性 | 目前单细胞方法在植物、真菌、藻类等环境生物中的应用仍受限于多糖壁的挑战 | 推动能源和环境科学的发展，通过深入研究特定模型物种和捕捉植物界的多样性 | 植物、真菌和藻类等环境生物 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 439 | 2024-08-07 |
Virus Infection Variability by Single-Cell Profiling
2021-08-09, Viruses
DOI:10.3390/v13081568
PMID:34452433
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综述 | 本文综述了通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单分子RNA荧光原位杂交（FISH）和铜(I)催化的叠氮-炔环加成（点击）化学等技术，分析人类和小鼠细胞中病毒感染变异性的研究进展 | 引入了“细胞状态”概念，并介绍了单细胞同时测量染色质可及性和mRNA计数的高通量技术 | NA | 探讨病毒感染变异性的机制及其对疾病发生和发展的影响 | 人类和小鼠细胞中的病毒感染变异性 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单分子RNA荧光原位杂交（FISH）、铜(I)催化的叠氮-炔环加成（点击）化学 | NA | RNA | NA |
| 440 | 2024-08-07 |
YY1 Silencing Induces 5-Fluorouracil-Resistance and BCL2L15 Downregulation in Colorectal Cancer Cells: Diagnostic and Prognostic Relevance
2021-Aug-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22168481
PMID:34445183
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研究论文 | 研究YY1沉默对结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶的耐药性和BCL2L15下调的影响，并探讨其在结直肠癌诊断和预后中的相关性 | 首次探讨YY1表达水平对结直肠癌细胞治疗反应的影响，并识别相关转录靶点 | 研究仅涉及四种不同基因型的结直肠癌细胞，可能需要更广泛的细胞系验证 | 研究YY1在结直肠癌中的作用及其作为诊断和预后标志物的潜力 | 结直肠癌细胞及患者的YY1表达水平和治疗反应 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及四种不同基因型的结直肠癌细胞及结直肠癌患者数据 |