单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2024-08-07	A joint deep learning model enables simultaneous batch effect correction, denoising, and clustering in single-cell transcriptomics 2021-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.271874.120 PMID:34035047	研究论文	本文介绍了一种名为CarDEC的联合深度学习模型，该模型能够在单细胞转录组学数据中同时进行批次效应校正、去噪和聚类	CarDEC模型能够在嵌入空间和基因表达空间中同时进行批次效应校正，并且比现有方法如Scanorama、DCA + Combat、scVI和MNN表现更优	NA	开发一种能够在单细胞RNA测序数据中同时进行批次效应校正、去噪和聚类的深度学习模型	单细胞RNA测序数据中的批次效应校正、去噪和聚类	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	基因表达数据	涉及不同物种和组织的广泛评估
382	2024-08-07	A machine learning method for the discovery of minimum marker gene combinations for cell type identification from single-cell RNA sequencing 2021-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.275569.121 PMID:34088715	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的标记基因选择算法NS-Forest 2.0，用于从单细胞RNA测序数据中发现最小的标记基因组合，以识别细胞类型	利用随机森林特征选择的非线性属性和二元表达评分方法，发现最优的标记基因表达组合	NA	开发一种新的机器学习方法，用于从单细胞RNA测序数据中选择标记基因，以定义和传播转录表型	人类大脑中颞回的细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机森林	转录组数据	NA
383	2024-08-07	A single-cell guide to retinal development: Cell fate decisions of multipotent retinal progenitors in scRNA-seq 2021-10, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2021.06.005 PMID:34146533	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在研究视网膜发育过程中的应用	利用scRNA-seq技术，研究者能够同时对数千个单个细胞的转录组进行分析，从而深入理解视网膜前体细胞的能力、细胞命运决定和分化	NA	探讨scRNA-seq技术如何增进我们对视网膜前体细胞能力、细胞命运决定和分化的理解	视网膜前体细胞及其在视网膜发育中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	数千个单个细胞
384	2024-08-07	A graph neural network model to estimate cell-wise metabolic flux using single-cell RNA-seq data 2021-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.271205.120 PMID:34301623	研究论文	开发了一种名为scFEA的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞水平的代谢通量	引入了基于图神经网络的优化求解器和多层神经网络来捕捉转录组到代谢组的复杂信息传递	目前缺乏成熟的高通量单细胞代谢组学技术	旨在弥合对组织内代谢异质性和协作机制的系统理解的知识缺口	细胞水平的代谢通量	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图神经网络	RNA测序数据	实验验证中使用了与代谢组学数据匹配的scRNA-seq数据集，并在五个公开的scRNA-seq和空间转录组数据集上进行了应用
385	2024-08-07	Advances in spatial transcriptomic data analysis 2021-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.275224.121 PMID:34599004	综述	本文综述了空间转录组数据分析方法和管道的最新进展	介绍了多种克服技术特定限制的方法，如空间分辨率、基因覆盖率、灵敏度和技术偏差	NA	旨在全面描述组织结构和组织在单细胞或亚细胞分辨率下的特征	空间转录组数据分析方法和管道	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
386	2024-08-07	Spatially resolved cell atlas of the mouse primary motor cortex by MERFISH 2021-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03705-x PMID:34616063	研究论文	本研究使用多重错误稳健荧光原位杂交（MERFISH）技术，生成了小鼠初级运动皮质的分子定义和空间解析的细胞图谱	首次使用MERFISH技术生成小鼠初级运动皮质的空间解析细胞图谱，并揭示了神经元和非神经元细胞群的复杂空间分布	NA	理解不同细胞类型如何贡献于大脑功能，特别是它们的空间组织和连接性	小鼠初级运动皮质及其邻近区域的细胞	数字病理学	NA	多重错误稳健荧光原位杂交（MERFISH）	NA	图像	约300,000个细胞
387	2024-08-07	An atlas of gene regulatory elements in adult mouse cerebrum 2021-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03604-1 PMID:34616068	研究论文	本文通过分析超过80万个成年小鼠大脑核的染色质可及性，绘制了160种不同细胞类型中491,818个候选顺式调控DNA元件的状态图谱	本文首次揭示了多种神经细胞类型在空间分布上的高度特异性，并关联了这些细胞类型的区域特异性基因调控序列	NA	研究小鼠大脑中基因调控元件的分布及其与细胞类型特异性的关系	成年小鼠大脑的45个区域的800,000个单个核的染色质可及性	数字病理学	NA	单细胞转录组学，高通量成像技术	NA	DNA元件	超过800,000个单个核，来自45个大脑区域
388	2024-08-07	A transcriptomic and epigenomic cell atlas of the mouse primary motor cortex 2021-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03500-8 PMID:34616066	研究论文	本文通过单细胞转录组学和表观基因组学技术，构建了小鼠初级运动皮质的细胞图谱	开发了计算和统计方法来整合多模态数据，并定量验证细胞类型的可重复性	NA	构建小鼠初级运动皮质的全面分子和基因组细胞图谱	小鼠初级运动皮质中的超过500,000个单个细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学和表观基因组学	NA	转录组和表观基因组数据	超过500,000个单个细胞
389	2024-08-07	Single-Cell RNA-Seq Reveals Heterogeneous lncRNA Expression in Xenografted Triple-Negative Breast Cancer Cells 2021-Sep-30, Biology DOI:10.3390/biology10100987 PMID:34681087	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了异种移植的三阴性乳腺癌细胞中长非编码RNA（lncRNA）表达的异质性	首次在单细胞水平上研究了三阴性乳腺癌细胞中lncRNA的表达异质性，并探讨了lncRNA作为潜在治疗靶点和生物标志物的可能性	lncRNA表达不足以定义细胞亚群，且lncRNA的表达模式高度异质性	探索三阴性乳腺癌肿瘤异质性，并研究lncRNA表达在不同细胞亚群中的变化	三阴性乳腺癌细胞中的lncRNA表达	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	每个细胞检测到25个lncRNA的中位数
390	2024-08-07	Single-cell landscape of nuclear configuration and gene expression during stem cell differentiation and X inactivation 2021-09-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02432-w PMID:34579774	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序、ATAC测序和Hi-C技术，研究了小鼠胚胎干细胞分化和X染色体失活过程中的基因表达、染色质可及性和核结构变化	首次整合了来自三种模态的高通量单细胞数据，即单细胞RNA-seq、ATAC-seq和Hi-C，以追踪小鼠胚胎干细胞分化和X染色体失活过程中的变化	NA	研究小鼠胚胎干细胞分化和X染色体失活过程中的基因表达、染色质可及性和核结构变化	小鼠胚胎干细胞分化和X染色体失活过程中的基因表达、染色质可及性和核结构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、ATAC测序、Hi-C	NA	基因表达数据、染色质可及性数据、3D染色体结构数据	NA
391	2024-08-07	Dissecting transition cells from single-cell transcriptome data through multiscale stochastic dynamics 2021-09-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25548-w PMID:34556644	research paper	本文介绍了一种名为MuTrans的方法，通过多尺度简化技术从单细胞转录组数据中识别细胞命运转换的潜在随机动力学	MuTrans方法通过迭代统一多尺度的转换动力学，构建了描述细胞状态转换进程的细胞命运动力学流形，并区分稳定细胞和过渡细胞	NA	研究具有瞬态特性或混合身份的细胞，并从单细胞转录组数据中检测细胞状态转换	单细胞转录组数据中的过渡细胞	digital pathology	NA	单细胞转录组技术	NA	转录组数据	五个不同的单细胞实验平台的数据集
392	2024-08-07	SCReadCounts: estimation of cell-level SNVs expression from scRNA-seq data 2021-Sep-22, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-021-07974-8 PMID:34551708	研究论文	本文介绍了一种名为SCReadCounts的工具，用于从单细胞RNA测序数据中估计细胞水平的单核苷酸变异（SNV）表达	SCReadCounts能够生成包含绝对变异和参考携带读取计数的细胞-SNV矩阵，以及适用于各种下游应用的表达变异等位基因分数（VAFRNA）矩阵	NA	开发一种工具，用于从单细胞RNA测序数据中估计细胞水平的SNV表达	单细胞RNA测序数据中的SNV表达	生物信息学	神经母细胞瘤	scRNA-seq	NA	基因组数据	59,884个细胞来自七个神经母细胞瘤样本
393	2024-08-07	Reconstructing aspects of human embryogenesis with pluripotent stem cells 2021-09-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25853-4 PMID:34548496	研究论文	本文使用扩展的多能干细胞（EPSCs）在三维环境中模拟人类早期胚胎发育，并定义了一种协议来生成自组织囊状结构。	本文首次使用EPSCs生成模拟人类早期胚胎发育的自组织囊状结构，并通过单细胞RNA测序揭示了与胚胎发育相关的细胞亚群。	生成的囊状结构在某些关键标记和信号传导途径上与自然囊胚存在显著差异。	旨在理解人类胚胎发育的机制，并设计基于干细胞的胚胎发育模型。	人类早期胚胎发育及其在干细胞模型中的模拟。	干细胞研究	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
394	2024-08-07	The Clonal Expansion Dynamics of the HIV-1 Reservoir: Mechanisms of Integration Site-Dependent Proliferation and HIV-1 Persistence 2021-09-17, Viruses DOI:10.3390/v13091858 PMID:34578439	研究论文	本文探讨了HIV-1潜伏库的克隆扩展动力学，特别是整合位点依赖性增殖机制及其对HIV-1持久性的影响	首次揭示了HIV-1整合位点与特定癌症相关基因的关系，以及HIV-1通过插入突变驱动感染细胞增殖的机制	文章未详细讨论CRISPR-mediated抑制HIV-1 promoter的具体方法及其在临床应用中的可行性	研究HIV-1潜伏库的克隆扩展机制，探索抑制HIV-1转录和阻止感染细胞克隆扩展的治疗方法	HIV-1整合位点、潜伏库的克隆扩展、癌症相关基因表达	NA	HIV/AIDS	单细胞转录组分析, CRISPR	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
395	2024-08-07	Troy/Tnfrsf19 marks epidermal cells that govern interfollicular epidermal renewal and cornification 2021-09-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.07.007 PMID:34358453	研究论文	本文识别了Troy作为人类和小鼠表皮中IFE和HF漏斗部基底层细胞的标记物，并通过遗传谱系追踪实验证明了Troy表达的基底细胞对角质化上皮层的长期更新有贡献。	首次确定了Troy作为IFE和HF漏斗部基底层细胞的特异性标记物，并证实了这些细胞具有干细胞特性及其分化能力。	NA	确定Troy作为表皮基底细胞的标记物，并研究其在表皮更新和角质化中的作用。	人类和小鼠的表皮细胞，特别是IFE和HF漏斗部的基底层细胞。	NA	NA	单细胞转录组学和类器官分析	NA	细胞	涉及人类和小鼠的表皮细胞样本
396	2024-08-07	Choice of pre-processing pipeline influences clustering quality of scRNA-seq datasets 2021-Sep-14, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-021-07930-6 PMID:34521337	research paper	本文研究了单细胞RNA测序数据预处理管道对聚类质量的影响，比较了kallisto伪比对器与10X Genomics的Cell Ranger管道的效果。	采用kallisto伪比对器处理单细胞测序数据，提高了序列读取比对率和总基因检测率，特别是在非人类和小鼠数据集中，显著提升了细胞类型的识别质量。	研究主要集中在22个公开的单细胞测序数据集上，可能未涵盖所有可能的生物体和组织类型。	探讨不同预处理管道对单细胞RNA测序数据聚类质量的影响。	22个来自8种不同生物体多种组织的公开单细胞测序数据集。	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	text	22个单细胞测序数据集
397	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from acute Kawasaki disease patients 2021-09-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25771-5 PMID:34521850	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了急性川崎病患者的周围血单个核细胞，并探讨了免疫反应的变化及其潜在的生物学过程。	首次通过单细胞RNA测序全面揭示了急性川崎病患者免疫细胞的转录组变化，特别是在单核细胞和B细胞中的差异表达基因。	研究样本量较小，仅包括7名急性川崎病患者和3名健康对照，可能影响结果的普遍性。	旨在深入理解急性川崎病的免疫反应及其治疗机制。	急性川崎病患者的周围血单个核细胞及其在治疗前后的变化。	数字病理学	川崎病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	7名急性川崎病患者和3名年龄匹配的健康对照
398	2024-08-07	Multipotent progenitors and hematopoietic stem cells arise independently from hemogenic endothelium in the mouse embryo 2021-09-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109675 PMID:34525376	研究论文	本研究通过克隆分析和单细胞转录组学方法，证明了在小鼠胚胎早期，具有造血干细胞（HSC）潜力的稀有内皮细胞（HE）与具有多系造血潜力的更丰富的HE是不同的	本研究提出了一个修订的发育性造血模型，其中多能祖细胞和HSC最初从具有不同表型和转录特征的HE独立产生	NA	探究在小鼠胚胎发育过程中，多能祖细胞和造血干细胞是否从共同的内皮细胞（HE）产生	小鼠胚胎中的内皮细胞（HE）及其分化出的多能祖细胞和造血干细胞（HSC）	血液学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
399	2024-08-07	The Warburg effect is necessary to promote glycosylation in the blastema during zebrafish tail regeneration 2021-Sep-13, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-021-00163-x PMID:34518542	研究论文	本研究利用斑马鱼幼体尾部再生实验，探讨了Warburg效应在尾部再生中促进糖基化的必要性	首次证明了Warburg效应在斑马鱼尾部再生中的关键作用，并揭示了代谢重编程对TGF-β信号传导和糖基化途径的重要性	研究仅限于斑马鱼模型，可能需要进一步验证在其他物种中的适用性	探究Warburg效应在斑马鱼尾部再生中的作用及其对代谢途径的影响	斑马鱼幼体尾部再生过程中的代谢变化和细胞行为	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	多个再生尾部样本，包括抑制和未抑制葡萄糖代谢的样本
400	2024-08-07	RCA2: a scalable supervised clustering algorithm that reduces batch effects in scRNA-seq data 2021-09-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab632 PMID:34320202	研究论文	本文介绍了一种名为RCA2的可扩展监督聚类算法，该算法能有效减少scRNA-seq数据中的批次效应	RCA2是首个结合参考投影（提高批次效应稳健性）和基于图的聚类（提高可扩展性）的算法，并提供了一个用户友好的框架，集成了多种常用的下游分析模块	NA	开发一种能有效减少批次效应并适用于大规模单细胞数据集的监督聚类算法	人类和小鼠的单细胞转录组数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	基于图的聚类算法	转录组数据	涉及人类骨髓、健康PBMCs及COVID-19患者PBMCs的单细胞数据