单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 2181 - 2200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2181 | 2024-08-09 |
Bayesian estimation of cell type-specific gene expression with prior derived from single-cell data
2021-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.268722.120
PMID:33837133
|
研究论文 | 本文开发了一种贝叶斯方法（bMIND），通过从单细胞数据中提取先验信息，整合批量和单细胞RNA测序数据，以估计样本级别的细胞类型特异性基因表达 | 提出了bMIND方法，该方法通过结合单细胞RNA测序数据的先验信息，提高了样本级别细胞类型特异性基因表达估计的准确性，并增强了发现细胞类型特异性差异表达基因的能力 | 单细胞RNA测序数据通常来自相对较少的样本，这限制了其在某些分析中的应用，如基因表达数量性状位点的识别 | 开发一种方法，结合批量和单细胞RNA测序数据的优势，以提高细胞类型特异性基因表达分析的准确性和效率 | 批量和单细胞RNA测序数据，以及自闭症谱系障碍和阿尔茨海默病的相关脑组织基因表达数据 | 基因组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 贝叶斯方法（bMIND） | 基因表达数据 | 相对较少的样本 |
| 2182 | 2024-08-09 |
Critical downstream analysis steps for single-cell RNA sequencing data
2021-09-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab105
PMID:33822873
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序数据的关键下游分析步骤，包括聚类、轨迹推断、细胞类型注释和数据集整合的方法 | 总结了当前广泛使用的分析工具及其优缺点，并提供了在不同情况下选择合适方法的建议 | NA | 为单细胞RNA测序数据分析人员和生物信息学工具开发者提供指导 | 单细胞RNA测序数据的关键下游分析步骤 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 2183 | 2024-08-09 |
Deep embedded clustering with multiple objectives on scRNA-seq data
2021-09-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab090
PMID:33822877
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研究论文 | 本文提出了一种基于多目标进化优化的深度嵌入聚类方法，用于在单细胞RNA测序数据中同时优化超参数和架构，以提高聚类性能 | 本文创新性地将多目标进化优化与深度嵌入聚类相结合，自动优化超参数和架构，提高了模型在单细胞RNA测序数据上的聚类性能 | NA | 研究目的是提高单细胞RNA测序数据在深度嵌入聚类中的性能 | 研究对象是单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 深度嵌入聚类 | scRNA-seq数据 | 研究使用了二十个合成数据和八个来自不同代表性单细胞测序平台的真实数据 |
| 2184 | 2024-08-09 |
WEDGE: imputation of gene expression values from single-cell RNA-seq datasets using biased matrix decomposition
2021-09-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab085
PMID:33834202
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研究论文 | 本文提出了一种名为WEDGE的新算法，用于通过偏置低秩矩阵分解方法从单细胞RNA测序数据集中 impute 基因表达矩阵 | WEDGE算法成功恢复了表达矩阵，重现了细胞间和基因间的相关性，并改善了细胞聚类，特别适用于稀疏数据集 | NA | 开发一种新的算法来 impute 单细胞转录组数据中的缺失值 | 单细胞RNA测序数据集中的基因表达矩阵 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 低秩矩阵分解 | 基因表达矩阵 | NA |
| 2185 | 2024-08-09 |
iSMNN: batch effect correction for single-cell RNA-seq data via iterative supervised mutual nearest neighbor refinement
2021-09-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab122
PMID:33839756
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研究论文 | 本文提出了一种通过迭代监督互最近邻（iSMNN）细化的批效应校正方法，用于整合多个单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | iSMNN方法通过迭代监督互最近邻的细化，能够更好地混合不同批次的相同细胞类型，并有助于识别与特定细胞类型生物功能相关的差异表达基因 | NA | 解决在整合多个单细胞RNA测序数据时批效应校正的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 互最近邻（MNNs） | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 2186 | 2024-08-09 |
Perivenous Stellate Cells Are the Main Source of Myofibroblasts and Cancer-Associated Fibroblasts Formed After Chronic Liver Injuries
2021-09, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.31848
PMID:33817801
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究者在小鼠肝脏中非实质细胞中鉴定出转录因子21（Tcf21）作为静止期肝星状细胞（HSCs）的独特标记，并利用Tcf21-CreER追踪这些细胞，发现它们在慢性肝损伤后成为主要肌成纤维细胞和癌症相关成纤维细胞的来源。 | 首次使用单细胞RNA测序技术鉴定出Tcf21作为静止期HSCs的独特标记，并通过Tcf21-CreER技术追踪这些细胞，揭示了它们在慢性肝损伤后的激活和转化过程。 | NA | 研究肝星状细胞在慢性肝损伤后的身份和病理生理学特性。 | 小鼠肝脏中的非实质细胞和肝星状细胞。 | NA | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 2187 | 2024-08-09 |
A single-cell view of the transcriptome during lateral root initiation in Arabidopsis thaliana
2021-08-13, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koab101
PMID:33822225
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研究论文 | 研究使用单细胞测序方法捕捉拟南芥侧根原基在启动过程中的转录组变化 | 开发了一种方法来选择性抑制目标基因在木质部极皮层细胞中的转录，并发现这些目标基因的表达对正常根发育是必需的 | NA | 研究侧根发育的早期步骤 | 拟南芥侧根原基的转录组 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 少量细胞 |
| 2188 | 2024-08-09 |
In silico analysis of the potential mechanism of a preventive Chinese medicine formula on coronavirus disease 2019
2021-Jul-15, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2021.114098
PMID:33831468
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研究论文 | 本研究通过网络药理学、单细胞RNA表达谱分析、分子对接和回顾性研究，探索了预防性中药方剂XG-1对COVID-19的潜在预防机制 | 本研究结合多种分析方法，包括网络药理学、单细胞RNA测序、分子对接和回顾性研究，以全面探索XG-1的预防机制 | NA | 探索XG-1对COVID-19的潜在预防机制 | XG-1中药方剂对COVID-19的预防效果及其机制 | 中医药 | COVID-19 | 网络药理学、单细胞RNA测序、分子对接、回顾性研究 | NA | 基因表达数据、化学成分数据 | 47名密切接触者 |
| 2189 | 2024-08-09 |
Spatial transcriptomics for respiratory research and medicine
2021-07, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.04314-2020
PMID:33833036
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2190 | 2024-08-09 |
Systems Approach to Discovery of Therapeutic Targets for Vein Graft Disease: PPARα Pivotally Regulates Metabolism, Activation, and Heterogeneity of Macrophages and Lesion Development
2021-06-22, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究采用系统方法在老鼠实验中发现治疗静脉移植失败的治疗靶点，特别是PPARα在调节巨噬细胞代谢、活化和异质性以及病变发展中的关键作用 | 首次揭示PPARα在静脉移植病变发展和炎症中的作用，并提出pemafibrate作为新的治疗选择 | NA | 探索静脉移植炎症的潜在驱动因素并发现新的治疗靶点 | 静脉移植病变和巨噬细胞 | NA | NA | 蛋白质组学、高维聚类、代谢组学、定量聚合酶链反应、流式细胞术、代谢检测、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质、代谢物 | 涉及老鼠和人类巨噬细胞的多种样本 |
| 2191 | 2024-08-09 |
A CD44/Brg1 nuclear complex confers mesenchymal progenitor cells with enhanced fibrogenicity in idiopathic pulmonary fibrosis
2021-05-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.144652
PMID:33822772
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研究论文 | 研究探讨了CD44/Brg1核复合体在特发性肺纤维化中增强间充质前体细胞纤维化能力的作用 | 首次揭示了CD44与Brg1和Zeb1形成核蛋白复合体，通过上调Sox2基因表达促进特发性肺纤维化中间充质前体细胞的自我更新和纤维化能力 | NA | 探究CD44在特发性肺纤维化中间充质前体细胞中的作用及其分子机制 | 特发性肺纤维化中的间充质前体细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及特发性肺纤维化患者的肺部间充质前体细胞 |
| 2192 | 2024-08-09 |
BABEL enables cross-modality translation between multiomic profiles at single-cell resolution
2021-04-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2023070118
PMID:33827925
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BABEL的深度学习方法，能够在单细胞水平上实现转录组和染色质可及性数据之间的跨模态转换 | BABEL利用互操作神经网络模型，能够在只有一种模态实验数据可用时，计算合成配对的多组学测量数据 | NA | 开发一种方法，在单细胞水平上实现多组学数据之间的跨模态转换 | 单细胞转录组和染色质可及性数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据和单细胞染色质可及性测序数据 | 涉及人类和小鼠的多个配对单细胞ATAC和基因表达数据集 |
| 2193 | 2024-08-09 |
scConsensus: combining supervised and unsupervised clustering for cell type identification in single-cell RNA sequencing data
2021-Apr-12, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04028-4
PMID:33845760
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scConsensus的框架，结合监督和非监督聚类方法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | scConsensus通过整合非监督和监督聚类方法的结果，并利用差异表达基因来优化共识聚类，提高了细胞类型识别的准确性和精确性 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括多个现有的单细胞RNA测序数据集，例如分选的PBMC亚群数据 |
| 2194 | 2024-08-09 |
Simultaneous trimodal single-cell measurement of transcripts, epitopes, and chromatin accessibility using TEA-seq
2021-04-09, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.63632
PMID:33835024
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为TEA-seq的新型单细胞测序技术，能够同时测量转录组、表位和染色质可及性 | TEA-seq技术首次实现了在单细胞水平上同时测量转录组、表位和染色质可及性，填补了现有技术在表观遗传信息方面的空白 | NA | 开发一种能够同时测量单细胞转录组、表位和染色质可及性的新技术，以更好地理解细胞异质性和基因调控 | 人类外周血中的细胞 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 单细胞数据 | 数千个单细胞 |
| 2195 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals the mesangial identity and species diversity of glomerular cell transcriptomes
2021-04-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-22331-9
PMID:33837218
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序技术分析了人及小鼠肾脏的肾小球相关细胞的转录组 | 首次系统地比较了人及小鼠肾脏中四种肾小球细胞类型的基因表达程序，并发现了肾小球相关细胞的异质性 | NA | 揭示肾小球细胞的分子特征，促进对器官功能及生物医学研究转化方面的理解 | 人及小鼠肾脏中的肾小球相关细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 4332个来自人活体供体肾活检及小鼠肾脏的肾小球相关细胞 |
| 2196 | 2024-08-09 |
Single cell RNA sequencing identifies IGFBP5 and QKI as ciliated epithelial cell genes associated with severe COPD
2021-Apr-06, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-021-01675-2
PMID:33823868
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了严重慢性阻塞性肺病（COPD）患者和健康对照组的肺组织细胞，以确定细胞特异性的转录组变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术在细胞水平上识别与COPD严重程度相关的基因，特别是发现IGFBP5和QKI在纤毛上皮细胞中的表达变化 | 研究样本量较小，仅包括3名COPD患者和3名健康对照 | 旨在通过单细胞RNA测序技术识别与COPD严重程度相关的细胞特异性转录组变化 | 严重COPD患者的肺组织细胞和健康对照组的肺组织细胞 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 29,961个细胞，包括3名COPD患者和3名健康对照 |
| 2197 | 2024-08-09 |
Correction to: Single-cell transcriptome conservation in a comparative analysis of fresh and cryopreserved human skin tissue: pilot in localized scleroderma
2021-Apr-06, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-021-02490-2
PMID:33823906
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2198 | 2024-08-09 |
Single-cell resolution of lineage trajectories in the Arabidopsis stomatal lineage and developing leaf
2021-04-05, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.03.014
PMID:33823130
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学和分子遗传学方法，揭示了拟南芥叶片组织中的细胞分化模型，并探讨了气孔系谱和叶片发育中的细胞命运协调问题。 | 通过单细胞分辨率解析了早期阶段的细胞异质性，并提供了保卫细胞分化的精细轮廓，同时发现了转录调控因子SPEECHLESS在强化细胞命运承诺中的扩展作用。 | NA | 探讨拟南芥叶片气孔系谱和发育过程中的细胞命运协调机制。 | 拟南芥叶片组织中的细胞分化和气孔系谱的细胞命运。 | 分子遗传学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未提及 |
| 2199 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq reveals dynamic change in tumor microenvironment during pancreatic ductal adenocarcinoma malignant progression
2021-Apr, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2021.103315
PMID:33819739
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术揭示了胰腺导管腺癌恶性进展过程中肿瘤微环境的动态变化 | 定义了几种新的Treg和耗竭T细胞标志基因，并发现了一种新的癌症相关成纤维细胞亚型（补体分泌型CAFs） | NA | 旨在描绘胰腺导管腺癌恶性进展过程中肿瘤微环境成分的动态变化 | 胰腺导管腺癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 11个样本（4个PDAC I期，4个PDAC II期，3个PDAC III期） |
| 2200 | 2024-08-09 |
Immune cells lacking Y chromosome show dysregulation of autosomal gene expression
2021-Apr, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-021-03822-w
PMID:33837451
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研究论文 | 研究探讨了白细胞中Y染色体缺失（LOY）对常染色体基因表达的调控影响 | 发现了LOY相关的转录效应（LATE），涉及约500个常染色体基因在LOY白细胞中的失调，挑战了Y染色体作为“遗传荒地”的观点 | NA | 探究LOY对常染色体基因表达的影响及其与疾病风险的关联 | 白细胞中的DNA和RNA | NA | 阿尔茨海默病，前列腺癌 | RNA测序 | NA | DNA，RNA | 多个个体和不同类型的细胞 |