单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2821	2024-08-09	Ensemble learning models that predict surface protein abundance from single-cell multimodal omics data 2021-05, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2020.10.001 PMID:33039573	研究论文	本文比较了几种基于树的集成学习方法与神经网络模型，发现集成学习通常优于神经网络，特别是随机森林（RF）表现最佳	首次系统比较了集成学习方法与神经网络在预测单细胞多模态组学数据中表面蛋白丰度的效果，并发现集成学习方法更为有效	文章未明确提及具体的局限性	探索并改进从单细胞多模态组学数据中预测蛋白质丰度的机器学习模型性能	单细胞多模态组学数据中的RNA和蛋白质丰度	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	集成学习模型，随机森林（RF）	单细胞多模态组学数据	未具体说明样本数量
2822	2024-08-09	STARCH: copy number and clone inference from spatial transcriptomics data 2021-03-09, Physical biology IF:2.0Q3 DOI:10.1088/1478-3975/abbe99 PMID:33022659	研究论文	本文介绍了一种名为STARCH的新方法，用于从空间转录组数据中推断拷贝数变异和克隆信息	STARCH方法利用肿瘤中相邻细胞可能共享相似拷贝数变异的观察结果，克服了从RNA测序数据中推断拷贝数变异的挑战	NA	开发一种新的方法来从空间转录组数据中推断肿瘤细胞的拷贝数变异	肿瘤细胞的拷贝数变异和克隆信息	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	RNA测序数据	每个点包含少量细胞的网格
2823	2024-08-09	The mononuclear phagocyte system contributes to fibrosis in post-transplant obliterans bronchiolitis 2021-03, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00344-2020 PMID:33033147	research paper	本研究使用谱系追踪工具追踪或清除异位气管移植模型中潜在的肌成纤维细胞来源，以识别移植后气道纤维闭塞的间充质细胞前体	发现受体来源的髓系祖细胞是同种异体移植后气道浸润的间充质细胞的临床相关来源，并提出针对单核吞噬细胞系统的治疗可能改善肺移植后的长期结果	NA	识别移植后气道纤维闭塞的间充质细胞前体	肌成纤维细胞的来源及其在移植后纤维化过程中的作用	NA	肺移植后闭塞性细支气管炎综合征	谱系追踪、组织学分析、共聚焦显微镜、流式细胞术、单细胞转录组分析	NA	组织样本	NA
2824	2024-08-09	Transcriptional heterogeneity of clonal plasma cells and immune evasion in immunoglobulin light chain amyloidosis 2021-Feb, International journal of hematology IF:1.7Q3 DOI:10.1007/s12185-020-03016-3 PMID:33040275	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据分析了免疫球蛋白轻链淀粉样变性（AL淀粉样变性）患者的浆细胞（PCs）的转录异质性和免疫逃避机制	发现了AL淀粉样变性患者克隆浆细胞中MHC I类分子的过度表达和自然杀伤（NK）细胞频率的显著降低	研究样本量较小，仅包括四名AL淀粉样变性患者、一名治疗后的AL患者和六名健康对照	探讨AL淀粉样变性患者浆细胞的转录异质性和免疫逃避机制	AL淀粉样变性患者的浆细胞和免疫系统	数字病理学	免疫系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	四名AL淀粉样变性患者、一名治疗后的AL患者和六名健康对照
2825	2024-08-09	Defining circulating mononuclear cells in heart failure through single-cell RNA sequencing: new insights for an old disease 2021-01-21, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaa156 PMID:33049776	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2826	2024-08-09	Integrated bulk and single-cell RNA-sequencing identified disease-relevant monocytes and a gene network module underlying systemic sclerosis 2021-01, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2020.102547 PMID:33039247	研究论文	本研究通过综合分析批量和单细胞RNA测序数据，识别了与系统性硬化症（SSc）相关的单核细胞群和一个基因网络模块	首次通过综合批量和单细胞RNA测序分析，揭示了与SSc病理生理相关的炎症基因模块和单核细胞群	研究样本仅限于日本SSc患者，可能限制了结果的普遍性	评估系统性硬化症中免疫细胞亚群的转录组扰动，并鉴定与疾病相关的基因网络模块和免疫细胞簇	系统性硬化症患者和健康对照者的免疫细胞亚群	数字病理学	系统性硬化症	RNA测序	随机森林分析	RNA	21名系统性硬化症患者和13名年龄性别匹配的健康对照者
2827	2024-08-09	A spectral clustering with self-weighted multiple kernel learning method for single-cell RNA-seq data 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa216 PMID:33003206	研究论文	提出了一种基于自加权多核学习的光谱聚类方法，用于单细胞RNA测序数据	引入自加权多核学习模型，自动选择最适合单细胞RNA测序数据的核函数，并通过多核组合直接发现数据中的分组	NA	改进单细胞RNA测序数据的距离度量方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	SVM	RNA测序数据	NA
2828	2024-08-09	A new bioinformatics tool to recover missing gene expression in single-cell RNA sequencing data 2021-04-10, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjaa053 PMID:32997747	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2829	2024-08-09	Imputing single-cell RNA-seq data by considering cell heterogeneity and prior expression of dropouts 2021-04-10, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjaa052 PMID:33002136	研究论文	本文提出了一种基于细胞亚群的有界低秩（PBLR）方法，用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失值（dropout）	PBLR方法考虑了细胞异质性和dropout率与预期表达水平之间的关系，能够有效恢复dropout事件，并提高低维表示和基因间关系的恢复	NA	旨在解决单细胞RNA测序数据分析中的计算挑战，特别是由于技术噪声导致的dropout问题	单细胞RNA测序数据中的dropout事件	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	有界低秩（PBLR）方法	单细胞RNA测序数据	涉及模拟和真实单细胞RNA测序数据集
2830	2024-08-09	The HDAC Inhibitor Domatinostat Promotes Cell-Cycle Arrest, Induces Apoptosis, and Increases Immunogenicity of Merkel Cell Carcinoma Cells 2021-04, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2020.08.023 PMID:33002502	研究论文	研究了HDAC抑制剂Domatinostat在Merkel细胞癌中的作用，包括细胞周期阻滞、诱导凋亡和增强免疫原性	Domatinostat不仅能直接抑制肿瘤生长，还能恢复MCC细胞表面的HLA I类分子表达，增强其被细胞毒性T细胞识别和清除的能力	NA	探讨Domatinostat在Merkel细胞癌中的疗效和作用机制	Merkel细胞癌	NA	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
2831	2024-08-09	Senescence of Alveolar Type 2 Cells Drives Progressive Pulmonary Fibrosis 2021-03-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202004-1274OC PMID:32991815	研究论文	研究探讨了肺泡类型2细胞衰老在特发性肺纤维化（IPF）的启动和进展中的作用，并评估了针对衰老相关通路和衰老细胞的治疗潜力。	开发了一种新型的小鼠模型，用于研究条件性肺泡类型2细胞衰老在肺纤维化中的作用，并展示了通过遗传或药物干预靶向p53激活或衰老可以阻止纤维化生成。	NA	研究肺泡类型2细胞衰老在特发性肺纤维化中的作用及其治疗潜力。	肺泡类型2细胞，特发性肺纤维化患者和对照组的肺组织。	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA	9份对照组近端和远端肺组织，11份IPF纤维化肺组织
2832	2024-08-09	Fixed single-cell RNA sequencing for understanding virus infection and host response 2021-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2020.09.17.302232 PMID:32995793	研究论文	本文介绍了一种名为FD-seq的高通量方法，用于对甲醛固定的、染色和分选的单细胞进行基于液滴的RNA测序，以理解病毒感染和宿主反应	FD-seq方法在固定和随后的细胞回收过程中保持了mRNA的完整性和相对丰度，并且检测到的基因和转录本数量比甲醇固定更多	NA	研究病毒感染和宿主反应	单细胞RNA测序技术	数字病理学	NA	RNA测序	NA	文本	NA
2833	2024-08-09	SC2disease: a manually curated database of single-cell transcriptome for human diseases 2021-01-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa838 PMID:33010177	research paper	SC2disease是一个人工 curated 的数据库，旨在为不同疾病提供各种细胞类型的基因表达谱的综合和准确资源	SC2disease数据库汇总了使用scRNA-seq技术研究人类疾病的文献数据，提供了系统性、层次化和大规模的细胞水平基因表达谱	NA	开发一个全面且准确的数据库，用于汇总和比较不同疾病、组织和细胞类型的基因表达谱	人类疾病的细胞类型特异性基因表达谱	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	基因表达矩阵	946,481个条目，对应341种细胞类型、29种组织和25种疾病
2834	2024-08-09	Model-based autoencoders for imputing discrete single-cell RNA-seq data 2021-08, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2020.09.010 PMID:32971193	研究论文	本文提出了一种基于零膨胀负二项（ZINB）模型的自编码器，用于填补离散的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的缺失值	该方法的创新点在于除了优化ZINB似然外，还通过使用Gumbel-Softmax分布显式建模导致缺失值的丢失事件，并对原始计数矩阵进行零膨胀重建优化	NA	提高离散scRNA-seq数据中缺失值的填补准确性，并增强下游分析的有效性	离散的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	自编码器	离散数据	大量
2835	2024-08-09	BP4RNAseq: a babysitter package for retrospective and newly generated RNA-seq data analyses using both alignment-based and alignment-free quantification method 2021-06-09, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa832 PMID:32976573	研究论文	本文开发了一个名为BP4RNAseq的R包，用于回顾性和新产生的RNA-seq数据分析，结合了基于比对和无比对量化的先进工具	BP4RNAseq包通过优化流程提高了RNA-seq分析的敏感性和准确性，仅需两个非技术参数即可输出六种格式的基因表达量化结果	NA	开发一个高度自动化的工具，简化RNA-seq数据分析流程	RNA-seq数据分析	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	文本	NA
2836	2024-08-09	Genes influenced by MEF2C contribute to neurodevelopmental disease via gene expression changes that affect multiple types of cortical excitatory neurons 2021-05-31, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaa213 PMID:32975584	研究论文	研究探讨了MEF2C基因在神经发育过程中的作用及其对神经发育疾病的影响	首次揭示了MEF2C影响的基因在特定类型的皮层兴奋性神经元中的表达变化，以及这些变化与神经发育疾病之间的关联	研究主要基于小鼠模型和基因组关联研究数据，可能需要进一步的人类临床研究来验证结果	探究MEF2C基因在神经发育中的作用及其对神经发育疾病的影响机制	MEF2C基因及其影响的基因在神经发育中的作用	神经科学	神经发育疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	1055个基因在小鼠大脑中的差异表达
2837	2024-08-09	Cellular heterogeneity and microenvironmental control of skin cancer 2021-05, Journal of internal medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1111/joim.13177 PMID:32976658	综述	本文综述了皮肤组织中突变细胞与其微环境之间的相互作用，探讨了维持组织稳态的关键机制以及可能导致肿瘤形成的因素	揭示了表皮（干细胞）及其微环境中的巨大细胞异质性和可塑性，以及这些细胞在预防癌症形成和恶性进展中的关键作用	NA	探讨皮肤组织中突变细胞与微环境的关系，以及如何影响肿瘤形成	皮肤组织中的突变细胞及其微环境	数字病理学	皮肤癌	单细胞转录组分析	NA	转录组	NA
2838	2024-08-09	Sympathetic Input to Multiple Cell Types in Mouse and Human Colon Produces Region-Specific Responses 2021-03, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2020.09.030 PMID:32980343	研究论文	研究探讨了交感神经对小鼠和人结肠中多种细胞类型的区域特异性调节作用及其对结肠运动模式的影响	首次确定了交感神经对肠肌神经网络大规模活动的影响，并发现交感神经递质可以调节非神经细胞（如肠神经胶质和先天免疫细胞）的活动	NA	研究交感神经后节神经元如何调节结肠功能	小鼠和人的结肠	NA	NA	免疫组织化学、光遗传学（GCaMP钙成像、通道视紫红质）、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA序列	小鼠和人的结肠样本
2839	2024-08-09	Recent developments in the pathobiology of lung myofibroblasts 2021-02, Expert review of respiratory medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1080/17476348.2021.1829972 PMID:32981357	综述	本文综述了过去五年内关于肺肌成纤维细胞的定义、起源、活性调控及靶向治疗肺纤维化的最新进展	通过改进细胞谱系特征和单细胞RNA测序技术，对肺肌成纤维细胞的起源和间质异质性有了更清晰的认识	NA	深入理解肺纤维化的发病机制并探索针对肺肌成纤维细胞的治疗策略	肺肌成纤维细胞及其在肺纤维化中的作用	NA	肺纤维化	scRNA-seq	NA	NA	NA
2840	2024-08-09	Specimen Preparation for Single-Cell Sequencing Analysis of Skeletal Cells 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0989-7_7 PMID:32979200	研究论文	本文描述了一种从骨骼组织中制备单细胞悬液的方法，以便进行单细胞测序研究	介绍了用于骨骼细胞的荧光激活细胞分选（FACS）的附加步骤，使后续的单细胞RNA测序研究能够聚焦于特定的感兴趣群体	NA	开发一种有效的方法来制备骨骼细胞的单细胞悬液，以进行单细胞测序分析	骨骼细胞及其生物学功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	NA