单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2001	2024-08-09	Spatio-temporal landscape of mouse epididymal cells and specific mitochondria-rich segments defined by large-scale single-cell RNA-seq 2021-May-18, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-021-00260-7 PMID:34001862	研究论文	本研究通过大规模单细胞RNA测序技术，详细分析了小鼠附睾细胞的组成及其在不同附睾段的时空差异表达基因和线粒体的分布	首次揭示了小鼠附睾中线粒体的空间特异性分布模式及关键基因，这些基因可能与精子的功能相关	NA	研究小鼠附睾细胞的单细胞转录组图谱，揭示与精子功能相关的关键基因和线粒体分布模式	小鼠附睾细胞及其线粒体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	共检测了40,623个细胞，并进一步聚类为8种已识别的细胞群体
2002	2024-08-09	Identifying cell types from single-cell data based on similarities and dissimilarities between cells 2021-May-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-03873-z PMID:34006217	研究论文	本文提出了一种改进的谱聚类方法，用于基于细胞间的相似性和差异性从单细胞数据中识别细胞类型	本文的创新点在于结合了细胞间的相似性和差异性，改进了现有的谱聚类方法，提高了细胞类型识别的准确性和鲁棒性	本文的局限性在于仅在几个真实的单细胞RNA-seq数据集上进行了验证，可能需要进一步在更多数据集上进行测试	研究目的是提高从单细胞数据中识别细胞类型的准确性和鲁棒性	研究对象是单细胞数据中的细胞类型	计算系统生物学	NA	单细胞测序	谱聚类	基因表达数据	几个真实的单细胞RNA-seq数据集
2003	2024-08-09	Single cell RNA-seq analysis of the flexor digitorum brevis mouse myofibers 2021-05-17, Skeletal muscle IF:5.3Q2 DOI:10.1186/s13395-021-00269-2 PMID:34001262	研究论文	本研究通过全细胞流式分选方法，对小鼠快缩趾屈肌的骨骼肌纤维进行单细胞RNA测序分析	本研究首次采用全细胞流式分选方法进行单细胞RNA测序，而不是基于单核RNA的方法	只有171个细胞被认为是最佳的，这可能限制了数据的全面性	验证全细胞流式分选方法在单一肌肉类型中单细胞RNA测序的可行性	小鼠快缩趾屈肌的骨骼肌纤维	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	763个完整和破碎的骨骼肌纤维
2004	2024-08-09	Rapid isolation and immune profiling of SARS-CoV-2 specific memory B cell in convalescent COVID-19 patients via LIBRA-seq 2021-05-17, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-021-00610-7 PMID:34001847	研究论文	本研究通过LIBRA-seq技术，从康复期COVID-19患者中快速分离并分析了SARS-CoV-2特异性记忆B细胞的免疫特征	首次揭示了SARS-CoV-2感染后特异性BCR配对的多样性和非随机性，并发现了多种高亲和力的抗体	样本量较小，仅涉及五名康复期COVID-19患者	探究SARS-CoV-2感染后记忆B细胞的免疫反应和特异性BCR配对的多样性	康复期COVID-19患者的记忆B细胞和浆细胞	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序和VDJ测序	NA	单细胞RNA测序数据	五名康复期COVID-19患者
2005	2024-08-09	Narrating the story ARC of adipose tissue aging 2021-05-17, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.020 PMID:34004148	研究论文	Nguyen等人在《Developmental Cell》期刊中使用scRNA-seq技术探讨了皮下脂肪组织在老化过程中的细胞景观变化，并发现了一类名为年龄依赖性调节细胞（ARC）的新细胞群体，这些细胞与年龄相关的脂肪组织功能障碍及代谢疾病有关	发现了一类新的细胞群体——年龄依赖性调节细胞（ARC），这些细胞与年龄相关的脂肪组织功能障碍有关	NA	探讨脂肪组织老化过程中的细胞景观变化及其对代谢疾病的影响	皮下脂肪组织在老化过程中的细胞变化	数字病理学	代谢疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据	NA
2006	2024-08-09	Fibroblast dedifferentiation as a determinant of successful regeneration 2021-05-17, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.016 PMID:34004152	研究论文	本研究通过遗传命运图谱和异时移植结合单细胞转录组分析，探讨了成年青蛙和蝾螈在肢体再生能力上的差异及其细胞机制	首次揭示了成年青蛙连接组织细胞在再生过程中的限制性，以及胚胎和成年青蛙软骨分化程序的分子差异	研究主要集中在细胞水平，未涉及系统性因素对再生能力的影响	探究成年青蛙肢体再生能力的限制因素及其细胞机制	青蛙和蝾螈的连接组织细胞及其在肢体再生中的作用	NA	NA	遗传命运图谱、异时移植、单细胞转录组分析	NA	单细胞RNA序列	具体样本数量未在摘要中提及
2007	2024-08-09	Dissecting the Transcriptional and Chromatin Accessibility Heterogeneity of Proliferating Cone Precursors in Human Retinoblastoma Tumors by Single Cell Sequencing-Opening Pathways to New Therapeutic Strategies? 2021-05-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.62.6.18 PMID:34003213	研究论文	本研究通过单细胞RNA和ATAC测序分析，揭示了人类视网膜母细胞瘤中增殖锥前体细胞的转录和染色质可及性异质性，并探索了新的治疗策略	首次对人类视网膜母细胞瘤进行单细胞RNA和ATAC测序分析，揭示了肿瘤内克隆类型的全谱及其分子变化	NA	探索视网膜母细胞瘤的异质性及其分子途径，以定义新的治疗策略	人类视网膜母细胞瘤中的增殖锥前体细胞	数字病理学	视网膜母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-Seq）	NA	单细胞数据	两个视网膜母细胞瘤样本和九个人类胚胎及胎儿视网膜样本
2008	2024-08-09	G2S3: A gene graph-based imputation method for single-cell RNA sequencing data 2021-05, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1009029 PMID:34003861	研究论文	本文提出了一种基于基因图的单细胞RNA测序数据插补方法G2S3	G2S3通过从稀疏基因图中借用相邻基因的信息来插补丢失数据，显示出在恢复基因表达、识别细胞亚型等方面的优越性能	NA	开发一种新的方法来解决单细胞RNA测序数据中的数据稀疏和噪声问题	单细胞RNA测序数据中的基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	基因图	基因表达数据	八个单细胞转录组数据集
2009	2024-08-09	Impaired immune signaling and changes in the lung microbiome precede secondary bacterial pneumonia in COVID-19 2021-Apr-23, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-380803/v1 PMID:34013247	研究论文	本研究通过气管抽吸物批量和单细胞RNA测序（scRNA-seq）评估了28名COVID-19患者和8名重症未感染对照组的低呼吸道免疫反应和微生物组动态变化，其中15名COVID-19患者发展为呼吸机相关肺炎（VAP）	首次揭示了COVID-19患者在VAP发生前两周免疫信号传导的显著损害，并通过纵向元转录组分析揭示了VAP患者肺微生物组群落组成的破坏	样本量相对较小，可能需要更大规模的研究来验证这些发现	探讨COVID-19患者中次级细菌性肺炎前的免疫信号障碍和肺微生物组变化	COVID-19患者和重症未感染对照组的低呼吸道免疫反应和微生物组动态	NA	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	28名COVID-19患者和8名重症未感染对照组
2010	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis of Human Adipose-Derived Stromal Cells Identifies a Contractile Cell Subpopulation 2021, Stem cells international IF:3.8Q2 DOI:10.1155/2021/5595172 PMID:34007285	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探索了人脂肪源性间充质细胞（hASCs）在两次细胞分裂后的异质性，并识别出一种收缩细胞亚群	首次通过单细胞转录组分析揭示了hASCs中的收缩细胞亚群，这些细胞可能为周细胞和/或血管平滑肌细胞	研究仅限于两次细胞分裂后的hASCs，未涉及更深入的功能验证和临床应用	探索hASCs的异质性，为其临床应用提供更多理解	人脂肪源性间充质细胞（hASCs）	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	至少两个亚群
2011	2024-08-09	Transcriptomic Profiling of Human Placenta in Gestational Diabetes Mellitus at the Single-Cell Level 2021, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2021.679582 PMID:34025588	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对妊娠糖尿病患者的人类胎盘进行了全面的转录组分析，构建了细胞图谱，并识别了细胞亚型及其特异性标记基因	首次在单细胞水平上对妊娠糖尿病患者的人类胎盘进行转录组分析，揭示了胎盘细胞功能和细胞间相互作用	NA	阐明妊娠糖尿病的分子机制，并促进新的治疗方法和预防措施的开发	人类胎盘在妊娠糖尿病中的转录组特征	数字病理学	妊娠糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
2012	2024-08-09	Pharmacological Inhibition and Genetic Knockdown of BCL9 Modulate the Cellular Landscape of Cancer-Associated Fibroblasts in the Tumor-Immune Microenvironment of Colorectal Cancer 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.603556 PMID:34026600	研究论文	研究通过单细胞测序分析结直肠癌肿瘤微环境中BCL9抑制对癌症相关成纤维细胞（CAFs）的影响	首次揭示了BCL9抑制在CAFs中的细胞类型景观和转录差异，以及其如何通过抑制Wnt信号影响癌症相关的免疫监视	未详细说明BCL9抑制对CAFs的具体分子机制	探讨BCL9抑制对结直肠癌肿瘤微环境中CAFs的影响及其对免疫反应的作用	结直肠癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	细胞	涉及结直肠癌中的四种不同类型的CAFs
2013	2024-08-09	Fibroblast and Myofibroblast Subtypes: Single Cell Sequencing 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1382-5_4 PMID:34028734	研究论文	本文描述了从心脏组织样本中制备单细胞悬液进行单细胞RNA测序的方法，并介绍了单细胞RNA测序和空间转录组学数据的计算分析流程，以探索纤维母细胞/肌纤维母细胞的异质性并识别其在心脏中的不同亚型和位置	利用新的单细胞'omics'技术，全面分析转录程序，揭示了间质细胞在转录、功能、表观遗传和空间上的异质性	需要进一步明确新识别的细胞簇是否代表不同的亚群或同一群体的不同状态	探索纤维母细胞/肌纤维母细胞的异质性并识别其在心脏中的不同亚型和位置	纤维母细胞和肌纤维母细胞的亚型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	心脏组织样本
2014	2024-08-09	FBA: feature barcoding analysis for single cell RNA-Seq 2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab375 PMID:33999185	研究论文	本文介绍了FBA软件包，用于单细胞RNA测序中的特征条形码分析，包括质量控制、定量、解复用、多重检测、聚类和可视化	FBA提供了一个灵活且简化的工具包，用于处理和分析特征条形码实验	NA	扩展单细胞RNA测序的读出，包括细胞表面蛋白和基因组扰动等额外特征	单细胞RNA测序中的特征条形码	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	序列条形码	NA
2015	2024-08-09	Dysregulation of the Pdx1/Ovol2/Zeb2 axis in dedifferentiated β-cells triggers the induction of genes associated with epithelial-mesenchymal transition in diabetes 2021-11, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2021.101248 PMID:33989778	研究论文	本研究探讨了miR-7过表达导致的β细胞去分化如何通过诱导上皮-间质转化（EMT）相关基因的表达，影响糖尿病中的胰岛基因表达和微环境	首次揭示了miR-7介导的β细胞去分化通过EMT信号通路引发慢性组织损伤反应，改变胰岛微环境并促进纤维化	NA	研究miR-7介导的β细胞去分化在糖尿病中的病理机制及其对胰岛基因表达和微环境的影响	β细胞特异性miR-7过表达小鼠（Tg7）的胰岛	NA	糖尿病	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	β细胞特异性miR-7过表达小鼠（Tg7）的胰岛样本
2016	2024-08-09	scConnect: a method for exploratory analysis of cell-cell communication based on single-cell RNA-sequencing data 2021-Oct-25, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab245 PMID:33974001	研究论文	提出了一种基于单细胞RNA测序数据探索细胞间通信的方法scConnect	该方法通过构建多向图来推断和整合细胞类型间的配体-受体相互作用，支持上下文探索性分析	NA	旨在开发一种新的分析方法，用于探索基于单细胞RNA测序数据的细胞间通信	细胞间通信，特别是细胞类型间的配体-受体相互作用	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	多向图	RNA测序数据	涉及小鼠大脑和人类肿瘤的细胞类型
2017	2024-08-09	Differential gene expression analysis for multi-subject single-cell RNA-sequencing studies with aggregateBioVar 2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab337 PMID:33970215	研究论文	本文提出了一种用于多主体单细胞RNA测序研究的差异基因表达分析统计模型，并展示了未考虑额外生物变异可能导致假发现率（FDR）升高	提出了一个新的统计模型和简单方法来估计模型参数，以及基于伪批量计数的方法来更好地控制FDR	需要进一步验证模型在不同类型数据集上的适用性和效果	改进单细胞RNA测序研究的差异基因表达分析方法	多主体单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	统计模型	基因-细胞计数矩阵	涉及人类和动物模型的单细胞RNA测序数据集
2018	2024-08-09	MAT2: manifold alignment of single-cell transcriptomes with cell triplets 2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab250 PMID:33974010	研究论文	本文介绍了一种名为MAT2的方法，通过深度神经网络和对比学习策略在流形空间中对单细胞转录组进行对齐	MAT2通过基于已知细胞类型注释定义的细胞三元组，提高了对齐过程的鲁棒性，特别是在具有有限共同细胞类型的数据集中。此外，MAT2能够重建无批次效应的基因表达，有助于细胞类型的注释	NA	开发一种新的方法来对齐多个单细胞RNA测序数据集，以建立生物过程的全面细胞景观	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	深度神经网络	转录组数据	NA
2019	2024-08-09	Analysis of deficiency of adenosine deaminase 2 pathogenesis based on single-cell RNA sequencing of monocytes 2021-09, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1002/JLB.3HI0220-119RR PMID:33988272	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了14名ADA2缺乏症患者和6名健康捐赠者的CD14单核细胞，以阐明ADA2缺乏症的分子机制	本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ADA2缺乏症中单核细胞亚型的分子特征和异常免疫通路	NA	阐明ADA2缺乏症的分子机制	ADA2缺乏症患者的CD14单核细胞	数字病理学	罕见病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	14名患者和6名健康捐赠者的单核细胞
2020	2024-08-09	Genome medicine in male infertility: From karyotyping to single-cell analysis 2021-Aug, The journal of obstetrics and gynaecology research IF:1.6Q3 DOI:10.1111/jog.14828 PMID:33998107	研究论文	本文探讨了从核型分析到单细胞分析的男性不育基因组医学进展	文章介绍了通过微阵列技术和下一代测序（NGS）技术，超越传统的核型和聚合酶链反应分析，发现越来越多的遗传异常导致生精障碍，并引入了单细胞转录组分析以更全面地理解睾丸病理	文章指出大多数基因突变，如克莱因费尔特综合征、无精子因子微缺失或先天性双侧输精管缺失，并不遵循一个基因-一个表型的模式	旨在通过结合表型数据和大量生物信息学数据，更全面地理解男性不育的病理生理学，从而不仅有助于诊断，还能指导不育治疗的选择和新治疗方式的开发	研究对象为男性不育症，特别是非阻塞性无精子症（NOA）	基因组学	男性不育症	下一代测序（NGS）	NA	基因组、表观基因组、转录组和蛋白质组数据	使用人类睾丸样本进行单细胞转录组分析