单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2441	2024-08-09	Independent component analysis based gene co-expression network inference (ICAnet) to decipher functional modules for better single-cell clustering and batch integration 2021-05-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab089 PMID:33619563	研究论文	本文开发了一种基于独立成分分析的基因共表达网络推断方法（ICAnet），用于改进单细胞聚类和批次整合，并发现罕见细胞类型	ICAnet能够分解单细胞RNA测序数据为一系列独立的基因表达成分，推断共表达模块，从而提高细胞聚类和罕见细胞类型的发现	NA	开发一种新的生物信息学方法，用于分析单细胞RNA测序数据，提高细胞类型预测的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	独立成分分析	基因表达数据	多个细胞/组织/供体/文库类型的单细胞RNA测序数据集
2442	2024-08-09	Adaptive Natural Killer Cells Facilitate Effector Functions of Daratumumab in Multiple Myeloma 2021-05-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-3418 PMID:33602683	研究论文	研究了不同自然杀伤（NK）细胞亚群在多发性骨髓瘤中的不同作用，并识别支持达雷妥尤单抗通过抗体依赖性细胞毒性（ADCC）发挥强大抗骨髓瘤活性的NK细胞亚群	发现适应性NK细胞在多发性骨髓瘤中是ADCC的重要介质，并支持通过选择性利用适应性NK细胞来更好地预测和改善达雷妥尤单抗的治疗效果	NA	研究不同NK细胞亚群在多发性骨髓瘤中的作用，并识别支持达雷妥尤单抗抗骨髓瘤活性的NK细胞亚群	多发性骨髓瘤患者的NK细胞及其在达雷妥尤单抗治疗中的作用	NA	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，多色流式细胞术	NA	细胞	157名新诊断的多发性骨髓瘤（NDMM）患者
2443	2024-08-09	scRNA-seq of ovarian follicle granulosa cells from different fertility goats reveals distinct expression patterns 2021-May, Reproduction in domestic animals = Zuchthygiene DOI:10.1111/rda.13920 PMID:33624340	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了不同繁殖能力的济宁灰山羊卵巢卵泡颗粒细胞在不同发育阶段的基因表达模式	首次发现高繁殖力和低繁殖力山羊群体中卵巢卵泡颗粒细胞的基因表达模式	NA	揭示山羊卵巢卵泡颗粒细胞在不同发育阶段的基因表达差异及其与繁殖能力的关系	济宁灰山羊卵巢卵泡颗粒细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	两个群体的济宁灰山羊卵巢卵泡颗粒细胞，包括高繁殖力（HL）和低繁殖力（LL）
2444	2024-08-09	Bardet-Biedl syndrome proteins regulate intracellular signaling and neuronal function in patient-specific iPSC-derived neurons 2021-04-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI146287 PMID:33630762	研究论文	研究使用患者特异性诱导多能干细胞衍生的神经元模型，探讨Bardet-Biedl综合征蛋白在细胞内信号传导和神经功能中的作用	通过单细胞RNA测序和CRISPR基因编辑技术，揭示了BBS1和BBS10突变对胰岛素信号传导和瘦素信号的影响，并展示了通过基因校正恢复信号传导的可能性	研究主要集中在BBS1和BBS10突变的影响，其他BBS基因突变的影响未被探讨	探究Bardet-Biedl综合征在人类中的分子基础及其对肥胖的影响	Bardet-Biedl综合征患者的诱导多能干细胞衍生的下丘脑弓状核样神经元	细胞生物学	遗传性疾病	单细胞RNA测序, CRISPR基因编辑	NA	RNA	涉及BBS1M390R和BBS10C91fsX95突变的神经元样本
2445	2024-08-09	White matter aging drives microglial diversity 2021-04-07, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2021.01.027 PMID:33606969	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了衰老过程中白质和灰质的微胶质细胞反应	首次鉴定了与白质相关的微胶质细胞（WAMs），这些细胞具有疾病相关微胶质细胞（DAM）基因特征的一部分，并涉及吞噬活性和脂质代谢相关基因的激活	NA	探究衰老过程中白质和灰质的微胶质细胞特定反应	白质和灰质的微胶质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2446	2024-08-09	Oxidized phosphatidylcholines found in multiple sclerosis lesions mediate neurodegeneration and are neutralized by microglia 2021-04, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-021-00801-z PMID:33603230	研究论文	本文报道了多发性硬化症（MS）病变中的氧化磷脂酰胆碱（OxPCs）作为神经退行性的强力驱动因素，并指出微胶质细胞通过TREM2受体介导的清除作用可以中和OxPCs，从而防止神经退行性。	首次发现OxPCs在MS病变中作为神经退行性的强力驱动因素，并提出通过增强微胶质细胞介导的OxPC清除作用来预防神经退行性。	NA	识别并中和多发性硬化症中促进神经退行性的机制。	多发性硬化症病变中的氧化磷脂酰胆碱（OxPCs）及其对神经退行性的影响。	神经科学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及培养的神经元和少突胶质细胞，以及小鼠脊髓病变组织。
2447	2024-08-09	Decoding Cortical Glial Cell Development 2021-Apr, Neuroscience bulletin IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12264-021-00640-9 PMID:33606177	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序和交叉谱系分析，揭示了小鼠皮质放射状胶质细胞（RGCs）在胚胎晚期发育过程中生成皮质少突胶质细胞、星形胶质细胞和嗅球GABA能中间神经元的过程	首次展示了在E16.5左右，新皮质RGCs开始生成ASCL1EGFR顶端多能中间前体细胞（MIPCs），这些细胞随后分化为表达ASCL1、EGFR、OLIG2和MKI67的基底MIPCs，这些基底MIPCs通过多次分裂生成大部分皮质少突胶质细胞和星形胶质细胞以及嗅球中间神经元的一个亚群	NA	揭示皮质放射状胶质细胞谱系进展的过程以及皮质星形胶质细胞和少突胶质细胞的发育起源	小鼠皮质放射状胶质细胞（RGCs）及其生成的细胞亚型	神经科学	NA	单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序	NA	基因表达数据	多个单细胞样本
2448	2024-08-09	redPATH: Reconstructing the Pseudo Development Time of Cell Lineages in Single-cell RNA-seq Data and Applications in Cancer 2021-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2020.06.014 PMID:33607293	研究论文	本研究开发了一种名为redPATH的计算方法，用于通过共识非对称哈密顿路径算法重建单细胞RNA测序数据中的细胞谱系伪发育时间，并应用于癌症研究	redPATH方法通过共识非对称哈密顿路径算法重建细胞谱系的伪发育时间，并开发了一种新的可视化方法来展示轨迹发展，为生物学提供了新的见解	NA	开发和验证一种新的计算方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞谱系伪发育时间	单细胞RNA测序数据中的细胞谱系及其在癌症中的应用	生物信息学	脑瘤	单细胞RNA测序	共识非对称哈密顿路径算法	单细胞转录组数据	多个神经干细胞和癌症数据集以及其他单细胞转录组数据
2449	2024-08-09	Progress toward improved understanding of antibody maturation 2021-04, Current opinion in structural biology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.sbi.2020.11.008 PMID:33610066	综述	本文综述了抗体成熟研究的四个领域的最新进展	利用下一代和单细胞测序技术，结合计算方法和机器学习工具，对抗体库进行分析；通过X射线结构、热力学和动力学数据以及分子动力学模拟，深入了解提高亲和力的生物物理机制；研究了亲和力无关的多样性和自我/非自我识别机制；体内成熟结果有助于开发体外成熟方法，以改善治疗性抗体特性	NA	旨在深入理解抗体成熟过程及其在免疫系统中的功能	抗体成熟过程中的生物物理机制和免疫系统功能	生物信息学	NA	下一代测序、单细胞测序、X射线晶体学、分子动力学模拟	机器学习工具	序列数据、结构数据、动力学数据	NA
2450	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of preadipocytes reveals the cell fate heterogeneity induced by melatonin 2021-Apr, Journal of pineal research IF:8.3Q1 DOI:10.1111/jpi.12725 PMID:33621367	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了正常和褪黑素处理的前脂肪细胞的转录组，揭示了褪黑素诱导的细胞命运异质性	首次探讨了褪黑素对前脂肪细胞异质性的影响，并通过单细胞RNA测序技术揭示了细胞亚群的分子特征和分化轨迹	研究主要集中在体外和动物模型上，需要进一步的人体试验验证褪黑素的效应	探讨褪黑素对前脂肪细胞异质性的影响及其在肥胖治疗中的潜在作用	正常和褪黑素处理的前脂肪细胞	数字病理学	肥胖症	单细胞RNA测序	tSNE分析	转录组	25,071个前脂肪细胞的转录组
2451	2024-08-09	Linear-time cluster ensembles of large-scale single-cell RNA-seq and multimodal data 2021-04, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.267906.120 PMID:33627473	研究论文	本文提出了一种名为Specter的方法，用于大规模单细胞RNA测序和多模态数据的线性时间聚类集成	Specter方法采用并扩展了最近在（快速）谱聚类中的算法进展，通过使用地标点创建完整数据的稀疏表示，从而在计算谱嵌入时实现线性时间复杂度	NA	旨在解决单细胞RNA测序数据分析中，由于数据量大而导致的算法可扩展性和数据量之间的矛盾	单细胞RNA测序数据和多模态数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	谱聚类	基因表达数据	数百万个细胞
2452	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of the Adult Mammalian Heart-State-of-the-Art and Future Perspectives 2021-04, Current heart failure reports IF:3.8Q1 DOI:10.1007/s11897-021-00504-3 PMID:33629280	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在成年哺乳动物心脏研究中的应用现状及未来展望	scRNA-seq技术的发展为研究健康与疾病心脏的转录异质性提供了新工具，有助于揭示心力衰竭（HF）的发病和进展的分子机制	NA	探讨scRNA-seq在心血管疾病研究中的应用，以期开发新的改进疗法	成年哺乳动物心脏的单细胞RNA测序	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及小鼠和人类心脏样本
2453	2024-08-09	ELF3 activated by a superenhancer and an autoregulatory feedback loop is required for high-level HLA-C expression on extravillous trophoblasts 2021-03-02, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2025512118 PMID:33622787	研究论文	本文研究了转录因子ELF3在滋养外胚层细胞中高表达HLA-C的调控机制	首次揭示了ELF3通过超级增强子和自调节反馈环路调控HLA-C表达的机制	NA	探讨HLA-C在滋养外胚层细胞中的表达调控及其与妊娠生物学和妊娠异常的关系	滋养外胚层细胞中的HLA-C表达	NA	NA	ChIP-PCR, 单细胞RNA测序, ATAC-seq	NA	RNA	第一孕期的原代滋养外胚层细胞及JEG3细胞系
2454	2024-08-09	Identification of resistance pathways and therapeutic targets in relapsed multiple myeloma patients through single-cell sequencing 2021-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-021-01232-w PMID:33619369	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了复发性多发性骨髓瘤患者的耐药机制，并识别了新的治疗靶点。	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了多发性骨髓瘤的耐药分子途径，并发现了新的治疗靶点PPIA。	研究样本量相对较小，且仅限于特定的治疗组合，结果的普遍性需要进一步验证。	研究多发性骨髓瘤的耐药机制，并寻找新的治疗靶点。	复发性多发性骨髓瘤患者及其耐药机制。	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	41名复发性多发性骨髓瘤患者，11名健康对照和15名新诊断的多发性骨髓瘤患者
2455	2024-08-09	Single-cell immune repertoire and transcriptome sequencing reveals that clonally expanded and transcriptionally distinct lymphocytes populate the aged central nervous system in mice 2021-02-24, Proceedings. Biological sciences DOI:10.1098/rspb.2020.2793 PMID:33622131	研究论文	本研究利用单细胞测序技术，同时分析了年轻和老年小鼠大脑中B细胞和T细胞的免疫受体库及其伴随的基因表达谱	首次实现了在中枢神经系统中对淋巴细胞免疫受体库及其转录状态的综合分析	研究仅限于小鼠模型，且未探讨这些发现对人类神经系统疾病的具体影响	探讨随着年龄增长，中枢神经系统中淋巴细胞免疫受体库及其转录状态的变化	年轻和老年小鼠的中枢神经系统中的B细胞和T细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	年轻和老年小鼠的大脑样本
2456	2024-08-09	Antigen Nonspecific Induction of Distinct Regulatory T Cell States in Oncogene-Driven Hyperproliferative Skin 2021-02-22, ImmunoHorizons DOI:10.4049/immunohorizons.2100006 PMID:33619159	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了在表达HPV16 E7的转基因小鼠皮肤移植物中招募的调节性T细胞（Tregs）的转录组和TCR谱	研究发现，由致癌基因诱导的过度增殖皮肤能够吸引并诱导非抗原特异性的Tregs，这些Tregs获得了由特定效应基因特征定义的独特调节表型	NA	探讨在慢性疾病（包括癌症）中，非淋巴组织如何塑造Treg表型多样性	表达HPV16 E7的转基因小鼠皮肤移植物中的Tregs	免疫学	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	转基因和非转基因小鼠皮肤移植物中的Tregs
2457	2024-08-09	Elevated LINC01550 induces the apoptosis and cell cycle arrest of melanoma 2021-Feb-20, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-021-01478-x PMID:33609219	研究论文	本文通过生物信息学分析探讨了LINC01550在黑色素瘤组织中的表达及其对细胞增殖、侵袭和凋亡的影响	发现LINC01550在黑色素瘤中的低表达与患者生存率降低相关，并能抑制肿瘤细胞的增殖和侵袭能力	NA	研究LINC01550在黑色素瘤中的作用及其作为治疗靶点的潜力	黑色素瘤组织和细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及黑色素瘤细胞系WM35和WM451
2458	2024-08-09	Cholangiocyte organoids can repair bile ducts after transplantation in the human liver 2021-02-19, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaz6964 PMID:33602855	research paper	本研究探讨了胆管细胞类器官在人体肝脏移植后修复胆管的潜力	首次展示了胆管细胞类器官在人体内的修复能力	尚未在临床实践中应用	验证胆管细胞类器官在修复胆管疾病中的应用	胆管细胞类器官和人体肝脏	NA	胆管疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	未具体说明
2459	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals functional heterogeneity of glioma-associated brain macrophages 2021-02-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21407-w PMID:33608526	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了胶质瘤相关脑巨噬细胞的功能异质性	首次展示了正常和胶质瘤小鼠模型中CD11b髓系细胞的单细胞RNA测序结果，揭示了微胶质细胞、浸润性单核细胞/巨噬细胞和脑边界相关巨噬细胞的独特特征	NA	探讨胶质瘤中髓系细胞亚群的细胞异质性和功能表型	胶质瘤相关脑巨噬细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	正常和GL261胶质瘤小鼠模型中的CD11b髓系细胞
2460	2024-08-09	Cell differentiation trajectory predicts patient potential immunotherapy response and prognosis in gastric cancer 2021-02-17, Aging DOI:10.18632/aging.202515 PMID:33612483	研究论文	本研究旨在探讨胃癌（GC）细胞的分化轨迹及其临床相关性，并基于GC分化相关基因（GDRGs）生成一个预测总生存期（OS）的预后风险评分（RS）特征。	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA-seq数据，分析了GC细胞的分化轨迹，并基于GDRGs生成了一个八基因的预后RS特征，结合临床病理特征构建了一个预测性能强的诺模图。	NA	研究胃癌细胞的分化轨迹及其对患者临床结果和潜在免疫治疗反应的预测意义。	胃癌细胞的分化轨迹及其与临床特征、免疫浸润状态和免疫检查点基因表达的关系。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	多个胃癌样本