单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 2601 - 2620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2601 | 2024-08-09 |
Bi-fated tendon-to-bone attachment cells are regulated by shared enhancers and KLF transcription factors
2021-01-15, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.55361
PMID:33448926
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研究论文 | 本文研究了小鼠肌腱与骨附着细胞的双重命运，揭示了这些细胞在共享增强子和Krüppel样因子（KLFs）调控下激活软骨细胞和肌腱细胞转录组的现象。 | 通过高通量批量和单细胞RNA测序，结合ATAC测序和表观基因组分析，验证了附着细胞中数百个软骨生成和肌生成基因的表达，并确认了这些细胞共享可访问的基因间染色质区域。 | NA | 探讨肌腱与骨附着细胞的双重命运及其调控机制。 | 小鼠肌腱与骨附着细胞。 | 生物学 | NA | RNA测序, ATAC测序, 单分子ISH, 表观基因组分析 | NA | RNA, 染色质可访问性 | NA |
| 2602 | 2024-08-09 |
Myocyte-specific enhancer factor 2c triggers transdifferentiation of adipose tissue-derived stromal cells into spontaneously beating cardiomyocyte-like cells
2021-01-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-80848-3
PMID:33452355
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研究论文 | 研究通过简单的培养协议，使成年小鼠腹股沟脂肪组织来源的间质血管部分（Ad-SVF）可重复地向自发跳动的心肌细胞样细胞（跳动CMs）转化，并鉴定了关键的转录因子Mef2c在转化中的作用 | 首次鉴定出Mef2c是Ad-SVF向跳动CMs转化的关键基因，并展示了通过基因修饰的Ad-SVF细胞在心脏再生疗法中的应用潜力 | NA | 探讨脂肪组织来源的间质细胞向心肌细胞样细胞的转化机制及其在心脏再生疗法中的应用 | 成年小鼠腹股沟脂肪组织来源的间质血管部分（Ad-SVF）及其转化后的心肌细胞样细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 491个差异表达的转录因子 |
| 2603 | 2024-08-09 |
Multiregion single-cell sequencing reveals the transcriptional landscape of the immune microenvironment of colorectal cancer
2021-01, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.253
PMID:33463049
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研究论文 | 本研究利用两种单细胞RNA测序技术（Smart-seq2和DNBelab C4），对18名结直肠癌（CRC）患者原发肿瘤和肝转移瘤中的15,115个免疫和非免疫细胞进行了图谱分析 | 发现了早期和晚期CRC肿瘤中B细胞的不同特征，以及IgA IGLC2浆细胞与CRC不良预后的关联，揭示了B细胞和髓系细胞信号之间的显著相互作用 | NA | 深入了解结直肠癌中的免疫浸润情况，并为未来的CRC免疫治疗研究提供新视角 | 结直肠癌患者的原发肿瘤和肝转移瘤中的免疫和非免疫细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 18名结直肠癌患者 |
| 2604 | 2024-08-09 |
Invasive growth associated with cold-inducible RNA-binding protein expression drives recurrence of surgically resected brain metastases
2021-09-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noab002
PMID:33433612
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研究论文 | 本文探讨了手术切除的脑转移瘤复发的原因，提出癌细胞侵入邻近脑组织是导致局部复发和总体生存期缩短的重要因素，并通过单细胞RNA测序等方法验证了这一假设。 | 首次证实冷诱导RNA结合蛋白（CIRBP）在侵入性癌细胞中的过表达，并证明其在脑转移瘤侵入性生长中的作用。 | NA | 探究手术切除的脑转移瘤复发的原因及其生物学机制。 | 手术切除的脑转移瘤及其邻近脑组织。 | 数字病理学 | 脑转移瘤 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 细胞 | 164个手术切除的脑转移瘤样本，超过15,000个细胞 |
| 2605 | 2024-08-09 |
scASK: A Novel Ensemble Framework for Classifying Cell Types Based on Single-cell RNA-seq Data
2021-08, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2021.3050963
PMID:33434139
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scASK的新型集成框架，用于基于单细胞RNA测序数据进行细胞类型分类 | scASK框架包含三个创新模块：DAS（数据自适应切片）、MCS（元分类器选择）和EMS（集成模式切换），这些模块有助于scASK在分类之外实现偏差-方差权衡 | NA | 旨在解决当前计算分析在大规模数据上性能不佳且对初始数据敏感的问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成框架 | RNA测序数据 | 使用了13个真实的单细胞RNA测序数据集进行性能评估 |
| 2606 | 2024-08-09 |
Dynamic Transcriptional and Epigenetic Changes Drive Cellular Plasticity in the Liver
2021-07, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.31704
PMID:33423324
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研究论文 | 研究探讨了肝脏损伤后肝细胞向胆道上皮细胞（BECs）重编程过程中的分子事件 | 揭示了肝细胞在胆道重编程过程中广泛的染色质和转录变化，以及TGF-β信号通路在其中的双重作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 阐明肝细胞向胆道上皮细胞重编程过程中的分子机制 | 肝细胞和胆道上皮细胞的重编程过程 | NA | NA | RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序、转座酶可及染色质的高通量测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及肝细胞特异性删除Smad4的小鼠细胞 |
| 2607 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomic profiling of satellite glial cells in stellate ganglia reveals developmental and functional axial dynamics
2021-05, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.23965
PMID:33432730
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了小鼠星状神经节的卫星胶质细胞（SGCs）的转录组多样性及其在神经发育和功能中的作用 | 首次揭示了成年小鼠星状神经节中卫星胶质细胞的转录组异质性及其在神经发育和功能中的动态变化 | 研究仅限于小鼠模型，未来研究需要扩展到其他物种以验证结果的普遍性 | 探讨卫星胶质细胞在星状神经节中的转录组多样性及其对神经功能的影响 | 小鼠星状神经节的卫星胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 8只小鼠的星状神经节，共11,595个细胞 |
| 2608 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-Seq analysis identified kidney progenitor cells from human urine
2021-04, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-020-00816-5
PMID:33420958
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2609 | 2024-08-09 |
Inflamed Ulcerative Colitis Regions Associated With MRGPRX2-Mediated Mast Cell Degranulation and Cell Activation Modules, Defining a New Therapeutic Target
2021-04, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2020.12.076
PMID:33421512
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研究论文 | 本文研究了MRGPRX2介导的肥大细胞脱颗粒和细胞激活模块在人类溃疡性结肠炎（UC）中的作用，并定义了一个新的治疗靶点。 | 首次详细探讨了MRGPRX2在人类UC中的作用，并发现了UC保护性遗传变异对MRGPRX2激活的影响。 | 研究主要基于特定人群（Ashkenazi犹太人）和特定的细胞模型，可能限制了结果的普遍性。 | 旨在定义肥大细胞激活机制和MRGPRX2在人类UC中的作用。 | 从UC患者收集的结肠组织和黏膜下层细胞。 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、遗传关联分析 | NA | RNA序列数据 | 包括UC患者的结肠组织和黏膜下层细胞，以及Ashkenazi犹太人UC病例对照队列。 |
| 2610 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics uncovers phenotypic alterations in the monocytes in a Chinese population with chronic cadmium exposure
2021-Mar-15, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2020.111881
PMID:33444878
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了中国慢性镉暴露人群中单核细胞表型的改变 | 这是首次对人类循环免疫系统对血浆镉水平的响应进行单细胞转录组学分析 | NA | 研究慢性镉暴露如何影响循环免疫细胞的表型和分子水平 | 中国湖南省镉污染地区的人群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 共分析了3283名个体，其中30名个体用于单细胞RNA测序和流式细胞术分析 |
| 2611 | 2024-08-09 |
Establishment of intestinal organoid cultures modeling injury-associated epithelial regeneration
2021-03, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-020-00453-x
PMID:33420425
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研究论文 | 本文建立了一种新型肠道类器官培养系统，模拟肠道上皮损伤后的再生过程 | 首次建立了包含多种成分的肠道类器官培养系统，能够模拟肠道上皮损伤后的再生过程 | NA | 研究肠道上皮损伤后的再生过程 | 肠道类器官 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 类器官 | NA |
| 2612 | 2024-08-09 |
Single-nucleus RNA and ATAC sequencing reveals the impact of chromatin accessibility on gene expression in Arabidopsis roots at the single-cell level
2021-03-01, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2021.01.001
PMID:33422696
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研究论文 | 本文利用单核RNA测序（sNucRNA-seq）和单核转座酶可及染色质测序（sNucATAC-seq）技术，研究了拟南芥根部细胞在单细胞水平上染色质可及性对基因表达的影响。 | 首次在拟南芥根部应用单核RNA和ATAC测序技术，揭示了细胞类型特异性标记基因的染色质可及性模式，并验证了使用细胞核作为生物实体建立植物细胞类型特异性转录组的方法。 | NA | 深入理解控制植物基因表达的调控机制 | 拟南芥根部细胞的染色质可及性和基因表达 | 基因组学 | NA | 单核RNA测序（sNucRNA-seq），单核转座酶可及染色质测序（sNucATAC-seq） | NA | 转录组数据，染色质可及性数据 | NA |
| 2613 | 2024-08-09 |
Differential Network Analysis Reveals Regulatory Patterns in Neural Stem Cell Fate Decision
2021-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-020-00415-2
PMID:33439459
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研究论文 | 本研究提出了一种新方法，整合先验信息构建基因调控网络，并应用于分析四个不同单细胞转录组数据集中的五条神经干细胞分化路径 | 本研究首次系统性地整合多个时间阶段的神经干细胞分化数据，通过构建基因调控网络揭示了共同的和特定的调控机制 | NA | 解析神经干细胞分化过程中的调控模式 | 神经干细胞的分化机制 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组 | 基因调控网络 | 转录组数据 | 四个不同的单细胞转录组数据集 |
| 2614 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing to Disentangle the Blood System
2021-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.120.314654
PMID:33441024
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简要综述 | 本文通过单细胞RNA测序技术探讨血液系统的复杂性，揭示了细胞类型中间体的丰富性和确保分化细胞平衡补充的分子机制 | 利用单细胞RNA测序技术提供了对血液细胞分化的新见解，并强调了推动单细胞分辨率下理解造血作用的技术创新 | NA | 探索血液系统的复杂性及其分子机制 | 血液系统的细胞类型和分子机制 | 单细胞技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 2615 | 2024-08-09 |
Circadian clock genes promote glioma progression by affecting tumour immune infiltration and tumour cell proliferation
2021-Mar, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.12988
PMID:33442944
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研究论文 | 研究昼夜节律基因失调与胶质瘤进展之间的关系 | 首次探讨了昼夜节律基因失调如何通过影响肿瘤免疫浸润和细胞周期促进胶质瘤进展 | NA | 探索昼夜节律基因失调与胶质瘤进展之间的关系 | 昼夜节律基因在胶质瘤中的作用 | NA | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序分析, ssGSEA, CIBERSORT算法, CCK8检测, 集落形成检测, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 训练数据集672个样本, 验证数据集1570个样本 |
| 2616 | 2024-08-09 |
Novel application of single-cell next-generation sequencing for determination of intratumoral heterogeneity of canine osteosarcoma cell lines
2021-Mar, Journal of veterinary diagnostic investigation : official publication of the American Association of Veterinary Laboratory Diagnosticians, Inc
IF:1.2Q3
DOI:10.1177/1040638720985242
PMID:33446089
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研究论文 | 本文应用单细胞转录组测序技术（scRNA-seq）分析了4种犬骨肉瘤细胞系的肿瘤内异质性 | 首次在犬类物种中使用scRNA-seq技术，并将CanFam3.1参考基因组上传到10X Genomics Cell Ranger分析管道 | NA | 深入了解骨肉瘤的异质性和基因混乱的本质 | 犬骨肉瘤细胞系 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 4种犬骨肉瘤细胞系（COS31, DOUG, POS, HMPOS） |
| 2617 | 2024-08-09 |
Transcriptional Diversity and Niche-Specific Distribution of Leukocyte Populations during Staphylococcus aureus Craniotomy-Associated Biofilm Infection
2021-02-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2001042
PMID:33419769
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，在颅骨切开术感染的小鼠模型中，揭示了脑内常驻小胶质细胞和浸润单核细胞以及皮下帽状腱膜和骨瓣中粒细胞亚群的复杂转录异质性 | 首次揭示了颅骨切开术感染中白细胞群体的转录多样性和特定分布，以及粒细胞和骨髓源性抑制细胞在感染控制中的关键作用 | NA | 探讨颅骨切开术感染中白细胞群体的转录多样性和特定分布，以及这些细胞在感染控制中的作用 | 小胶质细胞、单核细胞、粒细胞亚群及其在颅骨切开术感染中的转录特征和功能 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 2618 | 2024-08-09 |
Mapping the Intratumoral Heterogeneity in Glioblastomas with Hyperspectral Stimulated Raman Scattering Microscopy
2021-02-02, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.0c04262
PMID:33443405
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研究论文 | 本文介绍了使用高光谱受激拉曼散射（SRS）显微镜快速、无标记地评估胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤内异质性 | 开发了一种独特的无标记拉曼成像诊断平台，包括大范围GBM组织标本的光谱聚焦高光谱SRS成像、SRS图像和使用多元曲线分辨率算法的谱图检索，以及基于二次支持向量机模型的亚型分类，用于快速分子亚型分类 | NA | 研究胶质母细胞瘤的肿瘤内异质性，并开发一种新的诊断平台 | 胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤内异质性 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 高光谱受激拉曼散射（SRS）显微镜 | 二次支持向量机 | 图像 | 大范围GBM组织标本 |
| 2619 | 2024-08-09 |
Effects of Nanoplastics and Butyl Methoxydibenzoylmethane on Early Zebrafish Embryos Identified by Single-Cell RNA Sequencing
2021-02-02, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.0c06479
PMID:33445878
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研究论文 | 研究探讨了纳米塑料和丁基甲氧基二苯甲酰甲烷对斑马鱼胚胎早期发育的毒性和相互作用 | 利用单细胞RNA测序技术识别了两种污染物共同影响的神经中细胞，并确定了它们对斑马鱼胚胎发育的具体影响 | NA | 研究纳米塑料和防晒剂成分对斑马鱼胚胎发育的毒性及其相互作用 | 斑马鱼胚胎 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从2到12小时受精后（hpf）的斑马鱼胚胎 |
| 2620 | 2024-08-09 |
Finding needles in a haystack: dissecting tumor heterogeneity with single-cell transcriptomic and chromatin accessibility profiling
2021-02, Current opinion in genetics & development
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.gde.2020.11.008
PMID:33418426
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综述 | 本文综述了单细胞转录组和染色质可及性分析技术在解析肿瘤异质性中的应用 | 介绍了单细胞基因组学技术如scRNA-seq和scATAC-seq在解析肿瘤细胞亚群中的创新应用 | NA | 深入理解肿瘤异质性 | 肿瘤细胞的异质性及其对治疗抵抗和转移进展的影响 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 转录组, 染色质可及性 | NA |