单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 2761 - 2780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2761 | 2024-08-09 |
A `one-two punch' therapy strategy to target chemoresistance in estrogen receptor positive breast cancer
2021-Jan, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2020.100946
PMID:33221681
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研究论文 | 本研究探讨了在雌激素受体阳性（ER+）转移性乳腺癌中，化疗后出现的耐药亚克隆中癌症干细胞样（CSL）细胞的增加情况，并研究了组蛋白去乙酰化酶（HDAC）抑制剂在逆转这种耐药性中的作用 | 本研究首次展示了HDAC抑制剂在阻止化疗诱导的耐药性表型中的作用，并提出了‘一石二鸟’的治疗策略 | NA | 研究HDAC抑制剂在逆转ER+乳腺癌化疗耐药性中的作用 | 雌激素受体阳性（ER+）转移性乳腺癌细胞 | NA | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 患者样本 |
| 2762 | 2024-08-09 |
FunRes: resolving tissue-specific functional cell states based on a cell-cell communication network model
2021-07-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa283
PMID:33179736
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FunRes的计算方法，用于识别组织特异性的功能细胞状态，该方法基于单细胞RNA测序数据重建细胞间通信网络，进而划分细胞类型为功能细胞状态 | FunRes能够识别现有计算工具无法再现的各种细胞类型的已知功能细胞状态 | NA | 开发一种新的计算方法来识别组织特异性的功能细胞状态 | 177种细胞类型在10种不同组织中的功能细胞状态 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 细胞间通信网络模型 | 单细胞RNA测序数据 | 177种细胞类型在10种不同组织中 |
| 2763 | 2024-08-09 |
Are dropout imputation methods for scRNA-seq effective for scHi-C data?
2021-07-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa289
PMID:33201180
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研究论文 | 本文探讨了将单细胞RNA测序（scRNA-seq）的缺失值插补方法应用于单细胞Hi-C（scHiC）数据的有效性 | 本文首次将scRNA-seq的插补方法应用于scHiC数据，并评估了其在识别结构零和插补缺失值方面的效果 | 文章未提及具体的局限性 | 研究目的是评估scRNA-seq插补方法在scHiC数据中的应用效果 | 研究对象是scHiC数据中的缺失值和结构零 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scHiC | NA | 基因组数据 | 文章未提及具体的样本数量 |
| 2764 | 2024-08-09 |
An extracellular vesicle-related gene expression signature identifies high-risk patients in medulloblastoma
2021-04-12, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaa254
PMID:33175161
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研究论文 | 本研究旨在通过单细胞转录组学、细胞培养模型和生物物理方法等技术，探索髓母细胞瘤（MB）中的细胞间通讯，并识别与高风险患者相关的基因表达特征。 | 本研究发现了与髓母细胞瘤高风险患者相关的新型基因表达特征EVS，具有较高的预后意义。 | NA | 研究髓母细胞瘤的转录组景观，并识别高风险患者的基因表达特征。 | 髓母细胞瘤及其亚组的肿瘤细胞和患者样本。 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞转录组学、纳米粒子跟踪分析、电子显微镜 | NA | 基因表达数据 | 大规模患者样本 |
| 2765 | 2024-08-09 |
A Hierarchy of Proliferative and Migratory Keratinocytes Maintains the Tympanic Membrane
2021-02-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.10.006
PMID:33181078
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、谱系追踪、全器官移植和活细胞成像技术，揭示了鼓膜表皮与其他表皮部位不同的稳态机制，并展示了鼓膜表皮中多个角质形成细胞群体的三维层次结构。 | 首次揭示了鼓膜表皮的稳态机制，包括其独特的三维层次结构和角质形成细胞的定向侧向迁移。 | NA | 研究鼓膜表皮的稳态机制及其在鼓膜疾病中的作用。 | 鼓膜表皮中的角质形成细胞及其稳态机制。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 2766 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome analyses reveal heterogeneity in suspension cultures and clonal markers of CHO-K1 cells
2021-02, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.27624
PMID:33179258
|
研究论文 | 本研究探讨了高细胞密度悬浮培养中CHO-K1细胞转录组的异质性及其与细胞周期的关系 | 首次揭示了高细胞密度悬浮培养中CHO-K1细胞转录组的异质性，并开发了一种线粒体全基因组单细胞测序方法用于验证细胞克隆性 | 研究未发现细胞周期依赖性亚群和细胞簇，且观察到的细胞异质性增加未见减弱 | 探究高细胞密度悬浮培养中细胞转录组的异质性及其与细胞周期的关系 | CHO-K1细胞在高细胞密度悬浮培养中的转录组异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序，线粒体全基因组单细胞测序 | NA | 转录组数据，线粒体基因组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 2767 | 2024-08-09 |
Characterization of sheep spermatogenesis through single-cell RNA sequencing
2021-02, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202001035RRR
PMID:33197070
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术全面无偏地分析了绵羊精子发生过程中的细胞转录水平变化 | 首次对绵羊精子发生进行了全面的单细胞转录组研究，并意外发现了一种含有白细胞的体细胞 | NA | 探索绵羊精子发生过程中不同细胞类型的转录水平变化 | 绵羊的精子发生过程及其细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从成年绵羊睾丸中收集了11,772个细胞 |
| 2768 | 2024-08-09 |
Molecular detection of maturation stages in the developing kidney
2021-02, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2020.11.002
PMID:33197428
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠发育中肾脏的不同阶段，以确定肾脏发育阶段的分子标志 | 首次使用单细胞RNA测序技术来确定肾脏发育阶段的分子标志，并应用于体外培养的肾脏类器官 | 当前的类器官仍然不成熟，且其精确的成熟阶段难以确定 | 建立与肾脏发育阶段相关的分子坐标 | 小鼠发育中肾脏的不同阶段 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 不同发育阶段的小鼠肾脏样本 |
| 2769 | 2024-08-09 |
TISCH: a comprehensive web resource enabling interactive single-cell transcriptome visualization of tumor microenvironment
2021-01-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa1020
PMID:33179754
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research paper | 本文介绍了Tumor Immune Single Cell Hub (TISCH)，一个大规模的单细胞转录组数据库，整合了来自27种癌症类型的近200万个细胞的单细胞转录组数据。 | TISCH提供了一个用户友好的界面，用于系统地可视化、搜索和下载肿瘤微环境中的基因表达图谱，支持跨多个数据集的单细胞或集群级别的交互式基因表达可视化。 | NA | 旨在通过整合和利用大量已发表的单细胞RNA-seq数据集，为免疫治疗提供信息支持。 | 肿瘤微环境中的免疫系统异质性。 | digital pathology | NA | single-cell RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 近200万个细胞，来自76个高质量肿瘤数据集 |
| 2770 | 2024-08-09 |
Spatiotemporal sequence of mesoderm and endoderm lineage segregation during mouse gastrulation
2021-01-07, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.193789
PMID:33199445
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研究论文 | 本文研究了小鼠原条期间中胚层和内胚层谱系分离的时空序列 | 结合遗传命运标记和成像方法与单细胞RNA测序(scRNA-seq)来追踪转录身份并定义细胞类型的谱系轨迹 | NA | 探索小鼠胚胎原条期间中胚层和内胚层谱系分离的精确时空模式和分子细节 | 小鼠胚胎中的中胚层和内胚层谱系 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2771 | 2024-08-09 |
VEGF-B Promotes Endocardium-Derived Coronary Vessel Development and Cardiac Regeneration
2021-01-05, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本文研究了血管内皮生长因子B（VEGF-B）在心脏中促进源自心内膜的冠状血管发育和心脏再生的作用。 | VEGF-B在心脏发育期间促进源自心内膜的冠状血管形成，并在成年小鼠中促进心内膜下心肌的血管内皮细胞增殖，以及心肌梗死后心脏组织的结构和功能恢复。 | NA | 研究VEGF-B在心脏中对冠状血管发育和心脏再生的影响。 | VEGF-B在心脏中的作用及其对冠状血管发育和心脏再生的影响。 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 基因转移，细胞周期标记，流式细胞术，组织学，免疫组织化学，生物化学方法，单细胞RNA测序，生物信息学分析，微型计算机断层扫描，荧光和示踪剂介导的血管灌注成像分析。 | NA | 图像 | 使用表达VEGF-B转基因的小鼠和大鼠，VEGF-B基因敲除的小鼠和大鼠，以及成年小鼠中的病毒载体介导的VEGF-B基因转移。 |
| 2772 | 2024-08-09 |
Decoding myofibroblast origins in human kidney fibrosis
2021-01, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2941-1
PMID:33176333
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，分析了健康和纤维化人肾脏近端和非近端小管细胞的转录组，以高分辨率绘制了整个人肾脏的细胞图谱，并识别了在人肾脏纤维化过程中形成瘢痕的主要细胞来源。 | 首次通过单细胞RNA测序和时空转录组学技术，高分辨率地揭示了人肾脏纤维化中肌成纤维细胞的起源和分化过程，并鉴定了潜在的治疗靶点NKD2。 | 研究主要基于小鼠模型和人类样本，可能存在种属差异；且未进行临床试验验证NKD2作为治疗靶点的有效性。 | 揭示人肾脏纤维化中肌成纤维细胞的起源和分化机制，并寻找潜在的治疗靶点。 | 人肾脏纤维化中的肌成纤维细胞及其前体细胞。 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 时空转录组学 | NA | 转录组数据 | 健康和纤维化人肾脏的近端和非近端小管细胞 |
| 2773 | 2024-08-09 |
Sharing and Helping: Regularity and Characteristics of Pathogenesis of a Widely Used Transgene Initiated Murine Acute Promyelocytic Leukemia Model
2021-01-01, Stem cells and development
IF:2.5Q2
DOI:10.1089/scd.2020.0125
PMID:33176587
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研究论文 | 本文通过改进的急性早幼粒细胞白血病（APL）小鼠模型，补充了该模型发病规律和特征的数据 | 本文填补了现有文献中关于该模型发病规律和特征数据的空白 | NA | 旨在补充和完善APL小鼠模型的发病规律和特征数据 | APL小鼠模型的发病时间、潜伏期、发病率、寿命及APL细胞在外周血、脾脏、骨髓中的比例等 | NA | 急性早幼粒细胞白血病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 2774 | 2024-08-09 |
Evaluating single-cell cluster stability using the Jaccard similarity index
2021-08-09, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa956
PMID:33165513
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研究论文 | 本文介绍了一套工具，通过子采样方法评估单细胞聚类的稳定性，以指导参数选择和辅助生物学解释 | 提出了使用Jaccard相似性指数来评估单细胞聚类稳定性的方法，并开发了相应的R包和Snakemake工作流程 | 未提及 | 旨在提高单细胞RNA测序实验中聚类结果的稳定性和可解释性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNAseq) | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2775 | 2024-08-09 |
CellTalkDB: a manually curated database of ligand-receptor interactions in humans and mice
2021-07-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa269
PMID:33147626
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研究论文 | 本文介绍了一个名为CellTalkDB的手动 curated 数据库，该数据库包含了人类和小鼠中的配体-受体相互作用对 | CellTalkDB数据库不仅包含了2033对小鼠的配体-受体相互作用，还额外包含了377对人类的配体-受体相互作用，相比于现有的SingleCellSignalR资源，提供了更全面的数据 | NA | 构建一个全面的手动 curated 数据库，以帮助进一步推断和理解基于配体-受体相互作用的细胞间通信 | 人类和小鼠中的配体-受体相互作用对 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 数据库 | 3398对人类配体-受体相互作用和2033对小鼠配体-受体相互作用 |
| 2776 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics of murine mural cells reveals cellular heterogeneity
2021-Jul, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-020-1823-2
PMID:33165809
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研究论文 | 本研究利用公开的单细胞数据集GSE109774，展示了小鼠壁细胞（MCs）的转录异质性 | 首次详细研究了壁细胞的转录异质性，并通过重新聚类识别了五个不同的亚群 | NA | 揭示壁细胞的转录异质性及其在组织中的分布和相互作用 | 小鼠壁细胞（MCs） | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 使用公开数据集GSE109774 |
| 2777 | 2024-08-09 |
ILoReg: a tool for high-resolution cell population identification from single-cell RNA-seq data
2021-05-23, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa919
PMID:33151294
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研究论文 | 介绍了一种名为ILoReg的R包，用于通过单细胞RNA测序数据进行高分辨率的细胞群体识别 | ILoReg通过概率特征提取步骤和迭代聚类投影（ICP）算法，提高了对具有细微差异的细胞群体的识别能力 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据中细胞群体的识别分辨率 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 迭代聚类投影（ICP） | 转录组数据 | NA |
| 2778 | 2024-08-09 |
The Whey Acidic Protein WFDC12 Is Specifically Expressed in Terminally Differentiated Keratinocytes and Regulates Epidermal Serine Protease Activity
2021-05, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2020.09.025
PMID:33157095
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研究论文 | 本研究探讨了WFDC12蛋白在表皮角质形成细胞终末分化中的表达及其对表皮丝氨酸蛋白酶活性的调控作用 | 首次发现WFDC12在表皮角质形成细胞终末分化阶段的特异性表达，并揭示了其在调控角质层蛋白酶活性中的作用 | NA | 研究WFDC蛋白家族成员在表皮稳态中的作用 | WFDC12蛋白在人类表皮中的表达及其功能 | NA | 皮肤病 | 单细胞RNA测序，免疫金-电子显微镜 | NA | RNA | 涉及银屑病、特应性皮炎、Darier病和Netherton综合征患者的皮肤样本 |
| 2779 | 2024-08-09 |
Regulatory eosinophils induce the resolution of experimental arthritis and appear in remission state of human rheumatoid arthritis
2021-04, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2020-218902
PMID:33148700
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研究论文 | 本研究探讨了哮喘中的嗜酸性粒细胞在类风湿性关节炎（RA）中的促分解特性及其机制 | 发现了嗜酸性粒细胞的一个新亚型——调节性嗜酸性粒细胞（rEos），其在关节炎的缓解中起关键作用 | NA | 研究哮喘中的嗜酸性粒细胞在类风湿性关节炎中的促分解作用及其机制 | 嗜酸性粒细胞、类风湿性关节炎、哮喘 | 免疫学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 包括小鼠模型和人类RA患者的样本 |
| 2780 | 2024-08-09 |
Targeting fibroblast growth factor 23-responsive pathways uncovers controlling genes in kidney mineral metabolism
2021-03, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2020.10.024
PMID:33159963
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研究论文 | 本研究通过基因阵列和单细胞RNA测序技术，探索了FGF23响应途径中的调控基因，特别是在肾脏矿物质代谢中的作用 | 发现HBEGF作为FGF23下游调控基因的新角色，并通过靶向共同信号途径发挥作用 | NA | 识别可作为控制FGF23介导的矿物质代谢目标的新基因 | FGF23响应途径中的调控基因及肾脏矿物质代谢 | NA | NA | 基因阵列，单细胞RNA测序 | NA | mRNA | 野生型小鼠肾脏样本 |