单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2081	2024-08-09	Analyzing master regulators and scRNA-seq of COVID-19 patients reveals an underlying anti-SARS-CoV-2 mechanism of ZNF proteins 2021-09-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab118 PMID:33907801	研究论文	本研究通过分析COVID-19患者的调控因子和单细胞RNA测序数据，揭示了ZNF蛋白在抗SARS-CoV-2感染中的潜在作用	首次发现女性COVID-19患者表达更多的ZNF蛋白和更强的转录活性，这些活性与SARS-CoV-2载量呈显著负相关，并能激活靶基因参与抗病毒感染	NA	探究不同性别COVID-19患者预后差异的原因及ZNF蛋白在抗SARS-CoV-2感染中的作用	COVID-19患者、ZNF蛋白及SARS-CoV-2感染	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3044例COVID-19患者
2082	2024-08-09	Inflation-collapse dynamics drive patterning and morphogenesis in intestinal organoids 2021-09-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.04.002 PMID:33915079	研究论文	本文研究了肠道类器官中干细胞自我组织形成结构化组织的过程，特别是干细胞区（SCZs）大小的调控机制。	通过改进肠道类器官培养条件，实现了长期时间流逝成像，揭示了离子通道介导的膨胀和机械敏感Piezo家族通道对SCZs形状的调控作用。	NA	探索干细胞如何自我组织形成结构化组织的问题。	肠道类器官中的干细胞区（SCZs）。	数字病理学	NA	时间流逝成像，单细胞转录组学	NA	图像，转录组数据	多个肠道类器官
2083	2024-08-09	Gene signature extraction and cell identity recognition at the single-cell level with Cell-ID 2021-09, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-00896-6 PMID:33927417	研究论文	本文介绍了一种名为Cell-ID的无聚类多元统计方法，用于从单细胞测序数据中稳健地提取每个细胞的基因特征	Cell-ID方法无需聚类，能够跨不同供体、组织来源、物种和单细胞组学技术重复提取基因特征，并用于自动细胞类型注释和跨数据集的细胞匹配	NA	开发一种新的方法来探索单细胞水平的细胞类型多样性	人类和鼠类的多种样本，包括血液细胞、胰腺胰岛、呼吸道、肠道和嗅觉上皮，以及全面的鼠细胞图谱数据集	数字病理学	NA	单细胞测序	多元统计方法	单细胞测序数据	多个人类和鼠类样本
2084	2024-08-09	Novel therapeutic targets to improve IVF outcomes in endometriosis patients: a review and future prospects 2021-08-20, Human reproduction update IF:14.8Q1 DOI:10.1093/humupd/dmab014 PMID:33930149	综述	本文综述了子宫内膜异位症患者不孕症的病理机制及现有治疗方案，旨在改善这些患者的体外受精（IVF）结果	探讨了子宫内膜异位症患者不孕症的分子机制，并提出了针对这些机制的治疗策略	尚未有明确的理论能完全解释子宫内膜异位症患者的不孕机制	探讨子宫内膜异位症导致不孕的病理机制及治疗方案，以改善IVF结果	子宫内膜异位症患者的不孕症及IVF结果	NA	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序	NA	RNA	123篇文献
2085	2024-08-09	Bayesian inference of gene expression states from single-cell RNA-seq data 2021-08, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-00875-x PMID:33927416	研究论文	本文提出了一种基于贝叶斯推断的单细胞RNA测序数据归一化方法Sanity	Sanity方法直接从原始的唯一分子标识符（UMI）计数中估计表达值及其误差范围，无需可调参数，并能有效校正生物学和测量采样噪声	文章未提及Sanity方法的具体局限性	开发一种新的单细胞RNA测序数据归一化方法，以提高下游分析任务的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	贝叶斯模型	基因表达数据	文章未提及具体样本数量
2086	2024-08-09	Spatial Transcriptomics: Molecular Maps of the Mammalian Brain 2021-07-08, Annual review of neuroscience IF:12.1Q1 DOI:10.1146/annurev-neuro-100520-082639 PMID:33914592	综述	本文综述了空间转录组学在神经解剖学中的应用及其对大脑分子图谱构建的影响	空间转录组学开启了神经解剖学的新时代，通过无监督和无偏见地探索组织结构的分子特征，推动新一代大脑图谱的产生	NA	探讨空间转录组学如何通过基因表达谱对大脑区域进行分子分类，从而超越主观的神经解剖学定义	哺乳动物大脑的分子图谱	分子生物学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
2087	2024-08-09	Expression map of entry receptors and infectivity factors for pan-coronaviruses in preimplantation and implantation stage human embryos 2021-Jul, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-021-02192-3 PMID:33913101	研究论文	本文分析了公开的单细胞RNA测序数据，研究了人类胚胎在植入前和植入阶段对多种冠状病毒的易感性	首次分析了人类胚胎中多种冠状病毒的进入受体和感染因子的表达图谱	NA	预测发育中的人类胚胎是否对多种冠状病毒易感	人类胚胎在植入前和植入阶段的细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	不同发育阶段的人类胚胎细胞
2088	2024-08-09	ChrNet: A re-trainable chromosome-based 1D convolutional neural network for predicting immune cell types 2021-07, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2021.04.037 PMID:33932523	研究论文	本文介绍了一种基于染色体的可重训练一维卷积神经网络（ChrNet），用于预测免疫细胞类型	ChrNet利用基因在染色体上的位置信息，提高了细胞类型分类的性能	NA	提高肿瘤微环境中免疫细胞类型的识别准确性，以改善癌症的临床预后和治疗管理	免疫细胞类型	机器学习	NA	一维卷积神经网络（1D-CNN）	CNN	基因数据	NA
2089	2024-08-09	Single-cell transcriptomic analyses of dairy cattle ruminal epithelial cells during weaning 2021-07, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2021.04.039 PMID:33933592	研究论文	本研究使用10× Genomics Chromium Controller获取了断奶前后两个荷斯坦小牛瘤胃上皮组织的单细胞RNA测序数据，并分析了细胞类型及其标记基因	首次在牛中实施单细胞转录组分析，揭示了瘤胃上皮细胞类型及其在断奶期间的发展	NA	研究断奶期间瘤胃上皮细胞的类型及其发展	荷斯坦小牛瘤胃上皮细胞	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	5064个断奶前细胞和1372个断奶后细胞
2090	2024-08-09	Heterozygous ANKRD17 loss-of-function variants cause a syndrome with intellectual disability, speech delay, and dysmorphism 2021-06-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2021.04.007 PMID:33909992	研究论文	本文描述了由杂合ANKRD17功能丧失变异引起的神经发育障碍综合征，表现为智力障碍、语言延迟和畸形	首次详细描述了ANKRD17变异引起的神经发育障碍，并提供了蛋白质模型和单细胞RNA测序数据支持其致病机制	研究样本仅限于34名个体，可能存在样本量不足的问题	阐明ANKRD17变异在神经发育障碍中的作用及其分子机制	ANKRD17基因变异及其对神经发育的影响	NA	智力障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	34名个体
2091	2024-08-09	Single-cell molecular and developmental perspectives of sexually dimorphic circuits underlying innate social behaviors 2021-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2021.03.010 PMID:33915498	综述	本文综述了在小鼠中，单细胞转录组学在揭示社会行为相关的神经回路中细胞类型的分子特征方面的应用	提出了使用多模态标准（包括基因表达、生理学和发育起源）来定义细胞类型，以深化对这些神经回路的理解	NA	探讨单细胞转录组学在理解神经回路及其在行为中的功能角色的应用	小鼠中与社会行为相关的神经回路中的细胞类型	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
2092	2024-08-09	Evolutionary genetic algorithm identifies IL2RB as a potential predictive biomarker for immune-checkpoint therapy in colorectal cancer 2021-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqab016 PMID:33928242	研究论文	本文利用进化算法Atlas Correlation Explorer (ACE)分析TCGA数据，识别出IL2RB作为结直肠癌免疫检查点治疗潜在的预测性生物标志物。	首次采用ACE算法挖掘TCGA数据，发现IL2RB与免疫检查点基因在结直肠癌中的关联。	NA	旨在发现结直肠癌患者对免疫检查点治疗反应的预测性生物标志物。	结直肠癌患者的免疫检查点治疗反应。	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序, 免疫组织化学	进化遗传算法	基因表达数据	115个MSI-H结直肠癌组织微阵列样本
2093	2024-08-09	Human Adult Fibroblast-like Synoviocytes and Articular Chondrocytes Exhibit Prominent Overlap in Their Transcriptomic Signatures 2021-Jun, ACR open rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1002/acr2.11255 PMID:33931959	研究论文	本研究通过深度分析和比较人成体纤维样滑膜细胞和关节软骨细胞的转录组特征，揭示了它们之间显著的转录组信号重叠	本研究首次揭示了人成体纤维样滑膜细胞和关节软骨细胞之间显著的转录组信号重叠，并提供了数据资源以帮助进一步解析关节稳态和退化的机制	NA	测试纤维样滑膜细胞和关节软骨细胞是否参与完全不同的分化程序以构建滑膜和关节软骨，并维持健康组织	人成体纤维样滑膜细胞和关节软骨细胞的转录组特征	NA	NA	bulk RNA测序和单细胞RNA测序	NA	转录组数据	新鲜分离的人成体关节软骨细胞、滑膜、初级纤维样滑膜细胞和皮肤成纤维细胞
2094	2024-08-09	Testicular germ cell tumors arise in the absence of sex-specific differentiation 2021-05-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.197111 PMID:33912935	研究论文	本文利用129.MOLF-Chr19小鼠模型和NANOS2报告基因等位基因，研究了NANOS2在睾丸生殖细胞肿瘤发生中的作用	首次揭示了NANOS2在睾丸生殖细胞肿瘤发生中的关键作用，并提出在缺乏性别分化的情况下，发育中的睾丸内的信号驱动生殖细胞转化	NA	探讨NANOS2在睾丸生殖细胞肿瘤发生中的作用及其机制	睾丸生殖细胞肿瘤的发生机制	NA	睾丸肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用129.MOLF-Chr19小鼠模型进行研究
2095	2024-08-09	Hierarchicell: an R-package for estimating power for tests of differential expression with single-cell data 2021-May-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-021-07635-w PMID:33932993	研究论文	Hierarchicell是一个R包，用于估计单细胞数据中差异表达测试的统计功效	Hierarchicell是首个明确模拟并考虑单细胞RNA-seq数据中层级相关结构（即样本内相关性）的单细胞功率计算器	NA	开发一个工具，用于准确估计单细胞RNA-seq数据中差异表达测试的统计功效	单细胞RNA-seq数据中的差异表达测试	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	用户指定的独立实验单位数量（如个体）和实验单位内的细胞数量
2096	2024-08-09	Synthetic single cell RNA sequencing data from small pilot studies using deep generative models 2021-04-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-88875-4 PMID:33931726	研究论文	本文探讨了使用深度生成模型（如变分自编码器VAEs和深度玻尔兹曼机DBMs）从小型试点研究中生成合成单细胞RNA测序数据的可行性	本文提出了两种深度生成模型方法：单细胞变分推理scVI和单细胞深度玻尔兹曼机scDBMs，并探讨了它们在不同样本大小下的表现	所有方法在处理不同丰度的细胞类型时，存在过度表示高丰度细胞类型和遗漏低丰度细胞类型的问题，并且在处理双峰性问题时遇到困难	研究深度生成模型在单细胞转录组学中的应用，以支持scRNA-seq实验的设计	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	VAEs, DBMs	数据	小型试点研究数据集
2097	2024-08-09	miRNA activity inferred from single cell mRNA expression 2021-04-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-88480-5 PMID:33911110	研究论文	本文通过利用miRNA结合已定义的序列基序并通常下调目标基因的特性，展示了从单细胞RNA测序数据中通过基序富集分析推导miRNA活性的方法	本文创新地反向利用基序富集分析，从miRNA种子站点推导单细胞中miRNA的活性测量	NA	展示如何从单细胞RNA测序数据中推导miRNA活性	miRNA活性在单细胞水平上的估计	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	9679个TCGA癌症样本，以及人类和小鼠的单细胞RNA测序数据集
2098	2024-08-09	Differentiation reveals latent features of aging and an energy barrier in murine myogenesis 2021-04-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109046 PMID:33910007	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析年轻和老年小鼠肌肉单核细胞的肌肉干细胞（MuSCs）和纤维脂肪前体细胞（FAPs）在分化过程中的变化	研究发现分化过程揭示了衰老的潜在特征，并发现老年MuSCs在分化过程中接近命运决定时停滞	NA	探究年龄相关变化在分化轨迹中的表现	肌肉干细胞（MuSCs）和纤维脂肪前体细胞（FAPs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	年轻和老年小鼠的肌肉单核细胞
2099	2024-08-09	Investigating Cellular Trajectories in the Severity of COVID-19 and Their Transcriptional Programs Using Machine Learning Approaches 2021-04-24, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12050635 PMID:33923155	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本，通过机器学习算法推断细胞变化轨迹并识别其转录程序	本研究首次应用深度学习算法DrivAER识别COVID-19发病机制中的潜在驱动通路和转录因子，并发现巨噬细胞相关的功能与疾病严重程度的相关性更高	NA	探究COVID-19发病机制在单细胞层面的转录驱动因素及其动态变化	COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本中的细胞变化轨迹及其转录程序	机器学习	COVID-19	单细胞RNA测序	深度学习算法DrivAER	基因表达数据	COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本
2100	2024-08-09	Retinal glial remodeling by FGF21 preserves retinal function during photoreceptor degeneration 2021-Apr-23, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.102376 PMID:33937726	研究论文	本研究探讨了纤维母细胞生长因子21（FGF21）在视网膜色素变性（RP）模型小鼠中对视网膜功能的保护作用	首次发现FGF21能通过调节Müller胶质细胞的形态和功能，保护视网膜在光感受器退化过程中的功能	NA	探索FGF21在视网膜退化疾病中的治疗潜力	视网膜色素变性（RP）模型小鼠	数字病理学	视网膜疾病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	P23H小鼠