单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-21 |
Non-parametric modelling of temporal and spatial counts data from RNA-seq experiments
2021-11-05, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab486
PMID:34213536
|
研究论文 | 该论文提出了GPcounts包，使用负二项似然的高斯过程回归对RNA-seq的时序和空间计数数据进行非参数建模 | 使用变分贝叶斯推断实现负二项似然的高斯过程回归，可扩展到大规模单细胞和空间转录组数据，并提供零膨胀负二项选项建模dropout | 未明确说明具体局限性 | 对RNA-seq实验中的时序和空间计数数据进行非参数建模 | 模拟时序数据、单细胞RNA-seq数据集、小鼠嗅球空间转录组数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 高斯过程回归 | 计数数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2 | 2026-09-21 |
Insights Into Systemic Sclerosis from Gene Expression Profiling
2021-Sep, Current treatment options in rheumatology
IF:1.7Q3
DOI:10.1007/s40674-021-00183-0
PMID:41614080
|
综述 | 本文综述了转录组学（包括bulk和单细胞转录组学）在系统性硬化症（SSc）研究中的应用，探讨了基因表达谱如何揭示该疾病的分子异质性、治疗反应和关键细胞类型 | 整合了bulk和单细胞转录组学的最新发现，强调了可重复的基因表达模式对SSc病因学的启示，以及单细胞技术揭示的与发病机制相关的细胞类型，并提出了自适应免疫细胞、固有免疫细胞与组织驻留基质细胞之间的相互作用在疾病轨迹中的重要作用 | SSc的疾病轨迹仍然难以预测，对终末靶组织中细胞和分子动态的进一步研究尚不充分 | 综述转录组学在系统性硬化症分子异质性、治疗反应和发病机制研究中的最新进展 | 系统性硬化症（SSc）患者 | 机器学习 | 系统性硬化症 | bulk转录组学, 单细胞转录组学 | NA | 文本, 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2026-09-07 |
Dissecting spatial heterogeneity and the immune-evasion mechanism of CTCs by single-cell RNA-seq in hepatocellular carcinoma
2021-07-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-24386-0
PMID:34215748
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序解析肝细胞癌中循环肿瘤细胞的空间异质性及其免疫逃逸机制 | 首次揭示循环肿瘤细胞在血液传播过程中的转录组可塑性和适应性机制，并发现趋化因子CCL5作为免疫逃逸的重要介质 | 未提供明确的局限性信息 | 解析肝细胞癌患者循环肿瘤细胞在血行播散过程中的转录组异质性和免疫逃逸机制 | 来自肝细胞癌患者的循环肿瘤细胞（CTCs） | 单细胞转录组学 | 肝细胞癌 | 单细胞全长RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 113个循环肿瘤细胞，来自4个不同血管部位（肝静脉、外周动脉、外周静脉、门静脉） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞全长RNA测序 |
| 4 | 2026-08-20 |
Genetic control of retinal ganglion cell genesis
2021-May, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-021-03814-w
PMID:33782712
|
综述 | 本文综述了视网膜神经节细胞（RGC）生成过程中的遗传控制机制，包括从视网膜祖细胞到RGC的转变、分化、类型多样性和轴突中枢投射，并讨论了未来研究的新兴技术 | 通过单细胞转录组学揭示了RGC类型和发育轨迹的新见解，并强调了未来可利用的新兴技术如单细胞技术、新型遗传工具和高通量基因组编辑筛选 | 未明确说明具体局限性，但指出了对RGC生成不同方面进行全面理解仍需解决的关键问题 | 总结RGC谱系规范与分化中调控因子的功能和关系，并讨论未来研究方向 | 视网膜神经节细胞（RGC）及其发育过程中的调控因子和信号通路 | 遗传学，发育生物学 | 不适用 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 转录组数据 | 不适用 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 5 | 2026-08-17 |
Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell transcriptomes with Tangram
2021-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01264-7
PMID:34711971
|
研究论文 | 介绍Tangram方法，一种通过深度学习对齐单细胞RNA测序数据与空间转录组数据，以单细胞分辨率重建全基因组空间图谱的方法。 | 创新性地提出了一种名为Tangram的通用方法，能够将单细胞或单核RNA测序数据与多种空间数据（如MERFISH、STARmap、smFISH、Visium和病理图像）对齐，并支持多模态数据（如SHARE-seq）以揭示染色质可及性的空间模式。 | 未在摘要中明确提到局限性。 | 克服单细胞测序丢失空间信息和空间转录组学分辨率低、灵敏度有限的问题，实现全基因组单细胞分辨率的空间图谱重建。 | 健康小鼠脑组织，特别是视觉和躯体运动皮层区域。 | 深度学习 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 原位杂交, 多模态测序 | 深度学习模型 | 基因表达数据, 空间转录组数据, 组织图像 | 健康小鼠脑组织样本（具体数量未在摘要中提供） | 10x Genomics, NA, NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 原位杂交 | 10x Visium, MERFISH, STARmap, smFISH, SHARE-seq | NA |
| 6 | 2026-08-17 |
Bayesian estimation of cell type-specific gene expression with prior derived from single-cell data
2021-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.268722.120
PMID:33837133
|
研究论文 | 提出一种贝叶斯方法bMIND，利用单细胞RNA测序数据作为先验，从批量RNA测序数据中估计样本级别的细胞类型特异性基因表达，以支持下游分析 | 利用单细胞数据构建先验，实现从批量数据中估计样本级别的细胞类型特异性表达，提高了估计准确性和发现差异表达基因的能力 | 未明确提及，但可能受限于先验数据质量或计算复杂性 | 整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，估计样本级别细胞类型特异性表达，以促进大规模下游分析 | 自闭症谱系障碍和阿尔茨海默病相关的脑组织基因表达数据 | 机器学习 | 自闭症谱系障碍、阿尔茨海默病 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据 | 未提供具体数量 | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-08-16 |
Phenotypic variation of transcriptomic cell types in mouse motor cortex
2021-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2907-3
PMID:33184512
|
研究论文 | 本研究使用Patch-seq技术对小鼠初级运动皮层超过1300个神经元进行联合分析，揭示了转录组定义的细胞类型在形态电学特性上的表型变异，表明皮层神经元类型在家族水平上分离，但在家族内部形成连续梯度 | 首次在单细胞水平上联合转录组、形态学和电生理数据，对几乎所有的转录组细胞类型进行形态电学注释，并揭示转录组类型与形态电学表型之间的复杂关系 | 研究仅限于成年小鼠初级运动皮层，可能无法推广到其他脑区或发育阶段 | 探究皮层神经元转录组类型与形态电学表型之间的对应关系，验证神经元类型是否构成离散实体 | 成年小鼠初级运动皮层的神经元 | 神经科学 | NA | Patch-seq（结合膜片钳记录、生物胞素染色和单细胞RNA测序） | NA | 基因表达数据、形态学图像、电生理记录 | 超过1300个神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2026-08-16 |
FOXP1 negatively regulates intrinsic excitability in D2 striatal projection neurons by promoting inwardly rectifying and leak potassium currents
2021-06, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-020-00995-x
PMID:33402705
|
研究论文 | 本研究探讨FOXP1转录因子通过调控内向整流钾电流和漏钾电流来负性调节D2型纹状体投射神经元的固有兴奋性，为FOXP1相关自闭症的神经元功能改变提供了新见解 | 首次揭示FOXP1通过转录激活Kcnj2、Kcnj4和Kcnk2基因来负性调节D2型纹状体投射神经元的兴奋性，并展示这种调控具有神经元类型特异性，为转录因子如何通过多基因整合影响神经元电生理功能提供了新范例 | 研究主要在Foxp1条件敲除小鼠模型中进行，可能无法完全模拟人类FOXP1单倍剂量不足的复杂情况，且未进行体内行为学验证 | 阐明FOXP1转录因子在D2型纹状体投射神经元中调控固有兴奋性的细胞自主机制及其对自闭症的影响 | D2和D1型纹状体投射神经元，来自Foxp1条件敲除小鼠 | 神经科学 | 自闭症 | 单细胞RNA测序、电生理记录 | NA | 基因表达数据、电生理数据 | 未明确说明具体数量，涉及Foxp1条件敲除小鼠的D2和D1型纹状体投射神经元 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒（推断） |
| 9 | 2026-08-16 |
Independence of chromatin conformation and gene regulation during Drosophila dorsoventral patterning
2021-04, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00799-x
PMID:33795866
|
研究论文 | 本研究以果蝇胚胎背腹轴模式形成为模型，揭示了染色质组织与基因调控的独立性 | 首次在果蝇胚胎中证明组织特异性染色质构象并非组织特异性基因表达所必需，而是作为增强子激活时的支架 | 未明确阐述染色体构象维持的具体机制及其在所有发育过程中的普适性 | 探究染色质组织与基因调控之间的关系，特别是组织特异性染色质构象是否影响基因表达 | 果蝇胚胎的背腹轴模式形成相关组织 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 果蝇胚胎组织样本（具体数量未提供） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-08-16 |
Glial cell diversity and methamphetamine-induced neuroinflammation in human cerebral organoids
2021-04, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-020-0676-x
PMID:32051547
|
研究论文 | 利用人类大脑类器官和单细胞RNA测序研究产前甲基苯丙胺暴露对胎儿大脑发育的影响，揭示胶质细胞多样性和甲基苯丙胺诱导的神经炎症反应 | 首次在人类大脑类器官中结合单细胞RNA测序，以单细胞分辨率解析甲基苯丙胺暴露引起的神经炎症及其对不同胶质细胞和神经元细胞类型的影响 | 研究主要基于体外培养的类器官模型，可能无法完全模拟体内母体代谢和血脑屏障等复杂环境；样本量较小，且未涉及体内验证 | 探究甲基苯丙胺暴露对胎儿大脑发育的分子机制，特别是神经炎症反应 | 人类大脑类器官（源自胚胎干细胞），包含星形胶质细胞、少突胶质细胞、神经元及神经祖细胞等 | 神经科学、单细胞基因组学 | 神经发育障碍、药物诱导的神经毒性 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 14个人脑类器官（8个未处理，6个METH处理），共20,758个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3' 转录组测序 |
| 11 | 2026-08-07 |
Combinatorial transcription factor profiles predict mature and functional human islet α and β cells
2021-09-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.151621
PMID:34428183
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析人类胰岛细胞，基于组合转录因子表达识别出功能成熟且活跃的α和β细胞亚群 | 首次系统定义胰岛α和β细胞中组合转录因子表达的异质性，并揭示其与细胞功能和成熟状态的相关性 | 研究主要基于体外培养的胰岛细胞和正常供体样本，未涉及糖尿病或疾病状态下的变化 | 探究人类胰岛α和β细胞中组合转录因子表达异质性及其对细胞功能的影响 | 人类胰岛α和β细胞 | 单细胞转录组学 | 糖尿病 | 单细胞RNA-seq, Patch-Seq | NA | 单细胞转录组数据, 电生理数据 | 超过40,000个人类胰岛细胞, 多个供体 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA-seq, Patch-Seq用于电生理记录 |
| 12 | 2026-08-06 |
Loss of function of the mitochondrial peptidase PITRM1 induces proteotoxic stress and Alzheimer's disease-like pathology in human cerebral organoids
2021-10, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-020-0807-4
PMID:32632204
|
研究论文 | 该研究通过人类大脑类器官模型，发现线粒体肽酶PITRM1功能缺失会诱导蛋白质毒性应激和阿尔茨海默病样病理变化 | 首次在人类大脑类器官中证明PITRM1缺陷通过激活线粒体未折叠蛋白反应调节细胞质质量控制通路，进而引发阿尔茨海默病样病理，提出了PITRM1相关神经综合征的新机制 | 未在体内动物模型中验证结果，且2D神经元培养未能完全再现病理特征，可能限制了发现的直接转化应用 | 探究线粒体前序列加工缺陷在PITRM1相关神经退行性疾病中的病理机制 | PITRM1基因敲除的人类诱导多能干细胞来源的皮层神经元和大脑类器官 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | 未提及具体样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 13 | 2026-07-14 |
Microbial single-cell RNA sequencing by split-pool barcoding
2021-02-19, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aba5257
PMID:33335020
|
研究论文 | 本文介绍了微SPLiT方法，一种针对革兰氏阴性和阳性细菌的高通量单细胞RNA测序技术，可解析异质性转录状态 | 首次开发适用于细菌的单细胞RNA测序方法微SPLiT，通过分裂池条形码技术克服了现有方法与细菌不兼容的限制 | 未提及具体局限性，但可能包括对细菌细胞壁处理的要求及对稀有转录状态的检测灵敏度限制 | 开发一种高通量细菌单细胞RNA测序方法，用于解析细菌群落中的异质性基因表达 | 超过25,000个不同生长阶段的细菌细胞 | 机器学习 | NA | RNA-seq，单细胞RNA测序，分裂池条形码技术 | NA | 基因表达数据，转录组数据 | 超过25,000个细菌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 微SPLiT（微生物分裂池连接转录组学）方法 |
| 14 | 2026-07-10 |
Isolation of myeloid cells from mouse brain tumors for single-cell RNA-seq analysis
2021-12-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100957
PMID:34825218
|
研究论文 | 描述了一种从小鼠脑肿瘤中快速分离髓系细胞用于单细胞RNA测序分析的方案 | 无需细胞分选即可快速分离髓系细胞，减少细胞损伤，提高稀有细胞类型的检测分辨率 | 当前scRNA-seq协议受限于可同时测序的细胞数量，限制了稀有细胞类型异质性的解析能力 | 开发一种高效分离小鼠脑肿瘤髓系细胞的方法，用于单细胞RNA测序分析 | 小鼠脑肿瘤中的髓系细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠脑肿瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'试剂盒 |
| 15 | 2026-07-10 |
Optimized protocol for isolation of high-quality single cells from the female mouse reproductive tract tissues for single-cell RNA sequencing
2021-12-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100970
PMID:34841281
|
研究论文 | 描述了一种优化的方案，用于从雌性小鼠生殖道组织中分离高质量的单细胞，以进行单细胞RNA测序 | 针对雌性生殖道不同区域（子宫颈内口和外口）开发了专门的高活力单细胞制备方案，以构建完整的分子细胞图谱 | NA | 为单细胞RNA测序提供优化的细胞分离和制备方案，以研究正常生理和疾病状态下的分子细胞图谱 | 雌性小鼠生殖道组织（包括子宫颈内口和外口） | 单细胞测序, 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-07-10 |
Deletion of pancreas-specific miR-216a reduces beta-cell mass and inhibits pancreatic cancer progression in mice
2021-11-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100434
PMID:34841287
|
研究论文 | 该研究揭示了胰腺特异性miR-216a在调节β细胞质量和胰腺癌进展中的关键作用 | 首次发现miR-216a作为胰腺特异性miRNA，同时调控胰岛和腺泡细胞功能，并揭示其在胰腺癌诊断中的潜在生物标志物价值 | 未说明 | 探究胰腺特异性miR-216a在β细胞质量和胰腺癌进展中的功能 | 胰腺miR-216a基因敲除小鼠和胰腺癌易感小鼠模型 | NA | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 基因敲除小鼠和胰腺癌模型小鼠 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 17 | 2026-07-10 |
Molecular diversity of diencephalic astrocytes reveals adult astrogenesis regulated by Smad4
2021-11-02, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2020107532
PMID:34549820
|
研究论文 | 通过单细胞RNA-seq揭示成年小鼠间脑星形胶质细胞的分子多样性，并发现Smad4调控成年星形胶质细胞生成 | 首次在单细胞水平揭示间脑星形胶质细胞的分子异质性，并发现成年间脑存在低水平星形胶质细胞生成，且由Smad4调控 | 未提及 | 探索星形胶质细胞在单细胞水平上的一般功能与区域特异性功能的协调机制 | 成年小鼠间脑星形胶质细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq，ACSA-2介导的磁性活化细胞分选（MACS） | NA | 单细胞基因表达数据 | 成年小鼠间脑星形胶质细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 18 | 2026-07-10 |
Deciphering mouse uterine receptivity for embryo implantation at single-cell resolution
2021-Nov, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13128
PMID:34558134
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序解析小鼠子宫接受性胚胎植入的细胞和分子机制 | 首次以单细胞分辨率揭示小鼠子宫接受期与非接受期的细胞类型多样性及基因表达变化，并预测细胞间信号互作 | 未提供具体局限性信息，可能包括单细胞数据验证范围有限、未涉及人类子宫直接比较等 | 在单细胞水平阐明小鼠子宫接受胚胎植入的分子机制 | 小鼠子宫（接受期和非接受期） | 机器学习 | 不孕症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠子宫样本（具体数量未说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 19 | 2026-07-10 |
Single-cell transcriptome analysis reveals defective decidua stromal niche attributes to recurrent spontaneous abortion
2021-Nov, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13125
PMID:34546587
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示蜕膜基质微环境缺陷导致复发性流产 | 首次在单细胞水平揭示蜕膜基质细胞的异质性及其在复发性流产中的关键作用，发现TWEAK和FASLG信号通路过度激活与基质细胞死亡及妊娠失败密切相关 | 未明确说明研究限制 | 探究母体蜕膜细胞异质性在复发性流产中的作用机制 | 复发性流产患者和健康对照的蜕膜组织 | 计算机视觉 | 复发性流产 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 66,078个单细胞，来自复发性流产患者和健康对照的蜕膜样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒 |
| 20 | 2026-07-10 |
Multi-omic evaluation of metabolic alterations in multiple sclerosis identifies shifts in aromatic amino acid metabolism
2021-10-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100424
PMID:34755135
|
研究论文 | 通过对多发性硬化症患者和健康对照的代谢组学分析，发现芳香族氨基酸代谢异常与疾病进展和免疫细胞功能改变相关 | 首次在多发性硬化症中系统揭示芳香族氨基酸代谢途径的整体变化，并整合单细胞转录组数据验证代谢异常与免疫细胞基因表达的相关性 | 研究样本来自单一队列，且代谢组学数据与单细胞转录组数据来自不同来源，可能影响数据整合的准确性 | 探究多发性硬化症患者循环代谢组的变化及其与残疾程度的关联，并验证代谢改变对免疫细胞功能的影响 | 多发性硬化症患者和健康对照人群的血液样本及公开的单细胞RNA测序数据中的脑脊液和血液单核细胞群体 | 机器学习和生物信息学 | 多发性硬化症 | 代谢组学、单细胞RNA测序 | NA | 代谢组学数据、单细胞转录组数据 | 多发性硬化症患者637份样本，健康对照317份样本 | NA | 代谢组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |