单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-02-26	Single-cell RNA transcriptome landscape of hepatocytes and non-parenchymal cells in healthy and NAFLD mouse liver 2021-Nov-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103233 PMID:34755088	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了健康和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）小鼠肝脏中的肝细胞和非实质细胞的转录组景观	揭示了肝星状细胞在基因表达调控和向肌成纤维细胞转分化中的双重作用，并发现了库普弗细胞与单核细胞来源的巨噬细胞在NAFLD进展中的不同表达谱	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探索NAFLD的细胞和分子机制	健康和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）小鼠的肝细胞和非实质细胞	单细胞测序	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	82,168个单细胞转录组
22	2025-02-26	Processing single-cell RNA-seq data for dimension reduction-based analyses using open-source tools 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100450 PMID:33982010	研究论文	本文展示了一个基于开源软件构建的单细胞RNA测序数据分析流程	使用模块化构建的开源软件进行数据分析，提供了更高的灵活性和定制化分析能力	未提及具体的数据集或实验结果，可能缺乏实际应用验证	开发一个灵活且可定制的单细胞RNA测序数据分析流程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
23	2025-02-19	Cobolt: integrative analysis of multimodal single-cell sequencing data 2021-12-28, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02556-z PMID:34963480	研究论文	本文介绍了一种名为Cobolt的新方法，用于整合多模态单细胞测序数据的分析	Cobolt不仅能够分析联合模态平台的数据，还提供了一个整合不同模态测量的多个数据集的统一框架	NA	开发一种方法来整合和分析多模态单细胞测序数据	单细胞测序数据，特别是基因表达和染色质可及性的多模态数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	NA	单细胞测序数据	NA
24	2025-02-16	Isolation of Endothelial Cells from the Lumen of Mouse Carotid Arteries for Single-cell Multi-omics Experiments 2021-10-04, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/63128 PMID:34661575	研究论文	本文介绍了一种从小鼠颈动脉内腔分离内皮细胞的方法，用于单细胞多组学实验，以研究血流对动脉内皮的影响	开发了一种新的内腔消化方法，用于从动脉壁中富集内皮细胞，从而在单细胞水平上研究血流对转录组和染色质可及性的影响	该方法主要应用于小鼠模型，尚未在人类动脉样本中广泛应用	研究血流对动脉内皮细胞的转录组和染色质可及性的影响	小鼠颈动脉内皮细胞	单细胞组学	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNAseq）、单细胞转座酶可及染色质测序（scATACseq）	小鼠部分颈动脉结扎模型（PCL）	单细胞RNA和染色质可及性数据	小鼠颈动脉样本，具体数量未明确说明
25	2025-02-03	Pulmonary Aerosol Delivery of Let-7b microRNA Confers a Striking Inhibitory Effect on Lung Carcinogenesis through Targeting the Tumor Immune Microenvironment 2021-09, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202100629 PMID:34236760	研究论文	本研究探讨了通过气溶胶递送let-7b microRNA在肺癌预防中的效果，发现其能显著抑制肺癌发生，并通过调节肿瘤免疫微环境促进抗肿瘤免疫	首次展示了气溶胶递送let-7b microRNA在肺癌预防中的应用，并揭示了其通过下调PD-L1和PD-1表达来增强抗肿瘤免疫的机制	研究中未提及长期使用气溶胶递送let-7b microRNA的安全性和潜在副作用	探索let-7b microRNA通过气溶胶递送在肺癌预防中的效果及其作用机制	肺癌模型中的肿瘤微环境及肿瘤浸润T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
26	2025-02-03	Inhibition of lung tumorigenesis by a small molecule CA170 targeting the immune checkpoint protein VISTA 2021-07-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-021-02381-x PMID:34302042	研究论文	本文研究了小分子CA170通过靶向免疫检查点蛋白VISTA抑制肺癌发生的作用	首次展示了CA170作为VISTA拮抗剂在抑制肺癌发生中的强效抗癌作用，并揭示了其与KRAS疫苗联合使用的协同效应	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索VISTA拮抗剂CA170在肺癌免疫治疗中的潜力	小鼠肺癌模型	癌症免疫治疗	肺癌	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	小鼠肺癌模型
27	2025-02-01	Costimulation of γδTCR and TLR7/8 promotes Vδ2 T-cell antitumor activity by modulating mTOR pathway and APC function 2021-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-003339 PMID:34937742	研究论文	本文探讨了通过共刺激γδTCR和TLR7/8来增强Vδ2 T细胞的抗肿瘤活性，并研究了其机制	提出了一种新的共刺激方法，通过激活γδTCR和TLR7/8来扩增Vδ2 T细胞，并展示了其在体外和体内模型中的抗肿瘤效果	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	研究旨在提高Vδ2 T细胞的抗肿瘤活性，以增强基于γδ T细胞的免疫疗法的疗效	Vδ2 T细胞	免疫学	癌症	单细胞测序、反相蛋白阵列	NA	NA	PBMCs和人源化NSG小鼠的脾脏
28	2025-01-22	Distinct human Langerhans cell subsets orchestrate reciprocal functions and require different developmental regulation 2021-10-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.08.012 PMID:34508661	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术，识别了人类皮肤表皮中两种稳态（LC1和LC2）和两种激活的Langerhans细胞（LCs）亚群，并揭示了它们在发育调控和功能上的差异	首次在人类皮肤中识别出两种稳态和两种激活的LCs亚群，并揭示了EGR1和Notch信号通路在LC1和LC2分化中的关键作用	研究主要基于体外培养的HSC-LCs，可能不完全反映体内LCs的行为	探索人类皮肤中Langerhans细胞的异质性及其功能差异	人类皮肤表皮中的Langerhans细胞和由CD34造血干细胞衍生的LCs	免疫学	NA	单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 质谱流式细胞术数据	人类皮肤表皮样本和CD34造血干细胞衍生的LCs
29	2025-01-19	Isolation of myeloid cells from mouse brain tumors for single-cell RNA-seq analysis 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100957 PMID:34825218	研究论文	本文描述了一种从小鼠脑肿瘤中快速分离髓系细胞用于单细胞RNA测序分析的协议	提出了一种无需细胞分选即可从小鼠小脑肿瘤中快速分离髓系细胞的方法，以减少细胞损伤	未提及样本量或实验结果的局限性	开发一种用于单细胞RNA测序的髓系细胞分离协议	小鼠脑肿瘤中的髓系细胞	单细胞RNA测序	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	未明确提及样本量
30	2025-01-19	Multi-omic evaluation of metabolic alterations in multiple sclerosis identifies shifts in aromatic amino acid metabolism 2021-10-19, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100424 PMID:34755135	研究论文	本研究通过多组学方法评估多发性硬化症（MS）中的代谢变化，特别关注芳香族氨基酸代谢的转变	首次大规模评估MS患者与健康对照之间的代谢组差异，并结合单细胞RNA测序数据探讨代谢变化与细胞基因表达的关系	研究样本量相对较大，但仍需进一步扩大样本以验证结果的普遍性	探讨多发性硬化症患者的代谢变化及其与疾病残疾程度的关系	多发性硬化症患者（PwMS）和健康对照（HC）	代谢组学	多发性硬化症	代谢组学分析，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	代谢组数据，单细胞RNA测序数据	多发性硬化症患者样本637个，健康对照样本317个
31	2025-01-19	Single cell RNA-seq analysis of the flexor digitorum brevis mouse myofibers 2021-05-17, Skeletal muscle IF:5.3Q2 DOI:10.1186/s13395-021-00269-2 PMID:34001262	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠快肌纤维的基因表达模式	引入了全细胞流式分选方法进行单细胞RNA测序，扩展了已知的纤维类型特异性基因库	在763个肌纤维中，仅有171个细胞达到最优质量，样本利用率较低	探索全细胞流式分选方法在单肌纤维类型中的应用，以生成深度表达模式	小鼠快肌纤维（flexor digitorum brevis muscle）	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	763个完整和碎片化的肌纤维
32	2025-01-16	Single-cell protein activity analysis identifies recurrence-associated renal tumor macrophages 2021-05-27, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.04.038 PMID:34019793	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和VIPER算法，分析了透明细胞肾癌（ccRCC）肿瘤微环境中的细胞亚群，揭示了与复发相关的肿瘤特异性巨噬细胞亚群	利用VIPER算法量化单细胞蛋白活性，并通过空间分辨定量多光谱免疫荧光验证，发现了TREM2/APOE/C1Q阳性巨噬细胞亚群作为ccRCC复发的潜在预后生物标志物	研究主要基于治疗前的ccRCC样本，未涉及治疗后样本的对比分析	识别与ccRCC复发相关的肿瘤微环境细胞亚群及其调控机制	透明细胞肾癌（ccRCC）肿瘤及肿瘤邻近组织中的造血和非造血细胞亚群	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、VIPER算法、流式细胞术、空间分辨定量多光谱免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像	治疗前的ccRCC切除样本及其邻近组织
33	2025-01-16	Targeting In Vivo Metabolic Vulnerabilities of Th2 and Th17 Cells Reduces Airway Inflammation 2021-03-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2001029 PMID:33558372	研究论文	本研究探讨了Th2和Th17细胞在哮喘患者中的代谢表型和依赖性，以及它们在气道炎症调节中的作用	揭示了Th2和Th17细胞在哮喘中的代谢脆弱性，并展示了通过靶向这些代谢途径来减少气道炎症的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行广泛验证	研究Th2和Th17细胞的代谢表型及其在哮喘气道炎症中的作用	哮喘患者的支气管肺泡灌洗液和外周血T细胞，以及小鼠模型中的T细胞	免疫学	哮喘	质谱流式细胞术、单细胞RNA测序	小鼠模型	生物分子数据	哮喘患者和小鼠模型中的T细胞
34	2025-01-13	The hepatocyte growth factor/c-met pathway is a key determinant of the fibrotic kidney local microenvironment 2021-Oct-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103112 PMID:34622165	研究论文	本文研究了肝细胞生长因子/c-met信号通路在慢性肾病（CKD）模型中调节肾脏局部微环境（KLM）形成的作用	通过多学科方法，结合单细胞RNA测序数据和数学建模，揭示了c-met在肾小管细胞和巨噬细胞中的不同作用，并验证了c-met缺失对上皮细胞可塑性、肌成纤维细胞活化和细胞外基质合成/降解的影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索肝细胞生长因子/c-met信号通路在慢性肾病中调节肾脏局部微环境的作用	慢性肾病模型中的肾脏局部微环境	生物医学研究	慢性肾病	单细胞RNA测序	数学建模	RNA测序数据	多种慢性肾病模型中的小鼠样本
35	2025-01-13	Defining the nature of human pluripotent stem cell-derived interneurons via single-cell analysis 2021-10-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.08.006 PMID:34506726	研究论文	本文通过单细胞分析定义了人类多能干细胞衍生的中间神经元的性质	首次直接比较了多种体外中间神经元衍生方法的同质性，并发现PSC衍生的中间神经元仅代表大脑中潜在亚型的一小部分	研究主要关注体外和体内中间神经元的相似性，未深入探讨其功能差异	确定体外方法生成的人类中间神经元是否包含大脑中发现的所有亚型，并比较体外和体内中间神经元的相似性	人类皮质和PSC衍生的中间神经元	单细胞分析	NA	单核和单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
36	2025-01-13	Transcriptome analysis of heterogeneity in mouse model of metastatic breast cancer 2021-09-27, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-021-01468-x PMID:34579762	研究论文	本文通过对MMTV-PyMT小鼠模型中转移性乳腺癌细胞的转录组分析，探讨了肿瘤异质性和器官趋向性	使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析转移性乳腺癌细胞的转录组，揭示了肿瘤异质性和器官趋向性的基因表达模式	研究仅基于小鼠模型，可能无法完全反映人类乳腺癌的复杂性	探讨乳腺癌转移过程中的肿瘤异质性和器官趋向性	MMTV-PyMT小鼠模型中的转移性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	10只雌性MMTV-PyMT小鼠的器官来源的转移性细胞系
37	2025-01-06	The order and logic of CD4 versus CD8 lineage choice and differentiation in mouse thymus 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20306-w PMID:33397934	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了小鼠胸腺中CD4和CD8谱系选择和分化的顺序和逻辑	使用单细胞RNA测序技术对小鼠胸腺细胞选择中间体进行分类，揭示了核心受体基因表达的时序模式及其对TCR信号强度的响应	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	理解CD4/CD8谱系选择中核心受体表达与TCR特异性匹配的机制	小鼠胸腺细胞选择中间体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量
38	2024-12-28	Immune cells lacking Y chromosome show dysregulation of autosomal gene expression 2021-Apr, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-021-03822-w PMID:33837451	研究论文	本文研究了Y染色体缺失（LOY）对白细胞中常染色体基因表达的影响	揭示了LOY在不同白细胞亚群中的广泛转录效应，挑战了Y染色体作为“遗传荒地”的观点	LOY与疾病风险增加的具体机制仍需进一步研究	探讨LOY对白细胞基因表达的影响及其与疾病风险的关联	白细胞	基因组学	阿尔茨海默病, 前列腺癌	DNA分析, RNA测序	NA	DNA, RNA	NA
39	2024-12-17	Single-Cell Transcriptomic Heterogeneity in Invasive Ductal and Lobular Breast Cancer Cells 2021-01-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-0696 PMID:33148662	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞的转录组异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了浸润性小叶癌与浸润性导管癌在转录组水平上的异质性，并探讨了E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响	研究主要基于细胞系，可能无法完全反映患者体内的复杂情况	揭示乳腺癌细胞的单细胞转录组异质性，并探讨E-钙粘蛋白缺失对浸润性小叶癌分子特征的影响	浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系，以及通过CRISPR-Cas9技术敲除E-钙粘蛋白的T47D细胞系	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个浸润性导管癌和浸润性小叶癌细胞系，以及一个E-钙粘蛋白敲除的T47D细胞系
40	2024-12-12	Rare variants in the endocytic pathway are associated with Alzheimer's disease, its related phenotypes, and functional consequences 2021-09, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1009772 PMID:34516545	研究论文	本研究探讨了内吞途径中的罕见变异与阿尔茨海默病及其相关表型和功能后果的关联	首次系统研究了内吞途径中的罕见变异对阿尔茨海默病的贡献，并通过全基因组测序数据验证了其关联性	研究样本主要来自欧洲血统个体，可能限制了结果的普适性	探讨内吞途径中的罕见变异对阿尔茨海默病风险和进展的影响	内吞途径中的罕见变异及其与阿尔茨海默病、神经纤维缠结和年龄相关表型的关联	NA	阿尔茨海默病	全基因组测序 (WGS), 批量RNA测序 (RNA-Seq), 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	基因组数据, 转录组数据	超过3000名欧洲血统个体, 600多个脑组织样本, 48个死后脑样本