单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-04-30 |
External signals regulate continuous transcriptional states in hematopoietic stem cells
2021-12-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.66512
PMID:34939923
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和ATAC测序，研究造血干细胞在外部信号刺激下的转录状态变化及其调控机制 | 首次在体内单细胞水平揭示造血干细胞对干扰素、G-CSF和前列腺素等微环境信号的转录反应异质性，发现六种标记基因富集但不排他的HSC状态，并证明染色质状态预先决定了HSC对信号的响应能力 | 未明确说明局限性 | 探究造血干细胞在外部应激信号下调控连续转录状态的分子机制 | 小鼠造血干细胞和LSK祖细胞 | 单细胞组学 | 血液疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | 功能验证的小鼠HSC和LSK祖细胞（具体数量未提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序平台 |
| 22 | 2026-04-30 |
Sequential regulation of hemogenic fate and hematopoietic stem and progenitor cell formation from arterial endothelium by Ezh1/2
2021-07-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.05.014
PMID:34143974
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研究论文 | 描述了Ezh1/2通过调控动脉内皮的血液命运和造血干细胞与前体细胞形成的顺序机制 | 首次阐明Ezh1在脊椎动物HSPC生产中通过调控血液体细胞承诺的机制作用，揭示Ezh1/2的非冗余顺序功能 | 未提供 | 研究Ezh1/2在造血干细胞和前体细胞形成中的调控机制 | 斑马鱼胚胎 | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 斑马鱼胚胎样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2026-04-29 |
MYC Promotes Bone Marrow Stem Cell Dysfunction in Fanconi Anemia
2021-01-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.09.004
PMID:32997960
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示MYC在范可尼贫血患者骨髓衰竭中的作用 | 首次在单细胞水平发现MYC高表达与范可尼贫血造血干细胞功能障碍及骨髓衰竭相关，并验证了BET溴结构域抑制剂(+)-JQ1对MYC的调控效应 | 研究主要基于患者样本和小鼠模型，MYC的具体下游机制及临床转化可行性需进一步探索 | 阐明范可尼贫血骨髓衰竭的分子机制，特别是MYC在造血干细胞功能障碍中的作用 | 范可尼贫血患者的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及范可尼贫血小鼠模型 | 数字病理学 | 范可尼贫血 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多位范可尼贫血患者的原发性造血干细胞和祖细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 24 | 2026-04-25 |
CD16+CD163+ monocytes traffic to sites of inflammation during necrotizing enterocolitis in premature infants
2021-09-06, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20200344
PMID:34269788
|
研究论文 | 利用悬浮和成像质谱流式技术结合单细胞RNA测序，揭示了早产儿坏死性小肠结肠炎（NEC）中CD16+CD163+单核细胞/巨噬细胞从外周向炎症部位迁移的机制 | 首次鉴定出与NEC相关的CD16+CD163+单核细胞/巨噬细胞新亚型，并证明其从外周循环向肠道炎症组织迁移，为手术性NEC的生物标志物和治疗靶点开发提供新方向 | 未明确说明，但可能包括样本量有限及功能验证需进一步动物实验支持 | 阐明早产儿坏死性小肠结肠炎中炎症相关免疫细胞的亚型及迁移机制 | 早产儿坏死性小肠结肠炎患者的肠道黏膜组织和外周血中的免疫细胞（中性粒细胞、单核细胞/巨噬细胞） | 数字病理学 | 早产儿坏死性小肠结肠炎 | 悬浮质谱流式技术、成像质谱流式技术、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、质谱流式细胞图像数据 | NA（未明确说明患者数量） | NA | 单细胞RNA测序、质谱流式技术 | NA | NA |
| 25 | 2026-04-24 |
Autoreactive T cell receptors with shared germline-like α chains in type 1 diabetes
2021-11-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.151349
PMID:34806648
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序鉴定1型糖尿病患者中共享种系样α链的自身反应性T细胞受体 | 首次发现1型糖尿病中一类共享TCRα链的“公共”T细胞受体，这些受体具有种系约束性抗原识别特性，并且部分展现出对不同胰岛抗原肽的交叉反应性 | 未明确说明局限性 | 研究1型糖尿病中自身反应性T细胞的T细胞受体特征及其在发病机制中的作用 | 健康供体、新发T1D供体和已确诊T1D供体的外周血CD4+记忆T细胞 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 从多个供体中分离的2767个单个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用多重CD154富集法分离IAR T细胞后进行scRNA-Seq |
| 26 | 2026-04-24 |
Intratumoral Plasmid IL12 Expands CD8+ T Cells and Induces a CXCR3 Gene Signature in Triple-negative Breast Tumors that Sensitizes Patients to Anti-PD-1 Therapy
2021-05-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-3944
PMID:33593880
|
研究论文 | 该论文研究了瘤内注射IL12质粒通过电穿孔（Tavo）在三阴性乳腺癌中扩增CD8+ T细胞并诱导CXCR3基因特征，从而增强患者对抗PD-1治疗的敏感性 | 首次在TNBC患者中证明瘤内IL12质粒治疗可诱导与CD8+ T细胞浸润和PD-1/PD-L1表达相关的CXCR3基因特征，并可能使对抗PD-L1治疗无反应的患者转化为对抗PD-1治疗有反应 | 仅涉及单臂临床试验，样本量有限，且结论主要基于小鼠模型和少数患者数据 | 探索瘤内IL12质粒治疗在三阴性乳腺癌中增强免疫原性和T细胞浸润的能力，并评估其对抗PD-1治疗效果的预测价值 | 三阴性乳腺癌小鼠模型、治疗难治性晚期TNBC患者（OMS-I140试验）、以及公开的乳腺癌和黑色素瘤数据集 | 机器学习 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序、电穿孔基因递送 | NA | 单细胞RNA测序数据、公开数据集 | 小鼠模型多个样本；OMS-I140临床试验为单臂、前瞻性设计，具体样本量未在摘要中提及；公开数据集包括乳腺癌和黑色素瘤数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序用于分析小鼠肿瘤 |
| 27 | 2026-04-23 |
TRUST4: immune repertoire reconstruction from bulk and single-cell RNA-seq data
2021-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01142-2
PMID:33986545
|
研究论文 | 本文介绍了TRUST4开源算法，用于从RNA测序数据重建αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体库 | TRUST4支持FASTQ和BAM格式，速度更快、灵敏度更高，能组装更长甚至全长的受体库，并能从单细胞RNA测序数据中调用库序列而无需V(D)J富集 | NA | 开发一种算法以重建免疫受体库 | αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体 | 自然语言处理 | NA | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics平台 | 5' 10x Genomics平台 |
| 28 | 2026-04-16 |
Spatial transcriptomics analysis of uterine gene expression in enhancer of zeste homolog 2 conditional knockout mice†
2021-11-15, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioab147
PMID:34344022
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析子宫特异性Ezh2条件性敲除小鼠的子宫基因表达变化 | 首次应用空间转录组学方法探究Ezh2在子宫上皮和间质细胞中的特异性基因调控作用 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类子宫内膜疾病中直接验证 | 阐明EZH2在子宫组织中对基因表达的空间特异性调控机制 | 子宫特异性Ezh2条件性敲除小鼠的子宫组织 | 空间转录组学 | 子宫内膜疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 成年去势野生型和Ezh2cKO小鼠子宫组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 29 | 2026-04-14 |
Progressive Cellular Senescence Mediates Renal Dysfunction in Ischemic Nephropathy
2021-08, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2020091373
PMID:34135081
|
研究论文 | 本研究探讨了细胞衰老在慢性缺血性肾病中介导肾功能障碍的作用 | 首次揭示了慢性肾缺血中细胞衰老的渐进性模式，并证明了靶向清除衰老细胞（使用INK-ATTAC转基因模型和口服senolytic药物组合）可改善肾功能 | 研究主要基于小鼠模型，人体样本验证有限；立即在RAS诱导后开始治疗未能成功，提示治疗时机的重要性 | 探究细胞衰老是否及如何介导肾动脉狭窄引起的肾功能障碍和组织损伤 | 转基因INK-ATTAC小鼠、野生型C57BL/6小鼠以及人狭窄肾脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、影像数据 | 小鼠模型及人肾脏组织样本（具体数量未在摘要中明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2026-04-12 |
From GWAS to Gene: Transcriptome-Wide Association Studies and Other Methods to Functionally Understand GWAS Discoveries
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.713230
PMID:34659337
|
综述 | 本文综述了整合GWAS与功能基因组学数据以识别遗传调控基因的生物信息学方法，重点关注精细定位和基因优先排序方法，特别是转录组范围关联研究（TWAS） | 系统分类并比较了整合GWAS与功能基因组学的方法，深入讨论了TWAS方法的多样性、差异及面临的挑战 | 作为综述文章，未进行原始数据分析，主要基于现有文献总结，可能未涵盖所有最新方法 | 探讨如何通过数据整合方法理解GWAS发现的非编码区域功能，以揭示复杂疾病机制并促进临床应用 | 人类复杂疾病或性状相关的遗传变异及受调控的基因 | 生物信息学 | 复杂人类疾病 | GWAS, 高通量测序, 单细胞测序, 染色体构象捕获, 基因编辑技术, 多重报告基因检测 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 功能注释数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 31 | 2026-04-11 |
APOΕ4 lowers energy expenditure in females and impairs glucose oxidation by increasing flux through aerobic glycolysis
2021-09-06, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-021-00483-y
PMID:34488832
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了APOE4等位基因在年轻女性中降低能量消耗并损害葡萄糖氧化的机制，与阿尔茨海默病相关的脑葡萄糖代谢减退有关 | 首次结合单细胞RNA测序和稳定同位素解析代谢组学，在星形胶质细胞、脑组织、小鼠和人类中系统定义了APOE4相关的代谢重编程，并发现年轻女性携带者中明显的能量消耗降低 | 研究主要关注年轻女性亚组，样本量可能有限，且机制在男性或其他年龄组中的普适性需进一步验证 | 探究APOE4等位基因如何影响脑葡萄糖代谢及全身能量代谢，以阐明阿尔茨海默病早期代谢变化的机制 | 表达人类APOE的转基因小鼠、年轻及中年人类参与者（包括APOE4携带者和非携带者） | 代谢组学与神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、稳定同位素解析代谢组学（SIRM）、间接热量测定 | NA | 基因表达数据、代谢物数据、生理测量数据 | 小鼠脑组织及星形胶质细胞、人类参与者（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 32 | 2026-04-11 |
Ref-1 redox activity alters cancer cell metabolism in pancreatic cancer: exploiting this novel finding as a potential target
2021-Aug-10, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-021-02046-x
PMID:34376225
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研究论文 | 本研究探讨了Ref-1蛋白在胰腺癌代谢中的作用，通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了Ref-1通过调节TCA循环影响癌细胞代谢和肿瘤生长 | 首次在缺氧条件下利用单细胞RNA测序和蛋白质组学结合，系统分析了Ref-1对胰腺癌细胞代谢通路的影响，并验证了其通过TCA循环功能障碍改变代谢的机制 | 研究主要基于体外细胞培养和动物模型，未涉及人类临床试验，且样本量相对有限 | 探究Ref-1蛋白在胰腺癌代谢调控中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力 | 胰腺癌细胞系（包括Ref-1敲低和对照细胞）以及小鼠异种移植模型 | 癌症代谢研究 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学、qRT-PCR、线粒体功能测定、Western blotting、NADP测定、3D共培养体外实验、异种移植体内研究 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质组学数据、基因表达数据 | 未明确指定具体样本数量，但涉及胰腺癌细胞系和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 33 | 2026-04-10 |
Deep learning of gene relationships from single cell time-course expression data
2021-09-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab142
PMID:33876191
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研究论文 | 本文开发了一种基于深度学习的模型，用于从单细胞时间序列表达数据中预测基因间的相互作用 | 提出了一种新颖的单细胞RNA-Seq表达数据编码方法，并利用3D张量表示结合卷积和循环神经网络进行时间序列深度学习，以准确识别基因间的因果和调控关系 | 未明确提及具体的数据集大小或模型泛化能力的详细限制 | 从单细胞时间序列基因表达数据中推断基因间的调控和信号关系 | 基因间的相互作用，包括因果和调控关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-Seq | CNN, LSTM | 基因表达数据 | 在五个不同的时间序列单细胞RNA-Seq数据集上进行了测试 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2026-04-10 |
ICAM1 initiates CTC cluster formation and trans-endothelial migration in lung metastasis of breast cancer
2021-08-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25189-z
PMID:34381029
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质分析，揭示了ICAM1在乳腺癌肺转移中启动循环肿瘤细胞簇形成和跨内皮迁移的作用 | 首次发现ICAM1在乳腺癌肺转移中表达增加200倍，并通过同型和异型相互作用促进CTC簇形成和跨内皮迁移，为TNBC转移提供了新的治疗靶点 | 研究主要基于三例TNBC患者来源的异种移植模型，样本量较小，且未在更大临床队列中验证 | 探究ICAM1在乳腺癌肺转移中启动循环肿瘤细胞簇形成和跨内皮迁移的机制 | 三阴性乳腺癌的原发肿瘤细胞和肺转移灶 | 机器学习和单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 基于机器学习的算法 | RNA测序数据和蛋白质分析数据 | 三例TNBC患者来源的异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2026-04-10 |
A Novel Single Cell RNA-seq Analysis of Non-Myeloid Circulating Cells in Late Sepsis
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.696536
PMID:34484194
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了晚期脓毒症患者非髓系循环细胞的转录组特征 | 首次在晚期脓毒症中应用CITE-seq技术对非髓系免疫细胞进行单细胞转录组分析，揭示了细菌性与真菌性脓毒症之间的转录组差异 | 样本量较小（仅4例患者和5例健康对照），且仅关注晚期时间点（脓毒症后14-21天） | 通过单细胞转录组分析更好地理解晚期脓毒症的病理机制 | 晚期脓毒症患者和健康对照者的外周血非髓系免疫细胞 | 单细胞组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），CITE-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 4例晚期脓毒症患者和5例健康对照者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2026-04-09 |
A yeast-optimized single-cell transcriptomics platform elucidates how mycophenolic acid and guanine alter global mRNA levels
2021-06-30, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02320-w
PMID:34193958
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研究论文 | 本文介绍了一种针对酵母优化的单细胞转录组学平台yeastDrop-Seq，用于量化单个酵母细胞中不同的mRNA分子数量，并研究了霉酚酸和鸟嘌呤对全局mRNA水平的影响 | 开发了yeastDrop-Seq平台，这是对Drop-Seq技术的优化，使其适用于酵母这种细胞大小和形态特征不同的生物体，从而实现了酵母单细胞转录组的量化分析 | 平台可能仅适用于酵母细胞，对于其他生物体的应用可能仍具挑战性，且未提及样本量或技术验证的详细限制 | 研究霉酚酸和鸟嘌呤对酵母细胞全局mRNA水平的转录组影响，并优化单细胞转录组学技术以应用于酵母 | 单个酵母细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | yeastDrop-Seq | 针对酵母优化的Drop-Seq平台，用于量化单个酵母细胞中不同的mRNA分子数量 |
| 37 | 2026-04-09 |
Cannabinoid Receptor Activation on Haematopoietic Cells and Enterocytes Protects against Colitis
2021-Jun-22, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaa253
PMID:33331878
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研究论文 | 本研究探讨了大麻素受体激活在造血细胞和肠上皮细胞中对结肠炎的保护作用 | 揭示了THC通过作用于免疫细胞和肠上皮细胞来预防结肠炎，并明确了其独立于微生物组的抗炎机制 | 研究仅使用雌性C57BL/6小鼠，且CBD在测试剂量下效果有限，可能不适用于所有情况 | 确定大麻素在结肠炎中的抗炎作用机制，包括微生物组、代谢组以及造血和非造血细胞的贡献 | 雌性C57BL/6小鼠在化学诱导结肠炎模型中的反应 | NA | 结肠炎 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 流式细胞术, 结肠镜检查, 组织学分析 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据, 临床参数 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2026-04-09 |
Urinary EGF and MCP-1 and risk of CKD after cardiac surgery
2021-06-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147464
PMID:33974569
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研究论文 | 本研究评估了尿液中EGF和MCP-1作为心脏手术后慢性肾病风险的预测标志物 | 首次将反映细胞完整性的EGF和炎症标志物MCP-1联合用于预测心脏手术后的长期肾脏结局，并利用单细胞RNA测序在组织层面验证了相关基因表达变化 | 研究人群主要来自加拿大和美国的两家中心，可能存在选择偏倚，且为观察性研究，无法确定因果关系 | 评估新型尿液生物标志物对心脏手术后慢性肾病风险的预测价值 | 865名接受心脏手术的成年患者 | 数字病理 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 尿液生物标志物数据、单细胞转录组数据 | 865名心脏手术患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2026-04-09 |
The Rhesus Macaque Serves As a Model for Human Lateral Branch Nephrogenesis
2021-05-03, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2020101459
PMID:33789950
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研究论文 | 本研究利用恒河猴作为模型，探索人类晚期妊娠肾脏侧支肾单位发生的分子机制 | 首次将恒河猴确立为真实侧支肾单位发生的模型，支持了衰老肾单位祖细胞具有独特分子特征的假说 | 研究样本量有限，仅基于四个胎儿恒河猴肾脏，且依赖于人类存档组织进行验证 | 理解晚期妊娠人类胎儿肾脏发育的分子机制，特别是侧支肾单位发生 | 恒河猴胎儿肾脏及人类存档组织 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 免疫染色、3D渲染、单细胞RNA测序、单核RNA测序、RNAScope验证 | NA | 图像、RNA测序数据 | 四个妊娠129-131天的胎儿恒河猴肾脏皮质富集样本，以及人类存档组织 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2026-04-09 |
Holistic characterization of single-hepatocyte transcriptome responses to high-fat diet
2021-02-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism
DOI:10.1152/ajpendo.00391.2020
PMID:33103450
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研究论文 | 本研究利用基于液滴的单细胞RNA测序技术，全面分析了高脂饮食诱导的非酒精性脂肪肝病中单个肝细胞的转录组响应特征 | 首次在单细胞水平系统表征了肝细胞对高脂饮食的异质性转录组变化，揭示了分区依赖和独立的响应模式，并发现了脂质代谢相关基因的空间共表达模式 | 研究主要关注转录组层面，未涉及蛋白质组或代谢组等多组学验证；样本来源为小鼠模型，人类临床样本的适用性有待进一步验证 | 探究高脂饮食诱导的非酒精性脂肪肝病中肝细胞的单细胞转录组响应机制 | 高脂饮食喂养小鼠的肝细胞 | 单细胞组学 | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量，但基于单细胞测序技术分析多个肝细胞 | 未明确指定 | 单细胞RNA-seq | Drop-seq | 基于液滴的单细胞RNA测序平台 |