单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-08-05	Investigation of Drosophila fruitless neurons that express Dpr/DIP cell adhesion molecules 2021-02-22, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.63101 PMID:33616528	研究论文	研究表达Dpr/DIP细胞粘附分子的果蝇fruitless神经元的功能和特征	通过对基因组研究的重新分析，发现对性别特异性行为的神经元形态和细胞数量存在性别二态性	未详细介绍实验样本和研究方法的局限性	探讨fruitless神经元在果蝇交配行为中的作用	Drosophila的fruitless神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
322	2024-08-05	Single-cell damagenome profiling unveils vulnerable genes and functional pathways in human genome toward DNA damage 2021-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abf3329 PMID:34215579	研究论文	本研究报告了一种新型的单细胞全基因组扩增方法，可以有效捕获单细胞中的自发DNA损伤	首次引入了损伤相关的单核苷酸变异（damSNVs）及其整个基因组分布概念	未在其他细胞类型中验证该方法的广泛应用性	探讨DNA损伤在人体基因组中的脆弱基因和功能通路	单个人类神经元以及与阿尔茨海默病和自闭症谱系障碍相关的基因	数字病理学	阿尔茨海默病，自闭症谱系障碍	单细胞全基因组扩增（LCS-WGA）	NA	基因组数据	单个人类神经元
323	2024-08-05	CHARTS: a web application for characterizing and comparing tumor subpopulations in publicly available single-cell RNA-seq data sets 2021-Feb-23, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04021-x PMID:33622236	研究论文	本文介绍了一个名为CHARTS的网络应用程序，可用于描述和比较公开可用的单细胞RNA-seq数据集中的肿瘤亚群	CHARTS提供了一种新的方式，以便于对单细胞肿瘤亚群的基因表达、细胞类型和癌症状态进行深入分析	该研究未详细讨论应用程序的使用限制和数据集的质量控制问题	旨在提供一种工具，以更好地理解肿瘤异质性的机制	公开可用的单细胞RNA-seq肿瘤数据集	数字病理学	癌症	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
324	2024-08-05	Single-cell transcriptional profiling of human thymic stroma uncovers novel cellular heterogeneity in the thymic medulla 2021-02-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21346-6 PMID:33597545	研究论文	该文章揭示了人类胸腺基质的细胞异质性及其在免疫耐受中的作用	使用单细胞RNA测序技术全面剖析胸腺基质的细胞异质性，并发现新型细胞群体和潜在的关键调节因子	研究局限于单细胞RNA测序数据，未涵盖更广泛的生理和病理状态	旨在理解人类胸腺细胞的多样性及其对免疫系统发展的影响	重点研究人类胸腺基质及其各个发展阶段的细胞群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
325	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing reveals cellular and molecular immune profile in a Pembrolizumab-responsive PD-L1-negative lung cancer patient 2021-Aug, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-021-02848-0 PMID:33506299	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了一例Pembrolizumab反应的PD-L1阴性肺癌患者的细胞和分子免疫特征	首次在PD-L1阴性患者中识别与PD-1阻断相关的新细胞特征和潜在的预测标记	样本量有限，可能不足以广泛推广发现的应用	探索PD-L1阴性肺癌患者在Pembrolizumab治疗中的细胞及分子特征	PD-L1阴性肺癌患者的外周血单核细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因数据	16个细胞簇中的3423个细胞
326	2024-08-05	Cryopreservation of microglia enables single-cell RNA sequencing with minimal effects on disease-related gene expression patterns 2021-Apr-23, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.102357 PMID:33870145	研究论文	本文研究了冷冻保存小胶质细胞对单细胞RNA测序的影响	探索了冷冻保存小胶质细胞的使用，证明其在单细胞RNA测序中具有良好的适用性	未明确指出冷冻保存对其他细胞类型的影响	研究冷冻保存小胶质细胞对疾病相关基因表达模式的影响	冷冻保存的小胶质细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	使用了配对的新鲜和冷冻保存的小胶质细胞样本
327	2024-08-05	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels tumour heterogeneity plus M2-like tumour-associated macrophage infiltration and aggressiveness in TNBC 2021-Jan, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-020-02669-7 PMID:32681241	研究论文	本研究分析了三阴性乳腺癌中的肿瘤异质性和M2型肿瘤相关巨噬细胞浸润及其侵袭性	结合单细胞和整体组织转录组分析揭示了肿瘤异质性和免疫微环境与临床结果之间的关联	研究的局限性未在摘要中明确提及	探索三阴性乳腺癌中肿瘤异质性及M2型肿瘤相关巨噬细胞的作用	三阴性乳腺癌患者的肿瘤细胞和肿瘤浸润的免疫细胞	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序和整体RNA测序	随机森林和支持向量机（SVM），深度学习神经网络	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
328	2024-08-07	TIMEx: tumor-immune microenvironment deconvolution web-portal for bulk transcriptomics using pan-cancer scRNA-seq signatures 2021-Oct-25, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab244 PMID:33901274	研究论文	本文介绍了TIMEx，一种新的肿瘤免疫微环境（TIME）反卷积方法，用于使用泛癌单细胞RNA-seq特征的批量转录组学估计浸润性免疫细胞	开发了TIMEx，一种新的TIME反卷积方法，强调使用泛癌单细胞RNA-seq特征估计浸润性免疫细胞	NA	开发和实现一种新的肿瘤免疫微环境反卷积方法	肿瘤免疫微环境中的异质细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	反卷积方法	转录组数据	NA
329	2024-08-07	Antibiotic-induced disturbances of the gut microbiota result in accelerated breast tumor growth 2021-Sep-24, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103012 PMID:34522855	研究论文	本研究探讨了抗生素引起的肠道微生物群失调对乳腺癌肿瘤生长的影响	发现抗生素诱导的肠道微生物群扰动显著加速了多个乳腺癌小鼠模型的肿瘤进展，并揭示了乳腺癌与微生物群相互作用的新机制	NA	研究肠道微生物群在乳腺癌进展中的作用	乳腺癌小鼠模型及肠道微生物群	NA	乳腺癌	宏基因组学, 单细胞转录组学	NA	微生物群数据, 细胞转录数据	多个乳腺癌小鼠模型
330	2024-08-07	Deconvolution Tactics and Normalization in Renal Spatial Transcriptomics 2021, Frontiers in physiology IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fphys.2021.812947 PMID:35095570	综述	本文综述了2021年印第安纳州O'Brien显微镜中心研讨会上讨论的各种去卷积策略，并探讨了肾空间转录组学中的归一化和批次效应校正应用。	介绍了Seurat转移评分方法、SPOTlight、鲁棒细胞类型分解和BayesSpace等独特的去卷积技术。	文中提到的空间基因表达平台尚未达到单细胞分辨率。	探讨肾空间转录组学中的去卷积策略和归一化方法。	肾组织中的异质细胞群及其在空间转录组学中的表达特征。	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	NA
331	2024-08-07	Silencing Myeloid Netrin-1 Induces Inflammation Resolution and Plaque Regression 2021-08-20, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.121.319313 PMID:34289717	研究论文	本文研究了通过沉默髓系细胞中的Netrin-1来减少动脉粥样硬化心血管疾病风险，并促进斑块消退的方法。	本文首次探讨了通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退的新策略。	NA	研究如何通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退。	研究对象包括转基因小鼠和其动脉粥样硬化斑块。	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括转基因小鼠和对照小鼠，具体数量未详细说明。
332	2024-08-07	Dhaka: variational autoencoder for unmasking tumor heterogeneity from single cell genomic data 2021-Jul-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz095 PMID:30768159	研究论文	本文介绍了一种名为'Dhaka'的变分自编码器方法，用于从单细胞基因组数据中揭示肿瘤异质性	提出了一种新的变分自编码器方法，能够将单细胞基因组数据转换为更有效的降维特征空间，以区分隐藏的肿瘤亚群	NA	旨在通过单细胞测序数据揭示肿瘤内部的异质性	单细胞基因组数据中的肿瘤细胞	机器学习	NA	单细胞测序（scDNA-Seq和scRNA-Seq）	变分自编码器（VAE）	基因组数据	测试数据集包括合成数据和六个单细胞癌症数据集，每个样本的细胞数量从250到6000不等
333	2024-08-07	Single-cell analysis of angiotensin-converting enzyme II expression in human kidneys and bladders reveals a potential route of 2019 novel coronavirus infection 2021-Apr-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000001439 PMID:33879756	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了人类肾脏和膀胱中血管紧张素转换酶II（ACE2）的表达，探讨了2019新型冠状病毒（2019-nCoV）感染泌尿系统的潜在途径	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了ACE2在肾脏和膀胱细胞中的表达分布，为理解2019-nCoV感染泌尿系统的机制提供了新的视角	研究仅限于健康肾脏和膀胱样本，未涉及疾病状态下的ACE2表达情况	探讨2019-nCoV感染泌尿系统的潜在途径及肾脏损伤的可能原因	人类肾脏和膀胱细胞中ACE2的表达	数字病理学	新型冠状病毒肺炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	三个已发表的肾脏细胞图谱数据集和两个自产的健康肾脏样本，以及三个膀胱样本
334	2024-08-07	Disparate Interferon Signaling and Shared Aberrant Basaloid Cells in Single-Cell Profiling of Idiopathic Pulmonary Fibrosis and Systemic Sclerosis-Associated Interstitial Lung Disease 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.595811 PMID:33859634	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了特发性肺纤维化（IPF）和系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）患者的肺组织样本，以分析细胞类型特异性转录组的共性和差异	首次在SSc-ILD中鉴定出表现出细胞衰老和上皮-间质转化标志的异常基底样细胞	NA	探讨IPF和SSc-ILD之间细胞类型和信号通路的差异，以及这些差异在两种疾病中的作用	IPF和SSc-ILD患者的肺组织样本	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	21个移植肺组织样本
335	2024-08-07	Modelling human blastocysts by reprogramming fibroblasts into iBlastoids 2021-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03372-y PMID:33731926	研究论文	本文描述了将成纤维细胞重编程为体外三维人类囊胚模型（称为iBlastoids）的方法	iBlastoids能够模拟囊胚的整体结构，包括内细胞团样结构、外胚层和原始内胚层样细胞、囊胚腔样腔隙以及滋养层样外层细胞，并能产生多能性和滋养层干细胞，模拟植入早期的几个方面	NA	开发一个可扩展且易于操作的系统来模拟人类囊胚生物学，以促进早期人类发育的研究	人类囊胚的生物学特性	细胞生物学	NA	单细胞转录组学	三维模型	细胞	NA
336	2024-08-07	APOL1 risk variants in individuals of African genetic ancestry drive endothelial cell defects that exacerbate sepsis 2021-11-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.10.004 PMID:34715018	研究论文	研究探讨了非洲遗传背景下APOL1风险变异体对内皮细胞缺陷的影响，以及这些缺陷如何加剧败血症	首次揭示了APOL1风险变异体通过干扰线粒体自噬，激活炎症小体和STING通路，导致败血症中内皮细胞的渗透性缺陷和炎症反应	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床研究验证	识别炎症小体和STING通路作为减少APOL1相关健康差异的潜在目标	非洲遗传背景下的APOL1风险变异体对内皮细胞和败血症的影响	NA	败血症	单细胞测序	NA	细胞	涉及人类肾脏内皮细胞和小鼠模型
337	2024-08-07	A convolutional neural network for common coordinate registration of high-resolution histology images 2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab447 PMID:34128955	研究论文	本文介绍了一种新的卷积神经网络（CNN）架构，用于高分辨率组织学图像的通用坐标注册	提出了一种结合局部分类CNN和全局分割CNN的混合网络架构，能够以端到端的方式训练，并在多个数据集上展示了其相对于竞争方法的优势	NA	解决大规模空间组学数据研究中组织学图像从多源注册的紧迫问题	高分辨率组织学图像的注册	计算机视觉	NA	卷积神经网络（CNN）	CNN	图像	参考组织学数据集以及两个已发表的空间转录组数据集
338	2024-08-07	PNOC Expressed by B Cells in Cholangiocarcinoma Was Survival Related and LAIR2 Could Be a T Cell Exhaustion Biomarker in Tumor Microenvironment: Characterization of Immune Microenvironment Combining Single-Cell and Bulk Sequencing Technology 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.647209 PMID:33841428	研究论文	本研究通过结合批量测序和单细胞测序技术，探讨了胆管癌中的免疫浸润相关基因，特别是PNOC和LAIR2的作用	首次通过单细胞和批量测序技术结合，揭示了PNOC和LAIR2在胆管癌免疫浸润中的作用及其与患者生存的关系	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在样本选择偏倚；未涉及临床干预性试验	探索胆管癌中的免疫浸润相关基因及其对患者生存的影响	胆管癌患者的免疫浸润状态及相关基因PNOC和LAIR2的表达	数字病理学	胆管癌	单细胞测序和批量测序	NA	基因表达数据	使用了TCGA CHOL, GSE32225, GSE26566和GSE138709的数据集
339	2024-08-07	The Physiology of Reproduction - Quo vadis? 2021, Frontiers in physiology IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fphys.2021.650550 PMID:33859571	研究论文	本文探讨了男性和女性生殖系统的生理动态性，并强调了当前对这一系统理解的不完整性	文章提出了微流控技术、干细胞生物学和单细胞转录组学与组织动态的整合作为解决当前理解不足的可能方法	尽管分子科学的进步有助于更详细地描述生殖系统的组成部分，但这些组件如何在时间和空间维度上相互作用和功能仍不清楚	旨在深入理解生殖系统的正常功能以及其在疾病、环境内分泌干扰物影响和衰老中的作用	研究对象包括生殖系统的生理动态性、信息网络和过程的质与量维度，以及其在整个生命周期中的作用	NA	NA	微流控技术、干细胞生物学、单细胞转录组学	NA	NA	NA
340	2024-08-07	Single-Cell Analysis of Antigen-Specific CD8+ T-Cell Transcripts Reveals Profiles Specific to mRNA or Adjuvanted Protein Vaccines 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.757151 PMID:34777370	研究论文	本研究使用单细胞分析技术，通过小鼠模型研究了针对核酸和蛋白质基流感疫苗候选物的免疫优势血凝素（HA）特异性CD8+ T细胞反应	本研究通过单细胞转录组分析，发现了独特的CD8+ T细胞亚群，这些细胞在接种疫苗后共表达细胞毒性基因，并揭示了先前未检测到的抗原特异性CD8+ T细胞	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现	深入理解T细胞分化的分子机制，并探索单细胞分析在免疫反应研究中的应用	CD8+ T细胞在接种核酸和蛋白质基流感疫苗后的反应	免疫学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	小鼠模型