单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 2321 - 2340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2321 | 2024-08-09 |
WASP: a versatile, web-accessible single cell RNA-Seq processing platform
2021-Mar-18, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-021-07469-6
PMID:33736596
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研究论文 | 本文介绍了一种名为WASP的软件平台，用于处理基于Drop-Seq的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据 | WASP是目前唯一一个免费且结合了ddSEQ和10x数据预处理和后处理的软件包 | NA | 开发一个直观且易于使用的工具来处理和探索scRNA-seq数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达矩阵 | NA |
| 2322 | 2024-08-09 |
Noise regularization removes correlation artifacts in single-cell RNA-seq data preprocessing
2021-Mar-12, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2021.100211
PMID:33748795
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研究论文 | 本研究评估了五种代表性的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据标准化/插补方法对人类细胞图谱骨髓数据中基因-基因关联推断的影响，并提出了一种模型无关的噪声正则化方法来消除相关性伪影 | 提出了一种模型无关的噪声正则化方法，有效消除了数据预处理步骤中引入的虚假相关性 | NA | 评估scRNA-seq数据预处理方法对基因-基因关联推断的影响，并提出改进方法 | scRNA-seq数据预处理方法及其对基因-基因关联的影响 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 模型无关 | 基因表达数据 | 人类细胞图谱骨髓数据 |
| 2323 | 2024-08-09 |
[Advances in research on the development of female germ cells]
2021-Mar-10, Zhonghua yi xue yi chuan xue za zhi = Zhonghua yixue yichuanxue zazhi = Chinese journal of medical genetics
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研究论文 | 本文主要研究女性生殖细胞发育的两个阶段：胎儿期生殖细胞和青春期后的卵泡发生中的卵母细胞，以及关键阶段如有丝分裂-减数分裂转换、减数分裂停滞和重新激活的分子事件。 | 近年来，单细胞转录组研究揭示了卵子发生和卵泡发生过程中基因表达、信号通路和表观遗传修饰的阶段特异性模式。 | NA | 探讨女性生殖细胞发育的关键阶段及其分子机制，为生殖遗传学研究的临床应用提供重要见解。 | 女性生殖细胞的发育过程及其分子事件。 | 生殖生物学 | 生殖细胞相关疾病 | 单细胞转录组 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2324 | 2024-08-09 |
JSOM: Jointly-evolving self-organizing maps for alignment of biological datasets and identification of related clusters
2021-03, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1008804
PMID:33724985
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研究论文 | 本文提出了一种名为JSOM的算法，用于对齐生物数据集并识别相关集群 | JSOM算法是自组织映射的一种变体，通过构建两个低维离散化表示的数据集映射，使它们根据两个数据集共同演化，从而实现数据集的对齐 | NA | 开发一种计算方法，用于对齐不同的单细胞数据集，以便进行数据集成和解释 | 单细胞数据集，包括流式细胞术、质谱细胞术和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 自组织映射 | 自组织映射 | 单细胞数据 | NA |
| 2325 | 2024-08-09 |
SARS-CoV-2 Infection of Airway Epithelial Cells
2021-Feb, Immune network
IF:4.3Q2
DOI:10.4110/in.2021.21.e3
PMID:33728096
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综述 | 本文综述了SARS-CoV-2感染气道上皮细胞的细胞进入、宿主-病毒相互作用及免疫反应 | NA | NA | 探讨SARS-CoV-2在气道上皮细胞中的感染机制及相关治疗选项 | SARS-CoV-2感染的气道上皮细胞 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序、免疫染色 | NA | NA | NA |
| 2326 | 2024-08-09 |
Single Cell Transcriptomic Re-analysis of Immune Cells in Bronchoalveolar Lavage Fluids Reveals the Correlation of B Cell Characteristics and Disease Severity of Patients with SARS-CoV-2 Infection
2021-Feb, Immune network
IF:4.3Q2
DOI:10.4110/in.2021.21.e10
PMID:33728103
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研究论文 | 本研究重新分析了来自COVID-19轻度和重度症状患者的支气管肺泡灌洗液中单细胞RNA测序数据，重点关注抗体产生细胞，揭示了B细胞特征与疾病严重程度的相关性 | 首次揭示了COVID-19患者中B细胞的激活状态与疾病严重程度的相关性，并发现重度患者中巨噬细胞表达更高水平的B细胞激活因子 | NA | 探究COVID-19患者中B细胞特征与疾病严重程度的关系 | COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 来自COVID-19轻度和重度症状患者的支气管肺泡灌洗液中的细胞 |
| 2327 | 2024-08-09 |
Lymphoma Heterogeneity Unraveled by Single-Cell Transcriptomics
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.597651
PMID:33732232
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综述 | 本文通过单细胞RNA测序技术探讨了淋巴瘤的异质性及其在转化淋巴瘤研究中的应用 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了不同淋巴瘤实体生态系统的内在异质性，并讨论了其在精准医学中的潜在应用 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在淋巴瘤研究中的应用及其对精准医学的促进作用 | 淋巴瘤的异质性及其在转化研究中的应用 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 2328 | 2024-08-09 |
The Novel Key Genes of Non-obstructive Azoospermia Affect Spermatogenesis: Transcriptomic Analysis Based on RNA-Seq and scRNA-Seq Data
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.608629
PMID:33732283
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研究论文 | 本研究利用RNA-Seq和scRNA-Seq数据，通过转录组学分析，鉴定了非阻塞性无精症中影响精子发生的关键基因。 | 发现了三个与精子发生相关的新基因（C22orf23, TSACC, 和 TTC25），并分析了它们在不同精子细胞类型中的表达模式。 | NA | 旨在识别可能影响精子发生标志物的关键基因。 | 非阻塞性无精症（NOA）中的关键基因及其在精子发生中的作用。 | 数字病理学 | 男性不育症 | RNA-Seq, scRNA-Seq | NA | 转录组数据 | 430个差异表达基因 |
| 2329 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA Sequencing Analysis Identifies Key Genes in Brain Metastasis from Lung Adenocarcinoma
2021, Current gene therapy
IF:3.8Q2
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研究论文 | 本研究通过综合生物信息学方法，分析了肺腺癌脑转移中的关键基因 | 首次通过单细胞RNA测序分析识别出肺腺癌脑转移的关键基因 | 研究样本仅来自两名肺腺癌患者，可能影响结果的普遍性 | 识别肺腺癌脑转移的关键基因，以改善预后和治疗 | 肺腺癌脑转移中的关键基因 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两名肺腺癌患者的肿瘤细胞 |
| 2330 | 2024-08-09 |
Bioinformatics analysis of the gene expression profile of retinal pigmental epithelial cells based in single-cell RNA sequencing in myopic mice
2021, Archives of medical science : AMS
IF:3.0Q1
DOI:10.5114/aoms/131835
PMID:33747297
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2331 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome dissection of the toxic impact of Di (2-ethylhexyl) phthalate on primordial follicle assembly
2021, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.55006
PMID:33754040
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯（DEHP）对小鼠原始卵泡组装的影响 | 首次揭示了DEHP暴露对小鼠原始卵泡形成过程中基因表达动态的影响，并通过生物化学实验验证了这些发现 | NA | 探讨DEHP对小鼠原始卵泡形成过程中的生殖毒性 | 小鼠卵巢细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2332 | 2024-08-09 |
Deciphering the autophagy regulatory network via single-cell transcriptome analysis reveals a requirement for autophagy homeostasis in spermatogenesis
2021, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.55645
PMID:33754041
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示自噬调节网络在精子发生中的重要性 | 首次全面分析了人类精子发生过程中自噬相关基因的转录特征，并发现Cst3基因在调节精子干细胞维持和后续男性生殖细胞发育中的作用 | 研究样本量较小，且仅限于特定类型的生殖障碍患者 | 探讨自噬在人类精子发生中的作用及其与男性不育的关联 | 人类精子发生过程中的自噬相关基因 | 数字病理学 | 生殖障碍 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 9名生育控制样本（包括2名正常人和7名阻塞性无精子症患者）和1名非阻塞性无精子症患者 |
| 2333 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Compartment-Specific Differences in Immune Responses and Contributions for Complement Factor 3 in Hemorrhagic Shock Plus Tissue Trauma
2021-12-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000001765
PMID:33710107
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了出血性休克合并组织损伤模型中血液、肝脏和脾脏的白细胞基因表达变化 | 揭示了补体因子3在调节免疫细胞反应中的新作用，特别是在抑制单核细胞主要组织相容性复合体II类表达和促进干扰素信号传导中的作用 | 研究仅限于小鼠模型，且样本来自单一时间点（6小时） | 探究出血性休克合并组织损伤后免疫细胞的基因表达变化及其机制 | 血液、肝脏和脾脏中的白细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了野生型和补体因子3敲除小鼠的样本 |
| 2334 | 2024-08-09 |
Osteomodulin is a Potential Genetic Target for Hypertrophic Cardiomyopathy
2021-Oct, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-021-10050-1
PMID:33715137
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研究论文 | 本研究通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和基因集富集分析（GSEA），识别与肥厚型心肌病（HCM）相关的关键基因，特别是骨调素（OMD），并验证其在HCM诊断和治疗中的潜在价值 | 首次将骨调素（OMD）确定为肥厚型心肌病的关键基因，并验证了其在疾病诊断中的有效性 | NA | 揭示与肥厚型心肌病发病机制相关的基因，并提供诊断和治疗的新靶点 | 肥厚型心肌病及其相关基因 | 遗传学 | 心血管疾病 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞测序（sc-RNA seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2335 | 2024-08-09 |
DCI: learning causal differences between gene regulatory networks
2021-09-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab167
PMID:33704425
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DCI的算法，用于高效学习不同条件下基因调控网络之间的因果差异 | DCI算法能够直接推断两个因果图之间的差异，无需单独估计每个可能的大型因果图，从而提高了样本和计算效率 | NA | 设计干预措施以控制基因调控，需要通过因果图模型化基因调控网络 | 基因调控网络的因果差异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 因果图 | 基因表达数据 | 高样本量 |
| 2336 | 2024-08-09 |
ExperimentSubset: an R package to manage subsets of Bioconductor Experiment objects
2021-09-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab179
PMID:33715007
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研究论文 | 介绍了一个名为ExperimentSubset的R包，用于高效管理和检索Bioconductor实验对象的子集 | 提出了一个能够提供数据溯源的R包，通过维护子集和父集之间的关系，实现了更高效的数据管理 | NA | 开发一个能够高效存储和检索子集数据的R包 | Bioconductor实验对象的子集管理 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 矩阵数据 | NA |
| 2337 | 2024-08-09 |
sepal: identifying transcript profiles with spatial patterns by diffusion-based modeling
2021-Sep-09, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab164
PMID:33704427
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研究论文 | 本文提出了一种新的方法来分析空间转录组数据，通过模拟单个转录本的扩散来提取具有空间模式的基因 | 本文提出的方法与现有的基于统计假设检验的方法不同，更少依赖于基因的表达水平，并且在多核运行时表现出更好的时间性能 | NA | 旨在区分具有空间模式的转录本轮廓与背景噪声 | 空间转录组数据中的基因 | 组学 | NA | 扩散建模 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2338 | 2024-08-09 |
Generation of Pulmonary Endothelial Progenitor Cells for Cell-based Therapy Using Interspecies Mouse-Rat Chimeras
2021-08-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202003-0758OC
PMID:33705684
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研究论文 | 研究通过跨物种小鼠-大鼠嵌合体生成肺内皮祖细胞，用于治疗新生儿肺部疾病 | 首次通过跨物种嵌合体从多能胚胎干细胞中生成肺内皮祖细胞，并验证其在新生儿肺部疾病治疗中的功能 | NA | 研究肺内皮祖细胞的异质性及其从多能干细胞中的生成和功能 | 肺内皮祖细胞及其在新生儿肺部疾病治疗中的应用 | 细胞疗法 | 新生儿肺部疾病 | CRISPR/Cas9基因编辑，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和大鼠的肺组织样本 |
| 2339 | 2024-08-09 |
Resolving organoid brain region identities by mapping single-cell genomic data to reference atlases
2021-06-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.02.015
PMID:33711282
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研究论文 | 本文开发了一套计算工具（VoxHunt），通过与空间和单细胞转录组参考数据集的比较，评估脑类器官的模式、发育状态和细胞身份 | 开发了VoxHunt工具，用于评估脑类器官的工程协议和注释在遗传和环境扰动实验中在类器官中出现的细胞命运 | NA | 研究脑类器官的细胞组成、分化轨迹和遗传扰动 | 脑类器官的细胞身份和发育状态 | 数字病理学 | NA | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞和批量基因组数据 | 多个类器官协议模型的不同脑结构 |
| 2340 | 2024-08-09 |
Activity of Combined Androgen Receptor Antagonism and Cell Cycle Inhibition in Androgen Receptor Positive Triple Negative Breast Cancer
2021-06, Molecular cancer therapeutics
IF:5.3Q1
DOI:10.1158/1535-7163.MCT-20-0807
PMID:33722849
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研究论文 | 研究联合使用雄激素受体拮抗剂和细胞周期抑制剂在雄激素受体阳性三阴性乳腺癌中的活性 | 首次探讨了CDK4/6抑制剂abemaciclib与靶向雄激素生物合成及雄激素受体活性的药物seviteronel联合使用在雄激素受体阳性三阴性乳腺癌模型中的协同效应 | 研究仅限于细胞系和小鼠异种移植模型，尚未进行人体临床试验 | 探索CDK4/6抑制剂abemaciclib与seviteronel联合使用在雄激素受体阳性三阴性乳腺癌中的治疗效果 | 雄激素受体阳性三阴性乳腺癌细胞系、细胞系异种移植模型及患者来源的异种移植模型 | NA | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了多个雄激素受体阳性三阴性乳腺癌细胞系及患者来源的异种移植模型 |