单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2701	2024-08-09	MS4A1 expression and function in T cells in the colorectal cancer tumor microenvironment 2021-02, Cellular immunology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cellimm.2020.104260 PMID:33352466	研究论文	本文研究了MS4A1基因在结直肠癌肿瘤微环境中T细胞的表达和功能	首次报道MS4A1基因在结直肠癌中的表达与患者生存率正相关，并发现CD8CD20 T细胞亚群在肿瘤微环境中的作用	NA	探讨MS4A1基因在结直肠癌免疫治疗中的作用机制	MS4A1基因在结直肠癌中的表达及其对T细胞功能的影响	数字病理学	结直肠癌	scRNA-Seq	NA	RNA序列	来自公共数据库的scRNA-Seq数据集及已发表的nivolumab治疗数据集
2702	2024-08-09	PD-1 blockade restores helper activity of tumor-infiltrating, exhausted PD-1hiCD39+ CD4 T cells 2021-01-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.142513 PMID:33332284	研究论文	本文通过表型、转录组和功能方法研究了头颈、宫颈和卵巢癌患者的CD4 T细胞耗竭情况，并探讨了PD-1阻断对这些细胞辅助活性的恢复作用	首次详细描述了CD4 T细胞在肿瘤微环境中的耗竭状态，并证明了PD-1阻断可以恢复其辅助活性	NA	研究CD4 T细胞在肿瘤微环境中的耗竭状态及其对免疫检查点阻断的响应	头颈、宫颈和卵巢癌患者的CD4 T细胞	免疫学	头颈癌、宫颈癌、卵巢癌	scRNA-Seq	NA	转录组数据	NA
2703	2024-08-09	The autotaxin-lysophosphatidic acid pathway mediates mesenchymal cell recruitment and fibrotic contraction in lung transplant fibrosis 2021-01, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2020.10.005 PMID:33339555	研究论文	本文研究了自噬素-溶血磷脂酸途径在肺移植纤维化中的间充质细胞招募和纤维化收缩的作用	首次展示了肺移植受者BAL液对人类肺组织衍生MSC的强烈趋化作用，并诱导收缩表型，通过LPA阻断完全消除了BAL介导的MSC趋化和胶原凝胶收缩	NA	识别诱导肺组织间充质干细胞迁移和收缩分化的介质	肺移植受者的间充质干细胞和肺移植纤维化机制	NA	肺纤维化	酶联免疫吸附试验，液相色谱-串联质谱法，单细胞RNA测序	NA	细胞	7名健康对照和21名肺移植受者的BAL液，7名健康对照和31名肺移植受者的BAL液，1名CLAD肺移植受者的BAL细胞
2704	2024-08-09	Circulating tumor cell detection and single-cell analysis using an integrated workflow based on ChimeraX® -i120 Platform: A prospective study 2021-09, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.12876 PMID:33301640	研究论文	本文开发了一种基于ChimeraX -i120平台的综合工作流程，用于循环肿瘤细胞（CTC）的检测和单细胞分子分析，并通过477名参与者的前瞻性研究验证了其临床可行性。	该研究首次整合了CTC检测和单细胞分子分析，使用ChimeraX -i120平台进行负富集、免疫荧光标记和基于机器学习的CTC识别，具有高灵敏度、准确性和可重复性。	NA	开发和验证一种新的综合工作流程，用于非侵入性临床癌症管理中的循环肿瘤细胞检测和单细胞分子分析。	循环肿瘤细胞（CTC）的检测和单细胞分子分析，以及其在临床癌症管理中的应用。	数字病理学	肝癌、胆管癌、乳腺癌、结直肠癌、肺癌	免疫荧光标记、机器学习	机器学习模型	单细胞测序数据	477名参与者
2705	2024-08-09	scGMAI: a Gaussian mixture model for clustering single-cell RNA-Seq data based on deep autoencoder 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa316 PMID:33300547	研究论文	提出了一种基于自动编码器和高斯混合模型的单细胞RNA测序数据聚类方法scGMAI	scGMAI结合了自动编码器网络和快速独立成分分析(FastICA)，在17个公共单细胞RNA测序数据集上优于现有工具，如Seurat	NA	开发一种有效的单细胞RNA测序数据聚类和细胞类型识别工具	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	高斯混合模型	基因表达数据	17个公共单细胞RNA测序数据集
2706	2024-08-09	ColorCells: a database of expression, classification and functions of lncRNAs in single cells 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa325 PMID:33313674	研究论文	本文开发了ColorCells数据库，用于比较分析单细胞RNA-Seq数据中lncRNA的表达、分类和功能	首次识别出一批细胞特异性的lncRNA，并验证了其在细胞分类中的能力与已知标记基因相当	NA	揭示lncRNA在单细胞水平上的表达特异性和功能	lncRNA在单细胞中的表达和功能	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-Seq数据	167,913个来自六种物种的公开单细胞RNA-Seq数据集
2707	2024-08-09	Goals and approaches for each processing step for single-cell RNA sequencing data 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa314 PMID:33316046	综述	本文综述了单细胞RNA测序数据处理各步骤的目标和最流行的计算分析工具	提供了对单细胞RNA测序数据质量控制、归一化、插补、特征选择和降维等步骤的全面概述	尚未形成适用于所有数据集的金标准分析流程	帮助研究者根据特定数据集选择合适的分析工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
2708	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of psoriatic skin identifies pathogenic Tc17 cell subsets and reveals distinctions between CD8+ T cells in autoimmunity and cancer 2021-06, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2020.11.028 PMID:33309739	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，全面分析了银屑病皮肤病变中CD8+ T细胞的表型变异	发现了11种转录上多样化的CD8+ T细胞亚群，其中包括两种与疾病严重程度相关的非耗竭性Tc17细胞亚群	NA	旨在全面表征银屑病病变中CD8+ T细胞的表型变异	银屑病和健康皮肤的CD8+ T细胞	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序	支持向量机分类器	转录组	银屑病和健康皮肤的多个样本
2709	2024-08-09	Secretory Cells Dominate Airway CFTR Expression and Function in Human Airway Superficial Epithelia 2021-05-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202008-3198OC PMID:33321047	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了正常人肺部气道上皮细胞中CFTR表达的细胞类型特异性	首次全面描述了正常人肺部气道上皮细胞中CFTR表达的细胞类型特异性，并验证了其在囊性纤维化治疗中的应用	NA	确定表达CFTR的特定细胞类型，为囊性纤维化的精准医疗治疗提供依据	正常人肺部气道上皮细胞中CFTR的表达和功能	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA数据	新鲜分离的人类大和小气道上皮细胞
2710	2024-08-09	Treatment of granuloma annulare and suppression of proinflammatory cytokine activity with tofacitinib 2021-05, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2020.10.012 PMID:33317858	研究论文	研究使用单细胞RNA测序和临床试验评估托法替尼治疗环状肉芽肿的效果	首次使用单细胞RNA测序研究环状肉芽肿的免疫发病机制，并评估托法替尼的治疗效果	研究样本量较小，仅涉及5名患者	深入理解环状肉芽肿的发病机制并评估分子靶向治疗的有效性	环状肉芽肿及其治疗	NA	环状肉芽肿	单细胞RNA测序	NA	RNA	5名患有严重、长期环状肉芽肿的患者
2711	2024-08-09	Post-infectious inflammatory disease in MIS-C features elevated cytotoxicity signatures and autoreactivity that correlates with severity 2021-Apr-03, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2020.12.01.20241364 PMID:33300011	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、抗原受体谱分析、无偏倚血清蛋白质组学和实验方法，定义了儿童多系统炎症综合征（MIS-C）与成人COVID-19及健康对照组的免疫异常	揭示了MIS-C患者中升高的S100A家族警报素、血清蛋白富集以及NK和CD8 T细胞毒性基因的升高，以及与严重程度相关的自身反应性	NA	定义MIS-C的免疫病理特征，为预测和管理由SARS-CoV2引起的儿童危重疾病提供依据	儿童多系统炎症综合征（MIS-C）患者的免疫异常	NA	儿童多系统炎症综合征	单细胞RNA测序、抗原受体谱分析、血清蛋白质组学	NA	RNA序列、血清蛋白	NA
2712	2024-08-09	Antigen-driven PD-1+ TOX+ BHLHE40+ and PD-1+ TOX+ EOMES+ T lymphocytes regulate juvenile idiopathic arthritis in situ 2021-04, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202048797 PMID:33296081	研究论文	本文通过单细胞RNA测序结合T细胞受体分析，研究了幼年特发性关节炎（JIA）患者滑膜T淋巴细胞的转录和克隆异质性	首次鉴定出在原位通过抗原激活的克隆扩增T淋巴细胞亚群，并揭示了这些细胞在JIA中的功能	NA	探讨T淋巴细胞在幼年特发性关节炎（JIA）中的功能	JIA患者的滑膜T淋巴细胞	免疫学	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2713	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneity and differential expression of decidual tissues during the peripartum period 2021-Feb, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.12967 PMID:33300223	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了分娩前后蜕膜组织的转录组，揭示了其异质性和差异表达。	本研究首次在单细胞分辨率下揭示了分娩前后蜕膜组织的异质性和差异表达，为研究分娩期蜕膜提供了新的视角。	NA	研究分娩期蜕膜组织的异质性和差异表达。	分娩前后蜕膜组织的转录组。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	29,231个蜕膜细胞
2714	2024-08-09	Combined BRAF, MEK, and CDK4/6 Inhibition Depletes Intratumoral Immune-Potentiating Myeloid Populations in Melanoma 2021-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-20-0401 PMID:33303574	研究论文	本文通过同源黑色素瘤模型研究了BRAF、MEK和CDK4/6联合抑制对肿瘤内免疫增强骨髓细胞的影响	首次探讨了BRAF、MEK和CDK4/6三联疗法对黑色素瘤患者抗肿瘤免疫的影响	研究仅限于同源黑色素瘤模型，需要进一步的临床试验验证	探讨BRAF、MEK和CDK4/6联合抑制对黑色素瘤抗肿瘤免疫的影响	黑色素瘤中的免疫增强骨髓细胞	NA	黑色素瘤	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
2715	2024-08-09	ScGSLC: An unsupervised graph similarity learning framework for single-cell RNA-seq data clustering 2021-Feb, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2020.107415 PMID:33307360	研究论文	提出了一种基于图相似学习的单细胞RNA测序数据聚类框架ScGSLC	将单细胞RNA测序数据与蛋白质-蛋白质相互作用网络整合到图中，并利用图卷积网络进行图嵌入和细胞聚类	NA	提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞聚类	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	图卷积网络	图数据	九个公共数据集
2716	2024-08-09	Dissecting the human kidney allograft transcriptome: single-cell RNA sequencing 2021-02-01, Current opinion in organ transplantation IF:1.8Q3 DOI:10.1097/MOT.0000000000000840 PMID:33315769	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类肾脏同种异体移植转录组研究中的应用	scRNA-seq技术使得能够研究单个细胞的转录组，并评估细胞群体中的转录差异和相似性	传统的RNA测序无法提供关于个体细胞类型和细胞状态的信息	深入理解scRNA-seq技术，并总结其在人类肾脏同种异体移植转录组研究中的应用	人类肾脏同种异体移植组织	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
2717	2024-08-09	A road map from single-cell transcriptome to patient classification for the immune response to trauma 2021-01-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.145108 PMID:33320841	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了创伤后小鼠和创伤患者的循环及骨髓单核细胞，揭示了创伤诱导的免疫反应及其对患者分类的影响	首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了创伤后免疫反应的细胞层面变化，并据此定义了两种创伤患者亚型	研究主要集中在小鼠模型和创伤患者，未来研究需要扩展到其他类型的炎症疾病和危重病患	解析创伤后的免疫反应，并基于此进行患者分类	创伤后的小鼠和创伤患者的循环及骨髓单核细胞	数字病理学	创伤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及受伤小鼠和创伤患者的循环单核细胞
2718	2024-08-09	High-Throughput Monitoring of Bacterial Cell Density in Nanoliter Droplets: Label-Free Detection of Unmodified Gram-Positive and Gram-Negative Bacteria 2021-01-19, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.0c03408 PMID:33301291	研究论文	本文介绍了一种高吞吐量、无标记的方法，用于在纳升液滴中检测未修饰的革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌的细胞密度	该方法利用纳升液滴中散射光的快速测量，实现了对细菌增殖的可靠检测，无需基因改造或添加化学代谢标记	NA	开发一种高吞吐量、无标记的细菌检测方法，以促进微流控液滴技术在分析微生物学中的广泛应用	革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌	分析生物学	NA	微流控液滴技术	NA	散射光信号	NA
2719	2024-08-09	A microfluidics-based stem cell model of early post-implantation human development 2021-01, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-020-00417-w PMID:33311712	研究论文	本文详细介绍了设计和实现一种基于微流控技术的设备，用于模拟人类胚胎植入后早期发育过程	该研究开发了一种微流控设备，能够模拟人类胚胎植入后早期的分子和细胞特征，这在技术上是一个创新	NA	研究目的是为不孕症和毒理学研究提供一个合适的人类胚胎发育模型	研究对象是人类多能干细胞（hPSCs）及其在微流控设备中的发育过程	生物技术	不孕症	微流控技术	微流控人类胚胎模型	细胞	使用人类多能干细胞（hPSCs）进行实验
2720	2024-08-09	Coupled co-clustering-based unsupervised transfer learning for the integrative analysis of single-cell genomic data 2021-07-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa347 PMID:33279962	研究论文	本文提出了一种基于耦合协同聚类的无监督迁移学习算法（coupleCoC），用于多模态单细胞基因组数据的整合分析	coupleCoC算法基于信息理论的协同聚类框架，能够同时对细胞和基因组特征进行聚类，减少单细胞数据的噪声，并促进单细胞数据集之间的知识转移	NA	开发一种新的无监督迁移学习算法，用于整合分析多模态单细胞基因组数据	多模态单细胞基因组数据，包括单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）和单细胞甲基化数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）、单细胞甲基化数据	协同聚类	基因组数据	涉及多种单细胞基因组数据集，包括scATAC-seq和scRNA-seq数据、单细胞甲基化和scRNA-seq数据以及来自小鼠和人类的scRNA-seq数据