单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 2841 - 2860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2841 | 2024-08-09 |
A reliable strategy for single-cell RNA sequencing analysis using cryoconserved primary cortical cells
2021-01-01, Journal of neuroscience methods
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.jneumeth.2020.108960
PMID:32987100
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研究论文 | 本文介绍了一种新的策略，使用冷冻保存的初级皮质细胞进行单细胞RNA测序分析 | 首次展示了在离线设置中使用初级皮质细胞进行单细胞RNA测序实验的可能性，确保了细胞的完整性和多样性 | NA | 验证一种新的策略，使用冷冻保存的初级皮质细胞进行单细胞RNA测序研究 | 从E15.5小鼠胚胎中分离的冷冻保存的初级皮质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNASeq） | NA | RNA | 35,763个冷冻保存的单细胞 |
| 2842 | 2024-08-09 |
Exploring the Early Phase of Crohn's Disease
2021-12, Clinical gastroenterology and hepatology : the official clinical practice journal of the American Gastroenterological Association
IF:11.6Q1
DOI:10.1016/j.cgh.2020.09.023
PMID:32949730
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研究论文 | 本文探讨了克罗恩病早期阶段的发展机制，特别是黏膜防御机制的失败和免疫现象的变化 | 利用单细胞转录组学和蛋白质组学技术，揭示了参与克罗恩病发展各阶段的细胞和分子机制 | NA | 深入理解克罗恩病的发病机制，并促进针对性治疗方案的设计 | 克罗恩病早期阶段的发展机制 | NA | 克罗恩病 | 单细胞转录组学和蛋白质组学 | NA | 转录组和蛋白质组数据 | NA |
| 2843 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing analysis of SARS-CoV-2 entry receptors in human organoids
2021-04, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.30054
PMID:32944935
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据分析了人源类器官中SARS-CoV-2进入受体ACE2和TMPRSS2的表达情况 | 首次在单细胞水平上分析了人源类器官中多种RNA受体在SARS-CoV-2发病机制中的作用 | 研究主要集中在ACE2和TMPRSS2的表达分析，未涉及其他可能的病毒进入途径 | 探索SARS-CoV-2在人源类器官中的发病机制及药物开发 | 人源类器官中的ACE2和TMPRSS2表达及其他RNA受体 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多种人源类器官样本 |
| 2844 | 2024-08-09 |
Methodologies for Following EMT In Vivo at Single Cell Resolution
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-0779-4_23
PMID:32939729
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研究论文 | 本文介绍了一种在单细胞分辨率下研究活体中上皮-间质转化（EMT）的方法，重点是通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术研究特定细胞在EMT过程中的基因表达。 | 本文采用单细胞RNA测序技术，能够在不受到其他细胞群体背景噪声干扰的情况下，研究海胆骨骼细胞在EMT过程中的基因表达。 | 该方法虽然有所改进，但并非完美，仍需进一步优化。 | 旨在开发一种新的方法，以便在单细胞水平上详细研究活体中的EMT过程。 | 研究对象为海胆胚胎中的骨骼细胞，这些细胞在EMT过程中仅占胚胎总细胞数的5%。 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 海胆胚胎中的骨骼细胞，占总细胞数的5% |
| 2845 | 2024-08-09 |
Serial single-cell profiling analysis of metastatic TNBC during Nab-paclitaxel and pembrolizumab treatment
2021-Jan, Breast cancer research and treatment
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s10549-020-05936-4
PMID:32949350
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了转移性三阴性乳腺癌患者在接受白蛋白结合型紫杉醇和派姆单抗治疗过程中的肿瘤免疫微环境变化 | 首次在治疗过程中对肿瘤样本进行连续单细胞RNA测序，揭示了化疗和免疫治疗对肿瘤微环境的调节作用 | 研究样本仅限于两名患者，可能无法全面代表所有三阴性乳腺癌患者的治疗反应 | 开发预测性生物标志物并提高化疗与免疫治疗组合的疗效 | 转移性三阴性乳腺癌患者在接受白蛋白结合型紫杉醇和派姆单抗治疗过程中的肿瘤免疫微环境 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 两名患者 |
| 2846 | 2024-08-09 |
Cell fate specification and differentiation in the adult mammalian intestine
2021-01, Nature reviews. Molecular cell biology
DOI:10.1038/s41580-020-0278-0
PMID:32958874
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研究论文 | 本文探讨了成年哺乳动物肠道中干细胞命运决定和分化的机制 | 利用单细胞转录组学和类器官模型，揭示了指导干细胞后代进入六种肠道细胞谱系的信号 | NA | 研究肠道干细胞的调控和命运决定，以开发利用肠道再生能力和功能的疗法 | 成年哺乳动物肠道中的干细胞及其后代细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学 | 类器官模型 | 转录组数据 | NA |
| 2847 | 2024-08-09 |
Use of Chlamydial Elementary Bodies as Probes to Isolate Pathogen-Specific Human Monoclonal Antibodies
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-0795-4_3
PMID:32959238
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研究论文 | 本文介绍了一种利用荧光标记的完整细菌通过流式细胞术从冷冻保存的人外周血单个核细胞样本中识别和分离特定于衣原体的记忆B细胞的新方法 | 该方法允许对活单细胞进行排序，用于细胞培养、体外检测、单细胞RNA测序以及重组单克隆抗体的重链和轻链克隆 | NA | 研究衣原体特异性抗体在预防和清除感染中的作用 | 衣原体特异性记忆B细胞 | NA | 性传播疾病 | 流式细胞术 | NA | 细胞 | NA |
| 2848 | 2024-08-09 |
Human kidney organoids produce functional renin
2021-01, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2020.08.008
PMID:32918942
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研究论文 | 本文利用人诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官研究了肾素及其在肾脏中的作用 | 首次展示了人肾脏类器官能够产生功能性肾素，并探讨了其在再生医学中的应用潜力 | NA | 开发用于研究肾素调节及其对肾脏生理学意义的人类模型 | 人诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官 | 再生医学 | NA | 单细胞测序、免疫组化、功能性检测 | NA | 细胞 | NA |
| 2849 | 2024-08-09 |
Investigating Inter- and Intrasample Diversity of Single-Cell RNA Sequencing Datasets
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-0849-4_10
PMID:32926367
|
研究论文 | 本文提供了一个实用指南，用于计算单细胞RNA测序数据集的样本间和样本内多样性指标 | 将统计学和生态学中常用的多样性指标应用于单细胞分辨率下样本异质性的量化和比较 | NA | 探讨肿瘤异质性的来源及其对不良结果的影响 | 单细胞RNA测序数据集的样本间和样本内多样性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个不同样本 |
| 2850 | 2024-08-09 |
In Vivo Generation of Lung and Thyroid Tissues from Embryonic Stem Cells Using Blastocyst Complementation
2021-02-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.201909-1836OC
PMID:32877203
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研究论文 | 本文通过胚胎互补技术，利用胚胎干细胞在体内生成肺和甲状腺组织 | 首次通过定向分化胚胎干细胞生成包含气道、肺泡、血管和基质的肺功能组织 | 技术挑战限制了生成高度分化的细胞以维持肺功能 | 探索胚胎干细胞在体内生成肺组织的能力 | 胚胎干细胞和缺乏肺组织的胚胎 | NA | NA | 胚胎互补技术 | NA | 单细胞RNA测序 | 使用了正常的小鼠胚胎干细胞和缺乏肺组织的胚胎 |
| 2851 | 2024-08-09 |
Effects of vitrification and cryostorage duration on single-cell RNA-Seq profiling of vitrified-thawed human metaphase II oocytes
2021-Feb, Frontiers of medicine
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11684-020-0792-7
PMID:32876878
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研究论文 | 研究玻璃化和冷冻储存时间对人类中期II期卵母细胞单细胞RNA-Seq分析的影响 | 首次探讨了玻璃化程序和相关冷冻储存时间对人类中期II期卵母细胞转录组的影响 | 样本量较小，仅涉及四名女性，可能影响结果的普遍性 | 探究玻璃化程序及其冷冻储存时间对人类卵母细胞转录组的影响 | 人类中期II期卵母细胞 | NA | NA | 单细胞RNA-Seq | NA | RNA-Seq数据 | 共分析了3个新鲜卵母细胞和13个存活下来的玻璃化解冻卵母细胞 |
| 2852 | 2024-08-09 |
Systematic determination of the mitochondrial proportion in human and mice tissues for single-cell RNA-sequencing data quality control
2021-05-17, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa751
PMID:32840568
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研究论文 | 本文系统分析了1,349个注释数据集中的人和鼠组织单细胞RNA测序数据，以确定线粒体比例作为质量控制指标的适用性 | 提出了针对人和鼠不同组织的新线粒体比例参考值，并建议重新考虑人类组织中线粒体比例5%的阈值 | 未充分评估统一阈值在不同物种、单细胞技术、组织和细胞类型中的有效性 | 评估线粒体比例作为单细胞RNA测序数据质量控制指标的适用性 | 人和鼠的组织单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5,530,106个细胞，来自1,349个注释数据集 |
| 2853 | 2024-08-09 |
STACAS: Sub-Type Anchor Correction for Alignment in Seurat to integrate single-cell RNA-seq data
2021-05-05, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa755
PMID:32845323
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研究论文 | STACAS是一种计算方法，用于在Seurat环境中识别整合锚点，优化了仅共享部分细胞类型的单细胞RNA-seq数据集的整合 | 通过纠正批次效应同时保留跨数据集的相关生物变异性、使用定量距离度量过滤异常整合锚点以及构建最优引导树进行整合，STACAS能够准确对齐仅部分重叠细胞群体的scRNA-seq数据集 | NA | 开发一种新的计算方法，用于优化单细胞RNA-seq数据集的整合 | 单细胞RNA-seq数据集的整合锚点识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 2854 | 2024-08-09 |
Reinvigorating exhausted CD8+ cytotoxic T lymphocytes in the tumor microenvironment and current strategies in cancer immunotherapy
2021-01, Medicinal research reviews
IF:10.9Q1
DOI:10.1002/med.21727
PMID:32844499
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综述 | 本文综述了肿瘤微环境中耗竭的CD8+细胞毒性T淋巴细胞的激活以及当前癌症免疫治疗策略 | 探讨了CD8 T细胞耗竭的内在和外在机制，并利用单细胞RNA测序或质谱流式细胞术（CyTOF）描绘了转录和表观遗传景观 | 尽管免疫治疗在癌症患者中显示出益处，但仍需努力完全规避耗竭T细胞在治疗中的局限性 | 旨在探讨和描述基于免疫治疗激活耗竭CD8 T细胞的假设性治疗途径 | 肿瘤微环境中耗竭的CD8+细胞毒性T淋巴细胞 | 免疫治疗 | 癌症 | 单细胞RNA测序，质谱流式细胞术（CyTOF） | NA | 转录和表观遗传数据 | NA |
| 2855 | 2024-08-09 |
LncAS2Cancer: a comprehensive database for alternative splicing of lncRNAs across human cancers
2021-05-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa179
PMID:32820322
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研究论文 | 本文开发了一个名为LncAS2Cancer的综合数据库，收集了大量RNA测序和单细胞RNA测序样本，涵盖超过30种癌症类型，用于研究长链非编码RNA（lncRNA）在癌症中的选择性剪接模式。 | LncAS2Cancer数据库首次专注于癌症相关lncRNA的选择性剪接，提供了丰富的剪接模式和注释信息，有助于识别新的癌症相关lncRNA异构体。 | NA | 开发一个全面的数据库，以研究lncRNA在人类癌症中的选择性剪接模式及其功能影响。 | lncRNA的选择性剪接模式及其在人类癌症中的功能角色。 | NA | 癌症 | RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 5335个大量RNA测序样本和1826个单细胞RNA测序样本 |
| 2856 | 2024-08-09 |
FOXI1 expression in chromophobe renal cell carcinoma and renal oncocytoma: a study of The Cancer Genome Atlas transcriptome-based outlier mining and immunohistochemistry
2021-Apr, Virchows Archiv : an international journal of pathology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s00428-020-02900-x
PMID:32812119
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研究论文 | 本研究利用The Cancer Genome Atlas（TCGA）的转录组数据，结合基因表达综合数据库和单细胞RNA测序数据，分析了FOXI1在正常肾组织和不同肾肿瘤中的mRNA表达，并通过免疫组化验证了FOXI1在肾间介细胞（ICs）、透明细胞癌（chRCC）和肾嗜酸细胞瘤（RO）中的表达水平。 | 首次详细研究了FOXI1在肾肿瘤中的表达模式，并发现其在ICs、chRCCs和ROs中的显著上调表达，表明FOXI1可能是IC相关肿瘤的潜在生物标志物。 | 研究主要基于TCGA数据库和有限的组织样本，可能存在样本选择偏倚。 | 探讨FOXI1在肾肿瘤中的表达及其作为诊断标志物的潜力。 | FOXI1在正常肾组织和不同肾肿瘤中的mRNA表达及免疫组化染色。 | 数字病理学 | 肾癌 | 转录组分析、免疫组化 | NA | 基因表达数据、组织切片图像 | 367例不同类型的肾肿瘤组织 |
| 2857 | 2024-08-09 |
Inferring cancer progression from Single-Cell Sequencing while allowing mutation losses
2021-04-20, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa722
PMID:32805010
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research paper | 本文介绍了一种基于模拟退火的新方法Simulated Annealing Single-Cell inference (SASC)，用于从单细胞测序数据中推断癌症进展，并引入了一种允许有限突变损失的Dollo-k模型 | 提出了一种新的基于模拟退火的SASC方法，并引入了允许有限突变损失的Dollo-k模型 | NA | 开发一种新的计算方法，用于从单细胞测序数据中推断癌症进展，并允许突变损失 | 单细胞测序数据中的癌症进展推断 | digital pathology | NA | 单细胞测序(SCS) | 模拟退火 | 单细胞测序数据 | NA |
| 2858 | 2024-08-09 |
Discovering a sparse set of pairwise discriminating features in high-dimensional data
2021-04-19, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa690
PMID:32730566
|
研究论文 | 本文提出了一种无监督方法，用于在高维数据中识别定义低维子空间的关键特征，以进行有效的聚类分析 | 本文创新地提出了一种基于特征选择的无监督方法，用于在低维空间中揭示数据点的线性可分性 | NA | 旨在从高维生物数据中提取有意义的特征，以促进对生物过程的深入理解 | 单细胞RNA测序数据中的关键转录因子 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据点 | 409个总转录因子中的27个关键转录因子 |
| 2859 | 2024-08-09 |
netAE: semi-supervised dimensionality reduction of single-cell RNA sequencing to facilitate cell labeling
2021-04-09, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa669
PMID:32726427
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研究论文 | 本文提出了一种半监督的单细胞RNA测序数据降维方法netAE，以促进细胞标记 | netAE方法在少量标记样本的情况下，仍能实现高分类准确度，并保持原始空间的相似性结构 | NA | 旨在通过半监督方法改进细胞标记流程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 网络增强自编码器（netAE） | RNA测序数据 | 三个公共数据集 |
| 2860 | 2024-08-09 |
Dynamics of B-cell repertoires and emergence of cross-reactive responses in COVID-19 patients with different disease severity
2021-Apr-06, ArXiv
PMID:32699813
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研究论文 | 本研究通过高通量测序技术分析了COVID-19患者在感染期间多个时间点的B细胞受体（BCR）库，以了解不同疾病严重程度下的B细胞反应特征 | 首次详细描述了COVID-19患者中B细胞受体库的整体景观，并发现了与SARS-CoV-1和SARS-CoV-2交叉反应的B细胞受体 | 研究样本量较小，仅涉及19名患者 | 探究COVID-19患者中B细胞库的动态变化及其与疾病严重程度的关系 | COVID-19患者的B细胞受体库及其对SARS-CoV-2的反应 | NA | COVID-19 | 高通量测序 | NA | 序列数据 | 19名COVID-19患者 |