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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-02-10
Single-cell transcriptomic analysis of bloodstream Trypanosoma brucei reconstructs cell cycle progression and developmental quorum sensing
2021-09-06, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组测序技术,分析了布氏锥虫从增殖型细长体向传播型粗短体发育过程中的转录组动态变化,并重建了细胞周期进程和发育群体感应机制 首次在单细胞分辨率下系统描绘了布氏锥虫血液期发育的转录组图谱,明确了细胞周期退出发生在G1早期并进入G0状态,并鉴定了发育调控因子ZC3H20的功能节点 研究基于体外寡肽诱导分化模型,可能与体内自然发育过程存在差异;单细胞测序样本量(8,599个寄生虫)虽具代表性,但可能未覆盖所有稀有细胞状态 解析布氏锥虫血液期发育分化的分子机制和细胞周期调控网络 布氏锥虫(Trypanosoma brucei)的血液期寄生虫 单细胞组学 寄生虫感染(锥虫病) 单细胞转录组测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 8,599个寄生虫细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2 2026-02-02
Insights Into Systemic Sclerosis from Gene Expression Profiling
2021-Sep, Current treatment options in rheumatology IF:1.7Q3
综述 本文综述了基因表达谱分析在系统性硬化症研究中的应用,特别是通过转录组学揭示疾病异质性、病因及治疗靶点 利用转录组学(包括bulk和单细胞技术)量化系统性硬化症的分子异质性,为个性化治疗提供数据驱动见解 疾病轨迹预测仍具挑战性,需进一步研究靶组织中的细胞和分子动态 通过基因表达谱分析提升对系统性硬化症分子异质性和治疗策略的理解 系统性硬化症患者 自然语言处理 系统性硬化症 转录组学 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
3 2026-01-22
The MURAL collection of prostate cancer patient-derived xenografts enables discovery through preclinical models of uro-oncology
2021-08-19, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文介绍了一个前列腺癌患者来源异种移植(PDX)模型的集合,用于加速临床前药物测试和候选疗法的系统评估 建立了包含59个肿瘤样本的PDX资源库,覆盖了从初治原发性肿瘤到去势抵抗性转移的临床病理和基因组谱,并利用单细胞RNA测序揭示了肿瘤异质性 样本量相对有限(59个肿瘤来自30名患者),且时间跨度可能影响治疗反应的普遍性 建立前列腺癌PDX模型资源,以促进临床前药物测试和有效治疗方案的优先筛选 前列腺癌患者来源的肿瘤样本及衍生的PDX模型和类器官 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 PDX模型,类器官模型 基因组数据,转录组数据 59个肿瘤样本来自30名患者 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
4 2026-01-16
Selective loss of resident macrophage-derived insulin-like growth factor-1 abolishes adaptive cardiac growth to stress
2021-09-14, Immunity IF:25.5Q1
研究论文 本文揭示了心脏驻留巨噬细胞通过产生胰岛素样生长因子-1在高血压应激下促进心肌细胞适应性生长和心脏功能维持的关键作用 首次明确了心脏驻留巨噬细胞来源的IGF-1在高血压诱导的心脏适应性生长中的绝对必要性,并识别了人类心肌病中保守的IGF-1表达巨噬细胞亚群 研究主要基于动物模型,人类数据仅通过单细胞转录组学识别相关巨噬细胞亚群,未进行功能验证 探究免疫细胞在高血压应激下心脏适应性生长中的作用机制 心脏驻留巨噬细胞和心肌细胞 单细胞转录组学 心血管疾病 单细胞转录组学 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
5 2026-01-01
High-Throughput Monitoring of Bacterial Cell Density in Nanoliter Droplets: Label-Free Detection of Unmodified Gram-Positive and Gram-Negative Bacteria
2021-01-19, Analytical chemistry IF:6.7Q1
研究论文 本文介绍了一种基于纳米液滴散射光的高通量、无标记细菌检测方法,适用于革兰氏阳性和阴性细菌 开发了无需基因修饰或化学标记的高通量无标记细菌检测技术,利用纳米液滴散射光测量实现细菌增殖的可靠检测 未在摘要中明确说明具体局限性 开发适用于临床、研究和工业领域多种细菌菌株的高通量微液滴分析技术 未修饰的革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌 微生物分析技术 NA 液滴微流控技术、散射光测量 NA 光学信号数据(散射光、荧光) NA NA 液滴微流控 NA 纳米液滴封装系统
6 2025-12-23
Isolation of Endothelial Cells from the Lumen of Mouse Carotid Arteries for Single-cell Multi-omics Experiments
2021-10-04, Journal of visualized experiments : JoVE
研究论文 本文介绍了一种从小鼠颈动脉内腔分离内皮细胞的方法,用于单细胞多组学实验,以研究动脉粥样硬化中血流扰动对内皮细胞的影响 开发了一种内腔消化方法,从动脉壁中富集内皮细胞,解决了内皮细胞在总细胞群中占比较低的问题,从而在单细胞分辨率下更有效地研究血流对转录组和染色质可及性的影响 方法可能无法完全排除其他细胞类型的污染,如平滑肌细胞、成纤维细胞和免疫细胞,且在小鼠模型中的结果需进一步验证才能应用于人类动脉样本 研究动脉粥样硬化中血流扰动对内皮细胞转录组和表观基因组的影响,开发内皮细胞富集方法以促进单细胞多组学研究 小鼠颈动脉内皮细胞,通过部分颈动脉结扎手术诱导血流扰动,使用右颈动脉作为对照 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 NA 单细胞RNA和染色质可及性数据 小鼠颈动脉样本,具体数量未在摘要中明确说明 10x Genomics 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq 10x Chromium 10x Genomics微流控设置,用于单细胞和单核条形码标记,后续进行RNA制备、文库生成和高通量DNA测序
7 2025-10-16
Mouse and human share conserved transcriptional programs for interneuron development
2021-Dec-10, Science (New York, N.Y.)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类与小鼠在中间神经元发育过程中共享保守的转录调控程序 首次在人类胚胎脑组织中系统表征神经节隆起区域的细胞多样性,并发现与啮齿类动物相似的转录调控机制 研究仅关注胚胎发育阶段,未涉及成年期神经元功能验证 探究人类GABA能神经元发育的转录调控机制及其进化保守性 人类胚胎脑组织中的神经节隆起区域细胞 神经科学 自闭症、精神分裂症 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 人类胚胎脑组织样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
8 2025-10-05
Single Molecule-Based fliFISH Validates Radial and Heterogeneous Gene Expression Patterns in Pancreatic Islet β-Cells
2021-05, Diabetes IF:6.2Q1
研究论文 本研究使用fliFISH技术验证了小鼠胰岛β细胞中基因表达的径向和异质性模式 首次应用单分子水平的fliFISH技术在原位空间背景下量化胰岛β细胞的基因表达异质性 研究仅限于小鼠胰岛组织,未涉及其他物种或疾病模型 验证胰岛β细胞中基因表达的异质性模式和空间分布特征 小鼠胰腺胰岛β细胞 数字病理学 糖尿病 fliFISH(基于波动定位成像的荧光原位杂交),scRNA-Seq NA 图像,基因表达数据 小鼠胰腺胰岛切片 NA 单分子荧光原位杂交,单细胞RNA测序 NA 波动定位成像基荧光原位杂交(fliFISH)
9 2025-10-05
Decoding molecular and cellular heterogeneity of mouse nucleus accumbens
2021-12, Nature neuroscience IF:21.2Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和多重错误鲁棒荧光原位杂交技术,构建了小鼠伏隔核的细胞图谱,揭示了其细胞异质性 首次结合单细胞转录组和空间信息构建小鼠伏隔核的细胞分类系统,揭示了神经元亚型的转录和空间多样性 研究仅限于小鼠模型,未在人类或其他物种中验证 解析小鼠伏隔核的分子、细胞和解剖异质性 小鼠伏隔核脑区 神经科学 NA 单细胞RNA测序, 多重错误鲁棒荧光原位杂交 NA 基因表达数据, 空间定位数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
10 2025-10-05
Single-cell RNA-sequencing atlas of bovine caudal intervertebral discs: Discovery of heterogeneous cell populations with distinct roles in homeostasis
2021-11, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序构建牛尾椎间盘细胞图谱,发现具有不同稳态功能的异质性细胞群体 首次创建牛尾椎间盘单细胞转录组图谱,识别出15个独特细胞簇并发现新型细胞标记物 研究仅基于牛模型,结果向人类转化需要进一步验证 解析椎间盘的细胞异质性以促进再生治疗发展 牛尾椎间盘组织 单细胞生物学 椎间盘疾病 单细胞RNA测序 无监督聚类分析 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
11 2025-10-05
Single-cell transcriptomics analysis of mild cognitive impairment in World Trade Center disaster responders
2021, Alzheimer's & dementia (Amsterdam, Netherlands)
研究论文 通过单细胞转录组分析研究世贸中心救援人员轻度认知障碍的分子机制 首次在世贸中心救援人员群体中应用单细胞分辨率CITE-Seq技术分析轻度认知障碍的血液转录组特征 样本量相对较小(40名男性),仅包含男性受试者 探索轻度认知障碍的分子复杂性及其血液生物标志物 世贸中心灾难救援人员 单细胞组学 轻度认知障碍 CITE-Seq NA 单细胞转录组数据 40名男性救援人员(发现队列:9名MCI和9名对照;验证队列:11名MCI和11名对照) NA 单细胞RNA-seq NA NA
12 2025-10-05
Systems vaccinology of the BNT162b2 mRNA vaccine in humans
2021-08, Nature IF:50.5Q1
研究论文 本研究采用系统疫苗学方法分析BNT162b2 mRNA疫苗在人体内引发的免疫反应 首次通过系统疫苗学方法全面描绘mRNA疫苗的免疫应答机制,揭示加强免疫显著增强先天免疫反应的特征 样本量相对有限(56名健康志愿者),未涵盖不同年龄组或免疫功能低下人群 阐明mRNA疫苗如何刺激免疫系统产生保护性免疫应答 56名接种辉瑞-BioNTech mRNA疫苗(BNT162b2)的健康志愿者 免疫学 COVID-19 单细胞转录组学,系统疫苗学方法 NA 转录组数据,免疫细胞表型数据 56名健康志愿者 NA 单细胞RNA-seq NA NA
13 2025-10-05
Single cell RNA sequencing of AML initiating cells reveals RNA-based evolution during disease progression
2021-10, Leukemia IF:12.8Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序研究AML起始细胞在疾病进展过程中的RNA克隆进化 首次在AML起始细胞中发现RNA克隆进化现象,而非传统的DNA突变进化 研究样本量有限,需要更大队列验证发现 探索AML疾病复发过程中白血病起始细胞的转录组变化机制 急性髓系白血病患者的匹配诊断和复发样本中的白血病起始细胞 单细胞组学 急性髓系白血病 单细胞RNA测序,流式细胞术 NA 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 匹配的诊断和复发AML患者样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
14 2025-10-05
Examining heterogeneity of stromal cells in tumor microenvironment based on pan-cancer single-cell RNA sequencing data
2021-Aug-17, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1
综述 基于泛癌单细胞RNA测序数据研究肿瘤微环境中基质细胞的异质性 通过整合多种癌症类型的单细胞RNA测序数据,发现内皮细胞和成纤维细胞/肌成纤维细胞在不同癌症中可划分为共同亚型,且亚型组成与癌症特征和疗法响应相关 NA 研究肿瘤微环境中基质细胞的异质性 多种癌症类型的单细胞RNA测序数据集 生物信息学 泛癌研究 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
15 2025-10-05
Hypoxic microenvironment induced spatial transcriptome changes in pancreatic cancer
2021-Jun-04, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1
研究论文 本研究首次描述了胰腺癌中缺氧微环境诱导的空间转录组变化,并识别了潜在治疗靶点 首次利用空间转录组技术揭示胰腺癌缺氧微环境的空间异质性特征 研究基于小鼠移植瘤模型,临床相关性需进一步验证 探究胰腺癌缺氧微环境的空间转录组特征及其临床意义 人胰腺导管腺癌(PDAC)在小鼠缺血后肢中的移植瘤 空间转录组学 胰腺癌 空间转录组学 NA 空间转录组数据 小鼠移植瘤模型(具体数量未明确说明) NA 空间转录组学 NA NA
16 2025-10-06
Single-cell transcriptome sequencing on the Nanopore platform with ScNapBar
2021-Jun-16, RNA (New York, N.Y.)
研究论文 提出ScNapBar软件解决Nanopore平台单细胞转录组测序中细胞条形码分配准确性问题 开发了混合测序方法结合Nanopore和Illumina平台优势,通过UMI或朴素贝叶斯概率方法提高细胞条形码分配准确性 未明确说明样本规模和技术适用范围 解决单细胞全长RNA测序中细胞条形码分配的技术挑战 单细胞转录组 生物信息学 NA 单细胞RNA测序,长读长测序,混合测序 朴素贝叶斯 测序数据 NA Oxford Nanopore, Illumina, 10x Genomics 单细胞RNA-seq,长读长测序 Nanopore平台,Illumina平台,10x Chromium Nanopore长读长测序平台与10x Chromium单细胞测序平台整合
17 2025-10-06
Retinoic acid signaling is critical during the totipotency window in early mammalian development
2021-06, Nature structural & molecular biology IF:12.5Q1
研究论文 本研究通过小分子筛选发现视黄酸信号通路是调控哺乳动物早期发育全能性的关键机制 首次发现视黄酸信号通路在胚胎全能性细胞调控中的核心作用,并利用单细胞RNA-seq揭示细胞重编程的转录动态 研究主要基于小鼠胚胎干细胞模型,尚未在人类系统中验证 探索调控哺乳动物早期发育全能性阶段的关键信号通路 小鼠胚胎干细胞和2细胞样细胞(2CLCs) 发育生物学 NA 单细胞RNA测序,小分子筛选 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
18 2025-10-06
Cell type hierarchy reconstruction via reconciliation of multi-resolution cluster tree
2021-09-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 开发了一种名为MRtree的算法,用于从单细胞RNA测序数据构建细胞类型层次结构 提出了一种高度灵活的树构建算法,能够从多个分辨率的平面聚类结果生成聚类层次结构 需要依赖现有的平面聚类算法,可能受到这些算法固有局限性的影响 解决单细胞RNA测序数据分析中分辨率参数选择困难和细胞簇演化特征难以比较的问题 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 树构建算法 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
19 2025-10-06
Single-cell trajectories of melanoma cell resistance to targeted treatment
2021-Oct-01, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析黑色素瘤细胞对靶向治疗的耐药性发展轨迹 首次在单细胞水平揭示黑色素瘤对单药和双药治疗的耐药发展轨迹,发现不同耐药机制的特异性基因程序 研究仅基于细胞系模型,未涉及体内肿瘤微环境的影响 探索黑色素瘤细胞对靶向治疗的耐药机制 BRAFV600E突变黑色素瘤细胞系 数字病理学 黑色素瘤 单细胞RNA测序 t-SNE, 自组织映射 单细胞转录组数据 黑色素瘤细胞系在不同处理条件下的单细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
20 2025-10-06
EZH2 identifies the precursors of human natural killer cells with trained immunity
2021-Sep-24, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了具有训练免疫能力的人类自然杀伤细胞前体,并发现EZH2是其关键表观遗传标志物 首次使用单细胞RNA测序结合TotalSeq™技术追踪训练免疫诱导过程中NK细胞的异质性,识别出CD57-NKG2A+EZH2+IFNG+MKI67+IL12R+IL15R+IL18R+ NK细胞独特亚群作为训练免疫前体 传统发育标记无法识别训练免疫前体细胞,需要依赖更先进的单细胞测序技术 识别产生训练免疫的人类NK细胞亚群,探索药物干预的潜在调控靶点 人类自然杀伤细胞 单细胞生物学 癌症 单细胞RNA测序, TotalSeq™技术, 流式细胞术 NA 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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