单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2161	2024-08-09	Mouse aging cell atlas analysis reveals global and cell type-specific aging signatures 2021-04-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.62293 PMID:33847263	研究论文	本研究利用Tabula Muris Senis单细胞RNA测序数据集，系统地描述了小鼠中多种细胞类型在衰老过程中的基因表达变化。	研究发现了衰老相关的基因在多个组织细胞类型中表达变化的一致性，表明了生物体水平的协调性衰老行为，并能够从转录组角度对比不同组织和细胞类型的衰老状态。	NA	系统地描述小鼠中多种细胞类型在衰老过程中的基因表达变化。	小鼠的76种组织细胞类型在衰老过程中的基因表达变化。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	76种组织细胞类型来自23种组织
2162	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals involution mimicry during the specification of the basal breast cancer subtype 2021-04-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108945 PMID:33852842	研究论文	本研究利用无偏倚的液滴单细胞RNA测序技术，揭示了在乳腺基底癌亚型分化过程中肿瘤进展的细胞基础	发现基底样癌细胞模仿怀孕后指定的乳腺小叶系，并包含异常的断奶后发育程序，触发肿瘤微环境重塑和转移扩散	NA	阐明乳腺基底癌亚型分化过程中的肿瘤进展机制	乳腺基底癌亚型的肿瘤进展	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	使用MMTV-PyMT乳腺肿瘤模型
2163	2024-08-09	Single-cell transcriptomics identifies gene expression networks driving differentiation and tumorigenesis in the human fallopian tube 2021-04-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108978 PMID:33852846	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了12个正常输卵管样本中的约53,000个细胞，揭示了输卵管上皮的细胞组成和分化轨迹，并识别出高级别浆液性卵巢癌的可能前体细胞状态	首次详细描绘了人类输卵管的细胞组成和上皮细胞的分化轨迹，并确定了高级别浆液性卵巢癌的一个潜在前体细胞状态	NA	揭示人类输卵管的细胞组成和上皮细胞的分化过程，并探索高级别浆液性卵巢癌的细胞起源	人类输卵管的细胞组成和上皮细胞的分化过程	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	约53,000个细胞来自12个正常输卵管样本
2164	2024-08-09	Complement C5a promotes antigen cross-presentation by Peyer's patch monocyte-derived dendritic cells and drives a protective CD8+ T cell response 2021-04-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108995 PMID:33852847	研究论文	本研究探讨了补体片段C5a在Peyer's patch中通过单核细胞衍生的树突状细胞促进抗原交叉呈递，并驱动保护性CD8+ T细胞反应的机制	首次揭示了C5a通过C5aR LysoDCs增加活性氧水平，从而有效促进抗原交叉呈递和特异性CD8 T细胞反应	NA	探索C5a在黏膜适应性免疫诱导中的作用及其调控CD8 T细胞反应的机制	Peyer's patch中的C5aR LysoDCs及其在CD8 T细胞免疫诱导中的作用	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	C5缺陷小鼠
2165	2024-08-09	Uncovering transcriptional dark matter via gene annotation independent single-cell RNA sequencing analysis 2021-04-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-22496-3 PMID:33846360	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞RNA测序分析方法，该方法能够在缺乏高质量基因组注释的情况下，发现生物学上相关的转录活性区域	开发了一种新的单细胞RNA测序分析流程，能够识别并注释基因组注释范围之外的转录活性区域，从而揭示传统方法无法检测到的生物学信息	NA	克服基因组注释不完整的问题，发现新的转录活性区域	人类、小鼠、鸡、鼹鼠、狐猴和海胆的基因组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多种生物样本，包括人类、小鼠、鸡、鼹鼠、狐猴和海胆
2166	2024-08-09	A flexible microfluidic system for single-cell transcriptome profiling elucidates phased transcriptional regulators of cell cycle 2021-04-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-86070-z PMID:33846365	研究论文	本文介绍了一种灵活、成本效益高且用户友好的基于液滴的微流控系统，名为Nadia Instrument，用于单细胞转录组分析，能够在一个运行中捕获约50,000个单细胞或单个细胞核的3' mRNA。	该系统展示了高度可重复的液滴大小、低双峰率和高的mRNA捕获效率，并且通过与Nadia Innovate结合，可以转变为一个适应性强的设置，使用不同的缓冲液和条形码珠配置，以促进多样化的应用。	NA	展示该系统在不同细胞周期阶段对人和小鼠细胞进行3' mRNA分析的能力，以区分不同的细胞群体并推断潜在的转录调控网络。	单细胞转录组分析	生物技术	NA	微流控技术	NA	转录组数据	约50,000个单细胞或单个细胞核
2167	2024-08-09	Investigating Mechanisms of Response or Resistance to Immune Checkpoint Inhibitors by Analyzing Cell-Cell Communications in Tumors Before and After Programmed Cell Death-1 (PD-1) Targeted Therapy: An Integrative Analysis Using Single-cell RNA and Bulk-RNA Sequencing Data 2021-04-02, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2021.1908010 PMID:33868792	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探讨了程序性细胞死亡-1（PD-1）靶向治疗前后肿瘤细胞间通讯的差异，以揭示抗PD-1治疗的响应和耐药机制	研究揭示了抗PD-1治疗响应的机制，并提供了改善免疫治疗的潜在策略	NA	探讨抗PD-1治疗的响应和耐药机制	肿瘤细胞在抗PD-1治疗前后的细胞间通讯	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	RNA测序数据	治疗前后的样本
2168	2024-08-09	Vascular smooth muscle-derived Trpv1+ progenitors are a source of cold-induced thermogenic adipocytes 2021-04, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-021-00373-z PMID:33846638	研究论文	本文识别了Trpv1血管平滑肌细胞作为先前未被发现的产热脂肪细胞前体细胞，并展示了其在冷暴露下增殖和分化为高度产热脂肪细胞的过程。	本文首次发现并证明了Trpv1血管平滑肌细胞作为产热脂肪细胞的新来源。	NA	研究冷诱导产热脂肪细胞的确切来源。	棕色脂肪组织（BAT）和米色脂肪中的Trpv1血管平滑肌细胞。	NA	肥胖和代谢紊乱	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
2169	2024-08-09	CytoTalk: De novo construction of signal transduction networks using single-cell transcriptomic data 2021-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abf1356 PMID:33853780	研究论文	本文介绍了一种名为CytoTalk的方法，用于利用单细胞转录组数据从头构建细胞类型特异性的信号传导网络	CytoTalk通过集成细胞内和细胞间基因网络，并使用奖赏收集Steiner森林算法识别候选路径，相比现有算法有显著改进	NA	旨在通过单细胞技术提高信号传导研究的分辨率，并探索信号网络在不同组织和发育阶段的可塑性	单细胞转录组数据，特别是巨噬细胞和内皮细胞在人类成体和胎儿组织中的信号传导网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	奖赏收集Steiner森林算法	转录组数据	涉及人类成体和胎儿组织的巨噬细胞和内皮细胞
2170	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics and In Situ Morphological Analyses Reveal Microglia Heterogeneity Across the Nigrostriatal Pathway 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.639613 PMID:33854507	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和免疫荧光分析，揭示了黑质纹状体通路中微胶质细胞的异质性	发现了在黑质中主要存在的一种微胶质细胞亚群，显示出内在的转录免疫警戒特征，并与炎症诱导的微胶质细胞共享特征	NA	旨在研究帕金森病易感脑区黑质纹状体通路中微胶质细胞的异质性	微胶质细胞在黑质纹状体通路中的异质性	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用小鼠黑质纹状体通路样本
2171	2024-08-09	Unraveling Heterogeneity of Tumor Cells and Microenvironment and Its Clinical Implications for Triple Negative Breast Cancer 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.557477 PMID:33854958	研究论文	本研究旨在系统地表征三阴性乳腺癌（TNBC）的肿瘤异质性，通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析肿瘤细胞及其微环境的异质性，并探讨其临床意义。	本研究通过整合两个数据集并使用Seurat包进行细胞聚类分析，揭示了TNBC中五种细胞类型的功能异质性及其在细胞间通讯网络中的作用，特别是免疫细胞在TNBC中的异质性及其与临床特征的相关性。	NA	系统表征三阴性乳腺癌的肿瘤异质性及其临床意义	三阴性乳腺癌（TNBC）的肿瘤细胞及其微环境	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Seurat包	RNA-seq数据	58个正常邻近组织和101个TNBC组织
2172	2024-08-09	Transcriptome Profiling of the Ovarian Cells at the Single-Cell Resolution in Adult Asian Seabass 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.647892 PMID:33855024	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了成年亚洲海鲈卵巢中几种不同细胞群体的分子特征	首次在性逆转鱼类物种中对卵巢细胞进行单细胞RNA测序分析，并比较了果蝇、哺乳动物和鱼类的转录组特征，揭示了卵巢发育中分子机制的保守性和差异性	NA	研究鱼类配子发生和性腺发育的分子机制	亚洲海鲈成年卵巢细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	几种不同细胞群体的成年亚洲海鲈卵巢细胞
2173	2024-08-09	Single-cell transcriptomic profiling provides insights into the toxic effects of Zearalenone exposure on primordial follicle assembly 2021, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.58433 PMID:33859742	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，探讨了玉米赤霉烯酮（ZEN）暴露对小鼠原始卵泡组装的影响	首次在单细胞水平上揭示了ZEN暴露对原始卵泡形成过程中细胞发育轨迹和细胞间通信网络的扰动，特别是Hippo信号通路的影响	NA	研究ZEN暴露对小鼠原始卵泡组装的影响及其分子机制	小鼠的原始卵泡组装	数字病理学	生殖健康	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	从16.5天交配后（dpc）到出生后第3天（PD3）的小鼠卵巢组织
2174	2024-08-09	Single-Cell Sequencing Reveals the Transcriptome and TCR Characteristics of pTregs and in vitro Expanded iTregs 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.619932 PMID:33868236	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了pTregs和体外扩增的iTregs的转录组和TCR特征	首次通过单细胞测序技术详细分析了pTregs和iTregs的转录组和TCR特征，并揭示了它们在功能和表型上的差异	研究主要集中在体外扩增的Tregs，未来需要进一步验证这些发现在体内的有效性和安全性	探索调节性T细胞（Tregs）的转录组和TCR特征，以及它们在免疫耐受和肿瘤逃避中的作用	调节性T细胞（Tregs），包括pTregs和iTregs	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	转录组数据	从结直肠癌患者中扩增的CD4+CD25+CD127细胞
2175	2024-08-09	Cells of the Immune System in Cardiac Remodeling: Main Players in Resolution of Inflammation and Repair After Myocardial Infarction 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.664457 PMID:33868315	综述	本文综述了免疫系统细胞在心肌梗死后心脏修复和炎症消退过程中的作用	介绍了基于单细胞RNA测序的新型细胞表型分类方法，有助于更好地理解参与炎症消退的细胞表型	文章提出了一些未解决的问题，需要进一步研究以将免疫细胞在心肌梗死后组织修复中的作用知识应用于实践	总结不同免疫系统细胞在心肌梗死后心脏修复过程中的作用，并讨论免疫介导疗法在急性心肌梗死患者中的可能前景	免疫系统细胞在心肌梗死后心脏修复和炎症消退中的作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
2176	2024-08-09	Leveraging Single-Cell Sequencing for Chimeric Antigen Receptor T Cell Therapies 2021-12, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2021.03.005 PMID:33832782	研究论文	本文探讨了如何利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术来分析嵌合抗原受体（CAR）-T细胞疗法的基因表达特征，以优化CAR设计、生产条件、治疗组合及疾病结果	本文首次详细描述了单细胞RNA测序在CAR-T细胞疗法中的应用，为该疗法的发展和临床监测提供了新的工具	NA	提高CAR-T细胞疗法对癌症的治疗效果	CAR-T细胞的基因表达特征及其在治疗中的应用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
2177	2024-08-09	Mutations in BRCA1 and BRCA2 differentially affect the tumor microenvironment and response to checkpoint blockade immunotherapy 2021-12, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-020-00139-8 PMID:33834176	研究论文	本文研究了BRCA1和BRCA2基因突变对肿瘤微环境和免疫检查点阻断疗法反应的差异性影响	首次报道了BRCA1和BRCA2基因突变在鼠和人类肿瘤中对免疫检查点阻断疗法反应的差异性影响，并发现BRCA2截断突变相较于BRCA1突变更能增强对免疫疗法的反应	NA	探究BRCA1和BRCA2基因突变对免疫检查点阻断疗法反应的影响及其机制	BRCA1和BRCA2基因突变对肿瘤微环境和免疫疗法反应的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2178	2024-08-09	Group-2 Innate Lymphoid Cells Promote HCC Progression Through CXCL2-Neutrophil-Induced Immunosuppression 2021-11, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.31855 PMID:33829508	研究论文	本研究探讨了第2组先天淋巴细胞（ILC2s）通过CXCL2-中性粒细胞诱导的免疫抑制促进肝细胞癌（HCC）进展的作用。	首次揭示了HCC中ILC2s的特定亚群通过产生趋化因子CXCL2和CXCL8招募中性粒细胞，形成免疫抑制微环境，从而促进肿瘤进展。	研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证。	评估HCC中ILC2s在肿瘤进展中的作用，并探索潜在的治疗策略。	第2组先天淋巴细胞（ILC2s）及其在肝细胞癌（HCC）中的作用。	免疫学	肝细胞癌	流式细胞术（FACS）、单细胞RNA测序、质谱细胞术	NA	细胞	涉及人类HCC样本和小鼠HCC模型
2179	2024-08-09	MicroCellClust: mining rare and highly specific subpopulations from single-cell expression data 2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab239 PMID:33830183	research paper	本文提出了一种数据挖掘方法MicroCellClust，用于从单细胞表达数据中识别具有高度特异性表达谱的小亚群细胞	MicroCellClust方法通过扩展最大和子矩阵问题，能够同时识别一小群细胞及其对应的特异性基因子集	NA	旨在从有限的单细胞表达数据中识别出罕见的细胞亚群	单细胞表达数据中的罕见细胞亚群	machine learning	breast cancer	scRNA-seq	NA	expression data	涉及人T细胞、乳腺癌样本和鼠胚胎干细胞的单细胞表达数据
2180	2024-08-09	How will artificial intelligence and bioinformatics change our understanding of IgA Nephropathy in the next decade? 2021-10, Seminars in immunopathology IF:7.9Q1 DOI:10.1007/s00281-021-00847-y PMID:33835214	研究论文	本文探讨了人工智能和生物信息学如何在未来十年改变我们对IgA肾病（IgAN）的理解	介绍了利用单细胞测序、下一代测序、蛋白质组学和复杂成像技术等新兴技术，结合先进的计算方法，来深入分析IgAN的复杂病理生理学	NA	探讨人工智能和生物信息学在IgAN研究中的应用，以提高对疾病的理解和患者护理	IgA肾病（IgAN）的病理生理学	生物信息学	肾病	单细胞测序、下一代测序、蛋白质组学	NA	分子、细胞和器官尺度的数据	NA