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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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2041 | 2024-08-09 |
Inferring Cell Subtypes and LncRNA Function by a Cell-Specific CeRNA Network in Breast Cancer
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.656675
PMID:33987091
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研究论文 | 本文提出了一种基于细胞特异性ceRNA网络(CCN)的新策略,用于推断乳腺癌中的细胞亚型和长非编码RNA(lncRNA)功能 | 本文创新性地构建了细胞特异性ceRNA网络(CCN),通过整合细胞特异性RNA-RNA共表达网络(RCN)和现有的ceRNA网络,用于推断细胞亚型和lncRNA功能 | NA | 研究旨在探索乳腺癌中单细胞水平的细胞亚型和lncRNA功能 | 乳腺癌中的细胞亚型和lncRNA功能 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 表达谱 | NA |
2042 | 2024-08-09 |
Identification of Silkworm Hemocyte Subsets and Analysis of Their Response to Baculovirus Infection Based on Single-Cell RNA Sequencing
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.645359
PMID:33995363
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,全面鉴定了家蚕血细胞亚群,并分析了它们对杆状病毒感染的响应 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分类了家蚕血细胞,并揭示了杆状病毒感染对血细胞类型分布的显著影响 | 研究主要集中在血细胞的分子和细胞特性分析,未涉及更广泛的生理或生态影响 | 揭示家蚕血细胞的多样性及其对杆状病毒感染的响应 | 家蚕血细胞及其对杆状病毒感染的响应 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括20个细胞集群及其潜在标记基因 |
2043 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome profiling reveals vascular endothelial cell heterogeneity in human skin
2021, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.54917
PMID:33995668
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了人皮肤中血管内皮细胞的异质性 | 首次在单细胞水平上详细描述了皮肤中血管内皮细胞的组织特异性特征和内部异质性 | NA | 探究人皮肤中血管内皮细胞的功能角色和异质性 | 人皮肤中的血管内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组 | 10名供体的皮肤组织 |
2044 | 2024-08-09 |
Endocrine Pancreas Development and Dysfunction Through the Lens of Single-Cell RNA-Sequencing
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.629212
PMID:33996792
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研究论文 | 本文综述了通过单细胞RNA测序技术在内分泌胰腺发育和功能方面的最新进展 | 利用单细胞RNA测序技术,能够捕捉数千个单个细胞的转录组,包括稀有细胞类型、亚型和短暂状态,从而推断细胞转换的发育轨迹和基因调控途径 | NA | 探讨内分泌胰腺发育和功能,以及其在糖尿病病理学中的应用 | 内分泌胰腺的发育和功能,以及糖尿病中的病理胰腺 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千个单个细胞 |
2045 | 2024-08-09 |
Gene Families With Stochastic Exclusive Gene Choice Underlie Cell Adhesion in Mammalian Cells
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.642212
PMID:33996799
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研究论文 | 本文探讨了基因家族中通过随机独占基因选择机制在哺乳动物细胞中实现细胞粘附的现象 | 本文提出了一种简单的度量方法,通过单细胞RNA测序数据检测基因表达的独占性,发现独占基因选择不仅限于典型家族,还扩展到其他细胞类型中的膜蛋白 | 本文主要依赖于单细胞RNA测序数据进行分析,可能存在数据解读的局限性 | 研究基因家族中随机独占基因选择机制在细胞粘附中的作用 | 研究对象包括T细胞受体、气味受体和原钙粘蛋白等基因家族 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个细胞类型 |
2046 | 2024-08-09 |
Cellsnp-lite: an efficient tool for genotyping single cells
2021-12-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab358
PMID:33963851
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研究论文 | 介绍了一种名为cellsnp-lite的软件工具,用于单细胞测序数据的基因分型 | cellsnp-lite在计算速度和内存效率方面相比现有方法有显著提升,同时保持高度一致的结果 | NA | 开发适用于单细胞测序数据的基因分型方法 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
2047 | 2024-08-09 |
The diversity of adult lung epithelial stem cells and their niche in homeostasis and regeneration
2021-12, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-020-1902-3
PMID:33948870
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综述 | 本文综述了成年肺部上皮干细胞及其微环境在稳态和再生中的多样性 | 利用单细胞测序、谱系追踪和活体组织成像技术,深入理解了干细胞异质性、过渡状态和特定细胞谱系标记 | NA | 探讨成年肺部上皮干细胞及其微环境在稳态和再生中的作用 | 成年肺部上皮干细胞及其微环境 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
2048 | 2024-08-09 |
Improving Single-Cell RNA-seq Clustering by Integrating Pathways
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab147
PMID:33940590
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研究论文 | 本文研究了通过整合通路信息来提高单细胞RNA测序数据聚类方法的准确性和鲁棒性 | 提出了一种通过整合通路信息来减少噪声并提高单细胞聚类性能的方法 | 未提及具体限制 | 提高单细胞RNA测序数据聚类方法的准确性和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据及其聚类方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 26个scRNA-seq数据集 |
2049 | 2024-08-09 |
Anti-bias training for (sc)RNA-seq: experimental and computational approaches to improve precision
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab148
PMID:33959753
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研究论文 | 本文讨论了(sc)RNA-seq技术中的偏差问题,包括其来源、影响以及生物信息学方法来纠正这些偏差,并探讨了如何利用这些偏差来推断样本制备过程的特征,从而改进文库制备 | 提出了实验和计算方法来提高(sc)RNA-seq的精确度,并利用偏差来改进样本制备过程 | NA | 提高(sc)RNA-seq技术的敏感性和精确度 | (sc)RNA-seq数据中的全局偏差及其对RNA检测和定量的影响 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
2050 | 2024-08-09 |
Clustering single-cell RNA-seq data by rank constrained similarity learning
2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab276
PMID:33961003
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研究论文 | 本文介绍了一种新的聚类算法RCSL,用于通过单细胞RNA测序数据准确识别复杂组织中的各种细胞类型 | RCSL算法结合了细胞间的局部相似性和全局相似性,以区分同类型细胞间的细微差异和不同类型细胞间的大差异 | NA | 提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | RCSL算法 | 表达向量 | 16个基准单细胞RNA测序数据集 |
2051 | 2024-08-09 |
CD276 expression enables squamous cell carcinoma stem cells to evade immune surveillance
2021-09-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.04.011
PMID:33945793
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研究论文 | 本文研究了鳞状细胞癌干细胞通过上调免疫检查点分子CD276来逃避宿主免疫反应的机制 | 首次揭示了鳞状细胞癌干细胞通过表达CD276来逃避免疫监视的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步的人体临床试验验证 | 探讨鳞状细胞癌干细胞逃避免疫监视的机制,并评估靶向CD276的治疗潜力 | 鳞状细胞癌干细胞及其免疫逃逸机制 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及小鼠和人类的头颈部鳞状细胞癌样本 |
2052 | 2024-08-09 |
Generation of hypothalamic arcuate organoids from human induced pluripotent stem cells
2021-09-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.04.006
PMID:33961804
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研究论文 | 本文报道了从人诱导多能干细胞(iPSCs)生成下丘脑弓状器官(ARCOs)的方法,用于模拟人类下丘脑弓状核的发育 | 首次成功生成能够模拟特定下丘脑亚区域发育的器官模型,并通过单细胞RNA测序和机器学习分析揭示了弓状核细胞类型的分子异质性 | NA | 研究人类下丘脑弓状核的发育及其在Prader-Willi综合征(PWS)中的异常 | 人诱导多能干细胞(iPSCs)生成的下丘脑弓状器官(ARCOs) | 数字病理学 | Prader-Willi综合征 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 转录组 | NA |
2053 | 2024-08-09 |
NK cell and ILC heterogeneity in colorectal cancer. New perspectives from high dimensional data
2021-08, Molecular aspects of medicine
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.mam.2021.100967
PMID:33941383
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综述 | 本文综述了自然杀伤细胞(NK细胞)和先天性淋巴细胞(ILCs)在结直肠癌(CRC)中的异质性及其在疾病发生发展中的作用 | 利用下一代测序技术和单细胞RNA测序方法,结合多维流式细胞术分析,揭示了ILC系统在稳态和病理状态下的复杂性和异质性 | NA | 探讨NK细胞和ILCs在CRC发病机制中的保护性和有害作用 | NK细胞和ILCs在CRC中的表型和转录修饰 | NA | 结直肠癌 | 下一代测序技术,单细胞RNA测序 | NA | 高维数据 | NA |
2054 | 2024-08-09 |
A hypothetical role for autophagy during the day/night rhythm-regulated melatonin synthesis in the rat pineal gland
2021-Aug, Journal of pineal research
IF:8.3Q1
DOI:10.1111/jpi.12742
PMID:33960014
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了松果体中不同细胞群体背后的基因调控网络,并首次描述了松果体中自噬流在昼夜节律中的激活,表明自噬可能在调节松果体中的褪黑激素合成中起作用 | 首次描述了松果体中自噬流在昼夜节律中的激活,并提出了自噬在昼夜节律调节褪黑激素合成中的潜在作用 | NA | 探讨自噬在昼夜节律调节松果体中褪黑激素合成中的作用 | 大鼠松果体中的自噬流和褪黑激素合成 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 大鼠松果体中的单个细胞 |
2055 | 2024-08-09 |
Variants in GCNA, X-linked germ-cell genome integrity gene, identified in men with primary spermatogenic failure
2021-Aug, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-021-02287-y
PMID:33963445
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研究论文 | 本文通过基因组研究分析了精子发生失败(SPGF)的男性,发现X连锁的生殖细胞核抗原(GCNA)基因中的单核苷酸变异(SNV)与男性不育有关。 | 首次揭示GCNA基因在人类男性不育中的作用,该基因对维持生殖细胞基因组完整性至关重要。 | NA | 研究GCNA基因变异与男性不育之间的关系。 | GCNA基因在男性不育中的作用及其变异的影响。 | NA | 男性不育 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,计算建模 | NA | 基因组数据 | 初始分析样本量为176,后续研究样本量为2049。 |
2056 | 2024-08-09 |
Single-cell Profiles and Prognostic Impact of Tumor-Infiltrating Lymphocytes Coexpressing CD39, CD103, and PD-1 in Ovarian Cancer
2021-07-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-4394
PMID:33963000
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研究论文 | 本研究评估了在卵巢癌中表达CD39、CD103和PD-1的肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)的表型、克隆性和预后意义 | 首次详细描述了同时表达CD39、CD103和PD-1的TIL亚群,并揭示了其在卵巢癌中的预后价值和潜在的免疫治疗靶点 | NA | 探讨肿瘤浸润淋巴细胞中特定标记物的表达及其在卵巢癌中的预后影响 | 高级别浆液性卵巢癌(HGSC)中的肿瘤浸润淋巴细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 高维流式细胞术、单细胞测序、多重免疫荧光 | NA | 细胞 | 初级和匹配的化疗前/后HGSC样本 |
2057 | 2024-08-09 |
Molecular identity of human limbal heterogeneity involved in corneal homeostasis and privilege
2021-07, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2021.04.010
PMID:33964410
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术描绘了人类角膜缘组织的细胞图谱,并揭示了其在角膜稳态和免疫血管生成特权中的作用 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了人类角膜缘组织的细胞类型和状态,揭示了角膜缘干细胞/祖细胞在细胞间通讯中的核心作用及其与微环境细胞的双向调控关系 | NA | 描绘人类角膜缘组织的细胞图谱,揭示其在角膜稳态和免疫血管生成特权中的作用 | 人类角膜缘组织的细胞类型和状态 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | t-分布随机邻域嵌入(t-SNE) | 细胞 | 从六个人类角膜缘组织中收集了47,627个细胞 |
2058 | 2024-08-09 |
Cellular components of the hematopoietic niche and their regulation of hematopoietic stem cell function
2021-07-01, Current opinion in hematology
IF:3.1Q2
DOI:10.1097/MOH.0000000000000656
PMID:33966008
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综述 | 本文综述了造血干细胞(HSC)功能的调控机制,特别是骨细胞、骨巨噬细胞和巨核细胞在造血微环境中的作用及其相互作用 | 利用转基因小鼠模型、单细胞RNA测序、转录组分析、蛋白质组学和活体动物成像等新技术,揭示了HSC在骨内的位置及维持微环境所需的信号分子 | NA | 探讨造血干细胞的发育和功能如何被造血微环境中的多种细胞成分调控 | 骨细胞、骨巨噬细胞和巨核细胞在造血微环境中的作用及其相互作用 | NA | NA | 转基因小鼠模型、单细胞RNA测序、转录组分析、蛋白质组学、活体动物成像 | NA | NA | NA |
2059 | 2024-08-09 |
DSCAM/PAK1 pathway suppression reverses neurogenesis deficits in iPSC-derived cerebral organoids from patients with Down syndrome
2021-06-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI135763
PMID:33945512
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研究论文 | 本研究通过组织学检测和无偏倚的单细胞RNA测序分析,探讨了唐氏综合征患者诱导多能干细胞衍生的脑类器官中与早期大脑发育相关的细胞类型特异性异常,并发现抑制DSCAM/PAK1通路可以逆转神经发生缺陷。 | 首次展示了通过抑制DSCAM/PAK1通路可以逆转唐氏综合征患者脑类器官中的异常神经发生,为理解唐氏综合征的分子机制提供了新视角。 | 研究样本量较小,仅包括3名唐氏综合征患者的iPSCs和4个正常细胞系,可能影响结果的普遍性。 | 探讨唐氏综合征早期大脑发育中的细胞类型特异性异常及其分子机制。 | 唐氏综合征患者的诱导多能干细胞衍生的脑类器官。 | 数字病理学 | 唐氏综合征 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 细胞 | 4个正常细胞系和3名唐氏综合征患者的iPSCs |
2060 | 2024-08-09 |
Multi-tissue single-cell analysis deconstructs the complex programs of mouse natural killer and type 1 innate lymphoid cells in tissues and circulation
2021-06-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.03.024
PMID:33945787
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了小鼠自然杀伤细胞和1型先天淋巴细胞在不同组织和循环系统中的基因表达程序 | 首次全面揭示了小鼠不同组织中自然杀伤细胞和1型先天淋巴细胞的基因表达程序,并发现肿瘤小鼠循环系统中自然杀伤细胞程序的重塑 | NA | 解析小鼠自然杀伤细胞和1型先天淋巴细胞在不同组织和循环系统中的复杂基因表达程序 | 小鼠自然杀伤细胞和1型先天淋巴细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自血液、脾脏、多种组织和实体肿瘤的小鼠NK1.1NKp46细胞 |