单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 2501 - 2520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2501 | 2024-08-09 |
Cellular transcriptomics reveals evolutionary identities of songbird vocal circuits
2021-02-12, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abd9704
PMID:33574185
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了鸣禽鸣叫运动通路的神经元谱，揭示了鸣禽鸣叫电路与哺乳动物新皮质在神经发育上的差异和转录相似性 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了鸣禽鸣叫电路与哺乳动物新皮质在神经发育上的差异和转录相似性 | NA | 探究鸣禽鸣叫行为与哺乳动物复杂行为是否源自共享或不同的神经电路 | 鸣禽鸣叫运动通路的神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2502 | 2024-08-09 |
Single-cell analysis of human B cell maturation predicts how antibody class switching shapes selection dynamics
2021-02-12, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abe6291
PMID:33579751
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学分析人类B细胞成熟过程，预测抗体类别转换如何影响选择动力学 | 提供了人类B细胞成熟的全面路线图，结合单细胞转录组学和抗体谱系数据，定义了B细胞状态的基因表达、抗体谱系和克隆共享 | NA | 揭示B细胞介导的人类免疫反应的动态细胞状态，并强调抗体同种型在其抗体依赖性选择中的作用 | 人类B细胞的成熟过程及其在免疫反应中的作用 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2503 | 2024-08-09 |
Inflammatory Mechanisms Underlying Nonalcoholic Steatohepatitis and the Transition to Hepatocellular Carcinoma
2021-Feb-10, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers13040730
PMID:33578800
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综述 | 本文综述了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中炎症机制及其向肝细胞癌（HCC）转化的过程 | 介绍了单细胞测序、遗传命运图谱和活体显微镜等新技术在揭示免疫介导的肝脏损伤复杂机制中的应用 | NA | 深入理解非酒精性脂肪肝炎（NASH）进展及其向肝细胞癌转化的炎症机制 | NAFLD的炎症机制及其向HCC的转化 | NA | 肝病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 2504 | 2024-08-09 |
Sexual Dimorphism through the Lens of Genome Manipulation, Forward Genetics, and Spatiotemporal Sequencing
2021-02-03, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evaa243
PMID:33587127
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研究论文 | 本文探讨了通过基因组操作、正向遗传学和时空测序技术来研究性二态性的分子机制 | 引入了“4D基因组技术”，结合精确基因编辑、诱导性转基因系统和单细胞RNA测序等技术，以及经典实验设计，以高分辨率揭示性二态性的分子遗传基础 | NA | 揭示性二态性的分子遗传基础 | 性二态性的遗传机制 | 遗传学 | NA | 基因组操作、正向遗传学、时空测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 2505 | 2024-08-09 |
DIscBIO: A User-Friendly Pipeline for Biomarker Discovery in Single-Cell Transcriptomics
2021-Jan-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22031399
PMID:33573289
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研究论文 | 本文介绍了DIscBIO，一个用于单细胞转录组学中生物标志物发现的开放源代码、多算法管道 | DIscBIO整合了多个scRNA-seq包，允许通过决策树和基因富集分析在网络环境中进行生物标志物发现 | 为了进行有意义的scRNA-seq分析，用户需要理解所实施的方法及其可能的选项和限制 | 开发一个用户友好的管道，用于在单细胞转录组学中进行生物标志物发现 | 单细胞转录组数据中的细胞亚群和生物标志物 | 生物信息学 | 乳腺癌，黏液脂肪肉瘤 | scRNA-seq | 决策树 | 单细胞测序读取计数 | 两个scRNA-seq数据集，第一个数据集来自乳腺癌患者的循环肿瘤细胞，第二个数据集来自黏液脂肪肉瘤的细胞周期调控 |
| 2506 | 2024-08-09 |
Decoding the multicellular ecosystem of lung adenocarcinoma manifested as pulmonary subsolid nodules by single-cell RNA sequencing
2021-01, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abd9738
PMID:33571124
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了16个肺部亚实性结节（SSN）样本、6个邻近正常肺组织（nLung）和9个伴有淋巴结转移的肺腺癌（mLUAD）样本，揭示了SSN的转录组特征和肿瘤微环境（TME）。 | 首次提供了SSN及其肿瘤微环境的单细胞转录组图谱，发现细胞毒性自然杀伤/T细胞在SSN的TME中占主导地位，恶性细胞经历了强烈的代谢重编程和免疫压力。 | 研究样本数量相对有限，可能影响结果的普遍性。 | 深入了解表现为肺部亚实性结节的肺腺癌的生物学行为和肿瘤微环境，为肺癌免疫治疗提供新的见解。 | 肺部亚实性结节（SSN）、邻近正常肺组织（nLung）和伴有淋巴结转移的肺腺癌（mLUAD）。 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 16个SSN样本，6个nLung样本，9个mLUAD样本，共118,293个细胞，约0.6亿个独特转录本。 |
| 2507 | 2024-08-09 |
Novel Biomarkers for Lupus Nephritis in the "OMICS" Era
2021, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
综述 | 本文综述了在精准医学时代，利用基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学技术开发的狼疮性肾炎（LN）新型生物标志物的最新数据 | 综述了多种组学技术在LN诊断和监测中的应用，提供了更深入的疾病发病机制理解，并可能改变未来LN病例的管理方式 | NA | 总结和评估在精准医学时代开发的新型生物标志物，以改善LN的诊断和监测 | 狼疮性肾炎（LN）及其相关生物标志物 | NA | 自身免疫性疾病 | 基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 基因数据、转录数据、蛋白质数据、代谢数据 | NA |
| 2508 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomic Reveals Dual and Multi-Transmitter Use in Neurons Across Metazoans
2021, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2021.623148
PMID:33597849
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学研究，探讨了跨门动物神经元中双或多神经递质的使用情况 | 挑战了传统的Dale原则，即一个神经元只表达一种神经递质，提供了证据支持一个神经元可以表达多种神经递质 | NA | 研究神经元中神经递质的表达模式，特别是在单细胞水平上 | 跨门动物的神经元 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多个动物物种的神经元 |
| 2509 | 2024-08-09 |
Systems biology analysis identifies TNFRSF9 as a functional marker of tumor-infiltrating regulatory T-cell enabling clinical outcome prediction in lung cancer
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.01.025
PMID:33598101
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研究论文 | 本文通过系统生物学方法识别肿瘤浸润调节性T细胞（TI-Tregs）的功能性细胞表面标记物TNFRSF9，并探讨其在非小细胞肺癌（NSCLC）患者临床结果预测中的应用 | 本文首次通过综合转录组和网络分析，识别出TNFRSF9作为TI-Tregs的高功能重要性标记物，并发现其在Tregs中的低表达与NSCLC患者更好的总体生存率和抗PD-1免疫治疗反应相关 | NA | 识别肿瘤特异性免疫细胞的功能标记物，以开发新的治疗靶点和增强癌症免疫治疗的生物标志物 | 肿瘤浸润调节性T细胞（TI-Tregs）的细胞表面标记物 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用来自小鼠肺癌模型和非小细胞肺癌患者的bulk RNA-seq和单细胞转录组数据 |
| 2510 | 2024-08-09 |
Development of a program for in silico optimized selection of oligonucleotide-based molecular barcodes
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0246354
PMID:33600481
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于选择最佳分子条形码子集的工具，该工具考虑了GC含量、同聚物、简单重复序列、汉明距离和条形码间的互补性等五个因素 | 该工具通过随机生成初始集和迭代替换的方法选择最佳条形码，具有快速性能和灵活性 | NA | 开发一种用于选择最佳分子条形码子集的工具，以提高实验的准确性和效率 | 分子条形码的选择和优化 | 生物信息学 | NA | 分子条形码技术 | NA | DNA序列 | 在多次测试中生成100000个长度为12个核苷酸的条形码 |
| 2511 | 2024-08-09 |
Heterogeneity of HSCs in a Mouse Model of NASH
2021-08, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.31743
PMID:33550587
|
研究论文 | 本研究使用foz/foz小鼠模型，通过单细胞RNA测序详细描述了非酒精性脂肪性肝炎（NASH）模型中造血干细胞（HSC）的表型变化 | 揭示了在正常和损伤状态下HSC表型的意外异质性 | NA | 研究NASH模型中HSC的表型变化 | HSC的单细胞表达谱 | NA | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | foz/foz小鼠的正常肝脏和NASH肝脏样本 |
| 2512 | 2024-08-09 |
Sinoatrial node pacemaker cells share dominant biological properties with glutamatergic neurons
2021-07, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-020-00820-9
PMID:33548033
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研究论文 | 本研究揭示了窦房结起搏细胞（SANPCs）具有谷氨酸能神经元的特性 | 首次发现SANPCs与谷氨酸能神经元在生物学特性上具有显著相似性，并揭示了谷氨酸能神经递质系统在心脏节律调控中的潜在作用 | NA | 探讨SANPCs的细胞本质及其与谷氨酸能神经元的关系 | SANPCs与谷氨酸能神经元的生物学特性 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2513 | 2024-08-09 |
Multigene phylogenetics of euglenids based on single-cell transcriptomics of diverse phagotrophs
2021-06, Molecular phylogenetics and evolution
IF:3.6Q2
DOI:10.1016/j.ympev.2021.107088
PMID:33545276
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学方法，对多种食细胞性鞭毛虫进行了多基因系统发育分析 | 首次包括食细胞性和共生性鞭毛虫的多基因系统发育分析，揭示了鞭毛虫的单系性及其内部分支的独立性 | 某些关系的支持较弱，导致某些姐妹群的关系仍未解决 | 探究鞭毛虫的系统发育关系及其进化历史 | 多种食细胞性鞭毛虫及其共生性鞭毛虫 | NA | NA | 单细胞转录组学 | 多基因系统发育分析 | 转录组数据 | 28个分类群 |
| 2514 | 2024-08-09 |
Single-cell TCR repertoire analysis reveals highly polyclonal composition of human intraepithelial CD8+ αβ T lymphocytes in untreated celiac disease
2021-06, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202048974
PMID:33559929
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研究论文 | 通过单细胞测序比较了乳糜泻患者和健康个体的CD8 αβ上皮内淋巴细胞的αβ T细胞受体库 | 发现未治疗的乳糜泻患者的T细胞受体库比治疗患者和健康个体的更具有多克隆性和多样性 | NA | 研究乳糜泻患者与健康个体间CD8 αβ上皮内淋巴细胞的T细胞受体库差异 | 乳糜泻患者和健康个体的CD8 αβ上皮内淋巴细胞 | 数字病理学 | 乳糜泻 | 单细胞测序 | NA | 序列数据 | NA |
| 2515 | 2024-08-09 |
SPOTlight: seeded NMF regression to deconvolute spatial transcriptomics spots with single-cell transcriptomes
2021-05-21, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab043
PMID:33544846
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研究论文 | 开发了一种名为SPOTlight的计算工具，用于整合空间转录组学（ST）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，以推断复杂组织中细胞类型和状态的位置 | SPOTlight采用种子非负矩阵分解（NMF）回归方法，利用细胞类型标记基因和非负最小二乘（NNLS）来解卷积ST捕获位置（spots），即使在浅序列或小规模的scRNA-seq参考数据集上也能保持高预测准确性 | NA | 旨在通过整合ST和scRNA-seq数据，推断组织中细胞类型和状态的空间分布 | 空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 非负矩阵分解（NMF）回归 | 非负矩阵分解（NMF） | 转录组数据 | 涉及小鼠大脑和人类胰腺癌的多个样本 |
| 2516 | 2024-08-09 |
RUNX-1 haploinsufficiency causes a marked deficiency of megakaryocyte-biased hematopoietic progenitor cells
2021-05-13, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020006389
PMID:33569577
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研究论文 | 研究了RUNX-1单倍体不足对造血祖细胞和随后的巨核细胞生成的影响 | 通过单细胞RNA测序和免疫印迹分析，揭示了RUNX-1单倍体不足导致的巨核细胞偏向的造血祖细胞亚群的减少和基因表达变化 | NA | 探讨RUNX-1单倍体不足对造血祖细胞和巨核细胞生成的影响，并寻找可能的治疗干预措施 | 从患者和野生型细胞系中衍生的诱导多能干细胞（iPSC）衍生的造血祖细胞（iHPCs）和巨核细胞（iMks） | NA | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括患者衍生的和野生型细胞系衍生的iHPCs和iMks |
| 2517 | 2024-08-09 |
Integrative analyses of scRNA-seq and scATAC-seq reveal CXCL14 as a key regulator of lymph node metastasis in breast cancer
2021-04-27, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddab042
PMID:33564857
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，分析了乳腺癌原发肿瘤、阴性淋巴结和阳性淋巴结的转录组和染色质可及性，揭示了CXCL14在乳腺癌淋巴结转移中的关键作用 | 首次发现CXCL14在乳腺癌阳性淋巴结中异常高表达，并验证了其在淋巴结转移中的重要作用 | 样本量较小，需要进一步的大规模研究验证 | 揭示乳腺癌淋巴结转移的细胞和分子机制 | 乳腺癌原发肿瘤、阴性淋巴结和阳性淋巴结的单细胞转录组和染色质可及性 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | NA | 转录组数据、染色质可及性数据 | 55名乳腺癌患者 |
| 2518 | 2024-08-09 |
MicroRNA-21-Dependent Macrophage-to-Fibroblast Signaling Determines the Cardiac Response to Pressure Overload
2021-04-13, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究探讨了微小RNA-21（miR-21）在心脏巨噬细胞中的作用及其对心脏重塑的影响 | 首次揭示了miR-21在心脏巨噬细胞中的高表达及其在心脏重塑中的关键作用 | NA | 确定心脏巨噬细胞中miR-21在心肌稳态和疾病相关重塑中的功能 | 心脏巨噬细胞和心脏纤维母细胞 | NA | 心血管疾病 | 小RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 使用Cx3cr1-Cre驱动的miR-21特异性敲除小鼠进行研究 |
| 2519 | 2024-08-09 |
Analysis of classical neutrophils and polymorphonuclear myeloid-derived suppressor cells in cancer patients and tumor-bearing mice
2021-04-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20201803
PMID:33566112
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序、细胞质谱、流式细胞术和功能分析，研究了癌症中多形核中性粒细胞（PMNs）的异质性，并描述了肿瘤携带小鼠中的三种PMN群体：经典PMNs、多形核髓源性抑制细胞（PMN-MDSCs）和具有强大免疫抑制活性的活化PMN-MDSCs。 | 首次详细描述了肿瘤携带小鼠中PMN-MDSCs的动态变化及其在癌症患者中的基因特征，并提供了PMN-MDSCs作为独特PMN群体的证据。 | NA | 研究癌症中多形核中性粒细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用。 | 肿瘤携带小鼠和癌症患者中的多形核中性粒细胞。 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序、细胞质谱、流式细胞术 | NA | 细胞 | 肿瘤携带小鼠和癌症患者的外周血样本 |
| 2520 | 2024-08-09 |
Single Cell Omics for Musculoskeletal Research
2021-04, Current osteoporosis reports
IF:4.2Q1
DOI:10.1007/s11914-021-00662-2
PMID:33559841
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在肌肉骨骼组织发育和疾病研究中的应用 | 介绍了单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)和飞行时间流式细胞术(CyTOF)等新兴技术 | 数据收集相对容易，但如何获取和解读数据对许多科学家来说仍是一个挑战 | 教育肌肉骨骼研究社区如何利用单细胞技术解答研究问题并推动转化研究 | 肌肉骨骼组织的发育和疾病 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)、飞行时间流式细胞术(CyTOF) | NA | 转录组、表观基因组和蛋白质组 | NA |