单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2024-08-07 |
Reconstruction of lateral root formation through single-cell RNA sequencing reveals order of tissue initiation
2021-08-02, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2021.05.028
PMID:34062316
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了拟南芥侧根形成过程中组织初始化的顺序 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了侧根原基的发育过程，揭示了组织初始化的顺序和细胞命运的重编程 | 未检测到类似表皮或根冠的细胞，暗示外部组织可能在侧根出现之前形成 | 探究植物侧根形成过程中的组织初始化和细胞命运 | 拟南芥侧根形成过程中的细胞和组织 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及拟南芥侧根形成的前四个阶段的细胞 |
| 422 | 2024-08-07 |
Iterative single-cell multi-omic integration using online learning
2021-08, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-00867-x
PMID:33875866
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研究论文 | 本文介绍了一种名为在线集成非负矩阵分解（iNMF）的算法，用于整合大规模、多样化的单细胞数据集 | 该算法能够处理任意数量的细胞数据，使用固定内存，并能迭代地整合新产生的数据集，允许多用户通过互联网流式传输同时分析一个大型数据集 | NA | 开发一种通用且可扩展的计算方法，用于整合大规模单细胞基因表达、染色质可及性和DNA甲基化数据集 | 单细胞基因表达、染色质可及性和DNA甲基化数据集 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解（NMF） | 非负矩阵分解（NMF） | 单细胞数据 | 超过100万个细胞 |
| 423 | 2024-08-07 |
A deep convolutional neural network for segmentation of whole-slide pathology images identifies novel tumour cell-perivascular niche interactions that are associated with poor survival in glioblastoma
2021-08, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-021-01394-x
PMID:33927352
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研究论文 | 本文使用深度卷积神经网络对胶质母细胞瘤的数字化病理切片进行分割，并分析了不同肿瘤区域的基因特征与患者生存率的关系 | 首次在空间上解析了胶质母细胞瘤中不同肿瘤区域的基因特征，并揭示了肿瘤细胞与微环境细胞的相互作用对患者生存率的影响 | NA | 研究胶质母细胞瘤中不同肿瘤区域的基因特征与患者生存率的关系 | 胶质母细胞瘤的数字化病理切片 | 数字病理学 | 脑癌 | 深度卷积神经网络 | DCNN | 图像 | 来自The Cancer Genome Atlas (TCGA)的数字化胶质母细胞瘤病理切片 |
| 424 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome profiling of the human developing spinal cord reveals a conserved genetic programme with human-specific features
2021-08-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.199711
PMID:34351410
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研究论文 | 本研究利用单细胞mRNA测序技术，对人类胚胎发育中的脊髓进行转录组分析，揭示了脊髓发育中细胞多样性和复杂性，并与小鼠脊髓发育进行比较 | 发现了人类脊髓发育中特有的特征，并重建了特定神经元亚型的分化路径 | NA | 探究人类神经管发育中细胞的多样性和复杂性 | 人类胚胎的脊髓 | 数字病理学 | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | 转录组数据 | 四个不同发育阶段的人类胚胎 |
| 425 | 2024-08-07 |
PI3Kα inhibitor CYH33 triggers antitumor immunity in murine breast cancer by activating CD8+T cells and promoting fatty acid metabolism
2021-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-003093
PMID:34373258
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研究论文 | 研究PI3Kα抑制剂CYH33通过激活CD8+T细胞和促进脂肪酸代谢在乳腺癌小鼠模型中触发抗肿瘤免疫的作用 | 首次探讨了PI3Kα抑制剂CYH33对肿瘤微环境的影响，并发现其与脂肪酸合成酶抑制剂C75联合使用可增强抗肿瘤免疫 | 研究主要在免疫健全的小鼠模型中进行，需要进一步在人体中验证 | 探讨PI3Kα抑制剂CYH33对肿瘤微环境的影响及其在乳腺癌治疗中的应用 | 乳腺癌小鼠模型中的肿瘤微环境和免疫细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序和多参数流式细胞术 | NA | 细胞 | 多个小鼠肿瘤模型 |
| 426 | 2024-08-07 |
Stochastic gene expression drives mesophyll protoplast regeneration
2021-Aug, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abg8466
PMID:34380624
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研究论文 | 研究探讨了植物叶肉原生质体再生过程中细胞多能性的机制 | 发现了两个转录因子在原生质体再生中的促进作用，并揭示了原生质体分离后基因表达变异增加的现象 | NA | 揭示植物细胞多能性的分子机制 | 植物叶肉原生质体及其再生过程 | NA | NA | 活体成像和单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 单个叶肉原生质体 |
| 427 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomes reveal heterogeneity of high-grade serous ovarian carcinoma
2021-08, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.500
PMID:34459128
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的异质性和分子基础 | 本研究发现了具有高增殖和药物抗性潜力的侵袭性上皮细胞亚群，并鉴定了几个在卵巢癌细胞生长和迁移中起作用的新标记物 | NA | 探讨高级别浆液性卵巢癌的异质性和分子基础 | 高级别浆液性卵巢癌的原始和转移样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | 13,571个细胞 |
| 428 | 2024-08-07 |
Generation and Characterization of a Cell Type-Specific, Inducible Cre-Driver Line to Study Olfactory Processing
2021-07-28, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.3076-20.2021
PMID:34099512
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研究论文 | 本文通过分析单细胞RNA测序数据，识别并验证了在小鼠嗅球中的两种细胞类型——主细胞和簇状细胞中差异表达的基因，并利用CRISPR/Cas9技术生成了一个可诱导的Cre驱动鼠系，用于特定标记主细胞，以研究嗅觉处理 | 首次生成了能够区分主细胞和簇状细胞的Cre驱动鼠系，利用公开的单细胞RNA测序数据加速了科学研究 | NA | 生成一个细胞类型特异性的、可诱导的Cre驱动鼠系，以研究嗅觉处理中的细胞类型特异性贡献 | 小鼠嗅球中的主细胞和簇状细胞 | 神经科学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 大量样本 |
| 429 | 2024-08-07 |
Single-cell protein activity analysis identifies recurrence-associated renal tumor macrophages
2021-05-27, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.04.038
PMID:34019793
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和VIPER算法分析了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤微环境（TME），识别出与复发相关的肿瘤特异性巨噬细胞亚群。 | 本研究首次通过单细胞蛋白质活性分析，揭示了通过基因表达分析无法检测到的临床相关细胞亚群，特别是发现了一种肿瘤特异性巨噬细胞亚群，其特征为TREM2/APOE/C1Q的上调。 | NA | 构建全面的ccRCC肿瘤微环境图谱，并识别与复发相关的肿瘤特异性巨噬细胞亚群。 | ccRCC肿瘤及其邻近组织的造血和非造血亚群。 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 来自未经治疗的ccRCC切除术的肿瘤和肿瘤邻近组织样本 |
| 430 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics of human embryos identifies multiple sympathoblast lineages with potential implications for neuroblastoma origin
2021-05, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00818-x
PMID:33833454
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了人类胚胎发育过程中神经嵴和间充质来源的细胞系向肾上腺、肾脏、内皮和造血组织分化的过程 | 研究发现肾上腺内交感神经母细胞直接来源于神经相关的施万细胞前体，与局部嗜铬细胞相似，而大多数肾上腺外交感神经母细胞则来源于迁移的神经嵴 | NA | 揭示人类胚胎发育过程中细胞状态的进展，以了解儿科疾病的起源 | 人类胚胎发育中神经嵴和间充质来源的细胞系 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及人类胚胎发育的第6至第14周 |
| 431 | 2024-08-07 |
Applying high-dimensional single-cell technologies to the analysis of cancer immunotherapy
2021-04, Nature reviews. Clinical oncology
DOI:10.1038/s41571-020-00449-x
PMID:33277626
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研究论文 | 本文探讨了高维单细胞技术在癌症免疫治疗分析中的应用 | 利用高维单细胞技术对肿瘤及其微环境的基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组特征进行多方面分析 | NA | 研究高维单细胞技术在免疫肿瘤学中的应用，特别是在临床反应和免疫治疗抵抗方面的进展 | 恶性肿瘤的单细胞分析 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞转录组 | NA | 单细胞数据 | 数千至数百万个单细胞 |
| 432 | 2024-08-07 |
Multiplexed Analysis of Retinal Gene Expression and Chromatin Accessibility using scRNA-Seq and scATAC-Seq
2021-03-12, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/62239
PMID:33779599
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研究论文 | 本文介绍了使用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单细胞ATAC-Seq技术在视网膜发育中进行多重分析的方法 | 本文引入了MULTI-Seq技术，通过使用改良的寡核苷酸-脂质复合物标记单个样本，既扩大了单个实验的范围，又显著降低了成本 | NA | 研究视网膜基因调控网络在发育和疾病状态下的功能 | 视网膜的基因表达和染色质可及性 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单细胞ATAC-Seq | NA | 基因表达数据和染色质可及性数据 | NA |
| 433 | 2024-08-07 |
Multimodal pooled Perturb-CITE-seq screens in patient models define mechanisms of cancer immune evasion
2021-03, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00779-1
PMID:33649592
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研究论文 | 本文开发了Perturb-CITE-seq技术，通过在患者来源的黑色素瘤细胞和自体肿瘤浸润淋巴细胞共培养体系中进行大规模扰动筛选，揭示了癌症免疫逃逸的机制。 | 首次使用Perturb-CITE-seq技术进行多模态、单细胞水平的扰动筛选，发现了新的免疫逃逸机制，如CD58的丢失。 | NA | 阐明癌症免疫检查点抑制剂抵抗的潜在机制。 | 患者来源的黑色素瘤细胞和自体肿瘤浸润淋巴细胞。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | Perturb-CITE-seq | CRISPR-Cas9 | 单细胞转录组和蛋白质 | 约218,000个细胞，750个与癌症细胞内在的ICI抵抗相关的扰动 |
| 434 | 2024-08-07 |
A Preliminary Single-Cell RNA-Seq Analysis of Embryonic Cells That Express Brachyury in the Amphioxus, Branchiostoma japonicum
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.696875
PMID:34336847
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了日本文昌鱼的胚胎细胞中Brachyury基因的表达模式 | 首次在单细胞水平上区分了两种Brachyury基因在文昌鱼胚胎细胞中的表达特征 | 研究仅限于文昌鱼，可能不适用于其他脊索动物 | 探讨文昌鱼胚胎发育过程中Brachyury基因的表达差异及其功能 | 文昌鱼的胚胎细胞及其Brachyury基因的表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 文昌鱼胚胎细胞分为15个集群 |
| 435 | 2024-08-07 |
Exponential-Family Embedding With Application to Cell Developmental Trajectories for Single-Cell RNA-Seq Data
2021, Journal of the American Statistical Association
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/01621459.2021.1886106
PMID:34354320
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研究论文 | 本文开发了一种名为指数族奇异值分解（eSVD）的非线性嵌入方法，用于同时对细胞和基因进行嵌入，并应用于单细胞RNA-seq数据中的细胞发育轨迹分析。 | eSVD方法结合了指数族分布和随机点积模型，提供了一种计算效率高、可识别且一致的嵌入方法，并通过广泛的模拟证明了其与其他嵌入方法的竞争力。 | NA | 开发一种新的非线性嵌入方法，以改进单细胞RNA-seq数据的下游分析，特别是细胞发育轨迹分析。 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞和基因。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | eSVD | 基因表达数据 | 涉及小鼠大脑中少突胶质细胞的单细胞数据集 |
| 436 | 2024-08-07 |
RFCell: A Gene Selection Approach for scRNA-seq Clustering Based on Permutation and Random Forest
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.665843
PMID:34386033
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研究论文 | 本文提出了一种基于排列和随机森林的基因选择方法RFCell，用于提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类效果 | RFCell方法在基因选择性能上优于其他现有的基因选择方法 | NA | 改进scRNA-seq数据的聚类效果 | scRNA-seq数据的基因选择 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 随机森林 | 基因表达数据 | 10个scRNA-seq数据集 |
| 437 | 2024-08-07 |
Risk Signature of Cancer-Associated Fibroblast-Secreted Cytokines Associates With Clinical Outcomes of Breast Cancer
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.628677
PMID:34395236
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研究论文 | 本研究通过构建风险标志物，探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）分泌的细胞因子与乳腺癌临床结果之间的关系 | 首次基于CAFs分泌的细胞因子构建了乳腺癌的预后标志物，并验证了其在不同数据集中的有效性 | 研究主要基于TCGA和METABRIC等数据库的数据，未来需更多临床样本验证 | 揭示CAFs分泌的细胞因子与乳腺癌之间的关系，并构建预后风险标志物 | 乳腺癌患者及其CAFs分泌的细胞因子 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（ScRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 使用了TCGA乳腺癌数据集、METABRIC数据集及其他独立数据集 |
| 438 | 2024-08-07 |
Dynamic Observation of Autophagy and Transcriptome Profiles in a Mouse Model of Bleomycin-Induced Pulmonary Fibrosis
2021, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2021.664913
PMID:34395518
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研究论文 | 本研究动态观察了博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中自噬标志物的表达，并使用RNA-Seq分析了不同时间点的基因表达和相关功能及通路。 | 首次系统地分析了自噬在博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中的动态变化及其对肺纤维化发展的影响。 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本，可能影响结果的临床相关性。 | 探讨自噬在肺纤维化发展中的作用及其相关基因表达和通路。 | 博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型中的自噬标志物和基因表达。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | RNA-Seq, 单细胞测序技术 | NA | 基因表达数据 | 多个时间点的肺纤维化小鼠模型样本 |
| 439 | 2024-08-07 |
Mechanism-Centric Approaches for Biomarker Detection and Precision Therapeutics in Cancer
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.687813
PMID:34408770
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研究论文 | 本文探讨了通过机制中心方法识别驱动生物标志物，以促进癌症精准治疗的计算方法 | 提出通过考虑上游和下游调控机制的机制中心方法来识别功能上有意义的生物标志物 | 现有的生物标志物多为乘客变异而非驱动变异，限制了其在治疗靶向中的应用 | 探索生物标志物的发现及其在癌症精准治疗中的应用 | 生物标志物及其在癌症治疗中的作用 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 基因共表达网络、调控网络、蛋白质-蛋白质相互作用网络和分子通路 | NA |
| 440 | 2024-08-07 |
Activation of FcRn Mediates a Primary Resistance Response to Sorafenib in Hepatocellular Carcinoma by Single-Cell RNA Sequencing
2021, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2021.709343
PMID:34421602
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了肝细胞癌患者对索拉非尼的初级耐药反应，并探讨了其分子机制。 | 首次通过单细胞测序技术揭示了肝细胞癌对索拉非尼初级耐药的分子机制，特别是FcRn复合受体的激活及其对HIF通路和细胞增殖的影响。 | 研究仅限于患者来源的异种移植（PDX）模型，可能需要进一步的临床验证。 | 评估肝细胞癌患者对索拉非尼的初级耐药反应，并探讨其分子机制。 | 肝细胞癌患者对索拉非尼的初级耐药反应及其分子机制。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |