单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2461	2024-08-09	Infertility network and hub genes for nonobstructive azoospermia utilizing integrative analysis 2021-02-17, Aging DOI:10.18632/aging.202559 PMID:33621950	研究论文	本文通过综合分析揭示了非阻塞性无精症（NOA）中失调的差异表达基因及其相关信号通路或生物过程	构建了NOA基因共表达网络，并通过Seurat包对NOA患者的睾丸组织细胞进行分类，利用scRNA-seq数据集分析了不同细胞类型中关键基因的差异表达	NA	研究NOA的分子机制并识别潜在的生物标志物	非阻塞性无精症（NOA）的差异表达基因及其相关生物过程和信号通路	生物信息学	男性不育症	基因共表达网络分析，Seurat包，scRNA-seq	NA	基因表达数据	使用了两个Gene Expression Omnibus数据集（GSE45887和GSE106487）进行验证和分析
2462	2024-08-09	SUGAR-seq enables simultaneous detection of glycans, epitopes, and the transcriptome in single cells 2021-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abe3610 PMID:33608275	研究论文	本文介绍了一种名为SUGAR-seq的新方法，能够在单细胞水平上同时检测N-连接糖基化、细胞外表位和转录组	SUGAR-seq方法的创新之处在于它能够同时整合转录组和关键的翻译后修饰数据，这在多模态单细胞RNA测序中是不可实现的	NA	开发一种能够在单细胞水平上同时检测糖基化、表位和转录组的方法	肿瘤浸润T细胞的表面糖基化特性	数字病理学	NA	RNA测序	NA	单细胞数据	具体样本数量未在摘要中提及
2463	2024-08-09	A unique subset of glycolytic tumour-propagating cells drives squamous cell carcinoma 2021-02, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-021-00350-6 PMID:33619381	研究论文	本文研究了头颈部鳞状细胞癌（SCC）中肿瘤传播细胞（TPCs）的糖酵解作用及其对癌症进展的影响	发现增强的糖酵解作用是SCC的主要驱动因素，并识别出具有更高糖酵解活性的TPCs子集作为Warburg效应的起源细胞	NA	探讨糖酵解在SCC中的功能重要性及其在肿瘤进展中的作用阶段	头颈部鳞状细胞癌中的肿瘤传播细胞及其糖酵解特性	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
2464	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Analysis of the Drosophila Larval Ventral Cord 2021-Feb, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.38 PMID:33620770	研究论文	本文描述了一套针对果蝇幼虫腹神经索的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析的优化协议	本文介绍了针对果蝇幼虫腹神经索的scRNA-seq分析的优化协议，并详细说明了技术挑战和数据分析流程	由于果蝇大脑及其细胞的小尺寸，scRNA-seq方法需要一些适应性调整	研究果蝇神经系统的多样性和功能	果蝇幼虫腹神经索的单细胞RNA测序分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	三个独立样本
2465	2024-08-09	Spatiotemporal dissection of the cell cycle with single-cell proteogenomics 2021-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03232-9 PMID:33627808	研究论文	本文通过整合亚细胞分辨率的蛋白质组学、单细胞转录组学和细胞周期中个体细胞的精确时间测量，展示了人类蛋白质组异质性的时空图谱	首次系统地研究了细胞间蛋白质组变异性，并揭示了与有丝分裂和细胞周期相关的新蛋白质	NA	探索细胞周期中细胞间蛋白质组变异性的系统性研究	人类细胞周期中的蛋白质组异质性	蛋白质组学	癌症	蛋白质组学	NA	蛋白质组学数据	涉及人类蛋白质组的约五分之一
2466	2024-08-09	Zygotic Genome Activation: Critical Prelude to the Most Important Time of Your Life 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0970-5_25 PMID:33606242	研究论文	本文探讨了胚胎基因组在发育过程中的激活，特别是通过使用母体突变体和现代全胚胎及单细胞转录组学方法来解析中囊胚过渡（或母体-合子过渡）的分子机制。	本文利用现代转录组学方法，对中囊胚过渡的分子机制进行了深入研究。	NA	研究胚胎基因组激活及其在中囊胚过渡中的作用。	鱼类胚胎的发育过程及基因组激活。	发育生物学	NA	全胚胎及单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
2467	2024-08-09	Applications of Community Detection Algorithms to Large Biological Datasets 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1103-6_3 PMID:33606252	研究论文	本文介绍了一种基于网络的聚类方法（NBC），并开发了一个开放且灵活的Python工具包，用于在大规模生物数据集中进行细胞或基因的聚类分析	提出了一种新的基于网络的聚类方法（NBC），通过将样本或基因映射到网络并使用社区检测算法来识别节点集群	传统的聚类算法在许多情况下生成的集群不能反映生物现实	开发一种新的方法和工具包，以准确高效地分析大规模RNA测序实验数据	大规模单细胞和批量RNA测序数据集中的细胞或基因集群	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	社区检测算法	RNA测序数据	数万个细胞
2468	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Profiling 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1103-6_16 PMID:33606265	研究论文	本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）技术的发展及其在细胞异质性和细胞特异性表达差异分析中的应用	介绍了新的计算方法如何解决scRNAseq数据分析中的挑战，提供了前所未有的生物学细节洞察	scRNAseq技术尚未像批量测序那样成熟或完全实现	探讨单细胞数据分析的挑战及其计算方法的应用	单细胞RNA测序数据及其在细胞动力学研究中的应用	数字病理学	NA	scRNAseq	NA	转录组数据	单细胞水平
2469	2024-08-09	Analysis of microRNA Regulation in Single Cells 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1103-6_18 PMID:33606267	研究论文	本文探讨了单细胞水平上微小RNA（miRNA）对基因表达的调控作用	利用单细胞RNA测序技术研究miRNA和mRNA在单细胞中的表达，并展示了其在量化细胞间变异方面的优势	讨论了实验设计和计算分析中可能的改进以减少或划分技术噪声	研究单细胞中miRNA对基因表达水平和表达变异性的调控	miRNA和mRNA在单细胞中的表达	基因表达	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	单细胞样本
2470	2024-08-09	Identifying Differentially Expressed Genes of Zero Inflated Single Cell RNA Sequencing Data Using Mixed Model Score Tests 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.616686 PMID:33613638	研究论文	本文提出了一种名为单细胞混合模型得分测试（scMMSTs）的方法，用于有效识别具有批次效应的单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	scMMSTs方法通过将批次效应视为随机效应，并采用加权策略处理零膨胀问题，从而提高了差异表达基因识别的准确性	NA	旨在开发一种新方法，以更准确地识别具有批次效应和零膨胀问题的单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性混合模型（GLMM）	RNA测序数据	涉及两个真实数据集和大量模拟数据
2471	2024-08-09	Automated methods for cell type annotation on scRNA-seq data 2021, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2021.01.015 PMID:33613863	综述	本文综述了用于scRNA-seq数据自动细胞类型注释的工具和方法	介绍了不同的策略，如使用精选标记基因数据库、相关参考表达数据或通过监督分类转移标签，以关联单细胞的基因表达谱与细胞类型	NA	探讨单细胞RNA测序数据中细胞类型自动注释的方法和工具	scRNA-seq数据的细胞类型注释	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
2472	2024-08-09	High levels of soluble CD25 in COVID-19 severity suggest a divergence between anti-viral and pro-inflammatory T-cell responses 2021, Clinical & translational immunology IF:4.6Q2 DOI:10.1002/cti2.1251 PMID:33614032	研究论文	研究COVID-19患者中可溶性CD25水平与疾病严重程度之间的关系，并探讨其与T细胞抗病毒和促炎反应的差异	通过分析280名住院COVID-19患者的细胞因子谱和临床特征，以及使用淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染的小鼠模型，揭示了可溶性CD25在疾病严重程度中的独立风险因素作用及其与病毒清除时间的关联	研究主要基于小鼠模型和已发表的单细胞RNA测序数据，可能需要进一步的人体临床试验验证	理解COVID-19患者中T细胞功能缺陷和超激活之间的矛盾现象	COVID-19患者的细胞因子水平和临床特征，以及小鼠模型的免疫学、病毒学和病理学特征	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	细胞因子谱，临床特征数据	280名住院COVID-19患者，小鼠模型
2473	2024-08-09	Single-Cell Sequencing and Organoids: A Powerful Combination for Modelling Organ Development and Diseases 2021, Reviews of physiology, biochemistry and pharmacology DOI:10.1007/112_2020_47 PMID:33619630	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和类器官技术在模拟器官发育和疾病中的最新进展及其应用	scRNA-seq技术能够在单细胞水平上确定基因表达变异性，而类器官模型则能更好地模拟器官发育、再生和疾病的复杂时空过程	传统的基于mRNA或蛋白质的方法往往无法阐明稀有细胞类型（如某些干细胞亚群、短暂的前体细胞和循环肿瘤细胞）的贡献	探讨scRNA-seq和类器官技术在模拟器官发育和疾病中的应用优势	单细胞RNA测序技术和类器官模型	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
2474	2024-08-09	Inference of Ligand-Receptor Pairs from Single-Cell Transcriptomics Data 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2020_343 PMID:33625677	研究论文	本文开发了一个框架，利用单细胞转录组数据分析不同细胞类型间的配体-受体相互作用，以系统地描述细胞间通信事件	本文整合了配体、受体及其相互作用的库，并采用计算方法识别特定细胞类型和生物学相关的相互作用	NA	系统地表征细胞间通信	单细胞转录组数据中的配体-受体对	生物信息学	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	NA
2475	2024-08-09	IRIS-FGM: an integrative single-cell RNA-Seq interpretation system for functional gene module analysis 2021-09-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab108 PMID:33595622	研究论文	本文介绍了一个名为IRIS-FGM的R包，用于单细胞RNA测序数据的功能基因模块分析和细胞聚类	IRIS-FGM基于QUBIC2算法，能够有效识别条件特异性的功能基因模块，预测细胞类型/簇，发现差异表达基因并进行通路富集分析	NA	开发一个集成单细胞RNA测序解释系统，用于功能基因模块分析	单细胞RNA测序数据中的功能基因模块和细胞聚类	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	QUBIC2	scRNA-Seq数据	NA
2476	2024-08-09	Application of single-cell sequencing technologies in pancreatic cancer 2021-Jun, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-021-04095-4 PMID:33599893	综述	本文综述了单细胞测序技术在胰腺癌研究中的应用	单细胞测序技术能够研究肿瘤中每个单独的细胞，检测单细胞的基因组、转录组和多组学特征，揭示细胞间的进化关系和肿瘤细胞的异质性	NA	探讨单细胞测序技术在胰腺癌研究中的应用及其对诊断和治疗的影响	胰腺癌及其相关细胞类型，如癌症相关成纤维细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	基因组、转录组和多组学数据	NA
2477	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals species-specific time spans of cell cycle transitions in early oogenesis 2021-05-12, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddab048 PMID:33575778	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，比较了小鼠、猴子和人类雌性生殖细胞在卵子发生过程中的细胞周期转换时间跨度的物种特异性差异	首次揭示了不同物种间卵子发生过程中细胞周期转换时间跨度的差异，并提出了这种差异可能与雌性生殖细胞发育异时性有关	NA	探索不同物种间卵子发生过程中细胞周期转换时间跨度的差异	小鼠、猴子和人类的雌性生殖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和猴子的雌性生殖细胞样本，以及人类雌性生殖细胞的单细胞RNA测序数据
2478	2024-08-09	Coordinated changes in cellular behavior ensure the lifelong maintenance of the hippocampal stem cell population 2021-05-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.01.003 PMID:33581058	研究论文	本文研究了海马体神经干细胞数量的维持机制，特别是在成年小鼠中干细胞行为的协调变化	本文揭示了成年小鼠海马体神经干细胞数量稳定的原因，即干细胞行为的协调变化，并通过单细胞转录组学、建模和标记保留分析等方法验证了这一发现	NA	探讨海马体神经干细胞数量终身维持的机制	海马体神经干细胞的行为变化及其对神经发生的影响	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
2479	2024-08-09	Tracing production instability in a clonally derived CHO cell line using single-cell transcriptomics 2021-05, Biotechnology and bioengineering IF:3.5Q2 DOI:10.1002/bit.27715 PMID:33586781	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了一个克隆衍生CHO细胞系的生产不稳定性，导致单克隆抗体（mAb）产量显著下降	通过scRNA-seq数据识别与mAb转基因变异相关的亚群，并重建细胞系演化轨迹，发现与重链和轻链基因表达减少相关	NA	研究CHO细胞系中单克隆抗体生产不稳定性的机制	克隆衍生CHO细胞系的生产不稳定性	生物技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
2480	2024-08-09	Potential applications of deep learning in single-cell RNA sequencing analysis for cell therapy and regenerative medicine 2021-05, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1002/stem.3336 PMID:33587792	综述	本文探讨了深度学习方法与单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据结合在细胞治疗和再生医学中的应用	通过结合深度学习与scRNA-seq技术，能够发现细胞的隐藏结构，更准确地预测其效果，并有效利用具有分化潜能的亚群进行干细胞治疗	scRNA-seq技术对生物和技术噪声敏感，后续数据分析在去噪、降维、填补缺失值等方面计算难度大	探讨深度学习方法如何与scRNA-seq数据结合，以深入解释数据，改进干细胞的后续分析，识别潜在亚群，并推动细胞治疗和再生医学措施的实施	干细胞及其在细胞治疗和再生医学中的应用	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	数据集	NA