单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 2061 - 2080 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2061 | 2024-08-09 |
Hotspot identifies informative gene modules across modalities of single-cell genomics
2021-05-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2021.04.005
PMID:33951459
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研究论文 | 本文提出了一种名为“Hotspot”的方法，用于在单细胞基因组学的多模态数据中识别信息性基因模块 | Hotspot方法能够直接在给定的细胞间相似性度量上操作，并可与任何识别细胞间转录变异主要轴的方法（线性或非线性）集成 | NA | 旨在解决单细胞RNA-seq数据分析中识别信息性基因变异及其模块化组织的问题 | 单细胞RNA-seq数据中的基因变异及其模块化组织 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 2062 | 2024-08-09 |
scSNV: accurate dscRNA-seq SNV co-expression analysis using duplicate tag collapsing
2021-05-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02364-5
PMID:33962667
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研究论文 | 本文介绍了scSNV，一种用于dscRNA-seq实验中通过分子重复标签折叠来准确识别单核苷酸变异及其共表达的新方法 | scSNV通过折叠分子重复标签，提高了变异识别的准确性，并能同时检测遗传变异和A>G RNA编辑 | NA | 开发一种新的流程，以最大化dscRNA-seq实验中变异调用的准确性，并利用分子重复来优化变异共表达的检测 | dscRNA-seq实验中的单核苷酸变异及其共表达 | 生物信息学 | NA | dscRNA-seq | NA | RNA序列 | 二十二个样本 |
| 2063 | 2024-08-09 |
scRNA Transcription Profile of Adult Zebrafish Podocytes Using a Novel Reporter Strain
2021-May-05, Cellular physiology and biochemistry : international journal of experimental cellular physiology, biochemistry, and pharmacology
IF:2.5Q2
DOI:10.33594/000000366
PMID:33945241
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研究论文 | 本文通过建立转基因斑马鱼模型，利用荧光报告基因标记足细胞并进行单细胞RNA测序，以识别和分离足细胞并构建scRNA-seq文库。 | 首次使用转基因斑马鱼模型进行足细胞的单细胞RNA测序，识别了多种足细胞转录本，并与人类和小鼠的成熟足细胞表达的蛋白质相关。 | NA | 识别维持足细胞完整性的分子标记，以更好地理解导致损伤的变化。 | 斑马鱼足细胞的分子标记和单细胞RNA测序数据。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 从转基因斑马鱼报告系中分离的足细胞 |
| 2064 | 2024-08-09 |
Single-cell analysis reveals urothelial cell heterogeneity and regenerative cues following cyclophosphamide-induced bladder injury
2021-05-05, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-021-03740-6
PMID:33953164
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研究论文 | 本研究使用基于液滴的单细胞RNA测序技术，分析了在小鼠膀胱黏膜层在正常和受伤条件下的细胞类型，揭示了尿路上皮细胞的异质性及其在环磷酰胺诱导的膀胱损伤后的再生机制 | 首次详细描述了在环磷酰胺诱导的膀胱损伤中，不同膀胱细胞亚群如何协同作用以驱动修复和再生过程 | NA | 深入理解环磷酰胺诱导的膀胱损伤期间的细胞动态，并识别对受伤膀胱再生有重要贡献的微环境因子 | 小鼠膀胱黏膜层的细胞在正常和受伤条件下的类型和功能 | 数字病理学 | 膀胱疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 2065 | 2024-08-09 |
Deep generative model embedding of single-cell RNA-Seq profiles on hyperspheres and hyperbolic spaces
2021-05-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-22851-4
PMID:33953202
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scPhere的可扩展深度生成模型，用于将单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据嵌入到低维的超球面或双曲空间中，以准确表示scRNA-seq数据 | scPhere模型解决了多层次的复杂批次因素，促进了大型数据集的交互式可视化，解决了细胞拥挤问题，并揭示了时间轨迹 | NA | 开发一种新的方法来处理和解释单细胞RNA测序数据中的维度降低问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 深度生成模型 | 文本 | 九个大型数据集，来自人类患者或动物发育的复杂组织 |
| 2066 | 2024-08-09 |
Distinct identities of leaf phloem cells revealed by single cell transcriptomics
2021-05-05, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koaa060
PMID:33955487
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学技术揭示了叶片韧皮部细胞的不同身份 | 首次通过单细胞转录组学技术详细分析了叶片韧皮部细胞的代谢途径和功能 | NA | 探究叶片韧皮部细胞的特性和功能 | 叶片韧皮部细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 至少19种细胞集群 |
| 2067 | 2024-08-09 |
Evidence for phloem loading via the abaxial bundle sheath cells in maize leaves
2021-05-05, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koaa055
PMID:33955497
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了C4玉米叶片中束鞘细胞的分化，特别是背侧束鞘细胞在韧皮部装载中的作用 | 发现了玉米中一种新的韧皮部装载机制，其中背侧束鞘细胞为主要途径，用于质外体蔗糖向韧皮部的转移 | NA | 研究C4玉米叶片中束鞘细胞的分化及其在韧皮部装载中的作用 | C4玉米的束鞘细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 2068 | 2024-08-09 |
Single-keratinocyte transcriptomic analyses identify different clonal types and proliferative potential mediated by FOXM1 in human epidermal stem cells
2021-05-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-22779-9
PMID:33947848
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，识别了人类表皮干细胞中由FOXM1介导的不同克隆类型和增殖潜力 | 发现FOXM1作为YAP依赖的关键调节因子在表皮干细胞中的作用 | NA | 提高表皮培养中干细胞测量的标准 | 人类表皮干细胞及其克隆类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2069 | 2024-08-09 |
Cell-level metadata are indispensable for documenting single-cell sequencing datasets
2021-05, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3001077
PMID:33945522
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研究论文 | 本文讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集中细胞级元数据的重要性及其在现有研究中的缺失情况 | 强调了细胞级元数据在单细胞测序数据中的不可或缺性，并呼吁提高相关标准和文档记录 | 指出大多数研究未能提供足够的细胞级元数据，导致数据复现、探索和验证的困难 | 探讨单细胞RNA测序数据中细胞级元数据的必要性及其对研究的影响 | 单细胞RNA测序数据及其细胞级元数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 数据集 | NA |
| 2070 | 2024-08-09 |
A single-cell map of intratumoral changes during anti-PD1 treatment of patients with breast cancer
2021-05, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-021-01323-8
PMID:33958794
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研究论文 | 研究了乳腺癌患者在接受抗PD1治疗前后肿瘤内细胞的变化，通过单细胞转录组、T细胞受体和蛋白质组分析，揭示了免疫治疗反应的异质性 | 首次详细描述了抗PD1治疗前后乳腺癌肿瘤内T细胞的克隆扩增及其相关免疫表型和基因集的变化 | 研究仅限于激素受体阳性或三阴性乳腺癌患者，且样本量相对较小 | 探讨为何只有部分乳腺癌肿瘤对抗PD1免疫检查点阻断治疗有反应 | 乳腺癌患者的肿瘤细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组、T细胞受体和蛋白质组分析 | NA | 单细胞数据 | 29名接受抗PD1治疗的患者和11名在接受新辅助化疗后接受抗PD1治疗的患者 |
| 2071 | 2024-08-09 |
Transcriptional analysis of cystic fibrosis airways at single-cell resolution reveals altered epithelial cell states and composition
2021-05, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-021-01332-7
PMID:33958799
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，比较了囊性纤维化患者和健康捐赠者的近端气道，揭示了疾病相关的细胞状态和组成的改变 | 本研究首次在单细胞分辨率下分析了囊性纤维化气道的转录组变化，并发现了疾病依赖性的细胞差异 | NA | 揭示囊性纤维化气道疾病的细胞状态和组成变化，为开发新的靶向疗法提供分子图谱 | 囊性纤维化患者的近端气道与健康肺捐赠者的近端气道 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | 囊性纤维化患者样本19例，健康肺捐赠者样本19例 |
| 2072 | 2024-08-09 |
Predicting anti-PD-1 responders in malignant melanoma from the frequency of S100A9+ monocytes in the blood
2021-05, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2020-002171
PMID:33963011
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析，研究了恶性黑色素瘤患者中S100A9+单核细胞频率与抗PD-1治疗反应的关系 | 首次揭示了S100A9+单核细胞在预测抗PD-1治疗反应中的潜在作用 | 研究样本量较小，需要进一步在大规模患者群体中验证 | 寻找预测抗PD-1治疗反应的生物标志物 | 恶性黑色素瘤患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 恶性黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 细胞 | 单细胞RNA测序分析涉及8例患者，流式细胞术分析涉及20例患者 |
| 2073 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Tissue Compartment-Specific Plasticity of Mycosis Fungoides Tumor Cells
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.666935
PMID:33968070
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了晚期蕈样霉菌病（MF）患者皮肤、血液和淋巴结中的肿瘤微环境，揭示了MF肿瘤细胞在不同组织隔室中的表型和功能可塑性。 | 首次通过单细胞RNA测序技术，结合V-D-J T细胞受体测序，详细描述了MF肿瘤细胞在不同组织环境中的表型和功能变化。 | 研究仅基于单一患者的数据，可能限制了结果的普遍性和广泛适用性。 | 探讨蕈样霉菌病肿瘤细胞在疾病进展过程中与组织环境相关的表型和功能特性。 | 蕈样霉菌病患者的皮肤、血液和淋巴结中的肿瘤细胞及其微环境。 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 单一患者 |
| 2074 | 2024-08-09 |
Cryopreservation Preserves Cell-Type Composition and Gene Expression Profiles in Bone Marrow Aspirates From Multiple Myeloma Patients
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.663487
PMID:33968139
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术比较了新鲜和冷冻的骨髓抽吸物中细胞类型组成和基因表达谱，以评估冷冻保存对多发性骨髓瘤患者样本的影响 | 首次详细研究了冷冻保存对多发性骨髓瘤患者骨髓抽吸物中单细胞基因表达谱和细胞类型比例的影响 | 研究样本仅限于六名多发性骨髓瘤患者，可能需要更多样本以验证结果的普遍性 | 探讨冷冻保存是否会影响多发性骨髓瘤患者骨髓抽吸物中的细胞类型组成和基因表达谱 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓抽吸物中的细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 六名多发性骨髓瘤患者的骨髓抽吸物 |
| 2075 | 2024-08-09 |
Irradiation-Induced Changes in the Immunogenicity of Lung Cancer Cell Lines: Based on Comparison of X-rays and Carbon Ions
2021, Frontiers in public health
IF:3.0Q2
DOI:10.3389/fpubh.2021.666282
PMID:33968889
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研究论文 | 本研究通过比较碳离子和X射线在不同时间和剂量窗口下对肺癌细胞系免疫原性变化的影响，探讨了两者在诱导免疫效应方面的差异 | 首次全面比较了碳离子和X射线在不同时间和剂量窗口下对肺癌细胞系免疫原性变化的影响，并推测碳离子在诱导免疫效应方面可能比传统X射线更具优势 | 研究主要集中在特定肺癌细胞系和特定免疫标志物上，可能需要进一步扩大样本和标志物范围以验证结果的普遍性 | 探讨碳离子和X射线在不同时间和剂量窗口下对肺癌细胞系免疫原性变化的影响，以及其在诱导免疫效应方面的差异 | 肺癌细胞系A549、H520和Lewis Lung Carcinoma (LLC) | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、ELISA | NA | 基因表达数据 | 涉及A549、H520和Lewis Lung Carcinoma (LLC)三种肺癌细胞系 |
| 2076 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome and genome analyses of pituitary neuroendocrine tumors
2021-11-02, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noab102
PMID:33908609
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组和基因组分析，研究了垂体神经内分泌肿瘤的特征和异质性 | 通过高精度的单细胞RNA测序和单细胞多组学测序，揭示了垂体神经内分泌肿瘤的新型肿瘤相关基因和基因表达模式 | NA | 深入理解垂体神经内分泌肿瘤的发病机制和异质性 | 垂体神经内分泌肿瘤及其亚型 | 数字病理学 | 垂体肿瘤 | 单细胞RNA测序，单细胞多组学测序 | NA | 转录组数据，基因组数据 | 2679个单细胞来自23个手术切除样本，238个单细胞来自5个患者 |
| 2077 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics applied to emigrating cells from psoriasis elucidate pathogenic versus regulatory immune cell subsets
2021-11, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2021.04.021
PMID:33932468
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学技术分析了银屑病患者皮肤迁移细胞的基因表达，以阐明致病性和调节性免疫细胞亚群的特征。 | 本研究首次应用单细胞转录组学于银屑病患者皮肤迁移细胞，提供了一个创新的研究平台，用于比较不同炎症性皮肤病中异质免疫细胞的基因表达谱。 | 先前的人类皮肤单细胞数据中，炎症细胞仅占总体细胞的一小部分，难以确定功能性亚群。 | 旨在通过单细胞转录组学技术克服上述限制，阐明银屑病患者皮肤中致病性和调节性免疫细胞亚群的体外基因表达谱。 | 银屑病患者皮肤迁移细胞的基因表达。 | 单细胞转录组学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | 细胞 | 来自银屑病患者和对照组皮肤的人类迁移细胞 |
| 2078 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomes reveal characteristic features of cell types within the human adrenal microenvironment
2021-11, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.30398
PMID:33934358
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术揭示了人类肾上腺微环境中细胞类型的特征 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了人类肾上腺微环境中细胞类型的特征，包括非免疫细胞的免疫激活和肾上腺皮质细胞的性别相关多样性 | NA | 揭示人类肾上腺微环境中细胞类型的特征，为肾上腺疾病的研究提供基础 | 人类肾上腺微环境中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 2079 | 2024-08-09 |
Analyzing master regulators and scRNA-seq of COVID-19 patients reveals an underlying anti-SARS-CoV-2 mechanism of ZNF proteins
2021-09-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab118
PMID:33907801
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研究论文 | 本研究通过分析COVID-19患者的调控因子和单细胞RNA测序数据，揭示了ZNF蛋白在抗SARS-CoV-2感染中的潜在作用 | 首次发现女性COVID-19患者表达更多的ZNF蛋白和更强的转录活性，这些活性与SARS-CoV-2载量呈显著负相关，并能激活靶基因参与抗病毒感染 | NA | 探究不同性别COVID-19患者预后差异的原因及ZNF蛋白在抗SARS-CoV-2感染中的作用 | COVID-19患者、ZNF蛋白及SARS-CoV-2感染 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3044例COVID-19患者 |
| 2080 | 2024-08-09 |
Inflation-collapse dynamics drive patterning and morphogenesis in intestinal organoids
2021-09-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.04.002
PMID:33915079
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研究论文 | 本文研究了肠道类器官中干细胞自我组织形成结构化组织的过程，特别是干细胞区（SCZs）大小的调控机制。 | 通过改进肠道类器官培养条件，实现了长期时间流逝成像，揭示了离子通道介导的膨胀和机械敏感Piezo家族通道对SCZs形状的调控作用。 | NA | 探索干细胞如何自我组织形成结构化组织的问题。 | 肠道类器官中的干细胞区（SCZs）。 | 数字病理学 | NA | 时间流逝成像，单细胞转录组学 | NA | 图像，转录组数据 | 多个肠道类器官 |