单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-08-05 |
Pro-cachectic factors link experimental and human chronic kidney disease to skeletal muscle wasting programs
2021-06-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI135821
PMID:34060483
|
研究论文 | 本文研究了慢性肾病与骨骼肌消耗之间的联系 | 研究揭示了激活素A在慢性肾病导致的肌肉消耗中的关键作用 | 未提及具体的临床试验数据或人类样本数量 | 探索慢性肾病与骨骼肌消耗之间的信号传递和相互作用 | 实验模型和人类慢性肾病患者的肌肉消耗机制 | 数字病理学 | 慢性肾病 | 单细胞测序 | 小鼠实验模型 | 生物样本 | 不同的小鼠模型 |
| 262 | 2024-08-05 |
Processing single-cell RNA-seq data for dimension reduction-based analyses using open-source tools
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100450
PMID:33982010
|
研究论文 | 本文展示了一个基于开源工具的单细胞RNA测序数据分析流程 | 提供了一个模块化的全数据分析流程，增强了针对不同实验系统的灵活性 | 未提供关于分析管道在不同应用场景中的性能比较 | 开发一个灵活的单细胞RNA-seq数据分析流程 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 263 | 2024-08-05 |
Pooled CRISPR-activation screening coupled with single-cell RNA-seq in mouse embryonic stem cells
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100426
PMID:33899013
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研究论文 | 本文提出了一种在小鼠胚胎干细胞中进行归并CRISPR激活筛选和单细胞RNA测序的协议 | 创新性地将归并CRISPR/Cas9筛选与单细胞RNA测序结合，实现了在细胞水平上无偏见地评估基因功能和调控 | 本文未提及具体的限制因素 | 研究目的在于识别生物过程中关键调控因子 | 研究对象为小鼠胚胎干细胞 | 数字病理学 | NA | CRISPR/Cas9，单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 264 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing of mouse islets exposed to proinflammatory cytokines
2021-06, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202000949
PMID:33883217
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研究论文 | 这篇文章探讨了小鼠胰岛在炎性细胞因子影响下的单细胞RNA测序结果 | 首次揭示了不同类型的胰岛内分泌细胞对炎性细胞因子的响应及其基因表达变化的异质性 | 主要只研究了IL-1β和IFN-γ的影响，未考虑其他可能的细胞因子 | 理解炎性细胞因子如何影响胰岛细胞的基因表达 | 小鼠胰岛的内分泌细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠胰岛样本，具体样本数未提供 |
| 265 | 2024-08-05 |
XIAP Knockdown in Alcohol-Associated Liver Disease Models Exhibits Divergent in vitro and in vivo Phenotypes Owing to a Potential Zonal Inhibitory Role of SMAC
2021, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2021.664222
PMID:34025452
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研究论文 | 研究了XIAP在酒精相关肝病模型中的功能及其相应表型差异 | 提出了SMAC在不同区域的抑制作用可能解释了XIAP缺失小鼠未出现疾病加重表型的机制 | 缺乏对XIAP缺失导致炎症反应机制的全面理解 | 探讨XIAP在酒精相关肝病发生中的作用 | 小鼠模型中XIAP基因缺失对肝脏细胞的影响 | 数字病理学 | 肝病 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 使用了多种小鼠模型 |
| 266 | 2024-08-05 |
Plasma IL-6 levels following corticosteroid therapy as an indicator of ICU length of stay in critically ill COVID-19 patients
2021-Mar-15, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-021-00429-9
PMID:33723251
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研究论文 | 该研究探讨了在重症COVID-19患者中，皮质类固醇治疗后IL-6水平与ICU住院时长之间的关系 | 首次提出了皮质类固醇后IL-6水平可能与COVID-19严重程度相关的假设 | 样本量较小，仅涉及16名患者 | 探究皮质类固醇治疗后IL-6水平在重症COVID-19患者中的作用 | 重症COVID-19患者，特别是接受类固醇治疗的患者 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 生物样本（平行组织扫描的细胞数据） | 16名重症患者接受治疗，41名未接受治疗的患者 |
| 267 | 2024-08-05 |
Transcriptional heterogeneity and tightly regulated changes in gene expression during Plasmodium berghei sporozoite development
2021-03-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2023438118
PMID:33653959
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研究论文 | 这篇文章研究了疟原虫孢子虫发育过程中的转录异质性和基因表达变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示孢子虫发育中的基因表达调控及其异质性 | 尚未深入研究环境因素对孢子虫发育的具体影响 | 探讨疟原虫孢子虫在蚊子中的发育机制 | 研究了从中肠包囊到唾液腺发育过程中的16038个孢子虫的基因表达谱 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 16038个孢子虫样本 |
| 268 | 2024-08-05 |
Investigation of Drosophila fruitless neurons that express Dpr/DIP cell adhesion molecules
2021-02-22, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.63101
PMID:33616528
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研究论文 | 研究表达Dpr/DIP细胞粘附分子的果蝇fruitless神经元的功能和特征 | 通过对基因组研究的重新分析，发现对性别特异性行为的神经元形态和细胞数量存在性别二态性 | 未详细介绍实验样本和研究方法的局限性 | 探讨fruitless神经元在果蝇交配行为中的作用 | Drosophila的fruitless神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 269 | 2024-08-05 |
Single-cell damagenome profiling unveils vulnerable genes and functional pathways in human genome toward DNA damage
2021-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abf3329
PMID:34215579
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研究论文 | 本研究报告了一种新型的单细胞全基因组扩增方法，可以有效捕获单细胞中的自发DNA损伤 | 首次引入了损伤相关的单核苷酸变异（damSNVs）及其整个基因组分布概念 | 未在其他细胞类型中验证该方法的广泛应用性 | 探讨DNA损伤在人体基因组中的脆弱基因和功能通路 | 单个人类神经元以及与阿尔茨海默病和自闭症谱系障碍相关的基因 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病，自闭症谱系障碍 | 单细胞全基因组扩增（LCS-WGA） | NA | 基因组数据 | 单个人类神经元 |
| 270 | 2024-08-05 |
CHARTS: a web application for characterizing and comparing tumor subpopulations in publicly available single-cell RNA-seq data sets
2021-Feb-23, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04021-x
PMID:33622236
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为CHARTS的网络应用程序，可用于描述和比较公开可用的单细胞RNA-seq数据集中的肿瘤亚群 | CHARTS提供了一种新的方式，以便于对单细胞肿瘤亚群的基因表达、细胞类型和癌症状态进行深入分析 | 该研究未详细讨论应用程序的使用限制和数据集的质量控制问题 | 旨在提供一种工具，以更好地理解肿瘤异质性的机制 | 公开可用的单细胞RNA-seq肿瘤数据集 | 数字病理学 | 癌症 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 271 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptional profiling of human thymic stroma uncovers novel cellular heterogeneity in the thymic medulla
2021-02-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-21346-6
PMID:33597545
|
研究论文 | 该文章揭示了人类胸腺基质的细胞异质性及其在免疫耐受中的作用 | 使用单细胞RNA测序技术全面剖析胸腺基质的细胞异质性，并发现新型细胞群体和潜在的关键调节因子 | 研究局限于单细胞RNA测序数据，未涵盖更广泛的生理和病理状态 | 旨在理解人类胸腺细胞的多样性及其对免疫系统发展的影响 | 重点研究人类胸腺基质及其各个发展阶段的细胞群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 272 | 2024-08-05 |
Whole-body senescent cell clearance alleviates age-related brain inflammation and cognitive impairment in mice
2021-02, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.13296
PMID:33470505
|
研究论文 | 本研究探讨了清除衰老细胞对小鼠年龄相关脑部炎症和认知障碍的影响 | 研究证实了衰老细胞清除可以改善老年小鼠的认知功能 | 研究主要基于小鼠模型，缺乏对人类的直接验证 | 调查衰老细胞清除是否能缓解衰老过程中的认知功能障碍 | 研究对象为年轻和老年小鼠的海马细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | INK-ATTAC小鼠模型 | RNA数据 | 包括年轻和老年小鼠的多个样本 |
| 273 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals cellular and molecular immune profile in a Pembrolizumab-responsive PD-L1-negative lung cancer patient
2021-Aug, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-021-02848-0
PMID:33506299
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了一例Pembrolizumab反应的PD-L1阴性肺癌患者的细胞和分子免疫特征 | 首次在PD-L1阴性患者中识别与PD-1阻断相关的新细胞特征和潜在的预测标记 | 样本量有限，可能不足以广泛推广发现的应用 | 探索PD-L1阴性肺癌患者在Pembrolizumab治疗中的细胞及分子特征 | PD-L1阴性肺癌患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 16个细胞簇中的3423个细胞 |
| 274 | 2024-08-05 |
Cryopreservation of microglia enables single-cell RNA sequencing with minimal effects on disease-related gene expression patterns
2021-Apr-23, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102357
PMID:33870145
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研究论文 | 本文研究了冷冻保存小胶质细胞对单细胞RNA测序的影响 | 探索了冷冻保存小胶质细胞的使用，证明其在单细胞RNA测序中具有良好的适用性 | 未明确指出冷冻保存对其他细胞类型的影响 | 研究冷冻保存小胶质细胞对疾病相关基因表达模式的影响 | 冷冻保存的小胶质细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 使用了配对的新鲜和冷冻保存的小胶质细胞样本 |
| 275 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels tumour heterogeneity plus M2-like tumour-associated macrophage infiltration and aggressiveness in TNBC
2021-Jan, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-020-02669-7
PMID:32681241
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研究论文 | 本研究分析了三阴性乳腺癌中的肿瘤异质性和M2型肿瘤相关巨噬细胞浸润及其侵袭性 | 结合单细胞和整体组织转录组分析揭示了肿瘤异质性和免疫微环境与临床结果之间的关联 | 研究的局限性未在摘要中明确提及 | 探索三阴性乳腺癌中肿瘤异质性及M2型肿瘤相关巨噬细胞的作用 | 三阴性乳腺癌患者的肿瘤细胞和肿瘤浸润的免疫细胞 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序和整体RNA测序 | 随机森林和支持向量机（SVM），深度学习神经网络 | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 276 | 2024-08-07 |
TIMEx: tumor-immune microenvironment deconvolution web-portal for bulk transcriptomics using pan-cancer scRNA-seq signatures
2021-Oct-25, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab244
PMID:33901274
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研究论文 | 本文介绍了TIMEx，一种新的肿瘤免疫微环境（TIME）反卷积方法，用于使用泛癌单细胞RNA-seq特征的批量转录组学估计浸润性免疫细胞 | 开发了TIMEx，一种新的TIME反卷积方法，强调使用泛癌单细胞RNA-seq特征估计浸润性免疫细胞 | NA | 开发和实现一种新的肿瘤免疫微环境反卷积方法 | 肿瘤免疫微环境中的异质细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 反卷积方法 | 转录组数据 | NA |
| 277 | 2024-08-07 |
Antibiotic-induced disturbances of the gut microbiota result in accelerated breast tumor growth
2021-Sep-24, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103012
PMID:34522855
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研究论文 | 本研究探讨了抗生素引起的肠道微生物群失调对乳腺癌肿瘤生长的影响 | 发现抗生素诱导的肠道微生物群扰动显著加速了多个乳腺癌小鼠模型的肿瘤进展，并揭示了乳腺癌与微生物群相互作用的新机制 | NA | 研究肠道微生物群在乳腺癌进展中的作用 | 乳腺癌小鼠模型及肠道微生物群 | NA | 乳腺癌 | 宏基因组学, 单细胞转录组学 | NA | 微生物群数据, 细胞转录数据 | 多个乳腺癌小鼠模型 |
| 278 | 2024-08-07 |
Deconvolution Tactics and Normalization in Renal Spatial Transcriptomics
2021, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2021.812947
PMID:35095570
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综述 | 本文综述了2021年印第安纳州O'Brien显微镜中心研讨会上讨论的各种去卷积策略，并探讨了肾空间转录组学中的归一化和批次效应校正应用。 | 介绍了Seurat转移评分方法、SPOTlight、鲁棒细胞类型分解和BayesSpace等独特的去卷积技术。 | 文中提到的空间基因表达平台尚未达到单细胞分辨率。 | 探讨肾空间转录组学中的去卷积策略和归一化方法。 | 肾组织中的异质细胞群及其在空间转录组学中的表达特征。 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 279 | 2024-08-07 |
Silencing Myeloid Netrin-1 Induces Inflammation Resolution and Plaque Regression
2021-08-20, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.121.319313
PMID:34289717
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研究论文 | 本文研究了通过沉默髓系细胞中的Netrin-1来减少动脉粥样硬化心血管疾病风险，并促进斑块消退的方法。 | 本文首次探讨了通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退的新策略。 | NA | 研究如何通过靶向Netrin-1来改善动脉粥样硬化炎症和促进斑块消退。 | 研究对象包括转基因小鼠和其动脉粥样硬化斑块。 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括转基因小鼠和对照小鼠，具体数量未详细说明。 |
| 280 | 2024-08-07 |
Dhaka: variational autoencoder for unmasking tumor heterogeneity from single cell genomic data
2021-Jul-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz095
PMID:30768159
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研究论文 | 本文介绍了一种名为'Dhaka'的变分自编码器方法，用于从单细胞基因组数据中揭示肿瘤异质性 | 提出了一种新的变分自编码器方法，能够将单细胞基因组数据转换为更有效的降维特征空间，以区分隐藏的肿瘤亚群 | NA | 旨在通过单细胞测序数据揭示肿瘤内部的异质性 | 单细胞基因组数据中的肿瘤细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞测序（scDNA-Seq和scRNA-Seq） | 变分自编码器（VAE） | 基因组数据 | 测试数据集包括合成数据和六个单细胞癌症数据集，每个样本的细胞数量从250到6000不等 |