单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2024-08-07 |
Antibiotic-induced disturbances of the gut microbiota result in accelerated breast tumor growth
2021-Sep-24, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103012
PMID:34522855
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研究论文 | 本研究探讨了抗生素引起的肠道微生物群失调对乳腺癌肿瘤生长的影响 | 发现抗生素诱导的肠道微生物群扰动显著加速了多个乳腺癌小鼠模型的肿瘤进展，并揭示了乳腺癌与微生物群相互作用的新机制 | NA | 研究肠道微生物群在乳腺癌进展中的作用 | 乳腺癌小鼠模型及肠道微生物群 | NA | 乳腺癌 | 宏基因组学, 单细胞转录组学 | NA | 微生物群数据, 细胞转录数据 | 多个乳腺癌小鼠模型 |
| 302 | 2024-08-07 |
Deconvolution Tactics and Normalization in Renal Spatial Transcriptomics
2021, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2021.812947
PMID:35095570
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综述 | 本文综述了2021年印第安纳州O'Brien显微镜中心研讨会上讨论的各种去卷积策略，并探讨了肾空间转录组学中的归一化和批次效应校正应用。 | 介绍了Seurat转移评分方法、SPOTlight、鲁棒细胞类型分解和BayesSpace等独特的去卷积技术。 | 文中提到的空间基因表达平台尚未达到单细胞分辨率。 | 探讨肾空间转录组学中的去卷积策略和归一化方法。 | 肾组织中的异质细胞群及其在空间转录组学中的表达特征。 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 303 | 2024-08-07 |
Silencing Myeloid Netrin-1 Induces Inflammation Resolution and Plaque Regression
2021-08-20, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.121.319313
PMID:34289717
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研究论文 | 本文研究了通过沉默髓系细胞中的Netrin-1来减少动脉粥样硬化心血管疾病风险，并促进斑块消退的方法。 | 本文首次探讨了通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退的新策略。 | NA | 研究如何通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退。 | 研究对象包括转基因小鼠和其动脉粥样硬化斑块。 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括转基因小鼠和对照小鼠，具体数量未详细说明。 |
| 304 | 2024-08-07 |
Dhaka: variational autoencoder for unmasking tumor heterogeneity from single cell genomic data
2021-Jul-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz095
PMID:30768159
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研究论文 | 本文介绍了一种名为'Dhaka'的变分自编码器方法，用于从单细胞基因组数据中揭示肿瘤异质性 | 提出了一种新的变分自编码器方法，能够将单细胞基因组数据转换为更有效的降维特征空间，以区分隐藏的肿瘤亚群 | NA | 旨在通过单细胞测序数据揭示肿瘤内部的异质性 | 单细胞基因组数据中的肿瘤细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞测序（scDNA-Seq和scRNA-Seq） | 变分自编码器（VAE） | 基因组数据 | 测试数据集包括合成数据和六个单细胞癌症数据集，每个样本的细胞数量从250到6000不等 |
| 305 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of angiotensin-converting enzyme II expression in human kidneys and bladders reveals a potential route of 2019 novel coronavirus infection
2021-Apr-20, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000001439
PMID:33879756
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了人类肾脏和膀胱中血管紧张素转换酶II（ACE2）的表达，探讨了2019新型冠状病毒（2019-nCoV）感染泌尿系统的潜在途径 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了ACE2在肾脏和膀胱细胞中的表达分布，为理解2019-nCoV感染泌尿系统的机制提供了新的视角 | 研究仅限于健康肾脏和膀胱样本，未涉及疾病状态下的ACE2表达情况 | 探讨2019-nCoV感染泌尿系统的潜在途径及肾脏损伤的可能原因 | 人类肾脏和膀胱细胞中ACE2的表达 | 数字病理学 | 新型冠状病毒肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三个已发表的肾脏细胞图谱数据集和两个自产的健康肾脏样本，以及三个膀胱样本 |
| 306 | 2024-08-07 |
Disparate Interferon Signaling and Shared Aberrant Basaloid Cells in Single-Cell Profiling of Idiopathic Pulmonary Fibrosis and Systemic Sclerosis-Associated Interstitial Lung Disease
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.595811
PMID:33859634
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术比较了特发性肺纤维化（IPF）和系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）患者的肺组织样本，以分析细胞类型特异性转录组的共性和差异 | 首次在SSc-ILD中鉴定出表现出细胞衰老和上皮-间质转化标志的异常基底样细胞 | NA | 探讨IPF和SSc-ILD之间细胞类型和信号通路的差异，以及这些差异在两种疾病中的作用 | IPF和SSc-ILD患者的肺组织样本 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 21个移植肺组织样本 |
| 307 | 2024-08-07 |
Modelling human blastocysts by reprogramming fibroblasts into iBlastoids
2021-Mar, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03372-y
PMID:33731926
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研究论文 | 本文描述了将成纤维细胞重编程为体外三维人类囊胚模型（称为iBlastoids）的方法 | iBlastoids能够模拟囊胚的整体结构，包括内细胞团样结构、外胚层和原始内胚层样细胞、囊胚腔样腔隙以及滋养层样外层细胞，并能产生多能性和滋养层干细胞，模拟植入早期的几个方面 | NA | 开发一个可扩展且易于操作的系统来模拟人类囊胚生物学，以促进早期人类发育的研究 | 人类囊胚的生物学特性 | 细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学 | 三维模型 | 细胞 | NA |
| 308 | 2024-08-07 |
APOL1 risk variants in individuals of African genetic ancestry drive endothelial cell defects that exacerbate sepsis
2021-11-09, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.10.004
PMID:34715018
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研究论文 | 研究探讨了非洲遗传背景下APOL1风险变异体对内皮细胞缺陷的影响，以及这些缺陷如何加剧败血症 | 首次揭示了APOL1风险变异体通过干扰线粒体自噬，激活炎症小体和STING通路，导致败血症中内皮细胞的渗透性缺陷和炎症反应 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床研究验证 | 识别炎症小体和STING通路作为减少APOL1相关健康差异的潜在目标 | 非洲遗传背景下的APOL1风险变异体对内皮细胞和败血症的影响 | NA | 败血症 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 涉及人类肾脏内皮细胞和小鼠模型 |
| 309 | 2024-08-07 |
A convolutional neural network for common coordinate registration of high-resolution histology images
2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab447
PMID:34128955
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研究论文 | 本文介绍了一种新的卷积神经网络（CNN）架构，用于高分辨率组织学图像的通用坐标注册 | 提出了一种结合局部分类CNN和全局分割CNN的混合网络架构，能够以端到端的方式训练，并在多个数据集上展示了其相对于竞争方法的优势 | NA | 解决大规模空间组学数据研究中组织学图像从多源注册的紧迫问题 | 高分辨率组织学图像的注册 | 计算机视觉 | NA | 卷积神经网络（CNN） | CNN | 图像 | 参考组织学数据集以及两个已发表的空间转录组数据集 |
| 310 | 2024-08-07 |
Hypoxic microenvironment induced spatial transcriptome changes in pancreatic cancer
2021-Jun-04, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）中缺氧微环境诱导的空间转录组变化 | 首次描述了胰腺导管腺癌中缺氧微环境诱导的空间转录组变化，并识别了潜在的治疗靶点 | NA | 探讨胰腺导管腺癌中缺氧微环境诱导的空间转录组变化及其临床相关性 | 胰腺导管腺癌中的缺氧微环境和空间转录组变化 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了移植到裸鼠后肢缺血区域的PDAC样本进行研究 |
| 311 | 2024-08-07 |
PNOC Expressed by B Cells in Cholangiocarcinoma Was Survival Related and LAIR2 Could Be a T Cell Exhaustion Biomarker in Tumor Microenvironment: Characterization of Immune Microenvironment Combining Single-Cell and Bulk Sequencing Technology
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.647209
PMID:33841428
|
研究论文 | 本研究通过结合批量测序和单细胞测序技术，探讨了胆管癌中的免疫浸润相关基因，特别是PNOC和LAIR2的作用 | 首次通过单细胞和批量测序技术结合，揭示了PNOC和LAIR2在胆管癌免疫浸润中的作用及其与患者生存的关系 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在样本选择偏倚；未涉及临床干预性试验 | 探索胆管癌中的免疫浸润相关基因及其对患者生存的影响 | 胆管癌患者的免疫浸润状态及相关基因PNOC和LAIR2的表达 | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞测序和批量测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了TCGA CHOL, GSE32225, GSE26566和GSE138709的数据集 |
| 312 | 2024-08-07 |
The Physiology of Reproduction - Quo vadis?
2021, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2021.650550
PMID:33859571
|
研究论文 | 本文探讨了男性和女性生殖系统的生理动态性，并强调了当前对这一系统理解的不完整性 | 文章提出了微流控技术、干细胞生物学和单细胞转录组学与组织动态的整合作为解决当前理解不足的可能方法 | 尽管分子科学的进步有助于更详细地描述生殖系统的组成部分，但这些组件如何在时间和空间维度上相互作用和功能仍不清楚 | 旨在深入理解生殖系统的正常功能以及其在疾病、环境内分泌干扰物影响和衰老中的作用 | 研究对象包括生殖系统的生理动态性、信息网络和过程的质与量维度，以及其在整个生命周期中的作用 | NA | NA | 微流控技术、干细胞生物学、单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 313 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analysis of Antigen-Specific CD8+ T-Cell Transcripts Reveals Profiles Specific to mRNA or Adjuvanted Protein Vaccines
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.757151
PMID:34777370
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研究论文 | 本研究使用单细胞分析技术，通过小鼠模型研究了针对核酸和蛋白质基流感疫苗候选物的免疫优势血凝素（HA）特异性CD8+ T细胞反应 | 本研究通过单细胞转录组分析，发现了独特的CD8+ T细胞亚群，这些细胞在接种疫苗后共表达细胞毒性基因，并揭示了先前未检测到的抗原特异性CD8+ T细胞 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现 | 深入理解T细胞分化的分子机制，并探索单细胞分析在免疫反应研究中的应用 | CD8+ T细胞在接种核酸和蛋白质基流感疫苗后的反应 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 |
| 314 | 2024-08-07 |
scNetViz: from single cells to networks using Cytoscape
2021, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.52460.1
PMID:34912541
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scNetViz的Cytoscape应用程序，用于通过网络分析帮助解释scRNA-seq数据中的细胞集群 | scNetViz通过计算每个基因在集群间的差异表达，并创建集群特异性的基因功能交互网络，为scRNA-seq数据分析提供了新的工具 | NA | 开发一个工具，通过网络生物学方法分析scRNA-seq数据，以深入理解驱动组织细胞类型异质性的基因 | scRNA-seq数据中的细胞集群及其基因表达模式 | 分子生物学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 315 | 2024-08-07 |
Molecular mapping of interstitial lung disease reveals a phenotypically distinct senescent basal epithelial cell population
2021-04-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.143626
PMID:33705361
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研究论文 | 研究探讨了间质性肺疾病中肺上皮细胞的衰老标记物p16的定位及其与基底上皮细胞标记物的关系 | 首次在单细胞RNA测序数据集中识别出特定于间质性肺疾病的衰老基底上皮细胞群体，并发现其基因表达与分层上皮中的终末分化细胞显著重叠 | 研究主要基于体外模型和单细胞RNA测序数据，未来需要进一步的功能性研究来验证这些发现 | 揭示间质性肺疾病中衰老细胞的起源和身份，并开发用于人类肺部特定环境下细胞衰老特征的工具 | 肺上皮细胞的衰老标记物及其在间质性肺疾病中的分布和作用 | 数字病理学 | 间质性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 来自对照组、特发性肺纤维化（IPF）和系统性硬化症相关间质性肺疾病（SSc-ILD）的肺组织样本 |
| 316 | 2024-08-07 |
Cell-by-cell dissection of phloem development links a maturation gradient to cell specialization
2021-Dec-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aba5531
PMID:34941412
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学技术，重建了原生韧皮部从细胞前体到根部分化末期的发育轨迹，揭示了韧皮部发育中成熟梯度与细胞特化之间的关系。 | 首次通过单细胞转录组学方法，详细解析了韧皮部发育过程中的细胞成熟梯度和细胞特化机制。 | NA | 研究植物韧皮部发育过程中细胞成熟梯度与细胞特化之间的联系。 | 植物韧皮部的发育过程及其调控机制。 | 植物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 317 | 2024-08-07 |
Single-cell profiling of T and B cell repertoires following SARS-CoV-2 mRNA vaccine
2021-12-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.153201
PMID:34935643
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和功能性检测，比较了接种两剂SARS-CoV-2 mRNA疫苗后与无症状康复者之间的体液和细胞免疫反应 | 本研究发现接种疫苗后富集了针对刺突蛋白的B细胞、激活的CD4+ T细胞以及强大的抗原特异性多功能CD4+ T细胞反应 | 尽管观察到克隆扩增的CD8+ T细胞，但其反应相对较弱且变化较大 | 探究接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的转录和免疫谱变化 | T细胞和B细胞的免疫谱 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 |
| 318 | 2024-08-07 |
Volumetric compression develops noise-driven single-cell heterogeneity
2021-12-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2110550118
PMID:34916290
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研究论文 | 本文研究了物理压缩对非小细胞肺癌细胞异质性的影响，并通过单细胞转录组测序和单分子荧光原位杂交技术进行了验证 | 首次揭示了物理微环境对单细胞异质性的贡献，并展示了机械刺激通过改变转录动力学影响细胞命运决定的机制 | NA | 探讨物理微环境对单细胞异质性的影响及其机制 | 非小细胞肺癌细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 319 | 2024-08-07 |
CARMN Is an Evolutionarily Conserved Smooth Muscle Cell-Specific LncRNA That Maintains Contractile Phenotype by Binding Myocardin
2021-12-07, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本文研究了一种名为CARMN的进化保守的平滑肌细胞特异性长非编码RNA，通过结合肌动蛋白来维持收缩表型 | CARMN是首个被发现与肌动蛋白相互作用的非编码RNA，其在维持血管平滑肌细胞收缩表型中起着先前未被重视的作用 | NA | 研究CARMN在维持血管平滑肌细胞分化表型中的作用及其分子机制 | CARMN在血管平滑肌细胞中的表达及其对收缩表型的影响 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | NA | RNA | 涉及人类和鼠类的血管疾病模型，以及CARMN敲入和敲除的小鼠模型 |
| 320 | 2024-08-07 |
Impact of chemotherapy and immunotherapy on the composition and function of immune cells in COVID-19 convalescent with gynecological tumors
2021-12-04, Aging
DOI:10.18632/aging.203739
PMID:34862879
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研究论文 | 研究了化疗和免疫治疗对COVID-19康复者中妇科肿瘤患者免疫细胞组成和功能的影响 | 发现COVID-19康复者中妇科肿瘤患者的免疫细胞分子特征与无肿瘤的COVID-19患者相似，且抗PD-L1治疗能显著增强NK细胞和T细胞的细胞毒性评分及T细胞的克隆扩增 | 样本量较小，仅包括3名健康捐赠者、4名COVID-19患者和4名COVID-19合并妇科肿瘤患者 | 探讨COVID-19康复者中妇科肿瘤患者的免疫记忆及其对化疗和免疫治疗的响应 | COVID-19康复者中妇科肿瘤患者的免疫细胞 | NA | 妇科肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液样本 | 3名健康捐赠者，4名COVID-19患者，4名COVID-19合并妇科肿瘤患者 |