单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2621	2024-08-09	Circuits between infected macrophages and T cells in SARS-CoV-2 pneumonia 2021-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-03148-w PMID:33429418	研究论文	研究SARS-CoV-2感染患者的肺泡免疫反应，特别是感染的巨噬细胞与T细胞之间的相互作用	首次详细描述了SARS-CoV-2感染肺泡中巨噬细胞与T细胞之间的正反馈循环，推动持续的肺泡炎症	研究样本仅限于88名SARS-CoV-2感染患者和211名其他病原体引起的肺炎患者，可能影响结果的普遍性	探究SARS-CoV-2感染肺泡的病理生物学机制	SARS-CoV-2感染患者的肺泡免疫反应	NA	SARS-CoV-2肺炎	流式细胞术，批量转录组分析，单细胞RNA测序	NA	肺泡灌洗液样本	88名SARS-CoV-2感染患者和211名其他病原体引起的肺炎患者
2622	2024-08-09	T Cell Development: Old Tales Retold By Single-Cell RNA Sequencing 2021-02, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2020.12.004 PMID:33446417	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究哺乳动物T细胞发育过程中的关键问题	单细胞RNA测序技术使得研究早期胸腺祖细胞和描绘常规及非常规T细胞的精细发育轨迹成为可能	由于细胞稀缺和缺乏适当技术，一些长期存在的问题如关键祖细胞/前体的特征和其命运决定的分子机制尚未完全解决	探讨哺乳动物T细胞发育过程中的关键问题	哺乳动物T细胞发育过程中的祖细胞和前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个细胞样本
2623	2024-08-09	Droplet-based mRNA sequencing of fixed and permeabilized cells by CLInt-seq allows for antigen-specific TCR cloning 2021-01-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2021190118 PMID:33431692	research paper	本文介绍了一种基于液滴的mRNA测序方法CLInt-Seq，用于固定和通透化细胞中抗原特异性TCR的克隆	CLInt-Seq方法能够高效恢复抗原特异性TCR，并实现高通量识别和分离低频TCR	NA	开发一种高效的技术用于分离和鉴定响应感兴趣抗原的稀有TCR序列	T细胞受体（TCRs）及其对抗原的反应性	digital pathology	NA	mRNA sequencing	NA	text	未具体说明样本数量
2624	2024-08-09	A transcriptomic taxonomy of Drosophila circadian neurons around the clock 2021-01-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.63056 PMID:33438579	研究论文	本研究通过优化单细胞RNA测序方法，对果蝇昼夜节律神经元的基因表达进行了全天候分析，以全面表征并确定75对昼夜节律神经元的细胞身份。	本研究识别出至少17种昼夜节律神经元类别，并发现显著的空间基因表达调控。转录因子调控显著，可能有助于许多转录本的强健昼夜振荡。	NA	全面表征和确定果蝇昼夜节律神经元的细胞身份。	果蝇的75对昼夜节律神经元。	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	75对昼夜节律神经元
2625	2024-08-09	Spatiotemporal single-cell profiling reveals that invasive and tissue-resident memory donor CD8+ T cells drive gastrointestinal acute graft-versus-host disease 2021-01-13, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abc0227 PMID:33441422	研究论文	本文通过结合连续血管内染色技术和单细胞RNA测序，解析了猕猴异基因造血干细胞移植模型中供体T细胞浸润组织并建立致病性组织居留程序的过程，揭示了胃肠急性移植物抗宿主病（aGVHD）中供体CD8+ T细胞的时空转录程序。	本文创新性地利用单细胞RNA测序技术，揭示了供体CD8 T细胞在胃肠aGVHD中的浸润和组织侵袭的转录特征。	NA	研究供体T细胞在急性移植物抗宿主病中的作用及其转录调控机制。	供体CD8+ T细胞在胃肠急性移植物抗宿主病中的浸润和组织侵袭。	数字病理学	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	转录组	猕猴异基因造血干细胞移植模型
2626	2024-08-09	Comprehensive analysis of metastatic gastric cancer tumour cells using single-cell RNA-seq 2021-01-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-80881-2 PMID:33441952	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术对三名原发性胃癌及配对转移性淋巴结癌组织的患者进行了单细胞水平分析，以揭示胃癌淋巴结转移的机制	本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了胃癌淋巴结转移的详细细胞异质性和转移过程中的过渡状态	研究样本仅限于三名患者，可能不足以代表所有胃癌患者的情况	揭示胃癌淋巴结转移的机制并发现相关的标志基因	胃癌患者的原发性肿瘤和转移性淋巴结组织	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	三名胃癌患者
2627	2024-08-09	Cellular and molecular landscape of mammalian sinoatrial node revealed by single-cell RNA sequencing 2021-01-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20448-x PMID:33436583	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了哺乳动物窦房结的细胞和分子景观	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了窦房结的四个不同的转录簇，并发现了Vsnl1作为潜在的窦房结标记物	NA	揭示窦房结的分子和细胞特征，以理解其在心脏中的关键功能	哺乳动物的窦房结	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠、兔子和食蟹猴的窦房结细胞
2628	2024-08-09	Taa Cells and Granzyme K: Old Players with New Tricks 2021-01-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.12.008 PMID:33440137	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、流式细胞术和质谱流式细胞术研究了与年龄相关的免疫系统变化，特别是与炎症老化相关的T细胞积累。	首次详细描述了年龄相关T细胞在炎症老化中的作用。	NA	探索与年龄相关的免疫系统变化及其在慢性疾病中的作用。	年龄相关T细胞及其在炎症老化中的作用。	免疫学	慢性疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、质谱流式细胞术	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
2629	2024-08-09	JOINT for large-scale single-cell RNA-sequencing analysis via soft-clustering and parallel computing 2021-Jan-11, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-07302-6 PMID:33430769	研究论文	本文提出了一种名为JOINT的广义零膨胀负二项混合模型，用于大规模单细胞RNA测序数据的分析，通过软聚类和并行计算提高数据处理的准确性、鲁棒性和速度	JOINT模型能够同时进行基于概率的细胞类型发现和差异表达基因分析，无需插补，并通过软聚类方法，每个细胞可以属于多个细胞类型，这与现有的硬聚类方法有显著不同	NA	提高单细胞RNA测序数据处理的准确性、鲁棒性和速度	大规模单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	零膨胀负二项混合模型	基因表达数据	大规模单细胞数据
2630	2024-08-09	Potentiality of multiple modalities for single-cell analyses to evaluate the tumor microenvironment in clinical specimens 2021-01-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-79385-w PMID:33431933	研究论文	本研究探讨了单细胞分析技术在评估胃癌患者肿瘤微环境中的应用	本研究发现scRNA-seq分析能够覆盖更广泛的肿瘤微环境中的免疫细胞，包括小亚群的B细胞和Treg细胞	CyTOF技术虽然能更深入地区分特定群体，但在覆盖范围上不及scRNA-seq	阐明肿瘤微环境的复杂性，为克服肿瘤微环境中癌症异质性带来的治疗困难提供新策略	胃癌患者的内镜或手术切除肿瘤及外周血单个核细胞	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, CyTOF	NA	细胞	胃癌患者的内镜或手术切除肿瘤及外周血单个核细胞
2631	2024-08-09	Mitochondrial gene expression in single cells shape pancreatic beta cells' sub-populations and explain variation in insulin pathway 2021-01-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-80334-w PMID:33432158	研究论文	研究分析了人类和小鼠胰腺α细胞和β细胞的单细胞RNA测序数据，揭示了线粒体基因表达在β细胞亚群中的差异及其对胰岛素途径变异的影响	发现了两个先前未被注意到的、在人类和小鼠中都存在的独特的β细胞亚群，这些亚群在健康和糖尿病个体以及新生和成年小鼠中表现出不同的线粒体基因表达模式	NA	探讨线粒体基因表达在单个细胞类型中的差异及其对细胞代谢的影响	人类和小鼠的胰腺α细胞和β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类胰腺α细胞3471个，β细胞1989个；小鼠β细胞1094个
2632	2024-08-09	Evolutionary Genetics of Mycobacterium tuberculosis and HIV-1: "The Tortoise and the Hare" 2021-Jan-11, Microorganisms IF:4.1Q2 DOI:10.3390/microorganisms9010147 PMID:33440808	研究论文	本文探讨了结核分枝杆菌和HIV-1的进化遗传学，特别是它们在共感染情况下的进化动力学	提出了单细胞测序在研究单核细胞/巨噬细胞内结核分枝杆菌和HIV-1相互作用中的应用	结核分枝杆菌和HIV-1在宿主细胞中共殖民的进化影响尚未完全理解	研究结核分枝杆菌和HIV-1的进化动力学及其在共感染中的相互作用	结核分枝杆菌和HIV-1的遗传多样性及其对宿主免疫系统、毒力和药物抗性的影响	进化遗传学	结核病和HIV/AIDS	全基因组测序	NA	基因组数据	文中未明确提及具体样本数量
2633	2024-08-09	Phenotyping of immune and endometrial epithelial cells in endometrial carcinomas revealed by single-cell RNA sequencing 2021-01-10, Aging DOI:10.18632/aging.202288 PMID:33429363	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对来自五名患者的肿瘤和邻近肿瘤组织中的30,780个细胞进行了分析，生成了子宫内膜癌的细胞图谱	首次详细描述了子宫内膜癌中子宫内膜上皮细胞和免疫细胞的类型及其特征，并发现了特定的CD8 T细胞和单核-巨噬细胞群	研究样本仅来自五名患者，可能影响结果的普遍性	揭示子宫内膜癌中子宫内膜上皮细胞和免疫微环境的特征	子宫内膜癌中的子宫内膜上皮细胞和免疫细胞	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	30,780个细胞，来自五名患者
2634	2024-08-09	scReQTL: an approach to correlate SNVs to gene expression from individual scRNA-seq datasets 2021-Jan-08, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-07334-y PMID:33419390	研究论文	本文介绍了一种名为scReQTL的方法，用于从单细胞RNA测序数据中关联单核苷酸变异（SNVs）与基因表达	scReQTL方法利用表达位点的变体等位基因分数（VAFRNA），并将其与相应细胞的基因表达相关联，能够在相同基因型的背景下捕捉到细胞特异性和短暂性的RNA介导的遗传相互作用	NA	旨在从单细胞RNA测序数据中识别和描述可能参与细胞类型特异性或动态遗传相互作用的SNVs	从三个健康女性捐赠者获得的脂肪组织中提取的26,640个间充质细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	26,640个间充质细胞
2635	2024-08-09	Single cell RNA sequencing uncovers cellular developmental sequences and novel potential intercellular communications in embryonic kidney 2021-01-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-80154-y PMID:33420268	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术重新分析了胚胎小鼠肾脏的数据，揭示了细胞发育序列和潜在的细胞间通讯	本研究利用流形学习基于分区图抽象协调细胞，结合ForceAtlas2推断出鲍曼囊壁上皮细胞和从S形体到每个肾单位的发育过程中的细胞。RNA速度与马尔可夫链算法结合，揭示了肾单位前体细胞的自更新过程。NicheNet分析表明，不仅属于输尿管芽和间质的细胞，还有内皮细胞、巨噬细胞和周细胞可能参与肾单位前体细胞的分化	NA	探索肾脏发育的细胞机制	胚胎小鼠肾脏的细胞发育和细胞间通讯	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	流形学习，ForceAtlas2，RNA速度，马尔可夫链算法，NicheNet分析	RNA测序数据	胚胎小鼠肾脏样本
2636	2024-08-09	The spatial RNA integrity number assay for in situ evaluation of transcriptome quality 2021-01-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-020-01573-1 PMID:33420318	研究论文	本文介绍了一种新的工具——空间RNA完整性数（sRIN）检测方法，用于在细胞水平上评估组织中rRNA的完整性	提出了一种新的空间RNA完整性数（sRIN）检测方法，能够在细胞水平上评估组织中rRNA的完整性，克服了传统批量rRNA测量方法的局限性	NA	开发一种新的方法来评估组织中rRNA的完整性，并将其应用于空间转录组学工作流程中	组织中rRNA的完整性	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	NA	转录组数据	NA
2637	2024-08-09	Self-organized stem cell-derived human lung buds with proximo-distal patterning and novel targets of SARS-CoV-2 2021-Jan-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2021.01.06.425622 PMID:33442697	研究论文	本文介绍了一种高通量平台，用于生成数万个自组织的、几乎相同且基因匹配的人类肺芽，这些肺芽源自人类多能干细胞（hPSCs）在微图案基质上的培养	该平台能够模拟人类肺部发育的关键特征，并用于追踪SARS-CoV-2感染和识别候选治疗药物	NA	研究SARS-CoV-2如何在肺部引起组织病理变化，并开发针对COVID-19的治疗方法	人类肺芽、SARS-CoV-2感染、候选治疗药物	数字病理学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	细胞	数万个自组织的人类肺芽
2638	2024-08-09	B cell-specific XIST complex enforces X-inactivation and restrains atypical B cells 2021-Jan-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2021.01.03.425167 PMID:33442682	研究论文	本文研究了长非编码RNA XIST在成人B细胞中持续维持X染色体失活的作用及其机制	揭示了XIST在成人B细胞中对X连锁免疫基因的持续沉默作用，并发现了特定的体细胞特异性XIST复合物及TRIM28在B细胞中的作用	NA	探讨XIST在成人B细胞中的持续作用及其在性别差异生物学和医学中的扩展角色	XIST在成人B细胞中的作用及其机制	NA	NA	CRISPRi筛选	NA	转录组数据	涉及女性偏向自身免疫和COVID-19感染患者的单细胞转录组数据
2639	2024-08-09	Space-time logic of liver gene expression at sub-lobular scale 2021-01, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-020-00323-1 PMID:33432202	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了肝脏基因表达在时间和空间上的调控	首次在亚小叶尺度上揭示了肝脏基因表达的时空逻辑，发现许多基因既具有区域性也具有节律性，并且大多数基因显示出乘法时空效应	NA	研究肝脏基因表达的时空调控机制	肝脏基因表达的时空特性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单分子荧光原位杂交 (smFISH)	混合效应模型	RNA表达数据	NA
2640	2024-08-09	Distinct Disease Severity Between Children and Older Adults With Coronavirus Disease 2019 (COVID-19): Impacts of ACE2 Expression, Distribution, and Lung Progenitor Cells 2021-12-06, Clinical infectious diseases : an official publication of the Infectious Diseases Society of America IF:8.2Q1 DOI:10.1093/cid/ciaa1911 PMID:33388749	研究论文	本文研究了儿童和老年COVID-19患者之间疾病严重程度的差异，并探讨了ACE2表达、分布及肺祖细胞的作用。	首次系统分析了儿童和老年COVID-19患者中ACE2表达和肺祖细胞的差异及其对疾病严重程度的影响。	研究为回顾性分析，样本量有限，可能影响结果的普遍性。	探讨儿童和老年COVID-19患者疾病严重程度的差异及其相关风险因素。	儿童和老年COVID-19患者，以及他们的ACE2表达、分布和肺祖细胞。	NA	COVID-19	单细胞RNA测序、肺活检和体外肺组织感染	NA	RNA-seq数据、肺组织	299名COVID-19患者