单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2261	2024-08-09	Notch Signaling between Cerebellar Granule Cell Progenitors 2021 May-Jun, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0468-20.2021 PMID:33762301	研究论文	本文研究了小脑颗粒细胞前体细胞中的Notch信号传导机制	首次报道Notch信号在小脑颗粒细胞前体细胞中的比例分化作用	NA	探讨Notch信号在小脑颗粒细胞前体细胞分化中的作用	小脑颗粒细胞前体细胞及其分化过程	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠样本
2262	2024-08-09	SARS-CoV-2 infection of the oral cavity and saliva 2021-05, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-021-01296-8 PMID:33767405	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析人类小唾液腺和牙龈样本，揭示了口腔在COVID-19中的感染情况及其作为病毒传播途径的潜力	首次详细描述了口腔中SARS-CoV-2感染的细胞机制，并证实唾液可作为病毒传播的途径	NA	探讨口腔在COVID-19中的感染情况及其作为病毒传播途径的可能性	人类小唾液腺和牙龈的单细胞RNA测序数据	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	9个样本，包含13,824个细胞
2263	2024-08-09	Genetic control of retinal ganglion cell genesis 2021-May, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-021-03814-w PMID:33782712	综述	本文综述了视网膜神经节细胞（RGCs）的生成及其调控网络的最新研究进展	利用单细胞转录组学技术，提供了对RGC类型和发展轨迹的前所未有的新见解	需要进一步研究以全面理解RGC生成的不同方面	总结当前对RGC生成调控因子和途径功能的理解，并讨论未来研究中可利用的新兴技术	视网膜神经节细胞的生成及其调控网络	NA	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	约40种不同类型的RGCs
2264	2024-08-09	Targeted Single-Cell RNA-seq Identifies Minority Cell Types of Kidney Distal Nephron 2021-Apr, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2020101407 PMID:33769948	研究论文	本文通过结合FACS富集协议与单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肾小管远端区域的9099个细胞的转录组，揭示了远端肾小管细胞的多样性	首次通过单细胞转录组学揭示了小鼠远端肾小管细胞的意外多样性，并识别了DCT1和DCT2细胞及其亚群	NA	研究小鼠肾小管远端区域的细胞类型及其功能	小鼠肾小管远端区域的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	9099个细胞
2265	2024-08-09	A human ACTH-secreting corticotroph tumoroid model: Novel Human ACTH-Secreting Tumor Cell in vitro Model 2021-Apr, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2021.103294 PMID:33773184	研究论文	本文介绍了一种新型的人类ACTH分泌性皮质瘤细胞体外模型，用于研究库欣病。	开发了一种能够持续分泌ACTH的人类皮质瘤细胞体外模型，为库欣病的转化研究提供了新的工具。	NA	旨在开发一种有效的体外模型，用于研究库欣病及其治疗方法。	人类皮质瘤细胞及其在体外环境中的ACTH分泌特性。	数字病理学	库欣病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	4个手术切除的肿瘤样本
2266	2024-08-09	User-friendly, scalable tools and workflows for single-cell RNA-seq analysis 2021-04, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-021-01102-w PMID:33782609	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2267	2024-08-09	Single-cell profiling of myeloid cells in glioblastoma across species and disease stage reveals macrophage competition and specialization 2021-04, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-020-00789-y PMID:33782623	研究论文	本文利用单细胞RNA测序和CITE-seq技术，研究了胶质母细胞瘤中髓系细胞的多样性和动态变化，特别是在不同物种和疾病阶段中的巨噬细胞竞争和特化现象	首次揭示了胶质母细胞瘤中髓系细胞的复杂景观，包括树突状细胞和巨噬细胞的跨物种和疾病阶段的动态变化	NA	探究胶质母细胞瘤中髓系细胞的动态变化及其在疾病进展中的作用	胶质母细胞瘤中的髓系细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序, CITE-seq	NA	RNA	包括小鼠肿瘤和初诊或复发的患者样本
2268	2024-08-09	A RIPK1-regulated inflammatory microglial state in amyotrophic lateral sclerosis 2021-03-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2025102118 PMID:33766915	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，在肌萎缩侧索硬化症（ALS）的小鼠模型中鉴定了一种新型的小胶质细胞亚类，称为RIPK1调控的炎症性小胶质细胞（RRIMs），并探讨了其在ALS中的作用机制	首次鉴定并描述了RIPK1调控的炎症性小胶质细胞（RRIMs），并揭示了其在ALS中的具体作用和调控机制	NA	阐明RIPK1激酶抑制在ALS小鼠模型中提供治疗益处的机制，并可能为正在进行的使用RIPK1抑制剂的ALS临床试验提供额外的生物标志物	RIPK1调控的炎症性小胶质细胞（RRIMs）及其在ALS中的作用	神经退行性疾病	肌萎缩侧索硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型中的小胶质细胞样本
2269	2024-08-09	A zero-inflated non-negative matrix factorization for the deconvolution of mixed signals of biological data 2021-03-30, The international journal of biostatistics DOI:10.1515/ijb-2020-0039 PMID:33783171	研究论文	本文提出了一种零膨胀非负矩阵分解方法，用于解卷积生物数据中的混合信号	本文引入了一种零膨胀非负矩阵分解方法，并推导出有效的乘法参数更新规则，以改善在存在过多零值情况下的估计准确性	NA	提高生物数据中混合信号解卷积的准确性	脑基因表达数据和粪便微生物组数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解	零膨胀非负矩阵分解	序列数据	NA
2270	2024-08-09	A cross-talk between CAR T cell subsets and the tumor microenvironment is essential for sustained cytotoxic activity 2021-03-26, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abd4344 PMID:33771887	研究论文	本文报道了在免疫活性小鼠B细胞淋巴瘤模型中，CAR T细胞亚群与肿瘤微环境之间的相互作用对肿瘤控制至关重要	揭示了CAR T细胞通过产生IFN-γ与肿瘤微环境相互作用，增强内源性T细胞和自然杀伤细胞活性，并维持CAR T细胞的细胞毒性	文章未明确提及局限性	研究CAR T细胞与肿瘤微环境之间的相互作用及其对肿瘤治疗的影响	CAR T细胞亚群与肿瘤微环境	免疫学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	免疫活性小鼠B细胞淋巴瘤模型
2271	2024-08-09	Pten is a key intrinsic factor regulating raphe 5-HT neuronal plasticity and depressive behaviors in mice 2021-03-26, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-021-01303-z PMID:33771970	研究论文	本文探讨了PTEN作为调节脑内5-HT神经元活性和抑郁行为的关键内在因子，并展示了其在小鼠中的作用机制	提出了PTEN作为调节5-HT神经元活性和抑郁行为的新治疗策略	NA	研究PTEN在调节5-HT神经元活性和抑郁行为中的作用	小鼠的5-HT神经元和抑郁行为	神经科学	抑郁	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠
2272	2024-08-09	The Burkholderia pseudomallei intracellular 'TRANSITome' 2021-03-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-22169-1 PMID:33772012	研究论文	本文开发了一种'TRANSITomic'方法，用于在特定阶段分析单个Burkholderia pseudomallei细胞在宿主细胞感染过程中的转录组，从而获得病理生理学见解	首次提出'TRANSITome'概念，用于研究单个细菌细胞在宿主细胞内的时空特异性过程	NA	深入理解宿主-病原体相互作用	Burkholderia pseudomallei细菌在宿主细胞感染过程中的转录组	NA	NA	转录组分析	NA	转录组数据	单个Burkholderia pseudomallei细胞
2273	2024-08-09	scGNN is a novel graph neural network framework for single-cell RNA-Seq analyses 2021-03-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-22197-x PMID:33767197	研究论文	本文介绍了一种名为scGNN的图神经网络框架，用于单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析	scGNN框架通过图神经网络形式化和聚合细胞间关系，并使用左截断混合高斯模型模拟异质基因表达模式，集成了三种迭代多模态自编码器	NA	提供一个无假设的深度学习框架，用于scRNA-Seq分析	单细胞RNA测序数据，特别是基因表达的稀疏性和复杂差异模式	机器学习	阿尔茨海默病	scRNA-Seq	图神经网络	基因表达数据	13,214个来自尸检脑组织中的单核细胞
2274	2024-08-09	ModularBoost: an efficient network inference algorithm based on module decomposition 2021-Mar-24, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04074-y PMID:33761871	研究论文	本研究提出了一种基于模块分解的高效基因调控网络（GRN）推断算法ModularBoost	该方法通过数据驱动的模块检测，引入拓扑约束，提高了推断网络的生物物理意义	NA	提高基因调控网络推断的准确性和效率	基因调控网络的推断	生物信息学	NA	ICA-decomposition	ModularBoost	转录组数据	涉及时间序列表达数据、精选数据和单细胞RNA测序数据
2275	2024-08-09	Cell-type identity of the avian cochlea 2021-03-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108900 PMID:33761346	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，对鸟类耳蜗的细胞类型进行了鉴定和描述	发现了鸟类耳蜗中一种先前未知的感音毛细胞亚群，称为superior tall hair cells，并鉴定了与之相关的支持细胞的标记物	NA	研究鸟类耳蜗的细胞类型，为内耳再生研究提供基础	鸟类耳蜗的感音毛细胞和支持细胞	神经生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
2276	2024-08-09	Transcriptomic characterization of dying hair cells in the avian cochlea 2021-03-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108902 PMID:33761357	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和轨迹分析，研究了鸟类耳蜗中因氨基糖苷类抗生素处理而死亡的毛细胞的转录组特征	首次揭示了鸟类耳蜗中高毛细胞和矮毛细胞在死亡过程中基因表达的差异，特别是钾离子通道相关基因的显著上调	NA	研究鸟类耳蜗中毛细胞的死亡和再生机制，为哺乳动物毛细胞保护和再生提供资源	鸟类耳蜗中的毛细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过15,000个基因在鸟类耳蜗毛细胞中的表达
2277	2024-08-09	A single-cell atlas of the healthy breast tissues reveals clinically relevant clusters of breast epithelial cells 2021-03-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100219 PMID:33763657	研究论文	本文通过快速组织收集/处理协议对健康女性乳腺活检样本进行单细胞RNA测序，识别了23个乳腺上皮细胞簇，并分析了这些细胞簇在乳腺癌中的表达模式	开发了一种快速组织收集/处理协议，用于对健康女性乳腺组织进行单细胞RNA测序，并首次在健康乳腺组织中识别出23个上皮细胞簇	NA	揭示成人器官的细胞结构，并分析这些细胞簇在乳腺癌中的表达模式	健康女性乳腺组织和乳腺癌样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	约3,000个乳腺癌样本和超过550个ER+乳腺癌样本
2278	2024-08-09	Fabrication of 3D Cardiac Microtissue Arrays using Human iPSC-Derived Cardiomyocytes, Cardiac Fibroblasts, and Endothelial Cells 2021-03-14, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/61879 PMID:33779590	研究论文	本文介绍了一种使用人类诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的心肌细胞、心脏成纤维细胞和内皮细胞制造3D心脏微组织阵列的技术	该技术采用简便的复制成型技术，允许在标准的多孔细胞培养板中培养心脏微组织数周，且能在3天内自组装形成可观察的心脏微组织收缩	该系统在制造过程中需要微制造专业知识，且目前缺乏血管细胞和心脏成纤维细胞	旨在研究不同心血管细胞类型之间的复杂相互作用，推动药物发现和疾病模型的验证研究	研究对象包括心肌细胞、心脏成纤维细胞和内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	涉及多种细胞类型，具体数量未详述
2279	2024-08-09	Integrative genomic analysis of early neurogenesis reveals a temporal genetic program for differentiation and specification of preplate and Cajal-Retzius neurons 2021-03, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1009355 PMID:33760820	研究论文	本研究利用Ebf2-EGFP转基因小鼠，揭示了早期神经发生和Cajal-Retzius细胞分化的动态转录组特征	发现了早期神经分化过程中涉及的新编码基因和长非编码RNA，并通过体外和体内功能实验进行了验证	单细胞测序分析未发现具有不同区域起源的细胞明显聚类	揭示早期神经发生和Cajal-Retzius细胞分化的分子机制	早期神经发生和Cajal-Retzius细胞的分化过程	神经科学	NA	RNA-seq, ChIP-seq, 单细胞测序	NA	基因表达数据	多个早期神经发生阶段的小鼠样本
2280	2024-08-09	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals key cell types and regulators in traumatic brain injury 2021-01-14, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2021065 PMID:33757183	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，揭示了创伤性脑损伤中的关键细胞类型和调控因子	首次通过单细胞RNA测序技术，成功鉴定和表征了13种细胞群体，并分析了它们在创伤性脑损伤中的差异表达和相互作用	NA	揭示创伤性脑损伤中的特定细胞类型和关键调控因子	创伤性脑损伤中的细胞类型和调控因子	数字病理学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自创伤性脑损伤小鼠的单细胞RNA测序数据