单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-01-16	Targeting In Vivo Metabolic Vulnerabilities of Th2 and Th17 Cells Reduces Airway Inflammation 2021-03-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2001029 PMID:33558372	研究论文	本研究探讨了Th2和Th17细胞在哮喘患者中的代谢表型和依赖性，以及它们在气道炎症调节中的作用	揭示了Th2和Th17细胞在哮喘中的代谢脆弱性，并展示了通过靶向这些代谢途径来减少气道炎症的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行广泛验证	研究Th2和Th17细胞的代谢表型及其在哮喘气道炎症中的作用	哮喘患者的支气管肺泡灌洗液和外周血T细胞，以及小鼠模型中的T细胞	免疫学	哮喘	质谱流式细胞术、单细胞RNA测序	小鼠模型	生物分子数据	哮喘患者和小鼠模型中的T细胞
22	2025-01-13	The hepatocyte growth factor/c-met pathway is a key determinant of the fibrotic kidney local microenvironment 2021-Oct-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103112 PMID:34622165	研究论文	本文研究了肝细胞生长因子/c-met信号通路在慢性肾病（CKD）模型中调节肾脏局部微环境（KLM）形成的作用	通过多学科方法，结合单细胞RNA测序数据和数学建模，揭示了c-met在肾小管细胞和巨噬细胞中的不同作用，并验证了c-met缺失对上皮细胞可塑性、肌成纤维细胞活化和细胞外基质合成/降解的影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索肝细胞生长因子/c-met信号通路在慢性肾病中调节肾脏局部微环境的作用	慢性肾病模型中的肾脏局部微环境	生物医学研究	慢性肾病	单细胞RNA测序	数学建模	RNA测序数据	多种慢性肾病模型中的小鼠样本
23	2025-01-13	Defining the nature of human pluripotent stem cell-derived interneurons via single-cell analysis 2021-10-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.08.006 PMID:34506726	研究论文	本文通过单细胞分析定义了人类多能干细胞衍生的中间神经元的性质	首次直接比较了多种体外中间神经元衍生方法的同质性，并发现PSC衍生的中间神经元仅代表大脑中潜在亚型的一小部分	研究主要关注体外和体内中间神经元的相似性，未深入探讨其功能差异	确定体外方法生成的人类中间神经元是否包含大脑中发现的所有亚型，并比较体外和体内中间神经元的相似性	人类皮质和PSC衍生的中间神经元	单细胞分析	NA	单核和单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
24	2025-01-13	Transcriptome analysis of heterogeneity in mouse model of metastatic breast cancer 2021-09-27, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-021-01468-x PMID:34579762	研究论文	本文通过对MMTV-PyMT小鼠模型中转移性乳腺癌细胞的转录组分析，探讨了肿瘤异质性和器官趋向性	使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析转移性乳腺癌细胞的转录组，揭示了肿瘤异质性和器官趋向性的基因表达模式	研究仅基于小鼠模型，可能无法完全反映人类乳腺癌的复杂性	探讨乳腺癌转移过程中的肿瘤异质性和器官趋向性	MMTV-PyMT小鼠模型中的转移性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	10只雌性MMTV-PyMT小鼠的器官来源的转移性细胞系
25	2025-01-06	The order and logic of CD4 versus CD8 lineage choice and differentiation in mouse thymus 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20306-w PMID:33397934	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了小鼠胸腺中CD4和CD8谱系选择和分化的顺序和逻辑	使用单细胞RNA测序技术对小鼠胸腺细胞选择中间体进行分类，揭示了核心受体基因表达的时序模式及其对TCR信号强度的响应	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	理解CD4/CD8谱系选择中核心受体表达与TCR特异性匹配的机制	小鼠胸腺细胞选择中间体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量
26	2024-12-28	Immune cells lacking Y chromosome show dysregulation of autosomal gene expression 2021-Apr, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-021-03822-w PMID:33837451	研究论文	本文研究了Y染色体缺失（LOY）对白细胞中常染色体基因表达的影响	揭示了LOY在不同白细胞亚群中的广泛转录效应，挑战了Y染色体作为“遗传荒地”的观点	LOY与疾病风险增加的具体机制仍需进一步研究	探讨LOY对白细胞基因表达的影响及其与疾病风险的关联	白细胞	基因组学	阿尔茨海默病, 前列腺癌	DNA分析, RNA测序	NA	DNA, RNA	NA
27	2024-12-17	Single-Cell Transcriptomic Heterogeneity in Invasive Ductal and Lobular Breast Cancer Cells 2021-01-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-0696 PMID:33148662	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞的转录组异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了浸润性小叶癌与浸润性导管癌在转录组水平上的异质性，并探讨了E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响	研究主要基于细胞系，可能无法完全反映患者体内的复杂情况	揭示乳腺癌细胞的单细胞转录组异质性，并探讨E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响	浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系，以及通过CRISPR-Cas9技术敲除E-钙粘蛋白的T47D细胞系	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系，以及一个E-钙粘蛋白敲除的T47D细胞系
28	2024-12-12	Rare variants in the endocytic pathway are associated with Alzheimer's disease, its related phenotypes, and functional consequences 2021-09, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1009772 PMID:34516545	研究论文	本研究探讨了内吞途径中的罕见变异与阿尔茨海默病及其相关表型和功能后果的关联	首次系统研究了内吞途径中的罕见变异对阿尔茨海默病的贡献，并通过全基因组测序数据验证了其关联性	研究样本主要来自欧洲血统个体，可能限制了结果的普适性	探讨内吞途径中的罕见变异对阿尔茨海默病风险和进展的影响	内吞途径中的罕见变异及其与阿尔茨海默病、神经纤维缠结和年龄相关表型的关联	NA	阿尔茨海默病	全基因组测序 (WGS), 批量RNA测序 (RNA-Seq), 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	基因组数据, 转录组数据	超过3000名欧洲血统个体, 600多个脑组织样本, 48个死后脑样本
29	2024-12-12	Maternal respiratory SARS-CoV-2 infection in pregnancy is associated with a robust inflammatory response at the maternal-fetal interface 2021-05-14, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2021.04.016 PMID:33969332	研究论文	研究了孕妇在妊娠晚期感染SARS-CoV-2后，母胎界面发生的炎症反应	首次揭示了妊娠晚期SARS-CoV-2感染在母胎界面引起的免疫激活，即使在没有检测到局部病毒入侵的情况下	研究样本量较小，且仅限于妊娠晚期的孕妇	探讨孕妇感染SARS-CoV-2后母胎界面的病理生理机制及其对胎儿的潜在影响	妊娠晚期感染SARS-CoV-2的孕妇及其胎盘组织	NA	COVID-19	免疫组织化学、单细胞转录组学	NA	组织、细胞	15例妊娠晚期孕妇的胎盘组织
30	2024-12-11	SARS-CoV-2 exacerbates proinflammatory responses in myeloid cells through C-type lectin receptors and Tweety family member 2 2021-06-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.05.006 PMID:34048708	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2通过C型凝集素受体和Tweety家族成员2在髓系细胞中加剧促炎反应的机制	首次识别出SARS-CoV-2刺突蛋白的多个C型凝集素受体和TTYH2作为糖依赖性结合伙伴，并发现这些受体在髓系细胞中的表达与COVID-19严重程度相关	研究主要集中在髓系细胞的受体上，未涵盖其他免疫细胞类型	探讨SARS-CoV-2如何通过特定受体在髓系细胞中引发促炎反应，并寻找潜在的治疗靶点	SARS-CoV-2刺突蛋白与髓系细胞受体的相互作用及其引发的炎症反应	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自COVID-19患者的肺部细胞
31	2024-12-08	Gut-licensed IFNγ+ NK cells drive LAMP1+TRAIL+ anti-inflammatory astrocytes 2021-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-03116-4 PMID:33408417	研究论文	研究通过高通量流式细胞术筛选、单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9介导的细胞特异性体内遗传扰动，鉴定出表达LAMP1和TRAIL的星形胶质细胞亚群，并探讨其在中枢神经系统炎症中的作用	首次揭示了LAMP1TRAIL星形胶质细胞通过TRAIL-DR5信号诱导T细胞凋亡来限制中枢神经系统炎症，并发现这种星形胶质细胞亚群由肠道微生物群调节的IFNγ NK细胞维持	研究主要在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨星形胶质细胞在中枢神经系统炎症中的抗炎作用及其调控机制	星形胶质细胞、NK细胞、肠道微生物群	神经科学	NA	高通量流式细胞术、单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9	NA	RNA	小鼠
32	2024-12-06	Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presenting cells in severe COVID-19 reveals multi-process defects in antiviral immunity 2021-05, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-021-00681-2 PMID:33972731	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了重症COVID-19患者血液抗原呈递细胞的免疫缺陷	揭示了重症COVID-19患者抗原呈递细胞中抗病毒免疫防御的多重缺陷机制	研究样本量较小，仅包括15名患者和4名健康对照	探讨重症COVID-19患者抗原呈递细胞的免疫缺陷机制	重症COVID-19患者的血液抗原呈递细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	15名重症COVID-19患者和4名健康对照
33	2024-12-01	A clinically applicable integrative molecular classification of meningiomas 2021-09, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03850-3 PMID:34433969	研究论文	本文介绍了一种临床适用的脑膜瘤整合分子分类方法	通过结合DNA体细胞拷贝数异常、DNA体细胞点突变、DNA甲基化和信使RNA丰度，提出了四种共识分子组，这些分子组比现有分类方案更准确地预测临床结果	NA	开发一种能够可靠反映肿瘤行为并指导治疗的脑膜瘤分子分类方法	脑膜瘤	数字病理学	脑肿瘤	DNA甲基化测序、RNA测序	NA	DNA、RNA	NA
34	2024-11-30	RNA timestamps identify the age of single molecules in RNA sequencing 2021-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0704-z PMID:33077959	研究论文	本文介绍了一种名为RNA时间戳的方法，用于通过RNA编辑推断RNA测序数据中单个RNA的年龄	提出了RNA时间戳方法，通过RNA编辑推断RNA的年龄，并能够推断多个过去的转录事件的时间	NA	开发一种新的方法来推断RNA测序数据中单个RNA的年龄，并结合时间信息进行单细胞聚类	单细胞RNA测序数据中的单个RNA	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA	NA
35	2024-11-20	A cell-type-specific atlas of the inner ear transcriptional response to acoustic trauma 2021-09-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109758 PMID:34592158	研究论文	研究了噪音诱导听力损失（NIHL）后小鼠内耳细胞类型的转录组变化	首次使用RiboTag和单细胞RNA测序技术，系统地分析了噪音创伤前后小鼠内耳细胞类型的分子景观	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨噪音诱导听力损失后内耳细胞类型的转录组响应	小鼠内耳的细胞类型及其在噪音创伤前后的转录组变化	数字病理学	听力损失	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	噪音创伤前后的多个小鼠内耳样本
36	2024-11-20	Differential Expression Levels of Sox9 in Early Neocortical Radial Glial Cells Regulate the Decision between Stem Cell Maintenance and Differentiation 2021-08-18, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2905-20.2021 PMID:34266896	研究论文	研究早期新皮质放射状胶质细胞中Sox9的不同表达水平如何调节干细胞维持与分化的决策	首次揭示了Sox9在早期新皮质放射状胶质细胞中的不同表达水平对干细胞维持与分化决策的影响	仅在胚胎小鼠中进行了实验，未涉及其他物种	探讨早期新皮质放射状胶质细胞中Sox9的表达差异及其对神经发生行为的影响	早期新皮质放射状胶质细胞及其亚群	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胚胎小鼠
37	2024-11-17	Genetic demultiplexing of pooled single-cell RNA-sequencing samples in cancer facilitates effective experimental design 2021-09-22, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giab062 PMID:34553212	研究论文	本文评估了在癌症样本中使用遗传变异进行单细胞RNA测序样本的计算解复用工具的有效性	首次在癌症样本中评估了基于遗传变异的计算解复用工具，并提供了开源代码和可重复的工作流程	高比例的细胞碎片中的环境RNA降低了工具的性能	评估在癌症样本中使用遗传变异进行单细胞RNA测序样本的解复用工具的有效性	高级别浆液性卵巢癌和肺腺癌的单细胞RNA测序样本	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个高级别浆液性卵巢癌和肺腺癌样本的单细胞RNA测序数据
38	2024-11-18	C1QL3 promotes cell-cell adhesion by mediating complex formation between ADGRB3/BAI3 and neuronal pentraxins 2021-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202000351RR PMID:33337553	研究论文	研究探讨了C1QL3蛋白通过介导ADGRB3和神经元五聚素形成细胞间粘附复合物的作用	发现了C1QL3介导的新型细胞间粘附复合物，涉及ADGRB3和两种神经元五聚素NPTX1及NPTXR	研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏体内功能验证	探究C1QL蛋白在神经元突触组织中的作用及其分子机制	C1QL3蛋白、ADGRB3受体、神经元五聚素NPTX1和NPTXR	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	大鼠大脑皮层的单细胞RNA测序数据
39	2024-11-17	The rise of single-cell proteomics 2021-Apr, Analytical science advances IF:3.0Q2 DOI:10.1002/ansa.202000152 PMID:38716457	研究论文	本文讨论了单细胞蛋白质组学的最新进展及其在生物学研究中的应用	本文介绍了单细胞蛋白质组学领域的最新技术进展，包括样品制备流程和质谱仪器的改进，能够从单个细胞中定量超过1000种蛋白质	目前单细胞蛋白质组学研究的数据通量和可靠性仍需进一步提高	旨在通过生成单个细胞的蛋白质表达谱，补充转录组和基因组数据，以更好地理解细胞功能和身份	单细胞蛋白质组学技术及其在生物学研究中的应用	蛋白质组学	NA	质谱(MS)	NA	蛋白质表达谱	数千个细胞
40	2024-11-14	SCDC: bulk gene expression deconvolution by multiple single-cell RNA sequencing references 2021-01-18, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbz166 PMID:31925417	研究论文	提出了一种名为SCDC的批量基因表达反卷积方法，利用多个单细胞RNA测序参考数据集进行细胞类型特异性基因表达分析	SCDC采用ENSEMBLE方法整合来自不同实验室和时间的单细胞RNA测序数据，解决了批次效应问题，并在细胞类型分解的准确性上优于现有方法	NA	开发一种新的反卷积方法，以提高批量RNA测序数据中细胞类型分解的准确性	批量RNA测序数据和多个单细胞RNA测序参考数据集	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）	ENSEMBLE方法	基因表达数据	包括人工合成的伪批量样本和实验混合的细胞系，以及人类胰腺胰岛和老鼠乳腺腺体数据集