单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-08-07	CIDER: an interpretable meta-clustering framework for single-cell RNA-seq data integration and evaluation 2021-12-13, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02561-2 PMID:34903266	研究论文	本文介绍了一种名为CIDER的可解释元聚类框架，用于单细胞RNA测序数据的综合和评估	CIDER在模拟和真实数据集上均优于其他单细胞RNA测序聚类方法和整合方法，并且可以评估真实数据集中整合的生物学正确性，而不需要先验的细胞注释	NA	开发一种新的方法来解决单细胞RNA测序数据聚类中的批次效应和生物学变异问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	元聚类框架	RNA测序数据	NA
322	2024-08-07	geneBasis: an iterative approach for unsupervised selection of targeted gene panels from scRNA-seq 2021-12-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02548-z PMID:34872616	研究论文	本文介绍了一种名为geneBasis的无监督迭代方法，用于从scRNA-seq数据集中选择最优基因面板	geneBasis方法通过迭代选择能够最大化真实流形与当前选定基因面板构建流形之间距离的基因，从而优于现有策略	NA	旨在从scRNA-seq数据中选择适用于空间转录组学等技术的最优基因子集	scRNA-seq数据集中的基因面板选择	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	文本	NA
323	2024-08-07	Transcriptomic Mapping of Neural Diversity, Differentiation and Functional Trajectory in iPSC-Derived 3D Brain Organoid Models 2021-12-05, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10123422 PMID:34943930	研究论文	本研究结合并分析了8个脑类器官转录组数据库，研究分化协议与其在不同3D类器官和外来脑模型中产生的细胞功能之间的相关性	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）转录组数据集进行综合分析，探索晚期神经功能发育的转录组研究	类器官间的高变异性使得特定基因调控途径在3D类器官与原生大脑之间的比较变得困难	研究中枢神经系统（CNS）的发育和病理生理学，特别是神经多样性、分化和功能轨迹	诱导多能干细胞（iPSC）衍生的3D脑类器官模型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	PCA（主成分分析）和UMAP（均匀流形近似投影）	转录组数据	8个脑类器官转录组数据库
324	2024-08-07	DropletQC: improved identification of empty droplets and damaged cells in single-cell RNA-seq data 2021-12-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02547-0 PMID:34857027	研究论文	本文介绍了一种名为DropletQC的新方法，用于检测单细胞RNA测序数据中的空液滴、受损细胞和完整细胞，并准确区分它们	DropletQC基于一种新的质量控制指标——核分数，该指标量化了每个液滴中来自未剪接的核前mRNA的RNA分数	NA	提高单细胞RNA测序数据中空液滴和受损细胞的识别准确性	单细胞RNA测序数据中的空液滴、受损细胞和完整细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	通常涉及数万个细胞的单次实验
325	2024-08-07	Spatial Transcriptomics to define transcriptional patterns of zonation and structural components in the mouse liver 2021-12-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-27354-w PMID:34857782	research paper	本文应用空间转录组学技术对小鼠肝脏组织切片进行转录组分析，揭示了肝脏组织中的区域化和结构成分的转录模式	引入了新的计算方法来测量组织结构间的转录梯度，并发现了肝脏组织中先前未被转录表征的结构	NA	探索小鼠肝脏的空间转录组学特征，特别是区域化和结构成分的转录模式	小鼠肝脏组织的空间转录组学特征	digital pathology	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
326	2024-08-07	Testicular injury during SARS-CoV-2 infection may be neglected: An assessment from scRNA-seq profiling and protein detection of angiotensin-converting enzyme II 2021-Dec, Experimental and therapeutic medicine IF:2.4Q3 DOI:10.3892/etm.2021.10920 PMID:34765026	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫组化染色分析了SARS-CoV-2感染中睾丸组织中ACE2表达细胞的组成和比例，探讨了SARS-CoV-2对男性生殖系统的潜在损害	首次详细分析了SARS-CoV-2感染中睾丸组织中ACE2表达细胞的组成和比例，揭示了睾丸损伤可能被临床医生忽视的问题	NA	探讨SARS-CoV-2是否能损害男性生殖系统	SARS-CoV-2感染患者的睾丸组织	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	成人睾丸细胞中ACE2 mRNA表达的细胞比例为5.45%、1.24%和0.423%，婴儿睾丸细胞中为5.00%、0.56%和0.73%
327	2024-08-07	Short-read and long-read RNA sequencing of mouse hematopoietic stem cells at bulk and single-cell levels 2021-11-29, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-021-01078-4 PMID:34845251	研究论文	本文报道了在小鼠造血干细胞（HSC）及其下游多能祖细胞（MPP）的批量和单细胞水平上进行短读和长读RNA测序的数据集	本文展示了整合短读和长读测序技术可以促进已知和未注释的转录本变体的识别和定量	NA	研究造血干细胞群体中的转录多样性和异质性	小鼠长期和短期造血干细胞及多能祖细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA序列数据	小鼠长期和短期造血干细胞及多能祖细胞的批量和单细胞样本
328	2024-08-07	Genome annotation with long RNA reads reveals new patterns of gene expression and improves single-cell analyses in an ant brain 2021-11-27, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-021-01188-w PMID:34838024	研究论文	本文利用全长等位基因测序（Iso-Seq）技术对蚂蚁Harpegnathos saltator的转录组进行全面注释，揭示了新的基因表达模式并改进了单细胞分析	通过Iso-Seq技术，本文提供了更准确的基因模型注释，包括额外的剪接异构体和扩展的3'非翻译区，从而提高了单细胞RNA-seq数据的分析质量	NA	提高基因组注释的准确性和完整性，并最大化从现有和未来基因组数据集中获取的信息量	蚂蚁Harpegnathos saltator的转录组注释及单细胞RNA-seq数据的重新分析	基因组学	NA	全长等位基因测序（Iso-Seq）	NA	RNA序列	超过4000个基因的额外剪接异构体和扩展的3'非翻译区
329	2024-08-07	A benchmark study of simulation methods for single-cell RNA sequencing data 2021-11-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-27130-w PMID:34824223	研究论文	本文开发了一个全面的评估框架SimBench，用于评估12种单细胞RNA测序数据模拟方法	提出了一个包含核密度估计度量的综合评估框架SimBench，用于系统评估单细胞RNA测序数据模拟方法	识别了模拟方法在维持分布异质性等方面的局限性	评估单细胞RNA测序数据模拟方法的可靠性	12种单细胞RNA测序数据模拟方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据	35个单细胞RNA测序实验数据集
330	2024-08-07	Circulating tumor cells: biology and clinical significance 2021-11-22, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-021-00817-8 PMID:34803167	研究论文	本文综述了循环肿瘤细胞（CTCs）的生物学特性及其在临床上的应用	介绍了新兴技术在CTCs检测中的应用，以及单细胞测序技术对CTCs基因组和转录组的揭示	CTCs在血液中的检测仍然具有挑战性，且分子标记在不同癌症类型中存在差异	探讨CTCs的生物学特性及其在癌症治疗和预后评估中的临床应用	循环肿瘤细胞（CTCs）及其在癌症转移中的作用	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	血液	NA
331	2024-08-07	Pattern of Repetitive Element Transcription Segregate Cell Lineages during the Embryogenesis of Sea Urchin Strongylocentrotus purpuratus 2021-Nov-21, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines9111736 PMID:34829966	研究论文	本研究探讨了海胆胚胎发育过程中重复元件（REs）的转录模式及其在细胞系分化中的作用	首次揭示了REs在海胆胚胎发育中的转录模式，并发现REs表达与基因组中拷贝数无关，且在单细胞水平上对发育域的组织有重要作用	NA	旨在识别海胆胚胎发育不同阶段中REs的表达	海胆胚胎发育过程中的重复元件（REs）	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	REs占基因组DNA的44%，其中未知的REs占78.5%（总基因组的35%）
332	2024-08-07	Asc-Seurat: analytical single-cell Seurat-based web application 2021-Nov-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04472-2 PMID:34794383	研究论文	本文介绍了一个名为Asc-Seurat的基于Seurat的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析的网络应用工具	Asc-Seurat提供了一个用户友好的、易于安装的网络应用，涵盖了scRNA-seq数据分析的所有关键步骤，包括质量控制、聚类和基因差异表达分析	NA	开发一个全面的、易于使用的工具，以简化scRNA-seq数据分析过程	单细胞RNA测序数据分析	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	外周血单个核细胞数据集
333	2024-08-07	Longitudinal Dynamics of Human B-Cell Response at the Single-Cell Level in Response to Tdap Vaccination 2021-Nov-18, Vaccines IF:5.2Q1 DOI:10.3390/vaccines9111352 PMID:34835283	研究论文	本研究通过纵向分析单细胞转录组和B细胞受体（BCR）谱，探讨了Tdap疫苗接种后人体B细胞反应的动态变化	开发了一种生物信息学工作流程，用于描述正在进行的（纵向）免疫反应的关键特征，如PB/PCs的激活、Ig类别转换、体细胞超突变和克隆扩增	NA	更好地表征成功的疫苗接种反应	Tdap疫苗接种后人体B细胞反应的动态变化	免疫学	NA	单细胞转录组分析，流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，BCR谱	一个免疫供体的血浆细胞
334	2024-08-07	Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals the Acquisition of Cancer Stem Cell Traits and Increase of Cell-Cell Signaling during EMT Progression 2021-Nov-16, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13225726 PMID:34830900	研究论文	本研究通过分析多个单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，探讨了上皮-间质转化（EMT）过程中癌症干细胞特性及细胞间信号传导的增加	研究发现传统的多能性测量方法与EMT进展及癌症干细胞相关标记的表达不一定相关，而EMT电路能量（量化上皮和间质基因共表达的指标）在不同癌症类型和解剖位置中一致增加	NA	研究EMT过程中癌症干细胞特性和细胞间信号传导的关系	上皮-间质转化（EMT）过程中的中间细胞状态（ICSs）及其癌症干细胞（CSC）特性和细胞间信号传导	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个数据集，具体数量未详述
335	2024-08-07	On the Origin and Evolution of Drosophila New Genes during Spermatogenesis 2021-11-15, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12111796 PMID:34828402	研究论文	本文分析了成年果蝇睾丸的单细胞转录组数据，揭示了新基因在精子发生过程中的起源和进化机制	发现了新基因在X染色体上的表达不足，并提供了细胞水平的证据支持减数分裂性染色体失活（MSCI）	NA	探讨新基因在精子发生中的起源和进化	果蝇的新基因及其在精子发生中的表达模式	NA	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	成年果蝇睾丸
336	2024-08-07	Heterogeneity in the Response of Different Subtypes of Drosophila melanogaster Midgut Cells to Viral Infections 2021-11-15, Viruses DOI:10.3390/v13112284 PMID:34835089	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了不同亚型的果蝇中肠细胞对两种类似病毒的响应差异	首次详细比较了Thika病毒和Nora病毒在果蝇中肠细胞中的复制策略和细胞响应，并探讨了细胞亚型和病毒特异性响应的关系	研究仅基于公开的单细胞RNA测序数据集，未涉及实验验证	探究不同亚型的果蝇中肠细胞对病毒感染的响应异质性	果蝇中肠细胞及两种类似病毒Thika病毒和Nora病毒	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
337	2024-08-07	Single-Cell Sequencing: Biological Insight and Potential Clinical Implications in Pediatric Leukemia 2021-Nov-12, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13225658 PMID:34830811	综述	本文综述了单细胞测序（SCS）在儿童白血病中的应用，探讨了其在基因组、表观基因组和转录组层面提供的高分辨率见解及其潜在的临床意义。	SCS能够提供对肿瘤细胞群体的细胞异质性、亚克隆结构和调控网络的深入理解，并识别出可用于治疗的脆弱点。	目前只有一小部分儿童白血病患者能从基于基因组学的治疗中受益，因为只有15-20%的患者符合靶向药物的适应症标准。	探讨单细胞组学方法如何在未来支持临床决策。	儿童白血病及其细胞群体在疾病发展、进展和治疗抵抗中的作用。	数字病理学	儿童白血病	单细胞测序（SCS）	NA	基因组、表观基因组和转录组数据	未具体说明样本数量
338	2024-08-07	ATRX regulates glial identity and the tumor microenvironment in IDH-mutant glioma 2021-11-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02535-4 PMID:34763709	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了22例IDH突变型胶质瘤，揭示了ATRX在调控胶质细胞身份和肿瘤微环境中的作用	首次在IDH突变型胶质瘤中探讨了ATRX对胶质细胞身份和肿瘤微环境的调控作用，并通过动物模型验证了其机制	研究主要集中在IDH突变型胶质瘤，未涉及其他类型的胶质瘤	探讨IDH突变型胶质瘤中不同亚型如何维持其独特的表型和肿瘤微环境	IDH突变型胶质瘤及其亚型	数字病理学	胶质瘤	scATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	22例人类IDH突变型胶质瘤样本
339	2024-08-07	Single-cell analysis reveals dynamic changes of neural cells in developing human spinal cord 2021-11-04, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.202152728 PMID:34605607	research paper	本文通过单细胞RNA测序分析了人类脊髓在胚胎和胎儿阶段神经细胞的动态变化	首次提供了涵盖神经发生和胶质发生的系统数据集，并识别了一组表达EGFR的过渡性胶质细胞	NA	揭示人类脊髓发育过程中神经细胞的阶段特异性特征和动态变化	人类脊髓在胚胎和胎儿阶段的神经细胞	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
340	2024-08-07	Single-cell normalization and association testing unifying CRISPR screen and gene co-expression analyses with Normalisr 2021-11-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26682-1 PMID:34737291	研究论文	本文介绍了一种名为Normalisr的单细胞RNA测序数据标准化和统计关联测试框架，该框架统一了单细胞差异表达、共表达和CRISPR筛选分析	Normalisr通过系统地检测和去除由文库大小引起的非线性混杂因素，实现了高灵敏度、特异性、速度和泛化能力，并能在多种单细胞RNA测序协议和实验条件下进行无偏差的p值估计	NA	开发一种新的单细胞RNA测序数据分析方法，以提高基因调控研究的准确性和效率	单细胞RNA测序数据中的基因表达和调控网络	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	线性模型	基因表达数据	大规模单细胞CRISPRi筛选