单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-10-19	Single-cell RNA-sequencing atlas of bovine caudal intervertebral discs: Discovery of heterogeneous cell populations with distinct roles in homeostasis 2021-11, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202101149R PMID:34591994	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了牛尾椎间盘的细胞图谱，揭示了椎间盘中不同细胞群的异质性及其在稳态中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了牛尾椎间盘中15个独特细胞群的基因表达特征，并识别了这些细胞群在椎间盘稳态和结构维持中的作用	研究仅限于牛尾椎间盘，结果的普适性和对人类椎间盘的适用性尚需进一步验证	通过单细胞RNA测序技术揭示椎间盘中细胞的异质性，以期为椎间盘再生疗法的开发提供新的见解	牛尾椎间盘中的细胞群及其基因表达特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	牛尾椎间盘样本
22	2024-10-17	Synthesis and application of POLYseq for profiling human liver organoids 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100976 PMID:34934958	研究论文	本文详细介绍了POLYseq的合成、表征及其在单细胞测序中的应用	POLYseq通过商业化试剂合成，具有高度可定制性，并且在合成过程中仅需要一个能保持90°C的恒温浴	合成过程中需注意试剂的初始混合比例，因为最终产品对初始混合比例敏感	开发和应用POLYseq技术以进行单细胞测序	人类肝脏类器官细胞	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
23	2024-10-17	POLYseq: A poly(β-amino ester)-based vector for multifunctional cellular barcoding 2021-09-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.07.020 PMID:34450040	研究论文	本文介绍了一种基于聚（β-氨基酯）的新型载体POLYseq，用于多功能细胞条形码标记	开发了一种新的聚（β-氨基）酯标记系统POLYseq，能够高效地传递荧光分子或样本区分DNA条形码，并通过非共价结合快速创建自定义样本池	NA	解决当前NGS文库制备技术在单细胞水平上多重化的限制问题	聚（β-氨基酯）载体POLYseq在细胞标记和单细胞RNA测序中的应用	NA	NA	NGS	NA	图像	90%的细胞
24	2024-10-16	Multi-domain translation between single-cell imaging and sequencing data using autoencoders 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20249-2 PMID:33397893	研究论文	本文提出了一种使用自编码器在单细胞成像和测序数据之间进行多领域翻译的方法	本文的创新点在于通过学习不同数据模态之间的概率耦合，使用自编码器将它们映射到一个共享的潜在空间，从而实现成像和测序数据的整合	NA	研究目的是整合不同数据模态，以研究细胞异质性及其功能	研究对象是单细胞RNA测序数据和染色质图像	计算机视觉	NA	自编码器	自编码器	图像和文本	涉及人类初始CD4+ T细胞的多个亚群
25	2024-10-14	Single cell functional genomics reveals plasticity of subcutaneous white adipose tissue (WAT) during early postnatal development 2021-11, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2021.101307 PMID:34298199	研究论文	本研究探讨了小鼠皮下白色脂肪组织（iWAT）在出生后早期发育阶段的细胞复杂性和可塑性	首次通过单细胞转录组学（scRNA-seq）和表观基因组学（snATAC-seq）技术，详细描述了小鼠皮下白色脂肪组织在出生后早期发育阶段的细胞亚型及其动态变化	NA	研究小鼠皮下白色脂肪组织在出生后早期发育阶段的细胞复杂性和可塑性	小鼠皮下白色脂肪组织（iWAT）的脂肪基质细胞（ASC）和脂肪细胞核	数字病理学	NA	单细胞转录组学（scRNA-seq）和表观基因组学（snATAC-seq）	NA	基因表达数据和染色质可及性数据	小鼠皮下白色脂肪组织在出生后第6天、第18天和第56天的样本
26	2024-10-13	Influenza virus infection increases ACE2 expression and shedding in human small airway epithelial cells 2021-07, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.03988-2020 PMID:33419885	研究论文	研究流感病毒感染如何增加人类小气道上皮细胞中ACE2的表达和脱落，从而增加COVID-19的风险	首次揭示了流感病毒感染会增加ACE2的表达和脱落，从而增加SARS-CoV-2感染的风险	研究主要集中在体外实验，需要进一步的体内实验验证	探讨流感病毒感染如何增加COVID-19的风险	人类小气道上皮细胞和相关分子	NA	呼吸道疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自非疾病供体肺的初级小气道上皮细胞
27	2024-10-13	Urinary EGF and MCP-1 and risk of CKD after cardiac surgery 2021-06-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.147464 PMID:33974569	研究论文	评估尿液中EGF和MCP-1在心脏手术后预测慢性肾病（CKD）风险的作用	首次评估了细胞完整性标志物EGF和炎症标志物MCP-1在心脏手术后长期肾功能结局中的预测作用，并结合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析了相关基因的转录组变化	研究样本仅来自加拿大和美国的两个中心，可能存在地域偏倚；研究未探讨EGF和MCP-1在其他类型手术或非手术情况下的预测作用	评估心脏手术后尿液中EGF和MCP-1对慢性肾病风险的预测作用	心脏手术后的成年患者及其尿液样本	NA	慢性肾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	尿液样本	865名成年患者
28	2024-10-12	Syntaxin 4 Enrichment in β-Cells Prevents Conversion to Autoimmune Diabetes in Non-Obese Diabetic (NOD) Mice 2021-12, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db21-0170 PMID:34556496	研究论文	研究探讨了Syntaxin 4在β细胞中的富集如何防止非肥胖糖尿病（NOD）小鼠向自身免疫性糖尿病的转化	首次通过诱导β细胞特异性表达Syntaxin 4，显著降低了NOD小鼠的糖尿病转化率，并揭示了Syntaxin 4在β细胞保护中的机制	研究仅在NOD小鼠模型中进行，尚未在人类中验证Syntaxin 4富集的策略	探讨Syntaxin 4在β细胞保护中的作用及其在预防或逆转1型糖尿病中的潜力	Syntaxin 4在β细胞中的表达及其对NOD小鼠糖尿病转化的影响	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NOD-iβSTX4小鼠和NOD-Ctrl小鼠各一组，每组样本数量未明确提及
29	2024-10-12	Modular, efficient and constant-memory single-cell RNA-seq preprocessing 2021-07, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-00870-2 PMID:33795888	研究论文	描述了一种平衡效率和准确性的单细胞RNA测序数据预处理工作流程	工作流程基于kallisto和bustools程序，具有接近最优的速度和恒定的内存需求，适用于任意大规模数据集	NA	开发一种高效的单细胞RNA测序数据预处理方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
30	2024-10-10	A single-cell atlas of Plasmodium falciparum transmission through the mosquito 2021-05-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23434-z PMID:34045457	研究论文	本文利用单细胞转录组学揭示了恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况	首次通过单细胞转录组学揭示了恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的发育轨迹和转录特征，并识别了人类和啮齿动物寄生虫之间的保守和非保守基因使用	NA	揭示恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况，为寻找抗疟药物和疫苗靶点提供依据	恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况	NA	疟疾	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
31	2024-10-07	TATA and paused promoters active in differentiated tissues have distinct expression characteristics 2021-02, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209866 PMID:33543829	研究论文	研究了在分化组织中活跃的TATA和暂停启动子的不同表达特征	首次探讨了RNA聚合酶II暂停元素对组织特异性基因表达特征的影响，并提出了组织特异性基因在不同组织中表达的两种不同策略	研究仅限于果蝇晚期胚胎，可能无法完全推广到其他物种或发育阶段	探讨RNA聚合酶II暂停元素对组织特异性基因表达特征的影响	TATA和暂停启动子在分化组织中的表达特征	基因组学	NA	ChIP-seq, ATAC-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	果蝇晚期胚胎
32	2024-10-07	Probabilistic harmonization and annotation of single-cell transcriptomics data with deep generative models 2021-01, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209620 PMID:33491336	研究论文	本文介绍了一种基于深度生成模型的单细胞转录组数据概率调和与注释方法	提出了scANVI，一种半监督变分推断方法，用于利用现有细胞状态注释进行单细胞注释，并展示了scVI和scANVI在数据整合和细胞状态注释方面的优越性	未提及	旨在解决单细胞转录组数据整合和细胞类型注释的挑战	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	生成模型	基因表达数据	未提及
33	2024-10-07	The Gustatory Sensory G-Protein GNAT3 Suppresses Pancreatic Cancer Progression in Mice 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.08.011 PMID:32882403	研究论文	研究了味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用	首次探讨了味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用，并发现其缺失会增强CXCL1/2-CXCR2轴，促进肿瘤进展	NA	探讨味觉信号传导蛋白GNAT3在胰腺癌进展中的免疫调节作用	胰腺导管腺癌（PDA）进展中的免疫抑制性炎症反应	NA	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了Gnat3-null (Gnat3-/-)小鼠和携带Cre-inducible KrasLSL-G12D/+等位基因的小鼠进行交叉繁殖
34	2024-10-06	NGN2 induces diverse neuron types from human pluripotency 2021-09-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.07.006 PMID:34358451	研究论文	研究通过神经生成素2（NGN2）过表达从人诱导多能干细胞（iPSCs）中诱导出多种神经元类型	使用单细胞转录组学分析了NGN2过表达过程中从多能性到神经元功能成熟的时间进程中的细胞状态，揭示了生成的神经元类型的分子异质性	神经元分化路径和异质性尚未完全探索	研究神经元分化机制和神经退行性疾病的建模	人诱导多能干细胞（iPSCs）和神经生成素2（NGN2）过表达诱导的神经元	NA	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	多个iPSC克隆和来自不同个体的细胞系
35	2024-10-06	Assessing the replicability of spatial gene expression using atlas data from the adult mouse brain 2021-07, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3001341 PMID:34280183	研究论文	本文评估了成年小鼠大脑中空间基因表达数据的重复性，特别是通过比较Allen脑图谱和空间转录组学数据集	首次使用可行的空间技术对Allen脑图谱的全脑、全转录组空间表达数据进行基准测试，并与第二个独立数据集进行比较	模型在不同数据集之间的双向分类性能无法重现，表明跨平台分类不够稳健	评估成年小鼠大脑中空间基因表达数据的重复性	成年小鼠大脑的空间基因表达数据	数字病理学	NA	空间转录组学	LASSO回归、线性回归和基于相关性的特征选择	基因表达数据	成年小鼠大脑的全脑、全转录组数据
36	2024-10-05	Repurposable drugs for SARS-CoV-2 and influenza sepsis with scRNA-seq data targeting post-transcription modifications 2021-Dec, Precision clinical medicine IF:5.1Q1 DOI:10.1093/pcmedi/pbab022 PMID:34993416	研究论文	本文通过整合基因表达扰动数据和单细胞RNA测序数据，识别出可重新用于治疗SARS-CoV-2和流感脓毒症的药物	本文采用系统生物学方法，结合FDA批准药物和临床前小分子化合物的基因表达扰动数据，以及COVID-19患者的单细胞RNA测序数据，识别出281种可能有效对抗SARS-CoV-2感染的药物，并实验验证了其中两种药物对流感病毒复制和宿主细胞细胞因子及其调节因子转录和翻译的抑制作用	本文主要基于现有数据和已批准药物进行筛选，未涉及新药开发	识别可重新用于治疗SARS-CoV-2和流感脓毒症的药物	SARS-CoV-2和流感病毒感染及其并发症	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	轻度和重度COVID-19患者的数据（GEO: GSE145926）
37	2024-10-04	Common clonal origin of conventional T cells and induced regulatory T cells in breast cancer patients 2021-02-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21297-y PMID:33602930	研究论文	研究分析了乳腺癌患者中常规T细胞和诱导调节T细胞的克隆起源	首次揭示了乳腺癌患者中调节T细胞可能源自抗原经验丰富的常规T细胞通过肿瘤内激活转化为次级诱导调节T细胞	NA	探讨乳腺癌患者中调节T细胞的克隆起源及其形成机制	乳腺癌患者中的常规T细胞和诱导调节T细胞	免疫学	乳腺癌	T细胞受体和单细胞转录组测序	NA	转录组	NA
38	2024-10-01	Single cell analysis of spondyloarthritis regulatory T cells identifies distinct synovial gene expression patterns and clonal fates 2021-12-14, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-021-02931-3 PMID:34907325	研究论文	研究分析了强直性脊柱炎和银屑病关节炎患者的外周血和滑液中的调节性T细胞的单细胞转录组	首次详细描述了炎症部位调节性T细胞的亚群特征，并发现了具有细胞毒性标志物的CD8+调节性T细胞亚群和IL-10及LAG-3表达的Th17样调节性T细胞亚群	研究样本仅限于少数患者，可能影响结果的普适性	探讨炎症部位调节性T细胞的表型和功能特征	强直性脊柱炎和银屑病关节炎患者的调节性T细胞	免疫学	强直性脊柱炎	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	16,000多个调节性T细胞样本，来自5名患者
39	2024-10-01	Single-cell classification using graph convolutional networks 2021-Jul-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04278-2 PMID:34238220	研究论文	本文提出了一种名为sigGCN的多模态端到端深度学习模型，用于细胞分类，结合了图卷积网络（GCN）和神经网络来利用基因相互作用网络	本文的创新点在于将基因相互作用网络与基因表达数据结合，通过图卷积网络方法提取有效特征，从而提高细胞分类的性能	NA	研究目的是通过结合基因相互作用网络和基因表达数据，提高细胞分类的准确性	研究对象是单细胞RNA测序（scRNAseq）数据中的细胞分类	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	图卷积网络（GCN）	基因表达数据	NA
40	2024-09-30	[Liuwei Buqi capsule modulates immune function by targeting multiple immune cell subsets in lung tissue of patients with COPD] 2021-Oct-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University DOI:10.12122/j.issn.1673-4254.2021.10.07 PMID:34755664	研究论文	研究了慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者肺组织中免疫细胞亚群的特征，并探讨了六味补气胶囊调节COPD免疫和炎症失衡的机制	首次构建了六味补气胶囊-免疫细胞亚群-靶基因网络，并通过KEGG富集分析确定了关键基因和信号通路	研究主要基于单细胞RNA测序数据和动物模型，缺乏人体临床试验数据	探讨COPD患者肺组织中免疫细胞亚群的特征及六味补气胶囊的免疫调节机制	COPD患者肺组织中的免疫细胞亚群及六味补气胶囊的作用机制	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	COPD患者和健康对照组的肺组织样本，以及COPD大鼠模型