单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2721	2024-08-09	FEATS: feature selection-based clustering of single-cell RNA-seq data 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa306 PMID:33285568	研究论文	本文介绍了一种基于特征选择的单细胞RNA测序数据聚类工具FEATS	FEATS采用单变量特征选择方法进行聚类，通过选择最具有信息量的特征来提高聚类性能	NA	提高单细胞RNA测序数据分析的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	多种单细胞RNA测序数据集
2722	2024-08-09	Monocyte and bone marrow macrophage transcriptional phenotypes in systemic juvenile idiopathic arthritis reveal TRIM8 as a mediator of IFN-γ hyper-responsiveness and risk for macrophage activation syndrome 2021-05, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/annrheumdis-2020-217470 PMID:33277241	研究论文	本研究探讨了系统性幼年特发性关节炎（SJIA）中循环单核细胞和骨髓巨噬细胞的转录表型，并揭示了TRIM8作为IFN-γ过度反应的中介和巨噬细胞激活综合征（MAS）的风险因素。	本研究首次识别了SJIA中单核细胞和骨髓巨噬细胞的转录表型，并发现TRIM8在IFN-γ信号传导中的重要作用，为理解SJIA中的MAS提供了新的分子机制和潜在治疗靶点。	研究仅使用了26名SJIA患者的单核细胞和1名患者的骨髓巨噬细胞进行分析，样本量较小，可能影响结果的普遍性。	识别SJIA中循环单核细胞和骨髓巨噬细胞的极化表型，并探索IFN-γ反应的分子特征。	系统性幼年特发性关节炎（SJIA）患者的单核细胞和骨髓巨噬细胞。	数字病理学	幼年特发性关节炎	RNA测序	NA	RNA	26名SJIA患者的单核细胞和1名患者的骨髓巨噬细胞
2723	2024-08-09	Stem cell-intrinsic mechanisms regulating adult hair follicle homeostasis 2021-04, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.14251 PMID:33278851	研究论文	本文聚焦于成体毛囊干细胞（HFSCs）内在机制在毛囊稳态中的调节作用	讨论了单细胞RNA测序和活体成像等技术进步，揭示了HFSC及其前体细胞的异质性，并增进了对HFSC与微环境间交流的理解	NA	探讨HFSC内在机制在成体皮肤稳态中的作用	成体毛囊干细胞及其在毛发生长和皮肤伤口愈合中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序，活体成像	NA	RNA	NA
2724	2024-08-09	Melatonin improves the effect of cryopreservation on human oocytes by suppressing oxidative stress and maintaining the permeability of the oolemma 2021-Mar, Journal of pineal research IF:8.3Q1 DOI:10.1111/jpi.12707 PMID:33274466	research paper	本研究探讨了褪黑素（MLT）通过抑制氧化应激和维持卵母细胞膜通透性来改善人类卵子冷冻保存效果的作用	首次报道了褪黑素在人类卵子冷冻保存中的应用，通过抑制氧化应激和维持卵母细胞膜通透性来提高卵子的发育能力	研究仅限于体外成熟的卵子，未涉及体内环境的影响	研究褪黑素对人类卵子冷冻保存效果的影响	体外成熟的卵子	NA	NA	荧光染色、单细胞RNA测序、免疫荧光	NA	卵子	随机分为新鲜组、MLT处理冷冻保存组（MC组）和无MLT处理冷冻保存组（NC组），每组包含10 μM、100 μM、1 mM和10 mM的MLT处理子组
2725	2024-08-09	Similarities between bovine and human germline development revealed by single-cell RNA sequencing 2021-03, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-20-0313 PMID:33275120	研究论文	通过单细胞RNA测序、定量实时PCR和免疫荧光分析，研究了牛和人类原始生殖细胞在生殖腺发育初期的分子特征	揭示了牛和人类原始生殖细胞在基因表达和分化模式上的相似性	NA	评估牛原始生殖细胞在生殖腺发育初期的分子特征	牛和人类的原始生殖细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	40至90天胎龄的牛胎儿生殖腺
2726	2024-08-09	Highly sensitive spatial transcriptomics at near-cellular resolution with Slide-seqV2 2021-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0739-1 PMID:33288904	研究论文	本文介绍了Slide-seqV2技术，该技术通过改进文库生成、珠子合成和阵列索引，实现了接近单细胞分辨率的高灵敏度空间转录组学分析	Slide-seqV2的RNA捕获效率提高了约50%，接近基于液滴的单细胞RNA-seq技术的检测效率	NA	旨在提高空间转录组学技术的灵敏度和分辨率，以更好地理解组织形成和功能	研究对象包括小鼠海马体中的神经元和新生小鼠大脑皮层的时空发育	空间转录组学	NA	Slide-seqV2	NA	转录组数据	涉及小鼠海马体和新生小鼠大脑皮层的样本
2727	2024-08-09	Cyclophosphamide and Vinorelbine Activate Stem-Like CD8+ T Cells and Improve Anti-PD-1 Efficacy in Triple-Negative Breast Cancer 2021-02-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-1818 PMID:33268528	研究论文	研究通过使用三阴性乳腺癌模型，探讨了环磷酰胺、检查点抑制剂和长春瑞滨联合治疗对肿瘤内免疫环境的影响	该研究首次展示了环磷酰胺、检查点抑制剂和长春瑞滨联合治疗能够激活抗原呈递细胞，增加肿瘤内Tcf1干细胞样CD8 T细胞，并促进前体耗竭CD8 T细胞的增加	研究主要在动物模型中进行，需要进一步的临床试验验证其疗效	探讨环磷酰胺、检查点抑制剂和长春瑞滨联合治疗在三阴性乳腺癌中的免疫调节作用	三阴性乳腺癌模型中的免疫细胞和肿瘤生长	肿瘤学	乳腺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	超过50,000个肿瘤内免疫细胞
2728	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq revealed profound immune alteration in the peripheral blood of patients with bacterial infection 2021-Feb, International journal of infectious diseases : IJID : official publication of the International Society for Infectious Diseases IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.ijid.2020.11.205 PMID:33278616	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了细菌感染患者外周血中免疫细胞的变化	开发了名为PBMCode的条形码分析框架，揭示了细菌感染下外周血中免疫细胞群和细胞状态的详细变化	需要在未来研究中进一步关注宿主对细菌感染反应的复杂性	更好地理解人类宿主对细菌感染的反应，以改善人类健康	细菌感染患者外周血中的免疫细胞	NA	细菌感染	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	外周血单个核细胞（PBMCs）
2729	2024-08-09	Gene Regulatory Network Analysis and Engineering Directs Development and Vascularization of Multilineage Human Liver Organoids 2021-01-20, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2020.11.002 PMID:33290741	研究论文	本文展示了通过整合分析和工程化基因调控网络（GRNs）在多谱系人肝类器官中指导成熟和血管形态发生的方法	通过过表达PROX1和ATF5，结合靶向CRISPR介导的转录激活内源性CYP3A4，重新编程组织GRN，改善了原生肝功能	NA	研究如何通过基因调控网络的分析和工程化促进人肝类器官的发育和血管化	多谱系人肝类器官	NA	NA	CRISPR	NA	RNA-seq	NA
2730	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of human breast tumour-infiltrating immune cells reveals a γδ T-cell subtype associated with good clinical outcome 2021-01, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202000680 PMID:33268347	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了人类乳腺癌肿瘤浸润性免疫细胞中的γδ T细胞亚型，发现一种与良好临床结果相关的γδ T细胞亚型	本研究首次在乳腺癌肿瘤中鉴定出一种与改善总体癌症生存率相关的γδ T细胞亚型	NA	探索γδ T细胞在癌症免疫治疗中的潜在应用	人类乳腺癌肿瘤浸润性γδ T细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	健康成人供体的外周血γδ T细胞和乳腺癌患者的肿瘤活检样本
2731	2024-08-09	Analysis of canine myeloid-derived suppressor cells (MDSCs) utilizing fluorescence-activated cell sorting, RNA protection mediums to yield quality RNA for single-cell RNA sequencing 2021-Jan, Veterinary immunology and immunopathology IF:1.4Q2 DOI:10.1016/j.vetimm.2020.110144 PMID:33278779	研究论文	本研究通过荧光激活细胞分选（FACS）和RNA保护介质优化犬类髓源抑制细胞（MDSC）的单细胞RNA测序	本研究优化了MDSC的FACS分选策略，并使用了RiboLock™和RNAlater™来保护RNA质量，提高了RNA完整性，从而改善了单细胞RNA测序的数据质量	由于正常样本中细胞数量较少，未进行进一步的通路分析	优化犬类MDSC的FACS分选和RNA保护方法，以提高单细胞RNA测序的数据质量	犬类髓源抑制细胞（MDSC）	数字病理学	口腔黑色素瘤	荧光激活细胞分选（FACS），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	两个样本，一个来自正常犬，另一个来自未治疗的口腔黑色素瘤犬
2732	2024-08-09	Single-cell analysis reveals the purification and maturation effects of glucose starvation in hiPSC-CMs 2021-01-01, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2020.11.076 PMID:33279112	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了葡萄糖饥饿对人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞（hiPSC-CMs）纯化和成熟的影响。	首次全面评估了葡萄糖饥饿对hiPSC-CMs转录异质性的影响，并揭示了其对心肌细胞纯化和成熟的作用。	NA	探讨葡萄糖饥饿处理对hiPSC-CMs纯化和成熟的影响。	人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞（hiPSC-CMs）。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
2733	2024-08-09	Diversification of molecularly defined myenteric neuron classes revealed by single-cell RNA sequencing 2021-01, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-020-00736-x PMID:33288908	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，在小鼠小肠的肠神经系统（ENS）中定义了12种肠神经元类别的分子分类	揭示了神经元多样化的一个新原理，即通过二元神经发生分支和随后的有丝分裂后分化产生不同神经元类别	NA	探索肠神经系统中神经元类型的多样性及其在发育过程中的形成机制	小鼠小肠的肠神经系统中的神经元	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
2734	2024-08-09	Tutorial: guidelines for the computational analysis of single-cell RNA sequencing data 2021-01, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-020-00409-w PMID:33288955	教程	本文介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的计算分析流程	提供了最佳实践指南和实用指南	NA	为实验人员提供数据分析指南，为生物信息学家提供新计算方法的概述	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	大量单个细胞
2735	2024-08-09	Ultra-fast scalable estimation of single-cell differentiation potency from scRNA-Seq data 2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa987 PMID:33244588	研究论文	本文介绍了一种名为Correlation of Connectome and Transcriptome (CCAT)的单细胞分化潜能评估方法，该方法能够快速准确地处理大规模scRNA-Seq数据	CCAT方法在处理大规模数据时比现有最先进方法快100倍，且具有更高的鲁棒性和较低的计算成本	NA	开发一种快速且准确的算法来评估单细胞RNA-Seq数据中的分化潜能	单细胞RNA-Seq数据中的分化潜能	生物信息学	NA	scRNA-Seq	CCAT	RNA-Seq数据	超过200万个细胞
2736	2024-08-09	Single-cell profiling reveals the trajectories of natural killer cell differentiation in bone marrow and a stress signature induced by acute myeloid leukemia 2021-05, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-020-00574-8 PMID:33239726	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了人类骨髓中自然杀伤细胞的分化轨迹及其在急性髓系白血病中的应激反应	首次通过单细胞RNA测序技术识别了人类骨髓中的三种自然杀伤细胞亚群，并揭示了急性髓系白血病对自然杀伤细胞异质性的深刻影响	NA	探究自然杀伤细胞在骨髓中的分化轨迹及其在急性髓系白血病中的应激反应	人类骨髓中的自然杀伤细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自急性髓系白血病患者的骨髓NK细胞样本
2737	2024-08-09	Transcriptional dynamics of induced pluripotent stem cell differentiation into β cells reveals full endodermal commitment and homology with human islets 2021-04, Cytotherapy IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.jcyt.2020.10.004 PMID:33246884	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了诱导多能干细胞（iPSCs）向β细胞分化的转录动力学，揭示了其完全的内胚层承诺及与人类胰岛的高度同源性	本研究首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了iPSCs向β细胞分化的转录动态过程，并发现了内分泌/非内分泌细胞命运的分叉	研究指出，未来的工作需要改进生成的内分泌细胞，并避免分化为非胰腺内胚层细胞	研究iPSCs向β细胞分化的转录动力学，并确定最终分化产物的身份	诱导多能干细胞（iPSCs）及其向β细胞的分化过程	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从iPSCs向β细胞分化的四个阶段及人类供体胰岛中获取的数据
2738	2024-08-09	Schistosoma mansoni venom allergen-like protein 6 (SmVAL6) maintains tegumental barrier function 2021-03, International journal for parasitology IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.ijpara.2020.09.004 PMID:33253697	研究论文	本文研究了曼氏血吸虫毒液过敏原样蛋白6（SmVAL6）在维持体表屏障功能中的作用	首次提供了Group 2 SmVAL在血吸虫生物学中具有基本功能的证据	目前缺乏对Group 2 SmVAL其他功能的研究支持	探讨SmVAL6在血吸虫生物学中的功能	曼氏血吸虫毒液过敏原样蛋白6（SmVAL6）及其在血吸虫体表屏障功能中的作用	NA	NA	原位杂交（WISH）、小干扰RNA（siRNA）、酵母双杂交筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、计算机模拟	NA	RNA	涉及成年血吸虫的细胞和组织
2739	2024-08-09	A Single-Cell Transcriptomic Atlas of Human Skin Aging 2021-02-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.11.002 PMID:33238152	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了不同年龄段健康人眼睑皮肤的细胞类型及其分子和功能特性，揭示了皮肤老化过程中细胞类型和分子变化的模式	首次构建了人类皮肤老化的单细胞转录组图谱，揭示了光老化相关变化和慢性炎症随年龄的累积，以及关键转录因子在皮肤老化中的作用	NA	深入理解人类皮肤老化的分子和功能特性	人类眼睑皮肤的细胞类型及其在老化过程中的变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自不同年龄段的健康个体
2740	2024-08-09	The Application of Single-Cell RNA Sequencing in Studies of Autoimmune Diseases: a Comprehensive Review 2021-Feb, Clinical reviews in allergy & immunology IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s12016-020-08813-6 PMID:33236283	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在自身免疫疾病研究中的应用	单细胞RNA测序技术能够揭示细胞异质性的复杂机制，发现新的细胞亚群，并有助于揭示发病机制、疾病演变和药物抗性的分子机制	NA	探讨单细胞RNA测序技术在自身免疫疾病研究中的应用及其对诊断和治疗策略的贡献	自身免疫疾病及其相关免疫细胞	生命科学研究	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA