单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2361	2024-08-09	Single-Cell Profiling to Explore Immunological Heterogeneity of Tumor Microenvironment in Breast Cancer 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.643692 PMID:33717201	综述	本文综述了单细胞技术在乳腺癌肿瘤微环境免疫异质性研究中的应用	利用单细胞RNA测序等技术详细描述了肿瘤微环境中免疫细胞的多样性	讨论了在乳腺癌研究中的临床应用、转化前景及其局限性	探讨单细胞技术在乳腺癌肿瘤微环境免疫异质性研究中的应用及其临床意义	乳腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
2362	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing and Quantitative Proteomics Analysis Elucidate Marker Genes and Molecular Mechanisms in Hypoplastic Left Heart Patients With Heart Failure 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.617853 PMID:33718359	研究论文	通过单细胞RNA测序和定量蛋白质组学分析，揭示了左心发育不全患者的标记基因和分子机制	结合单细胞RNA测序和定量蛋白质组学分析，首次在单细胞水平上揭示了左心发育不全患者的标记基因和分子机制	研究样本量较小，仅包括一名左心发育不全患者和一名对照，可能影响结果的普遍性	探究左心发育不全的标记基因和分子机制	左心发育不全患者的多能干细胞衍生的心肌细胞和外周血样本	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	一名左心发育不全患者和一名对照的多能干细胞衍生的心肌细胞，以及左心发育不全患者和健康对照的外周血样本
2363	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Decipher New Potential Regulation Mechanism of ACE2 and NPs Signaling Among Heart Failure Patients Infected With SARS-CoV-2 2021, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2021.628885 PMID:33718452	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了在感染SARS-CoV-2的心力衰竭患者中心脏中ACE2和NPs信号的新潜在调控机制。	研究发现心力衰竭患者心脏中ACE2阳性心肌细胞和ACE2基因表达显著增加，且与脑钠肽（BNP）和心房钠尿肽（ANP）的显著上调相关，这些发现揭示了COVID-19患者心脏炎症和感染的新机制。	研究仅基于单中心的91名COVID-19患者的回顾性分析，样本量较小，可能影响结果的普遍性。	探讨心血管疾病患者和心脏功能障碍患者对SARS-CoV-2感染的易感性增加的潜在机制。	心力衰竭患者心脏中的ACE2表达和NPs信号。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	91名COVID-19患者
2364	2024-08-09	Knowledge-based classification of fine-grained immune cell types in single-cell RNA-Seq data 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab039 PMID:33681983	research paper	本文开发了一种基于机器学习的分类器ImmClassifier，用于在单细胞RNA测序数据中对细粒度免疫细胞类型进行分类	利用细胞类型的层次结构本体，ImmClassifier在区分细粒度细胞类型方面表现出色，且与基于流式的标记物高度一致	目前单细胞RNA测序技术需要手动从转录组轮廓中分类每个免疫细胞	解决单细胞RNA测序中细粒度免疫细胞类型分类的难题	细粒度免疫细胞类型	machine learning	NA	scRNA-Seq	machine learning classifier	RNA-Seq data	未具体说明样本数量
2365	2024-08-09	Application of single-cell transcriptomics to kinetoplastid research 2021-09, Parasitology IF:2.1Q2 DOI:10.1017/S003118202100041X PMID:33678213	综述	本文综述了单细胞转录组学（scRNA-seq）在原生动物寄生虫研究中的应用	scRNA-seq技术能够克服传统研究中的许多困难，如难以分离和培养的物种及生命周期阶段，以及宿主和媒介中异质性群体的存在	分析大量生成的数据时面临的挑战	探讨scRNA-seq技术在原生动物寄生虫研究中的应用及其潜在益处	原生动物寄生虫及其生命周期和宿主-寄生虫相互作用	NA	NA	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
2366	2024-08-09	Single-cell transcriptomic analysis of somatosensory neurons uncovers temporal development of neuropathic pain 2021-08, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-021-00479-9 PMID:33692491	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠背根神经节（DRG）细胞在神经损伤后的转录组变化，揭示了神经病理性疼痛发展过程中的神经元类型变化及其分子机制	首次在单细胞水平上揭示了神经损伤后DRG神经元的转录组变化，并发现了三种神经损伤诱导的神经元簇（SNIICs），这些簇在神经损伤后表现出特定的基因表达模式	研究主要集中在小鼠模型上，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究神经损伤后神经病理性疼痛发展过程中的转录组变化及其分子机制	小鼠背根神经节（DRG）细胞在神经损伤后的单细胞转录组	数字病理学	神经病理性疼痛	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠DRG细胞
2367	2024-08-09	Sequential progenitor states mark the generation of pancreatic endocrine lineages in mice and humans 2021-08, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-021-00486-w PMID:33692492	研究论文	本文通过生成新的鼠系并结合多种遗传工具，利用深度单细胞RNA测序技术，揭示了胰腺内分泌细胞发育的完整路径，并比较了人类与小鼠胰腺内分泌细胞发育的异同	首次定义了小鼠内分泌前体细胞向特定内分泌细胞系的分化过程，并识别了ε细胞和中间细胞群作为独立生成α和PP细胞的独特前体	NA	揭示胰腺内分泌细胞的发育过程及其在人类和小鼠中的异同	胰腺内分泌细胞的发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	多种鼠系和人类胰腺样本
2368	2024-08-09	Bulk and single-cell transcriptome profiling reveal the metabolic heterogeneity in human breast cancers 2021-07-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2021.03.003 PMID:33677091	研究论文	本研究通过综合分析多个包含基因组学、转录组学、代谢组学和单细胞转录组数据集，揭示了乳腺癌能量相关代谢特征的异质性	本研究首次通过单细胞转录组分析揭示了乳腺癌细胞的代谢状态及其与肿瘤微环境的相互作用，为基于患者或细胞类型特异性癌症代谢的治疗策略提供了新见解	NA	揭示乳腺癌能量代谢的异质性及其对预后和治疗的影响	乳腺癌的能量相关代谢特征	数字病理学	乳腺癌	转录组学	NA	转录组数据	三个独立的大样本队列
2369	2024-08-09	New insights for precision treatment of glioblastoma from analysis of single-cell lncRNA expression 2021-Jul, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-021-03584-9 PMID:33693962	研究论文	本研究利用长链非编码RNA（lncRNA）作为标记物，结合单细胞表达谱对胶质母细胞瘤（GBM）进行重新分类，并基于分类结果分析传统疗法的不足，提出新的精准治疗见解。	本研究首次使用lncRNA作为分子标记物，结合单细胞表达数据对GBM进行重新分类，揭示了单细胞水平上的肿瘤内异质性，并提出了新的精准治疗策略。	研究主要基于已有的单细胞测序数据进行分析，未来需要更多的实验验证和临床数据支持。	旨在通过单细胞lncRNA表达分析，提高胶质母细胞瘤的精准治疗效果。	胶质母细胞瘤（GBM）及其分子特征和治疗策略。	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞表达数据	使用来自GSE84465的GBM单细胞测序数据
2370	2024-08-09	Multiplex indexing approach for the detection of DNase I hypersensitive sites in single cells 2021-06-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab102 PMID:33693880	研究论文	本文介绍了一种新的索引策略，用于解析基于批量细胞分析的单细胞DNase超敏感性 profiles，称为索引单细胞DNase测序（iscDNase-seq）	iscDNase-seq技术利用终端DNA转移酶（TdT）和T4 DNA连接酶的活动，为DNase消化的染色质末端添加独特的细胞条形码，通过三层索引策略，可以在单次实验中对超过15,000个单细胞进行全基因组DHSs的分析	NA	开发和验证一种新的单细胞染色质可及性分析技术	单细胞的染色质可及性和基因表达变异	数字病理学	NA	iscDNase-seq	NA	测序数据	超过15,000个单细胞
2371	2024-08-09	γδ T Cells in Merkel Cell Carcinomas Have a Proinflammatory Profile Prognostic of Patient Survival 2021-06, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-20-0817 PMID:33674358	研究论文	研究分析了58个Merkel细胞癌（MCC）病变中的T细胞浸润情况，发现γδ T细胞具有促炎特征，与患者生存预后相关	首次揭示了γδ T细胞在Merkel细胞癌中的促炎特征及其作为预后生物标志物的潜力	NA	研究Merkel细胞癌中T细胞浸润的特征及其对患者生存的影响	Merkel细胞癌中的T细胞浸润	免疫学	皮肤癌	多重免疫组化/免疫荧光（m-IHC/IF）、流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	58个Merkel细胞癌病变，来自39名患者
2372	2024-08-09	PieParty: visualizing cells from scRNA-seq data as pie charts 2021-05, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202000986 PMID:33674364	研究论文	本文介绍了一种名为PieParty的新方法，用于将scRNA-seq数据可视化为饼图，每个饼图代表一个细胞，每个切片对应单个基因的表达	PieParty允许同时可视化多个基因和基因网络的表达，生成信息密集、空间高效且高度直观的图表	NA	开发一种新的方法来可视化scRNA-seq数据，以提高信息表达的直观性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
2373	2024-08-09	Pathogenesis Study Based on High-Throughput Single-Cell Sequencing Analysis Reveals Novel Transcriptional Landscape and Heterogeneity of Retinal Cells in Type 2 Diabetic Mice 2021-05, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db20-0839 PMID:33674409	研究论文	本研究通过高吞吐量的单细胞测序分析，揭示了2型糖尿病小鼠视网膜细胞的新转录景观和异质性	本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了2型糖尿病小鼠视网膜细胞的特定表达模式和细胞间通信变化，并探讨了视黄醛结合蛋白1（RLBP1）作为治疗糖尿病视网膜病变的潜在靶点	NA	旨在阐明介导糖尿病视网膜病变发病机制的因素	2型糖尿病小鼠的视网膜细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	包括leptin受体缺陷型和对照小鼠的视网膜样本
2374	2024-08-09	Single Molecule-Based fliFISH Validates Radial and Heterogeneous Gene Expression Patterns in Pancreatic Islet β-Cells 2021-05, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db20-0802 PMID:33685924	研究论文	本研究使用基于波动定位成像的荧光原位杂交技术（fliFISH）在单细胞水平上量化小鼠胰腺胰岛切片中的转录本，验证了胰岛β细胞中基因表达的径向和异质性模式	首次使用fliFISH技术在空间背景下评估胰岛中转录本的异质性，准确量化了从单拷贝到每细胞超过100拷贝的广泛表达水平	NA	验证胰岛β细胞中基因表达的径向和异质性模式	小鼠胰腺胰岛中的Insulin 2等基因的表达模式	数字病理学	NA	波动定位成像的荧光原位杂交（fliFISH）	NA	图像	小鼠胰腺胰岛切片中的单细胞
2375	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals the sustained immune cell dysfunction in the pathogenesis of sepsis secondary to bacterial pneumonia 2021-05, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2021.01.026 PMID:33691144	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了健康对照组和细菌性肺炎继发脓毒症患者的外周血单个核细胞，探讨了免疫细胞在疾病过程中的数量和功能变化	首次详细描述了细菌性肺炎继发脓毒症患者免疫细胞在急性、稳定和恢复期的动态变化，并比较了不同病原体引起的脓毒症中免疫反应的差异	研究样本量较小，仅包括两名患者，可能影响结果的普遍性	揭示细菌性肺炎继发脓毒症中免疫细胞功能障碍的具体变化	健康对照组和细菌性肺炎继发脓毒症患者的外周血单个核细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括健康对照组和两名脓毒症患者
2376	2024-08-09	Spinal macrophages resolve nociceptive hypersensitivity after peripheral injury 2021-04-21, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2021.02.018 PMID:33667343	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了脊髓巨噬细胞在周围神经损伤后对痛觉过敏的调节作用	首次确定了脊髓巨噬细胞在周围神经损伤后通过上调抗炎介质Cd163来缓解神经炎症和痛觉过敏的作用	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探究脊髓巨噬细胞在周围神经损伤后对痛觉过敏的调节机制	脊髓巨噬细胞及其在神经损伤后的抗炎反应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
2377	2024-08-09	Trem2 restrains the enhancement of tau accumulation and neurodegeneration by β-amyloid pathology 2021-04-21, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2021.02.010 PMID:33675684	研究论文	研究探讨了TREM2在β-淀粉样蛋白和tau病理背景下对阿尔茨海默病进展的影响	揭示了TREM2通过限制β-淀粉样蛋白促进病理性tau扩散的程度，从而减缓阿尔茨海默病进展和减少tau介导的神经退行性变	研究仅限于pR5-183和TauPS2APP小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果	理解TREM2在β-淀粉样蛋白和tau病理共同存在的情况下对阿尔茨海默病后期阶段的影响	TREM2在阿尔茨海默病中的作用及其对tau和β-淀粉样蛋白病理的影响	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	pR5-183和TauPS2APP小鼠模型
2378	2024-08-09	Knockdown of sorcin increases HEI-OC1 cell damage induced by cisplatin in vitro 2021-04-15, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2021.108752 PMID:33675811	研究论文	研究通过敲降sorcin蛋白表达，探讨其对顺铂诱导的HEI-OC1细胞损伤的影响	首次揭示了sorcin在顺铂诱导的耳毒性中的保护作用及其通过P-ERK1/2信号通路发挥作用的机制	NA	探讨sorcin在顺铂诱导的耳毒性中的作用及其机制	sorcin蛋白在HEI-OC1细胞中的表达及其对顺铂损伤的影响	NA	耳聋	siRNA转染技术	NA	RNA测序数据	小鼠外毛细胞及HEI-OC1细胞
2379	2024-08-09	Complete Freund's adjuvant-induced decrement of pruriceptor-mediated suppression of itch 2021-Apr-15, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.1093/abbs/gmab027 PMID:33693534	研究论文	本研究探讨了完全弗氏佐剂（CFA）对瘙痒感受器介导的瘙痒抑制的影响	首次揭示了CFA处理后瘙痒感受器的综合抑制作用，以及这种抑制如何影响瘙痒感知	研究主要集中在瘙痒感受器的基因表达变化，未深入探讨CFA处理后瘙痒抑制的具体神经机制	探究CFA处理对瘙痒感知的影响及其可能的细胞机制	瘙痒行为测试、钙成像、单细胞RNA测序和实时PCR	神经科学	NA	钙成像、单细胞RNA测序、实时PCR	NA	基因表达数据	涉及多种瘙痒感受器相关的DRG神经元
2380	2024-08-09	Modeling expression ranks for noise-tolerant differential expression analysis of scRNA-seq data 2021-04, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.267070.120 PMID:33674351	研究论文	本文探讨了使用离散广义贝塔分布（DGBD）模型表达秩作为转录本丰度的稳健替代品，用于单细胞RNA-seq数据的差异表达分析	提出了ROSeq方法，该方法在表达噪声下表现出色，并能快速适应增加的样本大小	NA	旨在提高单细胞RNA-seq数据差异表达分析的准确性和鲁棒性	单细胞RNA-seq数据的基因表达模型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	离散广义贝塔分布（DGBD）	基因表达数据	涉及两个表型差异显著的单细胞群体